4NY5A

X-ray structure of the adduct formed between hen egg white lysozyme and nami-a
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ruthenium metalation of proteins: the X-ray structure of the complex formed between NAMI-A and hen egg white lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ny5A00
1VEDA 4HJYA 4PRUA 2LHMA 4YEMA 1D9UA 5C6LA 1LZEA 2X0AA 1LSDA 1UIEA 1IC4Y 5B07A 1UICA 4N5RA 1D0MA 1GB9A 1NBZC 2HEAA 5KXTA 2DQIY 1KIQC 1KIRC 5HMVA 1LZAA 1JHLA 4WM2A 4Z41A 1CKGA 4N9RA 1G7LC 1XEKA 4H94A 4H9CA 3P68A 5KXRA 1YIKA 4WOAA 3WUMA 1LMNA 1IWXA 2C8PA 1KXWA 1QIOA 1IEEA 1IOTA 4TSBA 5E9RA 5KKIA 1LMCA 1NF5A 3WVYA 4BS7A 1JKDA 1GBSA 4PPOA 1C46A 2C8OA 4O34A 3ATNA 4W96A 5I4YA 3TXEA 4WM6A 3ATOA 4UWVA 3WL2A 1IORA 2I6ZA 2MEFA 4RDSA 1BGIA 5APEA 1P2CC 1B7OA 2GV0A 2BQDA 1BB6A 2BQEA 1B0DA 1CNSA 1FLUA 1QDTA 2N5ZA 3AYQA 5APFA 2DQAA 5A3EA 5LA5A 5B05A 1GXV2 5DN4A 4MR1A 5F81A 5LVJA 3RNXA 4QY9A 4GLAA 4N1CC 1GF9A 3P65A 1KXYA 2YSSC 4DT3A 1NMMA 1QUSA 1IWTA 4GCEA 4WG7A 5AMYA 4DC4A 1WQQA 1JPOA 2LZ2A 4LT1A 4XJDA 4DDAA 4P2EA 9LYZA 1EQ5A 4ETCA 1WVUA 1IWUA 1F10A 1UA6Y 2LYMA 4OW1A 6LYZA 4WM1A 1W6ZA 4NG1A 5EBHA 1IWYA 1LAAA 2MEIA 2F2NA 1LSFA 2EQLA 5M1YA 1Z55A 1NKHA 1LZ4A 1XGTC 2ZNXY 1EL1A 4H9IA 1HNLA 5DM9A 1HEWA 3B0OA 2FYCA 1GAYA 1WVVA 2G4QA 2BQIA 1LMTA 1GE2A 1IC7Y 3FI7A 1LJFA 1IR9A 1JJ3A 1OUCA 4H1PA 4PGJB 1BB7A 3KAMA 3WW5A 1QQYA 1ZV5L 1LJKA 1ZVHL 2LZTA 4H90A 4H9AA 4DD0A 4J1AA 4TSCA 1LJ3A 2BPUA 4NGWA 5HNCA 2BAAA 2DQFC 1GBYA 2XBRA 4WL7A 2BQHA 4M6DA 1D0LA 1C10A 1HELA 1WTMA 2W1YA 3CSZA 1GFRA 1LMOA 1LZTA 1NQIA 3LYZA 3HFMY 3N9AA 3P64A 4LYBA 4J7VA 4EMNA 5LVKA 4Z46A 1GB7A 3ULRA 1IIZA 1T3PA 1TCYA 4H9EA 3LHMA 1AM7A 3CB7A 1GE4A 3J4GA 134LA 1GFHA 4PHIA 4YM8A 1LHHA 4XADA 1YAPA 1KIPC 1LMAA 1REYA 1IP1A 4HJZA 1GFTA 1SLYA 3BKHA 1GFVA 1B5XA 1LSGA 4L41A 3M18B 1GDXA 1LZ9A 4LT0A 2I26L 1OQMA 3G3BB 5L9JA 1NDMC 4TX7A 5I53A 1LZYA 4LYCA 1ALCA 2D4KA 2B5ZA 1GFGA 1LHLA 1GXXA 2HECA 4DWXA 1XEJA 3EXDA 1JUGA 1B5WA 1LZ1A 1XGPC 4NGOA 1CKHA 4Z3MA 2A7DA 1LSEA 1GDWA 4GCFA 3J6KA 1B7PA 4TTDA 3TXBA 5FDJA 5FSTA 1UACY 1O23A 3CT0A 1MELL 1F6SA 2G4NA 1OUJA 1IP7A 1YQVY 4ETDA 1GFEA 1BB4A 1A2YC 3EMSA 4NSHA 135LA 1LJIA 3A3RX 1LZCA 1YILA 1DZBX 1MLCE 1W08A 1B5ZA 1QUTA 1JKBA 5LA8A 5KXMA 1LJHA 1RJCB 4LYMA 1IP6A 4W94A 5LYMA 1I56A 4H92A 1CKDA 3WH1A 1OUHA 1A4VA 3B0KA 1QTKA 3TMVA 3TXJA 2YVBA 3WXTA 1J1OY 4YF2A 1JSFA 1LYOA 4DD7A 1N4FA 1EQ4A 2W1LA 2Z2EA 4YEOA 1IC5Y 1XEIA 3IJUA 1UIFA 1LKRA 2D6BA 3CT5A 4FDYA 4H8ZA 2IHLA 4NGJA 2CWIA 4NWHA 1QDRA 5A3ZA 1IR7A 1GBWA 1CJ7A 2DQEY 4HTNA 5LYTA 1GB6A 3WYHA 2Z19A 3W6AA 1LYSA 5KXOA 1JWRA 3LZ2A 3W6BA 2ZILA 5KXPA 2D4IA 3TXGA 1XGUC 4HPEA 1B5VA 3HBEX 1LSPA 1IY3A 2YDGA 3M3UA 4GN4A 4QEQA 5LIOA 3W6DA 3WUAA 3WMKA 4KT3A 1YAQA 1GF5A 4WLTA 2G4PA 4BAPA 1GF3A 1PS5A 3CSRA 2EKSC 2Z12A 1XGRC 1HHLA 1KXXA 2LYZA 5KJ9A 4I0CA 2BQLA 5J7CA 1FLWA 2Y8PA 2A7FA 4QGZA 2HEBA 4WO9A 4NFVA 3QE8A 4TUNA 3E3DA 3GXRA 4GLVA 4NGZA 3AJNA 3W6EA 1GF6A 1GPQC 1LSMA 5KXSA 2FYDA 4H9BA 4EOFA 2Z38A 1JITA 1DQJC 1V7SA 2Z2FA 4ML7A 1HMKA 1GB2A 3RZ4A 1GFKA 2H9KA 5KXXA 4ZEEA 4H8YA 4NHTA 2ZQ3A 4LGKA 1IP2A 3TXKA 4HTKA 4OWBA 1G7JC 5KXLA 3AGHA 4G4HA 3WVXA 132LA 2D4JA 4LFXA 4G4BA 1IO5A 1QSWA 2XJWA 1XFPL 4WM4A 4XN6A 5FEKA 2YBIA 1V7TA 3WW6A 2MEAA 5B59A 2HUBA 2YBNA 1OUGA 4GCCA 4LZTA 5IELA 1DI5A 3WULA 1FBIX 4ETAA 3CQLA 2CGIA 3IJVA 1JKAA 1FN5A 1LZDA 1VDPA 4R0FA 1VFBC 4HPIA 4ZFPA 3SP3A 1NBYC 5F14A 1C7PA 1HF4A 1YKYX 1QSAA 2BQCA 2W1MA 4OOTA 2BQKA 6LYTA 1GWDA 1CJ6A 1J1PY 2D91A 2F4GA 4KXIA 1LHJA 4HV2A 5B06A 2EPEA 1BWIA 3D3DA 4A7DA 3IWRA 1IOQA 1LTMA 3AGGG 1JTTL 3G3AB 5IDDA 3LYOA 1LHKA 194LA 1VDQA 1WQNA 3LN2A 1HC0A 1GF8A 1GFUA 4MSTA 1LSYA 4GCBA 1LMPA 1LSBA 1OUDA 1HFZA 1OP9B 2ZIJA 3B0IA 3ZEKA 5KKJA 2H9JA 4ZIXA 4KL7A 1VDTA 3GXKA 1BVXA 1IOSA 1JISA 3A34A 2DQJY 4U3XB 1IP4A 1JJ0A 1REZA 1I1ZA 1UBZA 3RT5X 4WM5A 1DI3A 5B1GA 5L3IA 2LYOA 4PJ2C 4XJFA 1GF7A 2DKVA 4DDBA 3EO5A 2ZIKA 3RW8A 1F0WA 4B4EA 4ETEA 1H87A 4OOOA 1LYZA 4WL6A 3CSQA 1LJ4A 1XGQC 5HQ1A 1D6PA 1CKCA 2ZNWY 4G4CA 5APDA 1GEVA 5II3A 4NGVA 1VATA 4IJ4A 3T6UA 1BWJA 1CKFA 4NSIA 5L3HA 4WLDA 1E8LA 4J1BA 1DXJA 4MCKA 3WU9A 4BAFA 1REMA 3A8ZA 4XJGA 3P66A 4C3WA 3MGWA 4I8SA 1YL1X 2DQHY 4RW1A 4XENA 1NWGA 2RSCA 1UC0A 1YAMA 1IWVA 1GE3A 1INUA 1LJNA 2CJLA 5FCPA 1T6VL 3B6LA 5LVIA 5KXKA 4M4OA 4D9ZA 4OWAA 1UUZC 2XBSA 5KXWA 3RU5A 1HFYA 5KXYA 1FKQA 1IY4A 4II8A 2IFFY 5D5CA 2MEDA 1GFJA 5T3FA 1B7LA 3ZVQB 1LCNA 3A91A 3TXDA 2F4AA 1LZ8A 2XTHA 1GF0A 2BQGA 4NWEA 4PRQA 5DL9A 1RCMA 3A67Y 3AZ4A 4R6CA 1BVKC 1YL0X 1HEPA 4WM3A 1SQ2L 3AZ6A 3ZVQA 1LSNA 1GE0A 4AXTA 1B7SA 1I20A 2HEFA 4WLXA 3CT1A 1IWZA 4CFOA 1F6RA 1HENA 4CGEA 1B5YA 4G49A 1FLQA 3OK0A 2FBDA 5C6IA 4HJVA 4NG8A 4YOPA 1WQRA 3TXIA 1JIYA 2YBHA 4DD3A 2ZYPA 1LZSA 4NGLA 3A93A 4UWUA 4N8ZA 3W6FA 4DDCA 1TDYA 2Z37A 2BQFA 3BKVA 5ILFA 1B5UA 3A95A 1XSFA 5KY1A 5FHWA 1LHIA 4NHSA 1GB5A 1DKJA 2VB1A 4DD2A 1FLYA 1GF4A 1RE2A 4BADA 1YAOA 3B72A 1JSEA 5LYZA 1UIDA 1GBXA 1IOCA 4ETBA 1HEOA 2ZWBA 4XYYA 1HERA 1LZBA 1HEQA 4NGYA 4DD1A 2HEDA 1FKVA 5I4XA 1LMQA 1LHMA 1UIBA 4N1EI 1IX0A 3LYTA 4NHPA 3WPKA 2BQNA 1UCOA 2DQCY 4NGKA 1B7NA 3WU8A 2BQBA 1G7MC 5LXWA 2HTXA 1H6MA 4B4IA 5ILCA 4B49A 1DPXA 3K3TA 5C6JA 1LZ6A 1GEZA 3EBAB 1RI8B 1C45A 2W1XA 1OUEA 2EIZC 4LFPA 1BWHA 4HV1A 1BB3A 4HP0A 4NY5A 1G7IC 1AZFA 3A90A 3WPLA 3TMWA 3A3QA 5HNLA 1HFXA 1AKIA 1GB8A 4OWHA 5F16A 5IHGA 7LYZA 1JEFA 4XJBA 2MEEA 2DQDY 1GHLA 208LA 2BLXA 4RLMA 1BQLY 5LVHA 1LOZA 154LA 2YBMA 1D0KA 1GBZA 2Q0MX 1LZ5A 4HSFA 2F30A 4XJHA 1REXA 3HBDA 8LYZA 5HLLA 2I25L 2HU3A 2MECA 5KXNA 4C5FA 2MEHA 3QY4A 4X3BA 5F9XA 3N9EA 4WO6A 1IP5A 3A96A 3TXHA 1GB3A 1VDSA 1B7RA 4LYZA 4XJIA 5LAGA 4NSGA 5I54A 1AT6A 1GAZA 1B7QA 1GD6A 5LAFA 193LA 1OUIA 4OWEA 1GBOA 1LJGA 2YBJA 4LYOA 5D5FA 1TEWA 1EQEA 3WXUA 1FDLY 4DD9A 5LVGA 4CJ2A 1AT5A 2DBTA 1CJ8A 5APCA 5B1FA 1IR8A 3AZ5A 1GE1A 5LINA 1G7HC 3A92A 1JTPL 3LZTA 4LYTA 1B9OA 4UWNA 4HTQA 1IP3A 2H5ZA 3D9AC 3HBHA 4NHQA 4YENA 1D6QA 1GFAA 1JJ1A 1OUAA 1UIAA 1YROA 2WARA 3LYMA 1UIGA 1ZVYB 3TMXA 1YKXX 4NSJA 1NHEA 2BQAA 1C43A 1LSZA 1TAYA 1BB5A 2ZYCA 4LT2A 4N0JA 3AGIA 1DKKA 4NGIA 1DI4A 5E4PA 4ANRA 4CFPA 4CHXA 3OJPA 1UIHA 3FE0A 5K7OA 1PZYA 133LA 1WQMA 1YKZX 2HU1A 3WU7A 1IVMA 4G9SA 4H9FA 1JKCA 4B0DA 4H93A 1LZGA 1HSWA 3AB6A 4GCDA 4RW2A 4ET9A 1TBYA 4IATA 3TXFA 1B7MA 1B2KA 1YANA 4E3UA 1C08C 1VAUA 2ZQ4A 4QDNA 4GN3A 4B4JA 4TWSA 1HSXA 3W6CA 1LKSA 1NDGC 1LJEA 2Z18A 2MEGA 1WQPA 4KPMA 1RFPA 4B1AA 3AW6A 3WUNA 3T36A 1WTNA 5I5QA 4IASA 4WG1A 2BQMA 1LZRA 1LSAA 2DQGY 1J1XY 1HMLA 1BHZA 4GN5C 153LA 3N9CA 5KXZA 4J0LA 2NWDX 2YBLA 4WMGA 2PC2A 3TMUA 5DLAA 1LZNA 4LT3A 2FBBA 5DN5A 4FJRA 2HEEA 3A6BY 2Z39A 3F6ZA 1GB0A 3W3EA 1CJ9A 3A94A 3AW7A 4H91A 1JTOL 207LA 1OUBA 4NHIA 3AZ7A 1QTEA 5JENB 4H9HA 1DPWA 1LPIA 3A6CY 1LYYA 5F9UA 1LSCA 1LJJA 5HMJA 2CDSA 5FELA 4H8XA 4Z98A 4AGAA 1IWWA 2AUBA 3WPJA 4RLNA 4NEBA 2MEBA 4OWCA 3VWOA 1HEMA 4NIJA 1OUFA 4DYGA 5I4WA 4WLYA 2BQOA 1WQOA 3P4ZA 4ET8A 3QNGA 1ZMYL 2BQJA 2BLYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
220LA 2X0AA 1D0MA 1GB9A 2HEAA 5KXTA 3C81A 1LZAA 4WM2A 1L15A 3GUPA 1L14A 3P68A 1IWXA 1KXWA 1IEEA 1IOTA 1LMCA 4BS7A 1JKDA 1GBSA 1QT3A 4O34A 5I4YA 3ATOA 1L43A 1L51A 1DYDA 3OE6A 2GV0A 1P46A 1D3MA 1G0LA 5LA5A 214LA 5LVJA 2QARC 3P65A 2YSSC 1QUSA 1IWTA 4GCEA 4DDAA 1LPYA 254LA 1P3NA 2LYMA 1W6ZA 3GULA 1LSFA 185LA 2EQLA 1XGTC 161LA 3G3WA 5DM9A 1WVVA 1LMTA 3FI7A 1QT5A 4PGJB 1BB7A 4YXCA 1L03A 3CDVA 1ZVHL 4H90A 4H9AA 4TSCA 2DQFC 3F8VA 4ZIXA 1C10A 1LMOA 118LA 1NQIA 3N9AA 3P64A 3ULRA 1QT7A 2IGCA 3HWLA 1IP1A 187LA 1LSGA 1L18A 184LA 4LT0A 1C66A 3G3BB 5L9JA 1LZYA 4LYCA 162LA 4K5YA 1B5WA 1L35A 1L37A 178LA 1LZ1A 129LA 2B75A 3J6KA 243LA 1MELL 3NY8A 1L92A 4ETDA 1GFEA 1B6IA 3EMSA 1LJIA 1D3JA 1LZCA 1W08A 1KW5A 1MLCE 5KXMA 1DYGA 1I56A 1C6QA 1G0KA 260LA 1CX6A 1LGUA 1JSFA 1LYOA 1LYHA 2Z2EA 1T8GA 1IC5Y 3IJUA 4H8ZA 2IHLA 4EKSA 1QT4A 1QDRA 1L00A 2DQEY 1GB6A 3WYHA 169LA 3HTGA 1L65A 2F2QA 4I7RA 1SSWA 5KXPA 1XGUC 4HPEA 4B4JA 1LSPA 1L21A 2RH1A 3M3UA 182LA 4KT3A 4BAPA 111LA 2Z12A 2LYZA 4I0CA 1QUGA 3DKEX 4NFVA 1CUQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VED A;  4HJY A;  4PRU A;  2LHM A;  4YEM A;  1D9U A;  5C6L A;  1LZE A;  2X0A A;  1LSD A;  1UIE A;  1IC4 Y;  5B07 A;  1UIC A;  4N5R A;  1D0M A;  1GB9 A;  1NBZ C;  2HEA A;  5KXT A;  2DQI Y;  1KIQ C;  1KIR C;  5HMV A;  1LZA A;  1JHL A;  4WM2 A;  4Z41 A;  1CKG A;  4N9R A;  1G7L C;  1XEK A;  4H94 A;  4H9C A;  3P68 A;  5KXR A;  1YIK A;  4WOA A;  3WUM A;  1LMN A;  1IWX A;  2C8P A;  1KXW A;  1QIO A;  1IEE A;  1IOT A;  4TSB A;  5E9R A;  5KKI A;  1LMC A;  1NF5 A;  3WVY A;  4BS7 A;  1JKD A;  1GBS A;  4PPO A;  1C46 A;  2C8O A;  4O34 A;  3ATN A;  4W96 A;  5I4Y A;  3TXE A;  4WM6 A;  3ATO A;  4UWV A;  3WL2 A;  1IOR A;  2I6Z A;  2MEF A;  4RDS A;  1BGI A;  5APE A;  1P2C C;  1B7O A;  2GV0 A;  2BQD A;  1BB6 A;  2BQE A;  1B0D A;  1CNS A;  1FLU A;  1QDT A;  2N5Z A;  3AYQ A;  5APF A;  2DQA A;  5A3E A;  5LA5 A;  5B05 A;  1GXV 2;  5DN4 A;  4MR1 A;  5F81 A;  5LVJ A;  3RNX A;  4QY9 A;  4GLA A;  4N1C C;  1GF9 A;  3P65 A;  1KXY A;  2YSS C;  4DT3 A;  1NMM A;  1QUS A;  1IWT A;  4GCE A;  4WG7 A;  5AMY A;  4DC4 A;  1WQQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3A90 A;  3A3Q A;  5HNL A;  1HFX A;  4OWH A;  7LYZ A;  4XJB A;  2MEE A;  127L A;  1GHL A;  1LOZ A;  1GBZ A;  2Q0M X;  1LZ5 A;  4XJH A;  2MEC A;  3C8S A;  1OWY A;  1C6G A;  3QY4 A;  188L A;  262L A;  225L A;  1GBO A;  1LJG A;  1TEW A;  1EQE A;  3WXU A;  4DD9 A;  3DMZ A;  5APC A;  3LZT A;  1B9O A;  3HT8 A;  4HTQ A;  1SX2 A;  3GUJ A;  1GFA A;  1SX7 A;  3HU9 A;  1UIA A;  1UIG A;  1YKX X;  2NTH A;  1TAY A;  1BB5 A;  2ZYC A;  1KNI A;  1C6A A;  1DI4 A;  5E4P A;  3OJP A;  149L A;  5K7O A;  133L A;  160L A;  1HSW A;  3AB6 A;  4RW2 A;  1TBY A;  1YAN A;  4QDN A;  4GN3 A;  1KS3 A;  1NDG C;  1LJE A;  3HH4 A;  1RFP A;  1BHZ A;  1CUP A;  4GN5 C;  5KXZ A;  2YBL A;  4LT3 A;  181L A;  1C60 A;  1GB0 A;  113L A;  3W3E A;  3A94 A;  3AW7 A;  4H91 A;  4NHI A;  3EML A;  5JEN B;  1LGW A;  2XQO A;  1L95 A;  5HMJ A;  1K28 A;  4NIJ A;  1OUF A;  4WLY A;  1L67 A;  3P4Z A;  3QNG A;  190L A;  2BLY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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