4I7SA

T4 lysozyme l99a/m102h with 3-trifluoromethyl-5-methyl pyrazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7sA00
3C8QA 3HTFA 4ARQA 1C6HA 1L93A 1C61A 1L96A 2QARC 1L54A 1QUDA 2B73A 217LA 1C6KA 3L64A 3NYAA 2L78A 1L97A 1CV6A 1L52A 1QS5A 3GUOA 182LA 1L46A 3DN6A 2RB0X 1L77A 164LA 1L60A 1L83A 3HUKA 1L99A 1PQDA 1QUOA 1OYUA 1LYIA 1C65A 1P2RA 3JR6A 152LA 1I6SA 104LA 1L16A 107LA 1LI2A 1L71A 1QT6A 1C6DA 214LA 3GUPA 6LZMA 1KS3A 3HTBA 148LE 1L21A 146LA 3L2XA 1L67A 1L80A 235LA 1LPYA 1L45A 3C80A 1L42A 1NHBA 3HH5A 3DN8A 2B74A 1LGWA 139LA 1C62A 4ARJA 3HDEA 108LA 1L41A 1C63A 1L20A 3GUIA 1LYJA 113LA 4AQNA 3GULA 142LA 1D3JA 2Q9EA 4W53A 2Z6BA 250LA 2RBRA 3G3XA 241LA 1L15A 192LA 259LA 172LA 1QTVA 3HU8A 1CX7A 3NY8A 3OE9A 1EPYA 3HUQA 1L13A 165LA 3C7YA 1OV5A 2RBPA 239LA 1L19A 1OV7A 3CDQA 126LA 1L17A 1G0PA 3V2WA 201LA 3F8VA 3OE8A 249LA 4W54A 2OU8A 230LA 216LA 4LDLA 143LA 1G1WA 147LA 1JTMA 1L0KA 150LA 3HTDA 166LA 1L11A 1L66A 200LA 1L69A 112LA 3CDOA 1QSBA 1LGUA 4ARLA 4I7SA 1C6LA 3V2YA 1L81A 1QTBA 186LA 1SSWA 1L40A 1LI3A 1L32A 3NY9A 1L98A 258LA 3SB5A 167LA 1L37A 1L10A 1CTWA 3SBBC 3C82A 1ZWNA 1L84A 128LA 3DMXA 2LC9A 1G0GA 4PK0A 160LA 2NTHA 1SWYA 1L73A 1P6YA 1L91A 3PBLA 211LA 1C68A 260LA 1QT7A 1L29A 175LA 1L49A 1LYFA 1L27A 3DMZA 2OE9X 2RAZX 1SWZA 1L23A 111LA 2QB0B 169LA 120LA 102LA 114LA 2Q9DA 4ARQB 3OE6A 145LA 1L36A 1G0MA 178LA 1PQOA 1QTHA 3HTGA 155LA 1L48A 7LZMA 1OWYA 110LA 3C7ZA 240LA 3QAKA 4EKRA 1KW5A 3DN3A 1XJUA 1CU2A 242LA 3GUJA 1G07A 2HUMA 1T6HA 1L51A 4I7JA 3HT6A 1DYCA 2F2QA 1QT8A 1L39A 233LA 238LA 2O4WA 1L44A 3FA0A 174LA 1L14A 2A4TA 1TLAA 3C83A 1KW7A 3HT7A 4E97A 1L92A 3GUKA 3C81A 130LA 1C6MA 245LA 1L88A 4DAJA 1QSQA 1L79A 3DKEX 197LA 1DYEA 181LA 1CX6A 1D2YA 1L75A 1P37A 127LA 2RB2X 210LA 163LA 1L28A 199LA 187LA 4S0WA 1L85A 243LA 1OWZA 4EPIA 5I14A 3D4SA 2LCBA 2B7XA 1L58A 3FADA 252LA 4I7OA 144LA 3LZMA 1SX2A 236LA 4W55A 151LA 1LWKA 244LA 1C6NA 1SSYA 2OU9A 1C6IA 1L08A 1CUQA 1L25A 2LZMA 4W57A 3EMLA 1L59A 1LWGA 221LA 1XEPA 161LA 1OVJA 2ANVA 1D3NA 1JQUA 1D9WA 4ARMA 1L82A 4ARMB 2NTGA 140LA 4I7NA 2F32A 1L38A 122LA 237LA 1L12A 3DN1A 219LA 1CV4A 1L35A 225LA 1C6JA 2OEAX 170LA 3HU9A 188LA 1L63A 234LA 4EKPA 223LA 141LA 1L18A 227LA 4EKSA 1PQKA 3GUNA 198LA 158LA 125LA 1L22A 220LA 1L03A 1D3MA 2F47A 4W56A 247LA 1T8FA 1G0QA 171LA 1P64A 1CV3A 1DYAA 1LYEA 4I7PA 3F9LA 4LDEA 4YX7C 129LA 3RUNA 3SB6A 3HDFA 222LA 1CUPA 1L55A 1K28A 1LI6A 1L50A 2HUKA 3RZEA 1L0JA 3C7WA 2RBNA 3HH6A 1L65A 3HH3A 2O7AA 215LA 2B6WA 3FI5A 1LYDA 4IAPA 1C6BA 162LA 1ZURA 1OVKA 1DYGA 1C6CA 1L56A 1C64A 1L01A 1D3FA 1C6GA 1G0KA 218LA 1CU5A 1CU0A 1L33A 1G1VA 1L47A 1QT3A 226LA 1L74A 196LA 1L34A 180LA 4DKLA 1CV1A 2B72A 1L57A 261LA 1P5CA 4I7TA 1G0LA 1PQJA 3CDRA 1C6PA 1L64A 1L95A 1QT4A 3UONA 3HT9A 3SB9A 3SB7A 3GUMA 2ANXA 1L05A 3CDVA 137LA 1L87A 3SBAA 3DN0A 2CUUA 1G06A 1L61A 5LZMA 131LA 1C67A 4I7RA 4EKQA 115LA 262LA 229LA 1C6FA 1L53A 2HULA 3PDSA 1C6TA 2B75A 1P36A 1C6AA 1D2WA 1DYDA 1KY1A 1SX7A 2O79A 254LA 2IGCA 156LA 2RBQA 1KNIA 232LA 3SN6R 1L00A 109LA 3HT8A 1LYHA 4K5YA 4OO9A 1JTNA 4I7LA 1CV5A 1T8AA 4YXAC 1L24A 119LA 1DYBA 256LA 1QUGA 4W59A 4EXMA 103LA 1L30A 1C69A 168LA 1QS9A 190LA 4W51A 255LA 224LA 185LA 1L09A 2B6ZA 3HUAA 1QTDA 159LA 1L76A 2OTYX 1WTHA 1QUHA 1L94A 1P2LA 257LA 3G3WA 1CVKA 2B70A 4EPFA 138LA 1C6EA 1L07A 2OTZX 3OE0A 1L31A 123LA 4GRVA 1L43A 1C66A 2B6XA 1L62A 1P46A 4ZPUA 212LA 183LA 1T8GA 1C60A 4W52A 1LLHA 157LA 2RBOA 4ARPA 1ZYTA 231LA 3HWLA 4LZMA 1QT5A 118LA 1B6IA 1L72A 3K2RA 4I7KA 1L26A 3SB8A 1L04A 184LA 1PQIA 3C8RA 3HH4A 1XJTA 1G0JA 191LA 253LA 2B6YA 4W58A 3DN4A 176LA 2OE4X 195LA 1QTZA 209LA 2OU0X 1CV0A 149LA 1P3NA 1L70A 1L68A 4GBRB 206LA 1C6QA 1LYGA 4I7MA 248LA 3DN2A 3CDTA 3C8SA 3DNAA 2RH1A 3DMVA 2RAYX 1LW9A 4DJHA 1DYFA 3G3VA 246LA 177LA 2OE7X 1LGXA 173LA 1L90A 205LA 1P7SA 4PJZA 2RB1X 3VW7A 2B6TA 251LA 3ODUA 4YXCA 4I7QA 1L06A 213LA 1CU6A 1PQMA 1KY0A 1T97A 1L02A 228LA 1P56A 1L86A 2RBSA 1L89A 189LA 1QTCA 4EJ4A 1CU3A 1OVHA 4LDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HERA 2CGIA 1UACY 1L93A 1LSGA 1QUDA 1FKQA 4G49A 1GHLA 217LA 4WM2A 5APFA 2G4NA 1XSFA 1JJ1A 2BQKA 1L77A 3HUKA 194LA 1XEJA 1L99A 5DN5A 1OYUA 2BLYA 2H5ZA 1LYIA 2HEAA 2D6BA 107LA 1LI2A 1L71A 1UIGA 1LHLA 6LZMA 1GBWA 1AT5A 1H87A 1LYZA 148LE 5LYTA 3L2XA 4MR1A 1L45A 1JTTL 1NHBA 3DN8A 2B74A 3A8ZA 1GFTA 1LHIA 139LA 1ZV5L 4GLVA 3A96A 5FDJA 4G4BA 1HSWA 4D9ZA 1LZRA 1L41A 1B7OA 1C63A 4H93A 5I5QA 132LA 3GUIA 4OWEA 5F16A 1KIRC 1D3JA 3A6CY 192LA 1HSXA 1QTVA 1CX7A 3NY8A 1NDMC 165LA 1TCYA 3A6BY 3WUNA 1DPXA 2IHLA 1OV5A 2RBPA 239LA 4YOPA 1NBZC 126LA 201LA 4NGYA 249LA 4W54A 2OU8A 1D6QA 5EBHA 1G1WA 150LA 3WXUA 2BPUA 3HTDA 4Z98A 1L11A 1L66A 1IR9A 112LA 5B1GA 1HNLA 1QSBA 4EMNA 1SLYA 1GE1A 2BQGA 1C6LA 1B5XA 1QTBA 2DQIY 186LA 1SSWA 4NY5A 1UIHA 5HMVA 1G7MC 1RI8B 4OWCA 1L10A 3SBBC 1ZWNA 128LA 2IFFY 2LC9A 3WW5A 1G0GA 4PK0A 2NTHA 4DDAA 3W6CA 3PBLA 1L29A 4PGJB 1LKRA 4ET8A 2RAZX 1SWZA 1L23A 111LA 3J4GA 3CSQA 4CFPA 5HNLA 1GBOA 1REXA 4ARQB 1HMKA 2FYDA 8LYZA 7LZMA 4NSIA 4OWHA 5KXKA 1LZ4A 5IDDA 5F81A 1XJUA 238LA 1L44A 1NWGA 2A4TA 1TLAA 4NSGA 4E97A 1DXJA 130LA 1IWTA 1L88A 1CKFA 1CX6A 3AGIA 1VDSA 4DD7A 2RB2X 1OUFA 5F14A 210LA 2H9KA 1XGTC 199LA 4S0WA 4DD0A 5I14A 3D4SA 1L58A 1DI4A 1LSFA 252LA 144LA 5B07A 4N0JA 4II8A 1W6ZA 4RW2A 1C6NA 1NQIA 1PS5A 2LZMA 1L59A 2ANVA 1LJ3A 1JQUA 4ARMA 2I25L 4Z46A 4ARMB 2Z37A 1L38A 1GFKA 1L12A 219LA 1CV4A 4E3UA 1C6JA 1QTKA 4GN4A 4DQJA 3HU9A 1GBYA 141LA 1TDYA 5KXOA 1C7PA 1PQKA 158LA 2Z38A 1L03A 1LZ8A 1NBYC 1ZMYL 5FCPA 2CWIA 1G0QA 171LA 1CV3A 1DYAA 1B5VA 4I7PA 4N9RA 4IATA 1LHHA 1XGPC 3SB6A 4NEBA 2I6ZA 2MECA 4DDCA 3EMSA 2GV0A 4LFPA 2HUKA 3WUAA 4XADA 1L0JA 3HH6A 1P2CC 1LYSA 4B4EA 1L65A 4H9IA 3M3UA 3FI5A 5I4XA 1LZGA 4IAPA 162LA 1OVKA 1DYGA 1C6CA 3TXEA 1C64A 1C6GA 1CU0A 3N9EA 1L47A 1L34A 3IJVA 1CV1A 1L57A 1B7SA 2HEEA 1L95A 3WPKA 1E8LA 3A91A 3SB7A 2ANXA 6LYTA 1I20A 4HJYA 5DLAA 1YIKA 5KXPA 1J1XY 1L61A 131LA 2CJLA 3VWOA 1JSEA 4AGAA 4NG1A 1D2WA 1HFZA 1SX7A 254LA 2EQLA 3SN6R 3HT8A 3ATOA 1LYHA 4OO9A 133LA 3AZ6A 4I0CA 4H94A 1T8AA 4YXAC 1L24A 3AW6A 4W59A 4EXMA 1BB4A 1C69A 134LA 255LA 224LA 1L09A 4PRQA 4W51A 154LA 1HEOA 4NGLA 138LA 4CGEA 1I56A 1HEMA 2HEDA 4DQ7A 4BAFA 1JKBA 183LA 1C60A 4W52A 157LA 4ARPA 231LA 1RE2A 4TSBA 5DN4A 3A90A 3W6BA 1BHZA 3C8RA 3HH4A 1JUGA 3A34A 2ZYPA 2B6YA 2YBJA 176LA 1CKGA 1QTZA 209LA 1F6RA 5FSTA 4LT2A 3LYTA 4GCEA 1CV0A 1UIFA 1GF9A 1B5UA 4GBRB 4YENA 5F9UA 1GAYA 5KXWA 3DNAA 5B05A 2DBTA 3DMVA 4H8YA 4DJHA 1LW9A 2ZYCA 5L3HA 2B5ZA 2OE7X 1L90A 205LA 1GFVA 4XJDA 4J0LA 3ODUA 4YXCA 1NHEA 1EQ5A 4DDBA 5F9XA 1PQMA 1UIDA 1LKSA 1JITA 4DD3A 3RZ4A 1L86A 2RBSA 3AJNA 1GF6A 189LA 2VB1A 5K7OA 1GXV2 4LDOA 3HTFA 1C6HA 4KPMA 1L96A 2QARC 4BS7A 2B73A 3AW7A 1C6KA 1L97A 1L52A 1LZEA 1QS5A 1GB0A 1HEPA 4KL7A 2RB0X 2XJWA 164LA 1YKZX 4H9HA 3TXJA 3WPJA 1A4VA 1C65A 2H9JA 3FI7A 1P2RA 3JR6A 4FJRA 1QT6A 1C6DA 4RLNA 3GUPA 5HNCA 1QUSA 1L21A 4TUNA 1L80A 4NIJA 5APDA 1HFYA 3C80A 1L42A 1GB5A 5LXWA 1C62A 4MSTA 1LZNA 1KXYA 1IP6A 2YBHA 3AZ5A 3HDEA 1JTPL 1LSCA 1KXXA 3GULA 142LA 250LA 1LZAA 1V7TA 172LA 1HFXA 2W1LA 3P68A 4CJ2A 1B7LA 3W3EA 4H9AA 1L19A 1OV7A 3CDQA 1LSZA 1LZCA 3F8VA 1RFPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HER A;  2CGI A;  1UAC Y;  1L93 A;  1LSG A;  1QUD A;  1FKQ A;  4G49 A;  1GHL A;  217L A;  4WM2 A;  5APF A;  2G4N A;  1XSF A;  1JJ1 A;  2BQK A;  1L77 A;  3HUK A;  194L A;  1XEJ A;  1L99 A;  5DN5 A;  1OYU A;  2BLY A;  2H5Z A;  1LYI A;  2HEA A;  2D6B A;  107L A;  1LI2 A;  1L71 A;  1UIG A;  1LHL A;  6LZM A;  1GBW A;  1AT5 A;  1H87 A;  1LYZ A;  148L E;  5LYT A;  3L2X A;  4MR1 A;  1L45 A;  1JTT L;  1NHB A;  3DN8 A;  2B74 A;  3A8Z A;  1GFT A;  1LHI A;  139L A;  1ZV5 L;  4GLV A;  3A96 A;  5FDJ A;  4G4B A;  1HSW A;  4D9Z A;  1LZR A;  1L41 A;  1B7O A;  1C63 A;  4H93 A;  5I5Q A;  132L A;  3GUI A;  4OWE A;  5F16 A;  1KIR C;  1D3J A;  3A6C Y;  192L A;  1HSX A;  1QTV A;  1CX7 A;  3NY8 A;  1NDM C;  165L A;  1TCY A;  3A6B Y;  3WUN A;  1DPX A;  2IHL A;  1OV5 A;  2RBP A;  239L A;  4YOP A;  1NBZ C;  126L A;  201L A;  4NGY A;  249L A;  4W54 A;  2OU8 A;  1D6Q A;  5EBH A;  1G1W A;  150L A;  3WXU A;  2BPU A;  3HTD A;  4Z98 A;  1L11 A;  1L66 A;  1IR9 A;  112L A;  5B1G A;  1HNL A;  1QSB A;  4EMN A;  1SLY A;  1GE1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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