4I7QA

T4 lysozyme l99a/m102h with 4-trifluoromethylimidazole bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7qA00
1P46A 4W51A 195LA 1L84A 173LA 1PQMA 254LA 1C6HA 1L85A 1C6JA 4ARQB 4K5YA 3GUOA 1D3JA 2A4TA 1B6IA 1L50A 1L0KA 3C8QA 165LA 1C6NA 199LA 3C7ZA 3HU8A 3HH5A 215LA 1L00A 3GUJA 247LA 1QSQA 126LA 1KW5A 1CU0A 1L35A 2OEAX 4LDOA 1CX6A 1QT3A 2B6TA 1L90A 1D9WA 1T97A 3SB8A 1LLHA 2RB1X 3L2XA 1L97A 219LA 191LA 119LA 1L82A 4DAJA 2HULA 1DYGA 1CV5A 3HDEA 1LWKA 1L32A 1L99A 4GBRB 1T8GA 3SN6R 2RB2X 141LA 1L39A 1OVHA 1TLAA 1L69A 3CDTA 192LA 1CU3A 1XJTA 4ARMB 1C6LA 146LA 1L33A 1L61A 1LYIA 3FADA 3HU9A 177LA 3SBBC 1C64A 205LA 1L95A 1OWZA 1QTVA 1L06A 258LA 3DN8A 1L68A 233LA 3GUNA 1L16A 152LA 3HH6A 2B74A 4ARPA 1L80A 1LGUA 3DNAA 139LA 1KY0A 196LA 3SBAA 114LA 115LA 212LA 130LA 255LA 3G3XA 1CUQA 227LA 3OE9A 137LA 1L0JA 102LA 1L27A 218LA 4W58A 113LA 2B6XA 1L20A 2OE9X 1CU6A 166LA 125LA 4I7TA 221LA 257LA 187LA 1L17A 210LA 3C7WA 1JQUA 1ZWNA 2OTYX 1QT6A 162LA 171LA 1P5CA 3EMLA 1L05A 1P3NA 7LZMA 1L36A 151LA 2QARC 4I7PA 180LA 1L73A 1KY1A 201LA 1QSBA 2Q9DA 3HTGA 1L94A 1JTMA 3DN4A 261LA 1SX7A 145LA 4DJHA 3HUQA 3C80A 250LA 1L49A 4I7MA 1L88A 1LYEA 3JR6A 3HT7A 2Z6BA 2B6WA 4I7OA 4I7RA 108LA 3C7YA 1G1VA 2O7AA 1P37A 1EPYA 1CUPA 1L66A 1SSWA 155LA 3HH4A 1QUGA 1L75A 181LA 1C6IA 1L01A 2OU9A 3HT9A 2RBRA 3NY8A 4EKRA 1PQOA 246LA 1T6HA 3DN2A 2CUUA 4I7JA 2OE4X 1L09A 243LA 1L87A 1D2WA 2B6YA 1L24A 1OV7A 1L98A 1P6YA 223LA 1C60A 4OO9A 1G0LA 3CDOA 110LA 1CV4A 4I7NA 3V2WA 138LA 1CV6A 1L52A 3CDQA 2RBNA 1L31A 5I14A 1D2YA 2OU8A 1C6CA 2O79A 3OE6A 1G0QA 1L12A 2B75A 1G0GA 2QB0B 1L22A 1LI6A 1L63A 1L51A 1LPYA 1SSYA 4ARQA 244LA 1C6BA 1CTWA 229LA 1L71A 1CVKA 262LA 1LYGA 1L02A 4EKSA 4GRVA 1QTDA 111LA 2RAZX 3SB5A 230LA 2F47A 1I6SA 1L58A 147LA 183LA 237LA 1ZYTA 3ODUA 234LA 1C66A 4YXAC 1L81A 256LA 4PJZA 3V2YA 174LA 3RUNA 3SB9A 1KW7A 2RBQA 251LA 182LA 3L64A 1P56A 1DYDA 3DMZA 128LA 1KNIA 1G0KA 1L83A 2B7XA 1C6GA 1L54A 198LA 3C8SA 3PBLA 131LA 248LA 3G3WA 157LA 170LA 1L70A 1L53A 1P2LA 4ARMA 6LZMA 3FA0A 1L91A 239LA 3DMVA 200LA 3HTBA 1G0PA 1LI3A 1PQIA 1CV0A 4EXMA 228LA 1L38A 123LA 144LA 1KS3A 4I7KA 164LA 1CX7A 1CU2A 2Q9EA 1L65A 1L43A 3HDFA 252LA 1DYBA 4I7SA 1C63A 1CU5A 2RAYX 1SWZA 1G0JA 167LA 3C82A 2LC9A 127LA 1L67A 1XJUA 2RB0X 1P7SA 241LA 1LW9A 1L72A 1LWGA 150LA 2OE7X 1DYEA 1PQKA 224LA 242LA 1T8AA 4LDLA 1QTCA 4DKLA 1PQDA 1L42A 2RBSA 156LA 2B72A 4ARLA 1L89A 148LE 103LA 107LA 185LA 168LA 1L14A 1C6EA 232LA 238LA 260LA 3DN1A 1L26A 225LA 1L08A 189LA 1DYCA 3C8RA 188LA 1L30A 1NHBA 1QT8A 1L15A 1L40A 1L41A 1QUHA 1QUDA 1DYAA 253LA 3DN3A 1L18A 1D3NA 4W57A 3NYAA 2B73A 3OE0A 1K28A 1L79A 235LA 4EKQA 3C81A 4W52A 1LI2A 211LA 1C6DA 1CV1A 206LA 2O4WA 1P64A 259LA 3SB6A 4I7QA 240LA 4YXCA 1QS9A 1G07A 1L21A 1QTBA 158LA 169LA 1L03A 190LA 184LA 1D3FA 1QUOA 2ANVA 2RBOA 1L64A 3DMXA 1C6TA 4PK0A 4W54A 1C62A 4W56A 1L34A 4W59A 1DYFA 1C6FA 4IAPA 149LA 3HT8A 213LA 1L19A 3DN6A 1LGXA 1L47A 1D3MA 3HTFA 109LA 1L92A 4I7LA 2NTGA 1JTNA 1L04A 2B70A 209LA 1LGWA 120LA 231LA 160LA 1OVKA 1OV5A 1L07A 220LA 1L96A 140LA 129LA 1LYDA 1LYHA 1L10A 2L78A 1LYFA 3HH3A 175LA 2LZMA 1OWYA 3LZMA 1L76A 214LA 3GUPA 1C68A 1G1WA 178LA 4EJ4A 245LA 1C61A 3F8VA 2NTHA 1C6QA 1G0MA 1WTHA 226LA 3DKEX 3CDVA 1G06A 1L13A 1C65A 1L46A 4EPIA 1XEPA 186LA 176LA 216LA 1L29A 2OU0X 4AQNA 3GUMA 1CV3A 3FI5A 1L55A 1SX2A 1L11A 222LA 2ANXA 1SWYA 4E97A 2LCBA 3QAKA 161LA 3HWLA 2F2QA 3HT6A 1ZURA 249LA 1C6PA 1L48A 3CDRA 3HUAA 1L59A 1L60A 1P36A 1QT5A 1C6MA 1C6KA 1L74A 3D4SA 1T8FA 4W55A 3HTDA 4LDEA 122LA 2RH1A 3K2RA 1L44A 112LA 3G3VA 4ARJA 4YX7C 104LA 3SB7A 2OTZX 3HUKA 1L93A 2HUMA 1C6AA 2IGCA 1L86A 3GULA 2F32A 1P2RA 1QTZA 3OE8A 172LA 3GUIA 4LZMA 3C83A 163LA 1L37A 1LYJA 1L62A 1L77A 1QT4A 1L25A 1QT7A 1QTHA 1PQJA 4ZPUA 5LZMA 1L23A 3DN0A 1QS5A 118LA 2HUKA 143LA 2RBPA 3NY9A 4EKPA 3PDSA 4W53A 3RZEA 3GUKA 1OYUA 3F9LA 1OVJA 1L45A 3VW7A 1C67A 1L56A 1L57A 1L28A 217LA 1C69A 3UONA 4S0WA 142LA 236LA 2B6ZA 159LA 4EPFA 197LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P46A 3N9EA 2HEBA 1C6JA 1LZRA 1F6SA 1B6IA 3A67Y 5K7OA 165LA 1C6NA 3HU8A 3GUJA 1LYYA 4L41A 1UUZC 1IWWA 1JTOL 4YF2A 1CU0A 1LMPA 1YAPA 1VEDA 1IOSA 1LJEA 2B6TA 1L90A 4ANRA 2BQHA 1DZBX 4NGKA 219LA 1DXJA 4DAJA 1HC0A 2HULA 1LWKA 1L32A 3WPJA 1L99A 4GBRB 2BQJA 1GBXA 2HEEA 1LZ5A 5KJ9A 3CDTA 1XJTA 4HJZA 1GFTA 4ARMB 4EMNA 1OWZA 1L06A 3DN8A 4LYOA 2DQCY 3GUNA 4WLDA 1L16A 3TXBA 4BS7A 4DDCA 1HENA 5C6JA 3DNAA 1KY0A 1GBOA 2MEGA 1QDRA 2BQOA 2BQLA 4J1BA 4KXIA 5KKIA 137LA 1L0JA 2BLYA 3G3BB 1E8LA 1OQMA 1C08C 1LHJA 1DQJC 1HMKA 3IJUA 1IY3A 5LVKA 2VB1A 187LA 1LZ4A 1L17A 3HBDA 1FDLY 1BB7A 1QT6A 1LHHA 4LFPA 1EQEA 3P4ZA 1VFBC 1LJNA 4I7PA 2HEDA 1L73A 1HERA 1L94A 1JTMA 261LA 1YROA 1L88A 4X3BA 2B6WA 1IWVA 1XGPC 3C7YA 1G1VA 2O7AA 2H5ZA 1CUPA 1FBIX 155LA 4QEQA 2OU9A 1C6IA 3HT9A 1PQOA 3A6CY 4MR1A 1GB3A 1GFGA 1L09A 3LYOA 1UA6Y 5J7CA 5F81A 1B7MA 1GF6A 223LA 1C60A 1GFEA 110LA 5KXYA 4I7NA 2MECA 2BPUA 1NMMA 1C6CA 1LJ3A 3KAMA 3N9AA 2YBJA 1L12A 2BQKA 1L22A 1GXXA 1OUJA 3M18B 1LPYA 1SSYA 3IWRA 2DQIY 5JENB 229LA 3TXKA 1L71A 4XENA 4Z98A 4TTDA 4DWXA 1L02A 4GRVA 1QTDA 111LA 3SB5A 4WO6A 2D4IA 5D5FA 147LA 3ODUA 234LA 4YXAC 174LA 1KW7A 2RBQA 4H91A 4NWEA 1D0KA 1P56A 4NHPA 1DI3A 2XBRA 1J1XY 4KL7A 5LVJA 198LA 1CKFA 3PBLA 4DC4A 5A3ZA 157LA 5M1YA 3DMVA 1GBWA 3HTBA 2YDGA 1GFUA 1PQIA 1CV0A 1L38A 2YBMA 144LA 1KS3A 1CX7A 1LMAA 3WULA 1L43A 3LHMA 1OUAA 3A6BY 1CU5A 2MEDA 5FHWA 3BKVA 1JKCA 4NWHA 127LA 1IORA 3A92A 2RB0X 1NBYC 241LA 2OE7X 1DYEA 1PQKA 242LA 1T8AA 4WG7A 4GLAA 4TWSA 2DQEY 2RBSA 1JKAA 4ETEA 4LT0A 107LA 1LSNA 238LA 4NGYA 1BGIA 1LOZA 3A8ZA 4H9BA 1ZV5L 1IVMA 1L40A 5LYTA 1JJ3A 1JEFA 1VDTA 5KXZA 3G3AB 1WQOA 1K28A 1L79A 4UWVA 2YBNA 4HTKA 1LI2A 1P2CC 1CV1A 1P64A 1H6MA 240LA 1IOQA 1QTBA 4WOAA 1GE4A 3WL2A 3B6LA 5B07A 1L03A 1D3FA 154LA 3W6AA 4UWNA 4B4JA 4Z3MA 4LYCA 1LZBA 1C62A 2G4NA 2DKVA 1IO5A 4W59A 4WG1A 1UIDA 213LA 4TSBA 1UIAA 3GXRA 3HTFA 5ILCA 3EO5A 1LMCA 2YSSC 5DLAA 3RT5X 1GAZA 1A2YC 1B7NA 4NGOA 4NHSA 1FKQA 1OVKA 1L07A 1YL0X 3P66A 1IP3A 1LYDA 1LYHA 5L3IA 3A34A 5KXWA 2LZMA 1OWYA 214LA 4WM6A 1GB7A 1C68A 2BQAA 1PZYA 1GFVA 4H9AA 4Z46A 4EPIA 1LPIA 4G4BA 1XEPA 2Z12A 1OUGA 1L29A 1LZDA 2DQHY 2XBSA 4AQNA 1IP1A 3J4GA 1CV3A 4E97A 1EQ4A 3AZ5A 3HBHA 1NDGC 3D9AC 1VATA 3CDRA 4ZIXA 4U3XB 3TXEA 1C6KA 4W55A 3HTDA 4ZFPA 122LA 3K2RA 1F10A 3G3VA 1KXXA 1IWZA 2BQBA 3HUKA 4W96A 4NIJA 2HUMA 3WXTA 4XADA 3WU9A 2F32A 5F16A 3GUIA 4LZMA 4NGJA 163LA 1LYJA 2WARA 1EL1A 5KXSA 2DQDY 4N0JA 4OW1A 1L25A 1XGUC 1HHLA 4ZPUA 4HTNA 1DKJA 4DYGA 1DI4A 4RW2A 2RBPA 4W53A 3GUKA 1GB2A 1OYUA 3F9LA 3TMVA 2EIZC 2YBHA 1L56A 2BLXA 3UONA 1LSDA 3ATNA 4W51A 195LA 1LZSA 4NGVA 173LA 254LA 4MSTA 3AW7A 1UC0A 3GUOA 2A4TA 1L50A 1L0KA 1LZ8A 3ZVQA 247LA 208LA 5E9RA 4A7DA 3E3DA 1JIYA 1D9WA 4HTQA 1T97A 1LZ1A 5DN5A 1B7LA 1L97A 191LA 2LZTA 119LA 2ZQ4A 3HDEA 1GBSA 4LYZA 1JTPL 2RB2X 4H9EA 1IEEA 1OVHA 1REYA 1L69A 3AGHA 4OWEA 1L61A 146LA 3FADA 177LA 2Z38A 205LA 1IR9A 4BADA 1LJIA 258LA 3J6KA 1LJJA 152LA 3HH6A 2B74A 4ARPA 139LA 196LA 114LA 115LA 212LA 1NBZC 4O34A 2LYZA 5IDDA 5HMVA 3OE9A 1PS5A 1LHLA 2I26L 4LGKA 113LA 2B6XA 1LZYA 2AUBA 3B72A 5KXXA 2F2NA 1REXA 4E3UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P46 A;  3N9E A;  2HEB A;  1C6J A;  1LZR A;  1F6S A;  1B6I A;  3A67 Y;  5K7O A;  165L A;  1C6N A;  3HU8 A;  3GUJ A;  1LYY A;  4L41 A;  1UUZ C;  1IWW A;  1JTO L;  4YF2 A;  1CU0 A;  1LMP A;  1YAP A;  1VED A;  1IOS A;  1LJE A;  2B6T A;  1L90 A;  4ANR A;  2BQH A;  1DZB X;  4NGK A;  219L A;  1DXJ A;  4DAJ A;  1HC0 A;  2HUL A;  1LWK A;  1L32 A;  3WPJ A;  1L99 A;  4GBR B;  2BQJ A;  1GBX A;  2HEE A;  1LZ5 A;  5KJ9 A;  3CDT A;  1XJT A;  4HJZ A;  1GFT A;  4ARM B;  4EMN A;  1OWZ A;  1L06 A;  3DN8 A;  4LYO A;  2DQC Y;  3GUN A;  4WLD A;  1L16 A;  3TXB A;  4BS7 A;  4DDC A;  1HEN A;  5C6J A;  3DNA A;  1KY0 A;  1GBO A;  2MEG A;  1QDR A;  2BQO A;  2BQL A;  4J1B A;  4KXI A;  5KKI A;  137L A;  1L0J A;  2BLY A;  3G3B B;  1E8L A;  1OQM A;  1C08 C;  1LHJ A;  1DQJ C;  1HMK A;  3IJU A;  1IY3 A;  5LVK A;  2VB1 A;  187L A;  1LZ4 A;  1L17 A;  3HBD A;  1FDL Y;  1BB7 A;  1QT6 A;  1LHH A;  4LFP A;  1EQE A;  3P4Z A;  1VFB C;  1LJN A;  4I7P A;  2HED A;  1L73 A;  1HER A;  1L94 A;  1JTM A;  261L A;  1YRO A;  1L88 A;  4X3B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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