4I7TA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-bromo-5-hydroxybenzaldehyde bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7tA00
206LA 1L57A 1T8GA 4DJHA 1L35A 4W51A 2Z6BA 3SN6R 253LA 2OTYX 122LA 1L08A 3C80A 3UONA 1C6QA 145LA 169LA 1CV6A 180LA 1L14A 1LI6A 1T97A 2RB0X 1L56A 3DKEX 156LA 210LA 155LA 4LZMA 1QT6A 2O4WA 1L21A 1CVKA 1C6TA 3HTFA 218LA 2RB2X 3C7WA 1L99A 1C6GA 3C82A 2F47A 3DMZA 149LA 197LA 1L73A 1OVJA 227LA 2OE4X 3SBAA 138LA 255LA 1P6YA 1CU6A 1D3NA 1L29A 1P46A 125LA 213LA 1L15A 1L18A 1P2RA 1L92A 1QSQA 1L62A 2OE9X 259LA 2OU8A 1PQIA 1L95A 3GUMA 4I7SA 1LYIA 1C65A 242LA 2ANVA 1L82A 2O79A 3V2WA 4I7OA 192LA 4W59A 3DN2A 2RBQA 4W57A 3HDEA 1L66A 234LA 137LA 3HU9A 1DYDA 173LA 2Q9EA 1C6JA 108LA 3CDOA 175LA 1JQUA 1QT4A 3HTGA 1P2LA 2LZMA 3C81A 2NTGA 1L13A 3NYAA 165LA 1L48A 2F2QA 3PDSA 2RAYX 183LA 3DNAA 1DYAA 1L28A 3DN1A 3HH5A 2Q9DA 1PQKA 1XJTA 1I6SA 1L75A 217LA 1SWYA 4LDOA 3OE0A 1ZWNA 3DMVA 4E97A 3HH3A 1LI3A 1L42A 1L33A 1LGXA 3OE9A 1PQJA 1QUDA 1L94A 250LA 4W52A 186LA 3SB5A 1L86A 3JR6A 2QARC 1P64A 168LA 3DN6A 1G1VA 1L97A 4ARJA 4EPIA 3HH6A 171LA 1L40A 241LA 1NHBA 1L90A 1LLHA 1B6IA 1ZYTA 4I7MA 4PK0A 3VW7A 3EMLA 4DKLA 3GUOA 2B7XA 1L30A 1L72A 1QT3A 4EPFA 1G0MA 1L85A 4IAPA 184LA 1LYFA 2F32A 4ARPA 4YXAC 1CTWA 1LWGA 1K28A 1LYGA 1LYEA 4W53A 140LA 252LA 182LA 1L00A 1LGWA 1D3MA 1KW5A 200LA 1L37A 1XJUA 1G0PA 3OE6A 1L43A 1DYGA 3DN3A 1QTHA 1C6EA 3CDVA 3GUPA 3SB8A 2B70A 1C63A 1L98A 4AQNA 3HT9A 1L51A 222LA 1CV3A 1OWYA 2B6ZA 3GUIA 249LA 151LA 1L84A 1G1WA 1LYHA 3CDRA 1D2YA 1L19A 230LA 216LA 4EKSA 3ODUA 1L79A 4GRVA 3FA0A 2RBRA 3HWLA 1C6LA 1CUPA 1L53A 1TLAA 1L22A 2B6WA 188LA 4LDEA 163LA 1L23A 261LA 2LC9A 1QTCA 3PBLA 3HT7A 3GUKA 1D9WA 1L55A 4W58A 2O7AA 232LA 1C64A 1L07A 1LGUA 3NY9A 176LA 4GBRB 1L67A 4K5YA 1EPYA 2HULA 3HH4A 196LA 4S0WA 3SB6A 1L52A 118LA 3GUJA 1SX7A 146LA 3FADA 1OWZA 1L39A 1L70A 1LI2A 1P56A 240LA 1G0LA 114LA 1L81A 167LA 223LA 1L34A 1QTDA 4I7QA 3C83A 144LA 1L88A 130LA 164LA 1C62A 1L25A 2B72A 3C8SA 245LA 3HUQA 2RBPA 3CDQA 1QS9A 4I7TA 3DMXA 1C6KA 1L24A 2RBSA 3DN0A 187LA 1PQDA 1C68A 1G0GA 1C60A 257LA 262LA 4OO9A 1LW9A 1C6DA 221LA 4EKQA 1C6PA 1G06A 3C8RA 1L12A 1L89A 2IGCA 3SB9A 150LA 1L05A 170LA 1L41A 214LA 3C8QA 123LA 4PJZA 1CV0A 1L59A 126LA 3L2XA 1C67A 1C6FA 3D4SA 235LA 209LA 1L64A 1QUGA 4I7RA 1L68A 1LPYA 139LA 4ARQB 220LA 1C66A 1LYDA 1T8AA 1L09A 3L64A 1CU3A 111LA 141LA 1L16A 1P37A 157LA 1KNIA 1DYBA 3LZMA 2RBOA 4I7LA 1P7SA 1SSYA 205LA 1OV7A 1LWKA 201LA 1L06A 2B73A 1QT8A 3F8VA 1C6NA 1L93A 1L77A 5LZMA 4ARLA 2LCBA 3HDFA 225LA 2B6YA 3GUNA 1D2WA 2OU9A 1L38A 1G0JA 2B74A 1G07A 115LA 2OU0X 1L0KA 1L20A 244LA 2L78A 2RH1A 104LA 129LA 3RZEA 107LA 1C6BA 3V2YA 3G3XA 1L46A 1L47A 248LA 1C6CA 215LA 3K2RA 1C6MA 2QB0B 112LA 110LA 1L69A 3G3WA 1OV5A 4W55A 1CUQA 4I7PA 199LA 131LA 3HT6A 1L74A 7LZMA 3CDTA 1PQMA 1L54A 1OYUA 4EXMA 3HUAA 4YX7C 239LA 1L76A 1L65A 1L17A 1L02A 1QTVA 1CX7A 162LA 212LA 1L11A 1QUOA 246LA 1CV4A 1CX6A 1DYCA 159LA 2OEAX 2A4TA 1CU2A 127LA 2RAZX 2HUMA 1T8FA 3DN4A 256LA 142LA 228LA 198LA 1CV1A 224LA 226LA 2RB1X 1L31A 1L96A 143LA 2ANXA 1CU5A 1L63A 1L27A 1OVHA 1P36A 5I14A 119LA 147LA 1C6IA 1L32A 1JTMA 161LA 1C61A 219LA 1SSWA 1L87A 2HUKA 4I7KA 4W54A 1DYFA 238LA 3HT8A 3DN8A 1DYEA 1KW7A 1L44A 4EKPA 3G3VA 172LA 1KY0A 3C7YA 2B6TA 251LA 2CUUA 258LA 1KY1A 1T6HA 1L45A 4EJ4A 185LA 1CU0A 3FI5A 1L91A 1P5CA 4I7NA 243LA 1L36A 1QTZA 231LA 191LA 1JTNA 3NY8A 4ARMB 1C6HA 120LA 178LA 1C69A 1L61A 1L01A 237LA 3RUNA 1ZURA 1D3FA 113LA 195LA 1L58A 1G0QA 160LA 2B6XA 1PQOA 1C6AA 3C7ZA 103LA 3HTBA 177LA 1WTHA 158LA 1L04A 109LA 1G0KA 1QTBA 3OE8A 152LA 1SX2A 1L03A 2OTZX 148LE 3QAKA 1L26A 1L49A 1QT7A 2NTHA 1L60A 3GULA 4LDLA 236LA 4ZPUA 1QSBA 1SWZA 1L10A 2RBNA 1XEPA 229LA 166LA 260LA 4DAJA 3F9LA 128LA 3HTDA 1CV5A 6LZMA 4W56A 211LA 4I7JA 1L71A 2OE7X 247LA 1L80A 1L83A 1LYJA 3SB7A 190LA 1KS3A 1P3NA 1QS5A 4EKRA 3HUKA 1OVKA 189LA 1QT5A 1D3JA 4ARMA 3HU8A 1L0JA 1L50A 3SBBC 4YXCA 233LA 2B75A 181LA 4ARQA 254LA 1QUHA 102LA 174LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BB3A 3A8ZA 1RCMA 1G7LC 1NMMA 3EMSA 2Z6BA 3W6DA 4N0JA 1GBXA 4WO6A 122LA 5C6IA 1NKHA 1DQJC 1L14A 1GF3A 1NWGA 5LYMA 210LA 1AM7A 1T6VL 1C6TA 5KXRA 1L99A 1C6GA 3C82A 1CNSA 2D91A 1LJKA 4H93A 227LA 5I53A 125LA 213LA 3M3UA 1JEFA 1TDYA 4WM2A 3GXKA 1B5VA 4B0DA 1HEWA 4I7SA 3GUMA 4LYCA 132LA 1GBOA 1FBIX 2DKVA 2YSSC 2Q0MX 3FE0A 4I7OA 2RBQA 2YBHA 4HSFA 3HDEA 234LA 137LA 173LA 2Q9EA 108LA 1UACY 2MEHA 5KXYA 2HEEA 165LA 2FYDA 133LA 1G7MC 4NHQA 3K3TA 3ATNA 2D4KA 3VWOA 1PQKA 1RE2A 1SWYA 4ML7A 1YAPA 3T36A 3HH3A 1XEKA 4WLYA 4MR1A 1PQJA 250LA 1L94A 4W52A 186LA 3JR6A 2QARC 5B1FA 5DM9A 4ARJA 3CT0A 1RFPA 5I4XA 1B6IA 4I7MA 5LAFA 4J7VA 3EMLA 2ZILA 4BS7A 4EPFA 1IVMA 184LA 2G4NA 1OUGA 2I6ZA 1UBZA 1CTWA 5APCA 1LWGA 5L9JA 1UA6Y 1K28A 1LYGA 1LYEA 2ZNXY 4W53A 1HNLA 252LA 1LGWA 1XGUC 3MGWA 1GE2A 2YVBA 1C6EA 3CDVA 3SB8A 2BQCA 5KXZA 1L98A 1LMPA 4XJHA 222LA 2DQFC 1LJIA 2B6ZA 1EL1A 5F81A 1W08A 2LYMA 4NGLA 1C10A 4NHTA 4PPOA 1D2YA 1L19A 4LYOA 4IATA 4GRVA 4Z46A 3WULA 4CGEA 5IHGA 1CUPA 5HMJA 188LA 163LA 1LZ8A 261LA 1IR8A 1QTCA 3PBLA 4GCFA 3FI7A 3GUKA 1L55A 4W58A 1LZ1A 2ZWBA 4N5RA 1C64A 1GHLA 4NSIA 2HEFA 4K5YA 1BB7A 1YILA 2HULA 1LJHA 5FELA 196LA 3WU8A 4S0WA 4N8ZA 3GUJA 146LA 3FADA 4CFOA 1LI2A 193LA 3TXFA 2DQIY 240LA 1G0LA 5F16A 2MEDA 167LA 223LA 2H9KA 3C83A 144LA 4ETCA 164LA 3B6LA 1GFJA 1L25A 1UCOA 3C8SA 1XEIA 245LA 3HUQA 2EQLA 1QS9A 1QTEA 1C6KA 3CT5A 4DC4A 4M4OA 187LA 1PQDA 4UWUA 1C60A 1GE4A 1C6PA 3C8RA 150LA 1J1OY 1QQYA 3ZVQB 1L41A 3C8QA 4LYZA 123LA 1LZBA 1CV0A 1L59A 4DD0A 126LA 1IC4Y 5LYTA 1C67A 1C6FA 5IDDA 235LA 2ZQ4A 4NGKA 1GB5A 4CHXA 2DQJY 1AKIA 3L64A 4BAPA 1CU3A 1P2CC 1B0DA 4WM6A 141LA 1B5ZA 1P37A 1VATA 4H8XA 2RBOA 1OV7A 1HMKA 2B73A 5FDJA 4ARLA 2BLXA 2BQAA 4I8SA 1HEQA 4WL6A 5APFA 1B7OA 3KAMA 2ZNWY 1GB3A 1G0JA 2B74A 1G07A 115LA 1D9UA 1DPXA 4XJFA 1IP6A 1B5WA 3AZ4A 2Z19A 3RZEA 3D3DA 107LA 3RT5X 3G3XA 154LA 1L46A 3K2RA 1GXV2 1IP3A 5DN4A 2QB0B 4NGIA 1L69A 1OV5A 4WLTA 1CUQA 5LVIA 1LYSA 131LA 3HT6A 5LVGA 2CDSA 3RNXA 7LZMA 1BB4A 4EXMA 2F4GA 2B5ZA 239LA 1QTVA 2H5ZA 1LHLA 4GN4A 1QUOA 4WLXA 246LA 2BQOA 3AGIA 127LA 2RAZX 208LA 1REZA 3P68A 256LA 1XEJA 1YKYX 3TXJA 1CV1A 1GFEA 5F14A 1GPQC 1GDWA 1L31A 4KXIA 1L27A 1OUEA 5KXSA 1AT6A 5I14A 4ZIXA 4NGOA 147LA 1LHJA 2AUBA 1JTMA 5APEA 1SSWA 4FDYA 1L87A 2HUKA 3TXBA 4I7KA 4W54A 1KW7A 3G3VA 1KY0A 3C7YA 2B6TA 258LA 1KY1A 1I20A 1EQ5A 8LYZA 185LA 4AGAA 1QTZA 4ET8A 231LA 1GBSA 120LA 5J7CA 4W96A 1L01A 3RUNA 1ZURA 4C5FA 4TTDA 1JHLA 2A7DA 3CT1A 1UIDA 1C6AA 4HJYA 1H6MA 1WTHA 2Z12A 158LA 1OUFA 4HV2A 152LA 1SX2A 1Z55A 2LYOA 1LMTA 3GULA 1B5UA 4LDLA 3RW8A 1JPOA 1D0MA 2RBNA 4WL7A 1KIRC 1SLYA 229LA 1KIQC 4DAJA 5ILFA 1CV5A 6LZMA 4OWCA 2DQAA 1AZFA 4NFVA 2OE7X 3A34A 247LA 4LYMA 3M18B 1IWXA 4EKRA 3BKHA 189LA 1LZDA 1QT5A 4ARMA 3QY4A 4NSJA 1NBZC 1HMLA 1L0JA 1VFBC 4GLAA 3W3EA 2B75A 4ARQA 254LA 1QUHA 1E8LA 3A3RX 206LA 4NEBA 1IP7A 3B0KA 5HNCA 1GXXA 1T8GA 2ZQ3A 5APDA 3WPJA 1TAYA 4WM4A 4YF2A 1WTMA 1L35A 3UONA 5KXOA 3A93A 1LSDA 1CJ7A 145LA 1CV6A 1LI6A 1T97A 1L56A 3A67Y 1IP5A 4XJDA 1IP2A 4LZMA 2O4WA 1L21A 3A96A 1DKKA 1GFKA 1IP4A 1VDSA 2MEEA 2FBBA 3SBAA 1I56A 3HFMY 1P6YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BB3 A;  3A8Z A;  1RCM A;  1G7L C;  1NMM A;  3EMS A;  2Z6B A;  3W6D A;  4N0J A;  1GBX A;  4WO6 A;  122L A;  5C6I A;  1NKH A;  1DQJ C;  1L14 A;  1GF3 A;  1NWG A;  5LYM A;  210L A;  1AM7 A;  1T6V L;  1C6T A;  5KXR A;  1L99 A;  1C6G A;  3C82 A;  1CNS A;  2D91 A;  1LJK A;  4H93 A;  227L A;  5I53 A;  125L A;  213L A;  3M3U A;  1JEF A;  1TDY A;  4WM2 A;  3GXK A;  1B5V A;  4B0D A;  1HEW A;  4I7S A;  3GUM A;  4LYC A;  132L A;  1GBO A;  1FBI X;  2DKV A;  2YSS C;  2Q0M X;  3FE0 A;  4I7O A;  2RBQ A;  2YBH A;  4HSF A;  3HDE A;  234L A;  137L A;  173L A;  2Q9E A;  108L A;  1UAC Y;  2MEH A;  5KXY A;  2HEE A;  165L A;  2FYD A;  133L A;  1G7M C;  4NHQ A;  3K3T A;  3ATN A;  2D4K A;  3VWO A;  1PQK A;  1RE2 A;  1SWY A;  4ML7 A;  1YAP A;  3T36 A;  3HH3 A;  1XEK A;  4WLY A;  4MR1 A;  1PQJ A;  250L A;  1L94 A;  4W52 A;  186L A;  3JR6 A;  2QAR C;  5B1F A;  5DM9 A;  4ARJ A;  3CT0 A;  1RFP A;  5I4X A;  1B6I A;  4I7M A;  5LAF A;  4J7V A;  3EML A;  2ZIL A;  4BS7 A;  4EPF A;  1IVM A;  184L A;  2G4N A;  1OUG A;  2I6Z A; 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