4NIJA

X-ray structure of the complex between hen egg white lysozyme and pentachlorocarbonyliridate(iii) (30 days)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Interaction between proteins and Ir based CO releasing molecules: mechanism of adduct formation and CO release.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4nijA00
1ZVYB 1V7SA 1MLCE 2BQAA 2BQOA 3AGIA 1B7QA 2BPUA 1PS5A 4OWEA 4OWCA 4ML7A 1XGQC 5AMYA 1UIGA 1FLWA 2A7FA 1IOQA 1KIQC 2CJLA 2I25L 2I6ZA 3WYHA 4H90A 2DQHY 4GCBA 1F10A 1NMMA 4WM3A 1YL0X 1RFPA 2ZIJA 3MGWA 4LT2A 1UIAA 4WOAA 2X0AA 4C3WA 4HSFA 1IP5A 1IWYA 1LMNA 2Z19A 4NSJA 1IY4A 1DKKA 1GF5A 1BB6A 1HEMA 4H9EA 2YDGA 1KIPC 5DM9A 4GN5C 4XENA 1LJFA 1LZ6A 4N8ZA 5LYZA 5LXWA 1XGPC 1E8LA 1UBZA 4GCEA 1DKJA 3W6CA 6LYTA 3T36A 1XSFA 3FI7A 2ZILA 1YIKA 1W08A 1OUAA 3TXIA 2MEEA 5KXRA 1LKRA 1CNSA 3IWRA 4L41A 5FEKA 2MEBA 1J1PY 5A3ZA 4NY5A 1HNLA 4DDBA 1LKSA 1LOZA 3WPJA 3TXFA 2YBJA 1HFZA 1YAPA 3A6BY 1ZV5L 1JWRA 1XFPL 5F16A 5E9RA 1B7NA 1IOCA 2YBMA 1DI3A 4HV2A 1GFVA 1BWHA 3HFMY 1LZ4A 3W6AA 4H9CA 1GFRA 4RDSA 2A7DA 4WM4A 3EBAB 2DQFC 1G7IC 3CSRA 1LMCA 4NSGA 2H9JA 2HEAA 1BB3A 1GE4A 4ET9A 3LYZA 1OUFA 4DC4A 3A94A 4O34A 2DKVA 1LJNA 1UACY 5T3FA 4N1EI 193LA 1B0DA 3A92A 4II8A 2N5ZA 4IJ4A 3OJPA 1XGRC 4NHQA 1JITA 1AKIA 2BQBA 1HC0A 5F81A 2BQMA 1LSYA 1LHMA 1LJJA 1INUA 1YROA 4OOTA 3J6KA 4P2EA 1REXA 2LYOA 4H9HA 1WVUA 3WL2A 9LYZA 5I54A 3ATNA 1J1XY 1IX0A 3EXDA 4G49A 4W94A 4HV1A 3P65A 1WTNA 3LYTA 5KXOA 1UA6Y 4KT3A 5KXWA 2DBTA 3WPLA 4DYGA 5APCA 2F4GA 1B7LA 1HENA 4EOFA 1GF8A 2BQCA 3AGHA 4CGEA 1CKGA 3D9AC 3M3UA 1YL1X 1XGTC 4B0DA 4NSIA 1GF4A 4R0FA 5D5FA 4H94A 3WW5A 5LINA 3EMSA 2DQEY 1UICA 1GFEA 3WU8A 4XJBA 2LYZA 5IDDA 4NIJA 4Z3MA 1QSAA 2MEHA 1B7SA 2BQLA 4H9FA 1IVMA 4GLAA 1NBYC 3TXBA 1AZFA 4HTQA 4WG7A 3A34A 1B5XA 1NQIA 5LAFA 154LA 1XEKA 1HSXA 4GN3A 4WL6A 5LVGA 1GF7A 1VDSA 1C7PA 4FJRA 1IC4Y 1LJHA 5KXTA 7LYZA 2CGIA 4PGJB 4XJDA 2G4PA 1OP9B 1LHKA 2IHLA 1BB4A 1GE2A 2RSCA 3A67Y 3GXKA 1ZMYL 3AB6A 3WXTA 4NWHA 4XJIA 4HJVA 8LYZA 3LN2A 4WLYA 5APEA 3IJUA 3M18B 2CDSA 3HBEX 2Z18A 4M4OA 4B4JA 4TSCA 1IP2A 1YKZX 2W1YA 1LJ3A 1GFHA 1UIHA 1GF9A 5HNCA 3N9CA 1HELA 4AGAA 1LSZA 4XN6A 3TMWA 1HMLA 1OUGA 1SQ2L 4ZIXA 207LA 5B05A 1GDWA 3WXUA 1LHJA 5ILFA 4WO6A 2B5ZA 3OK0A 4ETDA 1G7MC 1IP7A 4WO9A 1IORA 1GB9A 1B5VA 2FYDA 2MEGA 1F6SA 2C8PA 2XBSA 1GAZA 1TBYA 1I1ZA 1GHLA 5LVHA 4OWBA 5LA8A 3RU5A 3W6EA 2Z38A 1IO5A 1IOTA 4XJGA 3ZVQA 1B2KA 2MEFA 4PRUA 4WL7A 4DD9A 4XYYA 135LA 5LA5A 5KKIA 4G4HA 4J1AA 1XEIA 1HFYA 1P2CC 1IY3A 2BQKA 1IWWA 1C43A 1D0LA 1UC0A 1LYSA 2BQEA 1JUGA 4LT0A 3W3EA 1NF5A 1QUSA 1LZ5A 2HTXA 1KIRC 4YOPA 2ZQ4A 1LMOA 4N0JA 3LYOA 2H9KA 2YVBA 3HBHA 2BQDA 5B1GA 1GWDA 3BKHA 4MR1A 1GPQC 4ETCA 2CWIA 1LYOA 1LZNA 1D9UA 3N9EA 4WM6A 1HFXA 1GE1A 1XGUC 1YAOA 1VFBC 2Q0MX 4N1CC 4FDYA 1A4VA 1IR8A 1LMQA 3TXJA 3WUNA 1JKAA 2F2NA 1B7RA 1WQNA 5FDJA 5LYMA 5HMJA 5K7OA 3B0OA 4DDAA 1IWVA 1GE3A 2DQJY 3LZTA 1AM7A 1GEVA 3LZ2A 1XEJA 1NWGA 3AZ6A 4WM5A 4AXTA 2GV0A 1GB5A 1LZCA 4OW1A 5KXPA 1LSGA 4LYMA 5I53A 4NHIA 1GBSA 4G4BA 4G9SA 1LYZA 4H92A 4WLTA 5B06A 4DD2A 1JSFA 1B5YA 4KXIA 4XJFA 3CB7A 2BQHA 1JKBA 4NFVA 1LJEA 2HEBA 1LSPA 4W96A 1ALCA 3AYQA 1HEOA 1B5WA 1GBXA 1JSEA 1LSBA 1IC7Y 3WU9A 1ZVHL 2HU1A 4NGVA 4ANRA 153LA 3CSZA 1QUTA 4YEMA 4BADA 4IATA 3KAMA 1BWIA 2BLYA 2Z39A 1LHIA 4DWXA 1WVVA 4TUNA 3A3QA 3A96A 1C46A 3FE0A 5FCPA 1LZRA 1IWZA 1EL1A 5LAGA 3WPKA 5A3EA 5DL9A 4H93A 4IASA 4NSHA 2HUBA 1GF6A 1LZBA 5L9JA 5HNLA 1BWJA 3WW6A 1UIBA 1W6ZA 5KXLA 1CKFA 3WUMA 5KKJA 4LYBA 2YBLA 4H8ZA 3CSQA 4A7DA 4UWUA 2ZYCA 1JJ1A 1RI8B 2HECA 5M1YA 1DI5A 1OUDA 3TXHA 2D4JA 5KXXA 1UIEA 1YAMA 4TX7A 4NGWA 1LHLA 4MSTA 4NHPA 5J7CA 4DD7A 1OUIA 1JKCA 4H1PA 4QY9A 4GLVA 5B07A 4GCFA 4U3XB 1GBYA 1JPOA 2DQGY 5F9XA 5LVKA 1LYYA 1IEEA 4GCDA 3A90A 3WULA 1KXWA 5KY1A 1GB7A 1BHZA 1DI4A 1NDGC 1GBZA 5KXNA 4DD1A 1JEFA 1LJ4A 1AT5A 1G7LC 5HLLA 3B6LA 3TXDA 1QSWA 1IWUA 1Z55A 4LT3A 3K3TA 1B7PA 5IHGA 5LVJA 1JTOL 5LVIA 1HERA 4B4IA 4HJYA 4DDCA 3A93A 4CFOA 4NG1A 5KJ9A 1DPXA 4X3BA 5F9UA 1B5UA 1D0MA 5FHWA 1CJ6A 2ZIKA 1LSCA 5D5CA 1G7JC 4WM1A 5HMVA 5L3IA 2MEAA 4UWNA 5IELA 1QDTA 1EQEA 3A8ZA 4WM2A 1CJ7A 133LA 1LZSA 4H91A 3A91A 1YQVY 1CKCA 1UIFA 3CT1A 1LSFA 1HMKA 4H8YA 1GAYA 1LZDA 1GB3A 1TAYA 4CFPA 1MELL 1OUBA 4LYOA 4NWEA 3T6UA 3AW7A 4H9IA 1B7OA 1F6RA 2LZTA 3W6FA 4HP0A 4RLNA 1SLYA 2ZWBA 1BVXA 1WQOA 2HEFA 1OUHA 4I8SA 3QNGA 1LZ8A 1WQMA 1JKDA 4BAPA 4XJHA 1QDRA 1BGIA 2ZYPA 4ZEEA 4TTDA 1IOSA 4NGZA 2ZNWY 1GD6A 4M6DA 1VATA 4QGZA 5C6JA 1FKVA 1RE2A 4N5RA 1GXXA 4NEBA 208LA 1GXV2 1HHLA 4YF2A 1D6PA 2LYMA 2D4KA 1LJIA 4RW2A 3HBDA 2PC2A 4DD0A 1LTMA 3TMUA 3E3DA 1LPIA 1NDMC 2HEEA 4N9RA 4UWVA 1YILA 2BLXA 5APFA 5L3HA 3RNXA 3WVYA 4Z41A 2BQNA 1AT6A 1WTMA 2G4QA 4J1BA 4NGKA 3RT5X 4ETAA 2W1MA 1B5ZA 4CJ2A 3SP3A 4HPIA 2XTHA 2ZNXY 1A2YC 4G4CA 1GFJA 5C6LA 5II3A 4BS7A 1D6QA 5EBHA 1BQLY 2IFFY 4BAFA 4H9AA 5FSTA 2LZ2A 2Z37A 2D6BA 2W1LA 2MEIA 3A3RX 2EQLA 1GB8A 5JENB 2Z2EA 1FDLY 1QTEA 1QTKA 1FN5A 1LSDA 1TEWA 4QDNA 1GB2A 2VB1A 5LIOA 1UUZC 1BVKC 3G3AB 4KL7A 132LA 4WG1A 4LFXA 1FLQA 5DLAA 1LJKA 1GFUA 1IWTA 5E4PA 1HEQA 1EQ5A 1GF0A 3AGGG 4HJZA 1LAAA 1NKHA 4R6CA 1REMA 2W1XA 1B7MA 2DQIY 1HF4A 4LZTA 1LMTA 3A95A 4NHSA 4WLXA 3J4GA 1KXYA 1DPWA 1T6VL 4OOOA 1OUCA 4PRQA 4H9BA 4GN4A 4J0LA 2ZQ3A 5KXSA 4KPMA 4LYZA 2I26L 3QY4A 3BKVA 4OWAA 4EMNA 1LZEA 2NWDX 194LA 4B1AA 3B0IA 1H87A 1H6MA 2AUBA 1N4FA 4MCKA 3ZVQB 1GF3A 3A6CY 1B9OA 4LYCA 2WARA 2Z12A 1LSMA 4B49A 1JJ0A 5LYTA 1LSEA 4CHXA 1TDYA 3P4ZA 1C10A 1LZAA 1OQMA 2HU3A 2XJWA 2YBNA 1YAQA 1LSAA 3P68A 5KXZA 4DD3A 3AZ4A 4GCCA 1FBIX 3B0KA 3CT0A 3CT5A 4NGLA 3CQLA 4RW1A 1VEDA 2YSSC 1VAUA 4NGJA 5F14A 3WH1A 4B4EA 5B1FA 5I4WA 1CJ8A 1GBWA 1REYA 1GB0A 2EKSC 2BQIA 1LZYA 1WQPA 4NG8A 4WMGA 1F0WA 1O23A 3N9AA 5ILCA 1EQ4A 3IJVA 1CKDA 3TXEA 3WUAA 4XADA 3RW8A 2Y8PA 1I56A 4I0CA 4Z46A 5KXMA 1LJGA 1REZA 1GBOA 3P66A 2YBHA 1VDPA 4OWHA 5APDA 1LZ9A 4QEQA 5DN5A 1YANA 1KXXA 1GB6A 4H8XA 3D3DA 1IC5Y 1IP1A 1QQYA 2FBDA 4NGIA 2MECA 4LT1A 4LFPA 4NHTA 2C8OA 1BB7A 3WMKA 5B59A 5HQ1A 4LGKA 1DQJC 1C45A 1JTPL 3EO5A 3F6ZA 2F30A 3LHMA 3W6BA 3ATOA 1PZYA 4C5FA 1GDXA 1IP4A 3WU7A 4ETEA 1GFGA 1YKYX 1HEPA 1JTTL 3AJNA 3GXRA 3P64A 3WVXA 3RZ4A 2YBIA 1JIYA 1FLUA 2DQCY 4Z98A 2BAAA 1BB5A 5I4XA 4HTKA 3AZ5A 1IP6A 4YEOA 3G3BB 2EIZC 2Z2FA 1WQQA 4YENA 1NHEA 1FLYA 1GFTA 5FELA 5I4YA 1IIZA 4PPOA 1LZ1A 3LYMA 1IWXA 1JJ3A 2F4AA 4DT3A 1NBZC 4PHIA 2HEDA 1DZBX 3ULRA 4PJ2C 1JHLA 1CKHA 3TXKA 1T3PA 4LYTA 5KXKA 1I20A 1RCMA 3W6DA 4ZFPA 2XBRA 3B72A 1IP3A 1LHHA 2H5ZA 1LZTA 4RLMA 1LMPA 1JISA 4J7VA 1WQRA 2LHMA 1GFAA 1QIOA 2BQGA 3QE8A 3ZEKA 2D91A 5I5QA 1YKXX 1HSWA 1IR7A 4WLDA 5C6IA 134LA 4TWSA 2BQFA 1LSNA 1D0KA 3TXGA 1HEWA 1RJCB 2G4NA 1GEZA 1C08C 2FYCA 1GFKA 2BQJA 2FBBA 1TCYA 4HPEA 2DQDY 5KXYA 4D9ZA 1J1OY 1LZGA 4ETBA 4TSBA 2EPEA 2MEDA 4YM8A 1LCNA 6LYZA 2D4IA 3VWOA 1VDTA 5DN4A 4NGOA 4E3UA 1OUEA 1GE0A 2DQAA 3TMVA 4ET8A 1UIDA 1DXJA 1LMAA 4HTNA 1OUJA 1VDQA 4NGYA 3AZ7A 3TMXA 1FKQA 1IR9A 1UCOA 3AW6A 1CJ9A 1V7TA 1G7HC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CTWA 2BQAA 2BQOA 3AGIA 1WTHA 5AMYA 1UIGA 1FLWA 2A7FA 3OE9A 1L58A 1KIQC 1L55A 1OV7A 1PQDA 1RFPA 2ZIJA 1C6BA 1IP5A 1LMNA 1KIPC 2OTYX 5LXWA 1XGPC 1XSFA 3FI7A 1QT7A 1YIKA 3TXIA 1CNSA 1PQOA 3DKEX 1J1PY 2A4TA 180LA 1IOCA 1P56A 4HV2A 1GFVA 1C6TA 1BWHA 2A7DA 4WM4A 215LA 2DQFC 4EPIA 3A94A 4N1EI 1OVJA 3L64A 1B0DA 4NHQA 2RBRA 2BQBA 1LWGA 191LA 4OOTA 4P2EA 4H9HA 1WVUA 1CV5A 4G49A 1L13A 126LA 1L24A 142LA 3C7WA 4K5YA 227LA 4EOFA 3AGHA 4B0DA 4NSIA 1L75A 4R0FA 5LINA 1L00A 1UICA 1C64A 4XJBA 1L33A 1B7SA 2BQLA 4H9FA 1IVMA 4GLAA 1DYEA 1NHBA 1AZFA 1L38A 2B74A 4WG7A 1B5XA 3DN8A 154LA 1HSXA 4GN3A 1LJHA 1C6NA 4XJDA 2G4PA 1QT6A 2IHLA 1L28A 1ZMYL 3AB6A 4HJVA 162LA 5APEA 4DJHA 1CX7A 3IJUA 3M18B 4B4JA 4TSCA 1G0LA 1UIHA 102LA 5ILFA 1LHJA 120LA 199LA 1G7MC 1IP7A 4WO9A 2XBSA 1F6SA 3V2YA 1GAZA 5LA8A 3HH5A 237LA 4XJGA 4PRUA 3HH3A 135LA 1XEIA 3GUKA 1CV0A 2BQKA 1IWWA 2ANVA 3K2RA 1NF5A 2HTXA 1KIRC 3C81A 2ZQ4A 225LA 1QS9A 2YVBA 3HBHA 3BKHA 4MR1A 1D9UA 1HFXA 1YAOA 1VFBC 236LA 2F2QA 3TXJA 104LA 2F2NA 5HMJA 1PQJA 1GE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZVY B;  1V7S A;  1MLC E;  2BQA A;  2BQO A;  3AGI A;  1B7Q A;  2BPU A;  1PS5 A;  4OWE A;  4OWC A;  4ML7 A;  1XGQ C;  5AMY A;  1UIG A;  1FLW A;  2A7F A;  1IOQ A;  1KIQ C;  2CJL A;  2I25 L;  2I6Z A;  3WYH A;  4H90 A;  2DQH Y;  4GCB A;  1F10 A;  1NMM A;  4WM3 A;  1YL0 X;  1RFP A;  2ZIJ A;  3MGW A;  4LT2 A;  1UIA A;  4WOA A;  2X0A A;  4C3W A;  4HSF A;  1IP5 A;  1IWY A;  1LMN A;  2Z19 A;  4NSJ A;  1IY4 A;  1DKK A;  1GF5 A;  1BB6 A;  1HEM A;  4H9E A;  2YDG A;  1KIP C;  5DM9 A;  4GN5 C;  4XEN A;  1LJF A;  1LZ6 A;  4N8Z A;  5LYZ A;  5LXW A;  1XGP C;  1E8L A;  1UBZ A;  4GCE A;  1DKJ A;  3W6C A;  6LYT A;  3T36 A;  1XSF A;  3FI7 A;  2ZIL A;  1YIK A;  1W08 A;  1OUA A;  3TXI A;  2MEE A;  5KXR A;  1LKR A;  1CNS A;  3IWR A;  4L41 A;  5FEK A;  2MEB A;  1J1P Y;  5A3Z A;  4NY5 A;  1HNL A;  4DDB A;  1LKS A;  1LOZ A;  3WPJ A;  3TXF A;  2YBJ A;  1HFZ A;  1YAP A;  3A6B Y;  1ZV5 L;  1JWR A;  1XFP L;  5F16 A;  5E9R A;  1B7N A;  1IOC A;  2YBM A;  1DI3 A;  4HV2 A;  1GFV A;  1BWH A;  3HFM Y;  1LZ4 A;  3W6A A;  4H9C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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