4LYCA

Cd ions within a lysoyzme single crystal
Total Genus 45

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H4 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)O2 (6-127)AH3 (88-100)3H1 (20-22)AH2 (25-36)AH4 (109-115)TI3 (54-57)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)TI4 (59-62)S3 (58-59)TIV1 (60-63)TII2 (69-72)TI5 (74-77)S4 (64-65)TIV2 (66-69)S5 (78-79)3H2 (80-83)TVIII1 (85-88)TIV3 (101-104)3H3 (104-107)TII3 (115-118)O1 (118-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
publication title Enhanced and tunable fluorescent quantum dots within a single crystal of protein
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lycA00
3WPJA 1LHHA 1EL1A 1OUFA 1GB2A 4H9EA 4YENA 4MR1A 4NSGA 1DI4A 2W1MA 1C08C 3N9EA 3K3TA 3TMXA 4ETDA 2I25L 3WL2A 1GWDA 5IDDA 1OUJA 2MEHA 2YBLA 2AUBA 4D9ZA 3WUNA 1LHJA 5KJ9A 5F9UA 1GF3A 4IJ4A 1RJCB 1IOSA 3TXJA 2YDGA 4NGJA 1CKFA 4DD3A 1LZCA 5LA8A 1IWXA 1JEFA 1P2CC 1G7LC 1GEZA 1GE0A 1LJ3A 1VDTA 2BQEA 3HFMY 4R0FA 1SQ2L 4LZTA 3A95A 1FLQA 2FYCA 4WOAA 2DQDY 3P65A 1GE3A 1GAYA 4GLAA 2ZNWY 2YVBA 2EQLA 4NGVA 4X3BA 2CJLA 2VB1A 3TXIA 1HEMA 4LT1A 4LFPA 1GFKA 1VFBC 2BQGA 5I54A 1FLUA 1BB6A 1GB0A 5B1GA 1E8LA 4NGKA 2BQCA 3B0OA 1IP5A 2ZILA 4Z41A 4CJ2A 1XGQC 1KIPC 1IOCA 3AZ7A 5LYZA 1QTKA 1BB5A 5LVKA 4WLXA 1LZSA 4WO6A 1GPQC 1LZYA 3WW5A 3WXTA 5I4XA 1B7MA 2CWIA 1REXA 1MLCE 4HTQA 5KXPA 4NG8A 1IC4Y 1J1PY 4NG1A 1ZVHL 5F9XA 1LHIA 3HBHA 3WYHA 5LINA 1C46A 4HSFA 3TMWA 5C6IA 1J1OY 4GCEA 1UIHA 1LMQA 4XN6A 2EIZC 2YBIA 5FSTA 1IP3A 1JIYA 1IWVA 2BLXA 5FCPA 4IATA 1GE4A 1YAQA 1LSMA 1LZ5A 1EQ4A 1SLYA 1GFEA 1HMLA 1IP7A 1GF0A 2PC2A 1JPOA 4H94A 1DZBX 4H1PA 4XADA 4N9RA 1UIBA 4OWHA 5DM9A 5KXTA 4ETCA 1JKCA 3RW8A 1D9UA 2BAAA 1IVMA 1BWIA 2CDSA 1JJ0A 3GXKA 5KXSA 5F81A 1GF8A 3FI7A 5KKIA 2F2NA 1GXXA 1OUGA 2BQIA 4H8YA 4J7VA 3W6AA 1B5WA 4XENA 1GB8A 2Z37A 3QE8A 5D5CA 1LYOA 1B5VA 2D4JA 5I4YA 2HU1A 1DKKA 153LA 3ZEKA 2B5ZA 3WXUA 1IP4A 4ET9A 2W1YA 5KY1A 4TWSA 1LAAA 5KKJA 1UACY 2ZQ3A 2BQHA 1CKGA 3W6EA 4C3WA 1FLYA 1BHZA 4H91A 2ZYCA 4NHSA 3A93A 5L3HA 4B4JA 4H92A 4HPIA 4XJGA 4W96A 1T6VL 1QQYA 1DKJA 4J1AA 2MEFA 1YAPA 1C43A 1LTMA 1BGIA 1F10A 1I56A 4NHTA 1AT5A 4GCBA 4HP0A 4XYYA 4G4BA 5M1YA 1B5ZA 5LAFA 1IY4A 3AYQA 3A3RX 1DPXA 2D4IA 4HTNA 2NWDX 4LGKA 3AZ6A 4NGIA 5FELA 1LMPA 1QDRA 1W08A 4I0CA 4PJ2C 1EQEA 2BQJA 2C8OA 3W6BA 4N8ZA 1WQMA 1IEEA 4LYBA 3WW6A 1CJ7A 1UIDA 1HEQA 1IC5Y 1TDYA 1C10A 1D6PA 1JJ3A 1LZ8A 1GXV2 2CGIA 4LT3A 5T3FA 1GBZA 2Z12A 1IOTA 4NWHA 1LZRA 4LT2A 3SP3A 4BAFA 4DD7A 1REMA 3D3DA 1GB3A 3MGWA 4BAPA 2HUBA 1CJ8A 1T3PA 1WVUA 5I4WA 4YEMA 1GF5A 1C45A 3TMVA 1B7OA 1VAUA 4ZFPA 2Z38A 1AT6A 4L41A 3N9AA 5I5QA 4A7DA 3QY4A 1HSWA 1B0DA 1LSDA 3ATNA 3CT0A 1GBYA 4N5RA 2LZTA 1YL1X 1XGPC 1YAOA 4WG7A 4DDAA 5F16A 3P64A 4EMNA 208LA 2XBSA 1GHLA 3G3AB 4XJIA 5ILFA 3LN2A 1EQ5A 1A2YC 1JTPL 1IX0A 1GFVA 1LSBA 3AW7A 2EKSC 1JKDA 1OUAA 2Z2EA 3WU8A 4DD2A 1LKSA 1HEWA 2F4GA 1JJ1A 1LZEA 3TXFA 2C8PA 1LMCA 1CKDA 1YQVY 1DI5A 1GB9A 3OJPA 4WM1A 3AZ5A 3WU7A 2LYMA 5L9JA 1ZVYB 3HBDA 1HF4A 1B7SA 1UA6Y 5LIOA 2ZYPA 1RFPA 5FDJA 1WQQA 1GF6A 3OK0A 1LJGA 2HTXA 4GCFA 5KXWA 1IORA 3AJNA 1LJJA 4OOOA 3AGIA 2MEBA 1HELA 1D0MA 3VWOA 1B5YA 2W1XA 3ZVQB 2DQCY 2LYOA 4J0LA 2BLYA 1AM7A 1H6MA 2DQEY 2H9JA 1QTEA 1UICA 1CKHA 1GFTA 1NBYC 3KAMA 4GCCA 4M4OA 2FYDA 3EMSA 1IR7A 1BWJA 1LYYA 3TMUA 2G4NA 4H9CA 4YEOA 1CJ9A 5DN5A 4BS7A 2XBRA 4WM5A 4NSHA 4ZEEA 2DQAA 1KIQC 2ZIKA 1NBZC 3D9AC 4LYCA 1G7IC 3N9CA 5B07A 2BQDA 3CSQA 4NSIA 2EPEA 3TXGA 1GBWA 2BQLA 5LVJA 1IOQA 1AZFA 2D4KA 5JENB 1B2KA 2HECA 1BVXA 4H9AA 5C6JA 3M3UA 1XEIA 4WO9A 4B0DA 4YF2A 3TXDA 4I8SA 5ILCA 2G4QA 1G7JC 3ZVQA 1GB7A 4DT3A 1JITA 1GF4A 2DQHY 1NWGA 4H90A 4QGZA 1UBZA 1GE2A 3GXRA 1YAMA 3B0IA 4HJZA 4MSTA 4NFVA 2HEAA 1LJKA 1FN5A 4HJYA 1LSEA 1Z55A 2MEDA 3J4GA 2ZQ4A 1HHLA 1B7PA 3BKVA 3IWRA 1GDWA 1GD6A 4QDNA 1LZ4A 1LSNA 1ZMYL 4E3UA 4NWEA 4G4HA 1BB3A 4NIJA 1FLWA 4YOPA 1FBIX 4WG1A 1HSXA 1LKRA 3A6BY 4M6DA 3G3BB 4P2EA 5II3A 3WPKA 1LSAA 1IR9A 132LA 3IJUA 2BPUA 1GB5A 4XJBA 4DDCA 1LHKA 3B0KA 2FBBA 3P66A 4ANRA 1HFYA 2HEEA 5LVHA 4W94A 3CB7A 1HFZA 4NHPA 4TUNA 2BQNA 3AGGG 1LYSA 5F14A 2MECA 2BQMA 1IWUA 4CFPA 1BB4A 5KXZA 3T6UA 3WUAA 1LZTA 2DQGY 1REYA 4LYZA 1LHLA 1LZ6A 5LVGA 1LSFA 1XFPL 2YBHA 4XJFA 1GF7A 4WLTA 4C5FA 3ULRA 3FE0A 4N0JA 2GV0A 1LPIA 4Z98A 1WQRA 1GFUA 1LZBA 4DD0A 194LA 1JSEA 4DWXA 3AGHA 2BQOA 1LJ4A 5LXWA 4OWBA 4WL6A 3RU5A 3RT5X 2F30A 1LYZA 1OUHA 2XJWA 1LMAA 2Q0MX 1XGUC 5HMJA 1CNSA 3CSZA 3B72A 1C7PA 1BWHA 4Z46A 1RCMA 1IR8A 1LJNA 1OUDA 2XTHA 5HNCA 4G49A 3RZ4A 1B7QA 1QIOA 5APFA 3WU9A 5C6LA 5EBHA 1RE2A 5A3ZA 3WULA 3E3DA 2IFFY 4OW1A 4NGZA 4ZIXA 4TX7A 3HBEX 1FKQA 4UWVA 4FJRA 1OP9B 4NSJA 6LYTA 1UIAA 2FBDA 1LSYA 2DQJY 5APEA 2H5ZA 1YIKA 1IWTA 1FKVA 5J7CA 4OWEA 1HEOA 4Z3MA 4LYTA 1JTTL 5KXOA 3RNXA 1HNLA 2Z39A 3EO5A 1OUCA 1LSCA 4H9BA 1NDMC 3TXBA 1GB6A 4FDYA 3LYTA 1A4VA 2BQBA 3LHMA 4GLVA 4PPOA 4ETAA 2I26L 1IP6A 1WQOA 2W1LA 4QY9A 4H9HA 4AGAA 1FDLY 1G7HC 4DC4A 1IWWA 1LSPA 3CSRA 8LYZA 3CT5A 1YROA 5LAGA 1VDSA 1YKYX 1LMNA 1JKBA 1GFHA 1JUGA 1IY3A 1QSWA 3A34A 1B7NA 1HERA 3A90A 3BKHA 4HPEA 4KPMA 3QNGA 3TXKA 1IP2A 1LZGA 2ZIJA 3ATOA 4TTDA 2MEEA 2G4PA 3WVYA 1WQPA 1YKXX 1GDXA 1TAYA 4WLYA 4PRUA 1B7LA 1PS5A 4B4IA 9LYZA 2YBMA 1N4FA 1KXYA 3AB6A 2Z18A 3WPLA 4BADA 3F6ZA 4GN3A 5I53A 1JWRA 1MELL 4NEBA 5L3IA 1LSGA 3W3EA 1UIEA 4TSBA 3AW6A 1GBSA 1LCNA 5FEKA 3WUMA 1B5XA 1HENA 3EBAB 1JSFA 1XGTC 1BVKC 4WM4A 4WMGA 1IWYA 4CGEA 4WLDA 1KIRC 1OUBA 3J6KA 1GFJA 1ZV5L 4PRQA 2IHLA 5KXYA 4DYGA 1GBOA 2A7DA 2BQKA 1VATA 4RLNA 1LZDA 4LFXA 4U3XB 4OWCA 1IO5A 1BB7A 1DI3A 4DD1A 1LOZA 3AZ4A 1LZ1A 1O23A 1GFRA 1I20A 1LHMA 4PGJB 2YSSC 4ET8A 4LYMA 4NGWA 2N5ZA 4QEQA 2BQFA 3P4ZA 1DPWA 4YM8A 3A96A 1D0LA 4NGLA 1CJ6A 5B59A 5LA5A 1D6QA 4HV1A 2I6ZA 1DQJC 2A7FA 2DBTA 1TCYA 4R6CA 3WH1A 1XEJA 4CHXA 3M18B 1NQIA 2DQFC 1JTOL 1XGRC 4RW1A 1GF9A 1DXJA 1V7TA 2WARA 3TXEA 3CQLA 5KXKA 5KXXA 5B06A 1HFXA 1J1XY 5FHWA 4LT0A 1TEWA 4HJVA 4RLMA 1YILA 3A92A 4ETBA 4O34A 4EOFA 3LYOA 4XJDA 1INUA 4H8ZA 2D6BA 5HNLA 3P68A 1GBXA 4GN4A 1XSFA 1QUTA 134LA 1HEPA 1UCOA 4KXIA 5KXRA 4ETEA 2F4AA 3WMKA 1W6ZA 5KXNA 207LA 1PZYA 4GN5C 2DKVA 1ALCA 1UC0A 4NHIA 1CKCA 4NGYA 1F6RA 2ZWBA 154LA 4IASA 1OUIA 1OUEA 1LJHA 3EXDA 4J1BA 4WM6A 5AMYA 5APDA 1YL0X 3A8ZA 1WVVA 2YBNA 3W6CA 1VDPA 2DQIY 1RI8B 1VEDA 1WQNA 4N1CC 2Z2FA 5A3EA 5B05A 1I1ZA 4RW2A 1UIFA 1GFAA 1WTNA 4H93A 5APCA 1KXXA 1LJIA 1NF5A 2D91A 2H9KA 4WM2A 1OQMA 4H9FA 4NGOA 135LA 1IWZA 2MEAA 4NHQA 2RSCA 4NY5A 1D0KA 1YKZX 3IJVA 3LYMA 5DLAA 193LA 1IC7Y 1LZ9A 4TSCA 3W6FA 5KXLA 4UWUA 4H8XA 4PHIA 1QUSA 1B5UA 3LYZA 2LHMA 4N1EI 4B4EA 5IHGA 6LYZA 5HQ1A 1LMTA 5LYTA 3W6DA 3A6CY 1HC0A 1YANA 4DD9A 1LZNA 1QSAA 1LSZA 1NDGC 1LMOA 1LJEA 3A67Y 4HTKA 1B9OA 7LYZA 4H9IA 5HMVA 4WL7A 1VDQA 1F6SA 1GE1A 3A94A 1GFGA 1UIGA 1IP1A 1NKHA 1UUZC 2LZ2A 1HMKA 4RDSA 4WM3A 5E4PA 2HEFA 5HLLA 4UWNA 4ML7A 4OWAA 3LZTA 1XEKA 5K7OA 2MEGA 1AKIA 2HU3A 2HEBA 3WVXA 2HEDA 4B49A 4GCDA 3TXHA 1LJFA 3A3QA 1WTMA 4G9SA 3B6LA 4DDBA 1B7RA 1JHLA 1JKAA 1GEVA 1NMMA 5D5FA 1G7MC 2Y8PA 4XJHA 5LVIA 1BQLY 2Z19A 3T36A 5IELA 4OOTA 1REZA 4LYOA 3A91A 133LA 1F0WA 1KXWA 1QDTA 5DN4A 5B1FA 4CFOA 5KXMA 1LZAA 1H87A 1IIZA 2ZNXY 1NHEA 4KT3A 2MEIA 1TBYA 2BQAA 4AXTA 4G4CA 5E9RA 5LYMA 2X0AA 3LZ2A 4MCKA 1JISA 5DL9A 4B1AA 3CT1A 2YBJA 1GAZA 4II8A 4HV2A 1V7SA 2LYZA 4KL7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L12A 3HDFA 4MR1A 4NSGA 1L60A 3WL2A 1LYFA 4D9ZA 2MEHA 2AUBA 3WUNA 4IJ4A 3DMZA 165LA 1G7LC 1LJ3A 1VDTA 3DMXA 1SWYA 1SQ2L 1FLQA 6LZMA 1LI3A 2YVBA 2EQLA 2VB1A 3F9LA 1GFKA 1E8LA 4NGKA 2BQCA 1KIPC 1QTKA 1OWZA 1IC4Y 1J1PY 5LINA 3WYHA 1LHIA 4HSFA 1L05A 1L45A 4DQ5A 1UIHA 1L31A 3UONA 1JIYA 1L06A 4W55A 4EXMA 1L93A 1GFEA 5KXTA 5LZMA 4H1PA 4N9RA 1UIBA 217LA 4OWHA 1JKCA 1OVJA 4S0WA 1IVMA 2CDSA 3GXKA 1L37A 5F81A 5KXSA 1GXXA 2BQIA 3W6AA 215LA 2B6TA 1B5VA 5I4YA 2B5ZA 2NTGA 4ET9A 5KY1A 1DYFA 4TWSA 1LAAA 2RH1A 1BHZA 1QQYA 1L52A 1DKJA 1L75A 3VW7A 244LA 4G4BA 4OO9A 5LAFA 3AYQA 1LGUA 5FELA 4NGIA 4I0CA 4EKQA 223LA 4N8ZA 1WQMA 1IEEA 111LA 1JJ3A 4LDLA 4LT2A 3SP3A 4DD7A 4BAPA 1CJ8A 1WVUA 3TMVA 1VAUA 142LA 1L87A 1LSDA 3CT0A 4E97A 1GBYA 3GUKA 1YAOA 4DDAA 5F16A 1L10A 4I7MA 2RBRA 1GHLA 4I7OA 5ILFA 2O7AA 1LKSA 1LZEA 1DI5A 4WM1A 3GULA 112LA 5L9JA 1T8AA 1ZVYB 189LA 1B7SA 1UA6Y 1LYGA 5FDJA 1L62A 1IORA 4OOOA 3AGIA 1SSWA 1HELA 3HWLA 3ZVQB 2DQCY 4J0LA 2DQEY 195LA 3G3WA 3EMSA 1BWJA 4I7RA 4W59A 2CUUA 4WM5A 4NSHA 104LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WPJ A;  1LHH A;  1EL1 A;  1OUF A;  1GB2 A;  4H9E A;  4YEN A;  4MR1 A;  4NSG A;  1DI4 A;  2W1M A;  1C08 C;  3N9E A;  3K3T A;  3TMX A;  4ETD A;  2I25 L;  3WL2 A;  1GWD A;  5IDD A;  1OUJ A;  2MEH A;  2YBL A;  2AUB A;  4D9Z A;  3WUN A;  1LHJ A;  5KJ9 A;  5F9U A;  1GF3 A;  4IJ4 A;  1RJC B;  1IOS A;  3TXJ A;  2YDG A;  4NGJ A;  1CKF A;  4DD3 A;  1LZC A;  5LA8 A;  1IWX A;  1JEF A;  1P2C C;  1G7L C;  1GEZ A;  1GE0 A;  1LJ3 A;  1VDT A;  2BQE A;  3HFM Y;  4R0F A;  1SQ2 L;  4LZT A;  3A95 A;  1FLQ A;  2FYC A;  4WOA A;  2DQD Y;  3P65 A;  1GE3 A;  1GAY A;  4GLA A;  2ZNW Y;  2YVB A;  2EQL A;  4NGV A;  4X3B A;  2CJL A;  2VB1 A;  3TXI A;  1HEM A;  4LT1 A;  4LFP A;  1GFK A;  1VFB C;  2BQG A;  5I54 A;  1FLU A;  1BB6 A;  1GB0 A;  5B1G A;  1E8L A;  4NGK A;  2BQC A;  3B0O A;  1IP5 A;  2ZIL A;  4Z41 A;  4CJ2 A;  1XGQ C;  1KIP C;  1IOC A;  3AZ7 A;  5LYZ A;  1QTK A;  1BB5 A;  5LVK A;  4WLX A;  1LZS A;  4WO6 A;  1GPQ C;  1LZY A;  3WW5 A;  3WXT A;  5I4X A;  1B7M A;  2CWI A;  1REX A;  1MLC E;  4HTQ A;  5KXP A;  4NG8 A; 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 1KXX A;  1LJI A;  1NF5 A;  2D91 A;  2H9K A;  4WM2 A;  1OQM A;  4H9F A;  4NGO A;  135L A;  1IWZ A;  2MEA A;  4NHQ A;  2RSC A;  4NY5 A;  1D0K A;  1YKZ X;  3IJV A;  3LYM A;  5DLA A;  193L A;  1IC7 Y;  1LZ9 A;  4TSC A;  3W6F A;  5KXL A;  4UWU A;  4H8X A;  4PHI A;  1QUS A;  1B5U A;  3LYZ A;  2LHM A;  4N1E I;  4B4E A;  5IHG A;  6LYZ A;  5HQ1 A;  1LMT A;  5LYT A;  3W6D A;  3A6C Y;  1HC0 A;  1YAN A;  4DD9 A;  1LZN A;  1QSA A;  1LSZ A;  1NDG C;  1LMO A;  1LJE A;  3A67 Y;  4HTK A;  1B9O A;  7LYZ A;  4H9I A;  5HMV A;  4WL7 A;  1VDQ A;  1F6S A;  1GE1 A;  3A94 A;  1GFG A;  1UIG A;  1IP1 A;  1NKH A;  1UUZ C;  2LZ2 A;  1HMK A;  4RDS A;  4WM3 A;  5E4P A;  2HEF A;  5HLL A;  4UWN A;  4ML7 A;  4OWA A;  3LZT A;  1XEK A;  5K7O A;  2MEG A;  1AKI A;  2HU3 A;  2HEB A;  3WVX A;  2HED A;  4B49 A;  4GCD A;  3TXH A;  1LJF A;  3A3Q A;  1WTM A;  4G9S A;  3B6L A;  4DDB A;  1B7R A;  1JHL A;  1JKA A;  1GEV A;  1NMM A;  5D5F A;  1G7M C;  2Y8P A;  4XJH A;  5LVI A;  1BQL Y;  2Z19 A;  3T36 A;  5IEL A;  4OOT A;  1REZ A;  4LYO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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