4RW2A

Hen egg-white lysozyme structure from a spent-beam experiment at lcls: refocused beam
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization and use of the spent beam for serial operation of LCLS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4rw2A00
5KXLA 4LT0A 1LSPA 1GHLA 3T36A 1WQNA 1B2KA 4NHIA 1HEPA 1LZ4A 4FJRA 1VDSA 1XGTC 1LJIA 4DDBA 1LMNA 1LZTA 1LJHA 1OP9B 4IASA 4LYCA 1HSWA 2X0AA 4RW2A 1H6MA 1HF4A 4H8ZA 1KXXA 2LYZA 1GPQC 1LHKA 2Y8PA 1H87A 4X3BA 4WLXA 1D6PA 1GB7A 2BQAA 1HELA 4IATA 1LKRA 2MEHA 3RT5X 5K7OA 1LZGA 1W08A 5KJ9A 4BAFA 1BWIA 3A34A 1C08C 1WQMA 1IC5Y 4LYTA 1LYOA 2DQJY 1GF6A 4NHPA 5F16A 4NGYA 1IR8A 1IOSA 1GAYA 1REXA 4GCFA 2YBJA 1LSNA 1JSFA 5LA5A 3BKVA 4OWAA 2D4KA 1J1OY 1UBZA 1VEDA 4WM1A 4YENA 1JTTL 2ZQ4A 4PJ2C 4ZIXA 3QY4A 4TUNA 1KIQC 4LGKA 3W6AA 1BB7A 1EL1A 3CT0A 1B5VA 4B0DA 5LIOA 5LYTA 1AM7A 2I25L 4LFPA 4LYMA 6LYTA 2G4QA 2EIZC 1IO5A 1JWRA 1YAPA 2CDSA 1E8LA 1ZVHL 1Z55A 3A90A 2B5ZA 1T3PA 2Z12A 4Z41A 1YL0X 1NDMC 4GCBA 2XBSA 3WYHA 2YBMA 4M6DA 1LZ9A 1FLWA 1CNSA 4J7VA 2MEEA 1GB0A 2Z2EA 5KKJA 1LHJA 1RFPA 2D91A 3SP3A 1C10A 3N9CA 3A3RX 1XEKA 1LJGA 4NSHA 5F9UA 4J1BA 2G4PA 2FBDA 4J1AA 4B1AA 1QDRA 3WULA 3FE0A 1QTKA 3TXHA 5KXTA 5D5CA 135LA 5DL9A 3WU7A 4ZFPA 1IP7A 134LA 4N1EI 4W94A 4WOAA 1I1ZA 1OUAA 1D0LA 4GN5C 4MSTA 2MEBA 1IP5A 3RU5A 3EMSA 5KY1A 1LZ1A 2LZ2A 3QE8A 1F0WA 4N8ZA 2BQMA 1DKJA 2BQIA 1ZV5L 4QEQA 3OK0A 1OUGA 1IR7A 1G7JC 1B7SA 1LSCA 5LYMA 2A7DA 2XBRA 4XJHA 1QUTA 4ET8A 1UACY 4WO9A 2H9JA 4LT1A 2GV0A 1YL1X 4NWHA 2BQJA 2YBLA 2BQKA 1BWJA 3AGIA 1OQMA 3IJVA 3B6LA 3AW7A 2YDGA 2F4GA 5B1FA 2BQCA 1GB5A 5B59A 5J7CA 4QGZA 5DLAA 5DM9A 1VAUA 4EOFA 1GD6A 4CFOA 3A95A 3A92A 1NQIA 1QSAA 4E3UA 1GF9A 1N4FA 2HUBA 3WPLA 5I54A 4DC4A 4YM8A 1IWWA 5APDA 2BQFA 1XEIA 1WQQA 4PGJB 2LZTA 1YQVY 2ZILA 193LA 1CJ8A 4WM2A 1I20A 1I56A 1FN5A 1FKVA 1B7RA 4UWVA 1DI4A 5M1YA 1YILA 1VATA 1YKXX 1GF5A 3ZVQB 1LSGA 2HEAA 1GXV2 3W6BA 1HEWA 4HTNA 1IWYA 2DKVA 3TXBA 2N5ZA 1BGIA 1YKZX 3HFMY 5ILCA 4ML7A 4NFVA 5KXZA 4B4EA 2HU1A 4NGOA 5KXWA 4H8YA 153LA 1B7MA 1J1PY 1FDLY 1IWTA 1HFZA 3FI7A 5B07A 4CJ2A 3T6UA 4I0CA 5F81A 5LVJA 1G7HC 5I4WA 1GE1A 1PS5A 4XYYA 1GDXA 1VFBC 1NF5A 2H9KA 3VWOA 2BPUA 2F4AA 1LMPA 207LA 1HNLA 1F6RA 1GFVA 4AXTA 5HLLA 2BQBA 4XJIA 5I5QA 2DQFC 1O23A 1LSZA 1FLUA 2VB1A 4OOOA 1IOCA 5LXWA 1JJ0A 1LCNA 4XENA 2I26L 3AZ5A 3TMXA 4DD9A 2Z2FA 5LVHA 1UIDA 4XJDA 4H94A 3WUNA 4XJFA 4GN4A 1GEZA 3TXDA 1VDQA 4IJ4A 1LZCA 3RZ4A 5LA8A 4BADA 4C3WA 3N9AA 1A4VA 1BHZA 4HPIA 4WLTA 1CJ9A 3W6CA 2EPEA 4G4HA 3AW6A 1QTEA 4XADA 1BB4A 1NHEA 4HJZA 3TXJA 5JENB 5L9JA 3P64A 1UUZC 1HFYA 1IC7Y 1LSAA 4NGZA 5ILFA 1GFTA 4AGAA 1HFXA 1OUBA 3B0KA 1YANA 1YIKA 1GBWA 1GB9A 1LMAA 1REZA 1RCMA 4H93A 4H9IA 1EQ4A 4DDAA 1IX0A 5FHWA 1GFHA 1GE3A 2EKSC 2W1XA 1B7PA 3TXGA 3G3BB 4ETDA 1LSBA 1LPIA 4KT3A 1F6SA 1GBOA 1VDTA 3LN2A 1JUGA 4H9BA 4N5RA 5L3IA 3AYQA 4Z3MA 1IP3A 1JTOL 1G7MC 1LHHA 208LA 3CT5A 4LFXA 133LA 2C8OA 3N9EA 3F6ZA 1LZ6A 1IWVA 4HJYA 4LYBA 4XJBA 4YEMA 1UIBA 1DI3A 3TXKA 1IWUA 1CKDA 4UWNA 1FLQA 4DD2A 4C5FA 5LAGA 2MECA 4R6CA 1LSEA 2BAAA 3LYZA 1LSMA 1TDYA 2YBHA 2CWIA 2WARA 4B4IA 2MEDA 5KXSA 5L3HA 2BLYA 1IP2A 1CKCA 1GBZA 1LZRA 1XGPC 4BAPA 1IWZA 4TX7A 1GF3A 1MLCE 1GXXA 4WG1A 1CKGA 1G7IC 1GB2A 1QUSA 8LYZA 3TMVA 3WXUA 2ZQ3A 5A3EA 2FYDA 3A94A 1YAMA 2HECA 2RSCA 2DQHY 1GE0A 4YF2A 3A8ZA 4ANRA 1KXYA 1IY4A 3EXDA 2XTHA 4GN3A 2BQGA 2ZIJA 4NHTA 4U3XB 5B06A 3WMKA 1JKDA 2Q0MX 1NBYC 4TWSA 5E9RA 5LVKA 4RLNA 1BVXA 4B49A 5A3ZA 2W1YA 1LZDA 4NWEA 5I4XA 3W3EA 5KXRA 5KXPA 3GXRA 5EBHA 1LYSA 4GCEA 1LZNA 3W6DA 2IFFY 3LYTA 1NDGC 2A7FA 2HEDA 1B7LA 4NSIA 3W6EA 4WL6A 4Z46A 1JPOA 2LYMA 1FLYA 4OWCA 1BB6A 4O34A 3LZ2A 1GE2A 1XSFA 2C8PA 4H1PA 4PHIA 4NEBA 4NG1A 3TXIA 1UA6Y 1UCOA 3ZEKA 2FYCA 4ZEEA 4H91A 4H9FA 1B5ZA 1A2YC 4HV1A 1IY3A 5D5FA 3HBEX 1PZYA 1WTNA 1LJKA 2W1MA 3M3UA 4NHSA 5KXKA 3LYMA 3HBDA 3ATNA 3WVXA 1WTMA 4WO6A 1REYA 1CKHA 1KIPC 4CGEA 4R0FA 2ZNWY 1LMOA 1ZVYB 2DQEY 3D3DA 1DQJC 4II8A 1DPWA 4G9SA 1UICA 3AGGG 1GBSA 3M18B 3TMUA 5KXNA 3B0IA 4MR1A 1LMCA 3WW6A 4ETEA 5KXMA 1RI8B 1T6VL 1GBXA 1LJEA 1HC0A 1D0MA 1DI5A 1HEQA 2EQLA 1GFRA 154LA 1B7NA 1GB3A 1HHLA 1V7TA 4I8SA 1LSFA 5FSTA 1LSDA 1NMMA 5DN4A 1B9OA 1JEFA 2Z18A 5FCPA 5II3A 1IP6A 3EO5A 4FDYA 4NHQA 5IELA 2G4NA 4TTDA 5FDJA 1TBYA 5LAFA 4YOPA 1DXJA 1OUJA 4MCKA 1KIRC 2LYOA 3A3QA 3IJUA 1JKCA 2H5ZA 1LTMA 4TSCA 1D0KA 4H90A 3KAMA 4H92A 4G4CA 4H9CA 4G4BA 4HP0A 4H9EA 1LMTA 1LKSA 2ZYPA 1LOZA 1ALCA 4PRUA 4A7DA 1C46A 4GLVA 3TXFA 1RE2A 5HQ1A 4ETBA 5I53A 4WM6A 1D9UA 1LJ3A 1KXWA 1HEMA 2DBTA 4J0LA 5E4PA 4HJVA 1GFEA 1WVVA 4PRQA 1BQLY 3ZVQA 1C45A 2YBNA 3P66A 3A67Y 1IOQA 5T3FA 1D6QA 1B7QA 5I4YA 4ETCA 1QQYA 2D4JA 4H8XA 1HMKA 3P68A 1REMA 3HBHA 1G7LC 1LJFA 3IWRA 4WMGA 4NGLA 1DPXA 1YAQA 5APFA 3AZ4A 4OWBA 1NWGA 2YVBA 4DD1A 2ZNXY 3AZ7A 3LYOA 1UIGA 1JIYA 3RNXA 5C6JA 3TMWA 1GEVA 4OWEA 2HEFA 2MEFA 3WVYA 1B5WA 4WM5A 1LZYA 1AT5A 1XGUC 3AZ6A 4GCCA 5AMYA 5APEA 3AGHA 4HPEA 1OUEA 2XJWA 3AB6A 4D9ZA 2DQAA 1LZ5A 1GF4A 1NBZC 2BQNA 2D4IA 1XFPL 5B1GA 4PPOA 1JHLA 1GB6A 1UIFA 1BVKC 2F30A 5FEKA 4W96A 1ZMYL 3QNGA 1VDPA 4H9HA 4NIJA 5KKIA 1IP4A 3A6CY 4M4OA 4Z98A 1GWDA 1WQPA 4LYOA 1LHMA 4OW1A 3RW8A 3WPKA 4CFPA 1TCYA 3AJNA 1RJCB 4WLYA 2Z38A 4DD0A 1W6ZA 1IOTA 1LYZA 4QY9A 3A96A 7LYZA 2YSSC 3J6KA 4DDCA 5LVGA 1B5XA 2DQGY 4EMNA 1GFKA 1EQEA 2FBBA 2HEBA 2DQCY 2Z37A 3EBAB 2HU3A 4HSFA 4NGIA 1GF0A 3WXTA 4WM4A 1SQ2L 3TXEA 1LYYA 1JITA 1XGQC 3GXKA 4GLAA 3W6FA 5F14A 1YKYX 2I6ZA 4N1CC 2HTXA 1OUFA 5IHGA 1GDWA 1HSXA 1TEWA 2Z19A 1GFAA 3A93A 1JTPL 1LZ8A 3E3DA 1LZEA 3MGWA 4WL7A 1GFUA 1CJ6A 4NGWA 5KXOA 3BKHA 4N0JA 1V7SA 3CB7A 3LHMA 5IDDA 2MEAA 4TSBA 1IR9A 1HMLA 2ZWBA 4BS7A 2DQIY 1CJ7A 1HEOA 4CHXA 1MELL 4ETAA 1TAYA 1GB8A 4LT2A 132LA 1C7PA 4DYGA 1CKFA 4KL7A 1IVMA 4NGJA 1IWXA 4NG8A 4LT3A 5F9XA 1IC4Y 5APCA 4NSGA 3CSZA 1JISA 1LSYA 1XGRC 3B0OA 4DT3A 1F10A 5C6IA 2BLXA 2MEGA 2MEIA 1GFGA 1GF7A 1LJJA 4LZTA 1AKIA 3WH1A 1LZSA 1LZAA 1JKBA 1IIZA 5KXXA 194LA 5C6LA 5LVIA 1JJ3A 1LAAA 3J4GA 4UWUA 4NY5A 1IORA 5DN5A 2W1LA 4NGKA 2BQOA 1B5UA 4DWXA 2BQDA 2DQDY 4HTQA 4RW1A 1YAOA 3ULRA 3WU9A 4H9AA 2IHLA 1LZBA 3WUAA 4WG7A 1P2CC 1SLYA 1UC0A 3B72A 4G49A 5LYZA 1WQRA 2HEEA 1B7OA 1WQOA 1GAZA 3LZTA 3CSQA 3WL2A 1QSWA 2YBIA 3G3AB 3ATOA 1B0DA 2BQHA 3WUMA 4OWHA 5LINA 1YROA 1AZFA 3A6BY 2PC2A 1JJ1A 1DZBX 2CJLA 4DD3A 2ZIKA 1GE4A 4RLMA 4NSJA 4N9RA 2CGIA 3A91A 3P65A 1OUDA 1UIEA 4RDSA 5FELA 4GCDA 1INUA 5B05A 1OUHA 5HMJA 1JSEA 1BB3A 4QDNA 2LHMA 2BQEA 3CT1A 4HTKA 2AUBA 1OUCA 3CSRA 1GBYA 3WPJA 1QIOA 2Z39A 4OOTA 4B4JA 4L41A 1C43A 1DKKA 2BQLA 1IP1A 1BWHA 2F2NA 4DD7A 4ET9A 1IEEA 1UIHA 1LHIA 3CQLA 4YEOA 2D6BA 4XN6A 2NWDX 1UIAA 4LYZA 4HV2A 4KPMA 1J1XY 5HMVA 3D9AC 3P4ZA 1GF8A 3OJPA 1LJ4A 1FKQA 1OUIA 1LHLA 4KXIA 1LJNA 1QDTA 1WVUA 4XJGA 5HNLA 5HNCA 1B5YA 1AT6A 2ZYCA 1HERA 4WM3A 9LYZA 1HENA 6LYZA 1BB5A 1FBIX 5KXYA 1NKHA 4NGVA 1EQ5A 3K3TA 3WW5A 1JKAA 1LMQA 1GFJA 3WU8A 4WLDA 4P2EA 1XEJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LT0A 1QTCA 1D3JA 1CX6A 158LA 4I7PA 2X0AA 1H6MA 1HF4A 4H8ZA 1GPQC 197LA 1D6PA 1LKRA 2MEHA 5K7OA 3K2RA 174LA 1BWIA 3A34A 1LGUA 2DQJY 5LZMA 3VW7A 1GAYA 1IOSA 248LA 4GCFA 5LA5A 2D4KA 1VEDA 4YENA 1JTTL 1KIQC 1BB7A 1EL1A 1T8AA 1QSBA 2B6XA 1CTWA 1IO5A 1P46A 2Z12A 4Z41A 4W55A 2XBSA 3WYHA 2YBMA 4M6DA 232LA 240LA 5KKJA 2D91A 1C10A 1LJGA 231LA 4J1AA 5KXTA 135LA 3WU7A 177LA 1IP7A 4WOAA 3CDOA 1IP5A 3QE8A 4N8ZA 2BQMA 1XJUA 3GUNA 3SBBC 1C6IA 4QEQA 1L53A 4LT1A 1L02A 2YBLA 2BQKA 4YX7C 3B6LA 2A4TA 2YDGA 2F4GA 165LA 1QS5A 5B59A 200LA 4CFOA 3A95A 1LPYA 1NQIA 2HUBA 4YXCA 4PGJB 1QTZA 4WM2A 1CJ8A 1P2LA 1C60A 1I56A 1B7RA 1YILA 1YKXX 3ODUA 3W6BA 5ILCA 3SB9A 4I7OA 4H8YA 1L09A 1QT8A 1FDLY 3FI7A 5LVJA 1VFBC 161LA 3VWOA 1QTHA 191LA 170LA 3V2YA 1FLUA 3RZEA 259LA 3AZ5A 4XJDA 4H94A 1L47A 1KW5A 3TXDA 1L03A 1TLAA 4C3WA 1L59A 3HH6A 2LZMA 1C6QA 4HJZA 3P64A 4AGAA 1P5CA 1OUBA 1LMAA 1L27A 1L99A 1RCMA 1REZA 1L38A 1OYUA 1GFHA 1B7PA 3G3BB 2B6YA 218LA 4LZMA 5L3IA 1JUGA 1G7MC 1LHHA 2RBRA 4LYBA 4HJYA 113LA 1L88A 1UIBA 3TXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXL A;  4LT0 A;  1LSP A;  1GHL A;  3T36 A;  1WQN A;  1B2K A;  4NHI A;  1HEP A;  1LZ4 A;  4FJR A;  1VDS A;  1XGT C;  1LJI A;  4DDB A;  1LMN A;  1LZT A;  1LJH A;  1OP9 B;  4IAS A;  4LYC A;  1HSW A;  2X0A A;  4RW2 A;  1H6M A;  1HF4 A;  4H8Z A;  1KXX A;  2LYZ A;  1GPQ C;  1LHK A;  2Y8P A;  1H87 A;  4X3B A;  4WLX A;  1D6P A;  1GB7 A;  2BQA A;  1HEL A;  4IAT A;  1LKR A;  2MEH A;  3RT5 X;  5K7O A;  1LZG A;  1W08 A;  5KJ9 A;  4BAF A;  1BWI A;  3A34 A;  1C08 C;  1WQM A;  1IC5 Y;  4LYT A;  1LYO A;  2DQJ Y;  1GF6 A;  4NHP A;  5F16 A;  4NGY A;  1IR8 A;  1IOS A;  1GAY A;  1REX A;  4GCF A;  2YBJ A;  1LSN A;  1JSF A;  5LA5 A;  3BKV A;  4OWA A;  2D4K A;  1J1O Y;  1UBZ A;  1VED A;  4WM1 A;  4YEN A;  1JTT L;  2ZQ4 A;  4PJ2 C;  4ZIX A;  3QY4 A;  4TUN A;  1KIQ C;  4LGK A;  3W6A A;  1BB7 A;  1EL1 A;  3CT0 A;  1B5V A;  4B0D A;  5LIO A;  5LYT A;  1AM7 A;  2I25 L;  4LFP A;  4LYM A;  6LYT A;  2G4Q A;  2EIZ C;  1IO5 A;  1JWR A;  1YAP A;  2CDS A;  1E8L A;  1ZVH L;  1Z55 A;  3A90 A;  2B5Z A;  1T3P A;  2Z12 A;  4Z41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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