4I7TA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-bromo-5-hydroxybenzaldehyde bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7tA00
2Z6BA 3RZEA 1L92A 1LGWA 1CUPA 2OE4X 1G0LA 1L12A 4PK0A 2RBNA 1PQKA 2F2QA 1C6TA 1L57A 1L62A 3CDQA 1C63A 3QAKA 1LYHA 165LA 2Q9DA 1LPYA 1L45A 200LA 1L84A 1L51A 1LYGA 185LA 1C6KA 180LA 3DNAA 189LA 1L28A 1C6BA 4W55A 3HH5A 1L33A 3HDFA 1LI2A 2B75A 2HULA 1L88A 1L21A 226LA 4K5YA 3C7WA 4OO9A 184LA 1XJUA 4ARPA 3C83A 2ANVA 1P56A 3DN3A 3OE8A 178LA 1T97A 1OVKA 3DN2A 253LA 1NHBA 2OU9A 1CU0A 1CU6A 2OU0X 1P5CA 1C6DA 197LA 1TLAA 1L30A 1CU3A 3RUNA 128LA 1P2RA 214LA 2OTZX 191LA 3HTGA 108LA 160LA 1L93A 1QUOA 127LA 1C6QA 1L85A 3C7YA 3PDSA 4YX7C 1L53A 2LC9A 4I7OA 1LYEA 1LYJA 4ARQA 1LGXA 1OVHA 1L35A 2OTYX 145LA 1KNIA 2HUKA 1PQDA 3C7ZA 1G1WA 4GRVA 126LA 149LA 4EPFA 1OV7A 1L52A 1L54A 118LA 141LA 1SX2A 1DYFA 144LA 1P46A 221LA 1L80A 255LA 2ANXA 152LA 2F47A 150LA 235LA 3L64A 1QUDA 243LA 4I7JA 1JTMA 151LA 155LA 1QUGA 3CDTA 1G07A 2IGCA 1L43A 1L15A 1LI3A 1LI6A 1C6EA 1LYFA 198LA 1L41A 7LZMA 1L26A 1L04A 254LA 1CVKA 205LA 195LA 1XEPA 4LDEA 251LA 1DYCA 238LA 3F9LA 3HH3A 3DN1A 1PQJA 4I7MA 2RAZX 3CDRA 3GUKA 4EPIA 1C69A 1CU2A 262LA 1QTHA 210LA 1LW9A 188LA 4EJ4A 164LA 1I6SA 1L10A 4DKLA 192LA 1L67A 1L06A 187LA 1L05A 1L00A 1CV1A 1C6IA 1L39A 157LA 1L95A 1L65A 3CDOA 260LA 1XJTA 1QTCA 1G0KA 1QTZA 1SWYA 129LA 4ARQB 2OU8A 2LCBA 3C8RA 2B6TA 3HH6A 1C6JA 1EPYA 1L13A 1OV5A 1L90A 2RBPA 2L78A 1QTBA 1L72A 1P37A 1ZURA 1KS3A 1L0KA 1D2YA 244LA 1OYUA 1L14A 3PBLA 1JTNA 1L27A 1LWGA 1PQMA 2O4WA 249LA 1P64A 3DMVA 137LA 3DMXA 211LA 1C65A 123LA 103LA 3NY9A 4W54A 143LA 3G3WA 110LA 3SB5A 6LZMA 224LA 216LA 1L01A 168LA 3NYAA 140LA 142LA 1DYGA 1L99A 3HDEA 1QS9A 3OE6A 161LA 3GUOA 1L40A 1OWZA 1C6LA 1SSYA 1L49A 3HT6A 1L32A 1L34A 1QT7A 222LA 4EKPA 138LA 3LZMA 4I7NA 1L61A 4I7PA 2LZMA 4EKQA 1L94A 3GUMA 1L70A 3HUKA 1L02A 2O7AA 3SBAA 237LA 166LA 1DYAA 113LA 1L59A 206LA 1C6FA 1L74A 3HTFA 4PJZA 1LYDA 2RBQA 3C8QA 1CV0A 1C61A 1L63A 3C81A 231LA 3OE0A 114LA 2NTHA 1P36A 2RB1X 4AQNA 1L75A 1OWYA 1L82A 2B6XA 1WTHA 4I7SA 2A4TA 1L11A 162LA 3G3VA 3DN8A 1L47A 3HTBA 3FI5A 1ZWNA 186LA 1L73A 1L76A 1QT5A 1CU5A 190LA 1C6CA 1QTVA 236LA 131LA 4W57A 1L42A 1B6IA 1P6YA 1PQIA 4EXMA 2OEAX 3HUAA 4I7QA 1L37A 1KY0A 1D2WA 174LA 1LYIA 220LA 3UONA 1L0JA 1LLHA 2B74A 4I7RA 170LA 109LA 212LA 1OVJA 2HUMA 4S0WA 1SX7A 252LA 1T8FA 5I14A 175LA 230LA 1KW7A 3HH4A 1L07A 3C82A 3SB7A 245LA 256LA 172LA 4W58A 1D3JA 2Q9EA 3C8SA 1T8AA 2B6WA 1QUHA 1C6PA 139LA 1C68A 215LA 2OE9X 1G0JA 4E97A 3OE9A 223LA 1C6NA 2RAYX 1D3NA 4I7LA 229LA 1JQUA 2CUUA 158LA 2RBRA 3SB9A 176LA 2F32A 1T6HA 2RH1A 1L31A 4ARJA 241LA 1L81A 3HU9A 3HUQA 4LZMA 3DMZA 1C6GA 4DAJA 4YXAC 1CUQA 201LA 104LA 107LA 246LA 4LDOA 3SBBC 4IAPA 2RB2X 1CV3A 1KW5A 1L69A 1C62A 3SB8A 1P3NA 1L18A 225LA 1L19A 183LA 4I7KA 4EKRA 250LA 1QS5A 196LA 130LA 1LGUA 3FA0A 1CX6A 2RB0X 3GUIA 1L71A 173LA 1L55A 1CTWA 3F8VA 1KY1A 147LA 1G0GA 1D3FA 1L86A 4GBRB 167LA 1L44A 1L46A 3GUNA 3HT9A 1L96A 233LA 1L58A 182LA 2B73A 218LA 159LA 1QSBA 1QSQA 234LA 2B7XA 2RBSA 3GULA 3K2RA 1K28A 119LA 3GUPA 1L66A 122LA 1L08A 248LA 1DYDA 115LA 3L2XA 3ODUA 3HWLA 3JR6A 1L03A 4ARMA 1L17A 1DYBA 4ZPUA 1SWZA 3C80A 1CX7A 1C60A 1QTDA 1L29A 148LE 232LA 2B70A 5LZMA 3HT8A 259LA 1L25A 3G3XA 1L98A 219LA 4EKSA 217LA 2QARC 1PQOA 3DN0A 146LA 1L09A 2NTGA 3FADA 3V2WA 3CDVA 1G06A 3HT7A 2B6ZA 1L91A 1T8GA 1L16A 1L97A 1L83A 163LA 1L20A 1L24A 1L22A 240LA 4W52A 2QB0B 1L56A 2B6YA 1D9WA 1L38A 1C6MA 3D4SA 1CV6A 1SSWA 213LA 1L77A 247LA 228LA 1L68A 1L23A 1L64A 3DN6A 181LA 227LA 2OE7X 2B72A 4ARLA 1G0MA 1L48A 3HU8A 242LA 3VW7A 4DJHA 1C67A 3DKEX 125LA 1C6AA 4I7TA 1P2LA 1L87A 4W53A 171LA 112LA 3NY8A 4W51A 1C64A 1CV4A 3V2YA 1QT3A 3EMLA 2O79A 3HTDA 3SN6R 1G0PA 169LA 4W59A 1QT4A 1CV5A 1L36A 1D3MA 156LA 258LA 4ARMB 102LA 1L60A 4LDLA 1L79A 1DYEA 1C66A 1L89A 120LA 2RBOA 209LA 1QT8A 1ZYTA 3SB6A 1QT6A 1P7SA 261LA 239LA 257LA 199LA 1G0QA 4W56A 4YXCA 1G1VA 1LWKA 3DN4A 177LA 1C6HA 3GUJA 1L50A 111LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L92A 3A94A 4E3UA 2OE4X 1G0LA 1HFZA 4OWBA 4RLMA 4DD7A 3IJVA 4PK0A 4N9RA 5F81A 1PQKA 2BQEA 3A90A 3CB7A 3AW7A 1LZCA 2Q9DA 3RT5X 1YL1X 4B1AA 3LYOA 2D4JA 1LYGA 1BWIA 180LA 1LSNA 1GF9A 1GE2A 1GF5A 1UIAA 5I4YA 1E8LA 4OO9A 184LA 1F6RA 3DN3A 178LA 4DD3A 1ZVYB 3HBDA 1B7PA 1IWUA 4O34A 2IHLA 1CU0A 1CU6A 1VDPA 1P5CA 1C6DA 1IP1A 1L30A 1GFVA 1B5YA 1D0LA 1LSYA 1LMTA 2BLXA 3HTGA 108LA 160LA 1LZ8A 3W6EA 1IP7A 4YX7C 4XADA 3ZEKA 2LC9A 1IR9A 1DPXA 1LJGA 1LYJA 1LZRA 1LGXA 2ZIJA 1OVHA 1L35A 2HUKA 4N1EI 1G1WA 1HSWA 1OV7A 118LA 4DD1A 1IWYA 1DYFA 1P46A 221LA 5LIOA 1RI8B 4NGJA 2YVBA 1C10A 1QUDA 4I7JA 3KAMA 3B0OA 1JTMA 3HFMY 4GCFA 4AGAA 155LA 2IGCA 4C3WA 3VWOA 5B59A 3IJUA 1LI3A 2MEIA 198LA 2YBLA 1L41A 1D6QA 1CVKA 4AXTA 1XEPA 1LSDA 251LA 1LZTA 3DN1A 1UIBA 4ANRA 4I7MA 1CU2A 1HF4A 2W1LA 1H6MA 1LTMA 4DKLA 4ZEEA 192LA 1QDTA 1QSAA 1C6IA 1L39A 3CDOA 1NKHA 1XJTA 1QTCA 1F10A 129LA 2OU8A 3C8RA 2B6TA 5I54A 3K3TA 1HMLA 4QY9A 2I25L 1GE3A 1D2YA 1L14A 1JTNA 1L27A 3A91A 2D4KA 1C45A 249LA 2YBHA 1P64A 4G4HA 4WLDA 1LJFA 3DMXA 8LYZA 2Y8PA 4W54A 2F2NA 4B4EA 1CKCA 7LYZA 1GB9A 1FLQA 216LA 3HDEA 1IWWA 4IASA 1C6LA 1LYOA 1L49A 1LJHA 1L32A 4EKPA 1GF7A 4PPOA 2DQDY 4EKQA 3P64A 2FYDA 3SBAA 1OUAA 5LYZA 1GB0A 5FHWA 1L74A 3RW8A 1L63A 114LA 4NG1A 3ZVQA 2NTHA 4LYCA 1P36A 4AQNA 1OWYA 2B6XA 1L11A 162LA 4MR1A 1L47A 2Z39A 3CSZA 1GBZA 4NWEA 5C6IA 4G4BA 1LZBA 1L42A 4WG7A 3OJPA 1P6YA 1KXWA 1GFUA 4EXMA 1REXA 3M18B 1LHMA 1L0JA 4J1BA 2B74A 154LA 4I7RA 4OWHA 5B06A 3TXHA 153LA 1GFEA 3P4ZA 1SX7A 1TAYA 4ETDA 1UACY 1KW7A 1LJEA 1HENA 3HH4A 1XEJA 245LA 1D3JA 2Q9EA 1A4VA 3QE8A 2DBTA 4OWAA 2WARA 2B6WA 215LA 4XJFA 1GF0A 4NGVA 223LA 4I7LA 1O23A 4LYBA 2CJLA 3SB9A 3W6DA 2F32A 2RH1A 1L31A 241LA 1DI3A 1L81A 3HUQA 4NGLA 1C6GA 5LVIA 246LA 3SBBC 1JKBA 1KW5A 3SB8A 225LA 1L19A 5A3EA 5KJ9A 250LA 5HNCA 1UIFA 2BQFA 3LZTA 130LA 1CTWA 4H9AA 1KY1A 147LA 3WU7A 1G0GA 1GBWA 2YBJA 1D3FA 1FLWA 2H5ZA 4DQ7A 1L58A 182LA 1SQ2L 3WULA 2EQLA 4H92A 1QSQA 2B7XA 4C5FA 2Q0MX 1K28A 1VATA 1LHLA 119LA 1HEPA 3M3UA 3GUPA 2DQJY 3CSQA 3TMXA 1LJIA 2YBNA 1XGQC 115LA 3L2XA 3ODUA 1GWDA 3WW5A 1JJ1A 1GXV2 4BS7A 4ARMA 3EXDA 1LSGA 1OUHA 4ZPUA 1LZ6A 2YBIA 3C80A 1L29A 2ZWBA 1OP9B 2B70A 5L3IA 1D0MA 3G3XA 217LA 4DD0A 3DN0A 4D9ZA 1L09A 2H9KA 5KXLA 3LYMA 3CDVA 1NQIA 1REMA 2B5ZA 3A3QA 1C7PA 1L83A 3TXIA 163LA 1L20A 1L22A 1GFTA 3J4GA 3AW6A 1ALCA 1JTOL 4B49A 1L38A 1CV6A 213LA 1L64A 227LA 2OE7X 3A96A 2B72A 4ARLA 1L48A 5LYTA 4YOPA 4ZFPA 2D4IA 1C67A 4I7TA 1T3PA 3V2YA 3J6KA 2BPUA 3CSRA 1HEOA 1LZ4A 2O79A 3CT0A 1IY3A 5KXRA 1DQJC 1G0PA 1I56A 1L36A 2DQCY 4GCDA 258LA 4HTQA 4ARMB 1HERA 2F4GA 1IP2A 4W94A 1DYEA 4GLAA 5KKIA 1L89A 3HBEX 4J7VA 2GV0A 1QT8A 1GBSA 1ZYTA 3SB6A 1QT6A 1P7SA 2EPEA 1LZ5A 1LHHA 4YXCA 1G1VA 1BB4A 4IATA 3W6FA 177LA 1C6HA 1L50A 1GE1A 3RZEA 1LMCA 1LYYA 1G7HC 4NFVA 3TXEA 1L57A 2BAAA 3CDQA 2I6ZA 1C63A 1LSCA 3AZ7A 1L45A 2DQFC 1L84A 1YKZX 4HPEA 185LA 1C6KA 1C6BA 1LMOA 1HNLA 3HH5A 5E4PA 4GCCA 1QQYA 1DKKA 1W08A 4J1AA 2HULA 1L88A 1L21A 226LA 4H1PA 4GLVA 4H8XA 4LT0A 5M1YA 1GB6A 1XJUA 3AGHA 2ANVA 4CFPA 5C6LA 1T97A 3DN2A 1FBIX 2OU9A 2LZTA 9LYZA 2OU0X 3T36A 3T6UA 5F14A 1TLAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L92 A;  3A94 A;  4E3U A;  2OE4 X;  1G0L A;  1HFZ A;  4OWB A;  4RLM A;  4DD7 A;  3IJV A;  4PK0 A;  4N9R A;  5F81 A;  1PQK A;  2BQE A;  3A90 A;  3CB7 A;  3AW7 A;  1LZC A;  2Q9D A;  3RT5 X;  1YL1 X;  4B1A A;  3LYO A;  2D4J A;  1LYG A;  1BWI A;  180L A;  1LSN A;  1GF9 A;  1GE2 A;  1GF5 A;  1UIA A;  5I4Y A;  1E8L A;  4OO9 A;  184L A;  1F6R A;  3DN3 A;  178L A;  4DD3 A;  1ZVY B;  3HBD A;  1B7P A;  1IWU A;  4O34 A;  2IHL A;  1CU0 A;  1CU6 A;  1VDP A;  1P5C A;  1C6D A;  1IP1 A;  1L30 A;  1GFV A;  1B5Y A;  1D0L A;  1LSY A;  1LMT A;  2BLX A;  3HTG A;  108L A;  160L A;  1LZ8 A;  3W6E A;  1IP7 A;  4YX7 C;  4XAD A;  3ZEK A;  2LC9 A;  1IR9 A;  1DPX A;  1LJG A;  1LYJ A;  1LZR A;  1LGX A;  2ZIJ A;  1OVH A;  1L35 A;  2HUK A;  4N1E I;  1G1W A;  1HSW A;  1OV7 A;  118L A;  4DD1 A;  1IWY A;  1DYF A;  1P46 A;  221L A;  5LIO A;  1RI8 B;  4NGJ A;  2YVB A;  1C10 A;  1QUD A;  4I7J A;  3KAM A;  3B0O A;  1JTM A;  3HFM Y;  4GCF A;  4AGA A;  155L A;  2IGC A;  4C3W A;  3VWO A;  5B59 A;  3IJU A;  1LI3 A;  2MEI A;  198L A; 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