4QGZA

X-ray structure of the adduct formed between hen egg white lysozyme and trans-dimethylamine methylamine dichlorido platinum(ii)
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Interactions between Anticancer trans-Platinum Compounds and Proteins: Crystal Structures and ESI-MS Spectra of Two Protein Adducts of trans-(Dimethylamino)(methylamino)dichloridoplatinum(II).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4qgzA00
4NHSA 5DN4A 1B7SA 5APCA 4GN4A 2IFFY 1AT5A 1JPOA 194LA 1NBYC 1QDRA 4G4BA 154LA 5T3FA 1QIOA 1WVUA 3AJNA 4NGVA 5LVIA 4G4CA 1B7OA 1UUZC 2MEFA 4B4JA 1TDYA 1WVVA 4OWAA 3HBDA 3WUNA 1GXV2 1GFAA 1NWGA 1GBOA 1IEEA 4MCKA 4ETDA 4RLMA 1UC0A 3QY4A 4H9CA 1LSCA 4YEMA 3J4GA 1REMA 1IP6A 2CGIA 1HSWA 3A95A 3EXDA 2DQJY 3FE0A 1IWWA 1LAAA 1BWJA 1KXYA 1GDXA 1IO5A 1C08C 1CKDA 3P64A 4CJ2A 4OWCA 4UWVA 4H9HA 1MELL 3WU8A 1Z55A 4DD1A 3A90A 5FHWA 4ETCA 3N9CA 7LYZA 4M6DA 1RJCB 1WQQA 5F9XA 2EPEA 3QNGA 2BQLA 1XEKA 2HU3A 4WM1A 3W6DA 4Z41A 1VATA 5LXWA 2CDSA 1HEWA 2CWIA 3CSRA 4QDNA 4XJIA 3RU5A 3AW6A 1GB5A 1V7SA 2Y8PA 2HEFA 1DI5A 5KJ9A 3W3EA 1GF5A 3A6CY 3AGGG 1XGRC 1NF5A 3TXJA 5I54A 1BVKC 1GFTA 4YENA 4O34A 2HEEA 1DI4A 2ZWBA 5A3ZA 1B7PA 1LSNA 2LHMA 2D91A 2XBSA 6LYZA 3WVYA 2ZIJA 1OUGA 1BB4A 1LZTA 4H1PA 1LTMA 1IC4Y 4NY5A 4H9BA 1LSMA 2HU1A 4ET9A 4NGOA 5B1FA 1D6QA 3A91A 4HJVA 1UACY 1LJ3A 3TMVA 3ZVQB 1VDPA 5KXRA 1QTKA 1D6PA 1BWIA 1HNLA 3TXKA 1TAYA 1OQMA 4PGJB 4LYCA 5L9JA 4WG1A 2A7FA 2YBJA 2ZILA 3F6ZA 5KXZA 1A4VA 3WXTA 1C10A 1D0MA 2HEDA 4NSIA 5KKIA 5B05A 4GN3A 1LZAA 1GAYA 1XEIA 1GF3A 2LYZA 1CJ7A 5FSTA 2HEAA 5LA8A 3TXDA 4XENA 1GBWA 3A92A 3TXEA 153LA 1NKHA 2EIZC 3M3UA 4RW2A 5LA5A 1XSFA 1DI3A 2HEBA 4GLAA 1GE3A 1FLUA 4LFPA 3EBAB 1BB7A 4OWEA 2IHLA 5ILCA 5LAFA 1IWVA 1LHJA 2XJWA 4GCEA 4X3BA 2BQDA 4DT3A 1BVXA 4GCCA 4PJ2C 4DDBA 3CT0A 4ZIXA 3ZEKA 1E8LA 1MLCE 3VWOA 3WW5A 1CKFA 2YBLA 5KKJA 1GFUA 4ML7A 1FKQA 2MEIA 4RW1A 5C6LA 2FBBA 1GFJA 1LYYA 1REYA 4TSBA 5F81A 2YDGA 2DQHY 3LZ2A 4CGEA 1LZ1A 1D0KA 1D9UA 1OUJA 4WM6A 1JSFA 2BAAA 2D4KA 1YAOA 2Z39A 4KT3A 2DQAA 1FLWA 1RCMA 1UCOA 3LYZA 4TTDA 3TXFA 1VEDA 1LJJA 5HQ1A 2MEHA 1GE1A 1GF9A 1QSAA 193LA 1RE2A 3GXKA 4N9RA 1IP4A 1BHZA 1LMNA 4DWXA 2X0AA 4H9IA 1LMAA 2G4QA 1LPIA 2YVBA 1BGIA 1GF0A 4AXTA 3B0IA 5B59A 1HC0A 5F9UA 2Z19A 1YKZX 4WM3A 5LINA 3WU7A 1LZBA 208LA 1LSEA 5ILFA 1LSDA 1LKSA 1LZDA 1LSAA 1B9OA 135LA 4HPIA 1JJ0A 1IIZA 1VDQA 1LJEA 1YL1X 3ATNA 4NG1A 1D0LA 1UIHA 2FYDA 1IC5Y 2Z18A 4HJZA 1LJ4A 3A6BY 4P2EA 4XYYA 4QY9A 4LZTA 1B5XA 4LT0A 1LSYA 1UIDA 132LA 1B2KA 1LCNA 4HV2A 1IC7Y 1OUBA 4PRQA 1F6RA 1KXWA 2Z38A 3CT1A 1FKVA 1WQNA 4G9SA 4N0JA 5I53A 1LSGA 1LZ4A 1UIEA 2GV0A 2ZNWY 1J1OY 3P4ZA 5LYZA 4B4IA 1JHLA 3KAMA 4DD3A 2W1LA 4H91A 4NSHA 5LVHA 3IWRA 1LJFA 5LIOA 1AT6A 2D6BA 4ET8A 2MEDA 1ZMYL 3TMUA 1GEVA 2Z37A 4TUNA 2G4PA 3W6EA 4H94A 1TEWA 1GDWA 3G3AB 1HEMA 1JKBA 1XGTC 2DQIY 3WUAA 1UIBA 2D4IA 1LYZA 1F6SA 1JTTL 1YANA 4LT3A 1GE0A 2W1MA 4NG8A 5F14A 1XEJA 4NFVA 1YROA 1G7JC 1HF4A 1JTPL 2W1XA 1LSBA 1LMTA 4J1BA 2VB1A 4J1AA 5DLAA 1G7HC 2BLXA 2DKVA 3D9AC 1IP5A 5DN5A 1JITA 1WTNA 1BB5A 3P65A 4II8A 4H9AA 3W6BA 1HSXA 1F0WA 1WQMA 2F4AA 2Q0MX 4DC4A 1GB8A 3BKVA 2AUBA 3SP3A 1LYSA 2XTHA 3OJPA 3TMWA 1GAZA 1YKXX 4NGIA 5II3A 4NGYA 1XGPC 1YIKA 1FBIX 1GBYA 1GBSA 4XJGA 5I5QA 2HUBA 4H9EA 4BS7A 5KXNA 5KXWA 4KXIA 4LYZA 4NWEA 2NWDX 1LSFA 4GN5C 5A3EA 1I56A 4LGKA 3P66A 4NHPA 3A3QA 4NSJA 2ZNXY 1IVMA 3T36A 3AZ5A 5KXXA 3WPLA 4NEBA 1JJ3A 4RLNA 5KXKA 2ZQ3A 4KL7A 5KXMA 4TX7A 2BQNA 3K3TA 3LN2A 4J0LA 4NGWA 1C45A 2ZIKA 1QDTA 1LZ6A 1LZYA 1B5YA 2FBDA 1CKHA 2BPUA 2MEBA 1VAUA 2YBNA 2Z12A 1XFPL 1LHKA 1JEFA 1C43A 4YM8A 4FJRA 1DQJC 1WTMA 1GFGA 3LZTA 1B7MA 4HP0A 1GE2A 4NSGA 2LZTA 4WLYA 2ZQ4A 3BKHA 3HFMY 3B0OA 3LYTA 4GLVA 1C46A 5J7CA 1LHHA 5E9RA 4HTQA 3M18B 4WM4A 3AB6A 1UA6Y 1FDLY 4QGZA 1ZVYB 1UIGA 2YBMA 5FDJA 3RW8A 4E3UA 5LYMA 1LZCA 1RFPA 1IX0A 4WLTA 4IATA 1RI8B 1NHEA 3GXRA 1GD6A 4KPMA 5HMJA 3HBHA 4WOAA 1LOZA 1ZV5L 1LHIA 1HERA 1LZNA 3A3RX 3G3BB 1BQLY 1EL1A 1OUEA 3W6AA 2DBTA 1BB6A 2H9KA 4WM5A 1W08A 1SLYA 1OUDA 1YAMA 2A7DA 4NIJA 1FN5A 4ETBA 5LYTA 4MSTA 5HLLA 1REXA 4HJYA 4EMNA 4ANRA 1HMKA 1TCYA 1B7RA 1IORA 3P68A 1DXJA 2W1YA 1IP3A 3RNXA 3QE8A 1F10A 1HELA 2BQIA 4RDSA 4DD7A 1GF6A 2BQFA 1GPQC 1IY3A 1LSPA 1GFEA 1HEOA 1B5ZA 1GFRA 1DPXA 1HHLA 5I4YA 2Z2EA 4PPOA 5KXLA 4PRUA 1SQ2L 1YKYX 5FELA 1EQ4A 2BQJA 4ETAA 6LYTA 4LYOA 1WQOA 1B5WA 1NMMA 3J6KA 1GBZA 1IP7A 2H5ZA 2BQGA 1LZGA 1IOTA 1IWYA 1G7MC 1IR7A 3WMKA 3WPKA 4YEOA 1KXXA 4YOPA 1IOQA 3RZ4A 3WULA 2I25L 4NGKA 3N9EA 4OOOA 2WARA 1PZYA 2ZYCA 4OWBA 8LYZA 1IR9A 1IWTA 1IWXA 2BLYA 4NGZA 3WYHA 1HFZA 4DDAA 2DQEY 1GF8A 2DQDY 2BQKA 207LA 4XJHA 4GCBA 4H9FA 1LZRA 2BQAA 4IASA 4HSFA 4HTKA 3LYOA 1ALCA 5K7OA 3ATOA 1LZEA 3MGWA 5HNLA 1CJ6A 5KXPA 3WVXA 5B07A 4WO9A 4CFOA 1OUCA 9LYZA 1GWDA 4BAFA 2D4JA 134LA 2MEGA 2BQMA 1O23A 3AZ7A 2CJLA 5IDDA 3A34A 3A96A 4DD0A 1JKAA 1UIFA 1GB7A 2F4GA 2C8OA 4C5FA 1OUAA 2EQLA 4WMGA 5I4WA 4OW1A 5EBHA 1QQYA 4LT1A 3B6LA 4NHQA 1EQ5A 1N4FA 4HPEA 3B72A 1B5VA 3IJUA 5LVKA 3WH1A 3WUMA 3HBEX 1LJKA 5KXOA 1W6ZA 2Z2FA 1YAPA 3FI7A 1DKKA 5C6IA 1DKJA 1YQVY 4XJDA 4H93A 1GB9A 3EMSA 1QUSA 4C3WA 2BQBA 4M4OA 4J7VA 4DD9A 3CSQA 5IHGA 2RSCA 1UICA 1JIYA 2I26L 1HEPA 1LJHA 1LZ8A 1OUFA 2G4NA 1TBYA 1HFXA 3LHMA 4QEQA 4Z46A 2BQCA 1BB3A 1LKRA 4Z3MA 4UWNA 1H87A 4WLXA 3WL2A 133LA 1NDMC 4XJBA 3E3DA 2MEEA 5HMVA 3OK0A 1HFYA 1JUGA 1VDTA 5KXTA 3W6FA 2YSSC 4W94A 2BQHA 5B06A 5E4PA 4N8ZA 1OP9B 3A8ZA 4NGJA 4XN6A 1REZA 1B7LA 1EQEA 1YL0X 4MR1A 4R0FA 3TXBA 4XJFA 1BWHA 3TXGA 3ULRA 3WU9A 1JISA 4FDYA 5KXYA 5LAGA 4CHXA 1QUTA 1PS5A 1V7TA 2LYMA 1A2YC 1I1ZA 1GE4A 1UBZA 1LMCA 4LT2A 1HMLA 2F2NA 1IP1A 1P2CC 4NHIA 5LVJA 4TSCA 1JSEA 4YF2A 1WQPA 1GFVA 1LJIA 1FLYA 4G4HA 2BQEA 1J1PY 4H92A 5APEA 2MECA 3N9AA 1HEQA 4OWHA 4GCFA 1LZSA 4NHTA 1T3PA 3A67Y 4WLDA 4B1AA 4A7DA 5L3HA 1B0DA 1AZFA 1CNSA 4UWUA 4WL7A 1B7NA 5M1YA 1GB0A 1LYOA 2I6ZA 1XGUC 4DD2A 4Z98A 1JTOL 5APFA 1IY4A 5FCPA 1IWUA 4I8SA 4LYBA 1OUIA 1WQRA 5KY1A 1LJGA 2H9JA 3AW7A 1NQIA 5F16A 1KIRC 2XBRA 4EOFA 4CFPA 1HENA 1GFHA 1GXXA 4ZFPA 1LMQA 2DQCY 1VFBC 1JKCA 3AYQA 1I20A 2YBHA 4DDCA 5B1GA 2LZ2A 4DYGA 2EKSC 4HTNA 4N1CC 3EO5A 3CSZA 1LZ5A 1DZBX 2LYOA 1DPWA 3A94A 1CKGA 3CQLA 1JKDA 3AZ6A 1GB3A 4H8ZA 4H8YA 1QSWA 4IJ4A 1IOCA 1UIAA 3B0KA 5I4XA 1IOSA 3WXUA 1H6MA 1C7PA 2C8PA 1YILA 1GF4A 1LJNA 1NDGC 1T6VL 2HTXA 2YBIA 2DQGY 4W96A 4N1EI 4WM2A 4NWHA 1LZ9A 1OUHA 1KIQC 5DM9A 5L3IA 1IR8A 4NGLA 1JWRA 3CB7A 3WPJA 4TWSA 5KXSA 3ZVQA 1J1XY 3RT5X 1G7IC 4AGAA 3A93A 1G7LC 2F30A 4R6CA 4N5RA 4HV1A 5D5FA 3CT5A 3W6CA 4ZEEA 4XADA 2N5ZA 1GB6A 1IWZA 2PC2A 1IP2A 4LFXA 4H8XA 1QTEA 1AKIA 1B5UA 4WL6A 5FEKA 3LYMA 1INUA 1GHLA 4G49A 3TMXA 1LMOA 2B5ZA 1CJ8A 1VDSA 5IELA 5LVGA 1JJ1A 1GB2A 3T6UA 1NBZC 4B4EA 4D9ZA 3AGHA 1B7QA 5C6JA 4BAPA 1ZVHL 2BQOA 2DQFC 3TXIA 2HECA 3AGIA 5AMYA 4ETEA 5HNCA 1GBXA 1LSZA 1XGQC 1FLQA 1CJ9A 5APDA 1GF7A 1GEZA 1LHLA 5JENB 1LHMA 4LYMA 1LMPA 3AZ4A 1KIPC 4OOTA 4WG7A 4B49A 4U3XB 4I0CA 4B0DA 2MEAA 1YAQA 1CKCA 4WO6A 5D5CA 1GFKA 3IJVA 3WW6A 1AM7A 4L41A 3D3DA 2ZYPA 3TXHA 4GCDA 2FYCA 4PHIA 5DL9A 4LYTA 4BADA 4H90A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HTDA 1AT5A 2F47A 1QDRA 4G4BA 154LA 1QIOA 1WVUA 4GBRB 229LA 3AJNA 5LVIA 4G4CA 1L95A 1TDYA 4OWAA 3HBDA 3WUNA 1NWGA 114LA 162LA 1GBOA 1L30A 4ETDA 3QY4A 3J4GA 2CUUA 1REMA 4OO9A 1IO5A 1CKDA 4OWCA 1MELL 3LZMA 4DD1A 1C6LA 5FHWA 5F9XA 2BQLA 3HH6A 2CDSA 4QDNA 3RU5A 3A6CY 1L41A 1XGRC 5I54A 1OWZA 2HEEA 1DI4A 5A3ZA 1B7PA 2LHMA 2ZIJA 1QTHA 243LA 5B1FA 3A91A 3C8SA 1UACY 2A7FA 2RBSA 1A4VA 1D0MA 4GN3A 1DYCA 1GAYA 1T6HA 1CJ7A 2HEAA 3HU8A 3TXDA 3A92A 3TXEA 1L79A 1NKHA 2EIZC 3CDTA 231LA 1DI3A 1GE3A 1FLUA 1L47A 4LFPA 4OWEA 2IHLA 4PJ2C 2OU8A 3CT0A 3NYAA 2YBLA 1FKQA 2MEIA 4RW1A 3SB6A 4DQ7A 5F81A 1REYA 4CGEA 1LZ1A 4WM6A 1YAOA 4W58A 115LA 2B72A 1FLWA 3LYZA 1L05A 3TXFA 1VEDA 1L53A 4W55A 4N9RA 1IP4A 1LYHA 1BHZA 1LMNA 1QT6A 2X0AA 2B75A 3FA0A 1GF0A 4ARLA 4WM3A 3WU7A 1L19A 1B6IA 131LA 3HUQA 1LSDA 1LKSA 254LA 4HPIA 1I6SA 1L36A 3RUNA 1YL1X 3ATNA 1C68A 4NG1A 1C65A 1SSWA 122LA 1LSYA 1OUBA 1F6RA 1WQNA 4N0JA 5L9JA 1UIEA 1LZ4A 3KAMA 2W1LA 4NSHA 4LDLA 3DN3A 2D6BA 1GEVA 4TUNA 155LA 1TEWA 3DMZA 2DQIY 3WUAA 1UIBA 1L13A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NHS A;  5DN4 A;  1B7S A;  5APC A;  4GN4 A;  2IFF Y;  1AT5 A;  1JPO A;  194L A;  1NBY C;  1QDR A;  4G4B A;  154L A;  5T3F A;  1QIO A;  1WVU A;  3AJN A;  4NGV A;  5LVI A;  4G4C A;  1B7O A;  1UUZ C;  2MEF A;  4B4J A;  1TDY A;  1WVV A;  4OWA A;  3HBD A;  3WUN A;  1GXV 2;  1GFA A;  1NWG A;  1GBO A;  1IEE A;  4MCK A;  4ETD A;  4RLM A;  1UC0 A;  3QY4 A;  4H9C A;  1LSC A;  4YEM A;  3J4G A;  1REM A;  1IP6 A;  2CGI A;  1HSW A;  3A95 A;  3EXD A;  2DQJ Y;  3FE0 A;  1IWW A;  1LAA A;  1BWJ A;  1KXY A;  1GDX A;  1IO5 A;  1C08 C;  1CKD A;  3P64 A;  4CJ2 A;  4OWC A;  4UWV A;  4H9H A;  1MEL L;  3WU8 A;  1Z55 A;  4DD1 A;  3A90 A;  5FHW A;  4ETC A;  3N9C A;  7LYZ A;  4M6D A;  1RJC B;  1WQQ A;  5F9X A;  2EPE A;  3QNG A;  2BQL A;  1XEK A;  2HU3 A;  4WM1 A;  3W6D A;  4Z41 A;  1VAT A;  5LXW A;  2CDS A;  1HEW A;  2CWI A;  3CSR A;  4QDN A;  4XJI A;  3RU5 A;  3AW6 A;  1GB5 A;  1V7S A;  2Y8P A;  2HEF A;  1DI5 A;  5KJ9 A;  3W3E A;  1GF5 A;  3A6C Y;  3AGG G;  1XGR C;  1NF5 A;  3TXJ A;  5I54 A;  1BVK C;  1GFT A;  4YEN A; 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 3EO5 A;  3CSZ A;  1LZ5 A;  1DZB X;  2LYO A;  1DPW A;  3A94 A;  1CKG A;  3CQL A;  1JKD A;  3AZ6 A;  1GB3 A;  4H8Z A;  4H8Y A;  1QSW A;  4IJ4 A;  1IOC A;  1UIA A;  3B0K A;  5I4X A;  1IOS A;  3WXU A;  1H6M A;  1C7P A;  2C8P A;  1YIL A;  1GF4 A;  1LJN A;  1NDG C;  1T6V L;  2HTX A;  2YBI A;  2DQG Y;  4W96 A;  4N1E I;  4WM2 A;  4NWH A;  1LZ9 A;  1OUH A;  1KIQ C;  5DM9 A;  5L3I A;  1IR8 A;  4NGL A;  1JWR A;  3CB7 A;  3WPJ A;  4TWS A;  5KXS A;  3ZVQ A;  1J1X Y;  3RT5 X;  1G7I C;  4AGA A;  3A93 A;  1G7L C;  2F30 A;  4R6C A;  4N5R A;  4HV1 A;  5D5F A;  3CT5 A;  3W6C A;  4ZEE A;  4XAD A;  2N5Z A;  1GB6 A;  1IWZ A;  2PC2 A;  1IP2 A;  4LFX A;  4H8X A;  1QTE A;  1AKI A;  1B5U A;  4WL6 A;  5FEK A;  3LYM A;  1INU A;  1GHL A;  4G49 A;  3TMX A;  1LMO A;  2B5Z A;  1CJ8 A;  1VDS A;  5IEL A;  5LVG A;  1JJ1 A;  1GB2 A;  3T6U A;  1NBZ C;  4B4E A;  4D9Z A;  3AGH A;  1B7Q A;  5C6J A;  4BAP A;  1ZVH L;  2BQO A;  2DQF C;  3TXI A;  2HEC A;  3AGI A;  5AMY A;  4ETE A;  5HNC A;  1GBX A;  1LSZ A;  1XGQ C;  1FLQ A;  1CJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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