4OOOA

X-ray structure of the lysozyme derivative of tetrakis(acetato)chlorido diruthenium(ii,iii) complex
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Unusual Structural Features in the Lysozyme Derivative of the Tetrakis(acetato)chloridodiruthenium(II,III) Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4oooA00
1IR7A 1IEEA 2BQEA 1F6RA 1LZNA 2ZNWY 5F9XA 4M6DA 4CGEA 4NSJA 1D0KA 1LZDA 4GN5C 2EQLA 4HTKA 1IO5A 3RT5X 1LSZA 4H93A 3E3DA 1LYSA 1XSFA 5LYMA 132LA 1BB3A 1LZCA 4N1EI 3LN2A 1LZ6A 1HSXA 1PS5A 5I4WA 5DLAA 5LVJA 3CT5A 4N0JA 4XJBA 2CWIA 133LA 1YL1X 4II8A 4DD9A 1ZMYL 4ZEEA 4LYCA 1F10A 3LZ2A 3TXJA 4YENA 1UICA 1CJ8A 1LZSA 1EL1A 1HSWA 1YQVY 4DT3A 4H9EA 1J1OY 1NWGA 4ANRA 2HECA 2LYOA 4KPMA 4NG1A 5KY1A 1RCMA 1LZEA 4FDYA 4HTQA 1LHLA 1HELA 135LA 1I20A 1REMA 4CHXA 3WPKA 4LYMA 5LYZA 3GXKA 4LT1A 1W6ZA 1GF3A 1UBZA 4WLXA 5F81A 1TEWA 5KXPA 3AZ4A 3IJUA 1HEQA 4LYOA 4DD2A 1HMKA 1HF4A 1RE2A 4BAPA 3ULRA 3TXEA 1H87A 4ZIXA 4YF2A 2BQLA 4XJDA 1YAQA 3TMVA 2ZQ4A 1C43A 5DN4A 4LT2A 3G3AB 1ZVHL 2G4QA 4D9ZA 3A8ZA 4WO9A 1REXA 4XADA 5LIOA 4DD0A 1GB6A 3EBAB 5KKIA 1LSBA 1C08C 4EOFA 4GLVA 1OQMA 3AZ5A 3WYHA 3N9CA 1LSDA 1LZBA 2BAAA 2HEBA 2YBLA 4N1CC 5D5CA 1NKHA 2MEAA 1B7SA 3A92A 1IR9A 4Z98A 1EQ5A 4NGKA 5KXOA 5DN5A 2BQCA 5KXYA 2F2NA 5B07A 1BWIA 4HJZA 1B5YA 1GHLA 2X0AA 2XBRA 1D9UA 1CKHA 4IJ4A 1IP2A 1W08A 2YBJA 1B9OA 1LKRA 2F30A 2LZ2A 3A93A 1LJFA 1GFKA 2HEDA 2DKVA 4GCBA 1WVUA 2IFFY 1B7RA 1VEDA 3AZ6A 1JJ0A 3CT0A 4HV1A 4WG7A 2Z38A 5L3HA 1IWZA 1LZ5A 4J1AA 1BB6A 3AJNA 1LSNA 4R0FA 1SLYA 1UACY 2D6BA 2HU1A 2DQEY 3LHMA 1LHJA 3WVXA 3WPJA 1LZTA 6LYTA 3W6EA 2I26L 1UUZC 3OJPA 1JTOL 4I8SA 4NGLA 5JENB 4PRUA 2IHLA 1WQQA 4WM6A 1UIHA 2XTHA 1IWXA 4GLAA 1OUIA 1UIBA 2DQHY 4WLTA 3RW8A 3W6AA 1LSEA 1GXXA 3TXHA 1VFBC 2BPUA 1BB5A 2YBNA 3WULA 1V7TA 5LA8A 4NHTA 4XJIA 4DDCA 3CT1A 4C3WA 1WQNA 1E8LA 2DBTA 3WU9A 4H90A 4NGYA 2DQJY 3CSQA 1IP3A 2LYZA 2F4GA 1I1ZA 4OW1A 1BHZA 4QY9A 1LSMA 2DQDY 1LSYA 1GAYA 1GE2A 4TSCA 4DC4A 1YKYX 1WTNA 1LPIA 3M3UA 3A6CY 4G9SA 1IR8A 4NIJA 4B4IA 5M1YA 2D4KA 4LFXA 1NMMA 5KXXA 2HU3A 4B1AA 2I6ZA 2W1MA 4TTDA 1GFTA 4WLDA 2Y8PA 5IDDA 5EBHA 2FBBA 5DL9A 5KXTA 1LZ8A 3A3RX 3B0KA 1LSFA 134LA 5F16A 1JKBA 1HHLA 4XJGA 1HEMA 1YKXX 4NY5A 4TWSA 1ZV5L 4H1PA 4LZTA 4N5RA 4A7DA 2YBMA 1KXYA 1XGPC 3ATOA 1HC0A 1IP7A 4QGZA 1CJ7A 5B1FA 3EO5A 1G7JC 3AGIA 2B5ZA 6LYZA 2RSCA 5KXNA 1RI8B 1QTKA 4AXTA 4J1BA 1LCNA 3T6UA 3ATNA 1DPXA 1G7MC 4UWUA 3KAMA 4LT3A 4MCKA 2H5ZA 4ET8A 3WL2A 3LYTA 1B7NA 5KXRA 2D4JA 4PGJB 3W6BA 5LVGA 4ET9A 2AUBA 5HLLA 1LSAA 4WL7A 2MEHA 4TUNA 3AGHA 4P2EA 2VB1A 1VATA 1A4VA 2EKSC 2G4NA 2W1YA 5E4PA 3T36A 153LA 3HBEX 4B4JA 5B06A 4H9AA 1IORA 1ALCA 1JJ3A 5KKJA 1UIEA 5APEA 4AGAA 5KXZA 1LHHA 4NSIA 1LOZA 3WH1A 1DI3A 1LHIA 3N9EA 1RJCB 4L41A 1XEJA 2ZYCA 4HJVA 1LJNA 1TCYA 2LHMA 8LYZA 3A67Y 3W6FA 4LGKA 4WM1A 4OWBA 1D0LA 3LYOA 1QUTA 4NHPA 4H94A 4KXIA 1GEZA 5K7OA 1DXJA 1GF8A 3W6CA 207LA 5FELA 1DI4A 1IIZA 1IOCA 5FEKA 5HMVA 1XGTC 3OK0A 3CB7A 5LXWA 1OUAA 1HFXA 2GV0A 2NWDX 3AW7A 4NGIA 4O34A 1IY3A 1G7IC 3A94A 5J7CA 1IP1A 1HEOA 1LMPA 2HUBA 3WPLA 4EMNA 1UCOA 4XJFA 1LZ9A 1VDSA 1F6SA 5LYTA 2HEFA 1GFRA 5LVIA 193LA 1D0MA 3CQLA 1YAMA 1GFUA 4TSBA 4WM5A 1NDMC 4PHIA 4G4CA 1GFEA 4OOOA 4HSFA 1LJIA 3B72A 1IOSA 1MLCE 1D6QA 1JISA 1BVXA 1QUSA 2BLYA 3B6LA 3WUMA 1V7SA 2HEEA 4Z41A 5L3IA 1GWDA 1B5XA 1GB8A 1LJHA 1YKZX 4GCFA 1GPQC 4N9RA 4XN6A 5C6IA 1LJEA 5KXSA 3WU7A 4NHSA 4IATA 4NWHA 4Z46A 4KT3A 3AGGG 1XGUC 1LZYA 1DKJA 4QDNA 1KIQC 1IWWA 2ZWBA 1SQ2L 4OWCA 3QE8A 5LAFA 1HERA 1VAUA 4NHIA 5HMJA 1LYYA 1GB0A 1IC4Y 2Z19A 1HENA 5B05A 1F0WA 1TBYA 1GE4A 2HEAA 3A34A 4YM8A 1B7QA 1VDPA 3WVYA 3AYQA 1GF4A 3EMSA 1GBXA 5HNLA 4MR1A 1LMQA 1B7LA 2BQDA 4ZFPA 1XGQC 1GE0A 1IY4A 2N5ZA 1IC5Y 2DQGY 2D91A 1OUEA 5B1GA 4H9CA 4XJHA 5LA5A 2EPEA 3IWRA 1YROA 1XFPL 2F4AA 4XENA 3VWOA 1GB3A 3K3TA 1O23A 1LMCA 4WO6A 1JIYA 2ZIKA 3TMXA 3TXBA 3CSZA 3EXDA 1LZRA 3WXTA 1AZFA 1GBYA 4NHQA 5I4XA 1N4FA 2YBIA 3A3QA 3W3EA 1BGIA 3HBDA 194LA 4E3UA 1A2YC 1YL0X 4RW1A 5AMYA 5T3FA 4DDBA 1B5WA 3IJVA 4DDAA 4DD1A 2EIZC 1OUDA 1DZBX 2Z12A 4RLMA 5IHGA 4CFOA 1FKQA 4WM2A 1JEFA 1GF6A 2G4PA 5APDA 5F9UA 1GFAA 5I4YA 1I56A 1WQOA 1UIDA 1H6MA 3MGWA 1LMOA 4G4BA 2BQGA 4G49A 4NGJA 5C6LA 1NHEA 4H8ZA 3RNXA 3ZEKA 1B2KA 5KXWA 2LYMA 1HMLA 1LHKA 3WUAA 1GBOA 1IWVA 1KIPC 2A7DA 1YILA 4HV2A 1GE3A 4NWEA 4UWNA 2MECA 1WQMA 4TX7A 5IELA 1LZAA 1UIFA 3A90A 1IOTA 1CKCA 4W96A 1FBIX 3P68A 4H8YA 5ILCA 1IWYA 1QDTA 2YDGA 1VDQA 1GB2A 1CNSA 4PJ2C 3A91A 1JWRA 5L9JA 1T6VL 4GN4A 1IVMA 1LAAA 2YVBA 4H9IA 1B7PA 3AZ7A 1WTMA 2XJWA 1J1PY 4QEQA 9LYZA 3FI7A 1LYOA 5E9RA 3LYZA 1LJ4A 4ETAA 1DQJC 4OWHA 1QSWA 2BQNA 2C8PA 3WMKA 1IWTA 4BADA 1JTTL 4WM4A 1C45A 1HNLA 1LZ4A 3AW6A 2FYCA 1GFJA 1KXWA 5I53A 1BVKC 1UIGA 4H92A 4ML7A 5DM9A 1LSGA 3QNGA 1GBWA 2D4IA 3TXDA 1GE1A 1JKCA 1LSPA 2Z2FA 5II3A 1YIKA 3LYMA 4M4OA 2H9KA 1NDGC 1UA6Y 2BQIA 1KXXA 2Z39A 1B7MA 4H8XA 1NQIA 1EQ4A 1G7LC 1JUGA 1OUGA 4MSTA 4X3BA 4B0DA 4DD7A 4R6CA 5FSTA 1IP5A 2Z2EA 4FJRA 1BB7A 1GFGA 2DQAA 2XBSA 1CJ9A 1C7PA 1C10A 3N9AA 4NEBA 4B4EA 3P65A 2BQMA 1LJGA 1JITA 4N8ZA 5A3EA 1TDYA 1OP9B 1XGRC 5LVHA 2BQBA 208LA 5FDJA 3TXFA 4YEOA 4LYTA 4H9HA 3HFMY 4NGZA 1LJ3A 3P64A 2C8OA 4RW2A 4NSHA 3WXUA 4J7VA 5I5QA 1LZGA 2I25L 4B49A 5I54A 4HJYA 5LAGA 1JSEA 2FYDA 4KL7A 4DD3A 1J1XY 1JSFA 4WMGA 3GXRA 2MEDA 1REZA 3B0IA 4ETCA 1GBZA 2BQHA 3D3DA 4OWEA 2W1XA 5HNCA 1FDLY 1FLYA 4XYYA 2LZTA 4WLYA 1IP4A 1BWHA 4GN3A 5F14A 3BKVA 4LT0A 4NG8A 1MELL 1OUCA 1LMTA 1DI5A 1B0DA 4RDSA 4LFPA 1G7HC 2Q0MX 4ETBA 3HBHA 4CFPA 1Z55A 1OUFA 4H91A 5APFA 3WUNA 4I0CA 4ETEA 4W94A 1HFZA 1REYA 1B5UA 1FLQA 2ZQ3A 3M18B 4C5FA 3B0OA 3WW5A 1GB7A 1AT5A 1LZ1A 1IWUA 1DPWA 2PC2A 3P66A 3TXGA 1VDTA 2YSSC 1QTEA 4GCEA 3SP3A 2MEEA 3RZ4A 4NGWA 2DQFC 4WL6A 1GFVA 1WQRA 1C46A 1ZVYB 3WW6A 1CKDA 2WARA 1FKVA 5B59A 3ZVQB 2BQJA 1GB5A 1RFPA 2HTXA 3TXKA 1CJ6A 5HQ1A 4PPOA 1UC0A 2MEBA 1QSAA 4OWAA 1P2CC 1YAOA 5LVKA 4NGOA 1QDRA 5KXKA 2W1LA 2BQFA 3TMUA 3AB6A 1JKDA 1INUA 1JJ1A 1B5VA 1HEPA 1LMNA 7LYZA 1IX0A 1OUBA 1GF5A 1QQYA 2DQIY 2ZYPA 1JPOA 3W6DA 1DKKA 4WG1A 4BAFA 2BQOA 2CGIA 1B5ZA 3CSRA 3F6ZA 1NF5A 2H9JA 4U3XB 4OOTA 4HP0A 4DYGA 2MEFA 1B7OA 1JHLA 1IC7Y 3ZVQA 1T3PA 3TXIA 2CDSA 4BS7A 1LMAA 2ZILA 1FN5A 3RU5A 1KIRC 5FHWA 1WQPA 1LTMA 4G4HA 4DWXA 1NBYC 2YBHA 5D5FA 3P4ZA 4NSGA 3TMWA 1BQLY 1D6PA 4LYZA 2DQCY 154LA 1EQEA 2Z37A 1UIAA 1AKIA 1LYZA 5C6JA 1GDWA 5ILFA 4J0LA 1LJJA 2ZNXY 1YANA 4Z3MA 1GDXA 3WU8A 4WOAA 3G3BB 1JTPL 1JKAA 2FBDA 2BQKA 4IASA 1TAYA 3J4GA 4PRQA 4ETDA 1XEKA 1GEVA 1HEWA 1LJKA 3QY4A 4HPEA 5APCA 1HFYA 1QIOA 1BB4A 2MEGA 1GF7A 2A7FA 2MEIA 4CJ2A 1LSCA 1FLWA 3D9AC 4H9BA 1CKFA 5A3ZA 2ZIJA 1IP6A 2Z18A 3A6BY 1GAZA 4WM3A 5KJ9A 4GCDA 3A96A 3FE0A 4RLNA 1AT6A 1AM7A 1CKGA 1GBSA 2CJLA 4NGVA 5LINA 4GCCA 4LYBA 5KXLA 1OUHA 4HTNA 1YAPA 2BLXA 1BWJA 3LZTA 2BQAA 1GF9A 5FCPA 3A95A 1LHMA 4HPIA 4YOPA 1GD6A 4YEMA 1IOQA 1NBZC 1PZYA 5KXMA 1XEIA 3BKHA 1FLUA 4H9FA 1LKSA 1GFHA 3J6KA 4UWVA 1GXV2 1GB9A 1OUJA 4NFVA 1WVVA 1GF0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZNA 2OEAX 4CGEA 4GN5C 4HTKA 3RT5X 1LYSA 159LA 4N1EI 3LN2A 1HSXA 1PS5A 3CT5A 2CWIA 120LA 3DN3A 4OO9A 4DD9A 1ZMYL 4LYCA 3TXJA 1LZSA 150LA 240LA 1JTNA 5KY1A 4HTQA 4FDYA 1LHLA 2OU9A 1I20A 1K28A 3GXKA 1TEWA 4ZPUA 1HEQA 4LYOA 3OE8A 4BAPA 3TXEA 1H87A 1L43A 4XJDA 1PQJA 160LA 3A8ZA 251LA 5LIOA 4DD0A 1L75A 4EOFA 4GLVA 3AZ5A 3N9CA 1LZBA 2HEBA 5D5CA 3A92A 4Z98A 5DN5A 2BQCA 1B5YA 3UONA 2XBRA 1D9UA 2YBJA 1B9OA 3DMXA 1GFKA 4GCBA 1L95A 2NTGA 1IWZA 1LZ5A 1LSNA 2D6BA 129LA 3LHMA 3W6EA 4WM6A 1L90A 1UIHA 5I14A 1IWXA 1C6HA 1CU0A 1LSEA 3TXHA 1L39A 1VFBC 1V7TA 5LA8A 4NHTA 4XJIA 3HT8A 1DYAA 3CT1A 1WQNA 1E8LA 4W55A 2F4GA 1I1ZA 1BHZA 1G0PA 3C81A 2DQDY 3HUQA 1L79A 3M3UA 4G9SA 4NIJA 1IR8A 5M1YA 1NMMA 5KXXA 4TTDA 1ZURA 5IDDA 4W58A 1L66A 1LZ8A 1C6KA 115LA 3G3WA 1ZV5L 4N5RA 1KXYA 1C6AA 5B1FA 2QB0B 220LA 2RSCA 4YX7C 157LA 4AXTA 1LCNA 3KAMA 4LT3A 4MCKA 2H5ZA 2LC9A 2D4JA 5LVGA 2AUBA 4AQNA 2XQOA 1VATA 1A4VA 2W1YA 1QTHA 3OE6A 3SB8A 4AGAA 4NSIA 1LHIA 2LHMA 4LGKA 4WM1A 4KXIA 1GF8A 207LA 4E97A 4S0WA 1XGTC 1CV4A 1OUAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IR7 A;  1IEE A;  2BQE A;  1F6R A;  1LZN A;  2ZNW Y;  5F9X A;  4M6D A;  4CGE A;  4NSJ A;  1D0K A;  1LZD A;  4GN5 C;  2EQL A;  4HTK A;  1IO5 A;  3RT5 X;  1LSZ A;  4H93 A;  3E3D A;  1LYS A;  1XSF A;  5LYM A;  132L A;  1BB3 A;  1LZC A;  4N1E I;  3LN2 A;  1LZ6 A;  1HSX A;  1PS5 A;  5I4W A;  5DLA A;  5LVJ A;  3CT5 A;  4N0J A;  4XJB A;  2CWI A;  133L A;  1YL1 X;  4II8 A;  4DD9 A;  1ZMY L;  4ZEE A;  4LYC A;  1F10 A;  3LZ2 A;  3TXJ A;  4YEN A;  1UIC A;  1CJ8 A;  1LZS A;  1EL1 A;  1HSW A;  1YQV Y;  4DT3 A;  4H9E A;  1J1O Y;  1NWG A;  4ANR A;  2HEC A;  2LYO A;  4KPM A;  4NG1 A;  5KY1 A;  1RCM A;  1LZE A;  4FDY A;  4HTQ A;  1LHL A;  1HEL A;  135L A;  1I20 A;  1REM A;  4CHX A;  3WPK A;  4LYM A;  5LYZ A;  3GXK A;  4LT1 A;  1W6Z A;  1GF3 A;  1UBZ A;  4WLX A;  5F81 A;  1TEW A;  5KXP A;  3AZ4 A;  3IJU A;  1HEQ A;  4LYO A;  4DD2 A;  1HMK A;  1HF4 A;  1RE2 A;  4BAP A;  3ULR A;  3TXE A;  1H87 A;  4ZIX A;  4YF2 A;  2BQL A;  4XJD A;  1YAQ A;  3TMV A;  2ZQ4 A;  1C43 A;  5DN4 A;  4LT2 A;  3G3A B;  1ZVH L;  2G4Q A; 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 1REZ A;  3B0I A;  4ETC A;  1GBZ A;  2BQH A;  3D3D A;  4OWE A;  2W1X A;  5HNC A;  1FDL Y;  1FLY A;  4XYY A;  2LZT A;  4WLY A;  1IP4 A;  1BWH A;  4GN3 A;  5F14 A;  3BKV A;  4LT0 A;  4NG8 A;  1MEL L;  1OUC A;  1LMT A;  1DI5 A;  1B0D A;  4RDS A;  4LFP A;  1G7H C;  2Q0M X;  4ETB A;  3HBH A;  4CFP A;  1Z55 A;  1OUF A;  4H91 A;  5APF A;  3WUN A;  4I0C A;  4ETE A;  4W94 A;  1HFZ A;  1REY A;  1B5U A;  1FLQ A;  2ZQ3 A;  3M18 B;  4C5F A;  3B0O A;  3WW5 A;  1GB7 A;  1AT5 A;  1LZ1 A;  1IWU A;  1DPW A;  2PC2 A;  3P66 A;  3TXG A;  1VDT A;  2YSS C;  1QTE A;  4GCE A;  3SP3 A;  2MEE A;  3RZ4 A;  4NGW A;  2DQF C;  4WL6 A;  1GFV A;  1WQR A;  1C46 A;  1ZVY B;  3WW6 A;  1CKD A;  2WAR A;  1FKV A;  5B59 A;  3ZVQ B;  2BQJ A;  1GB5 A;  1RFP A;  2HTX A;  3TXK A;  1CJ6 A;  5HQ1 A;  4PPO A;  1UC0 A;  2MEB A;  1QSA A;  4OWA A;  1P2C C;  1YAO A;  5LVK A;  4NGO A;  1QDR A;  5KXK A;  2W1L A;  2BQF A;  3TMU A;  3AB6 A;  1JKD A;  1INU A;  1JJ1 A;  1B5V A;  1HEP A;  1LMN A;  7LYZ A;  1IX0 A;  1OUB A;  1GF5 A;  1QQY A;  2DQI Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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