4LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lzmA00
1B6IA 3SB6A 1SSWA 1C6GA 3HTFA 1G06A 239LA 1L57A 1QS9A 243LA 240LA 1LYGA 3ODUA 1L05A 1ZURA 1CV0A 1JTNA 1L69A 261LA 3JR6A 2Z6BA 122LA 258LA 2B6ZA 1L46A 4I7JA 1LYIA 1L99A 1OV5A 1L87A 1L01A 1LPYA 257LA 1NHBA 3HT6A 3NYAA 237LA 2O4WA 1C6HA 2HUKA 5LZMA 247LA 1L59A 2Q9DA 1L74A 165LA 1G0MA 1QUDA 1C6IA 1L55A 176LA 1L20A 4EPFA 3C8SA 1L47A 1L43A 3HTGA 2HUMA 1L14A 3DMVA 233LA 4K5YA 217LA 1L33A 3CDTA 4AQNA 157LA 181LA 4EKSA 3DN1A 4DAJA 1CU0A 1L81A 4YXCA 231LA 4W55A 1L68A 1L83A 1L96A 209LA 1G0GA 164LA 1LYJA 1SSYA 1OVHA 3DN3A 1LLHA 1CX7A 3G3XA 3RZEA 1L62A 1QSQA 3CDVA 199LA 1T8GA 3OE9A 254LA 125LA 2L78A 3GUJA 1L67A 1D9WA 1L22A 1CV4A 4ARPA 3D4SA 1C6KA 1C6CA 1L86A 1LWKA 1PQDA 1C61A 1C6BA 1L61A 1C6QA 1KW7A 3GUNA 3GUPA 4EKQA 156LA 4I7OA 1PQKA 1L32A 236LA 2B7XA 3C7WA 3C7ZA 3FI5A 1L24A 173LA 144LA 3HH5A 1QUGA 2RB0X 5I14A 3HWLA 1L85A 212LA 145LA 2OU9A 4YX7C 1T8FA 1OWYA 2NTHA 3SB7A 1QTBA 255LA 1D3FA 1L42A 211LA 262LA 4LDOA 1L76A 1T6HA 1L03A 3DN2A 2IGCA 220LA 235LA 1L10A 1L37A 1P56A 2RB2X 1C6DA 4LDEA 2B75A 1PQMA 1G1VA 138LA 1L39A 1I6SA 113LA 2O7AA 1L90A 2NTGA 1D2WA 1G0PA 161LA 1L93A 1L34A 249LA 2B73A 2ANXA 3C81A 1PQJA 1L41A 3HT9A 4ARQB 110LA 114LA 4I7QA 1L45A 3FADA 3HT7A 1L00A 1K28A 1L18A 4LDLA 1L56A 4EPIA 2QB0B 1L53A 1L07A 2B6WA 1C6FA 180LA 198LA 226LA 2RAYX 201LA 1KY1A 3HTDA 123LA 1QTVA 1ZWNA 2F32A 1L49A 1P7SA 104LA 1CU2A 3HUKA 1L09A 218LA 3SB5A 1L36A 1JQUA 1OV7A 4W53A 3GUIA 4I7LA 4I7TA 2Q9EA 1D3NA 1LGWA 1C62A 4EKPA 3SN6R 1CVKA 1L66A 1C64A 1LGUA 1OWZA 1C6AA 1L92A 127LA 3HU9A 1G0LA 4I7RA 1QTCA 1CV6A 3C7YA 1KS3A 178LA 1L15A 2B74A 2B6XA 1P6YA 175LA 1C63A 1LI2A 196LA 2LC9A 1L23A 172LA 1CUPA 4W56A 2RBSA 1P2RA 111LA 1CX6A 3DN8A 4DJHA 4I7KA 3QAKA 4ARJA 1L94A 1P5CA 1T97A 4ARLA 4ARMB 112LA 146LA 4W51A 3CDRA 1CUQA 1L64A 2B72A 162LA 232LA 3HUQA 1L13A 189LA 4W54A 7LZMA 1D3MA 168LA 3DN0A 1P2LA 215LA 137LA 1QT7A 4PJZA 1OVJA 200LA 139LA 225LA 3RUNA 1C60A 1L48A 3LZMA 1G1WA 1XEPA 2RH1A 4DKLA 2F47A 1QUOA 1C6TA 141LA 1CTWA 2OU0X 1JTMA 260LA 128LA 186LA 246LA 2OE9X 3SBBC 159LA 195LA 1QT4A 1OVKA 1L95A 140LA 228LA 3HH4A 3SB8A 158LA 197LA 4EKRA 214LA 6LZMA 1TLAA 2RBOA 177LA 222LA 1DYEA 2LZMA 160LA 1DYCA 244LA 3OE0A 1L0JA 3HUAA 1L29A 3L64A 3F9LA 187LA 4W52A 4EXMA 2ANVA 1L75A 1C6NA 1CV3A 2QARC 219LA 1L38A 1ZYTA 1QT5A 1L16A 3G3VA 3V2WA 1L17A 3DNAA 1L52A 1C6EA 1LI3A 1L11A 4I7NA 1C6MA 1LWGA 3DKEX 3HU8A 152LA 131LA 3HT8A 4ARQA 2HULA 129LA 3F8VA 174LA 1QSBA 169LA 3DN4A 1DYFA 1XJTA 1L79A 1T8AA 155LA 1G07A 1QS5A 2RAZX 1CU5A 120LA 234LA 1KNIA 1WTHA 1P64A 3EMLA 4GBRB 1L35A 1DYBA 103LA 1P46A 3GUKA 163LA 1LW9A 118LA 4ZPUA 1L63A 1G0JA 142LA 2OTYX 2OE7X 3DMXA 1L0KA 1L97A 1L30A 1SX2A 3NY9A 4LZMA 191LA 1QT6A 147LA 4W58A 3GULA 3C80A 253LA 3L2XA 1C66A 190LA 130LA 1L54A 1CU6A 119LA 1LI6A 2B70A 4I7PA 3C8RA 1L12A 4YXAC 1C6PA 1L84A 1PQIA 1L91A 1C67A 1L26A 1L25A 3HTBA 1LYFA 1P37A 2RBNA 2B6TA 1L50A 4ARMA 1PQOA 166LA 188LA 206LA 109LA 3C8QA 242LA 1CV5A 3NY8A 210LA 238LA 3SBAA 1QT3A 2A4TA 1CU3A 4PK0A 251LA 1C6LA 107LA 1D3JA 1P3NA 241LA 1L88A 183LA 1L98A 4E97A 1DYDA 256LA 126LA 2OU8A 252LA 115LA 4IAPA 223LA 1QUHA 151LA 2OEAX 4GRVA 171LA 3K2RA 3PBLA 3C82A 1L70A 1L31A 3UONA 1L28A 1D2YA 1QTHA 2F2QA 1DYAA 1L65A 1SWYA 1LGXA 2RB1X 3PDSA 1QTDA 1L04A 248LA 1KW5A 3OE6A 2LCBA 1G0KA 3HDFA 1LYHA 3CDQA 227LA 192LA 150LA 1L27A 2OTZX 3SB9A 3C83A 1C65A 3DMZA 1P36A 4W59A 1L73A 3VW7A 4OO9A 148LE 1L51A 245LA 3FA0A 185LA 170LA 167LA 4I7SA 213LA 3V2YA 1KY0A 230LA 224LA 1L44A 1L71A 2B6YA 2CUUA 3HH3A 3G3WA 102LA 2OE4X 1L72A 1L02A 205LA 3DN6A 216LA 1C6JA 1L82A 3GUOA 182LA 1L58A 2RBPA 250LA 221LA 143LA 1L21A 1LYDA 1L06A 1SX7A 1C68A 1L08A 1OYUA 229LA 1L19A 1EPYA 3GUMA 1QT8A 1XJUA 1CV1A 1QTZA 4EJ4A 1C69A 3HDEA 1G0QA 184LA 1L40A 1L80A 1L77A 3HH6A 1L89A 259LA 1SWZA 2RBRA 108LA 1L60A 2O79A 1LYEA 2RBQA 4W57A 4S0WA 1DYGA 3OE8A 149LA 3CDOA 4I7MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B6IA 2ZNXY 5LIOA 3SB6A 1G06A 240LA 3OJPA 4YF2A 2Z6BA 258LA 2B6ZA 1KIQC 1OUJA 1GB7A 1OUHA 1D0LA 1L01A 257LA 1VATA 3NYAA 4B4EA 2O4WA 1C6HA 1GE1A 1JUGA 1L74A 3P68A 165LA 3A94A 176LA 1GFGA 3C8SA 4ET8A 1L43A 4BAFA 3CQLA 1L14A 4K5YA 1IC5Y 2FBBA 4CGEA 3DN1A 4DAJA 1L81A 1OUGA 1L83A 1QTKA 3ULRA 3EBAB 1LLHA 3CDVA 1FLYA 5LAGA 254LA 5E9RA 1LZ5A 4OW1A 1L67A 1LSNA 1LSPA 3D4SA 1C6CA 1PQDA 5KXNA 1G7MC 1DKKA 4EKQA 4ZEEA 3A6CY 4WO6A 3HH5A 1T8FA 3SB7A 1IOQA 1L42A 262LA 2AUBA 4LDOA 1VFBC 1RCMA 4DD9A 4Z3MA 235LA 1L10A 1D0MA 5JENB 1DPXA 2HU3A 138LA 4OWHA 113LA 1LZBA 2O7AA 4NGJA 1L90A 1LKRA 1D2WA 5IHGA 1G0PA 1GE3A 1B0DA 161LA 5IELA 3ZEKA 1L34A 3AZ6A 3C81A 5E4PA 5HQ1A 110LA 4N0JA 3HT7A 1BB4A 4LDLA 2XBRA 4RW2A 4P2EA 4EPIA 4GCDA 1W08A 180LA 2D6BA 226LA 4XJGA 1GF7A 1QTVA 1GFKA 104LA 1GB0A 2C8PA 1JJ0A 1JQUA 1REMA 4H94A 4I7TA 1D3NA 3LYZA 1CJ6A 4Z46A 1C62A 1L66A 1LGUA 2MEAA 1L92A 127LA 2XBSA 3HU9A 5D5CA 5LVIA 1IWVA 2B74A 3A67Y 2B6XA 1IIZA 1P6YA 1LI2A 1C63A 1GF9A 172LA 2BQHA 4W56A 111LA 1LZAA 1VDQA 1C45A 1DI5A 1P5CA 2MEGA 3EMSA 4ARLA 2FBDA 1LOZA 1CUQA 2B72A 189LA 3AZ7A 3CB7A 3LN2A 1YKXX 1P2LA 3BKVA 215LA 1OVJA 1WQRA 5KXTA 1C60A 4NSJA 1V7TA 1ZMYL 2DQJY 3WW6A 5APEA 4DKLA 4J1AA 4DD3A 2F47A 1QSAA 2F4GA 2G4QA 4NGVA 2PC2A 2OU0X 1JTMA 4XJDA 2ZNWY 1AKIA 2OE9X 140LA 3HH4A 5LVHA 158LA 1D0KA 177LA 4NGLA 1DYEA 1VDTA 1DYCA 2YBIA 244LA 135LA 1L0JA 1XEIA 1LMAA 4W52A 1REYA 1L75A 4IASA 1L38A 1JTPL 1L17A 1GBZA 1L52A 1GFJA 4ARQA 2Z19A 3K3TA 5F81A 3CT1A 4H8XA 1GFHA 1CKGA 4QEQA 1L79A 4OWCA 1LZCA 1UUZC 4XJBA 1IVMA 1XEKA 3WULA 5J7CA 2XJWA 3EMLA 1TBYA 4UWUA 3GXRA 4GBRB 1L35A 1WVUA 3RW8A 1HEQA 103LA 3GUKA 1AT5A 163LA 118LA 4ZPUA 1REZA 1B7NA 1L0KA 1L30A 4LZMA 4HP0A 5LA5A 3L2XA 4NHPA 1C66A 190LA 3B72A 1CU6A 3J6KA 119LA 1LI6A 3C8RA 2CDSA 1YAMA 1L91A 4WM3A 1HEWA 3FE0A 3WUNA 4WLDA 1DQJC 188LA 206LA 109LA 3WMKA 242LA 1IY4A 1YKZX 3NY8A 3SBAA 3GXKA 2Q0MX 3TXGA 5LXWA 1UICA 1IP6A 1IWZA 4PRUA 1L98A 4E97A 1HF4A 3IJUA 4ETDA 252LA 4NGIA 1YAQA 1IP1A 4II8A 2YBJA 1FN5A 4UWNA 1L70A 2EKSC 5K7OA 1YL0X 2F2QA 1JSEA 1L65A 3LZ2A 4W94A 1GFRA 2RB1X 1YAOA 1B9OA 1OUFA 1UACY 2D4IA 192LA 3SB9A 1GEZA 4HJVA 1JTTL 4RLMA 4ZFPA 4XJHA 1LYSA 4W59A 5I4XA 4A7DA 148LE 3F6ZA 1L51A 3FA0A 4NHIA 4H9AA 4KPMA 1UIBA 4H92A 1GE2A 2XTHA 2ZIJA 1T3PA 1L71A 3HH3A 1IY3A 1L72A 4W96A 3DN6A 1C6JA 1SLYA 5C6JA 4TSCA 1BHZA 2XQOA 182LA 2C8OA 221LA 1L21A 3TXIA 3CT5A 1OYUA 3GUMA 4H9EA 1LJGA 4EJ4A 5KY1A 2G4PA 5F16A 3B0KA 1SWZA 2HEAA 4B4IA 1L60A 4W57A 2H5ZA 4NY5A 1DYGA 1HSXA 1UC0A 2EPEA 4OWBA 1IOSA 5KJ9A 243LA 3ODUA 1L05A 3E3DA 1ZURA 261LA 2CGIA 1LAAA 122LA 1LZGA 1UIHA 5B1GA 1L46A 4I7JA 5A3EA 1L99A 4E3UA 2F30A 1NHBA 4H9BA 237LA 2MECA 4ETCA 1EQ4A 2Q9DA 2DQFC 1JTOL 1LZEA 3HTGA 1FKQA 2YVBA 4GCEA 3N9EA 217LA 1L33A 4AQNA 4EKSA 1CU0A 1LSCA 4YXCA 1LHHA 5B05A 133LA 1SSYA 3RZEA 1QSQA 2BQMA 1T8GA 1LJ3A 2Y8PA 3AZ5A 4NSIA 3GUJA 1JJ3A 3HBEX 1CV4A 4ARPA 1GB6A 1LWKA 2F4AA 1L61A 1C6QA 1KW7A 4EOFA 1IR7A 1GWDA 236LA 3C7WA 3FI5A 5I53A 3TXFA 4RLNA 1L24A 1VAUA 144LA 1BB3A 4PJ2C 3M3UA 1LYOA 3W6CA 1CKHA 3RU5A 4NG1A 1I56A 4G4BA 1L76A 3AGHA 1GDXA 2IGCA 1B5UA 2ZIKA 3A96A 1P56A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B6I A;  2ZNX Y;  5LIO A;  3SB6 A;  1G06 A;  240L A;  3OJP A;  4YF2 A;  2Z6B A;  258L A;  2B6Z A;  1KIQ C;  1OUJ A;  1GB7 A;  1OUH A;  1D0L A;  1L01 A;  257L A;  1VAT A;  3NYA A;  4B4E A;  2O4W A;  1C6H A;  1GE1 A;  1JUG A;  1L74 A;  3P68 A;  165L A;  3A94 A;  176L A;  1GFG A;  3C8S A;  4ET8 A;  1L43 A;  4BAF A;  3CQL A;  1L14 A;  4K5Y A;  1IC5 Y;  2FBB A;  4CGE A;  3DN1 A;  4DAJ A;  1L81 A;  1OUG A;  1L83 A;  1QTK A;  3ULR A;  3EBA B;  1LLH A;  3CDV A;  1FLY A;  5LAG A;  254L A;  5E9R A;  1LZ5 A;  4OW1 A;  1L67 A;  1LSN A;  1LSP A;  3D4S A;  1C6C A;  1PQD A;  5KXN A;  1G7M C;  1DKK A;  4EKQ A;  4ZEE A;  3A6C Y;  4WO6 A;  3HH5 A;  1T8F A;  3SB7 A;  1IOQ A;  1L42 A;  262L A;  2AUB A;  4LDO A;  1VFB C;  1RCM A;  4DD9 A;  4Z3M A;  235L A;  1L10 A;  1D0M A;  5JEN B;  1DPX A;  2HU3 A;  138L A;  4OWH A;  113L A;  1LZB A;  2O7A A;  4NGJ A;  1L90 A;  1LKR A;  1D2W A;  5IHG A;  1G0P A;  1GE3 A;  1B0D A;  161L A;  5IEL A;  3ZEK A;  1L34 A;  3AZ6 A;  3C81 A;  5E4P A;  5HQ1 A;  110L A;  4N0J A;  3HT7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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