4PJZA

Crystal structure of t4 lysozyme-gss-peptide in complex with teicoplanin-a2-2
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-113)AH4 (83-90)AH9 (137-141)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/antibiotic
source organism Enterobacteria phage t4
publication title X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TEICOPLANIN-A2-2
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pjzA00
1G0MA 3DN3A 4YXAC 1L77A 1L12A 259LA 1CVKA 4GBRB 3SBBC 1LYHA 189LA 1P56A 3GUNA 157LA 167LA 1QTCA 1I6SA 2QARC 1G0LA 1L0JA 4ARLA 4ARQB 260LA 2B6XA 2F2QA 246LA 2OE9X 262LA 3C8QA 174LA 3SB9A 1DYBA 1C6HA 3V2YA 1L28A 1L41A 114LA 234LA 1TLAA 1C63A 1L21A 261LA 1C6DA 1L85A 2A4TA 1L99A 148LE 1LI3A 239LA 4I7OA 1P6YA 3HH5A 2B74A 1PQJA 1QUDA 3DN8A 3V2WA 149LA 1C6QA 225LA 1QSBA 1KNIA 2HUKA 183LA 2NTGA 4LDEA 173LA 1CV6A 1L26A 2LC9A 3D4SA 1DYCA 213LA 2B73A 186LA 3CDQA 1L18A 171LA 1OWYA 2OU8A 1G1WA 1L59A 3FI5A 1T8GA 243LA 1L63A 1G06A 1OVHA 1P37A 248LA 196LA 1L13A 4EKQA 1G07A 1L57A 4OO9A 147LA 1QT4A 182LA 221LA 2Z6BA 3HDEA 3DMZA 1LYEA 1OVKA 222LA 1L80A 4ARQA 1C6JA 4W54A 1C6PA 164LA 1L90A 1C6EA 1ZYTA 102LA 4W58A 165LA 122LA 1B6IA 1L07A 214LA 1XJUA 2B72A 1L94A 227LA 231LA 1C6MA 1G0PA 1L96A 184LA 3HU8A 4W53A 4ARPA 1D3JA 141LA 3NY9A 3DNAA 1CU0A 1LI6A 4EXMA 1L02A 187LA 2B7XA 2RAZX 1KS3A 1L14A 3HTGA 172LA 4I7KA 2F32A 3CDRA 1L67A 138LA 3EMLA 4LZMA 131LA 156LA 107LA 2OU0X 140LA 3FA0A 143LA 3HUQA 119LA 1L20A 1KY1A 1L32A 1L23A 3PBLA 3GUKA 1L39A 1G0KA 195LA 2B6ZA 1L30A 1P2RA 178LA 161LA 1L11A 255LA 1LYGA 4IAPA 4W52A 177LA 1L81A 1P46A 2ANXA 3RZEA 1LLHA 1JQUA 1P3NA 1L83A 3DKEX 3HTFA 4PJZA 198LA 1C6IA 120LA 1LYJA 1PQDA 224LA 2B70A 1L36A 235LA 3DN1A 2RB0X 2RBNA 4W51A 1L27A 1QS5A 245LA 1KW7A 1L06A 2B6YA 257LA 109LA 253LA 230LA 3GUMA 4EJ4A 1P2LA 1OV7A 118LA 201LA 1G0QA 123LA 4DJHA 1C62A 2B6TA 1C6NA 1T6HA 1C66A 1G1VA 1L61A 3C83A 3LZMA 1D3MA 191LA 3HH6A 205LA 7LZMA 1SX2A 1L48A 1L92A 1ZURA 3DMVA 1L79A 1L09A 4DKLA 3C8RA 4E97A 1QTHA 1D2YA 3CDTA 1CV3A 3GULA 1C64A 249LA 1OVJA 1QTDA 2O79A 1P7SA 3HT9A 232LA 3K2RA 1L43A 160LA 130LA 3VW7A 4DAJA 1KW5A 1D2WA 150LA 180LA 3CDVA 4PK0A 1OWZA 1L49A 217LA 1C61A 3L64A 170LA 1EPYA 1L55A 1L53A 209LA 1CV4A 5I14A 1QT5A 1CU2A 185LA 3HH3A 155LA 3L2XA 1L64A 1PQMA 1L97A 4I7NA 4I7TA 4YX7C 190LA 2HULA 1L15A 2RB2X 3C80A 4LDLA 3SN6R 1C6AA 4W55A 163LA 108LA 1C6GA 3QAKA 241LA 200LA 1L40A 142LA 1CX7A 2Q9EA 1T8FA 2B6WA 1OV5A 3HTBA 1L89A 1CV5A 1NHBA 146LA 3SB6A 139LA 1L71A 1LGWA 3C7WA 2NTHA 1D3NA 219LA 2OTYX 1QT7A 1P64A 4EKSA 1DYAA 1QT8A 1PQIA 3NYAA 176LA 3HDFA 1XEPA 237LA 4YXCA 236LA 240LA 1QUGA 1L84A 1SWZA 1D9WA 1L22A 254LA 1L56A 1L46A 3OE6A 1LW9A 3HU9A 1LGUA 1JTNA 3OE9A 3CDOA 4S0WA 1L35A 1CU3A 4EKRA 4ARJA 3DMXA 3HUAA 2OTZX 104LA 1C6BA 258LA 3HT6A 126LA 113LA 206LA 168LA 1LI2A 3C82A 3C8SA 2OEAX 1C65A 2L78A 247LA 1SSWA 1PQKA 159LA 1DYFA 2ANVA 1L05A 2LCBA 151LA 158LA 3DN0A 4ZPUA 1L01A 1LWKA 1CX6A 1L03A 1L25A 4I7MA 3HUKA 3HH4A 1C6CA 1L10A 129LA 2RH1A 1P5CA 1L44A 3SBAA 1L86A 1DYDA 1CTWA 1T97A 1L0KA 3GUPA 3UONA 4ARMA 3DN2A 1L16A 1QT6A 4EKPA 1L58A 3JR6A 3NY8A 2CUUA 210LA 1L72A 1L95A 1C6KA 162LA 103LA 112LA 1WTHA 1SSYA 3RUNA 2RBQA 1DYGA 1LYFA 1C6FA 252LA 2Q9DA 1QTZA 229LA 1L37A 1T8AA 2O4WA 2QB0B 220LA 3HWLA 1CUQA 1QTBA 175LA 3SB7A 1C68A 4I7RA 1L87A 2HUMA 238LA 197LA 1C6TA 111LA 256LA 1QT3A 3HTDA 1L45A 110LA 223LA 2RBRA 145LA 3DN4A 1L34A 3C81A 212LA 1LYDA 1L88A 2O7AA 1C6LA 1JTMA 215LA 4W57A 250LA 3DN6A 4I7QA 1L60A 3GUJA 2OE4X 2B75A 4I7LA 3PDSA 4K5YA 3C7ZA 1PQOA 4I7SA 127LA 1CUPA 1C60A 1L70A 1LPYA 1L47A 3HT7A 6LZMA 2LZMA 2OU9A 242LA 1SWYA 1CU6A 1D3FA 1L08A 2F47A 2RAYX 1L82A 1L51A 3SB5A 125LA 4I7JA 1L38A 1LWGA 4LDOA 1CU5A 4ARMB 169LA 228LA 211LA 1K28A 1LYIA 1L19A 1L91A 3ODUA 1L76A 1L33A 1G0GA 1QUOA 1QUHA 2RBSA 5LZMA 2RB1X 188LA 1L65A 4W56A 128LA 192LA 233LA 1C69A 1L29A 1L42A 1QS9A 4GRVA 1L54A 1L68A 1C67A 244LA 3SB8A 1L69A 1L66A 1CV1A 1QTVA 1L73A 1CV0A 1L50A 1SX7A 1XJTA 1ZWNA 1G0JA 199LA 1P36A 1LGXA 1L62A 226LA 2IGCA 1KY0A 3GUOA 152LA 251LA 1L75A 3G3VA 1L98A 1L31A 3FADA 2RBOA 1DYEA 2RBPA 1L93A 137LA 144LA 4EPIA 3HT8A 3GUIA 3F8VA 115LA 3OE8A 216LA 2OE7X 3OE0A 181LA 1L17A 1L00A 1OYUA 1L24A 218LA 3C7YA 3G3XA 4AQNA 4EPFA 1QSQA 1L74A 1L04A 3F9LA 3G3WA 4W59A 1L52A 166LA 4I7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0MA 1L12A 259LA 1LYHA 4LYOA 1HSXA 3ZVQB 5I53A 3GUNA 157LA 2DQGY 167LA 1I6SA 4WL7A 3CT5A 1KXXA 5FDJA 2F2QA 1WQOA 262LA 4H93A 3C8QA 4CFPA 1I20A 1GE2A 3V2YA 2BQCA 2HEDA 4NHSA 1L21A 3N9CA 1L85A 1GF8A 148LE 5HMJA 1GF5A 2BQGA 2B74A 1UACY 1DXJA 5KXYA 4H91A 3LN2A 1C08C 4NY5A 1QSBA 1KNIA 1WQMA 183LA 4J0LA 1H6MA 3J6KA 3WPLA 4ET8A 2LC9A 2W1XA 3G3AB 4UWUA 5KKJA 1IWVA 2B73A 1OUAA 4B4EA 3CQLA 171LA 1XGTC 2OU8A 1MLCE 3FI5A 4AXTA 1REMA 1HEPA 1P37A 1L13A 4NWEA 4XN6A 3WVXA 4XJFA 1L57A 3A6BY 3LHMA 2Z6BA 1UICA 1G7MC 3CSRA 5A3ZA 1C6JA 4W54A 3E3DA 1F6SA 4H9BA 2MEDA 102LA 1XJUA 3LZ2A 2EPEA 184LA 2MEFA 1UIEA 1BWJA 5E4PA 3NY9A 1CU0A 2EIZC 2XTHA 2B7XA 1BVKC 3HTGA 4H92A 3AJNA 1CKGA 1GFAA 1N4FA 140LA 1FKQA 143LA 1YANA 3RNXA 119LA 1HEMA 6LYTA 1L20A 1KY1A 1L32A 4H94A 1L23A 3GUKA 1GXXA 3AZ4A 195LA 5DN5A 1GB8A 4WO9A 3AGGG 3IWRA 4HJYA 3RU5A 255LA 4OOTA 1L81A 1P46A 5A3EA 1IP4A 4H9CA 1P3NA 1HMLA 1LMOA 3HTFA 198LA 1UIAA 4GN4A 1RI8B 1LYJA 1PQDA 235LA 3DN1A 5I4XA 2RB0X 3CT1A 1HMKA 2H9KA 3W3EA 3W6DA 1GFEA 1OV7A 3AYQA 3AZ5A 2DQIY 1YAMA 4DJHA 5FELA 1L61A 3LZMA 1D3MA 205LA 1L92A 3AZ6A 4DKLA 1B9OA 2ZIJA 4KT3A 1C64A 2O79A 3B0IA 4YOPA 2F4GA 1IP7A 1LSZA 1HFYA 2CWIA 4DAJA 1QIOA 1KW5A 1D2WA 4G49A 4PK0A 1IC5Y 4B4IA 1IP1A 209LA 5I14A 4LYMA 2I25L 1B7SA 3CB7A 1D0LA 1L64A 4GLAA 1PQMA 4I7NA 4IJ4A 1DI4A 190LA 2HULA 4LDLA 5KXSA 4LT2A 3CSZA 1IO5A 1OUJA 1GB3A 4H1PA 1B5VA 1LMNA 139LA 3C7WA 5K7OA 2OTYX 2MEHA 1P64A 1TAYA 1PQIA 1XEPA 1JJ0A 4PGJB 4RW2A 4YXCA 1CJ6A 1L84A 1L22A 1DQJC 1L56A 1L46A 3OE6A 4NGWA 3D9AC 1LW9A 5LVJA 1B7NA 4WM4A 4DD7A 1JTNA 5KXZA 3M3UA 2XJWA 4O34A 5LVHA 4ARJA 1EL1A 4WG7A 1UA6Y 1IOTA 2I6ZA 126LA 1QTKA 2OEAX 247LA 1PS5A 159LA 2ANVA 1L05A 151LA 1Z55A 5LYMA 1CX6A 1QTEA 1GBSA 1TEWA 4DYGA 1C6CA 4L41A 132LA 5APCA 1L44A 4EOFA 1DYDA 5C6LA 1T97A 1L0KA 1IR7A 1IORA 1LZ5A 1FLQA 2H5ZA 4OOOA 2LYZA 5B1GA 5L3IA 1LHLA 5LVKA 1WTHA 1LYFA 2YBMA 4ETEA 9LYZA 220LA 3HWLA 1QTBA 4C5FA 3LYOA 1LJGA 1L87A 2HUMA 4NHTA 1XGRC 4YM8A 1GWDA 2BQEA 111LA 1DKKA 1QT3A 1FBIX 3P64A 3BKVA 1JPOA 1L45A 3WUMA 110LA 4QDNA 4ZIXA 1IY3A 4J1AA 3DN4A 3IJVA 1UIDA 1LYDA 4PRQA 2O7AA 5LAGA 1YL1X 4UWVA 5B06A 4K5YA 1PQOA 127LA 1EQ4A 1DZBX 4DQ5A 3KAMA 5LVIA 4ETDA 4NIJA 6LZMA 2W1YA 2OU9A 242LA 1SWYA 1L82A 3SB5A 5DLAA 3WULA 4R0FA 1E8LA 169LA 228LA 211LA 3ODUA 1L33A 1XGUC 2BQFA 1L29A 1LSAA 1NBZC 1UCOA 1QS9A 3GXRA 3ATNA 1LJNA 2G4QA 1LZCA 2F30A 2YBHA 1L73A 1GD6A 199LA 1LGXA 1GHLA 1LJHA 226LA 1J1PY 3T36A 1CKCA 4QGZA 2RBOA 2HU1A 1DPWA 2EKSC 3TXEA 1LHMA 2HTXA 4TSCA 4HPIA 3HT8A 4LYZA 1TBYA 2Z2FA 181LA 4WLDA 1QSQA 4W59A 5LA5A 1LZ8A 4YEMA 4I7PA 4RLNA 1GEVA 1D6QA 3DN3A 4GBRB 1BWIA 3A95A 2DQJY 4H9EA 1GXV2 4ARLA 4A7DA 1C43A 2B6XA 1G7IC 2MEGA 4H9IA 2AUBA 1CJ8A 1L28A 4DC4A 114LA 1GAZA 4ETCA 1C63A 4H8YA 3TXJA 4DT3A 3B0OA 4XJIA 239LA 4BS7A 2BQMA 4I7OA 3HH5A 1IC7Y 1QUDA 1I1ZA 3AW6A 3OJPA 1JKBA 2BQKA 3EMSA 149LA 5HMVA 1C6QA 3TMWA 4B0DA 1O23A 2NTGA 1VDQA 5B07A 3D4SA 2LYMA 2ZIKA 3CDQA 1UIHA 4WM2A 6LYZA 1CJ9A 5KY1A 243LA 4NGYA 1VEDA 1L63A 1G06A 4NG8A 4EKQA 1G07A 1TCYA 3WMKA 1J1XY 4H9FA 1NBYC 222LA 4HTNA 5F9XA 4N9RA 1D0KA 4B1AA 1ZVYB 1YKZX 4GCBA 4DDCA 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4N1CC 4W94A 1V7SA 1VDSA 1GE3A 1CU3A 5HQ1A 1VDPA 3DMXA 5LIOA 104LA 258LA 4I0CA 3HT6A 4WLTA 168LA 1YILA 1SSWA 2LCBA 1L10A 4NSIA 5I4WA 4LYCA 3GUPA 1REYA 3DN2A 4GCCA 3T6UA 1QT6A 3A93A 4EKPA 3JR6A 3TMXA 1BGIA 2D91A 2ZQ4A 1CJ7A 5KXLA 4WG1A 4RLMA 2XQOA 2RBQA 1UBZA 1C6FA 229LA 1GFVA 2QB0B 5JENB 175LA 1TDYA 1BB6A 238LA 1GAYA 1YAPA 256LA 3HTDA 1BHZA 2RBRA 4B4JA 145LA 2DQAA 1B0DA 3EXDA 5LVGA 4IATA 4R6CA 4W57A 1IWYA 3AGIA 3G3BB 1OUDA 2B75A 4I7LA 2G4PA 3PDSA 4I7SA 1CUPA 1YKYX 4GCFA 1P2CC 3HT7A 4YF2A 1LSEA 1GE1A 1GF0A 1D3FA 1L08A 2F47A 4LT1A 1BB3A 1GBWA 1L51A 1LSYA 4ARMB 1L38A 4DWXA 4NHPA 1K28A 4OWBA 1JITA 1L19A 1L76A 1QUOA 2RBSA 2RB1X 1GEZA 4G4BA 1L65A 1LMTA 1GB9A 1B5YA 3CSQA 4P2EA 1L54A 154LA 3SB8A 1L69A 1L66A 1XGPC 1CV1A 1GF4A 1QTVA 1CV0A 1C7PA 5LXWA 1ZWNA 5APEA 1G0JA 1P36A 5ILCA 3A8ZA 3P66A 3FADA 1L93A 2FYDA 5L3HA 2HECA 4WM1A 3J4GA 5APFA 3EBAB 2OE7X 1OYUA 5M1YA 1H87A 1L24A 4EPFA 1L74A 2MEEA 3W6AA 1ZMYL 212LA 166LA 4TTDA 1IY4A 5B1FA 1CVKA 3SBBC 189LA 1BB7A 1P56A 5C6JA 4CJ2A 4NGIA 4IASA 246LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1G0M A;  1L12 A;  259L A;  1LYH A;  4LYO A;  1HSX A;  3ZVQ B;  5I53 A;  3GUN A;  157L A;  2DQG Y;  167L A;  1I6S A;  4WL7 A;  3CT5 A;  1KXX A;  5FDJ A;  2F2Q A;  1WQO A;  262L A;  4H93 A;  3C8Q A;  4CFP A;  1I20 A;  1GE2 A;  3V2Y A;  2BQC A;  2HED A;  4NHS A;  1L21 A;  3N9C A;  1L85 A;  1GF8 A;  148L E;  5HMJ A;  1GF5 A;  2BQG A;  2B74 A;  1UAC Y;  1DXJ A;  5KXY A;  4H91 A;  3LN2 A;  1C08 C;  4NY5 A;  1QSB A;  1KNI A;  1WQM A;  183L A;  4J0L A;  1H6M A;  3J6K A;  3WPL A;  4ET8 A;  2LC9 A;  2W1X A;  3G3A B;  4UWU A;  5KKJ A;  1IWV A;  2B73 A;  1OUA A;  4B4E A;  3CQL A;  171L A;  1XGT C;  2OU8 A;  1MLC E;  3FI5 A;  4AXT A;  1REM A;  1HEP A;  1P37 A;  1L13 A;  4NWE A;  4XN6 A;  3WVX A;  4XJF A;  1L57 A;  3A6B Y;  3LHM A;  2Z6B A;  1UIC A;  1G7M C;  3CSR A;  5A3Z A;  1C6J A;  4W54 A;  3E3D A;  1F6S A;  4H9B A;  2MED A;  102L A;  1XJU A;  3LZ2 A;  2EPE A;  184L A;  2MEF A;  1UIE A;  1BWJ A;  5E4P A;  3NY9 A;  1CU0 A;  2EIZ C;  2XTH A;  2B7X A;  1BVK C;  3HTG A;  4H92 A;  3AJN A;  1CKG A;  1GFA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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