4NGI | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__926690443785336__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__926690443785336__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4NGI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__926690443785336__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"926690443785336","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4NGI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__926690443785336__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	49
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2013-11-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4ngiA00

4WL7A 3W6BA 3A91A 4BAPA 3AW7A 4RLMA 2CDSA 2YDGA 5DN4A 4IJ4A 1GF5A 2MEGA 4ETEA 3AGGG 4H94A 1IVMA 1HFYA 1WQQA 2YBNA 4NGIA 1IWTA 1D6PA 4HSFA 3TMWA 1LJJA 2LYZA 1LSDA 5DM9A 4DC4A 2MEHA 2XBSA 3OJPA 4B4JA 2H9KA 5LYZA 5KXWA 1KXWA 4HV2A 2HEDA 4H1PA 4OWBA 1OUGA 4LFPA 1GE1A 1CKHA 5ILCA 4CFPA 1GBZA 4GCBA 4N9RA 1UCOA 1FLYA 5EBHA 4YEMA 3WVXA 3WH1A 1IP1A 1GFEA 2DQCY 2MECA 1JHLA 2FYDA 4LYZA 1EQEA 5A3ZA 1D0LA 1BWHA 3WW5A 4NIJA 1C46A 4Z46A 133LA 1HELA 4OWCA 3WL2A 4WM2A 5LVIA 1CNSA 5I54A 1CKGA 3A90A 4KXIA 5APCA 2MEFA 4W94A 3AGIA 2I6ZA 1GF7A 2BQKA 4KPMA 2BQFA 4A7DA 1LJIA 4NGLA 1GE3A 1N4FA 3G3AB 3ULRA 1HEWA 1J1XY 3WUMA 1GBYA 3WXUA 4DT3A 1UICA 2MEBA 5B1GA 2YBLA 154LA 3QNGA 4H91A 4DD0A 1BB5A 4IASA 3TMUA 4C3WA 4XJBA 4EOFA 4TTDA 4O34A 7LYZA 2G4NA 2PC2A 5AMYA 1QQYA 1C08C 4LYMA 4YM8A 1VDSA 2IFFY 1V7TA 1LZYA 4HV1A 1YKZX 2BQHA 1G7JC 2HUBA 1AT6A 4GCEA 4FDYA 1OUJA 3BKVA 4QEQA 1GAZA 2DQFC 1GHLA 4EMNA 1J1OY 5F9UA 5C6LA 3B6LA 1JKAA 1VDQA 2DQJY 3M18B 4LT1A 1JSEA 2DQIY 1TCYA 2YBJA 1B7PA 1JIYA 2BQEA 3E3DA 5FCPA 2ZILA 1UIDA 1REYA 4H92A 4LT3A 1OUDA 1EQ4A 2LZ2A 5LA8A 1LMTA 4YF2A 2BQBA 4DD7A 3TXBA 5LA5A 2FYCA 1GB2A 3CSRA 4GLAA 3ZVQA 3CT1A 3P66A 4J7VA 1LSAA 2RSCA 1LJ4A 1YIKA 1FLUA 3A67Y 4HPIA 1VDPA 3HBHA 1REMA 4LYTA 1OUIA 1KIRC 2HU3A 4PHIA 1AZFA 1GF9A 1LKSA 1BB6A 2HTXA 3LYMA 1JITA 1IC7Y 4H9AA 4XJDA 5APDA 4DD1A 1LPIA 4NSJA 1IWYA 4YEOA 4NGJA 4LYOA 5F9XA 4C5FA 1UIHA 1NF5A 3AZ6A 1GFGA 5LYTA 1RJCB 1F6RA 4H9CA 1JUGA 2FBBA 1LZ8A 1GE2A 5LVKA 1XGQC 4NG8A 4HJZA 1IP4A 1HSWA 1ZMYL 3B0IA 4WM5A 1XEIA 2DQGY 2I25L 1LSPA 1LZ4A 2YVBA 4CGEA 2LYMA 3K3TA 4LYBA 5B07A 2XBRA 1INUA 2X0AA 5B06A 1KIQC 1OUAA 4XYYA 1CJ9A 4WM3A 1GFKA 4ETDA 1TBYA 1ZVHL 1B5WA 1IWXA 1GBXA 1QUTA 4ET8A 4MCKA 132LA 2GV0A 4RW2A 5LVGA 2D6BA 2Z2EA 1GBWA 1B7LA 5KXOA 1MELL 4ZFPA 1FKVA 1GFTA 4OWHA 3ZEKA 1REZA 1YAQA 2DQAA 3T36A 1CKCA 5B59A 4I8SA 1G7HC 4UWVA 1UIFA 4H90A 1IR8A 5KXLA 1I1ZA 5DN5A 1B2KA 4ETBA 5L9JA 2H9JA 4XADA 1WVUA 2LYOA 3A95A 1YKYX 3ZVQB 2D4KA 1NDMC 193LA 1IY3A 1UIEA 2BLYA 1JTTL 207LA 2N5ZA 5APEA 3P64A 4U3XB 1WQPA 3CSQA 2ZIJA 3RW8A 3A3RX 5KXRA 3B72A 5LINA 4BS7A 1FLWA 4Z98A 2MEDA 3EXDA 4E3UA 2BLXA 3A96A 3CB7A 1VEDA 2BQDA 1DPXA 4KT3A 4WO6A 5I4YA 8LYZA 1QTEA 4HTQA 4B4EA 1JTOL 4GCDA 2W1XA 2ZQ4A 4NHQA 4DDCA 4RLNA 3WXTA 1GDWA 3VWOA 4G9SA 3A6CY 1AM7A 1IP7A 3LN2A 1LMAA 1NBZC 4NWEA 1RFPA 1UIAA 4YENA 1LJEA 1OUHA 5IELA 2LZTA 4TWSA 4L41A 1GFVA 5LAGA 3W6DA 3J6KA 5KXYA 4AGAA 1BWJA 1LZGA 4TUNA 1JJ0A 4DWXA 1BGIA 1HMKA 5B05A 1G7MC 1GEVA 1NKHA 1VATA 2Z38A 4DD9A 4CFOA 5HQ1A 1QTKA 5FEKA 1T3PA 4XN6A 5C6IA 1XGTC 4B0DA 1IX0A 1OQMA 1IORA 4WG1A 3TMVA 5F14A 4G4HA 4GN5C 1LZRA 1LSBA 1TEWA 1RI8B 4QY9A 1A2YC 4HPEA 3TXDA 4DDBA 4CJ2A 4H8ZA 3WPLA 1XGPC 4DYGA 4QGZA 1WTNA 4WG7A 1YAPA 1CJ8A 1JSFA 3CT0A 4H8YA 5LIOA 1FLQA 1B5YA 1LZCA 4QDNA 2BQAA 1O23A 2ZYCA 1D9UA 1LSGA 1GB0A 2BPUA 5HMVA 1B7QA 1DKKA 4NSIA 3WPJA 5LYMA 1UBZA 1GFHA 1DZBX 3RNXA 4H9IA 4GN4A 3LZ2A 4PJ2C 1E8LA 3RZ4A 4HP0A 4OOOA 3AGHA 2D91A 1IR7A 3LZTA 1LZAA 3WU7A 2EQLA 5I4XA 3W6AA 1H6MA 1YKXX 3TXEA 1GF0A 3CSZA 5D5FA 1IP6A 3A3QA 1GF4A 4G49A 4ZEEA 5IHGA 1LJFA 2FBDA 4NG1A 4NHTA 1LSEA 1HSXA 1LZ6A 1XGUC 2YSSC 1QSWA 1HF4A 4XJFA 3IJVA 1JEFA 4J1BA 1DXJA 2DQEY 5LVJA 1LYZA 1CJ6A 5HMJA 1IWWA 2MEEA 1FKQA 1XFPL 1WVVA 4NEBA 3T6UA 2Z2FA 1GAYA 1B7SA 1B7RA 4LT0A 3TXFA 4PPOA 4OOTA 1DPWA 1I20A 1GB3A 3HBEX 4WO9A 1IOQA 1FBIX 4LYCA 1WQRA 2BQOA 1UUZC 2W1MA 2DQDY 5KXZA 1BVKC 4NY5A 3LYOA 5FELA 4ET9A 2MEAA 1F10A 5KY1A 1KXXA 5FSTA 1IR9A 1IWVA 1UIGA 2Z37A 3SP3A 4YOPA 3WYHA 3F6ZA 2G4PA 1IWUA 3WPKA 2HEFA 2F4AA 2BQMA 2BQCA 2DQHY 1F0WA 3LYTA 5A3EA 1Z55A 2A7DA 1C43A 1NBYC 3AZ5A 1C45A 1QDTA 4WLDA 2ZYPA 5E4PA 1XEKA 2YBMA 5L3HA 1YL0X 153LA 1UIBA 2WARA 1IC4Y 5F81A 1NDGC 3P4ZA 4PRQA 9LYZA 1YILA 1BHZA 5KXSA 1EQ5A 1IP3A 1EL1A 2HEEA 3G3BB 1UA6Y 5KKJA 1J1PY 4N5RA 4J0LA 1YL1X 1B5ZA 3WU9A 134LA 4RW1A 1VDTA 3EMSA 3WU8A 1GWDA 4W96A 2B5ZA 1REXA 1MLCE 1IWZA 1LMCA 2DKVA 1LJKA 1GBOA 2EIZC 1C7PA 3W3EA 1ZVYB 2Z18A 1GB6A 4DD2A 4UWNA 2Z39A 4WLTA 4WLYA 1G7LC 1GFAA 1LAAA 1B7MA 1IIZA 1LZ1A 1QUSA 1CKDA 1IC5Y 2Z19A 2ZNXY 4NHPA 3GXRA 4NSGA 4NGVA 1LMPA 1LHKA 1LMNA 4H9FA 3LYZA 1QSAA 2H5ZA 1HFZA 2ZWBA 1LYSA 4N8ZA 1RE2A 3AZ7A 4BADA 1HC0A 1IOTA 1XGRC 2YBHA 1GE0A 1B0DA 1OUBA 1AKIA 1LYOA 3IWRA 3WUNA 3ATNA 4DD3A 1IP5A 4H9BA 1OUFA 1YANA 1YROA 3RT5X 3FE0A 1LHLA 1GB9A 135LA 6LYZA 4D9ZA 5I5QA 2ZNWY 5LXWA 3A94A 1SQ2L 3B0OA 4XJHA 3WMKA 2BQJA 4P2EA 1LZEA 1B5VA 4GCFA 1LHHA 1C10A 4NGWA 5HNCA 1LSYA 2DBTA 2HEAA 1JKBA 1OUEA 4G4BA 1IY4A 1GF3A 4XJGA 4WL6A 1IOSA 3AYQA 6LYTA 1JTPL 3D3DA 1HEPA 4ZIXA 1JKDA 5I4WA 5IDDA 1B7NA 1LZNA 2D4JA 1WQMA 3IJUA 4WM1A 1F6SA 1GFRA 1HNLA 1OP9B 1PZYA 1HFXA 1CJ7A 2NWDX 5KXNA 1HEMA 2BQLA 2D4IA 1DI5A 2XJWA 1G7IC 5LAFA 4I0CA 1UACY 4WM6A 1A4VA 2W1YA 1HERA 4MR1A 3TXHA 4N1CC 5II3A 194LA 4IATA 5APFA 3TXKA 3W6CA 1FN5A 4WM4A 1B7OA 1WQNA 5KXXA 3D9AC 1GDXA 4H93A 4H9HA 1QIOA 1ALCA 1IOCA 1JPOA 4HJVA 4R6CA 1DI4A 2YBIA 1JISA 4ETCA 4Z41A 3EO5A 4Z3MA 5M1YA 3EBAB 4N0JA 3FI7A 4OWAA 3A6BY 4GN3A 5HNLA 4DDAA 2IHLA 2Q0MX 4HTNA 2C8OA 2BQGA 4NHSA 4CHXA 1GB7A 4B1AA 1JKCA 1VAUA 3TMXA 1GFUA 1SLYA 1LZ9A 3MGWA 5KXMA 3KAMA 1FDLY 1LJ3A 4PRUA 4RDSA 3WW6A 1B5XA 4ETAA 1HMLA 1LOZA 1LMQA 3WVYA 1BB4A 1D0KA 4LT2A 4TX7A 3P68A 3GXKA 4OWEA 4B49A 4II8A 4HTKA 5ILFA 5K7OA 1XSFA 1PS5A 1I56A 3N9AA 4M4OA 3J4GA 1LZBA 1DQJC 1IP2A 1GBSA 1LJNA 1TAYA 1ZV5L 1OUCA 2W1LA 3P65A 1QDRA 5FHWA 1JJ3A 1LTMA 1TDYA 3AB6A 1P2CC 3OK0A 4GLVA 5I53A 1B9OA 1WTMA 2A7FA 1GXXA 5KJ9A 1HHLA 4LFXA 1GB5A 1NWGA 4NGZA 2HEBA 1HENA 2HU1A 1GF8A 2VB1A 1LZ5A 2LHMA 5C6JA 1UC0A 4NFVA 2I26L 1AT5A 4XENA 4B4IA 1KXYA 1LSMA 2AUBA 3AZ4A 1LHIA 1LZTA 1NQIA 2BQIA 1GD6A 3B0KA 5D5CA 5J7CA 2F2NA 3CT5A 4FJRA 1BB7A 4TSBA 1CKFA 2F30A 1YAOA 3A8ZA 4ML7A 3HBDA 4X3BA 2C8PA 208LA 2MEIA 5DL9A 4BAFA 3N9CA 5FDJA 1LYYA 2G4QA 5E9RA 4M6DA 3TXGA 5JENB 4NSHA 1LJHA 2Z12A 2EPEA 4HJYA 1LCNA 2BAAA 3AW6A 5KXTA 1W6ZA 1HEOA 5LVHA 4GCCA 4XJIA 2Y8PA 3CQLA 3N9EA 1RCMA 3A92A 4UWUA 1WQOA 1LKRA 2CJLA 4NGYA 1GXV2 4J1AA 3TXJA 5KKIA 4WLXA 1BVXA 5L3IA 2BQNA 3HFMY 1YAMA 4KL7A 2F4GA 2EKSC 3M3UA 4H9EA 5KXKA 4PGJB 3WULA 1NHEA 4R0FA 3W6FA 1KIPC 1GB8A 1LHJA 1JJ1A 1D0MA 1D6QA 1VFBC 3WUAA 5T3FA 4AXTA 1LZSA 1T6VL 3A34A 1GPQC 1LSCA 1HEQA 4NGOA 3BKHA 4N1EI 1B5UA 3AJNA 4OW1A 1GEZA 1XEJA 4NHIA 1BWIA 3LHMA 1LMOA 3ATOA 4WMGA 1GE4A 1GF6A 1LZDA 1LJGA 3QY4A 3A93A 1BQLY 1NMMA 3RU5A 1H87A 2CGIA 3QE8A 4NGKA 4MSTA 1IEEA 4NWHA 5DLAA 5KXPA 4ANRA 1IO5A 4H8XA 2ZIKA 4LGKA 3TXIA 1JWRA 1LSFA 4G4CA 4LZTA 1YQVY 4TSCA 4WOAA 1LHMA 1BB3A 2XTHA 2CWIA 1V7SA 1DI3A 5F16A 1DKJA 2HECA 5B1FA 3W6EA 1W08A 5HLLA 2ZQ3A 1LSZA 1GFJA 1LSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WL7 A;  3W6B A;  3A91 A;  4BAP A;  3AW7 A;  4RLM A;  2CDS A;  2YDG A;  5DN4 A;  4IJ4 A;  1GF5 A;  2MEG A;  4ETE A;  3AGG G;  4H94 A;  1IVM A;  1HFY A;  1WQQ A;  2YBN A;  4NGI A;  1IWT A;  1D6P A;  4HSF A;  3TMW A;  1LJJ A;  2LYZ A;  1LSD A;  5DM9 A;  4DC4 A;  2MEH A;  2XBS A;  3OJP A;  4B4J A;  2H9K A;  5LYZ A;  5KXW A;  1KXW A;  4HV2 A;  2HED A;  4H1P A;  4OWB A;  1OUG A;  4LFP A;  1GE1 A;  1CKH A;  5ILC A;  4CFP A;  1GBZ A;  4GCB A;  4N9R A;  1UCO A;  1FLY A;  5EBH A;  4YEM A;  3WVX A;  3WH1 A;  1IP1 A;  1GFE A;  2DQC Y;  2MEC A;  1JHL A;  2FYD A;  4LYZ A;  1EQE A;  5A3Z A;  1D0L A;  1BWH A;  3WW5 A;  4NIJ A;  1C46 A;  4Z46 A;  133L A;  1HEL A;  4OWC A;  3WL2 A;  4WM2 A;  5LVI A;  1CNS A;  5I54 A;  1CKG A;  3A90 A;  4KXI A;  5APC A;  2MEF A;  4W94 A;  3AGI A;  2I6Z A;  1GF7 A;  2BQK A;  4KPM A;  2BQF A;  4A7D A;  1LJI A;  4NGL A;  1GE3 A;  1N4F A;  3G3A B;  3ULR A;  1HEW A;  1J1X Y;  3WUM A;  1GBY A;  3WXU A;  4DT3 A;  1UIC A;  2MEB A;  5B1G A;  2YBL A;  154L A;  3QNG A;  4H91 A;  4DD0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4NGIA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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