4LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lzmA00
1C60A 138LA 1B6IA 1QT4A 1C6MA 3CDQA 4W53A 1L23A 1L95A 161LA 1L98A 4LDLA 1L81A 4AQNA 1PQKA 1L12A 238LA 4S0WA 2LZMA 147LA 130LA 1L29A 160LA 3G3XA 3GUKA 139LA 1L70A 2B6XA 2Q9EA 1P64A 3SB8A 4I7RA 1CU0A 1CX6A 3CDTA 4YX7C 3HH4A 4ARQB 258LA 3DKEX 148LE 3C7YA 1L00A 1C6LA 1DYDA 251LA 1P2RA 2LC9A 1C69A 1QTDA 1L19A 195LA 1OVKA 1L57A 205LA 1L87A 3SBBC 1LI6A 1G0MA 4I7SA 119LA 1C6PA 118LA 1C6JA 156LA 1L94A 240LA 1L59A 1ZURA 1L10A 1XJUA 128LA 1C6TA 3OE0A 241LA 1C63A 1L85A 2A4TA 3HU8A 190LA 1NHBA 129LA 196LA 3C83A 243LA 3C8RA 1L76A 222LA 3K2RA 1PQIA 234LA 1QT6A 1CV1A 2L78A 3DMZA 1L49A 4GBRB 4OO9A 1KW7A 1C6AA 1LGWA 3DMXA 3HUKA 3C7WA 245LA 259LA 1CU6A 1KS3A 2OU9A 1L34A 221LA 246LA 1KNIA 1DYCA 125LA 4I7KA 1L0KA 123LA 1L72A 2RB1X 102LA 3HTGA 1CU5A 3GUNA 4K5YA 4EKRA 262LA 3FI5A 4DKLA 1L11A 1CV5A 4ARMA 3V2WA 1QTHA 1LYJA 2OU0X 1P56A 184LA 3C8SA 3OE6A 3HT7A 1CUQA 1PQDA 2B72A 103LA 145LA 1L02A 4I7OA 256LA 186LA 4LDEA 4EPIA 3G3VA 3ODUA 236LA 1OV7A 1QT8A 2RAYX 233LA 232LA 211LA 1L73A 3HTFA 1C6EA 3DNAA 3SB9A 1XEPA 1L35A 4YXAC 142LA 1JQUA 1L91A 212LA 1PQJA 252LA 3DN0A 210LA 3HH6A 1OYUA 4W59A 3SB6A 1LGXA 5LZMA 1L45A 1L37A 3NY8A 3C7ZA 1L61A 1K28A 1L56A 1L20A 7LZMA 1L62A 157LA 1QUDA 3NY9A 1P3NA 1KY1A 165LA 1L63A 1LW9A 4ARPA 3VW7A 1L30A 2O79A 1KW5A 2B75A 177LA 3C82A 1L52A 1C68A 1L17A 248LA 1L14A 4E97A 2B6WA 3GULA 189LA 1G0PA 4W56A 225LA 1D3NA 4W55A 1LI2A 1CV0A 223LA 2F32A 1L27A 1T6HA 3PDSA 1T8GA 1L90A 1OVHA 2O7AA 1PQOA 3FADA 3V2YA 158LA 1L05A 1L50A 1SX7A 1KY0A 2O4WA 2B73A 1OVJA 108LA 220LA 1LYFA 171LA 226LA 4I7JA 1L06A 3HH3A 1L68A 1L09A 150LA 1G1WA 3C80A 170LA 1L64A 1QT5A 4ZPUA 1L33A 1L42A 237LA 216LA 1L32A 3JR6A 4I7NA 107LA 163LA 1L39A 1PQMA 3GUJA 3NYAA 137LA 4W54A 1L66A 191LA 1G0JA 253LA 1L84A 180LA 1D9WA 1G0KA 1CV4A 1D2WA 2RBQA 1WTHA 1LPYA 1L38A 1L0JA 1QUGA 3SBAA 1D2YA 2B6TA 3F8VA 3F9LA 1QS9A 260LA 4EXMA 3G3WA 3HDEA 168LA 4PK0A 2F2QA 126LA 173LA 1C6IA 1G1VA 1C6BA 175LA 188LA 1C6FA 2B70A 2HUKA 2OU8A 1L83A 3CDOA 2RAZX 1DYGA 2NTGA 218LA 113LA 247LA 3GUOA 1C62A 2QARC 2F47A 4ARJA 1T8AA 3EMLA 1C6GA 1L75A 143LA 2OE4X 3QAKA 4I7LA 1L28A 2B7XA 3C81A 140LA 1T8FA 172LA 2RH1A 1L47A 1G06A 149LA 201LA 3CDRA 3D4SA 3OE9A 1L77A 228LA 249LA 2RBRA 1D3MA 2RBOA 122LA 199LA 257LA 1C6KA 2Z6BA 5I14A 3HT6A 1C65A 1L54A 1DYAA 1SSWA 187LA 2NTHA 1L58A 219LA 4LDOA 1LWGA 3GUPA 255LA 1OV5A 2OTYX 1G0LA 1L92A 1P2LA 3LZMA 2HULA 1L96A 2ANVA 230LA 200LA 1I6SA 1C61A 1SX2A 176LA 4ARQA 2QB0B 164LA 4I7MA 4ARMB 1D3JA 6LZMA 4IAPA 198LA 1L86A 110LA 1L53A 169LA 1OWYA 167LA 4I7QA 1SSYA 115LA 178LA 1L25A 112LA 2B6YA 217LA 231LA 3PBLA 2RBPA 2OEAX 215LA 1L18A 1L44A 4W51A 1CV3A 1L65A 1TLAA 1DYBA 1L15A 2RB2X 3HT9A 1L69A 227LA 1P36A 1DYFA 2CUUA 1ZYTA 1QTZA 3HTBA 3SN6R 242LA 1QS5A 3GUMA 1LWKA 1LI3A 1C6NA 4DAJA 2LCBA 206LA 1L13A 1QTBA 1QUHA 1QTVA 261LA 1CU2A 1L08A 1CV6A 213LA 1LYDA 1L03A 2ANXA 1DYEA 1L24A 2IGCA 1L21A 1L43A 4W58A 1QUOA 1L71A 3HT8A 1OWZA 3HTDA 4EKQA 1G0QA 1QSQA 1T97A 3DN8A 3GUIA 3DN6A 3HUQA 197LA 4EPFA 1L40A 1L46A 4YXCA 141LA 1C64A 1L79A 3DN4A 3RZEA 1CTWA 185LA 3L64A 229LA 114LA 1L07A 1P5CA 4GRVA 1G0GA 1L48A 4DJHA 1L22A 2HUMA 1QSBA 1L99A 3HWLA 1C6DA 1C66A 4ARLA 192LA 2RBSA 4I7PA 1L82A 1CUPA 4EKPA 1L88A 1LYIA 1QT7A 1LYEA 3HU9A 131LA 1LLHA 1L36A 104LA 1L16A 1P7SA 2OTZX 3SB7A 1SWYA 3OE8A 3FA0A 1P37A 151LA 1C67A 214LA 166LA 2Q9DA 3L2XA 1ZWNA 3UONA 1CX7A 224LA 146LA 1C6QA 254LA 1L93A 1XJTA 239LA 1P6YA 3HDFA 1L97A 1QT3A 152LA 1CU3A 1LYHA 1CVKA 209LA 4W57A 2OE7X 181LA 1QTCA 3DN2A 4EKSA 127LA 4EJ4A 2RBNA 1L01A 3HH5A 4W52A 3C8QA 3SB5A 1L04A 1L55A 1SWZA 244LA 250LA 1JTMA 1C6CA 174LA 1LYGA 2OE9X 1G07A 1D3FA 3DN3A 4I7TA 1L41A 4PJZA 111LA 2B6ZA 1C6HA 1LGUA 162LA 182LA 1L31A 1L67A 1L89A 3RUNA 1P46A 3HUAA 2RB0X 109LA 235LA 3DN1A 1L51A 3DMVA 183LA 3CDVA 1L26A 4LZMA 1EPYA 144LA 120LA 1L60A 2B74A 1L80A 155LA 1L74A 159LA 1JTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QT4A 1BGIA 4W53A 1GDXA 4LDLA 2ZQ3A 4LFXA 1L12A 1EL1A 238LA 4S0WA 3IJUA 4Z41A 3TXEA 1IR9A 1QDTA 2MEDA 1L70A 2B6XA 4NGKA 4NWHA 1LMTA 3SB8A 1CX6A 4NGJA 2YVBA 4YX7C 2BQAA 1JISA 258LA 3C7YA 2W1YA 2YSSC 4WM1A 3IWRA 1LHHA 1C69A 1DXJA 1VDSA 205LA 4NG8A 3SBBC 1IWWA 2DQCY 119LA 3WL2A 2F4AA 1C6JA 5APDA 1L59A 5LA5A 3W6FA 1LJIA 1LZSA 1JKBA 3C83A 1D0MA 1OP9B 4H9FA 1PQIA 1OUGA 7LYZA 3DMZA 1L49A 1ZV5L 1C6AA 3QNGA 1LGWA 3DMXA 4YENA 1TCYA 1L34A 1D9UA 1GFGA 246LA 4HJZA 2ZNWY 5LAGA 125LA 4OOTA 1L0KA 5B07A 3CSRA 1LZYA 3FI5A 1L11A 1ZVYB 1DPXA 1QTHA 2Z38A 184LA 3C8SA 3HT7A 4I7OA 5D5CA 1QIOA 256LA 4N0JA 4LDEA 1IOTA 4TX7A 3TXKA 1OV7A 1QT8A 1DKKA 1UIBA 3LN2A 1PQJA 2BPUA 1GHLA 1GB6A 3HH6A 1OYUA 4W59A 1I56A 5LZMA 2ZWBA 1K28A 2DQAA 2MEEA 4NY5A 3NY9A 1P3NA 1KY1A 4OOOA 4H93A 1L30A 1KW5A 2B75A 1QTKA 2Z2EA 1NDMC 177LA 3W6DA 4TSCA 2C8PA 1GB5A 5A3EA 3B72A 1C68A 1L17A 1GBXA 1LSMA 2B6WA 3AZ6A 1LSBA 1CV0A 4XJFA 1BVKC 1L27A 133LA 5C6JA 5KXZA 4DYGA 2O7AA 5E4PA 5LIOA 1L05A 4LT0A 3GXRA 220LA 1B7SA 4I7JA 1L06A 1SLYA 3HH3A 1L68A 4PRQA 1OUBA 1L64A 1NBZC 237LA 4WL6A 1KXXA 1CJ6A 2CDSA 1OUFA 4H9EA 1GF7A 4DQ7A 4LT1A 1YKXX 253LA 3A67Y 3AW6A 1D0LA 5KXKA 1D9WA 3LZ2A 1QUGA 5IELA 2CGIA 3M3UA 3CB7A 2Y8PA 1LAAA 1G7IC 260LA 4PK0A 4N8ZA 126LA 175LA 188LA 1C6FA 6LYTA 2RAZX 2FYDA 2F4GA 4YOPA 3C81A 1VDPA 1B5ZA 3D4SA 149LA 1V7SA 228LA 199LA 4WO9A 1LSYA 1IP4A 257LA 5J7CA 4ETEA 3HT6A 1LSNA 1H6MA 3A6BY 4LDOA 1LSDA 3GUPA 255LA 1D6QA 5ILCA 2DQJY 3LYMA 5JENB 1UA6Y 1LJEA 1I6SA 3TXBA 3CT1A 3WUMA 6LZMA 4MR1A 2BQFA 3N9EA 169LA 4PRUA 5FSTA 1SSYA 115LA 217LA 4RDSA 1GB2A 4X3BA 1OUHA 4WM3A 2EPEA 3WU7A 4BAFA 1DYBA 2RB2X 1JPOA 2W1XA 4I8SA 4KT3A 1QS5A 1VAUA 3GUMA 1D0KA 1I1ZA 1C6NA 4DAJA 2F30A 2LCBA 1BWJA 2EKSC 1F10A 1L08A 2A7FA 1CV6A 1L03A 3TMWA 2IGCA 5HMJA 2I6ZA 4NFVA 4W58A 3HTDA 5D5FA 1XEJA 1FLWA 1L40A 2DQDY 1QSAA 5APFA 3N9CA 4ET9A 5F81A 1L79A 4TUNA 5KXYA 3RZEA 1XGRC 1UBZA 1P5CA 1LZGA 1LZ9A 1WTMA 1NHEA 2HUMA 132LA 3P68A 5DM9A 1REYA 5L3HA 1JKDA 3HBHA 1IR7A 1L88A 1QT7A 1LYEA 2D6BA 1WTNA 1LLHA 2VB1A 2MEAA 1P37A 1UICA 4RLMA 3ULRA 3LZTA 1C6QA 2HEFA 5KXMA 2BLXA 3P64A 1GBSA 4OWAA 4PPOA 1QT3A 2RSCA 4M6DA 127LA 1YAQA 2FYCA 2RBNA 2XJWA 3HH5A 1L04A 1QUTA 1SWZA 5KXNA 1CKGA 4J1AA 1GE4A 4H9BA 1AZFA 3ATNA 1LYGA 6LYZA 4BADA 1HERA 1LGUA 4NSIA 4C3WA 1L31A 3RUNA 1CKHA 3DN1A 3CDVA 194LA 4LZMA 1JHLA 4ETAA 1L60A 2B74A 2H9KA 1L74A 2BQKA 1J1XY 1H87A 159LA 4EPFA 1JTNA 1C60A 138LA 1LMNA 1C6MA 1UIEA 1LSPA 1L98A 154LA 1OUCA 1BHZA 1IP2A 2LZMA 147LA 4PHIA 3T6UA 1L29A 160LA 3GUKA 2HECA 4H8YA 139LA 4HV1A 1P64A 1KIQC 4XJGA 2BQJA 1AKIA 5KXTA 1CU0A 3CDTA 5LYMA 4ARQB 1QDRA 3J4GA 3HFMY 1HELA 1L00A 1C6LA 1DYDA 3P65A 1P2RA 4R0FA 3A3RX 4WL7A 4NGYA 1VEDA 3EBAB 2PC2A 1T6VL 1LZDA 1FLUA 1XGPC 1BB4A 4I7SA 1G0MA 1DI4A 1JJ0A 1IORA 1XJUA 1C6TA 241LA 5C6IA 1JTPL 4LYTA 4W96A 1L85A 2A4TA 2HU3A 190LA 1YKYX 1JSFA 5II3A 4CFOA 1RI8B 1LSCA 1ZMYL 243LA 3C8RA 1UACY 1FDLY 1PZYA 222LA 3K2RA 234LA 5A3ZA 4G4HA 1JJ3A 1KW7A 1LZ5A 1IWZA 245LA 2BQNA 1DPWA 2CJLA 4B0DA 4HPEA 2OU9A 4PGJB 4QDNA 2DQFC 4KL7A 1KNIA 4LT2A 1C43A 1DYCA 1BQLY 1NWGA 4RW1A 123LA 1L72A 2RB1X 102LA 4WM4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QT4 A;  1BGI A;  4W53 A;  1GDX A;  4LDL A;  2ZQ3 A;  4LFX A;  1L12 A;  1EL1 A;  238L A;  4S0W A;  3IJU A;  4Z41 A;  3TXE A;  1IR9 A;  1QDT A;  2MED A;  1L70 A;  2B6X A;  4NGK A;  4NWH A;  1LMT A;  3SB8 A;  1CX6 A;  4NGJ A;  2YVB A;  4YX7 C;  2BQA A;  1JIS A;  258L A;  3C7Y A;  2W1Y A;  2YSS C;  4WM1 A;  3IWR A;  1LHH A;  1C69 A;  1DXJ A;  1VDS A;  205L A;  4NG8 A;  3SBB C;  1IWW A;  2DQC Y;  119L A;  3WL2 A;  2F4A A;  1C6J A;  5APD A;  1L59 A;  5LA5 A;  3W6F A;  1LJI A;  1LZS A;  1JKB A;  3C83 A;  1D0M A;  1OP9 B;  4H9F A;  1PQI A;  1OUG A;  7LYZ A;  3DMZ A;  1L49 A;  1ZV5 L;  1C6A A;  3QNG A;  1LGW A;  3DMX A;  4YEN A;  1TCY A;  1L34 A;  1D9U A;  1GFG A;  246L A;  4HJZ A;  2ZNW Y;  5LAG A;  125L A;  4OOT A;  1L0K A;  5B07 A;  3CSR A;  1LZY A;  3FI5 A;  1L11 A;  1ZVY B;  1DPX A;  1QTH A;  2Z38 A;  184L A;  3C8S A;  3HT7 A;  4I7O A;  5D5C A;  1QIO A;  256L A;  4N0J A;  4LDE A;  1IOT A;  4TX7 A;  3TXK A;  1OV7 A;  1QT8 A;  1DKK A;  1UIB A;  3LN2 A;  1PQJ A;  2BPU A;  1GHL A;  1GB6 A;  3HH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1QT4 A;  1BGI A;  4W53 A;  1GDX A;  4LDL A;  2ZQ3 A;  4LFX A;  1L12 A;  1EL1 A;  238L A;  4S0W A;  3IJU A;  4Z41 A;  3TXE A;  1IR9 A;  1QDT A;  2MED A;  1L70 A;  2B6X A;  4NGK A;  4NWH A;  1LMT A;  3SB8 A;  1CX6 A;  4NGJ A;  2YVB A;  4YX7 C;  2BQA A;  1JIS A;  258L A;  3C7Y A;  2W1Y A;  2YSS C;  4WM1 A;  3IWR A;  1LHH A;  1C69 A;  1DXJ A;  1VDS A;  205L A;  4NG8 A;  3SBB C;  1IWW A;  2DQC Y;  119L A;  3WL2 A;  2F4A A;  1C6J A;  5APD A;  1L59 A;  5LA5 A;  3W6F A;  1LJI A;  1LZS A;  1JKB A;  3C83 A;  1D0M A;  1OP9 B;  4H9F A;  1PQI A;  1OUG A;  7LYZ A;  3DMZ A;  1L49 A;  1ZV5 L;  1C6A A;  3QNG A;  1LGW A;  3DMX A;  4YEN A;  1TCY A;  1L34 A;  1D9U A;  1GFG A;  246L A;  4HJZ A;  2ZNW Y;  5LAG A;  125L A;  4OOT A;  1L0K A;  5B07 A;  3CSR A;  1LZY A;  3FI5 A;  1L11 A;  1ZVY B;  1DPX A;  1QTH A;  2Z38 A;  184L A;  3C8S A;  3HT7 A;  4I7O A;  5D5C A;  1QIO A;  256L A;  4N0J A;  4LDE A;  1IOT A;  4TX7 A;  3TXK A;  1OV7 A;  1QT8 A;  1DKK A;  1UIB A;  3LN2 A;  1PQJ A;  2BPU A;  1GHL A;  1GB6 A;  3HH6 A; 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