4NGOA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 1.0 m cocl2
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngoA00
3QE8A 1D0MA 1PS5A 1LMPA 1W08A 2IHLA 4LYBA 2Z12A 4DDCA 2ZQ4A 1GBWA 3AZ7A 3TXJA 2F2NA 3A6BY 3WU7A 4ETEA 1HSXA 4NHPA 3EXDA 4GCCA 3MGWA 4LT2A 1NBYC 4XN6A 5KXNA 5LIOA 5KXWA 1P2CC 3AGHA 4H9EA 207LA 1VDQA 2XBRA 1WQQA 3LYMA 3T36A 1OUGA 1YQVY 4NGYA 3A94A 1G7LC 5J7CA 4GCFA 3CSQA 1LHJA 4LT1A 5HMJA 4NGKA 1IWYA 1LYZA 1HNLA 3A92A 1F10A 4OWBA 4NSHA 3W6DA 1GBYA 2YSSC 4H1PA 2X0AA 1KXYA 4WLYA 5F9XA 2CJLA 1HMKA 4G49A 4GN4A 1XGTC 4HJZA 4RLMA 4N1EI 3FE0A 4XADA 4NHTA 5IHGA 1CKCA 1GFEA 1JJ0A 1GF3A 4G4BA 1VDTA 5FEKA 5KXKA 3LZTA 1QTKA 1WVUA 5B59A 1IOCA 1GB6A 4OWAA 1GB3A 1BGIA 194LA 2DQIY 2DQGY 4H9IA 5B1GA 4OOTA 4WM4A 4OWHA 2DKVA 3QNGA 1FDLY 2BQBA 3WW6A 1LZ1A 4N0JA 4BS7A 1WTMA 1OQMA 1YL1X 1B7MA 2F4GA 3HBDA 4TTDA 1DI4A 3ATOA 1XSFA 4NFVA 3WVXA 4CJ2A 154LA 1IP1A 1TAYA 1AM7A 1LZEA 1CJ7A 1GEVA 3AYQA 3P68A 1GF8A 1TEWA 3WPKA 4WLXA 1V7SA 2DQHY 4RDSA 1C45A 4N8ZA 2DQAA 3A6CY 2C8OA 1QSAA 1GBZA 4ML7A 1QUSA 3EBAB 3B0OA 3CB7A 1AT6A 1IR8A 3WU9A 4B49A 4ET8A 4IATA 3KAMA 1JSFA 4PJ2C 4H90A 4TSCA 2EIZC 2HU1A 4LFXA 1CNSA 4O34A 3AGGG 1KIRC 4W94A 5LA8A 5LYZA 4CHXA 3W6FA 2YBMA 4DD7A 2N5ZA 2NWDX 5FDJA 3TXIA 1JPOA 3WPLA 3M18B 4ETBA 4Z41A 4H93A 2H9KA 1LJKA 2HEBA 1N4FA 3TXHA 2XTHA 4WO6A 4ET9A 5ILCA 1OUCA 2F30A 1C7PA 4FDYA 1IOQA 5F81A 3VWOA 1LJGA 1LMNA 1LSNA 4RW1A 2CGIA 5B06A 1OUDA 4J1AA 1AZFA 2DQDY 3WL2A 1HEQA 5APFA 1HFYA 1JTOL 4G9SA 1A4VA 4PGJB 4WM3A 1JJ1A 2EKSC 1GDXA 1LHIA 2WARA 2BQCA 1MELL 1NBZC 1B5VA 1GHLA 3J6KA 1IWTA 5KJ9A 1BWIA 1IWWA 5LAFA 3TMWA 1FKQA 1SQ2L 1IP7A 1OUIA 1GF6A 4CGEA 4ETAA 1FN5A 4NSJA 4LYZA 4WM6A 4CFOA 1OUHA 4Z98A 1LMTA 3TXBA 5LVJA 4NGOA 1GXV2 3GXKA 3LN2A 3E3DA 1REMA 4E3UA 4WG7A 2VB1A 1BB4A 1FLUA 4TUNA 1F6SA 4LFPA 5FCPA 1OUAA 2HEDA 1LMCA 1UCOA 3A93A 4NIJA 4WM2A 4XJBA 3SP3A 1DI3A 2D4KA 1IORA 1LSCA 4LYTA 4ZEEA 3A95A 1LOZA 4NHIA 4XJGA 4DWXA 5HQ1A 3W6EA 1B5YA 5LXWA 1NWGA 1J1XY 1CKHA 1UA6Y 4AGAA 1JKCA 1LZSA 3N9AA 1WQPA 2ZYPA 2W1XA 4HSFA 1QUTA 2BQAA 2H5ZA 1SLYA 1ZV5L 193LA 4H9AA 1LSFA 3RNXA 5I4XA 4OOOA 2BQIA 2A7DA 2Z37A 4UWUA 4X3BA 5LVIA 1B7LA 1QTEA 1JUGA 5B05A 1IWVA 1IVMA 4YEMA 1T6VL 5DN4A 5KXZA 4H9HA 2D6BA 1FLQA 4J0LA 4AXTA 4NWHA 1OUJA 2LZTA 3CSZA 1IOTA 1XGRC 3A8ZA 4OW1A 1NKHA 4PHIA 4YENA 5KXXA 2Z39A 2YBIA 3P64A 3EO5A 4CFPA 1AT5A 4R0FA 1DPXA 1D0KA 5DLAA 1LAAA 1A2YC 3TXGA 1XEIA 3WULA 4LZTA 1CJ9A 5FSTA 5DM9A 4NGJA 1I20A 1LPIA 5C6LA 1IEEA 3BKVA 3AW6A 1YL0X 1VEDA 5L3HA 1LYSA 5B1FA 1UIBA 1WQRA 1IO5A 1IR9A 1JHLA 1KIQC 3AZ4A 1LYYA 4GLAA 4XJDA 1LZ6A 3HBEX 1XGUC 2FYCA 2BQEA 5E9RA 6LYZA 1IR7A 2DQFC 3IJUA 4KXIA 1LJFA 4BAPA 1IP4A 4BADA 3N9EA 4KPMA 4B4JA 1H6MA 2B5ZA 1GB9A 2BPUA 2I26L 3AZ5A 3M3UA 4I8SA 4MSTA 4TX7A 3TXEA 5KXTA 2ZNXY 4WL6A 1HENA 2ZQ3A 1BQLY 1VAUA 1YKXX 1IY3A 2DQCY 3CSRA 1DKKA 3A90A 3IJVA 2HTXA 2W1MA 1HC0A 5KXPA 1LMQA 4NHSA 4MR1A 4C3WA 1NMMA 4NY5A 5T3FA 1GFRA 1IP5A 1KIPC 1LMAA 1YROA 1D6QA 1LZTA 2LYMA 1IIZA 4HV1A 132LA 2EQLA 4HJVA 1W6ZA 4YM8A 134LA 1LYOA 1YILA 1IY4A 5C6IA 1RFPA 4C5FA 1VDPA 1C46A 1LSGA 1GE3A 3WUAA 4ETCA 4DT3A 5II3A 1LZAA 1VDSA 1GFTA 1WQMA 1HELA 1XFPL 4II8A 4UWNA 5KXSA 2EPEA 4YOPA 5E4PA 1B0DA 5KXRA 5F9UA 1B7RA 1UIAA 4NG1A 4W96A 1IWZA 2HU3A 1YIKA 5L9JA 3WYHA 3A96A 3WU8A 1VATA 1BB5A 5I4WA 4GCDA 1HHLA 1GF5A 4EMNA 1GFGA 4DD1A 1C10A 1BVXA 3QY4A 1CKDA 1UACY 5D5FA 1OP9B 3D9AC 5KKJA 4D9ZA 1GB7A 1GF4A 1LZGA 1LTMA 1B7OA 2BLXA 3OK0A 4EOFA 1JISA 3G3AB 4H94A 6LYTA 1GB0A 1GBSA 1FLWA 2ZNWY 3HBHA 135LA 1LSPA 5LVHA 5HMVA 2Q0MX 1LJ4A 1B7SA 3ATNA 4G4CA 1DI5A 4HTNA 2BQOA 1WQNA 3B0KA 1UIDA 1BB7A 1YAQA 2G4NA 4ANRA 5IELA 2FYDA 1DPWA 4TSBA 1FLYA 1B5XA 1LSMA 1LMOA 1LJEA 3WMKA 1TDYA 5I54A 4HTQA 1GE2A 2FBBA 1UBZA 4KT3A 1FKVA 4PPOA 2A7FA 1Z55A 1IP6A 2MECA 4N1CC 3LHMA 4WG1A 1D6PA 1LJHA 2YVBA 2YBJA 2BQHA 1EQ4A 1LZDA 1JKDA 5KXMA 4DYGA 4DD2A 1CJ6A 1JKAA 4DC4A 1GFKA 1LZYA 3ZVQA 1LZRA 2LZ2A 1HERA 1UUZC 2PC2A 1YAOA 1I56A 1F6RA 2YBHA 2HEAA 4NSGA 1GE1A 1BWHA 4YEOA 2BAAA 1G7IC 1ZMYL 4TWSA 1HF4A 3ZVQB 4DD9A 2BQKA 1YAMA 4H91A 4XJFA 2I25L 3W6CA 1WTNA 4NGLA 1YAPA 4NEBA 1IOSA 1IWXA 3GXRA 4XYYA 1IP2A 1BB6A 1GE4A 1LJJA 1LSBA 4PRQA 2MEGA 3K3TA 1EL1A 5FHWA 1GE0A 1CJ8A 3D3DA 4WOAA 2RSCA 1B5UA 3A3QA 2ZWBA 3ZEKA 4G4HA 1HEPA 3CT0A 1QSWA 3BKHA 3WUMA 1GD6A 1JEFA 1RJCB 3AJNA 4NGVA 4DD0A 5M1YA 2MEEA 2D4JA 1T3PA 4N9RA 3LYTA 5APCA 2W1LA 2Z38A 4GN5C 4H9CA 1CKGA 3TMUA 1HFZA 5KXLA 1VFBC 2XJWA 1LZNA 1B7NA 4WM5A 1LSZA 1LHMA 1ZVHL 2YBLA 3HFMY 1GF7A 1GB8A 1B9OA 1QQYA 4HPIA 1GPQC 2HEFA 4BAFA 153LA 3LZ2A 4B0DA 1NF5A 2AUBA 2ZIJA 5LVKA 3TMXA 1YKYX 3ULRA 2BQDA 1I1ZA 1LSAA 4YF2A 1QDRA 5C6JA 1WQOA 5F14A 1HEMA 1XGQC 2MEDA 4A7DA 2CDSA 1IWUA 2F4AA 5HNCA 5KY1A 4UWVA 1UICA 3W6AA 1LHLA 5K7OA 1GF0A 2LYZA 4N5RA 5APEA 4B4EA 1BVKC 3AZ6A 1GXXA 4GCEA 4WO9A 4LT0A 2W1YA 1C43A 5APDA 4NG8A 4RW2A 4IJ4A 4DDAA 1V7TA 3CQLA 1J1OY 2G4PA 4NGZA 4KL7A 1UIFA 5LVGA 3AW7A 4XJHA 3RT5X 3W3EA 1JTTL 1GBXA 1KXXA 4H8YA 4WM1A 2Z2EA 3WPJA 1INUA 1LJ3A 4WLTA 1IP3A 1GF9A 1EQ5A 1OUEA 5A3EA 1UIHA 3N9CA 1GBOA 2H9JA 4HJYA 3OJPA 1TBYA 3TXKA 4ZFPA 4XENA 1JWRA 1TCYA 4LYCA 4Z46A 2ZILA 4B4IA 4WL7A 1LJNA 2BQLA 1JSEA 2BQFA 5FELA 4ETDA 3WXTA 4Z3MA 1LKSA 3TXFA 1JIYA 1MLCE 1PZYA 1REYA 3EMSA 4NGWA 1LSEA 1C08C 3RZ4A 1NDMC 4NSIA 1LSYA 133LA 1UC0A 3TMVA 1DXJA 1JTPL 3IWRA 4M4OA 3G3BB 5ILFA 1ALCA 1GWDA 2ZIKA 5KXYA 4QGZA 2DQEY 1JITA 2Z18A 3F6ZA 4WLDA 3TXDA 1LJIA 4PRUA 4RLNA 1GFHA 5LYMA 1HMLA 4H9BA 2Z2FA 4L41A 1REZA 1YKZX 5LA5A 1GAYA 2Y8PA 1GFJA 4J1BA 1GDWA 5AMYA 5LINA 5D5CA 1B2KA 4J7VA 3LYOA 2FBDA 3A91A 5I53A 2C8PA 4H9FA 1G7JC 1UIGA 3P4ZA 3WXUA 2XBSA 9LYZA 4NHQA 2D4IA 1GFUA 1EQEA 1LZCA 2MEAA 1D9UA 1ZVYB 1AKIA 1LKRA 3AB6A 4MCKA 1FBIX 4HP0A 2MEBA 4NGIA 4R6CA 2IFFY 1G7HC 3CT5A 1B5WA 1LHKA 1LZ8A 4B1AA 4GCBA 3B72A 4LYOA 1GB5A 4H8XA 5A3ZA 1IC5Y 1NQIA 1D0LA 2G4QA 5KXOA 3WW5A 3P65A 1LHHA 2GV0A 3A3RX 4GLVA 4OWCA 1B5ZA 1O23A 2LYOA 1E8LA 2BQMA 1REXA 3A67Y 4DDBA 2ZYCA 1GAZA 3WH1A 1DKJA 3W6BA 1IC7Y 3A34A 4HV2A 1LZ9A 1B7QA 1LSDA 3J4GA 4H92A 5JENB 4H8ZA 1YANA 2I6ZA 2YDGA 1BHZA 1DQJC 1RI8B 2MEIA 1H87A 1LZ5A 4U3XB 3RU5A 5B07A 4OWEA 3WVYA 3FI7A 5EBHA 1G7MC 2HECA 4QDNA 1B7PA 1J1PY 1OUBA 2LHMA 1JKBA 1CKFA 1LCNA 2MEHA 4DD3A 1F0WA 1HFXA 1OUFA 2BQGA 1HEWA 2MEFA 5DN5A 3T6UA 1BWJA 3AGIA 2CWIA 5I4YA 2BLYA 4NWEA 1IX0A 2DBTA 3P66A 3CT1A 1LZ4A 5HNLA 1JJ3A 1XEJA 4QEQA 1HSWA 5LAGA 3B6LA 4ZIXA 4I0CA 2BQJA 1GB2A 4HPEA 1QIOA 2Z19A 1XGPC 4IASA 2BQNA 4LGKA 1RCMA 208LA 4GN3A 4LT3A 1BB3A 5IDDA 3WUNA 2DQJY 2HEEA 5LYTA 5I5QA 1NDGC 3B0IA 5F16A 2HUBA 4WMGA 1UIEA 1NHEA 2YBNA 1RE2A 1IC4Y 5L3IA 7LYZA 4XJIA 3LYZA 1QDTA 1GFVA 1WVVA 1XEKA 3RW8A 8LYZA 1DZBX 4LYMA 4FJRA 1GFAA 1GEZA 1HEOA 5DL9A 2D91A 5KKIA 5HLLA 4M6DA 4P2EA 4HTKA 4QY9A 1LZBA 1KXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBSA 1PS5A 1W08A 4LYBA 4ARLA 2F2NA 1XJTA 142LA 163LA 3A6BY 4DQ7A 3EXDA 1C65A 5LZMA 4LT2A 4XN6A 4PK0A 2RB0X 3AGHA 2XBRA 3LYMA 1OUGA 233LA 3CSQA 5HMJA 1LYZA 1G0GA 1PQOA 219LA 2CJLA 2Q9DA 5IHGA 1VDTA 5KXKA 245LA 5B59A 4OWAA 4ARMA 194LA 5B1GA 4OOTA 2DKVA 2BQBA 3CDTA 154LA 4TTDA 1DI4A 3ATOA 1L57A 1IP1A 1CJ7A 3L2XA 2B6WA 4WLXA 4RDSA 1C45A 4N8ZA 2DQAA 1QSAA 1AT6A 1CX7A 3DMVA 4B49A 1JSFA 1L42A 2EIZC 1CV0A 4LFXA 1CNSA 4O34A 5LYZA 5LA8A 241LA 2N5ZA 4ETBA 5FDJA 1L54A 4Z41A 2H9KA 4ET9A 1N4FA 1LYGA 4FDYA 5F81A 248LA 4GBRB 1LMNA 1P36A 110LA 3C8RA 3WL2A 1JJ1A 201LA 1GDXA 2OU9A 1MELL 1IWTA 125LA 1L27A 3TMWA 1FKQA 1GF6A 4CFOA 1LMTA 3GUNA 4I7NA 1L84A 1GXV2 1L30A 4E3UA 1ZWNA 1D3NA 2OE9X 1CU2A 3A93A 2D4KA 1IORA 3GUPA 4LYTA 4DWXA 1LOZA 1L72A 4EKPA 1B5YA 167LA 1LYJA 5LXWA 119LA 2RBPA 1C6JA 1PQDA 1JKCA 2QARC 1WQPA 2BQAA 3GUJA 218LA 4X3BA 1B7LA 1QTEA 3EMLA 3SB6A 1QUOA 5B05A 5KXZA 2LZTA 2B6TA 2NTGA 1C6MA 4YENA 5KXXA 2YBIA 4R0FA 1L18A 1CU3A 1L71A 259LA 3TXGA 205LA 4NGJA 1LPIA 5L3HA 212LA 4XJDA 1LYYA 4GLAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QE8 A;  1D0M A;  1PS5 A;  1LMP A;  1W08 A;  2IHL A;  4LYB A;  2Z12 A;  4DDC A;  2ZQ4 A;  1GBW A;  3AZ7 A;  3TXJ A;  2F2N A;  3A6B Y;  3WU7 A;  4ETE A;  1HSX A;  4NHP A;  3EXD A;  4GCC A;  3MGW A;  4LT2 A;  1NBY C;  4XN6 A;  5KXN A;  5LIO A;  5KXW A;  1P2C C;  3AGH A;  4H9E A;  207L A;  1VDQ A;  2XBR A;  1WQQ A;  3LYM A;  3T36 A;  1OUG A;  1YQV Y;  4NGY A;  3A94 A;  1G7L C;  5J7C A;  4GCF A;  3CSQ A;  1LHJ A;  4LT1 A;  5HMJ A;  4NGK A;  1IWY A;  1LYZ A;  1HNL A;  3A92 A;  1F10 A;  4OWB A;  4NSH A;  3W6D A;  1GBY A;  2YSS C;  4H1P A;  2X0A A;  1KXY A;  4WLY A;  5F9X A;  2CJL A;  1HMK A;  4G49 A;  4GN4 A;  1XGT C;  4HJZ A;  4RLM A;  4N1E I;  3FE0 A;  4XAD A;  4NHT A;  5IHG A;  1CKC A;  1GFE A;  1JJ0 A;  1GF3 A;  4G4B A;  1VDT A;  5FEK A;  5KXK A;  3LZT A;  1QTK A;  1WVU A;  5B59 A;  1IOC A;  1GB6 A;  4OWA A;  1GB3 A;  1BGI A;  194L A;  2DQI Y;  2DQG Y;  4H9I A;  5B1G A;  4OOT A;  4WM4 A;  4OWH A;  2DKV A;  3QNG A;  1FDL Y;  2BQB A;  3WW6 A;  1LZ1 A;  4N0J A;  4BS7 A;  1WTM A;  1OQM A;  1YL1 X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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