4W51A

T4 lysozyme l99a with no ligand bound
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w51A00
3L2XA 1L62A 1C6KA 1C6JA 3HU9A 1KNIA 2B6YA 237LA 3GUIA 4I7LA 2B75A 3CDRA 1L68A 3DN0A 1LYEA 180LA 3DMVA 1ZURA 3PBLA 3HTGA 1L06A 3CDQA 1D3JA 147LA 1C6PA 1C68A 4EJ4A 1C6QA 1XJTA 131LA 1L49A 1L93A 256LA 159LA 1L41A 1KS3A 1L71A 1LLHA 1L86A 1L19A 1L39A 1OVJA 2B74A 1DYGA 1L87A 1L66A 4EKQA 107LA 130LA 125LA 1PQMA 4W56A 1L85A 4ARJA 118LA 212LA 4DKLA 1SX2A 138LA 1QSBA 210LA 1L77A 1PQDA 3GUMA 1CTWA 1QUHA 3L64A 1C67A 2HUKA 4I7MA 1C6GA 1L16A 233LA 1L84A 1LI3A 1CU3A 157LA 1L36A 3C80A 1L20A 1QTZA 4I7RA 1DYFA 4LDEA 1L04A 3VW7A 3HUQA 3G3WA 1LI2A 3C8QA 1LI6A 4I7JA 140LA 2RH1A 1L96A 2IGCA 195LA 3HH3A 1QUGA 4IAPA 1L43A 3HH4A 1C6BA 4S0WA 1QS9A 3V2YA 1DYBA 213LA 190LA 4W52A 2F47A 163LA 3C7YA 1L58A 2Q9EA 2L78A 1SWYA 206LA 139LA 1LPYA 1OVHA 201LA 243LA 2B7XA 1L83A 149LA 1L76A 1C6FA 200LA 214LA 1L13A 1L25A 176LA 3NYAA 141LA 3D4SA 1P37A 252LA 1C60A 3SB8A 169LA 1LW9A 1LYIA 3SN6R 2B6TA 184LA 258LA 2OU8A 1P6YA 1ZWNA 1CV4A 1L10A 1L45A 164LA 7LZMA 1G06A 3SB6A 1I6SA 1CX7A 3DN8A 4ARLA 1G0KA 1L81A 1L05A 4ARMA 1CUQA 1L90A 1G1WA 1L52A 1P46A 4ARQA 1LYHA 3C7ZA 3DN1A 2B72A 1ZYTA 3DN6A 198LA 2RBRA 1OYUA 235LA 251LA 1PQOA 1L03A 232LA 181LA 1JTNA 250LA 115LA 2B6XA 4ARMB 1QTHA 182LA 2OE4X 223LA 1QT6A 1CV0A 1C6CA 4ARQB 1SSYA 3HH5A 3HT8A 219LA 222LA 225LA 1C64A 1QUDA 218LA 220LA 3HTFA 215LA 1L02A 3CDTA 1C65A 1CV1A 1D2YA 1L69A 4ARPA 1EPYA 4W54A 1L32A 1L0JA 1C62A 168LA 120LA 3OE6A 3SB9A 1QTBA 151LA 1LYFA 1L40A 4DJHA 1LWGA 1SSWA 2F2QA 1C6MA 123LA 146LA 1C6AA 1G0LA 3NY9A 1C6LA 1L63A 2ANVA 2OEAX 1CU6A 1L97A 110LA 4I7SA 3FI5A 3HDEA 1D2WA 1L08A 246LA 104LA 259LA 1QSQA 1L92A 1QTDA 1L79A 1T8FA 261LA 1L98A 3G3VA 1TLAA 3GUNA 3EMLA 1L53A 1L38A 1L15A 2RAYX 1T8GA 4GRVA 3GUOA 114LA 1C6EA 3HTBA 1K28A 192LA 1QT5A 2B6ZA 224LA 2A4TA 4W55A 3HT7A 174LA 3HUAA 127LA 4W59A 3UONA 239LA 4EXMA 1L28A 1L95A 4I7PA 183LA 1L67A 253LA 5LZMA 1G0GA 1L0KA 3CDVA 2QB0B 1L07A 1L94A 4ZPUA 3CDOA 126LA 1C6DA 1LGWA 1L91A 1L46A 1L18A 217LA 3HT6A 1L29A 111LA 1CU5A 188LA 1L51A 2RB0X 4OO9A 1L09A 166LA 3G3XA 3HUKA 216LA 1L00A 1P36A 191LA 1L22A 3HTDA 1G0QA 3DN4A 4LDOA 1LGUA 1QTCA 1CV6A 150LA 1L59A 4W53A 1C6HA 2LC9A 1QTVA 1L57A 171LA 3LZMA 4LZMA 1C6IA 2RB2X 2ANXA 231LA 3FADA 3HT9A 229LA 1D3MA 173LA 1WTHA 170LA 1OWYA 1G0PA 1C66A 3GUPA 1L01A 1L34A 1L82A 1OV7A 1L17A 236LA 3C82A 178LA 3DN2A 2HULA 1L50A 2RAZX 1CU0A 3SBBC 3NY8A 1KY1A 1L35A 3GUJA 167LA 4YX7C 196LA 4I7QA 160LA 1B6IA 1JQUA 4YXCA 4EKPA 2B70A 209LA 4PK0A 1L21A 197LA 1G0JA 3SB7A 2OTYX 242LA 1CU2A 2Q9DA 3C81A 108LA 145LA 3HWLA 226LA 1L89A 4I7NA 137LA 248LA 260LA 1OVKA 3OE0A 234LA 2O4WA 4W51A 1L31A 1DYDA 3DKEX 165LA 1XJUA 2RBPA 1C61A 1PQJA 1KY0A 1L60A 255LA 1C6NA 1L54A 177LA 3OE9A 1L44A 1L42A 3HDFA 1SWZA 1G1VA 1C69A 1CX6A 2O79A 3SBAA 1L73A 1L55A 1QT3A 2OTZX 1PQIA 1P56A 2F32A 102LA 199LA 2RBNA 2OU9A 245LA 3GULA 3OE8A 1XEPA 1T8AA 3JR6A 1LGXA 240LA 1P2LA 4YXAC 228LA 2O7AA 1LWKA 1L47A 1QT4A 1OV5A 2LZMA 4E97A 189LA 5I14A 4PJZA 2RBOA 3C8SA 1QT8A 2OU0X 1L26A 1L56A 2RB1X 129LA 109LA 144LA 2LCBA 1CUPA 1L88A 186LA 1L70A 1P64A 185LA 4K5YA 1LYDA 257LA 1D3NA 1L48A 1L33A 254LA 122LA 1KW5A 128LA 1P2RA 262LA 1JTMA 3V2WA 158LA 172LA 1L72A 187LA 1P5CA 143LA 1L27A 1QS5A 4AQNA 247LA 6LZMA 1L64A 3ODUA 4I7TA 4EPFA 162LA 1OWZA 1L37A 249LA 112LA 1L80A 175LA 230LA 241LA 148LE 3RUNA 3C83A 3K2RA 2B73A 3QAKA 1QUOA 1D3FA 142LA 1D9WA 1L99A 1P7SA 1CVKA 3GUKA 1DYEA 1L24A 3F8VA 3HH6A 4W58A 1QT7A 1NHBA 2OE9X 238LA 221LA 2OE7X 3FA0A 1L65A 1L61A 1L23A 3DN3A 4EKRA 1DYAA 2HUMA 1DYCA 1T97A 2NTGA 211LA 227LA 4I7OA 2NTHA 1L12A 2B6WA 1CV5A 2Z6BA 1G0MA 1SX7A 3RZEA 1C63A 152LA 1KW7A 161LA 1C6TA 1T6HA 3C8RA 1G07A 119LA 1L74A 2RBSA 113LA 4W57A 3C7WA 3PDSA 103LA 4EKSA 4I7KA 3HU8A 1LYGA 205LA 4GBRB 244LA 4DAJA 1L11A 1PQKA 4LDLA 4EPIA 155LA 1L30A 2QARC 3DNAA 2CUUA 1LYJA 1L75A 3F9LA 1L14A 3DMXA 1P3NA 1CV3A 156LA 2RBQA 3DMZA 3SB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSMA 1GB7A 3ATOA 1QTKA 3HU9A 5T3FA 4NHTA 4M6DA 2BQHA 3DN0A 4WL7A 1LYEA 3HTGA 4CJ2A 4HJVA 1LZ9A 4YF2A 2FBDA 4QGZA 1BB5A 1XJTA 1VDTA 2WARA 1L41A 5DLAA 1L71A 1F6SA 4GCEA 1L19A 3W6EA 2HU3A 2B74A 1L66A 4NHSA 1JTPL 4ARJA 2LYOA 3A92A 1BGIA 1SX2A 1LTMA 1L77A 2LZ2A 2XTHA 1IY3A 3T36A 1IOTA 1I20A 1XGTC 4WO6A 1LHKA 6LYTA 1YANA 233LA 1L84A 2VB1A 2YBNA 1CU3A 3P4ZA 5APDA 1QTZA 4LDEA 3VW7A 4B4EA 3WXTA 4DDCA 1LI2A 4HPIA 4I7JA 140LA 1L96A 3TMUA 4HV1A 1LZSA 3HH4A 4IAPA 3V2YA 1DYBA 1AZFA 163LA 1L58A 3P68A 1B5WA 1DXJA 5L9JA 4H9CA 2HUBA 4DT3A 3D4SA 1P37A 252LA 1C60A 2BQMA 1GFKA 1YAQA 3P64A 1LYIA 184LA 4WM1A 1L10A 164LA 1G06A 1I6SA 1OUDA 1G0KA 1L05A 1CUQA 1YL1X 1L52A 4HJYA 4GN3A 3P66A 1LSYA 2AUBA 4XJHA 3WVXA 1FLYA 1LYHA 3C7ZA 5HNLA 3LZTA 1HEQA 3DN6A 3A90A 2RBRA 1LMQA 1PQOA 4LT1A 2F4AA 232LA 5FCPA 4DC4A 1GB3A 1SQ2L 1QTHA 1DI3A 223LA 4ARQB 1SSYA 3HT8A 219LA 4FDYA 4Z3MA 222LA 1C64A 1LJ4A 5APFA 220LA 1GAZA 4GN4A 4OWCA 1RI8B 3CT1A 1D2YA 4MR1A 1LYFA 1L40A 4DJHA 1LWGA 2F2QA 1C6MA 1LZNA 1C6AA 1G0LA 3NY9A 1OP9B 1L63A 2ANVA 1L97A 4OOTA 4RW2A 246LA 3WMKA 5KXRA 1LCNA 1VEDA 1QTDA 1GFUA 4N1EI 1VAUA 2ZWBA 1GHLA 1IVMA 1NDGC 1W6ZA 5LVIA 192LA 4WLXA 1B5UA 4W55A 1I1ZA 4WLYA 1LJFA 4PHIA 5LAFA 1HFXA 1LZ6A 239LA 1LSFA 4I7PA 4ETEA 1IX0A 4A7DA 1G0GA 3CDVA 2QB0B 3K3TA 1L07A 3MGWA 1D6PA 1G7IC 1IOQA 3A96A 1IIZA 5KKIA 3A34A 1T6VL 1BB4A 2CWIA 1LYZA 4OO9A 1YAPA 4J1AA 1LYYA 1P36A 1GEVA 3HTDA 3B0IA 2HEDA 2Z19A 135LA 1L59A 4W53A 154LA 1HMLA 1IWTA 5K7OA 4W96A 2LC9A 1CKFA 1L57A 171LA 1NQIA 4LZMA 1C6IA 231LA 3HT9A 1WTHA 4I0CA 1C66A 1LOZA 3TMXA 1TAYA 1DPXA 1L17A 236LA 5B1GA 5KXOA 178LA 4L41A 1CU0A 2BQEA 5IDDA 167LA 1EQ4A 1VDQA 196LA 1D9UA 1B6IA 1JQUA 2XBSA 2YBHA 5FEKA 2BQDA 5A3EA 197LA 1G0JA 4BAPA 5ILCA 3WUMA 108LA 1LSPA 1L89A 3A93A 1HSWA 2Z12A 3WH1A 260LA 2O4WA 1SLYA 1BWJA 3TXKA 4ETCA 4ETAA 5HMJA 1C61A 1LHHA 1L60A 1B7NA 1QDRA 1L54A 177LA 4P2EA 1B7LA 4HTKA 1J1OY 1REYA 3B72A 1SWZA 5F16A 4WMGA 1L73A 2OTZX 4N5RA 102LA 2ZQ4A 1GXV2 1G7HC 2D91A 2BQKA 3WPLA 3M18B 1LYSA 1GFJA 1OV5A 3C8SA 4NGWA 3A91A 3QNGA 1YKZX 4D9ZA 1L56A 2G4NA 2Z2FA 4HPEA 1EL1A 4AGAA 2DQIY 185LA 4IJ4A 257LA 4ET9A 1TDYA 4LT0A 5IELA 128LA 3TXEA 3V2WA 1L72A 4NSGA 1P5CA 1OUCA 1QS5A 1IOCA 4KXIA 1D0KA 1OQMA 6LZMA 1L64A 3ODUA 4EPFA 1UIGA 112LA 1L80A 3RUNA 3K2RA 3QAKA 1QUOA 1D3FA 4W58A 1RFPA 238LA 4W94A 5DN4A 6LYZA 3FA0A 1L23A 3A6BY 1T97A 1IC7Y 1QIOA 2DQDY 2BQBA 227LA 4H8XA 2NTHA 1GFGA 2H9KA 1L12A 1ZMYL 2B6WA 2Z6BA 1SX7A 152LA 1JSFA 161LA 1HERA 1FKQA 3LYMA 1G07A 2MEFA 113LA 5EBHA 5A3ZA 1JEFA 1LYGA 1LZTA 3AW6A 1CKCA 4GBRB 4PJ2C 4DAJA 1PQKA 4H9HA 1C43A 2QARC 1H6MA 2G4QA 1GBWA 3DMZA 2DBTA 1C08C 4G4CA 1VDSA 4BS7A 4XJDA 1CJ9A 1NKHA 4NWHA 3GUIA 2F4GA 1XFPL 1UICA 1UIDA 1YROA 2YSSC 3DMVA 4N9RA 1ZURA 1L06A 3J4GA 1D3JA 4I8SA 1C6PA 4XJFA 4EJ4A 4CFOA 4RDSA 131LA 1LMCA 4WM4A 1L86A 1LMOA 1W08A 1IEEA 1OVJA 208LA 4EKQA 1GDXA 125LA 1JJ1A 3F6ZA 1LMNA 1ZVHL 212LA 4DKLA 138LA 2FYDA 4H9AA 3OK0A 4HSFA 5I54A 1RJCB 2LYZA 4GCCA 4WOAA 1QQYA 4I7MA 2IFFY 3W6FA 4ZEEA 1ALCA 3C80A 1L20A 4LFPA 2ZNXY 3IJVA 3ZEKA 5DL9A 3C8QA 1GF0A 1JKDA 3HH3A 4PRQA 1O23A 1UIEA 5LVKA 3EO5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSM A;  1GB7 A;  3ATO A;  1QTK A;  3HU9 A;  5T3F A;  4NHT A;  4M6D A;  2BQH A;  3DN0 A;  4WL7 A;  1LYE A;  3HTG A;  4CJ2 A;  4HJV A;  1LZ9 A;  4YF2 A;  2FBD A;  4QGZ A;  1BB5 A;  1XJT A;  1VDT A;  2WAR A;  1L41 A;  5DLA A;  1L71 A;  1F6S A;  4GCE A;  1L19 A;  3W6E A;  2HU3 A;  2B74 A;  1L66 A;  4NHS A;  1JTP L;  4ARJ A;  2LYO A;  3A92 A;  1BGI A;  1SX2 A;  1LTM A;  1L77 A;  2LZ2 A;  2XTH A;  1IY3 A;  3T36 A;  1IOT A;  1I20 A;  1XGT C;  4WO6 A;  1LHK A;  6LYT A;  1YAN A;  233L A;  1L84 A;  2VB1 A;  2YBN A;  1CU3 A;  3P4Z A;  5APD A;  1QTZ A;  4LDE A;  3VW7 A;  4B4E A;  3WXT A;  4DDC A;  1LI2 A;  4HPI A;  4I7J A;  140L A;  1L96 A;  3TMU A;  4HV1 A;  1LZS A;  3HH4 A;  4IAP A;  3V2Y A;  1DYB A;  1AZF A;  163L A;  1L58 A;  3P68 A;  1B5W A;  1DXJ A;  5L9J A;  4H9C A;  2HUB A;  4DT3 A;  3D4S A;  1P37 A;  252L A;  1C60 A;  2BQM A;  1GFK A;  1YAQ A;  3P64 A;  1LYI A;  184L A;  4WM1 A;  1L10 A;  164L A;  1G06 A;  1I6S A;  1OUD A;  1G0K A;  1L05 A;  1CUQ A;  1YL1 X;  1L52 A;  4HJY A;  4GN3 A;  3P66 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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