4LGKA

X-ray structure of the adduct between hen egg white lysozyme and au2phen, a dinuclear gold(iii) complex with -dioxo bridges linking the two metal centers
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The mode of action of anticancer gold-based drugs: a structural perspective.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lgkA00
1HFZA 1W6ZA 4GCCA 5KXLA 4C3WA 4XJGA 1IY4A 3W6BA 2N5ZA 132LA 5KXSA 1GFUA 1XSFA 2IFFY 2ZNXY 3AGGG 4I0CA 2BQGA 5E9RA 4OWEA 4IJ4A 1JTOL 1FLQA 5HQ1A 5I4YA 1UIAA 1IEEA 1GF5A 3AZ6A 4WM3A 5B1GA 4NHPA 1VDSA 4XJHA 3T6UA 1GBWA 3AW7A 3B6LA 1IIZA 4OOTA 4TSCA 4WL6A 1LSAA 4YM8A 4WL7A 5F81A 4NSGA 1RFPA 5APDA 5EBHA 2AUBA 1INUA 1GBSA 1H87A 1FBIX 3RZ4A 2XJWA 193LA 2YBHA 4R0FA 1VATA 2G4NA 1IP4A 4NG1A 3A93A 1F0WA 3CSQA 3A34A 4A7DA 1GE0A 2W1MA 4H8XA 4J1BA 2HUBA 3WPJA 2RSCA 1XGQC 5B1FA 1GFGA 1XEKA 4LYTA 1ZV5L 5F9UA 2DQFC 4HTNA 1IP5A 5FHWA 1ZMYL 5KXTA 4HP0A 1YAQA 4PJ2C 3TXKA 4G4CA 5AMYA 4ZIXA 1E8LA 4NHIA 4YOPA 2YBJA 1NBYC 4DDBA 1WQOA 134LA 2ZILA 5KXYA 2DQDY 5HNCA 1B9OA 1LSCA 2F4GA 1LJJA 1OUHA 2Z2FA 3W6AA 1IWWA 4EOFA 4ET8A 4N5RA 5LXWA 1VDPA 4H9HA 3AW6A 5LYTA 2HEDA 5HLLA 1BB3A 2DQGY 2I26L 2Z39A 4RLMA 4AGAA 4RW1A 1GFTA 2HEFA 2Z12A 3HBHA 1BVXA 1XGTC 4OWAA 4FDYA 1XGRC 4GN3A 2ZYPA 5FCPA 4WOAA 5KXKA 1RCMA 2D4KA 4CFOA 1REZA 2X0AA 1B7QA 5KKIA 4XENA 1OUJA 4L41A 4W94A 4NGLA 5K7OA 1LZGA 1GXXA 1TDYA 5DL9A 4H9IA 3WU8A 4ETAA 1B5YA 1UIFA 1UBZA 1RI8B 4X3BA 1DKKA 2CDSA 3G3AB 1HEMA 4G49A 2HU3A 4WG1A 1GFJA 1MELL 4HV2A 1LZEA 4O34A 4NY5A 3P65A 1FN5A 1YANA 3TXBA 1IO5A 4I8SA 3WPLA 1RJCB 3LYOA 4TSBA 1WTNA 1CKHA 3P68A 4BS7A 1LYOA 1ALCA 1G7LC 1YAOA 2G4QA 4WM4A 5FELA 5J7CA 1DXJA 4XADA 1HEOA 3BKVA 4C5FA 4LYCA 1JUGA 1XEIA 1CJ8A 3CSRA 6LYTA 1FKVA 4NG8A 1GB0A 1UUZC 1LYSA 2BQAA 1JPOA 5APFA 1GEZA 4B1AA 1VEDA 3K3TA 4CFPA 2DQCY 5KKJA 5LYZA 5APEA 1VDTA 2W1XA 3A96A 1KIQC 5I4WA 3EXDA 2A7FA 4XJDA 4YF2A 2FYDA 3IJUA 1V7TA 1B7OA 5B59A 1LHMA 3RU5A 1PZYA 1JJ1A 2BQNA 2D6BA 5LVIA 1GBXA 1LZSA 2DQJY 4WO6A 5LA8A 3TXFA 5FEKA 3ZVQB 5B05A 4DD9A 4NHSA 4H9EA 4BAFA 1KIPC 4XYYA 1H6MA 5KY1A 2F2NA 4NGIA 1LJ4A 1IR8A 3LYTA 3W6CA 4W96A 1GE3A 1NMMA 3LYMA 5LIOA 5HNLA 4NEBA 4Z3MA 1OQMA 4H1PA 4M6DA 4LFXA 5LVHA 4YEMA 1HNLA 1B7NA 1G7IC 1B5ZA 1GF9A 2GV0A 3A94A 4LGKA 5KXWA 1IVMA 3WVYA 1LZRA 1GB7A 1I56A 4PPOA 1GFAA 208LA 3CB7A 1LOZA 3AB6A 4YEOA 2FBBA 4EMNA 1UIGA 1IOCA 4WLYA 5DM9A 1CNSA 2W1LA 1UIBA 1LMTA 1C43A 1YAPA 2F4AA 4NSIA 4U3XB 4DD2A 3ULRA 1A2YC 3QY4A 4CJ2A 4LYOA 4PRQA 4ANRA 1GF3A 5KXNA 2MEHA 4P2EA 1JSEA 4RDSA 3TMWA 1JKCA 3TMUA 1JIYA 1O23A 1PS5A 1LZ1A 1LZDA 2I25L 3TXJA 1YROA 5II3A 5LAFA 1DZBX 4CGEA 2XBSA 3WULA 2VB1A 2Z37A 1EQEA 1GD6A 1GF4A 1UA6Y 4XN6A 3VWOA 3QNGA 1CKCA 4QDNA 2BQDA 3LN2A 3LZ2A 1YQVY 4TWSA 1FLUA 4II8A 3A6BY 1IOTA 1REYA 1QSWA 2BQBA 4LT2A 1GFRA 3J6KA 1B5VA 1T3PA 2BQFA 2MECA 1FLWA 4H9FA 1GXV2 1GAYA 3A92A 1ZVYB 4HJVA 2Z19A 4J7VA 2G4PA 4HTKA 1OUEA 1LYZA 1AT6A 1GBOA 1LMQA 1LZBA 1LYYA 1UIHA 3A95A 1JWRA 3N9AA 4NHTA 3P4ZA 4AXTA 4M4OA 2YBMA 2YVBA 4H91A 1GPQC 2EKSC 5ILFA 3AZ5A 1J1OY 3FI7A 1LHIA 1NHEA 2BPUA 4NSHA 4RW2A 3RT5X 3TXHA 3WUMA 4H90A 3ZVQA 5I4XA 153LA 2EIZC 4CHXA 1NF5A 1UIEA 1T6VL 1GB3A 5F14A 5C6JA 4GCDA 1NDGC 3AZ7A 1QUTA 4NGZA 4E3UA 1F10A 1LSDA 5APCA 3W6DA 1FLYA 5L9JA 2C8PA 3B0KA 5LINA 1OUCA 1JSFA 1HHLA 1SQ2L 2F30A 135LA 1CJ9A 1UIDA 3ATOA 4QEQA 1D0LA 1OUAA 1GBZA 1LZTA 2DQIY 4PHIA 3ZEKA 1V7SA 1LJEA 1IP7A 2CGIA 4QY9A 1BHZA 3WU7A 154LA 4HJZA 2XTHA 4J0LA 4MR1A 1LJIA 1TCYA 1LZ8A 3CT5A 4GCEA 8LYZA 1HEWA 1D6PA 5LA5A 1XGPC 4D9ZA 4GN4A 3W6FA 1AKIA 1JKBA 1GDXA 4WLXA 1IR9A 2YBLA 1B5WA 3A90A 4LYBA 1Z55A 3QE8A 4H8YA 1LJKA 1AM7A 1BB6A 1LPIA 1QDTA 1DPXA 3EMSA 4KXIA 4N0JA 1GB6A 4WLTA 5KXPA 4Z41A 1OUBA 1VDQA 2CJLA 1IWVA 1GHLA 3J4GA 1C7PA 1HMLA 4RLNA 4TX7A 4GLVA 1IC4Y 4KPMA 4UWNA 1KXYA 4LT3A 3WU9A 5KXMA 2Z2EA 3T36A 1GE1A 5IELA 1SLYA 4TUNA 1LMOA 3RW8A 3TMXA 4ZFPA 6LYZA 1HC0A 1IOSA 1KIRC 1LKSA 1NDMC 1LMPA 1DI3A 1GEVA 3BKHA 3CQLA 1HMKA 3WL2A 1REMA 4DC4A 1IOQA 1B2KA 207LA 2HTXA 4HTQA 5B06A 1RE2A 1B7RA 1VFBC 2DQAA 4G4BA 4BADA 2MEIA 4OW1A 5D5FA 1UACY 1EQ4A 1IP6A 1HERA 1QQYA 3P64A 1YKXX 2W1YA 3LYZA 3WH1A 2FBDA 2HEEA 4HSFA 5DLAA 1CKFA 1GB8A 3OJPA 1JJ3A 4LZTA 1B0DA 2BQLA 2DKVA 4BAPA 1LSMA 1WVUA 5I53A 4DD3A 4DYGA 1FDLY 1LHHA 3IJVA 4B0DA 1P2CC 3OK0A 4LYMA 4OWCA 1TAYA 4YENA 1ZVHL 1LMNA 2HU1A 4NGOA 5FDJA 1LMCA 3WXUA 2BLYA 3HFMY 3LZTA 3WW6A 3M3UA 3D3DA 4NIJA 5FSTA 194LA 1CKGA 1C46A 4NGKA 1GF0A 3EBAB 4H8ZA 1C45A 1I1ZA 4NGVA 2DBTA 3WPKA 3M18B 1G7JC 4H9AA 1XGUC 4PRUA 1LZCA 3IWRA 1B7MA 1AT5A 4IATA 3B0OA 2LYOA 2BLXA 2Y8PA 1QTKA 4HPEA 4NGYA 3F6ZA 1IP1A 1LSZA 1LHLA 1IX0A 1HEPA 3N9EA 4LT0A 5C6IA 1JKDA 1IY3A 4IASA 2YSSC 1WQQA 4LFPA 2BQHA 3MGWA 1A4VA 3WUAA 4GCBA 2HEBA 1LSEA 1LZ9A 1GFVA 2EPEA 4G9SA 1UCOA 4H93A 1GWDA 3A3RX 5D5CA 1LSNA 2BQOA 1GFHA 2NWDX 2MEBA 1YL1X 1NQIA 2YBNA 2MEDA 1AZFA 4ML7A 1LMAA 5HMJA 3WVXA 1LJGA 3EO5A 2BQKA 3SP3A 2LZTA 4XJBA 5HMVA 4MCKA 4N9RA 4UWUA 1HENA 2ZNWY 1D9UA 1TEWA 3N9CA 5LVKA 1F6RA 1G7MC 1LZ6A 3E3DA 4NGJA 4N1EI 4DDAA 1QTEA 1GFKA 4XJFA 5T3FA 3P66A 1B7LA 3B72A 4HV1A 1C08C 2MEFA 4FJRA 3WUNA 4B4JA 2MEGA 5F16A 4ET9A 1LSFA 1CKDA 5E4PA 5DN4A 1HFXA 1GF7A 1IC5Y 2YDGA 4HPIA 3D9AC 3GXRA 4GLAA 1LJ3A 4QGZA 1D6QA 1HELA 2C8OA 1B7PA 5LYMA 1HEQA 1LCNA 5F9XA 1GAZA 5C6LA 4WM2A 1GDWA 1VAUA 2ZWBA 4WMGA 3A3QA 2DQHY 4DD7A 5KXXA 1BB7A 3HBEX 3TXGA 4NSJA 1I20A 3W3EA 1BB5A 3A8ZA 4NGWA 2A7DA 4WM1A 1BVKC 1YL0X 1QDRA 3RNXA 4H9CA 4G4HA 5JENB 7LYZA 1D0MA 1OUDA 1OUIA 1YIKA 1DQJC 1F6SA 3GXKA 1JTPL 4NHQA 4ZEEA 5KXRA 2LYMA 1CJ7A 5A3EA 2ZQ4A 1GF8A 1NBZC 4DD0A 4ETBA 1LZNA 1BQLY 4NWHA 3A67Y 2LHMA 1MLCE 3WW5A 2YBIA 1BWJA 2BQJA 4KL7A 1WQMA 2LZ2A 1LZ4A 4NFVA 2LYZA 3AZ4A 1OP9B 5KXOA 1WQPA 4H94A 1BB4A 5B07A 1GFEA 1GF6A 1B7SA 1DKJA 1EL1A 1LTMA 2HEAA 2BQMA 4KT3A 4DWXA 2CWIA 1C10A 1GB5A 4ETEA 5A3ZA 4N1CC 4DDCA 3CT0A 1DI4A 1HSWA 1BWIA 1LJNA 1UICA 5L3HA 1D0KA 2MEAA 3A91A 1GE4A 1IR7A 3CT1A 5KJ9A 4B4EA 1JHLA 1JISA 4WG7A 1IWXA 1LZ5A 1NWGA 4H92A 1B5XA 1QIOA 1KXXA 4TTDA 4GCFA 1NKHA 5IDDA 4OWHA 2BQCA 4WM6A 1LKRA 1UC0A 4J1AA 2I6ZA 1YKYX 4WM5A 4B4IA 3TMVA 2ZYCA 2MEEA 4MSTA 1QSAA 1YAMA 3AGIA 1J1PY 1LAAA 1BGIA 2XBRA 4NWEA 1LZAA 4DT3A 1QUSA 2H9KA 4ETDA 2BQEA 9LYZA 2D91A 1HF4A 1LSYA 2BQIA 3LHMA 3TXDA 1GB9A 1IC7Y 3WMKA 2B5ZA 3KAMA 1JEFA 4OWBA 3WXTA 1IWZA 1IORA 1XEJA 1LSBA 2BAAA 3G3BB 1JITA 5LAGA 1JTTL 4HJYA 3B0IA 2ZIJA 2HECA 1WQRA 5DN5A 1N4FA 5IHGA 2EQLA 1OUFA 2H5ZA 3TXIA 2FYCA 1J1XY 1IWTA 1GB2A 2PC2A 3ATNA 4XJIA 3WYHA 2Z18A 1WTMA 3AJNA 3AGHA 1WQNA 4H9BA 2Q0MX 1JKAA 1XFPL 4Z46A 5I54A 2ZIKA 5LVGA 1YKZX 3A6CY 4Z98A 1G7HC 1GE2A 2H9JA 4B49A 5KXZA 3W6EA 1HFYA 1IP3A 4LYZA 4PGJB 1LSGA 2WARA 1LSPA 4LT1A 4R6CA 1TBYA 4WLDA 1OUGA 4OOOA 1JJ0A 1REXA 4DD1A 1LJHA 1IP2A 5I5QA 4GN5C 2IHLA 1LZYA 1LJFA 1IWYA 1LHKA 1BWHA 4WO9A 5LVJA 1B5UA 1DI5A 1CJ6A 1DPWA 4N8ZA 2Z38A 1IWUA 3CSZA 2ZQ3A 1LHJA 3HBDA 1YILA 3TXEA 1HSXA 4UWVA 1W08A 3AYQA 2D4JA 5ILCA 1KXWA 3FE0A 1WVVA 2DQEY 1FKQA 4ETCA 1GBYA 133LA 1EQ5A 2D4IA 5L3IA 5M1YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HFZA 1W6ZA 1IY4A 3W6BA 1SSWA 2Q9EA 132LA 1XSFA 2ZNXY 3C8RA 5E9RA 4I0CA 1OYUA 1IEEA 1PQJA 4XJHA 251LA 3AW7A 3B6LA 4YM8A 1LSAA 5F81A 4NSGA 1RFPA 5APDA 2OU8A 253LA 5EBHA 1GBSA 205LA 2XJWA 4EXMA 1VATA 257LA 1L80A 1GFGA 2F2QA 2DQFC 1IP5A 1L27A 5FHWA 5KXTA 3SBAA 4PJ2C 3TXKA 178LA 238LA 243LA 1LPYA 1L03A 4DDBA 2YBJA 1NBYC 4I7TA 134LA 3FADA 1LSCA 2Z2FA 114LA 1QTBA 2RB0X 4RLMA 2Z12A 1BVXA 1T8GA 199LA 4OWAA 1C69A 4FDYA 5FCPA 4WOAA 5KXKA 2B6WA 1L44A 1DKKA 252LA 4WG1A 4O34A 1FN5A 1L71A 1G0QA 245LA 3LYOA 4TSBA 1WTNA 1G7LC 1L87A 5FELA 1DXJA 1CJ8A 6LYTA 1FKVA 1LYSA 3K3TA 1L39A 3A96A 2A7FA 4XJDA 1ZURA 2FYDA 1CU2A 216LA 4IAPA 3DNAA 1LZSA 1L46A 2DQJY 181LA 115LA 4I7KA 4W53A 1C6MA 1IR8A 2OU9A 4W96A 249LA 4Z3MA 157LA 4M6DA 1L08A 1LWKA 4EKPA 1I56A 1GFAA 3CB7A 2FBBA 1IOCA 1CNSA 2W1LA 1UIBA 1C43A 213LA 1L09A 1L48A 4CJ2A 219LA 4LYOA 1GF3A 4RDSA 4P2EA 1JKCA 3TMUA 1O23A 1PS5A 3TXJA 1L15A 1YROA 5LAFA 2XBSA 1UA6Y 2RBSA 184LA 1LYDA 1LGWA 1YQVY 4TWSA 1FLUA 1DYFA 2B73A 2MECA 3SB5A 1GXV2 108LA 2Z19A 1AT6A 1LYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HFZ A;  1W6Z A;  4GCC A;  5KXL A;  4C3W A;  4XJG A;  1IY4 A;  3W6B A;  2N5Z A;  132L A;  5KXS A;  1GFU A;  1XSF A;  2IFF Y;  2ZNX Y;  3AGG G;  4I0C A;  2BQG A;  5E9R A;  4OWE A;  4IJ4 A;  1JTO L;  1FLQ A;  5HQ1 A;  5I4Y A;  1UIA A;  1IEE A;  1GF5 A;  3AZ6 A;  4WM3 A;  5B1G A;  4NHP A;  1VDS A;  4XJH A;  3T6U A;  1GBW A;  3AW7 A;  3B6L A;  1IIZ A;  4OOT A;  4TSC A;  4WL6 A;  1LSA A;  4YM8 A;  4WL7 A;  5F81 A;  4NSG A;  1RFP A;  5APD A;  5EBH A;  2AUB A;  1INU A;  1GBS A;  1H87 A;  1FBI X;  3RZ4 A;  2XJW A;  193L A;  2YBH A;  4R0F A;  1VAT A;  2G4N A;  1IP4 A;  4NG1 A;  3A93 A;  1F0W A;  3CSQ A;  3A34 A;  4A7D A;  1GE0 A;  2W1M A;  4H8X A;  4J1B A;  2HUB A;  3WPJ A;  2RSC A;  1XGQ C;  5B1F A;  1GFG A;  1XEK A;  4LYT A;  1ZV5 L;  5F9U A;  2DQF C;  4HTN A;  1IP5 A;  5FHW A;  1ZMY L;  5KXT A;  4HP0 A;  1YAQ A;  4PJ2 C;  3TXK A;  4G4C A;  5AMY A;  4ZIX A;  1E8L A;  4NHI A;  4YOP A;  2YBJ A;  1NBY C;  4DDB A;  1WQO A;  134L A;  2ZIL A;  5KXY A;  2DQD Y;  5HNC A;  1B9O A;  1LSC A;  2F4G A;  1LJJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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