4N1CC

Structural evidence for antigen receptor evolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
117
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNNLCNIPCSALLSSTASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Structural reconstruction of protein ancestry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords immunoglobulin variable light chain domain
total genus 40
structure length 117
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4n1cC00
5F16A 3IWRA 3RT5X 1WQPA 4B49A 1JSEA 3B0IA 3SP3A 193LA 4G49A 4XJDA 2XTHA 3M3UA 132LA 3KAMA 2B5ZA 4DD0A 5K7OA 2BQIA 1EL1A 4NWEA 4HTKA 1BQLY 1LKRA 4GN3A 4MCKA 1LMOA 3RNXA 1QUSA 4XYYA 3RU5A 3ATOA 1CJ6A 5JENB 4G4CA 4UWVA 4DD1A 5A3ZA 4NGZA 1LSNA 2BQMA 1F6RA 2DQHY 2EKSC 1UIEA 2C8OA 4R0FA 1LMPA 4G4HA 4DD2A 5A3EA 2LYOA 1GF3A 1LHJA 2Z19A 4J7VA 2YBIA 1B7PA 1GB3A 5I4YA 1GFJA 2ZNWY 1D6PA 1LHLA 3W3EA 2Y8PA 1IP7A 1HSXA 1NDMC 2XJWA 1VFBC 2DQEY 1HSWA 1EQ4A 2ZNXY 2BQGA 2A7DA 154LA 2Z39A 1GFRA 3CT1A 4I0CA 3P4ZA 1KXWA 1DI3A 1BB6A 1JUGA 2DQFC 4LT0A 2ZIKA 3K3TA 4YENA 3EBAB 4XJGA 1IEEA 4PRQA 4IATA 5LAGA 1YL0X 5KXLA 4NGWA 1IO5A 3LYMA 1IOQA 4OWEA 2ZILA 5D5CA 1JTOL 4TX7A 2BPUA 4XJIA 1G7LC 1IP5A 5FHWA 1OUEA 5HNCA 4XJFA 2LZ2A 2BQLA 3W6CA 1UUZC 2Z2FA 3N9AA 3ULRA 1BVXA 1LZSA 4OOOA 2FBDA 4XJHA 3RW8A 1HMLA 1LKSA 5ILCA 1LZDA 1YANA 3FI7A 5IHGA 3EMSA 4PPOA 4YEOA 2D91A 4WG1A 5E4PA 4WOAA 1JKAA 1GWDA 1UBZA 4H92A 1IP4A 1LSDA 1D0MA 2EQLA 2Q0MX 3F6ZA 3W6DA 1HNLA 1JJ3A 1G7MC 4II8A 1IOCA 2DQGY 5KXNA 1GBOA 1VDQA 1BHZA 1H6MA 1LMQA 2MEDA 4TUNA 2CGIA 5KKIA 1RE2A 1ZVHL 1GAZA 4ZFPA 1YKXX 5LVGA 1GD6A 1LYYA 2HUBA 1LTMA 2MEGA 4WM2A 3ZVQA 4HTQA 4J1BA 4DDCA 5B05A 5I4WA 4L41A 2MEFA 2VB1A 1UIDA 4HPEA 1QSAA 1ZMYL 4BS7A 4LT1A 4A7DA 1OUFA 4NIJA 2HTXA 2YDGA 4LYCA 1IWVA 5I5QA 2PC2A 1IVMA 2D4JA 2W1XA 4LYOA 4H1PA 4WM4A 1WQOA 1CNSA 4LFPA 1GFEA 1LZNA 3A6BY 3D9AC 2N5ZA 1HFXA 1GFVA 3WPLA 1GFAA 1A2YC 1C7PA 3AYQA 2G4NA 1LSFA 2D4KA 4KXIA 3A91A 2BAAA 6LYTA 4HV2A 1GHLA 1XEKA 1MLCE 1UACY 1W6ZA 2BQCA 4BADA 1MELL 4NY5A 1LZ9A 3A94A 4RW1A 4OWAA 2BLYA 3LYOA 4WM1A 1LMCA 1GFHA 207LA 3AGHA 1VEDA 1WQQA 1CJ9A 3A67Y 4E3UA 5HLLA 1FLQA 3CT5A 1NQIA 1JPOA 2BQDA 3B0KA 3W6BA 2HEEA 1TDYA 1YKZX 1LJIA 4C5FA 2ZWBA 5KXKA 5L3IA 5F9UA 3P66A 1AM7A 1LJHA 1UICA 1GE2A 2MEAA 4GCEA 2MEEA 2F4AA 1WVUA 5AMYA 1B5VA 1SLYA 2Z18A 1LJJA 3AZ5A 1WQNA 3N9EA 1BB4A 1GDWA 2Z2EA 1OUAA 1LZ8A 3CSRA 1IR7A 1YL1X 4AGAA 1GBWA 4ET8A 3A93A 1IP1A 1YROA 4WM5A 1LYSA 3ZVQB 1AKIA 1IC7Y 1FLWA 3OK0A 1QDTA 3A3QA 1IY3A 1LZEA 1IIZA 1GBZA 3HBDA 2DKVA 1REXA 2MEIA 3WVYA 2YBNA 1LMAA 4GLVA 1B7MA 5LYZA 1OUIA 5F81A 1WVVA 1FLYA 4IJ4A 2BQBA 1GBXA 4DD7A 1DKJA 2H9JA 1FKVA 1KIRC 1LJ4A 1B0DA 1HF4A 5I54A 1D0KA 1V7SA 3B72A 3TMVA 5KKJA 4GLAA 1BB5A 4NFVA 2Z38A 2I26L 5F9XA 4DD3A 4D9ZA 2MEBA 3J4GA 5LXWA 4RDSA 5KXWA 2H9KA 4BAFA 2HU1A 5LINA 1AT6A 4NGOA 4QY9A 5I53A 134LA 1CKCA 2EIZC 2DQAA 2DQJY 3FE0A 1LAAA 3WU7A 4YEMA 1DPXA 1GB5A 1WTNA 4ETAA 1LSEA 1ALCA 2CJLA 5LVKA 1JIYA 4WG7A 2HEAA 4ETBA 9LYZA 3RZ4A 1LSBA 4WLTA 4WM6A 1UC0A 1YKYX 1IORA 5KXMA 1QIOA 1CJ7A 1GXV2 3WU8A 1LZGA 1XGPC 1GF9A 1C46A 1W08A 4LYTA 4ZIXA 4QDNA 1AZFA 4ANRA 1KXXA 3AZ6A 1HFZA 1LYZA 4Z46A 1IWWA 1GB2A 3LHMA 4OWHA 5LAFA 5J7CA 2NWDX 4FDYA 1G7HC 1LZYA 4HJZA 1JKDA 1T6VL 5B1GA 5HMJA 1JJ1A 1RI8B 1C10A 208LA 3A90A 3EXDA 4LYBA 1DQJC 1JSFA 1BB3A 1I56A 1UIBA 194LA 4NGIA 4OWCA 5HNLA 1GF0A 3WH1A 1NDGC 2HU3A 3HBHA 4H9EA 5I4XA 4LT2A 1HEQA 4WL7A 3W6EA 1JTPL 3AB6A 1QDRA 1RCMA 3MGWA 2IFFY 1FKQA 5LIOA 3WW5A 4ETDA 1GBYA 1NKHA 1OUGA 4FJRA 3WUNA 1PS5A 5LYTA 2C8PA 4UWNA 5FSTA 3WULA 1QTKA 1VDTA 4GCBA 1GEZA 2BLXA 3T36A 4O34A 1LJGA 1HMKA 1FN5A 1B7SA 1B7NA 3P65A 3AW6A 5KXRA 4OW1A 4NGLA 4NSHA 3CSQA 1INUA 1TCYA 2CDSA 4NWHA 1IWXA 1OP9B 1C08C 3VWOA 1GF8A 2ZYPA 1VATA 1OUCA 1JTTL 4M6DA 3CSZA 1GXXA 1LHKA 3T6UA 153LA 4DYGA 1NBYC 1JJ0A 5HMVA 1B2KA 5DN4A 3TXEA 1GPQC 1B5WA 5LVIA 1LSYA 1JKBA 1IWYA 3A95A 3J6KA 4HPIA 2BQJA 4N5RA 3AJNA 4NEBA 1DKKA 4NHIA 4YF2A 1DPWA 4PJ2C 3A96A 2EPEA 1REZA 4Z98A 4YM8A 2ZQ3A 1LZCA 4NGKA 3E3DA 2LZTA 1EQ5A 4H9HA 4GCDA 1BWJA 4WO9A 4ET9A 1F6SA 1TBYA 1ZV5L 4G4BA 1IR9A 1CKGA 2YBJA 3G3BB 1GFGA 1HEOA 4NG1A 3ATNA 1KXYA 1LSGA 4QEQA 4YOPA 1HELA 4HV1A 5KXYA 1BWHA 4OWBA 1LYOA 1B5UA 3WU9A 1UIGA 2H5ZA 1LZRA 1LOZA 1D9UA 1J1PY 1UA6Y 1REYA 2D6BA 4HJVA 1GE1A 1IC4Y 1VDPA 1B7LA 1T3PA 2FYDA 5KXSA 3TXJA 4CHXA 4N9RA 5M1YA 1LZAA 1VDSA 2FYCA 1YAMA 4GCFA 4RLNA 1IWTA 1JWRA 3HFMY 3M18B 4DT3A 1LZ5A 1JISA 4NGJA 3N9CA 1GB9A 3BKHA 2HEBA 3OJPA 4NGVA 1D0LA 1BGIA 3TMWA 3TXFA 5B07A 1PZYA 1UCOA 2Z37A 4NGYA 1V7TA 3LYZA 3AGIA 2G4QA 1NHEA 1D6QA 4HP0A 2YVBA 3AZ4A 1LZBA 1IX0A 3WL2A 1IWZA 2F4GA 2HEFA 4LFXA 4PRUA 4UWUA 3QE8A 5D5FA 4TSBA 4WLYA 4H93A 2RSCA 4KL7A 1GFUA 3B0OA 1A4VA 1BB7A 3AZ7A 1G7IC 5LVHA 4I8SA 4W94A 1IP6A 1DZBX 4WLDA 1DI4A 2W1YA 4NSIA 1IOTA 2W1MA 4NHPA 2XBRA 4MR1A 1LHHA 5EBHA 3TXIA 2A7FA 1LSZA 3EO5A 1RFPA 1B5ZA 3TXGA 1NF5A 1XFPL 2GV0A 5L9JA 1C45A 1IWUA 3IJUA 1IR8A 2MEHA 4R6CA 4NHTA 1J1OY 3QNGA 135LA 1C43A 1CKDA 1GEVA 5KJ9A 4M4OA 5L3HA 4H8ZA 8LYZA 4W96A 1H87A 2I6ZA 1JITA 1GF7A 4LGKA 4HTNA 4NHSA 3TXHA 4KPMA 2HECA 2YBHA 1OQMA 1LSPA 4EMNA 3W6FA 1O23A 5C6IA 1LHIA 1XEJA 4RW2A 3A34A 1CJ8A 2DQIY 4OOTA 2DQCY 3CQLA 4H8XA 1B7RA 2F30A 2LYZA 1GF5A 1UIHA 4X3BA 1YAPA 1ZVYB 4CFOA 5FELA 3WUAA 1HEPA 1CKFA 4XJBA 1RJCB 5E9RA 5II3A 1GFKA 1WQMA 2BQNA 2LYMA 5KXXA 1HENA 4G9SA 1YAOA 3GXRA 3HBEX 4RLMA 4BAPA 2BQFA 5T3FA 2G4PA 1AT5A 1LSAA 4J1AA 1GB7A 3B6LA 1BWIA 5LA8A 1LJNA 1KIQC 4LYMA 4LYZA 4H9FA 5IELA 1TEWA 1I20A 2BQEA 1XEIA 1LSCA 4TTDA 4DD9A 4LT3A 4B4EA 1QQYA 4NG8A 5LVJA 3TMXA 1LZ1A 3TMUA 3LZ2A 4N0JA 4C3WA 1GAYA 1B7QA 1LZ6A 1N4FA 4DDBA 3TXDA 1LJ3A 7LYZA 3A3RX 2YSSC 2FBBA 1GDXA 1UIAA 1YILA 4H9AA 4AXTA 1GB6A 1REMA 1CKHA 2YBLA 4QGZA 1P2CC 1WTMA 5IDDA 1WQRA 2Z12A 2IHLA 3WXUA 1QSWA 4GN5C 4HSFA 1JKCA 133LA 4KT3A 1HHLA 3QY4A 3WPKA 1XGUC 1LSMA 4PGJB 1J1XY 4WLXA 3WPJA 4Z41A 2WARA 1LZ4A 1XGRC 3AGGG 1OUDA 4H90A 2AUBA 2ZIJA 1EQEA 5KXTA 4NSJA 4N8ZA 2ZYCA 1B5XA 1OUBA 1NBZC 4XENA 1FBIX 3LN2A 1Z55A 1JEFA 4TWSA 5FEKA 1B5YA 1HFYA 1XGQC 2CWIA 4ZEEA 1IP2A 1GE0A 1OUJA 1FDLY 3CB7A 4H9IA 5APCA 5DLAA 4GN4A 1GF4A 4N1CC 3WVXA 1I1ZA 1OUHA 1GE4A 5LA5A 3GXKA 4CJ2A 1LZTA 4MSTA 4DDAA 2D4IA 4XN6A 5DN5A 4NSGA 4WO6A 5F14A 4H8YA 3G3AB 3IJVA 4XADA 4U3XB 2HEDA 5C6LA 5ILFA 5B1FA 5KXPA 1YAQA 2BQOA 3A8ZA 1UIFA 4Z3MA 4H94A 1B7OA 3D3DA 1GB0A 4ML7A 1GF6A 4H9BA 3TXKA 5FDJA 5APFA 1YQVY 1F10A 1NMMA 1IY4A 4N1EI 1DI5A 2LHMA 1IP3A 4P2EA 3A92A 4WL6A 1LHMA 3TXBA 2DBTA 3WYHA 4B4IA 4CFPA 4B1AA 1NWGA 1FLUA 1IC5Y 2XBSA 3P68A 4PHIA 1GE3A 1TAYA 4HJYA 5C6JA 2BQAA 1LJKA 3WXTA 2YBMA 2I25L 2F2NA 4J0LA 4DWXA 2ZQ4A 1GB8A 4NHQA 2BQKA 1SQ2L 3ZEKA 5DM9A 5APDA 4ETCA 2DQDY 5APEA 5KXOA 1GBSA 1LJEA 4EOFA 5KY1A 5HQ1A 1QUTA 4H91A 3WW6A 2MECA 3AW7A 4H9CA 1F0WA 5KXZA 1DXJA 3LZTA 1HERA 4GCCA 1JHLA 3LYTA 1QTEA 4IASA 4LZTA 1LMNA 4ETEA 1KIPC 3WUMA 1XGTC 5FCPA 1HC0A 4WM3A 1G7JC 1HEMA 1YIKA 1LMTA 5LYMA 1LCNA 3P64A 5B06A 3A6CY 4DC4A 2X0AA 1E8LA 1BVKC 3WMKA 1XSFA 1HEWA 1VAUA 5DL9A 3CT0A 4CGEA 3BKVA 1B9OA 4B4JA 4WMGA 1LJFA 1GFTA 1IOSA 2BQHA 4B0DA 5B59A 6LYZA 3W6AA 1LPIA 2W1LA 4TSCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F16A 1JSEA 3B0IA 4XJDA 195LA 5K7OA 4NWEA 4HTKA 127LA 1PQIA 3RNXA 3RU5A 1G0JA 1L45A 1C6NA 2EKSC 5A3EA 1LHJA 3SB6A 5I4YA 1T97A 1LHLA 1IP7A 4W55A 1OWYA 110LA 2BQGA 1OVKA 3CT1A 3P4ZA 1KXWA 1BB6A 4LT0A 1L91A 1G0QA 1LGWA 5KXLA 1IOQA 4OWEA 5D5CA 1JTOL 4I7SA 1CTWA 2BPUA 4XJFA 3W6CA 1LYEA 2B6ZA 2Z2FA 3ULRA 1BVXA 1QT4A 2FBDA 1PQDA 3FI7A 1QTHA 4WG1A 1G0MA 4PJZA 3DN6A 4WOAA 1LSDA 1L31A 2EQLA 3F6ZA 1G0PA 1HNLA 1G7MC 213LA 1BHZA 1C6CA 4DKLA 1GAZA 1LTMA 1B6IA 2MEFA 2VB1A 1DYFA 4HPEA 1ZMYL 4BS7A 4NIJA 2YDGA 5I5QA 1KW7A 1GFEA 2OEAX 2N5ZA 1HFXA 1EPYA 2D4KA 4KXIA 2BAAA 6LYTA 4HV2A 1GHLA 1XEKA 4BADA 4RW1A 4OWAA 3LYOA 246LA 3A67Y 1FLQA 1L28A 1QTBA 2HEEA 5L3IA 5F9UA 1L77A 1LJHA 1GE2A 1C6TA 2MEAA 5AMYA 2Z18A 1SLYA 1BB4A 1GDWA 111LA 1L27A 1LZ8A 3CSRA 1C66A 1C63A 1YROA 4WM5A 1AKIA 218LA 1IIZA 2YBNA 1FLYA 1L69A 1FKVA 3B72A 4DQ5A 2LCBA 1BB5A 139LA 1L01A 3GULA 4LDLA 2MEBA 3J4GA 4D9ZA 5LXWA 173LA 2H9KA 1L46A 5LINA 4NGOA 2EIZC 2DQJY 3WU7A 4YEMA 222LA 1ALCA 4WG7A 1IORA 1QIOA 1CJ7A 3WU8A 1L05A 4LYTA 191LA 241LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F16 A;  3IWR A;  3RT5 X;  1WQP A;  4B49 A;  1JSE A;  3B0I A;  3SP3 A;  193L A;  4G49 A;  4XJD A;  2XTH A;  3M3U A;  132L A;  3KAM A;  2B5Z A;  4DD0 A;  5K7O A;  2BQI A;  1EL1 A;  4NWE A;  4HTK A;  1BQL Y;  1LKR A;  4GN3 A;  4MCK A;  1LMO A;  3RNX A;  1QUS A;  4XYY A;  3RU5 A;  3ATO A;  1CJ6 A;  5JEN B;  4G4C A;  4UWV A;  4DD1 A;  5A3Z A;  4NGZ A;  1LSN A;  2BQM A;  1F6R A;  2DQH Y;  2EKS C;  1UIE A;  2C8O A;  4R0F A;  1LMP A;  4G4H A;  4DD2 A;  5A3E A;  2LYO A;  1GF3 A;  1LHJ A;  2Z19 A;  4J7V A;  2YBI A;  1B7P A;  1GB3 A;  5I4Y A;  1GFJ A;  2ZNW Y;  1D6P A;  1LHL A;  3W3E A;  2Y8P A;  1IP7 A;  1HSX A;  1NDM C;  2XJW A;  1VFB C;  2DQE Y;  1HSW A;  1EQ4 A;  2ZNX Y;  2BQG A;  2A7D A;  154L A;  2Z39 A;  1GFR A;  3CT1 A;  4I0C A;  3P4Z A;  1KXW A;  1DI3 A;  1BB6 A;  1JUG A;  2DQF C;  4LT0 A;  2ZIK A;  3K3T A;  4YEN A;  3EBA B;  4XJG A;  1IEE A;  4PRQ A;  4IAT A;  5LAG A;  1YL0 X;  5KXL A;  4NGW A;  1IO5 A;  3LYM A;  1IOQ A;  4OWE A;  2ZIL A;  5D5C A;  1JTO L;  4TX7 A;  2BPU A;  4XJI A;  1G7L C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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