4NWEA

Lysozyme under 30 bar pressure of nitrous oxide
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Studies with Xenon and Nitrous Oxide Provide Evidence for Protein-dependent Processes in the Mechanisms of General Anesthesia
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4nweA00
3F6ZA 3P65A 4FDYA 1DPXA 1JIYA 4OOTA 4WLYA 1TAYA 4WOAA 4QEQA 2D4IA 1IIZA 4NEBA 3TXBA 4TTDA 1IOQA 5LINA 1GXV2 1LMQA 3WPKA 3WUAA 1LHIA 2LYMA 1G7MC 2DKVA 1YAQA 5FELA 2DQJY 3WMKA 1N4FA 1FLYA 2I26L 3B0OA 3EMSA 4EMNA 1GB2A 1AT6A 2XJWA 3QE8A 5I4YA 1IEEA 3M18B 3AZ7A 4DD3A 1V7SA 5LXWA 1IP1A 1LSNA 1C43A 1IP2A 3WU7A 4RW1A 4J1BA 4B4JA 5F9XA 1HMKA 4GCDA 1B5XA 5B07A 3ZVQA 3CT0A 4XENA 1GB5A 5E9RA 3AYQA 3GXKA 3WVYA 4PHIA 3IWRA 194LA 2Z18A 1MLCE 2YSSC 4X3BA 4NGZA 1FN5A 1WQOA 1IC7Y 4PJ2C 4TX7A 1OUDA 4IJ4A 1B5UA 1UC0A 1LMPA 5JENB 5KXTA 4NWHA 1V7TA 1HEMA 4XJHA 4H9AA 4H8YA 1B7MA 4PRQA 5D5FA 4Z41A 1E8LA 2YBJA 4H1PA 4DD2A 5AMYA 3AJNA 2XBRA 4EOFA 1PS5A 2W1XA 1LPIA 3P4ZA 4M6DA 2A7DA 2LYZA 1JWRA 2HEAA 1DI5A 3W6BA 1HHLA 4DD7A 4NGYA 1RJCB 1GDXA 2CJLA 1LZBA 3LYOA 1FKQA 1GB9A 1HEWA 1REZA 1CKDA 1VAUA 1J1PY 1YANA 1QTEA 1LZTA 2MEBA 4HTNA 3OK0A 135LA 1OUBA 3N9EA 4RW2A 2NWDX 1D0LA 1IP7A 4GCEA 4LT1A 4OWBA 4XJDA 2EKSC 4YOPA 1HMLA 2Z37A 4G49A 1LJHA 4WLDA 2BQAA 1GB3A 4NGKA 5HMVA 1UIBA 2ZYCA 1EQ5A 2LHMA 4KPMA 5APFA 3WU9A 9LYZA 1F10A 1XEIA 1WQQA 1YL0X 3W6EA 2EIZC 1BB5A 4H92A 1UIDA 3LZ2A 2BQIA 5KXXA 1LZSA 2VB1A 1LSBA 1BB6A 4YF2A 5E4PA 5KXRA 1GEZA 1OUAA 3A34A 1FKVA 1SQ2L 1VEDA 1GE0A 1ZVHL 1GFKA 2Z2EA 4ML7A 2DQEY 5L3HA 3QY4A 4CGEA 2EQLA 4H9FA 3W6DA 1G7HC 1W6ZA 1NHEA 2GV0A 1BVKC 1BVXA 1GDWA 1LJFA 4J1AA 4ETDA 4Z3MA 3A3QA 1BWJA 4LYCA 1QQYA 3T36A 1LJGA 1LSGA 2Q0MX 1O23A 4H8XA 1B7LA 1B7OA 133LA 4LYZA 1I56A 4CFOA 4WLXA 3ATNA 1B5WA 2H9JA 4N8ZA 1GFEA 1OUGA 1IY3A 1REMA 1B2KA 1LSPA 2BQJA 3CSRA 4GLAA 4WM4A 1CKCA 1OUIA 1T6VL 1JEFA 1YKZX 1GHLA 5KXMA 4G4CA 5B05A 5ILCA 1BHZA 153LA 2B5ZA 4DDAA 3SP3A 1BB3A 4HPEA 4GN3A 2G4NA 4ZIXA 2HEDA 3A67Y 4L41A 5ILFA 5HQ1A 1D9UA 1LJNA 1HERA 4TUNA 5LYZA 4XJFA 5IDDA 1WVUA 4DDBA 4O34A 3WPJA 4J0LA 5KXLA 4B49A 2FYCA 4H94A 5LA8A 4LFPA 3WL2A 2C8PA 1LZ9A 4WM3A 1GBSA 2BLXA 4NWEA 1QDTA 1IR9A 1GAYA 3D3DA 3FI7A 2C8OA 2DQHY 1QTKA 207LA 1LAAA 1LSDA 1HEQA 4XJBA 3EXDA 4N1CC 2FYDA 1D6PA 1REXA 4MSTA 4BAPA 2YDGA 4MCKA 4GN4A 4OOOA 1GE1A 3G3AB 2PC2A 5IHGA 4NIJA 1IY4A 4GCCA 2ZILA 4H9IA 3A96A 4NFVA 1IOCA 2D4KA 1AKIA 1B7SA 5APEA 3W6CA 1G7LC 2MEIA 5LVJA 3B72A 4NGJA 1AT5A 1QUSA 1UICA 4NSIA 4CHXA 2W1YA 4XJIA 5KXPA 3QNGA 1VDPA 3TMUA 4LZTA 2YBMA 1GAZA 2ZNXY 2ZQ4A 4R6CA 3CB7A 4H9CA 1LYSA 1GF7A 1RE2A 5HNCA 2Z12A 132LA 1UA6Y 1BQLY 2MEAA 1IR7A 3TXJA 1GFUA 1H6MA 3E3DA 4LT2A 1DKKA 1GE2A 3CT1A 2BLYA 3LYMA 3TXDA 4QY9A 2YBLA 3HBDA 2BAAA 4RLMA 2BQBA 4HTQA 2G4PA 1LSMA 1XGQC 1JHLA 1ZMYL 1LJ4A 4NHTA 4B0DA 5A3ZA 5FEKA 4NHSA 1VDTA 4TSBA 2BQCA 1INUA 4YEOA 5LVKA 1LJJA 1FLWA 2Z2FA 3RNXA 4WLTA 4FJRA 4DD1A 5DN5A 4GCBA 2CWIA 3A6BY 4NHQA 4LFXA 1B5YA 3J4GA 1GFAA 1IOTA 4G4HA 4HJZA 4P2EA 4W94A 193LA 1WVVA 4NGOA 1IP5A 1LCNA 5FHWA 3BKHA 4B4IA 4MR1A 4YENA 2DQFC 4ETCA 2DQIY 2BQEA 1OP9B 1TCYA 2DQCY 2ZWBA 1LZ6A 4N5RA 1LJEA 1LZAA 1LKRA 3WXTA 1IP3A 1IWUA 2EPEA 4QDNA 1B0DA 5DLAA 3ZEKA 1SLYA 2MEGA 4XADA 1F6RA 3W6FA 2XTHA 3RW8A 5J7CA 2DQAA 3RZ4A 1LZCA 4I8SA 5LVGA 3VWOA 1QSAA 1AM7A 1KXWA 1GF9A 1XFPL 3A91A 1IP4A 1VATA 1I1ZA 5I53A 3TMXA 5B1FA 5HMJA 3RU5A 4NSHA 1F6SA 1GF8A 2BQDA 3TXEA 4H90A 4WM2A 1LMCA 1DXJA 2W1LA 1GB8A 1LMNA 1P2CC 1OUJA 2MEEA 3T6UA 3WUNA 5DL9A 3TMVA 1D6QA 1LHJA 3TXKA 1B7QA 4B1AA 1LZ1A 4G9SA 5LYTA 4ET8A 1GF6A 1HSXA 1IORA 2BQOA 5LIOA 4Z46A 3WVXA 3EBAB 4YM8A 1QUTA 1IC5Y 3CSZA 4Z98A 1YIKA 1HFZA 4ET9A 3M3UA 1LZ4A 1CKGA 4H9BA 1GF0A 1HFYA 1UACY 4WMGA 3ULRA 1GFVA 1UIEA 4N9RA 2WARA 1JUGA 3K3TA 1RCMA 2Z39A 1T3PA 2ZYPA 1FDLY 1UUZC 3LN2A 1NBZC 2YVBA 1XGTC 4KL7A 5I4XA 1J1OY 1D0KA 8LYZA 3G3BB 5APDA 3EO5A 1IP6A 1EQEA 1B7RA 1VFBC 2Z38A 4HPIA 2YBIA 2H9KA 3WU8A 4D9ZA 3ATOA 3CSQA 1IOSA 2BQFA 2DQDY 1UIGA 4WG7A 4XJGA 1JJ1A 1CJ7A 2FBDA 5C6JA 5KXWA 4ETEA 2MECA 4NGIA 4OWAA 1JITA 4OWHA 1OUEA 1HENA 3N9AA 5F81A 1EL1A 1HF4A 3P68A 1IR8A 1XEJA 2DBTA 4WM1A 5LYMA 3WYHA 1IWZA 3P64A 3MGWA 3AW6A 1WTNA 1GF4A 1FBIX 1LYYA 1XGRC 2BQHA 5LVHA 1HELA 4UWUA 2X0AA 1REYA 4WM5A 3A93A 3CT5A 4LT0A 1LZEA 3HBHA 154LA 1I20A 5KXSA 3LYTA 1H87A 5M1YA 1GD6A 1HFXA 5KXOA 1GFHA 1LTMA 4ETAA 1LZ8A 3A90A 1YILA 1LZGA 4HV1A 2BPUA 1TEWA 1NMMA 5FDJA 3AW7A 1YROA 1TBYA 1UIFA 1IWVA 2ZIJA 1JSEA 2HU3A 4LT3A 1C46A 3TXHA 2A7FA 4KT3A 1NDGC 2HEBA 2D6BA 2XBSA 4CFPA 1BB7A 2MEFA 4WO9A 3IJUA 1J1XY 1LSFA 4N1EI 5KKIA 4HV2A 2DQGY 2BQGA 1FLQA 1RI8B 1KXXA 4HJVA 6LYZA 2G4QA 1G7IC 4R0FA 5I5QA 4YEMA 1TDYA 5B59A 4AXTA 4DT3A 2D4JA 3B0IA 1UIHA 1LZDA 2ZQ3A 1IWWA 1C08C 4OWEA 5IELA 2HECA 4W96A 4XYYA 1HEOA 1NBYC 5C6LA 3AGIA 1KIQC 3BKVA 3J6KA 1IVMA 1LMOA 5LAFA 3ZVQB 4H9EA 4HTKA 3AZ6A 5LAGA 5I54A 1LMAA 3LYZA 4NHPA 5F14A 4NY5A 1LJKA 4M4OA 4BS7A 1YKYX 4IASA 5FCPA 4ZEEA 1WQMA 2F30A 2IFFY 5KKJA 1HC0A 1LJ3A 4C5FA 1NKHA 4WL6A 4C3WA 3N9CA 1CJ6A 3TXGA 5T3FA 1GFGA 2YBHA 1IWYA 1KIRC 5FSTA 1WQNA 5KY1A 1KXYA 1HEPA 5F9UA 1G7JC 1GBWA 1UIAA 1YL1X 2I25L 4LYOA 1B9OA 1NF5A 1NQIA 4LYTA 1GBYA 1LKSA 1LHHA 1WQPA 1LSZA 3AZ4A 1GPQC 1LZNA 1LZYA 134LA 1QSWA 2Y8PA 4GCFA 4OW1A 3D9AC 1VDSA 1XSFA 3WW6A 3WW5A 3B6LA 1XEKA 3KAMA 1DI4A 3FE0A 2FBBA 1B7NA 1LSCA 2HU1A 4GN5C 4NGLA 2F4AA 1GWDA 4NGWA 4TSCA 3W6AA 1YQVY 2ZIKA 1BWIA 2LZTA 4NG1A 5KJ9A 1C7PA 2HEEA 4U3XB 4RDSA 4NSJA 1LZRA 2BQNA 2Z19A 1IWXA 4NGVA 4IATA 1ALCA 2F2NA 3WH1A 1LHLA 1DKJA 1JISA 1JKCA 1DI3A 1NDMC 1LHKA 1OQMA 3LHMA 3AGGG 3A3RX 1BB4A 1W08A 4HSFA 4LYMA 4NG8A 1JSFA 1VDQA 1YAPA 5HNLA 5KXKA 1KIPC 4BADA 1JKBA 2HUBA 3LZTA 1MELL 5KXZA 1GBZA 4ETBA 1LOZA 2BQLA 2HTXA 1YAOA 4PGJB 1FLUA 208LA 1IWTA 1NWGA 1WQRA 4H91A 4DD0A 5II3A 4BAFA 4WG1A 1OUHA 1ZVYB 1CJ8A 1B5VA 1GF3A 2ZNWY 1XGUC 4H9HA 1JJ0A 2IHLA 1CJ9A 3P66A 2MEHA 4DDCA 4H8ZA 5LVIA 2BQKA 1LYOA 7LYZA 1CKFA 4AGAA 1GF5A 4NHIA 1B7PA 3A95A 4WL7A 4PRUA 2CDSA 3HFMY 4DYGA 2N5ZA 4UWNA 1PZYA 1GB6A 2H5ZA 1JKAA 5C6IA 5L3IA 4ANRA 1YKXX 1GBXA 4GLVA 2W1MA 1D0MA 1GB7A 1GFRA 1CNSA 1LSYA 1Z55A 5A3EA 5L9JA 1UCOA 1EQ4A 3A92A 4PPOA 2RSCA 4KXIA 1JPOA 4RLNA 4DD9A 2I6ZA 3AZ5A 1GB0A 4I0CA 4J7VA 4HP0A 4H93A 1GEVA 1GE4A 2LYOA 1A4VA 4LYBA 3TXIA 1XGPC 1DQJC 1B5ZA 1IC4Y 2HEFA 3IJVA 4TWSA 3CQLA 4WO6A 1AZFA 1F0WA 1HNLA 2F4GA 5F16A 5B1GA 1QDRA 4E3UA 4N0JA 1LSEA 1LYZA 3A8ZA 3AGHA 5HLLA 1GFJA 1RFPA 3TXFA 3WUMA 1GFTA 4A7DA 2LZ2A 5I4WA 1JTOL 1QIOA 4WM6A 5DM9A 2BQMA 4NSGA 4DWXA 1LHMA 4DC4A 1YAMA 5B06A 4LGKA 3WPLA 5DN4A 1C45A 3TMWA 1A2YC 1OUFA 5D5CA 5APCA 1OUCA 5EBHA 4UWVA 1GBOA 4XN6A 6LYTA 1IO5A 4G4BA 1LJIA 3A94A 4HJYA 1LZ5A 3B0KA 2CGIA 4QGZA 2MEDA 1GXXA 1ZV5L 2AUBA 1UBZA 1WTMA 3HBEX 2D91A 3W3EA 1C10A 1BWHA 1CKHA 1LMTA 2YBNA 4II8A 5KXYA 1JKDA 5LA5A 1IX0A 3RT5X 1BGIA 5K7OA 3WXUA 4B4EA 4CJ2A 3GXRA 4ZFPA 3AB6A 1HSWA 1DPWA 1GE3A 5KXNA 1JTPL 3A6CY 1JTTL 3WULA 4OWCA 3OJPA 1DZBX 1LSAA 1JJ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F6ZA 1QS9A 1CV3A 131LA 4WOAA 3F9LA 4NEBA 3C7YA 1D3NA 1G7MC 1YAQA 1N4FA 1CUQA 1FLYA 3B0OA 1L99A 3M18B 4DD3A 3RUNA 3CDTA 1LGUA 1LSNA 4J1BA 3ZVQA 4XENA 3AYQA 3GXKA 3HTGA 4I7LA 4X3BA 1FN5A 1WQOA 4PJ2C 4TX7A 1B5UA 3GULA 1UC0A 1LMPA 5KXTA 1L48A 3RZEA 4ARPA 4Z41A 1E8LA 2YBJA 4H1PA 5AMYA 1PS5A 1JWRA 1HHLA 1OV5A 1L11A 1RJCB 2CJLA 1FKQA 1LYDA 1REZA 1YANA 1OUBA 1IP7A 4LT1A 4XJDA 1HMLA 217LA 3HH3A 4NGKA 5HMVA 181LA 1UIBA 1UIDA 5KXXA 247LA 4YF2A 1PQMA 4W56A 1SSWA 1SQ2L 2DQEY 1OV7A 236LA 1JTMA 4Z3MA 1BVKC 4J1AA 5I14A 3OE8A 3DMZA 3GUIA 3OE6A 1I56A 4OO9A 1B5WA 2LCBA 3OE9A 3CSRA 1OUIA 1T6VL 219LA 1JEFA 1YKZX 1BHZA 1P37A 1BB3A 2G4NA 3A67Y 4DDBA 4O34A 1L46A 3HTBA 4H94A 1L53A 1L05A 5LA8A 2C8PA 4NWEA 199LA 1QDTA 1IR9A 3D3DA 2C8OA 1L06A 1LSDA 1HEQA 2FYDA 1D6PA 4OOOA 1GE1A 2PC2A 4NIJA 4GCCA 2ZILA 1C6MA 1G7LC 5LVJA 2W1YA 3GUKA 3C83A 4H9CA 3F8VA 1L35A 1UA6Y 3LYMA 1OVHA 1PQIA 3SBAA 4W59A 1L57A 2BAAA 2Q9DA 4HTQA 1XGQC 1LJ4A 1VDTA 5LVKA 1PQKA 4ARMB 262LA 5DN5A 3A6BY 1GFAA 4HJZA 4P2EA 177LA 1WVVA 4I7NA 2F2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F6Z A;  3P65 A;  4FDY A;  1DPX A;  1JIY A;  4OOT A;  4WLY A;  1TAY A;  4WOA A;  4QEQ A;  2D4I A;  1IIZ A;  4NEB A;  3TXB A;  4TTD A;  1IOQ A;  5LIN A;  1GXV 2;  1LMQ A;  3WPK A;  3WUA A;  1LHI A;  2LYM A;  1G7M C;  2DKV A;  1YAQ A;  5FEL A;  2DQJ Y;  3WMK A;  1N4F A;  1FLY A;  2I26 L;  3B0O A;  3EMS A;  4EMN A;  1GB2 A;  1AT6 A;  2XJW A;  3QE8 A;  5I4Y A;  1IEE A;  3M18 B;  3AZ7 A;  4DD3 A;  1V7S A;  5LXW A;  1IP1 A;  1LSN A;  1C43 A;  1IP2 A;  3WU7 A;  4RW1 A;  4J1B A;  4B4J A;  5F9X A;  1HMK A;  4GCD A;  1B5X A;  5B07 A;  3ZVQ A;  3CT0 A;  4XEN A;  1GB5 A;  5E9R A;  3AYQ A;  3GXK A;  3WVY A;  4PHI A;  3IWR A;  194L A;  2Z18 A;  1MLC E;  2YSS C;  4X3B A;  4NGZ A;  1FN5 A;  1WQO A;  1IC7 Y;  4PJ2 C;  4TX7 A;  1OUD A;  4IJ4 A;  1B5U A;  1UC0 A;  1LMP A;  5JEN B;  5KXT A;  4NWH A;  1V7T A;  1HEM A;  4XJH A;  4H9A A;  4H8Y A;  1B7M A;  4PRQ A;  5D5F A;  4Z41 A;  1E8L A;  2YBJ A;  4H1P A;  4DD2 A;  5AMY A;  3AJN A;  2XBR A;  4EOF A;  1PS5 A;  2W1X A;  1LPI A;  3P4Z A;  4M6D A;  2A7D A;  2LYZ A; 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 1PZY A;  1GB6 A;  2H5Z A;  1JKA A;  5C6I A;  5L3I A;  4ANR A;  1YKX X;  1GBX A;  4GLV A;  2W1M A;  1D0M A;  1GB7 A;  1GFR A;  1CNS A;  1LSY A;  1Z55 A;  5A3E A;  5L9J A;  1UCO A;  1EQ4 A;  3A92 A;  4PPO A;  2RSC A;  4KXI A;  1JPO A;  4RLN A;  4DD9 A;  2I6Z A;  3AZ5 A;  1GB0 A;  4I0C A;  4J7V A;  4HP0 A;  4H93 A;  1GEV A;  1GE4 A;  2LYO A;  1A4V A;  4LYB A;  3TXI A;  1XGP C;  1DQJ C;  1B5Z A;  1IC4 Y;  2HEF A;  3IJV A;  4TWS A;  3CQL A;  4WO6 A;  1AZF A;  1F0W A;  1HNL A;  2F4G A;  5F16 A;  5B1G A;  1QDR A;  4E3U A;  4N0J A;  1LSE A;  1LYZ A;  3A8Z A;  3AGH A;  5HLL A;  1GFJ A;  1RFP A;  3TXF A;  3WUM A;  1GFT A;  4A7D A;  2LZ2 A;  5I4W A;  1JTO L;  1QIO A;  4WM6 A;  5DM9 A;  2BQM A;  4NSG A;  4DWX A;  1LHM A;  4DC4 A;  1YAM A;  5B06 A;  4LGK A;  3WPL A;  5DN4 A;  1C45 A;  3TMW A;  1A2Y C;  1OUF A;  5D5C A;  5APC A;  1OUC A;  5EBH A;  4UWV A;  1GBO A;  4XN6 A;  6LYT A;  1IO5 A;  4G4B A;  1LJI A;  3A94 A;  4HJY A;  1LZ5 A;  3B0K A;  2CGI A;  4QGZ A;  2MED A;  1GXX A;  1ZV5 L;  2AUB A;  1UBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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