4I7RA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-(pyrazolo-1-yl) ethanol bound
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 66
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7rA00
249LA 4EKQA 1QUDA 1QT3A 170LA 1P3NA 168LA 1PQIA 3JR6A 1CUPA 1L24A 2OE4X 1L31A 2RH1A 3PBLA 165LA 129LA 1L71A 1QUOA 3HU9A 1CU0A 1P64A 3CDRA 1KY1A 3DMVA 3HDEA 1T8FA 4W53A 4W51A 1C60A 1C6CA 4ARMA 1L35A 125LA 1L86A 239LA 1CV5A 7LZMA 1LYEA 1C68A 238LA 2ANXA 3HT6A 183LA 1L60A 169LA 1C6MA 146LA 1L42A 1LYFA 3ODUA 4GRVA 1P36A 138LA 3K2RA 1L14A 2HUKA 4ARMB 1L30A 2RBQA 2OU0X 240LA 140LA 1L65A 1G0QA 1L04A 1CV0A 3NY8A 3OE0A 2F2QA 4W52A 2OE7X 1L15A 2Z6BA 250LA 1L00A 1OVJA 110LA 1CX7A 2B6WA 3HT8A 3G3XA 1L34A 1L67A 1C62A 1L57A 1L68A 1D3NA 1L12A 1P46A 233LA 4AQNA 1EPYA 119LA 1L80A 1C69A 3DN2A 1L01A 174LA 1L94A 211LA 1L51A 3F8VA 3PDSA 1CV6A 3GUKA 127LA 145LA 1D3MA 1DYDA 175LA 4LDLA 191LA 3SB7A 4GBRB 1L79A 148LE 4OO9A 1L95A 3C8RA 1P37A 188LA 1L58A 1L21A 3OE9A 256LA 2A4TA 3DN0A 1P6YA 172LA 3C81A 155LA 2L78A 227LA 251LA 1L54A 171LA 1L0KA 3D4SA 190LA 1TLAA 195LA 2OE9X 185LA 1D2YA 3C7ZA 108LA 1L27A 192LA 219LA 1G1WA 118LA 247LA 1QS5A 4LZMA 205LA 1L38A 3GUOA 3HT9A 3C80A 2ANVA 235LA 3DMZA 1L73A 1C6PA 1QUHA 1QT8A 2RB1X 3DN6A 1C6FA 1ZURA 1L16A 187LA 1QSBA 1ZYTA 1L20A 1QTZA 3SBBC 1SX2A 1L17A 1LYJA 1L45A 2QARC 126LA 3CDVA 1G06A 1L26A 161LA 257LA 1L36A 218LA 2RB2X 4DAJA 1L41A 3GULA 1D2WA 3DN1A 241LA 1LI3A 3FADA 1L64A 1L25A 242LA 1L03A 1SX7A 1L97A 1QT7A 1L52A 4W56A 1DYBA 166LA 4W54A 1G1VA 1L18A 1SSYA 3GUNA 3HH4A 1C65A 107LA 1QUGA 2B75A 1CV4A 2RBPA 3DKEX 182LA 1L99A 3L2XA 3DN4A 5LZMA 1P7SA 1G0KA 1CUQA 1L10A 215LA 4YX7C 4YXAC 3DN3A 147LA 4I7MA 3GUIA 1PQDA 120LA 1KY0A 1PQJA 2IGCA 1D3JA 4YXCA 104LA 1DYCA 4EPFA 4I7RA 1QTBA 1C6QA 246LA 2NTHA 176LA 1L77A 223LA 3HTBA 4DJHA 1P2RA 141LA 1LYGA 2Q9EA 1C6BA 1G0GA 5I14A 1D9WA 232LA 4I7SA 4I7QA 1QSQA 1T6HA 3SBAA 1K28A 4W55A 2RB0X 186LA 180LA 213LA 4S0WA 210LA 3SB6A 4K5YA 243LA 3SB5A 1L53A 1C6EA 1JQUA 1C6NA 3HH6A 2OU9A 1OWYA 1L89A 1DYEA 216LA 2LZMA 2O79A 152LA 3LZMA 143LA 1L92A 109LA 1D3FA 1L70A 236LA 1C6GA 1QTVA 1L75A 1L76A 225LA 173LA 254LA 3CDQA 2LCBA 2O4WA 131LA 156LA 4I7LA 234LA 1XEPA 1C6JA 1L88A 1L39A 1LYIA 1L84A 3GUMA 1L49A 200LA 1L44A 1C6TA 1LI6A 3HUAA 199LA 2B6ZA 1LYHA 159LA 1L72A 1DYFA 1G07A 1L06A 1C63A 1SSWA 222LA 178LA 1L56A 220LA 1L74A 255LA 1L28A 2B70A 3SN6R 1CV3A 2QB0B 1QTDA 214LA 1SWZA 2RAZX 4EKSA 3NY9A 3F9LA 259LA 163LA 3V2YA 4I7TA 1PQKA 3QAKA 1JTMA 1CU3A 160LA 212LA 2OU8A 1C66A 3V2WA 2Q9DA 1LW9A 3DMXA 1CU2A 248LA 3HDFA 4EXMA 1DYGA 1KW7A 1L61A 4ARPA 1T97A 4I7NA 262LA 1LWKA 198LA 3HUQA 1C6IA 258LA 1OVKA 1L46A 1L98A 144LA 2CUUA 3HUKA 1C6DA 4I7OA 2F32A 244LA 1L48A 197LA 4I7PA 158LA 4IAPA 1L90A 1T8GA 1OVHA 1OV7A 1L40A 1OYUA 1L43A 4DKLA 2B74A 111LA 3CDOA 3DN8A 1L83A 1P5CA 1L50A 1L07A 1L02A 1C6HA 2B6YA 2B6TA 2LC9A 3C82A 1WTHA 1LGWA 4EJ4A 3FI5A 1ZWNA 1L32A 1T8AA 3CDTA 1LYDA 1CV1A 3HTDA 4EPIA 1L0JA 3HTGA 209LA 4ARQA 252LA 1CX6A 3OE8A 3C83A 4ARLA 4ARJA 112LA 1LPYA 1B6IA 1L59A 4LDOA 1NHBA 3C8QA 1QT6A 4LDEA 2RAYX 201LA 231LA 3VW7A 261LA 4ARQB 189LA 196LA 3SB9A 1LWGA 1L81A 3EMLA 3L64A 1L05A 2B73A 1LGUA 2RBSA 1KNIA 1CU5A 1OWZA 237LA 2B7XA 3SB8A 4I7JA 164LA 1L69A 4PK0A 1L96A 1G0JA 2O7AA 1XJTA 3G3VA 224LA 245LA 2RBNA 3HWLA 228LA 1L37A 3OE6A 181LA 1L91A 1C6AA 1OV5A 2OTZX 1C67A 1L09A 3UONA 1L55A 1L62A 1QTHA 115LA 167LA 2RBRA 1L13A 3FA0A 1L82A 1L29A 1DYAA 1L08A 1QS9A 1QT5A 1G0MA 1L93A 4E97A 260LA 1L19A 1SWYA 2HULA 150LA 2OEAX 2OTYX 123LA 1G0LA 139LA 1P2LA 1QT4A 3RUNA 122LA 2F47A 177LA 149LA 1L87A 6LZMA 1PQOA 130LA 4EKPA 1CVKA 221LA 3C7YA 229LA 2NTGA 3GUPA 113LA 1KW5A 3G3WA 162LA 114LA 1LGXA 4W59A 1JTNA 1L23A 1C6KA 253LA 4EKRA 4I7KA 3HH5A 3C7WA 1L22A 4W57A 4PJZA 184LA 3C8SA 3NYAA 2B72A 1C6LA 1LI2A 1C64A 102LA 128LA 1P56A 217LA 3HU8A 2B6XA 151LA 137LA 1L11A 1L63A 4W58A 103LA 3RZEA 1CU6A 3HTFA 226LA 3DNAA 2HUMA 1L47A 157LA 1LLHA 1I6SA 1L85A 206LA 1C61A 1XJUA 3HT7A 1KS3A 3HH3A 1PQMA 2RBOA 142LA 1L33A 4ZPUA 1L66A 1QTCA 230LA 1G0PA 1CTWA 3GUJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XBSA 170LA 168LA 1QIOA 1IWZA 3AGGG 1PQIA 4WM4A 7LYZA 4OW1A 1IC7Y 2W1MA 3CT1A 129LA 4HJYA 1UICA 4NHSA 1RFPA 2HTXA 4W53A 4W51A 2RSCA 4WOAA 7LZMA 1IWTA 1C68A 3TMVA 1SLYA 1GE1A 1G7LC 4XADA 2HECA 1L42A 3T36A 138LA 1UIAA 2YBJA 1GF0A 2HUKA 4ARMB 3TXHA 1G0QA 4OWEA 1B5WA 2F2QA 4W52A 3WMKA 3B72A 1DQJC 4ETAA 1CX7A 2LYMA 3G3XA 2HEEA 4C5FA 1DKKA 1V7SA 5I4XA 1HSXA 1GFUA 1DPWA 1L68A 2DQJY 4AQNA 4NGJA 3IJUA 1L51A 3F8VA 3PDSA 3GUKA 2DQDY 5DL9A 1IO5A 1LZEA 1DZBX 1I20A 1UIHA 3CSRA 2BQNA 1F6RA 1KXWA 3LZ2A 4GBRB 6LYZA 4OO9A 1FBIX 2MEIA 1BWHA 2ZQ4A 1L21A 4OWHA 2MEEA 155LA 2XJWA 190LA 2XBRA 1RE2A 5LVGA 3WVYA 5KXLA 1LJIA 5APFA 1FLYA 1DKJA 1HEQA 3GUOA 2ANVA 2CDSA 2BQLA 2RB1X 1WQNA 3DN6A 1ZURA 2YBNA 187LA 1QSBA 4NHTA 3SBBC 5LXWA 1L17A 2QARC 4QY9A 4H90A 218LA 4DAJA 1L41A 4G9SA 3K3TA 1LYSA 3DN1A 1ZVHL 1LI3A 1WQOA 4YF2A 1IEEA 1HEMA 1LZGA 4XJHA 4LYMA 1L52A 5I54A 4WL6A 4W54A 4WMGA 107LA 1GE2A 1LZNA 2Z19A 3A6CY 3L2XA 3DN4A 1L10A 4GCDA 3IWRA 5KXRA 3DN3A 3GUIA 1GXV2 5DM9A 1KY0A 1PQJA 1HERA 2IGCA 1W08A 4PPOA 1QTBA 5FEKA 3WULA 246LA 5EBHA 1HF4A 1LKSA 2DQAA 4I7SA 1F10A 3SBAA 1K28A 1C46A 1LAAA 1CKDA 4PRQA 1IR8A 4PHIA 213LA 4S0WA 1YANA 243LA 1QSAA 1XEKA 3CSZA 1QUTA 4II8A 1L89A 4KL7A 216LA 4Z46A 1CKHA 1GB3A 1L92A 1YAMA 173LA 2O4WA 4TUNA 131LA 1LZ6A 1OUAA 1GE3A 4NGKA 2DQEY 1LKRA 5FSTA 5LYTA 1CJ9A 3W6BA 3HUAA 2BAAA 1EQ5A 1GFGA 4DQ5A 1DYFA 2HUBA 222LA 1L06A 1C63A 1IC5Y 2H9KA 1L74A 1QQYA 3A96A 1L28A 1VFBC 1CV3A 1G7IC 2RAZX 163LA 4NGYA 1DI3A 3CB7A 1JTMA 160LA 1C66A 3V2WA 5L3IA 2DQGY 1GFTA 3DMXA 1CU2A 1GB2A 4H9HA 2BQKA 5KY1A 1IOQA 3HUQA 1GBXA 1UA6Y 1L46A 1LSGA 1LHLA 1UCOA 1GF6A 4XJFA 4I8SA 2FYCA 1OYUA 1L43A 3LZTA 2F4GA 111LA 5L3HA 1A2YC 1LYZA 3LYMA 4DD9A 1CJ8A 3CT5A 1WQPA 2H9JA 3FI5A 1IY4A 1KIQC 1L0JA 2LYZA 1CX6A 5D5FA 1B6IA 1GFVA 5KXKA 5M1YA 3C8QA 4HTQA 1GWDA 1VATA 1D0LA 3VW7A 4PJ2C 1GFJA 3EMLA 3L64A 1CU5A 1CKFA 1HNLA 1JUGA 4RW2A 4PK0A 1L96A 2HEAA 1NWGA 1GE4A 2GV0A 4DWXA 181LA 134LA 2Z37A 1QTHA 167LA 1GDXA 1L13A 3RNXA 1DYAA 1IP4A 1G0MA 3HFMY 4DD2A 1BB6A 4IJ4A 1CKCA 4G49A 1G7HC 123LA 4HTKA 4HJZA 1P2LA 1SQ2L 3RUNA 2F47A 2W1LA 1LSAA 1GBSA 1CVKA 2ZQ3A 3GUPA 3G3WA 114LA 1C6KA 253LA 4G4BA 4I7KA 1B7SA 3HH5A 4PJZA 3C8SA 1J1PY 1JIYA 1D6QA 1LI2A 1C64A 1QDTA 4NSHA 3HU8A 3BKVA 4H94A 4CFPA 1L11A 3RZEA 3P66A 3HTFA 3WPKA 3DNAA 2W1XA 2F30A 3LHMA 157LA 1IWUA 3ATNA 1FLUA 1L85A 1XJUA 4ETBA 1IR7A 3HH3A 4FJRA 1UC0A 2Q0MX 3B0OA 1B7OA 1JJ1A 1CUPA 1L24A 2OE4X 3A3QA 4NSIA 3WVXA 5DLAA 5HMVA 165LA 1L71A 1LYOA 4LZTA 1KY1A 2A7FA 3DMVA 4CHXA 5B59A 1T8FA 1C6CA 4XJDA 4XYYA 1CV5A 1TCYA 1LYEA 238LA 1B5UA 3EBAB 5KXNA 1KIRC 1E8LA 1C6MA 1IP3A 1FLQA 4H9BA 1BB4A 3ODUA 4GRVA 4EMNA 1L30A 4HV2A 2RBQA 4AGAA 5DN5A 1JPOA 2ZYPA 193LA 5KXXA 1UACY 1A4VA 1CJ6A 4EOFA 1WQRA 2OE7X 1C08C 250LA 4N1EI 4GLVA 3A92A 1BWIA 3HT8A 1L34A 2CJLA 1LMTA 4DYGA 1L12A 2DQIY 3A67Y 8LYZA 5KXSA 1REYA 4XENA 1BVKC 1CV6A 1B7NA 1GPQC 127LA 5KXZA 145LA 3WPLA 4P2EA 4BAPA 175LA 2YBHA 5KJ9A 3M3UA 5APCA 191LA 4IASA 1L79A 4M4OA 148LE 2BQBA 2FBDA 1HFYA 1P37A 188LA 1IY3A 3DN0A 1P6YA 1REMA 5LA8A 1L54A 1L0KA 1TLAA 2BQFA 185LA 2MEDA 1LZTA 1LJFA 1L27A 192LA 247LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XBS A;  170L A;  168L A;  1QIO A;  1IWZ A;  3AGG G;  1PQI A;  4WM4 A;  7LYZ A;  4OW1 A;  1IC7 Y;  2W1M A;  3CT1 A;  129L A;  4HJY A;  1UIC A;  4NHS A;  1RFP A;  2HTX A;  4W53 A;  4W51 A;  2RSC A;  4WOA A;  7LZM A;  1IWT A;  1C68 A;  3TMV A;  1SLY A;  1GE1 A;  1G7L C;  4XAD A;  2HEC A;  1L42 A;  3T36 A;  138L A;  1UIA A;  2YBJ A;  1GF0 A;  2HUK A;  4ARM B;  3TXH A;  1G0Q A;  4OWE A;  1B5W A;  2F2Q A;  4W52 A;  3WMK A;  3B72 A;  1DQJ C;  4ETA A;  1CX7 A;  2LYM A;  3G3X A;  2HEE A;  4C5F A;  1DKK A;  1V7S A;  5I4X A;  1HSX A;  1GFU A;  1DPW A;  1L68 A;  2DQJ Y;  4AQN A;  4NGJ A;  3IJU A;  1L51 A;  3F8V A;  3PDS A;  3GUK A;  2DQD Y;  5DL9 A;  1IO5 A;  1LZE A;  1DZB X;  1I20 A;  1UIH A;  3CSR A;  2BQN A;  1F6R A;  1KXW A;  3LZ2 A;  4GBR B;  6LYZ A;  4OO9 A;  1FBI X;  2MEI A;  1BWH A;  2ZQ4 A;  1L21 A;  4OWH A;  2MEE A;  155L A;  2XJW A;  190L A;  2XBR A;  1RE2 A;  5LVG A;  3WVY A;  5KXL A;  1LJI A;  5APF A;  1FLY A;  1DKJ A;  1HEQ A;  3GUO A;  2ANV A;  2CDS A;  2BQL A;  2RB1 X;  1WQN A;  3DN6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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