4NGOA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 1.0 m cocl2
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngoA00
4HPEA 154LA 4W94A 1WQMA 1JPOA 4XJGA 4B1AA 2ZILA 3TXGA 2G4NA 3HBDA 5II3A 5KXXA 5F14A 1XGPC 1YL0X 2N5ZA 4NG8A 1LMTA 5T3FA 1JKBA 1XGQC 1JIYA 1DZBX 3WL2A 3B6LA 4NHIA 1B5UA 4J1BA 1LZAA 4LGKA 1GF8A 1IP7A 1WQQA 4RLNA 1GFHA 1LJKA 1F10A 1JKCA 1ZV5L 1F6SA 4DD3A 1JJ3A 4WLXA 208LA 3HBEX 5KXKA 1C7PA 1LKRA 1CJ7A 4NGOA 1INUA 3TMUA 5KXSA 1REYA 4WG7A 1W08A 4B4EA 1F0WA 1QDTA 1UC0A 2DQHY 5I4WA 1LJ4A 1NDGC 1GFJA 3QE8A 4I0CA 3TXJA 1NQIA 4AGAA 4H9BA 1JUGA 2EKSC 3CQLA 5KXZA 1IIZA 3ATNA 2CWIA 1DI3A 1REXA 1F6RA 4CJ2A 3AGGG 4R6CA 1AKIA 1HEQA 5LAFA 4EOFA 2BQMA 3ATOA 3D9AC 2W1YA 4OWAA 1LSGA 1WVUA 4ETEA 1IP4A 3A93A 5HNCA 2ZQ3A 5APFA 4WM4A 9LYZA 4WLTA 2AUBA 1GFUA 133LA 1B9OA 2DQCY 4H94A 1FLQA 4WO6A 2F4AA 4G9SA 4DD0A 2YSSC 4NGYA 1LSYA 1JITA 1GBSA 1TDYA 2PC2A 4DD7A 5LINA 3LYMA 4G4HA 3WPLA 1NKHA 1D0MA 4DDCA 1HMKA 1D6PA 5HQ1A 4G4BA 1IWUA 1XFPL 3WW6A 2XBSA 4LYMA 5APEA 5F81A 1ZVYB 1NF5A 2DQIY 2YDGA 1WTNA 4GN3A 1B7RA 5E4PA 1OUEA 4M6DA 1LYOA 5JENB 3WH1A 4QGZA 3T36A 5KKJA 1LZDA 1KXXA 1B5XA 3B0KA 1GB7A 3RNXA 5LVJA 1IWXA 5B59A 1OUDA 1XEIA 4H9FA 1LYSA 1LCNA 1UIGA 2HEFA 2W1XA 4XADA 3TXDA 3W6FA 1GFVA 1B0DA 4HTNA 2MEGA 4X3BA 4QY9A 1LAAA 2Z38A 3B0OA 1DKKA 1QUSA 1HEOA 1J1PY 1QQYA 4ML7A 1KIRC 2F4GA 5KXPA 4DDAA 2RSCA 1ZMYL 1HERA 1IOSA 2LZTA 1J1OY 1HFYA 5KXRA 1QSWA 3AZ7A 4NG1A 1JTTL 3TXBA 3VWOA 1GAZA 5APCA 5FEKA 1GBXA 4GN5C 3RW8A 1DI5A 1GB9A 1GF7A 1XSFA 1AT5A 1XEKA 3AB6A 4H9CA 4LT2A 4UWUA 4W96A 1GFTA 3WPKA 1LHMA 1YILA 1UIBA 2MEEA 3FE0A 4KPMA 132LA 4WM2A 1IC5Y 1LZTA 1LZNA 2BQOA 4G49A 5KY1A 5FELA 2IHLA 1A2YC 4WG1A 1QIOA 1LJEA 4PRUA 4WL6A 1UIAA 2Z18A 3QY4A 5KJ9A 3J6KA 3ULRA 1SQ2L 4H9HA 1YANA 4R0FA 4O34A 2HU3A 1GE2A 1GFEA 1FLUA 4N9RA 2A7DA 1BB5A 3A92A 4TTDA 2LYMA 2MEDA 1JJ0A 4C5FA 1H6MA 1RI8B 2YBIA 4HV1A 2MEIA 3TXKA 4DC4A 3EO5A 2HU1A 2Z39A 4B0DA 1GBWA 2F30A 4N8ZA 4IATA 4NGVA 4LYBA 1REZA 1KXYA 1WVVA 1UUZC 2Y8PA 5B1FA 2HEAA 1LZRA 1LZBA 1YAMA 4XJDA 4IJ4A 2D91A 1BVXA 4MR1A 4WM6A 1TEWA 1UACY 1OP9B 207LA 2GV0A 3EXDA 1AZFA 1TBYA 2ZIKA 1IC7Y 1GBYA 1JWRA 1VDQA 3BKVA 1V7SA 3P68A 1YAQA 3W6EA 1CJ9A 1HMLA 2VB1A 3OK0A 4J0LA 1MELL 3CT0A 4CFPA 4I8SA 3P4ZA 1UCOA 3EBAB 3A8ZA 3WUMA 3ZVQB 2HEBA 4H8XA 1HHLA 1IC4Y 1DI4A 3J4GA 2BQLA 4ZFPA 2Z2EA 4NGIA 4NSIA 1KIQC 1IOTA 1LJGA 1CKDA 153LA 4N0JA 1OUJA 1FBIX 3G3BB 4QDNA 1IP2A 1FDLY 1LSDA 3CT5A 2W1LA 1LZEA 1LSZA 3A94A 3ZEKA 1GE0A 4UWVA 1GD6A 5KXMA 3LYZA 4OWHA 4II8A 4GCDA 4RW2A 3B72A 2ZYPA 2YVBA 1N4FA 2F2NA 1IORA 1B5VA 4PJ2C 3CSQA 6LYTA 3WVYA 1B7LA 1YROA 1EQ5A 4NGLA 2DQGY 4KXIA 4L41A 4OOOA 3TMVA 1GFKA 1UBZA 3D3DA 194LA 3LZ2A 4NSGA 4A7DA 4LFXA 1LZ5A 3A95A 4DWXA 1D0KA 2BQJA 1IWTA 3HBHA 3MGWA 3AW6A 4NHQA 1BGIA 4YM8A 3KAMA 2DQAA 5I5QA 2H9KA 3M18B 4NHPA 1GF4A 1CNSA 1UIDA 3AYQA 4XYYA 3AW7A 4E3UA 4WL7A 2YBMA 3WULA 1QTKA 4PHIA 1LJNA 1JHLA 1RFPA 2W1MA 5F16A 1AT6A 4NY5A 1LJHA 3W6BA 5B07A 1BHZA 4ZEEA 1OQMA 1EQ4A 2YBNA 4XENA 1P2CC 2XBRA 2LHMA 2NWDX 4H8YA 3ZVQA 4ET9A 2FBDA 4H92A 5LVHA 1BWIA 1IY3A 2Z19A 4XJFA 1HEPA 5J7CA 6LYZA 1FKVA 5LIOA 2BQFA 3A96A 1YKYX 5D5FA 1GB3A 3WU9A 4OWBA 1QUTA 4YF2A 3W6CA 2YBHA 1GBOA 2BQAA 4GLAA 4HSFA 5KXLA 1B5ZA 4NWHA 5ILFA 4GCEA 1QTEA 3RZ4A 1LHJA 1LSCA 4H8ZA 5DL9A 1JEFA 1TAYA 1ZVHL 1BB6A 4NGWA 5C6JA 1LSMA 5LVKA 4QEQA 1LKSA 3RU5A 1G7HC 4H9IA 4TSBA 1BWHA 1NMMA 1B7SA 3LHMA 3A6CY 3A90A 3M3UA 4N1CC 4WM5A 1LZYA 1GWDA 4ZIXA 5I4YA 1HENA 3LYOA 1IO5A 1VEDA 4NGZA 4M4OA 1BWJA 1DKJA 1LZSA 1JKAA 1H87A 4TSCA 2DQFC 3A3RX 3IWRA 3WMKA 4GN4A 3W3EA 3IJUA 3WXTA 3WVXA 5I4XA 5K7OA 2YBJA 4AXTA 5LYMA 1LHLA 4ANRA 1GE1A 5B05A 1QSAA 5LVIA 2D4JA 4N5RA 1IP1A 1LYYA 2BLXA 2ZQ4A 1HF4A 3BKHA 5IDDA 4WO9A 2I6ZA 5L3IA 2BAAA 1OUIA 5LYTA 4UWNA 4H90A 4RDSA 3W6AA 4TWSA 4ETBA 2D4KA 1OUCA 4MCKA 4P2EA 4TX7A 5AMYA 3SP3A 1HNLA 1YKXX 4XJHA 4B4IA 1NBZC 1G7JC 1HEMA 1HSXA 1LMCA 1OUHA 2BQKA 2G4QA 4NSHA 1LSBA 2CJLA 1D9UA 1TCYA 3FI7A 1CKHA 4ETCA 3A67Y 4YOPA 1D0LA 1LZGA 3P65A 1MLCE 4BS7A 1XGTC 1DXJA 3WUNA 1VFBC 2ZNXY 3AZ4A 1LPIA 4LYCA 1C43A 1YIKA 5A3EA 5KXTA 5C6LA 1GF9A 4HP0A 1LTMA 1WQRA 1XGRC 1IWZA 2MEBA 2Z2FA 4U3XB 4WLYA 4XJIA 1C45A 1FLYA 2H9JA 2MECA 4DT3A 2G4PA 1C10A 1WQNA 4NHTA 5B1GA 4WMGA 4NWEA 1JJ1A 1JSEA 3TXIA 2D4IA 1VDSA 1LZCA 2LYZA 1W6ZA 1B5YA 1QDRA 2C8PA 1LHHA 4OW1A 1GPQC 3GXRA 4DD1A 1YQVY 4LYOA 1AM7A 1IR8A 1IR7A 1CJ8A 5C6IA 3RT5X 1LSNA 4GCFA 5LYZA 1UIEA 1B5WA 1CJ6A 2BQEA 1BB3A 2DQJY 3E3DA 4YEOA 2FYCA 2HUBA 4OOTA 3K3TA 4HTKA 1UICA 3TXFA 1KXWA 1GDWA 4NFVA 5L9JA 1LJFA 4D9ZA 1B7QA 2Z12A 1UIFA 1LSPA 1Z55A 2EPEA 3AGIA 8LYZA 1GB6A 3A3QA 2MEHA 3LN2A 4H91A 3TMXA 1G7MC 1LJIA 1LSFA 1IP3A 2WARA 2BQCA 4NEBA 2BQGA 1LZ1A 2BQDA 1GF5A 3WXUA 4NSJA 1CKFA 3CSZA 5I53A 1GB5A 4ET8A 1HEWA 4NGKA 4HPIA 2Z37A 5IELA 1GDXA 5LXWA 5DN5A 1GAYA 1VATA 7LYZA 1GHLA 5FCPA 1LJJA 4PPOA 3A34A 3TXEA 1OUBA 3N9AA 4H9AA 1LMPA 1IWWA 5LAGA 3AJNA 4LT0A 1GF6A 1WTMA 4Z3MA 2BLYA 1NBYC 4LZTA 1DQJC 4MSTA 5HMVA 1LZ8A 4RLMA 5F9XA 1IP6A 1GEVA 2EIZC 2MEFA 3F6ZA 4PRQA 5L3HA 4Z41A 1G7LC 1LMAA 3TXHA 2DQEY 3N9EA 4J7VA 1GB2A 5APDA 2BQBA 3WYHA 1IWVA 1DPWA 4WLDA 1LZ9A 2DKVA 1FN5A 1GF0A 1I1ZA 1REMA 2I25L 4H9EA 1GE4A 2ZIJA 4J1AA 4OWCA 4WM3A 5KKIA 4EMNA 3EMSA 1T6VL 1EL1A 3LYTA 1I56A 4LYZA 1XEJA 2X0AA 134LA 1LMOA 3WUAA 5FDJA 4LT3A 1IOCA 4TUNA 5ILCA 4H93A 1VAUA 5I54A 1HSWA 1LSAA 1I20A 4HJZA 4HV2A 1LJ3A 1BQLY 1O23A 1JISA 1GF3A 1LZ6A 2D6BA 135LA 2LZ2A 2XJWA 3A91A 4ETDA 1IX0A 5DN4A 2Q0MX 1LZ4A 1OUFA 5IHGA 1LMQA 1GFAA 4N1EI 1RCMA 4DDBA 1SLYA 2FYDA 4BAPA 1HELA 4B49A 1HFZA 1GXV2 1IP5A 1GXXA 1JTPL 2BQNA 2ZYCA 3AZ5A 3CT1A 2B5ZA 3WU7A 1UIHA 1YAOA 1D6QA 4FJRA 3TMWA 4ETAA 1IOQA 1LHKA 3OJPA 2ZNWY 4LT1A 4Z46A 2DBTA 3AGHA 1IVMA 2I26L 1FKQA 1IR9A 4DYGA 1V7TA 2C8OA 1YKZX 2XTHA 1B2KA 2MEAA 5F9UA 5KXYA 3HFMY 4OWEA 1IEEA 4Z98A 1IY4A 1GB0A 5KXOA 1PZYA 1XGUC 1B7MA 5HMJA 4HTQA 1LMNA 5KXNA 3CSRA 4XN6A 3QNGA 3P66A 1JKDA 2HECA 1GFGA 1UA6Y 4HJYA 2LYOA 5HLLA 1NDMC 4CHXA 4NIJA 3AZ6A 4B4JA 2FBBA 3P64A 1LHIA 1JSFA 2BQIA 4WM1A 2DQDY 1B7OA 1CKCA 4HJVA 2IFFY 1C46A 4RW1A 1LYZA 2HEEA 4DD9A 1YL1X 4YENA 3B0IA 4GCCA 1WQPA 3GXKA 1FLWA 1GFRA 1BB4A 2HTXA 3T6UA 3CB7A 5KXWA 193LA 1CKGA 4WOAA 4FDYA 5B06A 4BADA 4KL7A 5M1YA 1GEZA 3N9CA 1ALCA 1T3PA 1YAPA 4H1PA 4NGJA 3W6DA 3WPJA 5LVGA 4BAFA 1GBZA 4LFPA 4LYTA 4YEMA 3G3AB 4NHSA 5LA8A 1OUAA 5A3ZA 1NHEA 2BQHA 4XJBA 1G7IC 1BB7A 3WU8A 5EBHA 1JTOL 5D5CA 1WQOA 2HEDA 1GE3A 2CGIA 4GCBA 1LOZA 1OUGA 2YBLA 4C3WA 1VDPA 1NWGA 4G4CA 1B7NA 3IJVA 1DPXA 1RJCB 1B7PA 1J1XY 3LZTA 2ZWBA 4GLVA 1PS5A 4IASA 4PGJB 2BPUA 5DM9A 1KIPC 3WW5A 2H5ZA 5E9RA 5FHWA 4CFOA 1E8LA 1GB8A 2A7FA 1IWYA 4CGEA 5HNLA 1HC0A 5FSTA 2CDSA 4KT3A 5LA5A 1RE2A 1A4VA 1C08C 4DD2A 1VDTA 1BVKC 1HFXA 1LSEA 2EQLA 5DLAA 1EQEA 3A6BY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EPFA 1L50A 4HPEA 3TXGA 5KXXA 3F8VA 239LA 119LA 4ARLA 4NG8A 4W51A 5T3FA 3C80A 1C6MA 3WL2A 1B5UA 252LA 3HWLA 1WQQA 4RLNA 1LYHA 1LJKA 1ZV5L 1F6SA 118LA 127LA 4I7JA 4NGOA 3TMUA 3HTDA 1QT7A 5I4WA 2RBNA 1NQIA 3CQLA 1C68A 1P5CA 2CWIA 1L60A 4R6CA 1ZWNA 2BQMA 3ATOA 1C6PA 1L18A 2B7XA 1L90A 9LYZA 2AUBA 133LA 2DQCY 1FLQA 1L43A 4I7KA 230LA 1L31A 1LLHA 4W58A 2B6WA 258LA 2B70A 4GN3A 1NF5A 1B7RA 1OUEA 4M6DA 5JENB 1L42A 3T36A 3RNXA 1OUDA 1XEIA 2HEFA 1B0DA 4X3BA 1LAAA 3B0OA 1DKKA 255LA 2RSCA 4NG1A 3TXBA 1GAZA 4UWUA 1XSFA 1AT5A 4H9CA 4LT2A 1L15A 1YILA 1CV4A 1UIBA 1L45A 2BQOA 1QIOA 1SX2A 236LA 3ULRA 1L74A 4O34A 1FLUA 4N9RA 1BB5A 1QSBA 2RH1A 1L71A 2YBIA 145LA 3C81A 2MEIA 1DYCA 4N8ZA 4NGVA 1L79A 1WVVA 5B1FA 1LZRA 1LZBA 1BVXA 148LE 1UACY 3NY8A 259LA 3EXDA 2GV0A 1AZFA 2RAYX 1TBYA 1JWRA 3W6EA 3CT0A 2NTGA 3WUMA 1L89A 2BQLA 1KIQC 120LA 4N0JA 1OUJA 2B72A 1IP2A 3CT5A 3ZEKA 3A94A 1GE0A 4OWHA 229LA 2YVBA 3HH6A 2F2NA 184LA 4NGLA 3TMVA 4A7DA 178LA 4LFXA 3AW6A 3KAMA 3M18B 1GF4A 186LA 1D3MA 3AYQA 3JR6A 4I7PA 205LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HPE A;  154L A;  4W94 A;  1WQM A;  1JPO A;  4XJG A;  4B1A A;  2ZIL A;  3TXG A;  2G4N A;  3HBD A;  5II3 A;  5KXX A;  5F14 A;  1XGP C;  1YL0 X;  2N5Z A;  4NG8 A;  1LMT A;  5T3F A;  1JKB A;  1XGQ C;  1JIY A;  1DZB X;  3WL2 A;  3B6L A;  4NHI A;  1B5U A;  4J1B A;  1LZA A;  4LGK A;  1GF8 A;  1IP7 A;  1WQQ A;  4RLN A;  1GFH A;  1LJK A;  1F10 A;  1JKC A;  1ZV5 L;  1F6S A;  4DD3 A;  1JJ3 A;  4WLX A;  208L A;  3HBE X;  5KXK A;  1C7P A;  1LKR A;  1CJ7 A;  4NGO A;  1INU A;  3TMU A;  5KXS A;  1REY A;  4WG7 A;  1W08 A;  4B4E A;  1F0W A;  1QDT A;  1UC0 A;  2DQH Y;  5I4W A;  1LJ4 A;  1NDG C;  1GFJ A;  3QE8 A;  4I0C A;  3TXJ A;  1NQI A;  4AGA A;  4H9B A;  1JUG A;  2EKS C;  3CQL A;  5KXZ A;  1IIZ A;  3ATN A;  2CWI A;  1DI3 A;  1REX A;  1F6R A;  4CJ2 A;  3AGG G;  4R6C A;  1AKI A;  1HEQ A;  5LAF A;  4EOF A;  2BQM A;  3ATO A;  3D9A C;  2W1Y A;  4OWA A;  1LSG A;  1WVU A;  4ETE A;  1IP4 A;  3A93 A;  5HNC A;  2ZQ3 A;  5APF A;  4WM4 A;  9LYZ A;  4WLT A;  2AUB A;  1GFU A;  133L A;  1B9O A;  2DQC Y;  4H94 A;  1FLQ A; 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 4Z98 A;  1IY4 A;  1GB0 A;  5KXO A;  1PZY A;  1XGU C;  1B7M A;  5HMJ A;  4HTQ A;  1LMN A;  5KXN A;  3CSR A;  4XN6 A;  3QNG A;  3P66 A;  1JKD A;  2HEC A;  1GFG A;  1UA6 Y;  4HJY A;  2LYO A;  5HLL A;  1NDM C;  4CHX A;  4NIJ A;  3AZ6 A;  4B4J A;  2FBB A;  3P64 A;  1LHI A;  1JSF A;  2BQI A;  4WM1 A;  2DQD Y;  1B7O A;  1CKC A;  4HJV A;  2IFF Y;  1C46 A;  4RW1 A;  1LYZ A;  2HEE A;  4DD9 A;  1YL1 X;  4YEN A;  3B0I A;  4GCC A;  1WQP A;  3GXK A;  1FLW A;  1GFR A;  1BB4 A;  2HTX A;  3T6U A;  3CB7 A;  5KXW A;  193L A;  1CKG A;  4WOA A;  4FDY A;  5B06 A;  4BAD A;  4KL7 A;  5M1Y A;  1GEZ A;  3N9C A;  1ALC A;  1T3P A;  1YAP A;  4H1P A;  4NGJ A;  3W6D A;  3WPJ A;  5LVG A;  4BAF A;  1GBZ A;  4LFP A;  4LYT A;  4YEM A;  3G3A B;  4NHS A;  5LA8 A;  1OUA A;  5A3Z A;  1NHE A;  2BQH A;  4XJB A;  1G7I C;  1BB7 A;  3WU8 A;  5EBH A;  1JTO L;  5D5C A;  1WQO A;  2HED A;  1GE3 A;  2CGI A;  4GCB A;  1LOZ A;  1OUG A;  2YBL A;  4C3W A;  1VDP A;  1NWG A;  4G4C A;  1B7N A;  3IJV A;  1DPX A;  1RJC B;  1B7P A;  1J1X Y;  3LZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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