4LYMA

Crystal structure of low humidity tetragonal lysozyme at 2.1-angstroms resolution. variability in hydration shell and its structural consequences
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of low humidity tetragonal lysozyme at 2.1-A resolution. Variability in hydration shell and its structural consequences.
pubmed rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1990-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lymA00
133LA 1GB7A 1LSNA 5C6JA 1IWTA 1UIHA 1G7JC 1B5VA 207LA 4J0LA 4LZTA 1GB2A 3D9AC 4H9EA 4IASA 4XJFA 1IY4A 5KXXA 1BHZA 1LSGA 5I53A 1PS5A 2XTHA 4LT3A 1REMA 4YOPA 2BQKA 3WH1A 4GCFA 5HQ1A 1D6QA 1IOTA 3A6BY 3WU8A 2YBNA 1UIEA 4W94A 1FLQA 2LZ2A 3A3RX 4OWBA 1J1XY 2DQDY 1LJJA 4ETAA 5LVGA 4IATA 5LYMA 1XGUC 2EKSC 4PRQA 5LVKA 5C6IA 4II8A 1GEVA 4PGJB 5F16A 5T3FA 3BKVA 1HMLA 4XJDA 1I1ZA 1NBYC 1CKCA 5LA8A 5ILFA 1HSWA 1LMAA 2CWIA 3AW6A 1GBWA 1BWIA 5B59A 1LZ6A 3WL2A 1AKIA 3EMSA 1JSEA 1JWRA 1GB9A 1HEWA 2LYMA 3E3DA 1LSZA 4H9HA 3ATOA 4U3XB 1JJ0A 1TAYA 2I25L 1JKAA 4H90A 4LYZA 3A67Y 4HJZA 1GBXA 1LJGA 2Q0MX 1GF6A 1LJKA 1NQIA 3A34A 1HFXA 3WVYA 1HHLA 1WQOA 1KIPC 5E4PA 2HU1A 3W6CA 4M4OA 4YEOA 5L3HA 1VDTA 4WM1A 1A2YC 3TXFA 1XFPL 2DQAA 5DL9A 2ZIKA 4HV1A 1WVUA 1GF7A 3P68A 1IOCA 1JKBA 4UWVA 1UCOA 4AGAA 1OUDA 1TCYA 3A8ZA 1IR7A 1EQ5A 2BQAA 1ZVYB 1GE0A 1DKJA 1UACY 1GHLA 4YF2A 1OUHA 1GXXA 4GN4A 5F81A 5KXWA 2LYOA 4KL7A 4Z46A 1GBOA 2DQEY 1WQMA 5LYZA 2YBLA 4DYGA 5LXWA 2D4JA 5K7OA 2YSSC 1RFPA 4TTDA 1LZ1A 2XBSA 4DD3A 1JUGA 1UIBA 1LKSA 1AT6A 2BQJA 3SP3A 1IP4A 1GF5A 3CT5A 5APDA 3RW8A 1GF0A 1XEIA 4G49A 3T36A 1C7PA 2B5ZA 3A6CY 4WLXA 4ZIXA 5KXOA 4P2EA 4HP0A 1B7NA 4L41A 5L3IA 2LHMA 4B4EA 1LJEA 1PZYA 5II3A 1GF3A 5D5CA 5LVHA 4NSHA 3B6LA 1GPQC 4J7VA 4PJ2C 4WM5A 1NKHA 1KXYA 4NFVA 1UICA 3G3AB 3MGWA 3D3DA 1NDMC 1NDGC 3B0KA 3IJUA 3W6EA 2DBTA 1IWWA 1D6PA 1GBZA 1OUAA 1IO5A 2PC2A 4H94A 4RW2A 3ZVQA 4WL7A 2YBIA 4NEBA 2LZTA 4ET9A 3W6AA 1CKHA 2A7FA 5E9RA 1LZ8A 1B5WA 1REXA 132LA 1YAPA 4BAFA 3WULA 2IHLA 4NY5A 4DD7A 1RCMA 1MELL 1OQMA 1NHEA 4XJIA 2Z37A 4CGEA 1OUBA 3IJVA 1TEWA 4NHSA 4TSCA 4NG8A 1NWGA 1LSCA 3HFMY 2F30A 2F2NA 1LZ9A 1IEEA 4H9CA 1KXXA 1GFKA 5IDDA 2YDGA 4DD9A 3P64A 3P66A 5FEKA 1BB4A 1GXV2 4TUNA 1LSDA 1CJ6A 2Z39A 5F9XA 1UA6Y 2F4AA 2I6ZA 1HEPA 2I26L 2CJLA 4ANRA 5FELA 3WU9A 1FLWA 4LYTA 4BAPA 2MEDA 4NGIA 1XSFA 5D5FA 1YROA 4E3UA 4LT0A 1KIQC 3TXEA 1YKZX 1QSAA 5HNCA 4R6CA 1B0DA 2BQHA 4HV2A 5EBHA 5LAFA 3TXDA 1HC0A 2BQDA 4NGLA 2ZYPA 2BQBA 5KXZA 4GCEA 3HBDA 1LHKA 5KXNA 4B49A 1CKGA 5AMYA 1LHHA 1HELA 1CKDA 1LTMA 1DZBX 1SLYA 2AUBA 1BB6A 4HPEA 4OWHA 1WVVA 5HMJA 1IWVA 1GWDA 5I4YA 4XADA 1NBZC 4PPOA 3TXGA 3TXBA 3OK0A 4KXIA 4N9RA 1GEZA 2W1MA 4OW1A 2HEFA 5KXPA 1B7PA 1LSYA 1LZEA 1LCNA 1JIYA 3B72A 5F9UA 1QUTA 1NMMA 3AZ5A 1LYOA 1JJ3A 3A91A 5F14A 4J1AA 4C3WA 3ULRA 5JENB 3A93A 2ZILA 3CT1A 5ILCA 4WO9A 1DXJA 4LYOA 1BWJA 1GBSA 1VFBC 4NGKA 2BQCA 3A90A 2FBDA 4CHXA 2XBRA 4I0CA 2BQFA 4J1BA 2IFFY 1GF4A 1TBYA 1LOZA 1GB5A 1GFUA 3GXKA 1J1OY 4EOFA 1B5ZA 1LMOA 2FYDA 2EQLA 2BLYA 3CSRA 3A92A 3AZ7A 4NHTA 1LPIA 2N5ZA 5B07A 1C45A 1LZ4A 3ZEKA 3WXUA 1LYZA 1OUEA 3BKHA 1FN5A 4TX7A 1IOQA 1LSMA 1GD6A 4EMNA 2ZQ3A 4UWUA 1GFVA 4RW1A 1UUZC 1GF8A 1N4FA 4HJVA 3WUAA 4CFOA 4CFPA 1QIOA 4QEQA 1GBYA 2CDSA 4QGZA 1W08A 1UIAA 3LYOA 5LINA 5DN4A 1YAOA 5I54A 4WM4A 1REZA 4NHQA 3WPKA 1CJ8A 1P2CC 3WUMA 1BB7A 1T6VL 1W6ZA 2MECA 1JSFA 2NWDX 3CSZA 3AGGG 3W6DA 3VWOA 1IR8A 3ZVQB 5FCPA 4WLYA 1G7HC 3A95A 3CQLA 4XYYA 4YEMA 4GN3A 4FDYA 5B1FA 1C10A 4GCDA 4RLNA 1UIDA 4Z98A 3K3TA 1H87A 1CJ7A 1JTPL 2C8PA 6LYTA 1E8LA 5LAGA 4A7DA 2BLXA 3CSQA 2BPUA 1BGIA 1V7SA 2ZNXY 3EBAB 3J4GA 4C5FA 154LA 3F6ZA 3CT0A 2BQGA 2DKVA 1BVXA 1AT5A 3J6KA 4ET8A 5DM9A 1GF9A 1WQPA 3N9AA 3WU7A 2ZNWY 4Z3MA 4B0DA 2BQNA 1GDWA 4R0FA 2DQCY 2HTXA 4N5RA 153LA 1JITA 1LSAA 2BQMA 2DQIY 4ZEEA 3LZTA 3W6FA 1BB3A 3WUNA 1GFGA 1XGQC 2VB1A 1QSWA 2DQHY 1QQYA 4W96A 2MEAA 2HEDA 2W1XA 4NSGA 1YIKA 1INUA 1DPXA 4WM2A 1LZRA 5IELA 4XJGA 1YAMA 4OWEA 4H92A 5HLLA 1LHJA 4X3BA 4NWHA 1QUSA 4H8XA 1VEDA 3ATNA 5J7CA 1JISA 1O23A 4DDAA 3OJPA 4GCCA 2Y8PA 1B7QA 4MSTA 2DQJY 4H9IA 2F4GA 2MEBA 1LZCA 1JKCA 4NGVA 5A3ZA 1LZDA 194LA 1B7LA 1B7SA 1RI8B 2EIZC 1LHLA 4OWAA 4WG7A 4MCKA 1F10A 3RU5A 1IORA 1EL1A 3TXKA 3WPJA 1HENA 1D0MA 2A7DA 1GE2A 1OUGA 1B7RA 1ZV5L 3HBEX 1OUJA 1GFHA 1GB3A 1QTEA 4H8YA 4KPMA 4DDCA 1IC7Y 1WQRA 1VDQA 1F6SA 1LMCA 2W1YA 2YVBA 1JTTL 1FBIX 3W6BA 1IC4Y 1CJ9A 5FHWA 1I56A 3B0OA 1JTOL 5KY1A 3FE0A 2MEGA 1LZAA 1OUIA 7LYZA 1HFYA 1LSFA 4QY9A 3A94A 3QY4A 4YENA 1XGRC 5KKIA 1GDXA 1FLYA 5KXMA 4GN5C 3WW6A 2CGIA 1EQ4A 3M18B 4CJ2A 4BADA 3RT5X 5LVJA 4LGKA 1J1PY 5LYTA 1JHLA 4ML7A 4OOTA 4OWCA 1LYYA 2BQLA 5KXSA 4OOOA 1IY3A 3WW5A 5KJ9A 4ZFPA 2HEAA 3M3UA 1G7IC 3LZ2A 4NSJA 2C8OA 4N0JA 1IX0A 1HEOA 4N1EI 5A3EA 2D6BA 3B0IA 1XGPC 4HSFA 3TMWA 1Z55A 1GFTA 4WG1A 1IP3A 1LZBA 4XJHA 1SQ2L 1KXWA 1T3PA 1QDRA 1B9OA 3WYHA 3A96A 5KKJA 1VDSA 135LA 4D9ZA 1YANA 1LZYA 1VDPA 1LMPA 1OP9B 4ETCA 1LHIA 1REYA 4NGJA 1GAZA 4G9SA 4HPIA 4LYBA 2RSCA 1HSXA 3WXTA 4QDNA 6LYZA 1GE3A 3G3BB 2HEEA 2Z12A 3AJNA 1DI4A 1IVMA 1FDLY 1BB5A 1LJ3A 1LZNA 1H6MA 4AXTA 4XENA 3LYMA 2BQEA 1LMNA 3TMUA 3W3EA 4GLVA 4M6DA 5FDJA 3T6UA 4WL6A 3N9CA 5DLAA 3WPLA 1LHMA 1JEFA 1D0LA 3AZ4A 4RDSA 5LVIA 2Z2EA 1C08C 1LZTA 1FKVA 2G4PA 1GFAA 1XEKA 1LSBA 1ZMYL 3KAMA 5IHGA 2W1LA 1JKDA 5KXLA 1LMQA 3WMKA 1DQJC 1F6RA 3EXDA 4ETDA 1LZ5A 1IWUA 2Z38A 4H9AA 208LA 4LFXA 8LYZA 3CB7A 134LA 2DQFC 3HBHA 3LN2A 1LJFA 2BAAA 3AW7A 5HMVA 1IWZA 4DC4A 4DD2A 1WQQA 3P4ZA 1VAUA 1BQLY 1WTMA 5KXRA 4NIJA 4ETBA 4XJBA 2HEBA 4LFPA 4Z41A 4WMGA 1I20A 3RNXA 4H1PA 5C6LA 3AGIA 4LT1A 1HFZA 3RZ4A 1LJNA 1IWYA 4NGOA 4WLDA 5HNLA 2H9KA 1B5YA 2H9JA 4I8SA 4N1CC 1YL1X 3QNGA 4G4BA 1NF5A 1G7MC 1IWXA 1KIRC 2MEHA 2YBHA 1LMTA 4H93A 4DD1A 5LA5A 1UC0A 2X0AA 1ZVHL 4H8ZA 4PRUA 4UWNA 5B1GA 3AZ6A 1YQVY 2ZIJA 1JPOA 1LJHA 4XN6A 3WVXA 1IC5Y 1V7TA 1F0WA 1GE4A 1UBZA 2D4KA 4LT2A 1GB8A 4NSIA 2XJWA 4LYMA 5APEA 4FJRA 3P65A 4PHIA 4NHIA 1IP6A 4WOAA 1D0KA 1YL0X 2DQGY 4H9FA 2MEIA 4N8ZA 1LJ4A 4NGYA 3QE8A 2G4NA 1IR9A 5KXKA 1TDYA 4TSBA 1B2KA 2ZWBA 4HTNA 2LYZA 2EPEA 1JJ1A 2FYCA 1GFEA 3AGHA 4G4CA 3EO5A 1XEJA 1GB6A 4DDBA 4HTQA 1IOSA 1IP7A 4WM6A 1DKKA 193LA 1B5XA 1UIGA 4NGZA 2D4IA 1GAYA 1LZSA 1CNSA 1ALCA 1FLUA 2HU3A 4NG1A 1GFJA 5APCA 4HTKA 4DWXA 5I4XA 1B7OA 5KXYA 1MLCE 1OUFA 1DI5A 5I5QA 1LAAA 1D9UA 5B05A 5KXTA 1HERA 4BS7A 1G7LC 2HECA 2WARA 1RE2A 1YKXX 1OUCA 2YBJA 4B1AA 1DPWA 4HJYA 2MEFA 2BQIA 1C46A 4RLMA 5B06A 3LHMA 2ZQ4A 1HNLA 2G4QA 1IIZA 1FKQA 1B7MA 1LZGA 1QDTA 2Z19A 4NWEA 3LYTA 2H5ZA 2Z2FA 1AZFA 2MEEA 1IP2A 1BVKC 2FBBA 2D91A 3AYQA 4YM8A 1UIFA 2BQOA 1DI3A 1YKYX 4WM3A 5FSTA 4ETEA 4G4HA 9LYZA 1HEQA 1LSPA 4IJ4A 3AB6A 1C43A 2HUBA 1WQNA 4WLTA 1WTNA 1LJIA 1BWHA 3FI7A 3N9EA 3LYZA 4GLAA 4H91A 1GB0A 4LYCA 4WO6A 1IP5A 4DT3A 4O34A 1LKRA 3GXRA 1CKFA 1HF4A 1HMKA 4MR1A 1XGTC 4DD0A 4NHPA 5I4WA 1YILA 5LIOA 1A4VA 1RJCB 2GV0A 3A3QA 4B4JA 3TXHA 5M1YA 4H9BA 3TXIA 4NGWA 4KT3A 1QTKA 2Z18A 1GE1A 3TXJA 4GCBA 1LSEA 1GFRA 4B4IA 1AM7A 1VATA 3TMXA 4TWSA 1EQEA 5DN5A 1LYSA 3TMVA 2ZYCA 5APFA 1B5UA 2YBMA 3IWRA 1YAQA 1HEMA 5L9JA 1IP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSNA 1G07A 5C6JA 3SB7A 189LA 3C7WA 4J0LA 3D9AC 1IY4A 5I53A 4LT3A 2B6YA 1REMA 2BQKA 1L65A 3SB6A 3A6BY 3WU8A 4W94A 4OWBA 3A3RX 1LJJA 1XGUC 5C6IA 1L69A 4PGJB 5T3FA 1L47A 215LA 4XJDA 1L29A 5LA8A 1HSWA 1LMAA 3AW6A 1BWIA 1GB9A 1HEWA 1L46A 3E3DA 4H9HA 1L98A 4H90A 1LJGA 3DN8A 1HFXA 1L89A 2HU1A 162LA 237LA 3TXFA 5L3HA 4HV1A 1GF7A 4AQNA 222LA 1ZVYB 1GE0A 1GHLA 185LA 1L85A 3G3VA 4YXCA 4DYGA 5LYZA 1CV3A 1LKSA 1AT6A 3SP3A 3RW8A 1GF0A 1L17A 143LA 4L41A 2LHMA 2O79A 1GPQC 4WM5A 210LA 103LA 3MGWA 3B0KA 1GBZA 2B6ZA 4RW2A 3ZVQA 4WL7A 1L59A 1JTNA 1B5WA 132LA 1YAPA 1OWYA 4BAFA 4NY5A 1TEWA 223LA 1QUHA 4NG8A 1LSCA 3HFMY 2F30A 2F2NA 1LZ9A 4I7OA 5IDDA 2YDGA 3G3XA 1LSDA 1CJ6A 1L15A 3SB5A 176LA 2CJLA 214LA 3WU9A 1L21A 1ZURA 4BAPA 5D5FA 4E3UA 1C63A 1B0DA 2BQDA 2LC9A 2ZYPA 5KXNA 1C6MA 1CKDA 1LTMA 232LA 1L0JA 4HPEA 4ARQB 1L23A 5I4YA 4IAPA 1NBZC 3CDVA 1LGWA 2HEFA 123LA 1B7PA 5KXPA 1LSYA 4DQ5A 3B72A 5F9UA 1NMMA 1QT8A 4LDLA 1L02A 1L97A 3A90A 2FBDA 2XBRA 4I0CA 4J1BA 1GF4A 1J1OY 1B5ZA 2FYDA 2EQLA 1L38A 1C6DA 1LYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 133L A;  1GB7 A;  1LSN A;  5C6J A;  1IWT A;  1UIH A;  1G7J C;  1B5V A;  207L A;  4J0L A;  4LZT A;  1GB2 A;  3D9A C;  4H9E A;  4IAS A;  4XJF A;  1IY4 A;  5KXX A;  1BHZ A;  1LSG A;  5I53 A;  1PS5 A;  2XTH A;  4LT3 A;  1REM A;  4YOP A;  2BQK A;  3WH1 A;  4GCF A;  5HQ1 A;  1D6Q A;  1IOT A;  3A6B Y;  3WU8 A;  2YBN A;  1UIE A;  4W94 A;  1FLQ A;  2LZ2 A;  3A3R X;  4OWB A;  1J1X Y;  2DQD Y;  1LJJ A;  4ETA A;  5LVG A;  4IAT A;  5LYM A;  1XGU C;  2EKS C;  4PRQ A;  5LVK A;  5C6I A;  4II8 A;  1GEV A;  4PGJ B;  5F16 A;  5T3F A;  3BKV A;  1HML A;  4XJD A;  1I1Z A;  1NBY C;  1CKC A;  5LA8 A;  5ILF A;  1HSW A;  1LMA A;  2CWI A;  3AW6 A;  1GBW A;  1BWI A;  5B59 A;  1LZ6 A;  3WL2 A;  1AKI A;  3EMS A;  1JSE A;  1JWR A;  1GB9 A;  1HEW A;  2LYM A;  3E3D A;  1LSZ A;  4H9H A;  3ATO A;  4U3X B;  1JJ0 A;  1TAY A;  2I25 L;  1JKA A;  4H90 A;  4LYZ A;  3A67 Y;  4HJZ A;  1GBX A;  1LJG A;  2Q0M X;  1GF6 A;  1LJK A;  1NQI A;  3A34 A;  1HFX A;  3WVY A;  1HHL A;  1WQO A;  1KIP C;  5E4P A;  2HU1 A;  3W6C A;  4M4O A;  4YEO A; 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 1IP7 A;  4WM6 A;  1DKK A;  193L A;  1B5X A;  1UIG A;  4NGZ A;  2D4I A;  1GAY A;  1LZS A;  1CNS A;  1ALC A;  1FLU A;  2HU3 A;  4NG1 A;  1GFJ A;  5APC A;  4HTK A;  4DWX A;  5I4X A;  1B7O A;  5KXY A;  1MLC E;  1OUF A;  1DI5 A;  5I5Q A;  1LAA A;  1D9U A;  5B05 A;  5KXT A;  1HER A;  4BS7 A;  1G7L C;  2HEC A;  2WAR A;  1RE2 A;  1YKX X;  1OUC A;  2YBJ A;  4B1A A;  1DPW A;  4HJY A;  2MEF A;  2BQI A;  1C46 A;  4RLM A;  5B06 A;  3LHM A;  2ZQ4 A;  1HNL A;  2G4Q A;  1IIZ A;  1FKQ A;  1B7M A;  1LZG A;  1QDT A;  2Z19 A;  4NWE A;  3LYT A;  2H5Z A;  2Z2F A;  1AZF A;  2MEE A;  1IP2 A;  1BVK C;  2FBB A;  2D91 A;  3AYQ A;  4YM8 A;  1UIF A;  2BQO A;  1DI3 A;  1YKY X;  4WM3 A;  5FST A;  4ETE A;  4G4H A;  9LYZ A;  1HEQ A;  1LSP A;  4IJ4 A;  3AB6 A;  1C43 A;  2HUB A;  1WQN A;  4WLT A;  1WTN A;  1LJI A;  1BWH A;  3FI7 A;  3N9E A;  3LYZ A;  4GLA A;  4H91 A;  1GB0 A;  4LYC A;  4WO6 A;  1IP5 A;  4DT3 A;  4O34 A;  1LKR A;  3GXR A;  1CKF A;  1HF4 A;  1HMK A;  4MR1 A;  1XGT C;  4DD0 A;  4NHP A;  5I4W A;  1YIL A;  5LIO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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