4NG1A

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 1.9 m cscl
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ng1A00
1LSNA 2ZIKA 1BGIA 1JPOA 2YBNA 2DQEY 2YBJA 3WXUA 4DD9A 4ET9A 4NIJA 1ZV5L 1LZTA 3E3DA 2H9KA 1LMNA 2ZQ3A 1D6QA 4DWXA 1B7RA 4HJZA 4CFOA 1HEMA 1YQVY 3LYMA 1EL1A 3WUNA 194LA 1QSWA 2BLXA 2Z37A 3AJNA 4NY5A 5B05A 5LINA 4NGKA 1NWGA 1I1ZA 4NHQA 1WQQA 4DDBA 1LSPA 207LA 1XGTC 2PC2A 3WYHA 1LCNA 2YBLA 3WU8A 5B06A 1LZ9A 1WQMA 4NG1A 4J7VA 4XENA 2BQMA 5LA8A 1GAYA 2FBDA 1GFRA 1FLUA 1LTMA 1GFGA 1IC7Y 1GBWA 2LHMA 4WM3A 1IY3A 4DD1A 4ZIXA 4NFVA 1NF5A 1C45A 1G7HC 133LA 1LJFA 153LA 3GXRA 1GDXA 5ILFA 3B0KA 4H9AA 4XYYA 1JJ3A 1HHLA 1JIYA 2Z18A 4H92A 4WL7A 1G7IC 1OUDA 1GFAA 4XJFA 4Z98A 1WTMA 1UIBA 3SP3A 5ILCA 3N9AA 3AGHA 3TXDA 4CGEA 1IORA 1V7SA 1ALCA 2RSCA 1JHLA 1JTTL 3T6UA 4RLNA 1GB7A 1LSAA 3A3RX 5I53A 2YDGA 1LZDA 4NGWA 2C8PA 3M18B 3WUAA 2XJWA 4GCDA 5LYTA 5D5CA 4Z3MA 4M6DA 4H9EA 3EO5A 1LZAA 4H91A 1VDQA 1IX0A 1JTPL 4LGKA 1UBZA 3ZVQA 2XBRA 4LYZA 4M4OA 4XJGA 4OOOA 3T36A 1VDTA 4NSGA 1W6ZA 4B4JA 3P66A 2W1YA 2LYMA 1CKGA 1G7MC 1BWIA 1LSGA 1QIOA 4HTKA 9LYZA 2MEAA 1FLQA 1YIKA 1OUEA 3N9CA 4LFPA 4DDCA 4X3BA 4LT2A 1D0LA 1C10A 4LYMA 4GN4A 2CWIA 1J1XY 4H9IA 1TCYA 5APFA 1LZYA 4ETCA 3WU9A 1HMLA 1REZA 1B7SA 1LZ8A 1LKRA 5K7OA 1E8LA 2Z12A 5DN4A 4I8SA 3W6EA 4YF2A 4WM6A 1YAQA 1LZBA 5T3FA 3LYOA 208LA 2CJLA 2ZQ4A 5B1FA 1LHLA 1LJGA 1LSEA 1GF8A 1GFEA 4UWVA 3RU5A 1F6RA 1HSXA 1GBXA 1LMAA 1QTEA 3B0OA 1NQIA 3P65A 1JKDA 2I26L 4WOAA 5B1GA 4XADA 1IWUA 3A90A 1CJ6A 2G4NA 1IY4A 1JTOL 1LZRA 2I25L 2W1MA 3HBDA 4WLYA 3WMKA 1B7OA 1O23A 1JKBA 1LMPA 1DQJC 3WW6A 2XBSA 1LMCA 1IEEA 1ZVHL 1HEWA 1Z55A 1HELA 2FBBA 3P68A 4LYCA 5KXTA 1IC5Y 1LHMA 3AW6A 1GFHA 3RW8A 4RW2A 2ZNXY 4RLMA 1UIDA 2DQCY 2AUBA 2G4PA 4NGJA 3A93A 4L41A 2B5ZA 5KY1A 132LA 1B7QA 1T6VL 1UC0A 4NHIA 4OOTA 4OW1A 1QDTA 4TSCA 4OWAA 3QNGA 1CKDA 5KXSA 1QSAA 5HLLA 3HBEX 3B72A 5LVJA 4NSHA 1A4VA 2CGIA 4LT3A 3IWRA 2F2NA 3FE0A 1LZ6A 1QDRA 2D91A 2BPUA 1OUAA 4EOFA 1BWJA 2LZTA 1OUGA 4N9RA 3AZ5A 1B5YA 1REMA 2D4KA 1LJNA 6LYZA 1JISA 1GB5A 2GV0A 2MEGA 3RNXA 2ZILA 1LSZA 3CB7A 3K3TA 4H94A 2IHLA 3LZ2A 1B7NA 1TEWA 4G4BA 1JSFA 3RT5X 1NBZC 2W1XA 1FBIX 3LN2A 4HJYA 1RI8B 1IP2A 1IWWA 1RFPA 2D4JA 5HNLA 5II3A 3W6FA 193LA 1KIPC 4OWCA 3LYTA 3A91A 4N5RA 3AGIA 2MEBA 5F9UA 1GB8A 4DD3A 2MEEA 5A3EA 1IWVA 2BQDA 3CT5A 1B7LA 1B5ZA 4LT0A 1UIEA 1DI3A 4FJRA 4ZEEA 1FLWA 1B2KA 1GBOA 1YILA 1WVVA 3GXKA 4O34A 4MCKA 1CJ8A 1BB4A 4E3UA 4IJ4A 4IASA 4CFPA 1FLYA 1YAPA 4DC4A 4BAPA 4B49A 1JUGA 3KAMA 5L3HA 2ZWBA 4GN5C 1UCOA 3HBHA 4XJDA 4B4EA 1BB7A 1PZYA 5APEA 1WVUA 2EIZC 1VDPA 1LSCA 5HNCA 1IO5A 1YKZX 4NGZA 1GF0A 3AZ6A 4NGOA 1UIHA 1VDSA 1F10A 1J1PY 3TMUA 1F6SA 1GFJA 4GN3A 4ETBA 1GEVA 1C7PA 5IHGA 4U3XB 4NWHA 1G7LC 1FKQA 1KIQC 1B0DA 1LAAA 1LJKA 4J0LA 3EXDA 1HSWA 4MSTA 1JJ0A 1C08C 2DQAA 4II8A 1LYYA 1GF5A 4R6CA 1LMOA 5D5FA 2Z2EA 5APDA 4GCFA 4WM5A 4OWBA 1XEIA 5AMYA 1LJ4A 2D4IA 1LSBA 1XSFA 2HUBA 2F4AA 4HV2A 4CHXA 1EQ4A 3IJVA 2MECA 1B5WA 2BQCA 4TWSA 2BQNA 1BVKC 5DM9A 3BKHA 2LZ2A 5KXZA 3RZ4A 1UIFA 1GBZA 3EBAB 4AGAA 154LA 3VWOA 4ETDA 5C6JA 1LSDA 4H9FA 1GFTA 1CKCA 4P2EA 8LYZA 2HEBA 3G3BB 1LHHA 3LZTA 1WQRA 1NBYC 4HTQA 5LYZA 5LXWA 1IR7A 1BVXA 4QGZA 1YKXX 1JJ1A 1N4FA 2HTXA 4G4CA 2YSSC 4XJIA 1UIGA 4YEOA 1AT5A 1GPQC 1XGPC 1XGRC 4NG8A 1RCMA 4YOPA 1GB9A 5M1YA 3N9EA 2Q0MX 4YENA 1LYZA 4XJHA 1H87A 1MLCE 1LZ1A 1UIAA 4J1BA 4NGYA 3WVYA 4B0DA 2BAAA 3OJPA 4LZTA 4WLTA 2G4QA 4NSJA 2ZYPA 2BQGA 2BQJA 1IP1A 1SLYA 3AGGG 3WXTA 5L9JA 1OUFA 1LYSA 2FYCA 3ATOA 5EBHA 1ZVYB 2EKSC 1W08A 4D9ZA 2A7DA 1DXJA 1WQNA 4QEQA 3D3DA 1IOQA 5J7CA 4ETAA 3HFMY 4WO9A 3WH1A 1GF4A 4WM1A 5KXYA 3WUMA 5I4XA 3W6AA 4H8XA 1GD6A 1GBYA 1CKFA 4KT3A 4PHIA 1BB6A 1GB0A 2HEAA 3AB6A 1BWHA 4DD2A 4PRQA 1MELL 5KXPA 4HV1A 5C6LA 1HC0A 3WPKA 1HERA 5DL9A 1LMQA 2VB1A 1TAYA 1LZSA 4W94A 4NGVA 1NHEA 1LJEA 1LMTA 1HEQA 1PS5A 1IR8A 2Z2FA 3TXEA 1OP9B 5APCA 3TMVA 3W6DA 5KXKA 3WVXA 1GBSA 4G49A 1IIZA 1AKIA 2MEFA 1GE2A 1UA6Y 1YKYX 2Z39A 2BQHA 2WARA 2W1LA 3A3QA 2ZNWY 2IFFY 4WG7A 3LHMA 1GF6A 5KKJA 4GCBA 2HEDA 2MEIA 3W3EA 4YEMA 1RE2A 2HECA 1GE1A 5I5QA 1IOCA 4DD0A 1LHIA 6LYTA 1GF3A 2FYDA 2XTHA 1XEJA 2BQFA 2A7FA 3AZ4A 4DT3A 1OUBA 1DI5A 2DQDY 4PGJB 2Z19A 4TUNA 1GXV2 5LVIA 1HFYA 3CSZA 3CSQA 3MGWA 3TXHA 3WPLA 4J1AA 1IOTA 3ATNA 1IP5A 1FKVA 4H9BA 4TTDA 4W96A 1LZCA 3D9AC 4NWEA 5B59A 4C5FA 1AZFA 1QUSA 1JKAA 2HU1A 1LSMA 4NEBA 3TXFA 4Z41A 1G7JC 1KXXA 1B9OA 1AT6A 1OUCA 1XGQC 2DQIY 3J6KA 5LVGA 4RDSA 1LHKA 4DYGA 2X0AA 4LYBA 4NGIA 135LA 4WO6A 5KXXA 1C46A 1OUHA 4H93A 5FEKA 4BADA 1GB2A 1J1OY 2DQJY 1NDGC 3AW7A 3G3AB 4TX7A 1IVMA 1D6PA 4GCCA 5E9RA 4HSFA 1LJHA 4DD7A 5LYMA 1IWXA 3P64A 3A92A 4XJBA 1XEKA 5F81A 1IP3A 1CKHA 1YL0X 1BB3A 5LAFA 1WQPA 2D6BA 4KPMA 4N1CC 2Z38A 4Z46A 1VAUA 1V7TA 1GFVA 2HEEA 3TXGA 5I54A 1HFXA 4N0JA 1GB3A 4WLDA 1CNSA 1QQYA 4WM2A 1REYA 1GE4A 1BB5A 4I0CA 3TXBA 1IC4Y 2BQOA 4HPIA 1D0KA 1TDYA 5HMVA 4HPEA 4B1AA 1GDWA 4QDNA 3A34A 2YBHA 1EQ5A 5HQ1A 1B7PA 5I4YA 1QTKA 3TXKA 1RJCB 1GFUA 3ZEKA 3AYQA 1HFZA 2I6ZA 1GEZA 4A7DA 1UICA 5IDDA 5B07A 5I4WA 2DBTA 1A2YC 2BQLA 1GXXA 1LJJA 2C8OA 4G4HA 5HMJA 3ZVQB 2BQBA 3A95A 4WM4A 5LVHA 2MEHA 1DKKA 134LA 1IOSA 1CJ7A 2LYOA 1LZEA 4WG1A 5LAGA 5C6IA 4B4IA 5F14A 1DI4A 1B5VA 4H9HA 4RW1A 4ANRA 1GFKA 5IELA 5KXLA 3FI7A 2YBMA 1YANA 1XGUC 1QUTA 1IR9A 5FDJA 5KJ9A 1AM7A 4FDYA 3J4GA 2DQGY 1GF7A 4H9CA 1LHJA 5F9XA 3TXJA 2NWDX 2DKVA 4ZFPA 1I20A 1LOZA 1INUA 4H8ZA 1YL1X 3CT1A 1OUIA 2BLYA 4MR1A 5A3ZA 3A67Y 1ZMYL 1FN5A 1VATA 1EQEA 2LYZA 3QY4A 1WTNA 1CJ9A 3CT0A 5DLAA 2YBIA 7LYZA 2N5ZA 4BAFA 4HP0A 1JITA 4QY9A 4IATA 4R0FA 1LPIA 3A94A 4ET8A 3WPJA 3P4ZA 1HEOA 3B0IA 4WMGA 4WL6A 1DPXA 1IWYA 3A96A 4UWNA 4AXTA 2DQFC 5KXOA 3IJUA 1C43A 1IWTA 1T3PA 1XFPL 2BQIA 4XN6A 4CJ2A 1NMMA 1IWZA 5F16A 1OQMA 1VEDA 5LA5A 1GE3A 1LJIA 1IP4A 1UUZC 1GB6A 1I56A 1VFBC 2H9JA 3W6CA 4KL7A 2DQHY 3WU7A 1LZ5A 2HEFA 3F6ZA 4EMNA 1HENA 1HMKA 3M3UA 2HU3A 5FSTA 2MEDA 4HTNA 1JKCA 4PPOA 4PRUA 1OUJA 2EQLA 3BKVA 4PJ2C 1KXYA 5KXRA 1YROA 5KXNA 1NKHA 1GAZA 1HF4A 1DPWA 3LYZA 2F4GA 1GWDA 4UWUA 1HEPA 1JSEA 1LZ4A 1LZGA 4GLAA 4LFXA 3ULRA 1LSYA 3WW5A 3W6BA 4NHTA 2ZIJA 1UACY 1FDLY 3A8ZA 1D0MA 2YVBA 4WLXA 3B6LA 1IP7A 4C3WA 4ETEA 1D9UA 3TMWA 3EMSA 3TXIA 4HJVA 1B7MA 1YAOA 4N1EI 2BQAA 2BQKA 5FELA 1B5XA 1SQ2L 4NSIA 1KXWA 1LKSA 1P2CC 4H8YA 5LIOA 1BQLY 1NDMC 4NHSA 5KXWA 2H5ZA 3A6CY 4GCEA 5FHWA 5JENB 4G9SA 5LVKA 3CQLA 1B5UA 3CSRA 3AZ7A 5L3IA 1LSFA 4NHPA 5FCPA 4H1PA 2EPEA 1H6MA 4NGLA 4OWEA 1LZNA 3OK0A 4N8ZA 4OWHA 1KIRC 1BHZA 4TSBA 4DDAA 1GF9A 1WQOA 3WULA 3WL2A 1JEFA 1REXA 1DKJA 3A6BY 4YM8A 5KXMA 2BQEA 4LYTA 1TBYA 4LT1A 4GLVA 1F0WA 1IP6A 1DZBX 2ZYCA 2CDSA 4ML7A 1YAMA 4LYOA 5E4PA 2F30A 1LYOA 4BS7A 2Y8PA 4H90A 1HNLA 5DN5A 4KXIA 5KKIA 1GE0A 3TMXA 1LJ3A 1JWRA 3QE8A 1GHLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZIKA 1JPOA 2DQEY 4DD9A 4NIJA 1QTHA 2H9KA 1D6QA 1L88A 2OTZX 4HJZA 1YQVY 1EL1A 194LA 5B05A 3AJNA 1NWGA 4ZPUA 4DDBA 207LA 1L05A 3WYHA 5B06A 1WQMA 4NG1A 4XENA 2FBDA 220LA 1GFRA 1GFGA 4PJZA 1L68A 173LA 4WM3A 4DD1A 1P37A 4ZIXA 1NF5A 1G7HC 3GXRA 172LA 1GDXA 2OE9X 1G7IC 5ILCA 1GFAA 211LA 1L45A 3TXDA 4LZMA 4CGEA 2RSCA 1L42A 3CDOA 5I53A 1L72A 1LZDA 5LYTA 3PBLA 4YXAC 4H9EA 1IX0A 1JTPL 4OOOA 160LA 4NSGA 1W6ZA 4B4JA 218LA 1G7MC 1LSGA 4HTKA 9LYZA 2MEAA 1OUEA 4X3BA 2RBPA 4LYMA 4GN4A 2OTYX 1C68A 2B6XA 2Z12A 4YF2A 4WM6A 195LA 125LA 5T3FA 208LA 1LSEA 1GF8A 3VW7A 3OE0A 1JKDA 1C64A 3DN8A 5B1GA 4XADA 3G3XA 1B7OA 1JKBA 114LA 2XBSA 1IEEA 1ZVHL 1HEWA 4LYCA 1GFHA 1KY1A 1XEPA 4RW2A 2OU9A 4RLMA 1UIDA 1L75A 1CU6A 4OW1A 4TSCA 3QNGA 1CKDA 5HLLA 3HBEX 1G07A 4NSHA 3FE0A 2D91A 216LA 1BWJA 1L79A 3C7YA 3AZ5A 1B5YA 1QTCA 1LSZA 3K3TA 4H94A 3FI5A 1B7NA 2W1XA 1FBIX 4HJYA 1IWWA 1RFPA 170LA 5HNLA 228LA 3DMZA 1ZWNA 171LA 197LA 4DD3A 1B7LA 4LT0A 4FJRA 4ZEEA 3OE9A 1B2KA 1GBOA 1YILA 1BB4A 4IASA 4CFPA 1FLYA 1YAPA 1L14A 4B49A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSN A;  2ZIK A;  1BGI A;  1JPO A;  2YBN A;  2DQE Y;  2YBJ A;  3WXU A;  4DD9 A;  4ET9 A;  4NIJ A;  1ZV5 L;  1LZT A;  3E3D A;  2H9K A;  1LMN A;  2ZQ3 A;  1D6Q A;  4DWX A;  1B7R A;  4HJZ A;  4CFO A;  1HEM A;  1YQV Y;  3LYM A;  1EL1 A;  3WUN A;  194L A;  1QSW A;  2BLX A;  2Z37 A;  3AJN A;  4NY5 A;  5B05 A;  5LIN A;  4NGK A;  1NWG A;  1I1Z A;  4NHQ A;  1WQQ A;  4DDB A;  1LSP A;  207L A;  1XGT C;  2PC2 A;  3WYH A;  1LCN A;  2YBL A;  3WU8 A;  5B06 A;  1LZ9 A;  1WQM A;  4NG1 A;  4J7V A;  4XEN A;  2BQM A;  5LA8 A;  1GAY A;  2FBD A;  1GFR A;  1FLU A;  1LTM A;  1GFG A;  1IC7 Y;  1GBW A;  2LHM A;  4WM3 A;  1IY3 A;  4DD1 A;  4ZIX A;  4NFV A;  1NF5 A;  1C45 A;  1G7H C;  133L A;  1LJF A;  153L A;  3GXR A;  1GDX A;  5ILF A;  3B0K A;  4H9A A;  4XYY A;  1JJ3 A;  1HHL A;  1JIY A;  2Z18 A;  4H92 A;  4WL7 A;  1G7I C;  1OUD A;  1GFA A;  4XJF A;  4Z98 A;  1WTM A;  1UIB A;  3SP3 A;  5ILC A;  3N9A A;  3AGH A;  3TXD A;  4CGE A;  1IOR A;  1V7S A;  1ALC A;  2RSC A;  1JHL A;  1JTT L;  3T6U A;  4RLN A;  1GB7 A;  1LSA A; 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 1VFB C;  2H9J A;  3W6C A;  4KL7 A;  2DQH Y;  3WU7 A;  1LZ5 A;  2HEF A;  3F6Z A;  4EMN A;  1HEN A;  1HMK A;  3M3U A;  2HU3 A;  5FST A;  2MED A;  4HTN A;  1JKC A;  4PPO A;  4PRU A;  1OUJ A;  2EQL A;  3BKV A;  4PJ2 C;  1KXY A;  5KXR A;  1YRO A;  5KXN A;  1NKH A;  1GAZ A;  1HF4 A;  1DPW A;  3LYZ A;  2F4G A;  1GWD A;  4UWU A;  1HEP A;  1JSE A;  1LZ4 A;  1LZG A;  4GLA A;  4LFX A;  3ULR A;  1LSY A;  3WW5 A;  3W6B A;  4NHT A;  2ZIJ A;  1UAC Y;  1FDL Y;  3A8Z A;  1D0M A;  2YVB A;  4WLX A;  3B6L A;  1IP7 A;  4C3W A;  4ETE A;  1D9U A;  3TMW A;  3EMS A;  3TXI A;  4HJV A;  1B7M A;  1YAO A;  4N1E I;  2BQA A;  2BQK A;  5FEL A;  1B5X A;  1SQ2 L;  4NSI A;  1KXW A;  1LKS A;  1P2C C;  4H8Y A;  5LIO A;  1BQL Y;  1NDM C;  4NHS A;  5KXW A;  2H5Z A;  3A6C Y;  4GCE A;  5FHW A;  5JEN B;  4G9S A;  5LVK A;  3CQL A;  1B5U A;  3CSR A;  3AZ7 A;  5L3I A;  1LSF A;  4NHP A;  5FCP A;  4H1P A;  2EPE A;  1H6M A;  4NGL A;  4OWE A;  1LZN A;  3OK0 A;  4N8Z A;  4OWH A;  1KIR C;  1BHZ A;  4TSB A;  4DDA A;  1GF9 A;  1WQO A;  3WUL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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