4NGOA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 1.0 m cocl2
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngoA00
2DQGY 4NSJA 3CT0A 4QEQA 2RSCA 1LYSA 4FDYA 1LJIA 3LYOA 4C5FA 4UWUA 2YSSC 1F6SA 1G7MC 4QDNA 1LHKA 4LYZA 3CQLA 3W3EA 4GLVA 4ETCA 2NWDX 1JWRA 1KIPC 1LJ4A 4ZEEA 1OUHA 4O34A 4B4IA 4NHIA 2XJWA 5A3ZA 2IHLA 3TXJA 1LSAA 4IJ4A 4XADA 1IP1A 1CKFA 3A92A 1AT6A 4NY5A 1W08A 4LYOA 1LPIA 4B4JA 1LZ9A 5T3FA 1IY3A 5LAFA 5KKIA 1LSBA 1B5ZA 4W96A 5FHWA 2YBNA 4NHTA 5F81A 1IP2A 1LSGA 4MSTA 1RI8B 4XJDA 1IOCA 2ZNWY 3HBEX 4MR1A 1BWHA 4Z98A 1G7LC 1BB7A 1QTEA 4LGKA 2DQJY 1HERA 1T6VL 1C10A 1DPWA 1LYOA 2BQKA 4GN3A 4WLYA 6LYTA 1B5VA 2LYZA 1LMCA 1WQRA 4GCEA 3WL2A 4XJHA 1GPQC 4NGIA 4CGEA 1G7HC 1FBIX 3A93A 2BLYA 2LHMA 134LA 1IOQA 3CB7A 4II8A 4WLTA 3AZ4A 2HUBA 1WVUA 1IWVA 4G49A 1MLCE 194LA 1GB8A 3AGIA 3AYQA 3CSRA 1GF8A 3EXDA 1WQOA 2BPUA 2DQFC 4HSFA 7LYZA 3RT5X 1INUA 5HQ1A 1G7JC 1GB9A 5AMYA 1LHJA 1BVXA 5KXZA 1HEOA 4GN5C 1Z55A 3ZVQB 1IWXA 1AZFA 1BB3A 2BQHA 1IO5A 1B7LA 3WW6A 1HHLA 1D9UA 1GFGA 208LA 1IP6A 2LYMA 2HEAA 1BB5A 1MELL 2Z18A 5LAGA 1LSMA 4OOTA 5DL9A 3WUAA 1GE2A 4ZFPA 3B0OA 1B2KA 1GB0A 4HPIA 1LZDA 1JHLA 2YDGA 5DN4A 4J7VA 3B6LA 3N9EA 1RJCB 4KT3A 5KY1A 3W6AA 1YAQA 1KIRC 1IOSA 1IR8A 3AGHA 1UC0A 1LZRA 1HEWA 1B0DA 2HEFA 5HMVA 2Z39A 1GE4A 4H92A 2DBTA 1DKKA 1IR9A 1OP9B 2W1LA 1JJ1A 2DQAA 1LCNA 207LA 2FBBA 5IDDA 1UIGA 4NGOA 1CJ7A 1TDYA 2Z19A 4YOPA 4DWXA 4NGVA 3W6BA 3CT1A 1JKBA 1LZEA 4WO6A 1B5YA 1V7SA 5I5QA 5C6LA 1YL1X 3IWRA 5LVIA 5FELA 4H1PA 5LA5A 1GBZA 154LA 1FDLY 1VDTA 1LZTA 3VWOA 1LSNA 1YKXX 4LYTA 1UIHA 133LA 1GFAA 1B5XA 3WXUA 2I6ZA 3A8ZA 2EQLA 2H9KA 3A34A 3K3TA 1LZAA 2Z38A 2XTHA 1HFZA 4H9AA 4PPOA 5KXSA 1FLYA 4LFPA 6LYZA 1OUFA 1GFRA 1XGTC 1XGRC 2BQOA 1HF4A 2WARA 3LZ2A 1HC0A 2LYOA 4NGJA 1KXYA 2F4GA 3G3BB 4RW1A 4ML7A 1IOTA 3N9AA 1JSFA 3A6BY 4ET9A 1PZYA 2EIZC 4H9EA 3P68A 4WL6A 1HSXA 1LZGA 2W1XA 1WQNA 1UIAA 1B7RA 4H8YA 1LSEA 4PHIA 3MGWA 1IP3A 3AZ7A 1GB3A 5F9XA 1XEJA 3TXDA 3M3UA 2ZYCA 1YIKA 2IFFY 1EQ5A 1D0LA 2DQHY 4XJFA 5IELA 1UUZC 5KXWA 1BQLY 1SQ2L 1FN5A 3LZTA 3D9AC 3WXTA 4WM1A 4DD3A 4HTKA 1NDMC 2MEFA 5KXRA 4TUNA 1IWZA 1CJ9A 2H5ZA 2LZ2A 1KXWA 5KXKA 4WOAA 1C08C 1GXV2 1LKSA 4KXIA 1VEDA 2A7FA 3BKVA 1IP5A 4J0LA 1YKYX 4G4CA 3T6UA 3ZVQA 1GB5A 5I54A 3A90A 1WQQA 5KXPA 2D4IA 4HTNA 5APEA 1FKVA 2BQMA 1OUBA 4H91A 3A67Y 1B9OA 1IP7A 3IJVA 4G9SA 4NG1A 4HJZA 4RLNA 4NG8A 4WM2A 5F14A 1F10A 1W6ZA 2F30A 2ZYPA 3HFMY 4B49A 5LINA 4ANRA 2HU1A 3WPLA 1D0MA 3TXHA 2YBLA 1GBSA 4YM8A 4W94A 5D5CA 1CKDA 1IWYA 2MEDA 4NHQA 1IP4A 1J1OY 1NBZC 5KXOA 4Z3MA 1HMKA 5DLAA 1FLQA 1AT5A 1GBWA 2MEEA 1LYYA 3AB6A 4LYBA 1UIEA 5LYZA 1UIBA 2BAAA 2H9JA 3CT5A 4XJIA 1J1PY 4ETBA 4NSIA 1GDXA 1IVMA 5ILCA 1LMOA 3TXBA 2BQEA 1A4VA 4NWHA 4WL7A 5I4YA 1QUSA 1HELA 4NGWA 3WVYA 2YBJA 3ATNA 4H90A 4KPMA 2G4QA 1GE3A 1OUGA 1RCMA 2CGIA 2DQDY 4H9FA 4HV1A 9LYZA 1CKHA 1F6RA 3FI7A 1LMTA 4EMNA 5LVGA 1HMLA 4TWSA 2ZQ3A 3TMVA 1GFTA 1OUDA 3J6KA 3TXGA 5B59A 2LZTA 3WUNA 5B1GA 3OJPA 1HNLA 3ULRA 1JKAA 3TXEA 1N4FA 2Z2FA 1IC5Y 4E3UA 2X0AA 5LIOA 1JSEA 1CJ6A 2MEBA 2BQAA 4KL7A 1IWTA 2W1YA 4M4OA 1DPXA 1KXXA 2BQNA 2C8OA 1EQ4A 1LHIA 3LN2A 4TTDA 4DDBA 3QY4A 4OWCA 1GD6A 1NF5A 3TMUA 5ILFA 1LMPA 3WULA 2MEIA 1IC4Y 1XSFA 1LSZA 2Z12A 1JJ0A 1YL0X 5FDJA 1GF3A 2VB1A 3A91A 4OWHA 1EL1A 2BQLA 4QGZA 5LA8A 1SLYA 3W6EA 1GF7A 1JTPL 1QDRA 2N5ZA 193LA 1LMAA 4J1AA 4R0FA 5LYTA 4H9IA 1CKGA 1IWUA 1GFEA 2BQDA 4B1AA 1LTMA 1FKQA 1GFUA 1JISA 1OUEA 2Q0MX 3LYMA 4H9HA 4OOOA 3W6DA 1DQJC 4LT3A 4ZIXA 1LSDA 4HPEA 4BAPA 4GCFA 3WU8A 3W6FA 3WW5A 4YEMA 3D3DA 1B7SA 1QIOA 3A96A 1UICA 1GEZA 3WYHA 1HEPA 2G4PA 1LHMA 4XJGA 4NGKA 5KXLA 4OWEA 1WTMA 1GAZA 2ZWBA 4RLMA 2Z37A 4XJBA 4NIJA 3LYZA 4J1BA 4XYYA 1GFHA 1NQIA 4DDAA 4Z41A 5A3EA 1YAMA 4C3WA 2HECA 4WM5A 1ZVHL 1WQMA 3T36A 1JTOL 4GN4A 5FSTA 5L3IA 1IX0A 4NSGA 4CFOA 4N1CC 1A2YC 1LZ5A 5HNCA 1FLWA 1LJGA 1GF0A 5APCA 2YBIA 1C7PA 4PRUA 3LHMA 4YENA 5B07A 1LMNA 1YAOA 1BWIA 1YAPA 1HENA 3KAMA 2I26L 4LT1A 1UIFA 3AJNA 5I4WA 1HEQA 3WU7A 1HEMA 2F4AA 4NWEA 2BQIA 4NGZA 1JIYA 1B5UA 5HNLA 1OUIA 1PS5A 4HJVA 5LVHA 3OK0A 4DDCA 1CKCA 4NGYA 132LA 2BQBA 3RU5A 1C46A 1JTTL 4P2EA 4LYMA 1HFYA 4YEOA 3M18B 4AXTA 4PRQA 4TSCA 2BQJA 1LJFA 4TX7A 3WPKA 5KJ9A 2BQFA 5FCPA 2D6BA 5KKJA 3WH1A 3CSZA 5M1YA 1TAYA 5EBHA 1CJ8A 3ZEKA 3WUMA 5LYMA 1LJ3A 5HMJA 2FYCA 4H8XA 5B06A 1G7IC 2Z2EA 1OUJA 1UIDA 3ATOA 1O23A 5IHGA 4DYGA 5F16A 1VFBC 1HSWA 1RFPA 3J4GA 1LJHA 5J7CA 1GE1A 2HEDA 3WPJA 1DI5A 4WM3A 1D6PA 4GCDA 4ET8A 8LYZA 5KXMA 1BVKC 1UCOA 4GCBA 3B0KA 5C6IA 4YF2A 4NEBA 4LT0A 1GE0A 1REZA 3LYTA 1GBOA 2D4JA 3CSQA 3AW7A 1RE2A 2A7DA 1VDSA 1DZBX 1WQPA 4LT2A 5APFA 1P2CC 1XEIA 1AKIA 1UA6Y 2ZIJA 3A3QA 4CHXA 5DM9A 4DD1A 153LA 1B5WA 4WO9A 1NMMA 1NHEA 2F2NA 3IJUA 4WG7A 1GBYA 3WMKA 2YVBA 1LZ4A 1LZNA 2B5ZA 4LZTA 4AGAA 4OW1A 4N5RA 5KXYA 1REYA 2BLXA 2DQCY 1YKZX 3WVXA 1D6QA 1IIZA 3RZ4A 1B7MA 1I1ZA 3GXKA 1IEEA 4GCCA 1QQYA 4N1EI 1QSWA 1JUGA 1GHLA 4BAFA 4DT3A 4H9BA 1LZ8A 1E8LA 2HEBA 3TXKA 1IY4A 1EQEA 3EO5A 4DD0A 1NBYC 1QUTA 1XEKA 2CDSA 4N0JA 4Z46A 3B72A 4B4EA 1LZCA 1BHZA 1H87A 1JITA 1LAAA 5KXXA 4BS7A 2EKSC 2C8PA 1QSAA 5LVJA 1AM7A 3AZ6A 5DN5A 4WLXA 5LVKA 1TEWA 1QTKA 1LJNA 1B7OA 1OQMA 1XGUC 1B7NA 4WLDA 2MECA 1GWDA 3A3RX 4NSHA 2HTXA 4N8ZA 5II3A 1DI3A 1YQVY 2YBHA 5F9UA 1LSPA 1VDQA 1DI4A 1V7TA 3HBHA 3N9CA 1NDGC 1YILA 3A6CY 4HJYA 1TCYA 1LJEA 1ZV5L 2D91A 4WMGA 5B1FA 3P64A 2AUBA 4U3XB 5L9JA 4DC4A 4WM6A 1GFVA 2MEGA 5LXWA 3EMSA 4IATA 1T3PA 3A95A 3SP3A 1IWWA 3P65A 1BB4A 1IC7Y 1NKHA 3F6ZA 1GB7A 1JJ3A 1LJKA 4OWBA 1OUAA 4DD2A 2DQEY 5E9RA 1GB6A 4M6DA 1LOZA 4DD9A 1DXJA 1ZMYL 4RDSA 1KIQC 4ETDA 1I20A 3A94A 4LFXA 1XFPL 5B05A 1YROA 4NFVA 1LZSA 1LKRA 1IORA 1LZ1A 1ALCA 4HTQA 3RW8A 4D9ZA 1GF4A 2HU3A 1CNSA 1D0KA 4TSBA 2BQGA 2FYDA 4I8SA 2ZNXY 1GF9A 1IR7A 4CJ2A 5KXTA 4NHPA 3RNXA 4BADA 1GAYA 1LYZA 1GF6A 1NWGA 1REXA 2W1MA 1GFKA 1LMQA 3AGGG 4PJ2C 1LHLA 2MEHA 2G4NA 4XN6A 2YBMA 5HLLA 2XBSA 1LZ6A 3FE0A 3W6CA 1BB6A 4GLAA 4L41A 1GDWA 4B0DA 4DD7A 1GXXA 1JKDA 1LSYA 1WVVA 3G3AB 3P4ZA 4G4BA 3QNGA 4ETEA 4NHSA 2CWIA 2DKVA 2ZILA 3BKHA 3GXRA 4OWAA 135LA 1B7QA 3TXIA 2Y8PA 4ETAA 1UBZA 5L3HA 3QE8A 1C43A 5E4PA 2ZQ4A 1HFXA 3EBAB 1GBXA 1LSCA 5C6JA 1QDTA 4G4HA 2I25L 4WM4A 5APDA 1H6MA 4H8ZA 1TBYA 3P66A 1XGPC 1LHHA 4H93A 2MEAA 1VAUA 4MCKA 1DKJA 2D4KA 4XENA 5JENB 1BWJA 1GEVA 4I0CA 4A7DA 2FBDA 1GFJA 1LZYA 4HV2A 1LJJA 3TMWA 4EOFA 1LZBA 2EPEA 5D5FA 3TXFA 4UWVA 4FJRA 1JKCA 3B0IA 4H94A 1J1XY 2BQCA 2XBRA 1JPOA 4IASA 2HEEA 4LYCA 1OUCA 1YANA 1ZVYB 1C45A 1WTNA 2ZIKA 3HBDA 1VATA 1LSFA 4UWNA 4WG1A 3E3DA 1F0WA 3TMXA 1BGIA 2GV0A 1XGQC 4RW2A 4X3BA 5K7OA 5KXNA 2PC2A 4R6CA 1JEFA 1I56A 4CFPA 1UACY 1GF5A 3WU9A 1REMA 1FLUA 1B7PA 3AW6A 1GB2A 4H9CA 5I53A 2DQIY 1VDPA 3AZ5A 2CJLA 4QY9A 4NGLA 5I4XA 4N9RA 5FEKA 4PGJB 4HP0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NSJA 4I7OA 1B6IA 2B73A 2RSCA 4C5FA 2YSSC 3W3EA 4ETCA 1OUHA 4B4IA 4NHIA 2IHLA 4IJ4A 1CUQA 3A92A 1C61A 1B5ZA 4NHTA 1IP2A 4MSTA 4XJDA 1IOCA 3FA0A 4MR1A 4Z98A 1T6VL 1C10A 2BQKA 4GN3A 4WLYA 1WQRA 3WL2A 1FBIX 137LA 1IOQA 3CB7A 4WLTA 3AZ4A 3AYQA 1WQOA 2BPUA 107LA 1DYCA 1INUA 1G1WA 1L17A 5AMYA 2RB2X 5KXZA 1IO5A 1B7LA 1GFGA 175LA 2Z18A 1C67A 3HT6A 2YDGA 5DN4A 3B6LA 3N9EA 1L82A 2Z39A 1GE4A 1CVKA 170LA 1DKKA 1QUDA 172LA 1SWYA 1JJ1A 1TDYA 3L64A 3W6BA 3CT1A 1QT8A 4WO6A 5I5QA 1OYUA 5FELA 5LA5A 1C64A 1OV5A 1YKXX 1G06A 2RBOA 3WXUA 4E97A 5LZMA 2OU9A 1LZAA 2Z38A 249LA 1OUFA 1GFRA 1XGTC 2BQOA 1KXYA 2F4GA 4RW1A 2B74A 3N9AA 1PZYA 236LA 1CU0A 1HSXA 2LC9A 1UIAA 1QT5A 4H8YA 5F9XA 1EQ5A 5KXWA 190LA 1BQLY 1PQJA 1FN5A 3LZTA 3WXTA 2MEFA 5KXRA 185LA 1D3NA 2OEAX 1C08C 4LZMA 2B75A 1CU2A 3ZVQA 3A90A 1WQQA 1LWGA 2D4IA 1L10A 1L18A 2B72A 1F10A 4B49A 2HU1A 1GBSA 240LA 5D5CA 2ANXA 4Z3MA 1GBWA 1UIBA 4DQJA 5ILCA 3WVYA 2G4QA 4HV1A 3G3VA 3GUOA 9LYZA 1CKHA 1HMLA 3TMVA 1GFTA 3J6KA 237LA 1HNLA 1JKAA 3TXEA 241LA 1IC5Y 4KL7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DQG Y;  4NSJ A;  3CT0 A;  4QEQ A;  2RSC A;  1LYS A;  4FDY A;  1LJI A;  3LYO A;  4C5F A;  4UWU A;  2YSS C;  1F6S A;  1G7M C;  4QDN A;  1LHK A;  4LYZ A;  3CQL A;  3W3E A;  4GLV A;  4ETC A;  2NWD X;  1JWR A;  1KIP C;  1LJ4 A;  4ZEE A;  1OUH A;  4O34 A;  4B4I A;  4NHI A;  2XJW A;  5A3Z A;  2IHL A;  3TXJ A;  1LSA A;  4IJ4 A;  4XAD A;  1IP1 A;  1CKF A;  3A92 A;  1AT6 A;  4NY5 A;  1W08 A;  4LYO A;  1LPI A;  4B4J A;  1LZ9 A;  5T3F A;  1IY3 A;  5LAF A;  5KKI A;  1LSB A;  1B5Z A;  4W96 A;  5FHW A;  2YBN A;  4NHT A;  5F81 A;  1IP2 A;  1LSG A;  4MST A;  1RI8 B;  4XJD A;  1IOC A;  2ZNW Y;  3HBE X;  4MR1 A;  1BWH A;  4Z98 A;  1G7L C;  1BB7 A;  1QTE A;  4LGK A;  2DQJ Y;  1HER A;  1T6V L;  1C10 A;  1DPW A;  1LYO A;  2BQK A;  4GN3 A;  4WLY A;  6LYT A;  1B5V A;  2LYZ A;  1LMC A;  1WQR A;  4GCE A;  3WL2 A;  4XJH A;  1GPQ C;  4NGI A;  4CGE A;  1G7H C;  1FBI X;  3A93 A;  2BLY A;  2LHM A;  134L A;  1IOQ A;  3CB7 A;  4II8 A;  4WLT A;  3AZ4 A;  2HUB A;  1WVU A;  1IWV A;  4G49 A;  1MLC E;  194L A;  1GB8 A;  3AGI A; 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 1NWG A;  1REX A;  2W1M A;  1GFK A;  1LMQ A;  3AGG G;  4PJ2 C;  1LHL A;  2MEH A;  2G4N A;  4XN6 A;  2YBM A;  5HLL A;  2XBS A;  1LZ6 A;  3FE0 A;  3W6C A;  1BB6 A;  4GLA A;  4L41 A;  1GDW A;  4B0D A;  4DD7 A;  1GXX A;  1JKD A;  1LSY A;  1WVV A;  3G3A B;  3P4Z A;  4G4B A;  3QNG A;  4ETE A;  4NHS A;  2CWI A;  2DKV A;  2ZIL A;  3BKH A;  3GXR A;  4OWA A;  135L A;  1B7Q A;  3TXI A;  2Y8P A;  4ETA A;  1UBZ A;  5L3H A;  3QE8 A;  1C43 A;  5E4P A;  2ZQ4 A;  1HFX A;  3EBA B;  1GBX A;  1LSC A;  5C6J A;  1QDT A;  4G4H A;  2I25 L;  4WM4 A;  5APD A;  1H6M A;  4H8Z A;  1TBY A;  3P66 A;  1XGP C;  1LHH A;  4H93 A;  2MEA A;  1VAU A;  4MCK A;  1DKJ A;  2D4K A;  4XEN A;  5JEN B;  1BWJ A;  1GEV A;  4I0C A;  4A7D A;  2FBD A;  1GFJ A;  1LZY A;  4HV2 A;  1LJJ A;  3TMW A;  4EOF A;  1LZB A;  2EPE A;  5D5F A;  3TXF A;  4UWV A;  4FJR A;  1JKC A;  3B0I A;  4H94 A;  1J1X Y;  2BQC A;  2XBR A;  1JPO A;  4IAS A;  2HEE A;  4LYC A;  1OUC A;  1YAN A;  1ZVY B;  1C45 A;  1WTN A;  2ZIK A;  3HBD A;  1VAT A;  1LSF A;  4UWN A;  4WG1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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