4I7TA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-bromo-5-hydroxybenzaldehyde bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7tA00
2A4TA 2IGCA 3HWLA 162LA 1L43A 3VW7A 252LA 1QTBA 3G3VA 256LA 200LA 3V2WA 2B6XA 2RB1X 1L65A 1L42A 2QARC 1LI2A 3FA0A 3FI5A 169LA 1L22A 1L35A 1LGXA 2RB2X 1DYAA 1L18A 4I7KA 1L76A 1CU6A 2RBSA 3HU9A 4LDLA 4DAJA 1PQMA 1SWZA 1P5CA 130LA 3GUKA 3V2YA 3C83A 2B72A 3DN6A 1PQOA 1G0GA 212LA 218LA 260LA 2RBRA 1L45A 1QS9A 1L25A 1L40A 1C6MA 2HUKA 246LA 196LA 3K2RA 3HT6A 114LA 2RAYX 3SB6A 1QTCA 3JR6A 201LA 3F9LA 2B6WA 120LA 1L36A 141LA 221LA 1C6AA 4ARMA 1XEPA 1L75A 1L57A 1KW7A 3UONA 3CDTA 1L33A 3NYAA 1C65A 1L20A 1L96A 1P2RA 1CX6A 6LZMA 1L84A 1C67A 4ARQB 166LA 4I7NA 158LA 1CX7A 1D2WA 211LA 1P3NA 1L13A 229LA 173LA 4E97A 2Q9DA 1NHBA 1QUDA 1LWGA 1P46A 2RB0X 1T8FA 119LA 156LA 2QB0B 1OVHA 1L98A 199LA 1LLHA 5I14A 1KS3A 233LA 1L54A 1CV0A 4LDOA 4W56A 3SBAA 113LA 1L01A 188LA 1P56A 1G0LA 1L67A 1C6BA 1OVKA 4I7RA 205LA 232LA 244LA 2OTYX 155LA 1L56A 235LA 1WTHA 2RAZX 123LA 3C7YA 1D3NA 239LA 161LA 2Z6BA 4W58A 1QT6A 4EKRA 3C8QA 1DYEA 2OE7X 3EMLA 185LA 4ARQA 215LA 181LA 1L68A 142LA 2RH1A 4EKPA 1D3FA 4I7QA 3C8RA 3HT8A 3DN4A 3QAKA 250LA 1C6QA 118LA 3F8VA 1QT7A 109LA 1L70A 3DN1A 4LDEA 182LA 2B73A 2LC9A 206LA 1L37A 146LA 1C6CA 3L64A 3DN8A 1L61A 251LA 3DNAA 1L93A 3OE8A 150LA 140LA 103LA 1C6EA 1T8AA 228LA 3NY9A 2F32A 3GUIA 4DJHA 1CUPA 2Q9EA 1L47A 4I7OA 1L94A 4GBRB 217LA 4ZPUA 1LI3A 1C6LA 2B75A 3DKEX 1LYFA 226LA 180LA 3ODUA 1L09A 1G1VA 4YXCA 3GUJA 1SSWA 240LA 3DMVA 1P37A 1C62A 176LA 2B6YA 1D3MA 1C6TA 1L19A 1L85A 3GUMA 3C7ZA 1T6HA 2ANXA 1C66A 1PQIA 177LA 3SB8A 255LA 1QUGA 2O7AA 242LA 3SB9A 3HDEA 1CUQA 2B7XA 1KW5A 3D4SA 1D2YA 195LA 3DMXA 1L99A 2OU0X 175LA 3HTBA 1L51A 1LYJA 1L64A 2B6TA 1G1WA 1G06A 2RBOA 1L30A 1LYEA 1L17A 1I6SA 213LA 1ZURA 1G0KA 144LA 224LA 186LA 178LA 1L39A 112LA 111LA 1C6HA 1LWKA 3HUQA 1OVJA 1C61A 1CTWA 159LA 1JQUA 1P6YA 1DYBA 236LA 3DN2A 1P7SA 3OE6A 1L16A 1C69A 1LI6A 1SX2A 4W57A 7LZMA 3GULA 4K5YA 3OE0A 189LA 243LA 1QTHA 3HUKA 4I7TA 4W55A 1L00A 1PQKA 1L63A 1C68A 1L62A 174LA 231LA 1LGWA 4EKQA 1G0QA 1CVKA 151LA 1G0JA 3HTFA 1L29A 3CDOA 115LA 238LA 167LA 1G0PA 222LA 2B70A 1C6FA 1QUOA 129LA 1L88A 1SX7A 3HH6A 3C82A 3C8SA 1CU3A 4EXMA 4W54A 110LA 1L44A 4EPIA 4AQNA 1L81A 3SBBC 253LA 1L07A 209LA 108LA 1L46A 223LA 163LA 3LZMA 2O4WA 4S0WA 1L23A 102LA 2RBNA 1LYGA 1L50A 4OO9A 164LA 1QTZA 1L80A 1ZWNA 1DYGA 192LA 172LA 1L89A 1B6IA 1L90A 190LA 1TLAA 219LA 3SB5A 1QTVA 1L02A 1L28A 198LA 1KNIA 1P36A 1QUHA 245LA 4W59A 1DYDA 1L53A 2O79A 210LA 3FADA 1C60A 1L12A 5LZMA 4PJZA 1LPYA 3PDSA 2NTHA 237LA 139LA 1CU5A 1CV3A 1L11A 2B74A 4I7LA 3DN3A 1KY0A 1L95A 1L10A 197LA 147LA 3HTGA 1L91A 247LA 257LA 1PQJA 1C64A 2OEAX 1L52A 4I7PA 3RZEA 1QT4A 4GRVA 4I7JA 3CDQA 1DYFA 1JTMA 1JTNA 1T97A 4ARMB 137LA 1EPYA 1L31A 227LA 3DN0A 1C6DA 1D9WA 3C7WA 4W51A 220LA 3GUNA 1L27A 131LA 1L83A 1L87A 1L77A 4ARJA 1XJTA 3DMZA 2B6ZA 225LA 143LA 4W53A 1L0KA 2OU8A 1QSBA 241LA 214LA 3C80A 254LA 1L97A 165LA 1L32A 160LA 1C6NA 1L38A 3HTDA 4EPFA 1L66A 1C6KA 1C6PA 4YX7C 1OWYA 1SWYA 4I7SA 1L86A 261LA 1CV6A 1CV1A 1L59A 1L49A 1QTDA 2RBPA 1XJUA 3HT7A 3OE9A 2F47A 3RUNA 4ARLA 1L26A 1CU0A 2OE4X 1L74A 2HUMA 171LA 1QSQA 1L24A 230LA 248LA 1G0MA 3C81A 262LA 4PK0A 126LA 145LA 234LA 3L2XA 216LA 1K28A 168LA 2OE9X 3CDRA 1C6IA 1SSYA 184LA 1L71A 187LA 1KY1A 1L55A 1LW9A 1LGUA 4W52A 1L73A 122LA 3CDVA 3SN6R 2RBQA 3HT9A 1L82A 152LA 4I7MA 170LA 138LA 4ARPA 1T8GA 148LE 2LZMA 3HDFA 1CU2A 259LA 1L14A 3HH4A 1LYIA 1L72A 1G07A 1CV5A 191LA 157LA 4EKSA 1CV4A 4EJ4A 2LCBA 1L41A 183LA 1L06A 1L69A 1QT5A 1L48A 2F2QA 2HULA 2NTGA 1L92A 127LA 1OWZA 107LA 1L15A 1L04A 149LA 1L0JA 1C6JA 4IAPA 2L78A 1ZYTA 128LA 1L79A 1OYUA 1QT8A 1C63A 2CUUA 3HH5A 1D3JA 1P64A 1LYDA 1PQDA 258LA 1L60A 3PBLA 1P2LA 1OV7A 3SB7A 1LYHA 104LA 1L34A 249LA 1QT3A 2OU9A 3GUPA 4YXAC 3GUOA 3HH3A 1L58A 3NY8A 1OV5A 4DKLA 3G3WA 1L21A 1L03A 3G3XA 1C6GA 3HUAA 1L05A 1QS5A 2ANVA 1L08A 2OTZX 4LZMA 125LA 1DYCA 3HU8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A4TA 2IGCA 1IIZA 3VW7A 2LZ2A 5A3EA 1GFHA 5IHGA 3W6CA 3FA0A 4H8YA 1TAYA 3FI5A 1L35A 2Q0MX 2RB2X 1IC7Y 4LDLA 1L76A 4CHXA 4DAJA 1BVXA 2BAAA 4J0LA 4H9BA 2H9JA 4PGJB 2B72A 1JITA 1GE4A 1G0GA 3IJVA 3ULRA 1C6MA 1WTNA 246LA 3HT6A 201LA 2CWIA 1L36A 3P65A 1XEPA 1TBYA 1B7OA 1YANA 3CDTA 1L33A 1OUDA 1C65A 9LYZA 1WQMA 5LVKA 2D4KA 1P3NA 229LA 5DM9A 2GV0A 4ETAA 1LWGA 1LMQA 5M1YA 1JHLA 1GF0A 1LLHA 5I14A 2BLYA 1LJFA 1L54A 1IWXA 1CV0A 4W56A 1RFPA 1G0LA 4B4EA 4Z98A 205LA 232LA 235LA 1WTHA 1LJGA 3TMWA 3C8QA 1DYEA 2BQCA 1LSYA 3K3TA 2OE7X 3EMLA 2Z39A 3WU8A 3E3DA 1L68A 142LA 2RH1A 2BQEA 4EKPA 1D3FA 5KJ9A 1IOSA 1B7MA 2XJWA 5I5QA 4ZFPA 4AGAA 5F9UA 3F8VA 5KY1A 1HEQA 1QQYA 1J1OY 3QNGA 1IP2A 4BS7A 2LC9A 2YBNA 206LA 1L37A 3L64A 4KXIA 3WW6A 3DN8A 1GF7A 1LZYA 2A7DA 2MEEA 3OE8A 3A34A 1DXJA 1GFAA 140LA 3NY9A 1BWHA 1PZYA 4E3UA 1XGRC 4HPIA 4TTDA 1JSEA 1IP7A 1C43A 1LAAA 2HEAA 1LZAA 2XBRA 3EXDA 4ZPUA 3HFMY 2B75A 1OUCA 3ODUA 4DD1A 1G1VA 4YXCA 1LSZA 4TWSA 240LA 1C62A 2IHLA 2W1LA 1FDLY 2YBIA 2B6YA 2F4AA 4GN4A 1L19A 1L85A 1A4VA 4OWEA 5L9JA 3SB9A 1GB9A 1LMCA 1DPWA 1L99A 2OU0X 1XEJA 1CKFA 1IX0A 4H90A 1L51A 2DQGY 2EPEA 2DQIY 1GF9A 1L30A 4CFPA 1I6SA 4D9ZA 1OUHA 4MCKA 144LA 4Z41A 1UIBA 4H9EA 5FDJA 1REXA 186LA 1LJHA 3W3EA 2HUBA 1L39A 1XGPC 2MECA 1OVJA 1UIFA 2BQMA 3TMXA 4X3BA 3DN2A 1UACY 4XJDA 5B07A 5B59A 1C69A 5LXWA 2HEEA 2X0AA 7LZMA 3GULA 3J4GA 1LSMA 189LA 243LA 4I7TA 1PQKA 1QTEA 1C68A 1FKVA 2DQDY 1LGWA 1XGTC 4LFXA 1HF4A 1UCOA 115LA 3CSRA 129LA 5HLLA 3WMKA 3W6FA 1L88A 1SX7A 4YENA 1LZSA 5LVIA 5APDA 4WLXA 2HTXA 2DQHY 1E8LA 209LA 108LA 4KT3A 1XGQC 4DD9A 1QIOA 1HFZA 2O4WA 1YL1X 3EMSA 2DKVA 1QTZA 1ZWNA 172LA 219LA 1CNSA 1QTVA 1L28A 3RW8A 198LA 1KNIA 1P36A 1GBXA 1QUHA 2LYMA 4LT0A 245LA 3F6ZA 2HEFA 2MEGA 4TUNA 4HTQA 1Z55A 1L53A 2BQHA 4NGIA 1HSXA 3SP3A 2A7FA 1IWWA 2G4NA 1IOCA 1GB2A 2B74A 4L41A 1KY0A 2WARA 1INUA 3WXUA 1LHIA 1GD6A 4DWXA 1C64A 4I7PA 2AUBA 1DYFA 2ZYCA 3MGWA 1T97A 4ARMB 1LSCA 1L31A 3DN0A 4H9AA 1IP3A 4W51A 220LA 1OP9B 1C10A 1NDGC 3B6LA 5D5FA 4YEMA 1XJTA 3W6EA 1IWUA 3DMZA 2B6ZA 225LA 4XJFA 2EKSC 143LA 2W1XA 1L0KA 3LYTA 4YF2A 1QSBA 1HFXA 214LA 3C80A 1ZVHL 165LA 160LA 4WM5A 1C6KA 4YX7C 2HU3A 2Z37A 4H9FA 4W94A 3A92A 4C3WA 1WTMA 5J7CA 1CU0A 1DI5A 2HUMA 1HERA 1G0MA 3C81A 4PK0A 2BPUA 4NGVA 4WOAA 216LA 3P64A 1B5VA 4N9RA 1B7RA 3B0KA 1SSYA 4H9CA 1BB4A 5I4YA 4W52A 1L73A 3RU5A 5L3HA 7LYZA 4ETEA 1JSFA 2RBQA 1LKRA 2BQDA 4I8SA 1LZGA 2I26L 1GFGA 1T3PA 148LE 3HDFA 1LZBA 1L14A 1L72A 4CJ2A 1L41A 1YKXX 183LA 3WXTA 4DQ5A 1ZV5L 1L92A 127LA 1YAOA 1EQEA 2C8PA 149LA 3LZ2A 5HNLA 4OOOA 5T3FA 4IAPA 1C45A 3LYMA 3A67Y 128LA 3OK0A 4CGEA 1C63A 1LMOA 4NWEA 1AKIA 1P64A 1YKYX 2DQEY 1P2LA 1H6MA 3GUPA 1GDWA 1L34A 3WH1A 1DKKA 1DI3A 5HMJA 5FCPA 4TSCA 4DKLA 1OV5A 4N5RA 1C6GA 1C7PA 5KKJA 4XJGA 2BQGA 1IY3A 4NEBA 1LSFA 1DYCA 162LA 1WQOA 1QTBA 4OWCA 256LA 3V2WA 2B6XA 1G7IC 1L65A 1L42A 1LI2A 1GXV2 169LA 1L22A 1IWYA 4UWUA 1L18A 5A3ZA 1LSPA 1LZ4A 4NIJA 4LZTA 1FBIX 1JTOL 1KXXA 1LOZA 4ZEEA 1P5CA 132LA 2W1YA 3A96A 1GE0A 1IO5A 218LA 4I0CA 4NHPA 2HUKA 4DT3A 1QTCA 1WQNA 3F9LA 120LA 2FBDA 141LA 4WLDA 1C6AA 1DQJC 1L75A 1XGUC 3NYAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2A4T A;  2IGC A;  1IIZ A;  3VW7 A;  2LZ2 A;  5A3E A;  1GFH A;  5IHG A;  3W6C A;  3FA0 A;  4H8Y A;  1TAY A;  3FI5 A;  1L35 A;  2Q0M X;  2RB2 X;  1IC7 Y;  4LDL A;  1L76 A;  4CHX A;  4DAJ A;  1BVX A;  2BAA A;  4J0L A;  4H9B A;  2H9J A;  4PGJ B;  2B72 A;  1JIT A;  1GE4 A;  1G0G A;  3IJV A;  3ULR A;  1C6M A;  1WTN A;  246L A;  3HT6 A;  201L A;  2CWI A;  1L36 A;  3P65 A;  1XEP A;  1TBY A;  1B7O A;  1YAN A;  3CDT A;  1L33 A;  1OUD A;  1C65 A;  9LYZ A;  1WQM A;  5LVK A;  2D4K A;  1P3N A;  229L A;  5DM9 A;  2GV0 A;  4ETA A;  1LWG A;  1LMQ A;  5M1Y A;  1JHL A;  1GF0 A;  1LLH A;  5I14 A;  2BLY A;  1LJF A;  1L54 A;  1IWX A;  1CV0 A;  4W56 A;  1RFP A;  1G0L A;  4B4E A;  4Z98 A;  205L A;  232L A;  235L A;  1WTH A;  1LJG A;  3TMW A;  3C8Q A;  1DYE A;  2BQC A;  1LSY A;  3K3T A;  2OE7 X;  3EML A;  2Z39 A;  3WU8 A;  3E3D A;  1L68 A;  142L A;  2RH1 A;  2BQE A;  4EKP A;  1D3F A;  5KJ9 A;  1IOS A;  1B7M A;  2XJW A;  5I5Q A;  4ZFP A;  4AGA A;  5F9U A;  3F8V A;  5KY1 A;  1HEQ A;  1QQY A;  1J1O Y;  3QNG A;  1IP2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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