4PRUA

Crystal structure of dimethyllysine hen egg-white lysozyme in complex with sclx4 at 2.2 a resolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
128
structure length
123
Chain Sequence
VFGRCELAAAMRHGLDNYRGYSLGNWVCAAFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAIVSDGNGMNAWVAWRNRCGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Structural study of a small molecule receptor bound to dimethyllysine in lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 40
structure length 123
sequence length 128
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pruA00
4H9AA 4QDNA 4LZTA 1DI3A 2DBTA 1LHIA 1IR8A 1KIRC 3LYOA 3TXDA 5HMVA 4LYTA 3D9AC 5KXMA 2BQFA 3GXKA 1JJ3A 5FSTA 1BWHA 2VB1A 4ET9A 2FBDA 3P64A 1YANA 1DPWA 3AZ6A 1GE1A 1HF4A 1I20A 2Z19A 3W6AA 1NF5A 1J1OY 4B4EA 4LYOA 1GF5A 2BQCA 1UIBA 2F4AA 2MEFA 1HSXA 1GEZA 1KXXA 1LHMA 3WUNA 1GFAA 1EQ5A 2B5ZA 1VDPA 1EL1A 1JWRA 1LZYA 1RE2A 4XJHA 2CDSA 4CFPA 4OWCA 5DN5A 4KT3A 1CJ8A 4PGJB 2EIZC 3LYZA 4NHPA 3W6EA 1GXV2 2Q0MX 3HFMY 1WQPA 1GDXA 3A34A 4MSTA 4R0FA 1GB9A 5APCA 1B7RA 1LSCA 3RNXA 5L9JA 1G7LC 1VDTA 1GF4A 4MR1A 3CSZA 4GCEA 2MECA 5B1GA 2G4NA 4OW1A 1IP3A 4NHSA 3TXEA 1C43A 1YL1X 3A94A 4ETEA 4XJGA 2CWIA 4YM8A 4PRUA 4ZEEA 4G49A 4NG1A 4RDSA 4NGIA 1GE3A 1GE2A 3QE8A 1QUSA 1G7JC 1CKDA 1LZDA 1REXA 3W6CA 3WPLA 3M18B 4GLAA 1B7PA 2ZNXY 4WLXA 1CJ9A 1LJGA 2MEGA 3EXDA 4HV1A 4BAPA 4YEMA 1HFYA 2YSSC 4PPOA 1E8LA 5KY1A 4B49A 4CFOA 1JTOL 3ATNA 5EBHA 1TEWA 4LFXA 194LA 1VEDA 5LVJA 1YKYX 1XFPL 3OJPA 2YBMA 4J1AA 3FI7A 1D0LA 2LZTA 5A3ZA 1BB7A 4ZFPA 5DLAA 1WQMA 4B1AA 4NGWA 4XN6A 3WUAA 1GFGA 4ETCA 5HNLA 1GFTA 3RT5X 1RCMA 1IP4A 2BQBA 2DQDY 4WO6A 2BQIA 1GFJA 1IWZA 2HEBA 1PS5A 4GLVA 1WVUA 3LHMA 2BQHA 1IWUA 3LN2A 4XADA 1GF9A 3P4ZA 1HEOA 2MEHA 3WULA 4YF2A 1CKCA 1UBZA 1WQQA 1LKSA 4FDYA 1BB4A 1DQJC 1DI4A 2CJLA 4D9ZA 2W1MA 2I25L 2Z38A 3TMUA 5E9RA 2A7DA 1JHLA 1HC0A 4NGZA 3A93A 4WM3A 1IWWA 4LT3A 1RI8B 4H8ZA 4XJDA 4NFVA 1RFPA 1B5ZA 5B07A 3QNGA 5IHGA 2X0AA 2YBHA 3LYTA 2ZIKA 4DYGA 2NWDX 1LYYA 1GWDA 4XJBA 4J7VA 1AKIA 1OUJA 3AGHA 1TCYA 1JJ1A 4DDAA 2G4QA 4LT0A 1IC7Y 3A95A 5DN4A 3OK0A 8LYZA 1VAUA 4DT3A 4WLDA 5FHWA 1GBXA 1IWVA 1LHJA 3A91A 1V7TA 208LA 1IO5A 3ULRA 153LA 1XGUC 3QY4A 5KKJA 1BWIA 1YAPA 1OQMA 1FLQA 1LSEA 1JKBA 5FELA 1JITA 2DKVA 4YEOA 5KXKA 1LSPA 3M3UA 5B05A 1TBYA 4HJYA 1IY3A 3RZ4A 1XGTC 4HJZA 1P2CC 1H6MA 4TSCA 5FCPA 2MEEA 2D4IA 1OUDA 5F9XA 1GF8A 1B5VA 1JSFA 1UCOA 1IWXA 4XENA 3RU5A 4A7DA 4DDCA 3WU8A 1LZ4A 4II8A 2LZ2A 5LVIA 2BQLA 3B6LA 4Z46A 1LJNA 1IVMA 4GCDA 4ZIXA 1W08A 1T6VL 1LJFA 1LZBA 1LMTA 1QUTA 4KXIA 3D3DA 3TMVA 1HFZA 4J1BA 4GN3A 1LZGA 3G3BB 1IY4A 2ZYPA 1LMPA 1LZ5A 5APDA 4LYBA 133LA 1KIQC 1O23A 3HBHA 1LJIA 1GB3A 1ZVYB 4ET8A 134LA 4RW2A 4YOPA 1I56A 4DD3A 1LHHA 1LZCA 1XGRC 4IJ4A 2FBBA 4KPMA 4YENA 5KXNA 1BGIA 1DI5A 2D4KA 4H9FA 2IFFY 3TMWA 1NWGA 3ZVQA 1WVVA 1F6RA 1GXXA 4PRQA 4ETAA 3IJVA 154LA 1UIGA 4OOTA 2Z37A 1JUGA 4RLMA 5I4XA 5A3EA 3TXBA 4EMNA 1GDWA 1N4FA 1B5UA 2Y8PA 1FLUA 3AZ4A 4AXTA 4DD0A 2AUBA 1GAYA 4IASA 1T3PA 1XEIA 3GXRA 1DZBX 3E3DA 1GB0A 1PZYA 4U3XB 3W6FA 1JISA 1H87A 1B0DA 4N1EI 4G9SA 1IOCA 4UWUA 1GB7A 3IJUA 3VWOA 1LZ8A 4H8XA 1OP9B 5FEKA 1B7NA 1DPXA 1LJHA 1XEKA 4W94A 1B2KA 1LPIA 1YIKA 1EQ4A 1FKQA 2D6BA 1LJ4A 4LT1A 4TX7A 5T3FA 1D0KA 1CNSA 1NKHA 4ML7A 3A90A 1GF7A 3A3RX 1DKJA 4Z41A 2ZQ4A 7LYZA 3N9CA 1TAYA 1QTKA 4C5FA 3CT0A 1FKVA 3A92A 3WVXA 1YKZX 4NGOA 4OWAA 1FLYA 1KXWA 1AZFA 5LINA 1GFKA 4H8YA 1BVKC 2W1XA 5AMYA 4NGJA 5LYMA 1IP7A 4H9CA 1LZRA 1B7MA 2XJWA 1QSWA 1IR7A 1D6PA 4NGKA 5KXRA 1HFXA 3MGWA 4H91A 1G7MC 1MELL 2BQEA 2H9JA 1QTEA 1GBSA 4UWNA 2I26L 3B0KA 1GB2A 4GN5C 1FDLY 2I6ZA 4NWEA 3A6CY 2Z2FA 4L41A 1GF3A 1UACY 4TTDA 1LYSA 1JKAA 1WTMA 1GE0A 2YVBA 4LFPA 1LSBA 2FYDA 3WPKA 2BLYA 1XSFA 1RJCB 3FE0A 4QY9A 1D9UA 1F6SA 2GV0A 1AM7A 2HEFA 3A67Y 1C08C 1J1XY 2DQJY 3AW6A 5HLLA 1B5XA 1HENA 2HECA 4WG1A 2BAAA 3KAMA 4TSBA 3LYMA 5M1YA 2ZQ3A 4B0DA 1CKHA 1B5YA 4AGAA 1SQ2L 2HEDA 1LJKA 2MEDA 1KIPC 2DQFC 2ZWBA 4FJRA 3WMKA 2C8OA 3WYHA 6LYTA 2MEBA 3EBAB 4OOOA 3WW5A 5K7OA 3WUMA 1AT5A 1HELA 1GFRA 2BLXA 1LMOA 132LA 2ZNWY 1DKKA 3CSQA 4OWEA 3WXTA 4CJ2A 1QIOA 1KXYA 2DQCY 5LVGA 1HEWA 3F6ZA 5I4YA 5HMJA 4XJIA 1LOZA 1B5WA 1FN5A 4ANRA 1OUEA 1GBWA 5B06A 4CGEA 3HBDA 3P68A 1LSZA 5I4WA 135LA 4H93A 3T36A 2YBIA 1LKRA 1IOSA 1HMKA 1UIHA 4H94A 1WQNA 2IHLA 5I53A 4RW1A 1HEMA 2F4GA 5KKIA 3AB6A 1B7LA 1BB6A 1UC0A 1LMQA 2BQGA 4HPEA 4HP0A 3W6DA 1J1PY 1OUFA 1OUCA 2LYOA 3IWRA 3AZ7A 1IOQA 1D0MA 1JTPL 2DQGY 3W6BA 4LYCA 5II3A 1GB6A 1HERA 1BVXA 5D5FA 4NEBA 4G4CA 4NSIA 4B4IA 1LSAA 1VDQA 3CB7A 2W1YA 4E3UA 1JJ0A 1GBYA 1LAAA 4PJ2C 1REZA 4WL6A 4WM1A 2ZIJA 4LT2A 1NHEA 3B0OA 4XYYA 1GFHA 1LZAA 5FDJA 1GPQC 4DDBA 4ETBA 3TXIA 4WLTA 4NHTA 4P2EA 4TUNA 3HBEX 2H5ZA 1QDRA 2Z12A 1IP2A 1NBYC 1NQIA 3B72A 1IEEA 4NGYA 4WOAA 5F14A 1LSYA 3P65A 4WM6A 4DD2A 3TXHA 1C7PA 3ZVQB 1YROA 1IWYA 5J7CA 5KXPA 5DM9A 1HEPA 4M6DA 1BB3A 4NHQA 2C8PA 2D91A 2XTHA 1G7IC 1NDGC 4N5RA 4NGLA 1A4VA 3G3AB 5LAGA 2MEIA 2BQKA 1LYZA 1GBZA 2DQEY 5KXXA 2DQHY 4WG7A 1B7QA 1LTMA 1V7SA 4PHIA 1LSMA 5D5CA 1JKCA 5B1FA 1YKXX 4HTQA 1GFUA 1LZ6A 1XGQC 2CGIA 5F9UA 1JSEA 4MCKA 3ATOA 1LZTA 1GHLA 1OUAA 4KL7A 5LXWA 2YDGA 4DWXA 4WM2A 1INUA 1LCNA 4QGZA 5F81A 4BADA 3LZ2A 4QEQA 4R6CA 1ZVHL 2HTXA 1ALCA 3LZTA 4O34A 3EMSA 5E4PA 1I1ZA 2HU3A 1BB5A 4N9RA 4NHIA 4H90A 1A2YC 2BQDA 5LYTA 5KXYA 3AW7A 3WU9A 2EQLA 3AGIA 1B9OA 3RW8A 4GN4A 4I8SA 1BQLY 3CSRA 4HTKA 4X3BA 1C10A 1QSAA 1JEFA 5DL9A 1IC5Y 5KXOA 1HNLA 1UIEA 3AZ5A 1UIFA 1LJJA 1NMMA 1GB5A 4WL7A 1B7SA 1IX0A 4C3WA 1OUBA 2YBJA 4TWSA 4LYMA 1TDYA 5C6IA 5LA5A 2EKSC 1F0WA 4HSFA 4NSHA 1HHLA 2G4PA 1ZV5L 5KXLA 4GCBA 4GCCA 1GF0A 2PC2A 4BAFA 5LVKA 3A6BY 1GFVA 1LHLA 2F2NA 3BKVA 3CT5A 1XGPC 2YBNA 3TXGA 4EOFA 4OWBA 1BWJA 3SP3A 3WVYA 1IP5A 2HUBA 4N0JA 1MLCE 4N8ZA 1YAMA 1UICA 3K3TA 4H1PA 9LYZA 3A96A 5L3HA 2ZYCA 3WH1A 3TXKA 6LYZA 1LSDA 1LMNA 1VFBC 1AT6A 4I0CA 1SLYA 5APFA 1G7HC 1YAQA 1W6ZA 3BKHA 4OWHA 4DD7A 1Z55A 2MEAA 1IWTA 5LIOA 1LZNA 5LVHA 5HQ1A 193LA 3EO5A 4GCFA 4HJVA 5KXSA 1GEVA 4ETDA 4H9EA 2DQAA 5LA8A 2XBRA 4NWHA 1OUIA 3AYQA 1LSNA 1CJ7A 1GAZA 2N5ZA 2DQIY 5I54A 4DD1A 1CKFA 4LGKA 1JKDA 1OUGA 3N9EA 1FLWA 4H9IA 1GB8A 1LHKA 5APEA 4G4HA 2Z39A 4G4BA 2EPEA 4NG8A 1IIZA 3T6UA 1UIDA 3WXUA 1C46A 2FYCA 2YBLA 5B59A 2WARA 1GD6A 1IC4Y 1LYOA 1LMCA 4H9BA 4N1CC 2BQJA 1C45A 4NIJA 5IDDA 4CHXA 5HNCA 5KJ9A 5KXTA 1UA6Y 4H92A 1UIAA 1ZMYL 1LJ3A 4DD9A 5ILFA 2HEEA 2Z18A 4NSGA 3A3QA 2BPUA 2BQOA 1IP6A 1LMAA 3N9AA 2LYZA 1LSGA 1YILA 4WO9A 1JIYA 3AGGG 5JENB 2LYMA 2Z2EA 5LAFA 1WTNA 2ZILA 3TXJA 1EQEA 1YQVY 1REMA 4UWVA 1VATA 1WQRA 1GFEA 1HMLA 3TMXA 4W96A 1OUHA 5C6JA 4HV2A 4IATA 1YAOA 1LZEA 1IP1A 1F10A 4NSJA 1IOTA 1UUZC 1VDSA 1GBOA 1GF6A 3A8ZA 4DC4A 1HSWA 5ILCA 4HPIA 1HEQA 2H9KA 4Z98A 3WW6A 4WMGA 4WM5A 5IELA 1QQYA 207LA 4NGVA 3W3EA 5KXZA 5L3IA 2BQAA 4LYZA 1DXJA 4XJFA 5C6LA 1LZ9A 1CJ6A 2RSCA 2LHMA 3WL2A 4HTNA 1REYA 5F16A 5LYZA 1LJEA 4H9HA 3ZEKA 2F30A 4NY5A 1LZSA 4RLNA 2W1LA 1YL0X 1QDTA 4J0LA 2BQNA 2D4JA 5I5QA 1NDMC 4M4OA 4WM4A 3TXFA 1D6QA 1JPOA 2HEAA 1LSFA 3CQLA 3AJNA 2XBSA 4BS7A 4Z3MA 4WLYA 1CKGA 1NBZC 1LZ1A 3P66A 4B4JA 3CT1A 2HU1A 2A7FA 5KXWA 3J4GA 3J6KA 3WPJA 1B7OA 1WQOA 3B0IA 1XEJA 1FBIX 1IR9A 1BHZA 1GE4A 3WU7A 1IORA 1JTTL 2BQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H9AA 1C6NA 123LA 3D9AC 1BWHA 1P56A 1YANA 1DPWA 1HF4A 1I20A 1NF5A 1L53A 4LYOA 3DKEX 177LA 1L71A 4YXAC 1CX7A 1QUOA 1LZYA 1L00A 1C68A 3LYZA 4NHPA 1QTHA 1L34A 1B7RA 1LSCA 1CU6A 141LA 1L89A 115LA 1GF4A 4MR1A 3CSZA 5B1GA 2G4NA 4OW1A 3A94A 1C6FA 3CDVA 1L17A 2CWIA 4ZEEA 4G49A 4NG1A 1GE3A 1G7JC 1LZDA 1REXA 3W6CA 4GLAA 4YEMA 3SB6A 1VEDA 1YKYX 3OJPA 150LA 2YBMA 1WQMA 4B1AA 4XN6A 4ETCA 5HNLA 3RT5X 2BQBA 2DQDY 4WO6A 1WVUA 1IWUA 3LN2A 1GF9A 1LKSA 1BB4A 4D9ZA 1KW7A 2I25L 1C6HA 3TMUA 1OVHA 2A7DA 4WM3A 4NFVA 2LC9A 2B74A 1LYYA 1SWZA 4DDAA 2G4QA 3A95A 1VAUA 5FHWA 4ARJA 1IWVA 1LHJA 1JTMA 1L38A 1IO5A 3ULRA 1JITA 4I7NA 2O4WA 1TBYA 4HJYA 1IY3A 3RZ4A 1XGTC 1L90A 5FCPA 1CV3A 1H6MA 4TSCA 2MEEA 3DN3A 1IWXA 3RU5A 4II8A 1IVMA 4CJ2A 1LJFA 3D3DA 1L19A 2B6ZA 4J1BA 4GN3A 1ZYTA 1LZGA 1IY4A 4LYBA 138LA 134LA 1P2RA 2OE7X 2Z6BA 3NY8A 4IJ4A 245LA 3ZVQA 2IFFY 1NWGA 4K5YA 154LA 4OOTA 5A3EA 4EMNA 1N4FA 1B5UA 149LA 3AZ4A 4IASA 1T3PA 1C62A 1PZYA 1QTZA 1L79A 2NTHA 1IOCA 4G9SA 1L41A 1GB7A 5FEKA 4EPIA 1LJHA 1QTBA 1LPIA 1YIKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H9A A;  4QDN A;  4LZT A;  1DI3 A;  2DBT A;  1LHI A;  1IR8 A;  1KIR C;  3LYO A;  3TXD A;  5HMV A;  4LYT A;  3D9A C;  5KXM A;  2BQF A;  3GXK A;  1JJ3 A;  5FST A;  1BWH A;  2VB1 A;  4ET9 A;  2FBD A;  3P64 A;  1YAN A;  1DPW A;  3AZ6 A;  1GE1 A;  1HF4 A;  1I20 A;  2Z19 A;  3W6A A;  1NF5 A;  1J1O Y;  4B4E A;  4LYO A;  1GF5 A;  2BQC A;  1UIB A;  2F4A A;  2MEF A;  1HSX A;  1GEZ A;  1KXX A;  1LHM A;  3WUN A;  1GFA A;  1EQ5 A;  2B5Z A;  1VDP A;  1EL1 A;  1JWR A;  1LZY A;  1RE2 A;  4XJH A;  2CDS A;  4CFP A;  4OWC A;  5DN5 A;  4KT3 A;  1CJ8 A;  4PGJ B;  2EIZ C;  3LYZ A;  4NHP A;  3W6E A;  1GXV 2;  2Q0M X;  3HFM Y;  1WQP A;  1GDX A;  3A34 A;  4MST A;  4R0F A;  1GB9 A;  5APC A;  1B7R A;  1LSC A;  3RNX A;  5L9J A;  1G7L C;  1VDT A;  1GF4 A;  4MR1 A;  3CSZ A;  4GCE A;  2MEC A;  5B1G A;  2G4N A;  4OW1 A;  1IP3 A;  4NHS A;  3TXE A;  1C43 A;  1YL1 X;  3A94 A;  4ETE A;  4XJG A;  2CWI A;  4YM8 A;  4PRU A;  4ZEE A;  4G49 A;  4NG1 A;  4RDS A;  4NGI A;  1GE3 A;  1GE2 A;  3QE8 A;  1QUS A;  1G7J C;  1CKD A;  1LZD A; 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 1LMC A;  4H9B A;  4N1C C;  2BQJ A;  1C45 A;  4NIJ A;  5IDD A;  4CHX A;  5HNC A;  5KJ9 A;  5KXT A;  1UA6 Y;  4H92 A;  1UIA A;  1ZMY L;  1LJ3 A;  4DD9 A;  5ILF A;  2HEE A;  2Z18 A;  4NSG A;  3A3Q A;  2BPU A;  2BQO A;  1IP6 A;  1LMA A;  3N9A A;  2LYZ A;  1LSG A;  1YIL A;  4WO9 A;  1JIY A;  3AGG G;  5JEN B;  2LYM A;  2Z2E A;  5LAF A;  1WTN A;  2ZIL A;  3TXJ A;  1EQE A;  1YQV Y;  1REM A;  4UWV A;  1VAT A;  1WQR A;  1GFE A;  1HML A;  3TMX A;  4W96 A;  1OUH A;  5C6J A;  4HV2 A;  4IAT A;  1YAO A;  1LZE A;  1IP1 A;  1F10 A;  4NSJ A;  1IOT A;  1UUZ C;  1VDS A;  1GBO A;  1GF6 A;  3A8Z A;  4DC4 A;  1HSW A;  5ILC A;  4HPI A;  1HEQ A;  2H9K A;  4Z98 A;  3WW6 A;  4WMG A;  4WM5 A;  5IEL A;  1QQY A;  207L A;  4NGV A;  3W3E A;  5KXZ A;  5L3I A;  2BQA A;  4LYZ A;  1DXJ A;  4XJF A;  5C6L A;  1LZ9 A;  1CJ6 A;  2RSC A;  2LHM A;  3WL2 A;  4HTN A;  1REY A;  5F16 A;  5LYZ A;  1LJE A;  4H9H A;  3ZEK A;  2F30 A;  4NY5 A;  1LZS A;  4RLN A;  2W1L A;  1YL0 X;  1QDT A;  4J0L A;  2BQN A;  2D4J A;  5I5Q A;  1NDM C;  4M4O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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