4J7VA

Crystal structure of cross-linked hen egg white lysozyme soaked with 5mm [ru(benzene)cl2]2
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solid Artificial Metalloenzymes: Post-Engineering of Porous Protein Crystals by Organometallic Complexes
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4j7vA00
4BS7A 1AKIA 4YEMA 1IP4A 3A94A 4J1AA 1PS5A 2MEFA 4O34A 3J6KA 2MEBA 1GFVA 1XGUC 5C6LA 5L3HA 1IP1A 3A90A 4H9FA 5J7CA 5FHWA 1TCYA 2ZQ4A 3FI7A 1KXXA 1GB6A 1WQOA 1GXV2 3WYHA 3W3EA 1B0DA 1XFPL 1ZV5L 4YM8A 1RI8B 1LCNA 4B1AA 1B5VA 4NHTA 1GF0A 2Z18A 4DD2A 1F10A 1NQIA 1ZVYB 4TSCA 1HSXA 3WUNA 134LA 1CKFA 4OW1A 4N1EI 1T6VL 1LZNA 5HNLA 1B7NA 1BB3A 5KXNA 1GB5A 2EKSC 3SP3A 3TMWA 1FKQA 2ZYCA 1FN5A 2BLXA 4MR1A 4DDCA 5KXRA 1GPQC 5LYMA 2CWIA 4ZFPA 1LJ4A 1LJFA 1NKHA 1GFEA 1GB3A 1LMPA 5I4XA 5I4WA 1JUGA 5KXXA 5LINA 4H91A 1IR8A 3EO5A 1I1ZA 4B4EA 4TSBA 1IWUA 1HEOA 4B4IA 4KXIA 2G4QA 2HEFA 2YDGA 154LA 1GB9A 2EQLA 1AZFA 1C7PA 1YAMA 5D5FA 2Z12A 4RLNA 4QDNA 1QDRA 1FLYA 1LHKA 1UIDA 3EMSA 2Z39A 1IC7Y 4WL6A 1IVMA 1JTOL 4H93A 2ZQ3A 1SQ2L 3GXRA 133LA 1HSWA 4DD9A 4XN6A 3P4ZA 1YAPA 5B07A 1LHHA 4PPOA 4CFOA 5KXTA 2EIZC 1JKDA 3GXKA 1KXWA 1LOZA 2CJLA 4G4BA 1Z55A 1IX0A 4GCDA 4NWEA 4PRQA 5APEA 3A95A 3J4GA 4NHSA 3K3TA 1JPOA 3AZ5A 4TUNA 4M6DA 2W1YA 1JEFA 5APFA 4WO9A 1LPIA 4WM5A 1J1PY 1YKYX 2MEGA 3A93A 4GLAA 5HNCA 1GF8A 1QUTA 5T3FA 3FE0A 2LHMA 5APCA 1LZSA 2BQNA 1FLUA 1XEKA 3AJNA 4NY5A 4G49A 2C8OA 1B7PA 1C43A 1GF7A 4EMNA 1IEEA 3AGHA 1LJIA 4KL7A 4LYTA 4NG8A 5KXMA 3MGWA 2BQEA 4N8ZA 1LMAA 2DQJY 4MCKA 1D0KA 1OUIA 1WQNA 1BHZA 4H8XA 4WG1A 1I56A 1B9OA 1LMCA 1KIRC 4NSHA 1JKCA 1GDXA 1YQVY 4M4OA 1ALCA 1LZAA 1KXYA 1LSFA 1UC0A 1VDQA 1QIOA 4G9SA 2A7DA 207LA 1LSYA 1HFYA 5F81A 5LAGA 1YILA 3CQLA 1G7IC 5IELA 1IWYA 1WQPA 1UUZC 3ATOA 3CT5A 4WLYA 5LVKA 1RFPA 1LSGA 5DM9A 1NWGA 3N9AA 1QSAA 4DT3A 2MEEA 2EPEA 3IWRA 4Z98A 2D4IA 4LYZA 1GBXA 1LMNA 5KXOA 1B7QA 1NMMA 4ETDA 2RSCA 1GB8A 1REYA 1WTNA 5LAFA 1LZEA 1YIKA 1JHLA 4CJ2A 1C08C 1F0WA 4NSGA 193LA 5LVJA 4PGJB 2H9JA 4J7VA 4ETBA 4G4HA 4H9AA 5APDA 1XSFA 1IP7A 1IC5Y 1YROA 4DYGA 1WTMA 5A3EA 1TBYA 4GN5C 1VDSA 5C6IA 1D0MA 4DD1A 1XEIA 1AM7A 1NDMC 2YVBA 4NSIA 3LYTA 4WG7A 2ZIJA 1B7LA 1LYSA 1DPXA 1P2CC 1UIFA 4NIJA 4NEBA 5I5QA 5I4YA 1IP2A 4CFPA 2DQGY 4AXTA 3WPLA 3WVYA 1T3PA 2BQAA 1FBIX 2BQDA 3A3QA 4OWAA 4TTDA 3T36A 4KPMA 1JJ0A 5KXWA 2B5ZA 4ETEA 5M1YA 1HFZA 1UBZA 1YANA 1LJGA 2YBJA 5B05A 1GXXA 2FYCA 1GD6A 2YBIA 1B5ZA 3D3DA 2F2NA 4WM4A 4EOFA 4WLTA 1LJEA 4H8ZA 4HTKA 4ET8A 1LZTA 3N9CA 1IWTA 3WW5A 2CDSA 1AT6A 3RU5A 4ZEEA 1ZMYL 1IWWA 4XENA 3W6FA 5C6JA 1B5UA 1D6QA 1B7RA 1QDTA 1OUDA 3B6LA 1BVKC 4GCFA 4H9BA 3TXIA 1XGTC 4XJFA 1IOCA 1GFAA 1LZ4A 3P65A 4XJBA 3OK0A 4HPEA 1GF3A 2DBTA 194LA 2ZNXY 1GE3A 4H92A 3M18B 2XTHA 1HEMA 3TXHA 3VWOA 1DI4A 5KXKA 1VDPA 1LMQA 4NGZA 1B2KA 1JKAA 1GBZA 1IO5A 1G7LC 1FLWA 1YKZX 3LZ2A 4FDYA 4WLXA 4YEOA 1C45A 1LAAA 3TXFA 4DD0A 1LHMA 3A6BY 2DQAA 4HV1A 4LFPA 3QY4A 5AMYA 3HBEX 3IJUA 3QNGA 4P2EA 4Z41A 4UWNA 1LMTA 4B0DA 3P66A 5ILCA 4NGIA 1BVXA 2DQDY 3B0KA 4OWEA 4XYYA 9LYZA 2F4AA 5KJ9A 1NDGC 1BB6A 1CJ7A 1LSDA 5B1GA 5ILFA 1UICA 3A96A 1UIGA 2DQIY 1VATA 4NFVA 1LHJA 1NBZC 1LSZA 4NGKA 1A2YC 1LJ3A 1VFBC 3F6ZA 1GDWA 2ZIKA 1F6RA 3TXJA 1JISA 3WU7A 3AYQA 3ZVQA 3WH1A 3A8ZA 4QY9A 2W1XA 2BQHA 3AZ7A 2F4GA 5LYZA 1BWIA 1LJNA 3AW7A 4HPIA 1IC4Y 4QEQA 1WQQA 5DL9A 2BQLA 2BQJA 4LYOA 1LKSA 5F9XA 1LMOA 4GCBA 4LGKA 1JITA 3KAMA 4OWBA 1GE2A 3IJVA 1V7SA 3A91A 1GBOA 1H87A 1LHLA 4XJIA 2H5ZA 1IOSA 7LYZA 3WXUA 3RZ4A 2G4NA 208LA 3LHMA 132LA 1IWVA 1GF4A 1GB7A 1JTPL 4NGYA 1BB5A 1NHEA 1OUBA 1UIAA 4LZTA 4X3BA 5KY1A 4RLMA 1DQJC 2BLYA 1OQMA 4NGWA 2LYMA 1DPWA 5FCPA 1BWHA 1SLYA 1D9UA 2ZYPA 4KT3A 4RW1A 3TMUA 1WQRA 1VAUA 1QQYA 2DQEY 3HBHA 1GFGA 1DKJA 2YBMA 1LTMA 2XJWA 4RDSA 4XJHA 1UIBA 1LYYA 2Z38A 5D5CA 3LN2A 1LJHA 4R0FA 3TXEA 1HNLA 2GV0A 1LJJA 1JIYA 1JWRA 5EBHA 1GFJA 2DQFC 1IORA 1FLQA 2ZWBA 1GE0A 2XBRA 4DC4A 4J1BA 2HU1A 4LT3A 1IR7A 5B06A 5I54A 3CSRA 4W94A 4NSJA 3A3RX 1CKGA 2LZ2A 1CKDA 2YBHA 5DN5A 2XBSA 1DI3A 4N0JA 3EBAB 4LYCA 2YBLA 1YL0X 4XJGA 5E9RA 1HEQA 3EXDA 1TDYA 1C10A 2IFFY 4ET9A 1YAQA 1JKBA 4Z46A 3CB7A 1JJ3A 3WMKA 1QSWA 1LSEA 135LA 1BQLY 1GEZA 4PJ2C 3RT5X 1OUCA 1LZ9A 1RCMA 4LT1A 4NGLA 1H6MA 1JJ1A 1YAOA 2LYOA 3BKHA 1GE4A 1W6ZA 3AGIA 3B0OA 2DKVA 1NF5A 1RJCB 2HU3A 4IATA 1IP6A 3WU8A 1DZBX 1CKCA 5A3ZA 1IP3A 1HENA 1TAYA 5FDJA 1GBSA 4GCCA 4H9IA 1LZ1A 4CGEA 3WL2A 1JSEA 1V7TA 1BB7A 1A4VA 3A34A 4LT2A 2H9KA 1GFHA 4PHIA 3AZ6A 4NHQA 4WOAA 4WM1A 4N9RA 3WVXA 5KXLA 4N1CC 3CSQA 2BQIA 5FELA 1HMLA 4LYMA 2NWDX 1XGQC 4HV2A 2PC2A 3G3BB 4BADA 4A7DA 5II3A 3TXDA 3RW8A 3ZVQB 1HFXA 1UIHA 1IIZA 1DKKA 2D4KA 1IY4A 3A67Y 4HTQA 1W08A 2D4JA 1OUAA 3G3AB 5DLAA 3AB6A 1CJ6A 1LZYA 4H9HA 4B4JA 5HQ1A 3P68A 3D9AC 4AGAA 4IASA 4YF2A 1GE1A 2Z2EA 2N5ZA 4DD3A 4GLVA 2D91A 3AGGG 4I8SA 1INUA 4DDBA 5F14A 1E8LA 1LZ5A 1VDTA 2I25L 1KIQC 3ULRA 1OUGA 1KIPC 1BWJA 4HJYA 4LFXA 5KKJA 1GWDA 4GN4A 5KKIA 4LYBA 6LYZA 1B5WA 4TX7A 4ZIXA 5LXWA 1G7JC 1GB0A 1PZYA 1CJ8A 5HMVA 1REXA 1UCOA 4GCEA 3TXKA 4CHXA 4HJZA 1REMA 3CSZA 5IDDA 3WULA 1D6PA 4HJVA 4H1PA 1YL1X 1HELA 2ZNWY 1N4FA 2MEDA 4H90A 1CKHA 2HEAA 4HSFA 1J1OY 1WQMA 1EQEA 1XGPC 4OWHA 1LZRA 3WUMA 3ZEKA 1F6SA 1UIEA 1VEDA 5L9JA 3TXBA 3T6UA 1LZBA 3LYZA 1LSNA 4YENA 5LA5A 1LZ8A 5F16A 3W6DA 1GF6A 3HBDA 2IHLA 2W1LA 4GN3A 1LSCA 4R6CA 1IY3A 2BQCA 5LVGA 2MEHA 4NWHA 1HEPA 5F9UA 3A6CY 3P64A 4LT0A 4WL7A 3WPKA 3A92A 4DWXA 4NGVA 1LSAA 2HEEA 2HUBA 1OUHA 2I26L 1GAYA 3N9EA 4I0CA 5KXPA 4ETCA 1D0LA 5LVHA 1EL1A 4J0LA 2WARA 1CNSA 1B5XA 1OP9B 2BAAA 5E4PA 5B1FA 1I20A 1GFTA 1EQ4A 1IOQA 1O23A 1XGRC 1B7OA 5HLLA 5IHGA 1B7SA 1DXJA 4HTNA 4H8YA 4H9EA 4UWVA 1FKVA 1LZDA 2DQCY 2ZILA 2DQHY 4ANRA 2BQOA 2Z19A 4WM2A 1B7MA 3W6CA 3HFMY 1LZ6A 1C46A 3TXGA 1LSPA 4FJRA 1LJKA 2Z37A 4H94A 1J1XY 1HHLA 4IJ4A 1GHLA 1RE2A 2X0AA 4WM6A 1LZGA 1GAZA 1OUFA 4XADA 3WUAA 4MSTA 3WXTA 1IWZA 1FDLY 5I53A 3CT0A 3W6EA 1JTTL 4ETAA 1GFKA 2Z2FA 4NHPA 1GEVA 4DDAA 1QTKA 8LYZA 2YBNA 1GBWA 1GF5A 4NHIA 1WVUA 5K7OA 1MELL 1OUEA 1UA6Y 2AUBA 2C8PA 2D6BA 4W96A 1BB4A 4NGOA 2HEDA 3CT1A 4C3WA 1LHIA 2MEAA 1IP5A 4ML7A 1OUJA 4OOOA 3TMVA 2MEIA 4NG1A 5HMJA 4BAFA 2LYZA 1LSMA 1WVVA 1XEJA 2CGIA 4QGZA 1ZVHL 5DN4A 4BAPA 1IOTA 4DD7A 4E3UA 4XJDA 1BGIA 1QUSA 1QTEA 5LA8A 2BQKA 2BQBA 4PRUA 1GFRA 2Y8PA 6LYTA 1HEWA 1LSBA 5L3IA 4TWSA 3W6AA 1TEWA 2HEBA 2F30A 3OJPA 2BQMA 4RW2A 4WM3A 5FEKA 4B49A 5B59A 153LA 1HC0A 5KXYA 3LZTA 3ATNA 4L41A 2I6ZA 1B5YA 5LVIA 1HERA 4II8A 4OWCA 1CJ9A 1YKXX 1GBYA 1LKRA 2VB1A 3E3DA 4UWUA 5FSTA 2FBDA 4G4CA 4U3XB 5JENB 1LYOA 4Z3MA 3AZ4A 3QE8A 1LZCA 4H9CA 1AT5A 2BQFA 3WPJA 1G7HC 2LZTA 1DI5A 4WMGA 5KXZA 2MECA 3AW6A 4D9ZA 1EQ5A 2FYDA 3LYOA 1IR9A 3BKVA 2BQGA 4WLDA 2Q0MX 1REZA 5LIOA 1GF9A 1MLCE 3WU9A 1HMKA 2BPUA 2HECA 3M3UA 3LYMA 3B0IA 5KXSA 3TMXA 1JSFA 5LYTA 1GB2A 4WO6A 1G7MC 4YOPA 2G4PA 1UACY 1HF4A 2A7FA 3B72A 1IWXA 3RNXA 4NGJA 2HTXA 2YSSC 4N5RA 1LYZA 2W1MA 2FBBA 4HP0A 4OOTA 3W6BA 1NBYC 3WW6A 4C5FA 1GFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AKIA 1LGXA 1OWZA 4O34A 3J6KA 1GFVA 1XGUC 3HTBA 1L57A 1L22A 1C6AA 1TCYA 1B0DA 3SB5A 4YM8A 145LA 1GF0A 2Z18A 1HSXA 1P5CA 186LA 1LZNA 1B7NA 1BB3A 3TMWA 3TXEA 4DDCA 5LYMA 175LA 1L99A 1GFEA 1JUGA 1L61A 5LINA 4H91A 3PDSA 103LA 1L87A 4I7RA 1IWUA 1L73A 4S0WA 1QUGA 154LA 1GB9A 5D5FA 1D3MA 1FLYA 1WTHA 1UIDA 3EMSA 2Z39A 1L50A 178LA 1HSWA 4XN6A 3GXKA 1LOZA 2CJLA 4G4BA 1Z55A 4TUNA 5APFA 2F32A 1LPIA 1LYDA 1QT6A 3C7YA 3GULA 3AJNA 4NY5A 4G49A 1B7PA 4EMNA 1LJIA 3MGWA 4MCKA 2DQJY 1D0KA 4DQ7A 4I7MA 1ALCA 1UC0A 1QIOA 4ARQB 5LAGA 226LA 5IELA 7LZMA 3CT5A 4WLYA 1RFPA 5DM9A 1NWGA 1QSAA 4DT3A 148LE 261LA 2EPEA 130LA 3IWRA 1GBXA 1L12A 1NMMA 2RSCA 4GBRB 1GB8A 1WTNA 1QTBA 4CJ2A 1C08C 1F0WA 193LA 1PQMA 1P7SA 1C63A 4ETBA 1KY0A 1L30A 5A3EA 1C6FA 141LA 1VDSA 1LI6A 1XEIA 2OE9X 1AM7A 4NSIA 2ZIJA 1LYSA 4NEBA 1L84A 246LA 2DQGY 4AXTA 3WPLA 3LZMA 1FBIX 1SX2A 1CU5A 3PBLA 4WLTA 4HTKA 1LZTA 4W57A 4ZEEA 4XENA 3W6FA 1L36A 1B7RA 4YXAC 3B6LA 4E97A 104LA 1CV4A 3P65A 4HPEA 2DBTA 2ZNXY 3QAKA 4ARPA 4NGZA 1B2KA 1JKAA 1C6TA 4YXCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BS7 A;  1AKI A;  4YEM A;  1IP4 A;  3A94 A;  4J1A A;  1PS5 A;  2MEF A;  4O34 A;  3J6K A;  2MEB A;  1GFV A;  1XGU C;  5C6L A;  5L3H A;  1IP1 A;  3A90 A;  4H9F A;  5J7C A;  5FHW A;  1TCY A;  2ZQ4 A;  3FI7 A;  1KXX A;  1GB6 A;  1WQO A;  1GXV 2;  3WYH A;  3W3E A;  1B0D A;  1XFP L;  1ZV5 L;  4YM8 A;  1RI8 B;  1LCN A;  4B1A A;  1B5V A;  4NHT A;  1GF0 A;  2Z18 A;  4DD2 A;  1F10 A;  1NQI A;  1ZVY B;  4TSC A;  1HSX A;  3WUN A;  134L A;  1CKF A;  4OW1 A;  4N1E I;  1T6V L;  1LZN A;  5HNL A;  1B7N A;  1BB3 A;  5KXN A;  1GB5 A;  2EKS C;  3SP3 A;  3TMW A;  1FKQ A;  2ZYC A;  1FN5 A;  2BLX A;  4MR1 A;  4DDC A;  5KXR A;  1GPQ C;  5LYM A;  2CWI A;  4ZFP A;  1LJ4 A;  1LJF A;  1NKH A;  1GFE A;  1GB3 A;  1LMP A;  5I4X A;  5I4W A;  1JUG A;  5KXX A;  5LIN A;  4H91 A;  1IR8 A;  3EO5 A;  1I1Z A;  4B4E A;  4TSB A;  1IWU A;  1HEO A;  4B4I A;  4KXI A;  2G4Q A;  2HEF A;  2YDG A;  154L A;  1GB9 A;  2EQL A;  1AZF A;  1C7P A;  1YAM A;  5D5F A;  2Z12 A;  4RLN A;  4QDN A;  1QDR A;  1FLY A;  1LHK A;  1UID A;  3EMS A;  2Z39 A; 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 1UA6 Y;  2AUB A;  2C8P A;  2D6B A;  4W96 A;  1BB4 A;  4NGO A;  2HED A;  3CT1 A;  4C3W A;  1LHI A;  2MEA A;  1IP5 A;  4ML7 A;  1OUJ A;  4OOO A;  3TMV A;  2MEI A;  4NG1 A;  5HMJ A;  4BAF A;  2LYZ A;  1LSM A;  1WVV A;  1XEJ A;  2CGI A;  4QGZ A;  1ZVH L;  5DN4 A;  4BAP A;  1IOT A;  4DD7 A;  4E3U A;  4XJD A;  1BGI A;  1QUS A;  1QTE A;  5LA8 A;  2BQK A;  2BQB A;  4PRU A;  1GFR A;  2Y8P A;  6LYT A;  1HEW A;  1LSB A;  5L3I A;  4TWS A;  3W6A A;  1TEW A;  2HEB A;  2F30 A;  3OJP A;  2BQM A;  4RW2 A;  4WM3 A;  5FEK A;  4B49 A;  5B59 A;  153L A;  1HC0 A;  5KXY A;  3LZT A;  3ATN A;  4L41 A;  2I6Z A;  1B5Y A;  5LVI A;  1HER A;  4II8 A;  4OWC A;  1CJ9 A;  1YKX X;  1GBY A;  1LKR A;  2VB1 A;  3E3D A;  4UWU A;  5FST A;  2FBD A;  4G4C A;  4U3X B;  5JEN B;  1LYO A;  4Z3M A;  3AZ4 A;  3QE8 A;  1LZC A;  4H9C A;  1AT5 A;  2BQF A;  3WPJ A;  1G7H C;  2LZT A;  1DI5 A;  4WMG A;  5KXZ A;  2MEC A;  3AW6 A;  4D9Z A;  1EQ5 A;  2FYD A;  3LYO A;  1IR9 A;  3BKV A;  2BQG A;  4WLD A;  2Q0M X;  1REZ A;  5LIO A;  1GF9 A;  1MLC E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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