4LFPA

X-ray structure of the adduct between hen egg white lysozyme and a homoleptic gold(i) complex with the saccharynate ligand
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The mode of action of anticancer gold-based drugs: a structural perspective.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lfpA00
1DI3A 1C10A 1BVKC 3A6BY 1LZGA 1NKHA 1G7JC 1HMLA 1GB0A 4GCDA 4NWEA 4CGEA 5IHGA 4NHSA 132LA 4J1AA 1XSFA 1D6PA 1G7LC 1UIFA 1ZV5L 4H93A 4WLXA 1WQMA 1JJ1A 5L9JA 4H8ZA 3B6LA 4W94A 1YAPA 3HFMY 1B7LA 1GFGA 1TEWA 3TXFA 1LMPA 1B5YA 3CB7A 2DQIY 1LSGA 4B4IA 1LZCA 1HHLA 4WLDA 1IO5A 4DWXA 4QEQA 3TXKA 1A4VA 2FYDA 4NGLA 1WTMA 3EO5A 1LJ4A 1GFTA 5APFA 2YBLA 3WMKA 1B5ZA 1LSAA 1LZ1A 3J4GA 2BQAA 4B0DA 4OWAA 5ILCA 1GF9A 1XEIA 1KXYA 1XFPL 2A7DA 3D9AC 4WL7A 1IOSA 3SP3A 3CT0A 1UUZC 5A3ZA 1CKGA 1JSFA 1D0KA 2DQEY 134LA 3WL2A 4DDAA 1SQ2L 3A3QA 1RFPA 3RZ4A 1HEQA 2HU1A 1TCYA 3EXDA 3WUNA 4YM8A 1J1XY 1I1ZA 4LZTA 1J1PY 4KPMA 5FEKA 1ALCA 5I54A 1GF0A 3IWRA 1GAYA 4G4BA 1QDRA 1LHMA 2EPEA 1GBYA 4WG7A 3LYMA 1HEPA 4XN6A 4H9EA 3W6BA 5LYTA 5DN5A 2Z18A 3WPJA 3QE8A 4GLVA 5LAGA 5LXWA 1GB8A 3CSZA 4DD9A 1BB5A 1IORA 1NF5A 4BS7A 4UWNA 1HEWA 4Z98A 2HEAA 5HMJA 3FI7A 1RI8B 4RLNA 1REXA 4XYYA 1YL0X 3ATNA 3G3BB 1IWVA 1MLCE 1PS5A 4LT1A 1D0MA 1B5XA 4ETCA 1BQLY 4LGKA 4UWVA 1GFRA 1B7NA 4EOFA 1IEEA 5DM9A 5II3A 5LVJA 4N9RA 1XGTC 4GN5C 3TXIA 1H6MA 1A2YC 4NFVA 1GB7A 3WXUA 1YQVY 1B5WA 5I4XA 2VB1A 4HJZA 1JJ0A 2HU3A 1IR7A 2D4IA 3AJNA 4NGKA 4CFPA 3B0OA 4H90A 4H8YA 1B9OA 3BKVA 5DL9A 1WQNA 5FCPA 5KXLA 3N9AA 3BKHA 3WU8A 4ET8A 5LA8A 1LMQA 1W6ZA 4NIJA 6LYTA 3ZVQA 2C8PA 1IWYA 5B07A 1FN5A 1CKHA 2HEDA 2ZQ3A 2BQOA 2G4QA 4TX7A 5B06A 5KXZA 1RCMA 2Z37A 4N8ZA 3W6CA 5LVIA 1NQIA 1VFBC 3WW6A 3WXTA 4HJYA 5F14A 4ZEEA 1LKRA 1F10A 1QDTA 1G7HC 1GE0A 4QY9A 1LMAA 1YILA 3EMSA 3ATOA 1GF8A 3FE0A 1GB2A 1UBZA 2ZNXY 5I4YA 5B1FA 1LTMA 5KXRA 2DBTA 2XBRA 4YEOA 2CWIA 1GBOA 4NSIA 5HNLA 3RNXA 4A7DA 4DD1A 1LZ4A 4IATA 4WM6A 4YF2A 4GN4A 1GD6A 1NBZC 1B0DA 1CJ7A 2Z19A 4R0FA 1JWRA 4TSCA 3HBHA 1REMA 4QDNA 1IP4A 4DYGA 207LA 1IP6A 1PZYA 1GE2A 2ZILA 2F4GA 3WU9A 2MEHA 4NHIA 193LA 4ANRA 1G7MC 1LKSA 4N0JA 1GE3A 3TMXA 3WVXA 1IR9A 1LHIA 1IOQA 1B7RA 1IWZA 5L3HA 3IJUA 1GBXA 1QSWA 1CJ8A 2X0AA 3AW7A 3TXGA 4H9FA 1LZSA 1FLYA 3HBDA 4MCKA 1LSPA 2DQFC 3TMWA 153LA 5F16A 1LJGA 1NDMC 4WLTA 1UIAA 1QTEA 1YANA 1IR8A 1FLUA 1GB9A 3P64A 1IOCA 2EIZC 4NSGA 3KAMA 1QUTA 1QTKA 1GBZA 4NWHA 3GXRA 3A94A 3TMUA 1IP1A 1HELA 1KXWA 1DKKA 2D4JA 3VWOA 1HEOA 1H87A 2BLXA 3TXJA 4D9ZA 4HJVA 1FKQA 5D5CA 5APCA 1UCOA 4RDSA 4H9BA 4B1AA 4GCBA 4HV2A 3WPKA 1HSXA 133LA 4FJRA 3LYZA 1J1OY 4ETDA 2YBMA 4GCFA 4XJGA 2CDSA 4GCCA 1IWTA 4NGOA 3A96A 2BQJA 4LT2A 5B05A 1DZBX 5KY1A 3AW6A 5J7CA 1O23A 1REYA 4DD7A 3CT1A 2HTXA 4NGVA 1IWWA 1GF4A 1JHLA 1DI5A 4BADA 5ILFA 3RT5X 4ETBA 3TXEA 1SLYA 5APEA 5LINA 1LPIA 1QUSA 2DQDY 4ET9A 1OUDA 1I20A 1LZRA 5L3IA 2BPUA 1EQ5A 4H9CA 4NGJA 2G4PA 1C45A 1RJCB 2NWDX 3OK0A 5LIOA 3WU7A 5KXMA 1OUCA 3QNGA 4NGZA 1UIDA 2F4AA 5KXSA 4WM5A 4LYOA 1IY3A 3W6AA 1Z55A 4BAFA 2XJWA 4HP0A 3WH1A 1DXJA 1UIGA 5IDDA 4YEMA 1NWGA 2MEAA 4Z41A 1GB5A 1F6RA 1LSYA 2ZQ4A 1GFAA 2MEBA 4G4CA 1LZTA 5B1GA 4ETEA 5M1YA 2BQNA 4OWBA 4GCEA 1UA6Y 4XADA 3TXBA 1C43A 1LHKA 4PRQA 1IWXA 2AUBA 3J6KA 4WO6A 3LZTA 3MGWA 1FBIX 1JSEA 4WOAA 3GXKA 1GFVA 1LJKA 4CFOA 2I25L 1ZVYB 2H9JA 3K3TA 1HFXA 3P68A 3WVYA 1LZYA 3AYQA 1WQPA 4WMGA 2YBIA 4G49A 3CT5A 1LJJA 2BLYA 3A90A 4B4JA 4ZIXA 4XJFA 1GBWA 4OWHA 1LJNA 4PGJB 3LYTA 1BVXA 1BWHA 5LYMA 1BWJA 2D6BA 1OUFA 1HFZA 4XJDA 3HBEX 1D9UA 1LZ8A 3A3RX 194LA 4N5RA 1GE4A 1XGQC 4M6DA 2MEDA 4XENA 5E9RA 3RU5A 1EL1A 1TAYA 1GFUA 4LYZA 4LYTA 1AT6A 5HLLA 5E4PA 2Z2FA 4HTNA 5C6IA 1HMKA 1XEJA 1ZVHL 2ZWBA 1BB7A 5HNCA 2CJLA 1MELL 1LSEA 5FSTA 4KL7A 4PJ2C 1GFKA 3CQLA 4OOTA 1BGIA 1REZA 5LVHA 1B7OA 4DD3A 4E3UA 4TSBA 5DN4A 2BQGA 1B5UA 1XGRC 5IELA 5F9XA 1VATA 3A8ZA 135LA 2DQAA 1IP5A 3N9EA 1B7MA 1UACY 4TUNA 3F6ZA 4C3WA 4HSFA 1B7SA 1ZMYL 2Y8PA 4KXIA 3AZ7A 1IP2A 1HFYA 1GXXA 3W6DA 5FDJA 4RW1A 1IC5Y 1IP7A 5LAFA 4HV1A 1IOTA 3AGGG 5F9UA 1LJ3A 1AM7A 1YAOA 4WM1A 4Z46A 1GXV2 1LMTA 1CJ9A 1LJEA 1JTTL 1OUHA 4NG8A 4WM4A 5LA5A 4PPOA 1AT5A 1JITA 4TTDA 1GFHA 1LZ9A 1CKCA 4LYCA 1GF5A 1I56A 2W1YA 5A3EA 5APDA 1C08C 1DPWA 5I5QA 5JENB 1IWUA 2BQHA 1KIQC 1VEDA 5D5FA 3P66A 1BB4A 4CJ2A 3N9CA 2LZTA 2XBSA 3LN2A 1JKCA 2HEBA 1UICA 1WQOA 1YKZX 4H9HA 2ZNWY 2YDGA 4FDYA 4U3XB 3TXDA 2I6ZA 4DT3A 4DD0A 3LHMA 1JIYA 1LSNA 4IASA 5T3FA 1UC0A 2Z2EA 1LZ6A 2BQDA 1JKDA 1GBSA 1NBYC 3A93A 3E3DA 4LYMA 3TXHA 5KXKA 1LYSA 1OUJA 4AXTA 1IVMA 1GDXA 1FDLY 1DI4A 4NHQA 4OWEA 1C7PA 1LYYA 1YL1X 1LJHA 3D3DA 4WM3A 4DDCA 2Z38A 4W96A 4NGWA 1JUGA 1T6VL 2HEFA 4ZFPA 3B72A 1LJFA 1YAQA 3B0KA 3WW5A 2XTHA 1LZEA 2Z39A 4N1CC 3P4ZA 3CSQA 1WQQA 1OUAA 2BAAA 4B4EA 6LYZA 1YROA 1LCNA 1VDPA 2MEEA 1B7PA 1EQEA 2EQLA 5KXYA 1BWIA 4OOOA 4II8A 1LAAA 3AZ6A 4KT3A 4HPIA 4LT3A 1LHJA 1GF3A 1FKVA 1KXXA 1B2KA 1CKDA 2DQCY 2W1XA 2BQKA 3A91A 2Z12A 4YOPA 1LOZA 3B0IA 208LA 2BQBA 2ZYCA 3AGHA 1FLQA 1N4FA 1V7TA 1E8LA 5LVKA 4WO9A 1GE1A 5KKIA 3M18B 3A67Y 4DC4A 5KXNA 1D0LA 1LZBA 5HMVA 4J1BA 4MR1A 1GPQC 2B5ZA 1BB6A 4EMNA 1OUIA 2W1MA 1GF7A 4NG1A 4WL6A 4PRUA 4G4HA 1LSBA 1YKYX 4H94A 3W6EA 1IC7Y 1B7QA 2C8OA 1IX0A 4BAPA 5K7OA 2YBNA 1EQ4A 2YVBA 4WLYA 2MEGA 1JKAA 2IFFY 4IJ4A 4YENA 5EBHA 2MEIA 5KXPA 3CSRA 1JPOA 1LMNA 4RW2A 4MSTA 1QSAA 4CHXA 1LYOA 9LYZA 1HENA 1NHEA 1IP3A 1F6SA 2RSCA 4C5FA 5KXOA 2LYZA 2YBHA 1D6QA 1W08A 3LZ2A 1LSCA 1F0WA 1JISA 1YIKA 2HECA 4G9SA 5KKJA 5B59A 1IC4Y 1LZAA 2N5ZA 5KXXA 3IJVA 1VDTA 1OUEA 5HQ1A 4WG1A 1DKJA 1FLWA 1AKIA 1B5VA 2G4NA 2Q0MX 2A7FA 2YSSC 4NY5A 5LVGA 1GWDA 1HF4A 4ML7A 4UWUA 1LSDA 4HTKA 2MEFA 2FBDA 4M4OA 1YKXX 3ZEKA 1INUA 1AZFA 3AGIA 4GN3A 1NDGC 1GFJA 1GB6A 2H5ZA 3AB6A 1VDQA 3LYOA 5LYZA 2I26L 5C6LA 2LZ2A 2BQLA 1TDYA 1GEZA 1XGPC 4NSJA 4TWSA 1VAUA 1UIEA 3A92A 4N1EI 1BHZA 1LJIA 1XEKA 4AGAA 4DD2A 1JTOL 1T3PA 4H1PA 5KJ9A 2F30A 3OJPA 3TMVA 3AZ4A 1HNLA 2DQHY 1GFEA 1GF6A 3T36A 4XJBA 1TBYA 4X3BA 2D91A 8LYZA 5I4WA 2HEEA 3M3UA 4H9IA 4L41A 4R6CA 4GLAA 2F2NA 1G7IC 5AMYA 154LA 4XJHA 1GHLA 3G3AB 1LSZA 1WQRA 2D4KA 1GAZA 4NGIA 1DQJC 1HC0A 1OP9B 1YAMA 4I0CA 1JEFA 4H9AA 4NSHA 1KIPC 5FHWA 2BQCA 2FYCA 2W1LA 3A95A 3WUMA 5KXTA 4QGZA 3WULA 4HPEA 2EKSC 3W3EA 1WTNA 5DLAA 7LYZA 4O34A 1IIZA 1OUBA 2HUBA 2H9KA 4XJIA 1NMMA 1HSWA 1GDWA 1LMOA 1QQYA 2LYOA 4NHPA 4RLMA 1LHLA 4OWCA 1WVVA 3WPLA 1P2CC 2BQMA 5KXWA 1KIRC 1GB3A 3W6FA 2BQFA 1LHHA 3ULRA 3P65A 1RE2A 1LSMA 4I8SA 1LZ5A 1C46A 4NEBA 1V7SA 2PC2A 2CGIA 3A6CY 1CJ6A 1UIBA 4P2EA 1VDSA 3T6UA 1CNSA 3A34A 1LYZA 4H92A 2DKVA 2YBJA 2BQIA 2FBBA 2IHLA 4LFPA 1CKFA 4J0LA 3ZVQB 1OUGA 3RW8A 2DQGY 5FELA 1LZNA 2ZIJA 4ETAA 4WM2A 4NGYA 1LZDA 4H91A 2ZYPA 1OQMA 5C6JA 3WYHA 1LMCA 5I53A 4B49A 4J7VA 1UIHA 4NHTA 5F81A 2GV0A 4HTQA 4DDBA 1HEMA 1JJ3A 1WVUA 2BQEA 2MECA 1QIOA 4LFXA 4LT0A 1HERA 3EBAB 3QY4A 2DQJY 1BB3A 3AZ5A 4H8XA 2ZIKA 3WUAA 4Z3MA 4LYBA 2LHMA 1XGUC 1JTPL 1LSFA 1JKBA 1GEVA 2LYMA 1DPXA 1IY4A 4PHIA 2WARA 4OW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BVKC 1LZGA 4NHSA 4W56A 1XSFA 1UIFA 1D3JA 1ZV5L 4H93A 5L9JA 1YAPA 3HFMY 1TEWA 1B5YA 4B4IA 1LSGA 3OE0A 4QEQA 4NGLA 5APFA 1LSAA 4W54A 2BQAA 4B0DA 1SWYA 1KXYA 3SP3A 1C6MA 5A3ZA 1D0KA 1SQ2L 3RZ4A 1HEQA 1J1XY 5FEKA 1L21A 168LA 1GF0A 3W6BA 1LHMA 1QUHA 4Z98A 1CTWA 1LYFA 1L39A 3GUPA 3ATNA 1CV5A 1D0MA 2O4WA 4UWVA 5DM9A 4N9RA 4GN5C 3FADA 3V2WA 4NFVA 1GB7A 3C81A 3WXUA 174LA 1OWYA 1JJ0A 2HU3A 1IR7A 3B0OA 5DL9A 4LDOA 1WQNA 2B70A 3N9AA 3BKHA 4DQ7A 1C6BA 5LA8A 1W6ZA 2ZQ3A 2BQOA 5KXZA 3DMZA 2Z37A 3WW6A 3WXTA 1LKRA 1G7HC 2RBNA 2A4TA 3FE0A 1UBZA 1G1VA 4YEOA 1C6LA 5HNLA 4DD1A 159LA 4GRVA 3CDOA 4R0FA 1B0DA 1CJ7A 1QUDA 3DN6A 4DYGA 1IP6A 139LA 1GE2A 1LGXA 1OYUA 125LA 1L93A 3TMXA 2RB0X 2OU9A 3L2XA 1LJGA 2ANVA 120LA 1QTKA 3GXRA 1L10A 3A94A 2Q9DA 2D4JA 3C7ZA 3TXJA 1DYFA 5D5CA 4GCBA 4HV2A 133LA 3LYZA 216LA 1L45A 3AW6A 1REYA 4W55A 4NGVA 1GF4A 1DI5A 2B6WA 1L65A 1SLYA 5LINA 1OUDA 239LA 4H9CA 3SB6A 229LA 3OK0A 111LA 1UIDA 214LA 3RUNA 4Z41A 2MEAA 1GB5A 1F6RA 195LA 1LZTA 1UA6Y 1L92A 1C43A 1G0QA 1JSEA 4W59A 4WOAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DI3 A;  1C10 A;  1BVK C;  3A6B Y;  1LZG A;  1NKH A;  1G7J C;  1HML A;  1GB0 A;  4GCD A;  4NWE A;  4CGE A;  5IHG A;  4NHS A;  132L A;  4J1A A;  1XSF A;  1D6P A;  1G7L C;  1UIF A;  1ZV5 L;  4H93 A;  4WLX A;  1WQM A;  1JJ1 A;  5L9J A;  4H8Z A;  3B6L A;  4W94 A;  1YAP A;  3HFM Y;  1B7L A;  1GFG A;  1TEW A;  3TXF A;  1LMP A;  1B5Y A;  3CB7 A;  2DQI Y;  1LSG A;  4B4I A;  1LZC A;  1HHL A;  4WLD A;  1IO5 A;  4DWX A;  4QEQ A;  3TXK A;  1A4V A;  2FYD A;  4NGL A;  1WTM A;  3EO5 A;  1LJ4 A;  1GFT A;  5APF A;  2YBL A;  3WMK A;  1B5Z A;  1LSA A;  1LZ1 A;  3J4G A;  2BQA A;  4B0D A;  4OWA A;  5ILC A;  1GF9 A;  1XEI A;  1KXY A;  1XFP L;  2A7D A;  3D9A C;  4WL7 A;  1IOS A;  3SP3 A;  3CT0 A;  1UUZ C;  5A3Z A;  1CKG A;  1JSF A;  1D0K A;  2DQE Y;  134L A;  3WL2 A;  4DDA A;  1SQ2 L;  3A3Q A;  1RFP A;  3RZ4 A;  1HEQ A;  2HU1 A;  1TCY A;  3EXD A;  3WUN A;  4YM8 A;  1J1X Y;  1I1Z A;  4LZT A;  1J1P Y;  4KPM A;  5FEK A;  1ALC A;  5I54 A;  1GF0 A;  3IWR A;  1GAY A;  4G4B A;  1QDR A;  1LHM A;  2EPE A;  1GBY A;  4WG7 A; 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 1LMN A;  4RW2 A;  4MST A;  1QSA A;  4CHX A;  1LYO A;  9LYZ A;  1HEN A;  1NHE A;  1IP3 A;  1F6S A;  2RSC A;  4C5F A;  5KXO A;  2LYZ A;  2YBH A;  1D6Q A;  1W08 A;  3LZ2 A;  1LSC A;  1F0W A;  1JIS A;  1YIK A;  2HEC A;  4G9S A;  5KKJ A;  5B59 A;  1IC4 Y;  1LZA A;  2N5Z A;  5KXX A;  3IJV A;  1VDT A;  1OUE A;  5HQ1 A;  4WG1 A;  1DKJ A;  1FLW A;  1AKI A;  1B5V A;  2G4N A;  2Q0M X;  2A7F A;  2YSS C;  4NY5 A;  5LVG A;  1GWD A;  1HF4 A;  4ML7 A;  4UWU A;  1LSD A;  4HTK A;  2MEF A;  2FBD A;  4M4O A;  1YKX X;  3ZEK A;  1INU A;  1AZF A;  3AGI A;  4GN3 A;  1NDG C;  1GFJ A;  1GB6 A;  2H5Z A;  3AB6 A;  1VDQ A;  3LYO A;  5LYZ A;  2I26 L;  5C6L A;  2LZ2 A;  2BQL A;  1TDY A;  1GEZ A;  1XGP C;  4NSJ A;  4TWS A;  1VAU A;  1UIE A;  3A92 A;  4N1E I;  1BHZ A;  1LJI A;  1XEK A;  4AGA A;  4DD2 A;  1JTO L;  1T3P A;  4H1P A;  5KJ9 A;  2F30 A;  3OJP A;  3TMV A;  3AZ4 A;  1HNL A;  2DQH Y;  1GFE A;  1GF6 A;  3T36 A;  4XJB A;  1TBY A;  4X3B A;  2D91 A;  8LYZ A;  5I4W A;  2HEE A;  3M3U A;  4H9I A;  4L41 A;  4R6C A;  4GLA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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