4S0WA

Wild type t4 lysozyme structure
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Wild type T4 lysozyme structure
rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4s0wA00
1C6KA 2RBNA 122LA 1QSQA 3C8SA 1P6YA 1L01A 2NTGA 1C65A 1L27A 3NY8A 1P2RA 235LA 3GUIA 1C6IA 1LYIA 169LA 3HH5A 182LA 1TLAA 240LA 1XJTA 3C8QA 3L64A 1L17A 1L56A 126LA 1LYEA 241LA 3FADA 1SSYA 1PQOA 1C6EA 4LDLA 210LA 1C62A 4PK0A 4K5YA 1T8FA 1C6LA 1SWYA 1L14A 1L66A 1CV1A 1L16A 3DKEX 3C7WA 3HH6A 3C7YA 1L71A 4W59A 1L37A 148LE 3UONA 224LA 128LA 1OYUA 2OEAX 125LA 2OTYX 1G0QA 1KW7A 1L29A 3HUAA 248LA 1L13A 1PQIA 2Q9EA 1CV6A 1ZURA 3SB6A 1KW5A 183LA 1L57A 1QTVA 3HDFA 2RB2X 2O4WA 1L33A 2B72A 1DYDA 2RBRA 1QTDA 238LA 223LA 230LA 1D3JA 1CU0A 205LA 103LA 1C6HA 2F47A 1QUDA 4DAJA 1C63A 160LA 149LA 1QT7A 3DMXA 175LA 1QTZA 167LA 1LYFA 181LA 104LA 3G3VA 4EKSA 2B6YA 1DYAA 108LA 166LA 243LA 4EKRA 3F8VA 2ANVA 113LA 2RB1X 1D2WA 1QUOA 2RB0X 3VW7A 1P36A 217LA 1L50A 180LA 137LA 1CV3A 2RAYX 4I7MA 1KS3A 213LA 1C69A 1P3NA 172LA 1L64A 4I7NA 140LA 2IGCA 244LA 1OWYA 3NY9A 1LYGA 1C68A 1L70A 4YXAC 131LA 1L95A 1OVKA 1QS5A 4W54A 1CVKA 3DN1A 2CUUA 150LA 1PQDA 1P46A 4W55A 184LA 1EPYA 1L31A 120LA 200LA 3SBAA 1T97A 4I7JA 1PQKA 3HH3A 1L0KA 2ANXA 174LA 1L65A 109LA 171LA 4W56A 1C6QA 3OE9A 1QTCA 138LA 3ODUA 4LZMA 4AQNA 1DYBA 2OU9A 1L60A 3DNAA 1L22A 4OO9A 3SN6R 1L55A 4I7TA 4ARMB 1L0JA 3HUQA 1L97A 3SBBC 256LA 3V2YA 1XEPA 3HT8A 2A4TA 1L61A 1L68A 253LA 1L03A 1QTBA 2RBPA 4I7KA 1JQUA 3SB8A 3HU8A 1OV7A 188LA 1G0MA 1G1VA 2F32A 1CTWA 161LA 1L73A 1OVHA 1L36A 3K2RA 1D3NA 3CDVA 1QUGA 1L93A 1L81A 114LA 4EPFA 192LA 1LW9A 4DKLA 2OE4X 1LI3A 4I7QA 1CU5A 1ZWNA 4E97A 3C82A 1L43A 155LA 1L59A 1L58A 112LA 3SB7A 2B75A 1P7SA 2O79A 212LA 1L07A 2LZMA 1OVJA 3GUPA 4YXCA 1KNIA 1G0PA 129LA 4W53A 1I6SA 254LA 1DYGA 162LA 1L32A 3C8RA 197LA 1QUHA 1L08A 1L49A 1WTHA 2OU8A 127LA 196LA 1L83A 1L06A 1QT3A 1L84A 2Z6BA 1LI2A 1LGXA 1L38A 1L48A 130LA 1L46A 1D2YA 1L86A 228LA 4W58A 1PQJA 3GUKA 1CX6A 1G07A 1KY1A 119LA 3F9LA 1C6PA 1L53A 3DN0A 186LA 4ZPUA 1B6IA 5I14A 1L99A 226LA 2HUMA 4I7SA 1L52A 3D4SA 187LA 1L41A 1CV4A 4GBRB 1QT8A 1LI6A 1SX2A 4EKQA 1L80A 1L82A 1C61A 170LA 2L78A 3SB9A 151LA 4ARLA 3OE0A 2HULA 1LYDA 4W57A 4ARQA 1L40A 4DJHA 3QAKA 1L10A 3OE8A 1L28A 2B6TA 152LA 141LA 251LA 3C7ZA 252LA 156LA 1L94A 123LA 3C83A 3FA0A 201LA 3GULA 111LA 3EMLA 1L74A 3RUNA 258LA 231LA 2QB0B 1LYJA 1L85A 1JTMA 2B7XA 118LA 1L79A 1L19A 2B6WA 1T8AA 1L04A 1L42A 214LA 1D3MA 2RBOA 1DYFA 1LLHA 3NYAA 4I7LA 1G0GA 195LA 1LWGA 5LZMA 4W52A 4W51A 1L44A 1C60A 234LA 233LA 1G0LA 1SWZA 1ZYTA 2OU0X 237LA 3HTBA 1L98A 3GUNA 4EPIA 1L88A 1L02A 250LA 3PBLA 4ARJA 1KY0A 1G06A 158LA 3V2WA 3DN6A 1LGUA 1L91A 1QSBA 1P56A 146LA 260LA 144LA 3FI5A 6LZMA 1L63A 1L26A 262LA 2HUKA 3GUJA 1C66A 1C6NA 159LA 164LA 1L24A 211LA 1L89A 1QT6A 3HUKA 1L30A 1L67A 2LCBA 3LZMA 1K28A 1LPYA 3HTFA 3HU9A 1D9WA 1C6DA 1L09A 157LA 3DN8A 1CX7A 1LWKA 168LA 1C64A 1C6FA 222LA 1L87A 190LA 142LA 3SB5A 1L05A 1L47A 221LA 247LA 232LA 2OTZX 178LA 3HH4A 1C6MA 1L15A 3CDTA 206LA 115LA 1G0JA 4ARPA 198LA 1L23A 209LA 2OE9X 1QT5A 1L34A 242LA 1CU3A 4I7OA 1QT4A 1L77A 2OE7X 1L92A 239LA 145LA 3HWLA 218LA 4EKPA 229LA 2B73A 3DN3A 3DMZA 1P5CA 4GRVA 110LA 1L25A 107LA 1C6AA 3HTDA 7LZMA 2LC9A 2RBSA 1L76A 4LDEA 4S0WA 2RAZX 1C6TA 1T8GA 1L96A 2Q9DA 3HT9A 3CDRA 4YX7C 3CDQA 4IAPA 1G0KA 1L72A 1P64A 1L12A 1CU6A 3RZEA 2F2QA 1SX7A 2B6XA 2B74A 1P2LA 261LA 3DN2A 3HT7A 246LA 102LA 1L21A 1C67A 216LA 1QS9A 1OV5A 3GUOA 1C6GA 1P37A 1L35A 189LA 1CV0A 173LA 3CDOA 3HT6A 1L45A 165LA 257LA 1JTNA 1L18A 1G1WA 1CU2A 176LA 227LA 3GUMA 2B70A 3PDSA 1DYCA 249LA 185LA 1LGWA 199LA 1L62A 3HTGA 1C6CA 1D3FA 3C80A 4EJ4A 1QTHA 1LYHA 2NTHA 1C6JA 1XJUA 4PJZA 1OWZA 1SSWA 219LA 2QARC 1CV5A 1L20A 1L69A 1NHBA 2RH1A 4ARQB 259LA 4EXMA 1DYEA 2B6ZA 1L75A 1CUPA 1L11A 255LA 3L2XA 4I7PA 1T6HA 4LDOA 3G3WA 1L54A 215LA 3DN4A 4ARMA 1C6BA 191LA 236LA 1L51A 3C81A 1L90A 2RBQA 1L00A 1PQMA 225LA 1L39A 3HDEA 3DMVA 4I7RA 143LA 3OE6A 3G3XA 2O7AA 3JR6A 139LA 177LA 1CUQA 245LA 163LA 147LA 220LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AT5A 1C6KA 2RBNA 3CSQA 5AMYA 4B4EA 122LA 4NY5A 4G49A 5B1GA 1JEFA 2AUBA 5F9UA 5FELA 4OWAA 3IJUA 3HH5A 5KKIA 1TLAA 3EMSA 5DLAA 1B5ZA 1XJTA 1NF5A 4GLVA 1LAAA 3C8QA 5LVJA 1GF6A 1GF0A 4PK0A 2ZIJA 1C6LA 3LYOA 1VFBC 1BB4A 3WUNA 3EXDA 1CKCA 1GDWA 3B0OA 5LYTA 4GN3A 1SQ2L 1IEEA 1IX0A 5KXYA 1IOSA 4UWUA 3P64A 1PQIA 1CV6A 3LYMA 1KW5A 1L57A 4U3XB 4MR1A 1LSNA 1L33A 2B72A 1DYDA 2DQHY 4BAPA 2MEHA 2YBJA 238LA 1D3JA 1GDXA 2G4PA 103LA 1LMOA 2F47A 1CKFA 4NWEA 4QGZA 1C63A 1QT7A 1MLCE 3TMWA 4DD2A 1D9UA 181LA 1GXXA 4EKSA 1GHLA 1WQOA 3N9EA 166LA 2F4GA 1IR9A 1DXJA 1LJFA 2Z2EA 2W1YA 1D2WA 2W1MA 1L50A 180LA 3N9AA 137LA 5FHWA 1KS3A 1LJNA 4W96A 1C69A 1P3NA 2HUBA 140LA 1LHMA 4RLNA 244LA 4XENA 4DDBA 3WPKA 131LA 1L95A 1NBZC 4W54A 4DQ5A 1UIGA 1RCMA 2CUUA 4H91A 1P46A 1DI3A 3KAMA 2G4NA 1T97A 1OP9B 3HH3A 174LA 1QQYA 1L65A 1LZ6A 1LZSA 1HFZA 4W56A 1AT6A 3OE9A 1QTCA 2XJWA 2ZYCA 1LSAA 4AQNA 4KXIA 4WLTA 1DYBA 3DNAA 4OO9A 3AW6A 4B0DA 1L0JA 3HUQA 3LZ2A 1QSWA 2HEFA 2A4TA 1L61A 3AGHA 253LA 2RBPA 3HU8A 1OV7A 1CKGA 1CTWA 161LA 5F9XA 1L73A 1UBZA 1FLWA 3LHMA 3CDVA 1LZ4A 1L93A 1GB0A 4Z3MA 4DKLA 1XGTC 1LSBA 155LA 4NSHA 1GE0A 3WXUA 3GUPA 4YXCA 6LYTA 2LZTA 1KNIA 5C6LA 129LA 1KXYA 4QDNA 1GFUA 4XJGA 1QUHA 1L49A 1YL0X 2IFFY 196LA 1L83A 1QT3A 2Z6BA 1D2YA 1C45A 1PQJA 1VDPA 1GD6A 1RI8B 3N9CA 3F9LA 3W6CA 1B6IA 4GN4A 4WM2A 1YAMA 4I7SA 4NHTA 1LZEA 3D4SA 1GFHA 1QT8A 4M6DA 4C3WA 1OUCA 1IP1A 1L82A 1C61A 2DQFC 170LA 2L78A 5II3A 1TDYA 3SB9A 3OE0A 1KIPC 1LYDA 4YOPA 1L10A 2B6TA 4GCEA 3GULA 2MEGA 4XJHA 4HJVA 1W08A 2QB0B 4TWSA 1L85A 1JTMA 1XFPL 118LA 1L79A 5L3IA 1L04A 194LA 214LA 1H87A 1OUEA 3NYAA 2HEEA 195LA 1L44A 234LA 233LA 2EQLA 1SWZA 1UIBA 5C6JA 3A8ZA 3AGGG 1G06A 2Z12A 3V2WA 3QNGA 4LYCA 1P56A 146LA 1B9OA 1LYZA 2ZQ3A 3WU9A 164LA 1IR8A 1A2YC 2A7FA 1K28A 5HLLA 1LPYA 4H93A 4DD7A 4DQ7A 1D9WA 3DN8A 2YBLA 4WL7A 1C64A 1C6FA 1L87A 2BQGA 190LA 1LZTA 221LA 2CWIA 1LJ4A 2Z2FA 1C6MA 1UIHA 1GBZA 1C43A 4ETCA 1XEJA 4HP0A 5KXNA 4J0LA 1LKSA 3TXDA 2XBRA 4GCBA 4H8XA 1B2KA 209LA 2WARA 1QT5A 1L34A 2YBIA 4XJBA 2MEFA 4M4OA 242LA 2OE7X 5KXKA 2HECA 2I26L 218LA 1HNLA 2B73A 3BKHA 5DN5A 4YEMA 5KXZA 1GB3A 2DKVA 3HTDA 1G7HC 1LHKA 1UUZC 1QTKA 2RAZX 5HNCA 4G9SA 1T8GA 1IIZA 1GF7A 2Q9DA 3HT9A 3CSRA 4YX7C 1LZAA 2I6ZA 1CU6A 2F2QA 1LMAA 1IY4A 1LHLA 4OOOA 246LA 4WG1A 1L21A 2HTXA 3GUOA 3P65A 2F2NA 173LA 5HNLA 1LZ1A 1L45A 165LA 1NWGA 2H9KA 1L18A 1G1WA 1GE1A 5APEA 4H9CA 249LA 1LGWA 1PS5A 1D0KA 4NGZA 1GEZA 1EQ5A 2NTHA 3A34A 4PHIA 1L20A 2FYCA 259LA 4EXMA 2B6ZA 1UC0A 2H5ZA 4NG1A 1L54A 4G4BA 215LA 1D0LA 1LSFA 4ARMA 1C6BA 191LA 1LJHA 1L51A 4HJYA 1B5UA 3OE6A 1OUHA 2ZQ4A 4WM3A 3JR6A 5I53A 139LA 1FDLY 1FKVA 220LA 4TSCA 1QSQA 1BWIA 1CNSA 3C8SA 1JPOA 1LJ3A 1JTTL 3RW8A 1P2RA 1GWDA 1WQPA 4O34A 4GCFA 2HU3A 3L64A 1BVXA 1L17A 3M3UA 126LA 4NHQA 4Z41A 3FADA 1PQOA 1C6EA 4LDLA 4NGLA 1B5VA 1AM7A 4WLYA 1T8FA 4Z98A 1LSZA 1L66A 1L16A 1RFPA 4W59A 3K3TA 207LA 128LA 1H6MA 1OYUA 2DQAA 2CGIA 125LA 2OTYX 4DD1A 1L29A 3WULA 3HUAA 4H9HA 4HTKA 248LA 1HERA 1L13A 3SB6A 183LA 1QTVA 2I25L 2DQEY 4MCKA 2RBRA 1INUA 1XGPC 205LA 4BADA 1VATA 1FLUA 3P4ZA 4DAJA 1CJ8A 5LINA 1LYYA 2HEAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1AT5 A;  1C6K A;  2RBN A;  3CSQ A;  5AMY A;  4B4E A;  122L A;  4NY5 A;  4G49 A;  5B1G A;  1JEF A;  2AUB A;  5F9U A;  5FEL A;  4OWA A;  3IJU A;  3HH5 A;  5KKI A;  1TLA A;  3EMS A;  5DLA A;  1B5Z A;  1XJT A;  1NF5 A;  4GLV A;  1LAA A;  3C8Q A;  5LVJ A;  1GF6 A;  1GF0 A;  4PK0 A;  2ZIJ A;  1C6L A;  3LYO A;  1VFB C;  1BB4 A;  3WUN A;  3EXD A;  1CKC A;  1GDW A;  3B0O A;  5LYT A;  4GN3 A;  1SQ2 L;  1IEE A;  1IX0 A;  5KXY A;  1IOS A;  4UWU A;  3P64 A;  1PQI A;  1CV6 A;  3LYM A;  1KW5 A;  1L57 A;  4U3X B;  4MR1 A;  1LSN A;  1L33 A;  2B72 A;  1DYD A;  2DQH Y;  4BAP A;  2MEH A;  2YBJ A;  238L A;  1D3J A;  1GDX A;  2G4P A;  103L A;  1LMO A;  2F47 A;  1CKF A;  4NWE A;  4QGZ A;  1C63 A;  1QT7 A;  1MLC E;  3TMW A;  4DD2 A;  1D9U A;  181L A;  1GXX A;  4EKS A;  1GHL A;  1WQO A;  3N9E A;  166L A;  2F4G A;  1IR9 A;  1DXJ A;  1LJF A;  2Z2E A;  2W1Y A;  1D2W A;  2W1M A;  1L50 A;  180L A;  3N9A A;  137L A;  5FHW A;  1KS3 A;  1LJN A;  4W96 A;  1C69 A;  1P3N A;  2HUB A;  140L A;  1LHM A;  4RLN A;  244L A;  4XEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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