4I7QA

T4 lysozyme l99a/m102h with 4-trifluoromethylimidazole bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7qA00
1L22A 1L16A 1B6IA 3CDTA 1L04A 4ARMA 1G1WA 1C6PA 3V2WA 1L13A 1L17A 158LA 1L19A 1PQDA 3HH4A 126LA 1L12A 3CDRA 1C66A 1L03A 1QT7A 3C80A 1DYGA 1D3JA 4I7RA 1C68A 155LA 4EXMA 1CU3A 2LC9A 123LA 1L52A 3D4SA 168LA 1SSWA 1L05A 195LA 3HH6A 1G0PA 3HT6A 3GUMA 1JQUA 1L50A 1L0KA 258LA 3SBAA 1D3NA 1CU0A 128LA 3NY9A 1TLAA 1G0QA 137LA 1CU5A 176LA 4I7NA 1D2WA 156LA 1C6AA 1L38A 221LA 240LA 4I7QA 139LA 4I7JA 1L00A 4ARQA 1LWKA 4ARMB 1G0MA 4EKSA 1G0JA 1C6HA 1T8FA 181LA 142LA 110LA 113LA 1L76A 146LA 1L77A 261LA 1L68A 3L2XA 186LA 1QSBA 1G0LA 1QT4A 1L28A 1WTHA 1L49A 2QB0B 3OE6A 119LA 3DMZA 1P5CA 188LA 1DYEA 2B6XA 3EMLA 4ZPUA 1L21A 5I14A 173LA 241LA 1D3FA 3HTBA 3F8VA 1L02A 1L37A 3DN0A 131LA 2B6WA 1KY1A 1C6JA 200LA 201LA 2B74A 4AQNA 2RBOA 4YX7C 1P2LA 1C6EA 3DN2A 1OV7A 1JTMA 1G0KA 1LYGA 3HT9A 3JR6A 4OO9A 1L45A 2B7XA 1G06A 171LA 1OVKA 1XEPA 3HU9A 2B6ZA 1DYBA 138LA 1JTNA 182LA 3C82A 130LA 1T8AA 4PK0A 159LA 1LYDA 4ARJA 2Q9DA 1L85A 2OE9X 1PQJA 257LA 1L62A 2ANVA 2L78A 189LA 1L56A 4GBRB 6LZMA 1L69A 1EPYA 1SWZA 183LA 144LA 3OE9A 3HH3A 3HUAA 1DYAA 2F47A 1KW7A 198LA 3HDFA 3GULA 1C6BA 1CV6A 169LA 217LA 180LA 4PJZA 4DAJA 224LA 151LA 4W54A 1L33A 3SB8A 1L92A 1L43A 129LA 4ARLA 2NTGA 1L0JA 1ZWNA 4E97A 122LA 1XJTA 236LA 1D2YA 1L01A 1L51A 2RH1A 4YXAC 1L96A 1G0GA 120LA 4ARPA 1CU6A 3C8SA 1L63A 2OE4X 3CDQA 253LA 238LA 4I7OA 1SX7A 184LA 147LA 1L54A 1L86A 3DN4A 3LZMA 2OU9A 102LA 1L60A 222LA 1CV5A 2RBNA 3HUQA 1L61A 214LA 225LA 1L91A 1L73A 1PQMA 2B73A 229LA 141LA 2O4WA 3C81A 3DNAA 3SB7A 1LYEA 3RUNA 1QTVA 3G3XA 196LA 149LA 1LGUA 1KW5A 250LA 1P64A 215LA 104LA 1CVKA 212LA 1L41A 1L20A 1P2RA 143LA 4DJHA 227LA 1C6GA 3HTDA 1L87A 2B70A 3HWLA 1L44A 3GUIA 1QUOA 239LA 1L97A 1CX6A 2QARC 3C7WA 255LA 2Z6BA 3K2RA 3DN1A 3C83A 4EKQA 1L65A 163LA 4EPIA 1G07A 3HH5A 1L08A 115LA 1L64A 4GRVA 220LA 4EKRA 3C7YA 1L57A 157LA 1L14A 3ODUA 1QSQA 1P6YA 166LA 1DYFA 1L32A 1OWZA 1C61A 1L89A 199LA 1CU2A 118LA 1L15A 112LA 2Q9EA 2A4TA 4EJ4A 259LA 3PBLA 1L83A 1QUGA 160LA 2B72A 1K28A 3FADA 1L30A 1QS9A 4W53A 4ARQB 1L27A 3HU8A 252LA 2OTZX 4W52A 1CTWA 1LWGA 1CV1A 1L66A 1C6MA 187LA 164LA 2O79A 1D3MA 1LLHA 4W55A 127LA 1C6DA 1QT5A 3SB9A 125LA 1L53A 1SSYA 3GUOA 1ZYTA 7LZMA 1P56A 3HTGA 211LA 219LA 3HUKA 249LA 1L82A 3F9LA 1C6QA 226LA 1CV4A 4K5YA 1PQIA 4EKPA 162LA 185LA 2B6TA 1L34A 3C8RA 3DMVA 248LA 197LA 1LW9A 1PQOA 191LA 1LYJA 1C62A 3DMXA 1QUHA 4EPFA 175LA 4LDEA 230LA 4W57A 103LA 1L59A 4I7PA 1LI3A 1C6FA 4LZMA 1L18A 4I7SA 1C6TA 1P37A 2RB1X 3PDSA 4I7LA 209LA 1T8GA 1P46A 1L99A 1L75A 1C65A 1QUDA 2RB0X 1D9WA 170LA 3FA0A 251LA 1KY0A 1CUPA 4W51A 108LA 3HDEA 1OYUA 3SB6A 1L10A 3HTFA 1LI6A 107LA 1LYIA 1QTZA 1L42A 1QTCA 234LA 177LA 5LZMA 232LA 3DN6A 1CV3A 2F2QA 3G3WA 1L35A 1SX2A 2LZMA 1L80A 3FI5A 3HT8A 161LA 1L55A 1SWYA 2HUKA 1DYCA 206LA 3VW7A 242LA 4LDOA 223LA 1L95A 4W59A 1L46A 1L36A 1T6HA 1QS5A 4W56A 1CX7A 1I6SA 1KNIA 1L25A 245LA 1C64A 1L70A 1ZURA 3C7ZA 1C6CA 218LA 1L79A 1LGWA 1LPYA 1OVJA 174LA 1L72A 1C6KA 231LA 1L26A 228LA 3C8QA 3G3VA 3GUJA 1C67A 2ANXA 2RBSA 260LA 3NYAA 3OE8A 4S0WA 1L84A 2LCBA 1QT8A 2RBPA 2O7AA 3SN6R 2F32A 4I7TA 1L67A 1L31A 1T97A 2RAYX 246LA 3GUPA 1NHBA 145LA 205LA 4IAPA 4W58A 1PQKA 3CDVA 1L88A 190LA 2B75A 2OU0X 1L81A 4LDLA 1L24A 1OWYA 1L90A 3UONA 2RBQA 1L07A 140LA 2RBRA 1C6LA 1QT3A 1QTHA 3HT7A 243LA 3QAKA 152LA 1LGXA 1C63A 2OE7X 2OTYX 4I7KA 237LA 1KS3A 235LA 3GUKA 2RB2X 1L47A 213LA 3SBBC 210LA 2NTHA 1CV0A 1L98A 216LA 3DKEX 256LA 165LA 1P3NA 3GUNA 3V2YA 192LA 167LA 1OVHA 2HUMA 178LA 2OEAX 1C6IA 1C69A 2B6YA 1P7SA 4DKLA 3RZEA 4I7MA 1L58A 2HULA 3SB5A 247LA 1P36A 1L48A 2OU8A 111LA 3L64A 1L39A 1QTDA 1DYDA 1LI2A 3DN8A 1CUQA 1L40A 172LA 254LA 244LA 3CDOA 2CUUA 3NY8A 3DN3A 2RAZX 109LA 1L29A 2IGCA 150LA 1QTBA 1L06A 1L74A 1LYHA 1XJUA 114LA 1C6NA 233LA 1L71A 1G1VA 4YXCA 148LE 1L93A 1L11A 1L09A 1C60A 1OV5A 3OE0A 1L94A 1L23A 1QT6A 262LA 1LYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LTMA 1LYYA 2EPEA 1L04A 1G1WA 1UICA 1LZ6A 1L13A 2BQKA 1C66A 1IWTA 3C80A 1DYGA 1D3JA 4I7RA 1LKRA 4UWVA 1CU3A 1WQMA 3D4SA 2ZWBA 3HH6A 1UIAA 5LXWA 4OWCA 1G0PA 1GE2A 1JQUA 1L50A 1VFBC 3CQLA 5KKIA 4OOOA 4L41A 3SBAA 6LYTA 4NFVA 1LZ4A 4LGKA 5DN4A 1V7TA 1CU5A 4MSTA 4ET9A 1GB5A 1DQJC 1OP9B 2A7FA 1TEWA 4PRQA 1IEEA 1L00A 5L9JA 4N8ZA 1HEMA 5B59A 1NHEA 1T8FA 1IC4Y 1IWWA 142LA 1LYZA 4XJDA 1L76A 1L68A 1QSBA 1G0LA 1WTHA 1DPWA 3TXFA 1IWXA 3DMZA 1DYEA 4ZPUA 1L21A 4IATA 173LA 4NHIA 2ZIKA 3AW6A 1HF4A 2GV0A 1YILA 1OUDA 1H6MA 1P2LA 1LYGA 3A95A 4TUNA 4OWHA 1GE4A 1IY3A 5IDDA 3HU9A 4DD0A 3GXKA 138LA 1GFJA 130LA 4OOTA 4RDSA 1QTKA 1PQJA 1F6RA 2ANVA 1IP5A 4FDYA 4NSGA 1EPYA 3CT1A 4NGOA 3A67Y 3OE9A 2RSCA 4H9HA 4ETBA 4OW1A 198LA 1XEJA 169LA 4NHQA 1D0KA 1YAMA 2XBSA 224LA 1L43A 4ARLA 2NTGA 1ZVHL 122LA 1XJTA 4E3UA 3EXDA 1B7RA 4IJ4A 2EIZC 4ETAA 135LA 2OE4X 4B4JA 1BWIA 2XBRA 5LA8A 238LA 1LJHA 1L54A 3W6AA 3DN4A 1LSCA 2OU9A 1I1ZA 4CFOA 1GF9A 1REZA 2DQEY 2W1LA 1P2CC 1LYEA 3G3XA 2LZ2A 3P65A 1CVKA 212LA 2HEAA 1OUEA 143LA 132LA 1L87A 153LA 4LZTA 3GUIA 4GN4A 4DD3A 2MEFA 3CT0A 1IR8A 3G3BB 2QARC 3A93A 4Z98A 3C7WA 1IY4A 1L65A 1HENA 5LVJA 3E3DA 4CFPA 1G07A 3A3QA 3HH5A 3ATNA 4GRVA 4EKRA 3WVXA 3HBEX 3C7YA 1IP7A 1IP1A 157LA 1L14A 1GDXA 1KXYA 4NGVA 1P6YA 1XEIA 2CDSA 1L32A 3N9EA 5D5CA 4EJ4A 1WVUA 2Z2FA 1LZTA 1HEWA 1O23A 2FBBA 5AMYA 4XJHA 1CTWA 2D6BA 1F6SA 5I54A 4WM2A 187LA 1LLHA 4W55A 1ZYTA 1BVKC 1P56A 3HTGA 2D4KA 211LA 1LAAA 3A3RX 1XFPL 4OWBA 1CV4A 4WM1A 4YM8A 3ZEKA 1JITA 3CB7A 197LA 4H9BA 3QY4A 1LYJA 3DMXA 1QUHA 3AZ5A 4P2EA 4HPEA 4TTDA 4RW1A 4EPFA 4W57A 1L59A 4I7PA 4LYZA 2F4AA 4I7SA 1IOTA 3PDSA 209LA 5J7CA 4NWEA 1D9WA 3W6BA 1YROA 5LYTA 5KKJA 1B0DA 3F6ZA 4AGAA 1IP4A 3M18B 4M6DA 3HTFA 1RCMA 1IWVA 5F14A 3P66A 1L42A 4LYCA 2I6ZA 1QTCA 1CKCA 234LA 232LA 3G3WA 1SX2A 4WM3A 2EKSC 1LZGA 1L55A 1IVMA 1L95A 8LYZA 1LZSA 1L46A 1MELL 4W56A 1JHLA 1IR9A 1KNIA 1L25A 1C64A 5B1FA 1LGWA 1LPYA 1OVJA 2F30A 1L26A 1C67A 1WTNA 5JENB 1D9UA 3OE8A 1C7PA 4AXTA 2LCBA 2RBPA 1LJ3A 1L67A 246LA 1IC5Y 2F4GA 4W58A 1AZFA 205LA 2I25L 3ULRA 3CDVA 2OU0X 1QDRA 1OWYA 1JJ3A 5II3A 243LA 3QAKA 1LGXA 2BQBA 2DQJY 1C63A 2OE7X 4DC4A 3B0KA 1YKYX 1LZDA 3GUKA 2RB2X 1L47A 1UIFA 213LA 3ZVQB 1CV0A 1Z55A 4YOPA 4X3BA 5APCA 1LMTA 1OUAA 5KXLA 3CSRA 1B7NA 1OVHA 1LZ9A 1C6IA 1C69A 2B6YA 1P7SA 4I0CA 1BWHA 2HULA 247LA 4TSCA 1SLYA 3A34A 1DYDA 5HNLA 3DN8A 1LJNA 5LVKA 1L40A 1D0LA 1JTTL 6LYZA 3A92A 4ETEA 1L29A 2W1YA 2WARA 150LA 1L74A 4HV1A 114LA 1A2YC 1L71A 2ZNWY 3B72A 3J6KA 2IFFY 1L11A 1C60A 1HSXA 4MR1A 3OE0A 1QDTA 1B9OA 1LYFA 1DI3A 4EMNA 1HHLA 4LYBA 1G7IC 1GBYA 5L3IA 3LZTA 1L17A 3BKVA 1PQDA 3HH4A 4HP0A 3CDRA 1L12A 3LYMA 3B0IA 1UIHA 3N9AA 4NG1A 4LT0A 2HEDA 2LC9A 1ZVYB 2HECA 1SSWA 4YEOA 1GEZA 4C5FA 1WTMA 3AB6A 4QDNA 1JISA 3AYQA 5KXRA 1G0QA 1IWZA 1D2WA 1L38A 1GBXA 4I7JA 3WW6A 4ARMB 2G4QA 1CJ7A 3P68A 4EKSA 1G0JA 1C6HA 110LA 2Z37A 146LA 261LA 2BQMA 1LZNA 1LJJA 4NGJA 1QSAA 4TSBA 3W6EA 3RT5X 1D3FA 3F8VA 5L3HA 1E8LA 1GF0A 3WH1A 1LMAA 4G49A 2B74A 5APFA 2RBOA 3DN2A 1LZCA 2Z38A 1HMKA 1B5UA 4B1AA 1L45A 1HEPA 5FDJA 1QQYA 1OUJA 1EQEA 3HBDA 3G3AB 3AJNA 4FJRA 1A4VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LTM A;  1LYY A;  2EPE A;  1L04 A;  1G1W A;  1UIC A;  1LZ6 A;  1L13 A;  2BQK A;  1C66 A;  1IWT A;  3C80 A;  1DYG A;  1D3J A;  4I7R A;  1LKR A;  4UWV A;  1CU3 A;  1WQM A;  3D4S A;  2ZWB A;  3HH6 A;  1UIA A;  5LXW A;  4OWC A;  1G0P A;  1GE2 A;  1JQU A;  1L50 A;  1VFB C;  3CQL A;  5KKI A;  4OOO A;  4L41 A;  3SBA A;  6LYT A;  4NFV A;  1LZ4 A;  4LGK A;  5DN4 A;  1V7T A;  1CU5 A;  4MST A;  4ET9 A;  1GB5 A;  1DQJ C;  1OP9 B;  2A7F A;  1TEW A;  4PRQ A;  1IEE A;  1L00 A;  5L9J A;  4N8Z A;  1HEM A;  5B59 A;  1NHE A;  1T8F A;  1IC4 Y;  1IWW A;  142L A;  1LYZ A;  4XJD A;  1L76 A;  1L68 A;  1QSB A;  1G0L A;  1WTH A;  1DPW A;  3TXF A;  1IWX A;  3DMZ A;  1DYE A;  4ZPU A;  1L21 A;  4IAT A;  173L A;  4NHI A;  2ZIK A;  3AW6 A;  1HF4 A;  2GV0 A;  1YIL A;  1OUD A;  1H6M A;  1P2L A;  1LYG A;  3A95 A;  4TUN A;  4OWH A;  1GE4 A;  1IY3 A;  5IDD A;  3HU9 A;  4DD0 A;  3GXK A;  138L A;  1GFJ A;  130L A;  4OOT A;  4RDS A;  1QTK A;  1PQJ A;  1F6R A;  2ANV A;  1IP5 A;  4FDY A;  4NSG A;  1EPY A;  3CT1 A;  4NGO A;  3A67 Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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