4W53A

T4 lysozyme l99a with toluene bound
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)TI2 (158-161)S1 (14-19)EMPTYTI'1 (54-57)TIV1 (27-30)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)TI3 (159-162)AH10 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w53A00
1OV5A 1P3NA 2OU9A 4W54A 7LZMA 1QTVA 1L31A 3FI5A 4I7KA 1L56A 4LZMA 3C8SA 1L19A 1D2WA 1L09A 1L43A 2Q9EA 3SBAA 2RBRA 254LA 1L37A 195LA 1TLAA 255LA 2QARC 1QTCA 118LA 2IGCA 1QTBA 3DN3A 150LA 1C6QA 1L41A 210LA 171LA 245LA 3RUNA 159LA 2ANXA 1L51A 1L80A 167LA 2Z6BA 252LA 178LA 180LA 1L82A 184LA 1G0JA 3D4SA 1C6DA 103LA 130LA 1DYBA 164LA 5I14A 1L50A 248LA 1CUPA 3HTFA 4W56A 141LA 1L54A 3G3WA 1CV0A 1NHBA 3HT7A 239LA 3G3XA 3V2YA 2HUKA 140LA 1LYFA 3HH4A 2NTGA 2RB0X 1OV7A 2F47A 1L08A 4I7SA 4PK0A 3SB5A 260LA 169LA 1D2YA 3SB6A 1L17A 158LA 1PQMA 1L16A 1QT5A 123LA 1CV1A 187LA 3L64A 3CDTA 4I7RA 1JQUA 1L39A 2RAZX 244LA 3GUIA 4AQNA 185LA 2RBQA 1DYFA 4ARLA 4W52A 3DN6A 212LA 1LWGA 151LA 2B6ZA 1CV5A 3GUJA 3SB8A 4I7JA 1XEPA 4YXAC 1JTMA 1L28A 201LA 1G0MA 104LA 1L67A 1L36A 3HH3A 143LA 3DN2A 231LA 4YX7C 107LA 2HULA 146LA 222LA 122LA 1SX2A 3K2RA 1T8GA 1KNIA 2OTZX 191LA 1L52A 3G3VA 1L05A 4YXCA 1KS3A 1KW5A 4W59A 1L03A 1D3MA 1LYEA 3GUNA 1EPYA 227LA 1C69A 4EJ4A 175LA 2OU8A 1L02A 1L57A 1CU2A 1C6MA 1L96A 4PJZA 1L68A 1L33A 214LA 2O7AA 219LA 155LA 1L00A 1G0LA 1L64A 2B6WA 241LA 1CTWA 3SBBC 1XJTA 188LA 1L99A 1L61A 1LGXA 3JR6A 1L32A 3HUQA 3DNAA 3SB7A 1QS5A 1L26A 1QUOA 4GRVA 4LDEA 127LA 4OO9A 211LA 1WTHA 1C6TA 1SWYA 1L0KA 4I7QA 3OE8A 190LA 220LA 2B6XA 1L97A 223LA 1L74A 4I7LA 1L25A 209LA 2B73A 240LA 1L87A 3DN1A 4W55A 4S0WA 196LA 256LA 1C60A 3HDFA 3HUAA 2LZMA 1L22A 1T6HA 2B6TA 1G0GA 1LYDA 1LLHA 1OVKA 1LGWA 4DJHA 1G06A 1DYDA 1L40A 3F9LA 1PQDA 1C63A 1QT7A 3HTBA 4W53A 1L48A 1I6SA 168LA 182LA 238LA 1L62A 3NY9A 1KY1A 174LA 170LA 1B6IA 138LA 2QB0B 108LA 1SX7A 4ARPA 142LA 3C8RA 3DKEX 1L0JA 3UONA 1CX7A 2RBSA 1P6YA 2RAYX 1DYGA 3C7WA 1L42A 128LA 1L15A 4EKQA 1CUQA 1QUGA 156LA 1L72A 173LA 114LA 253LA 125LA 192LA 1G07A 1QSBA 262LA 1C6HA 3DMXA 1L79A 205LA 3CDRA 3PDSA 4LDOA 3HTDA 3NYAA 2L78A 119LA 1L83A 1QS9A 1L69A 183LA 1PQIA 1L47A 3LZMA 3HDEA 1QT6A 1PQJA 1QT3A 112LA 1PQOA 1C6BA 1C6IA 3DN8A 131LA 172LA 243LA 215LA 3PBLA 3QAKA 1LWKA 1L89A 148LE 1C68A 1C6PA 3OE0A 3GUPA 2F32A 109LA 1LPYA 1L14A 1QSQA 1K28A 1L90A 1CV4A 1L58A 189LA 1CV3A 1SWZA 1P36A 2B70A 213LA 3ODUA 1CU0A 1D3FA 218LA 3C82A 232LA 4W58A 1C62A 1L27A 2ANVA 3C81A 228LA 1C65A 1L71A 1OVHA 1T97A 1CX6A 1SSWA 2B6YA 1QT8A 2OE9X 233LA 1L92A 4EPIA 1L73A 250LA 2LC9A 1L11A 1CU3A 1L13A 235LA 1DYCA 145LA 1L94A 3OE6A 1LI6A 1L20A 4IAPA 1KW7A 1QUDA 1ZURA 1QTZA 3C8QA 4I7TA 3C7ZA 3C80A 1G0KA 3FA0A 3DN4A 3GULA 1T8FA 1L45A 4ARJA 1L63A 4E97A 1LI2A 1DYAA 1KY0A 4I7MA 1C6EA 230LA 2RBNA 147LA 137LA 4EKSA 199LA 2B72A 1L24A 1QT4A 1L55A 251LA 1CVKA 226LA 1LI3A 247LA 1G0PA 2B75A 2RB2X 206LA 2RBPA 4EXMA 2A4TA 1JTNA 1P2RA 1P2LA 1P46A 115LA 3HH5A 3L2XA 4I7PA 111LA 2OE4X 1L29A 2OEAX 197LA 261LA 1L85A 1C64A 102LA 3OE9A 1LYHA 1P64A 2NTHA 3CDOA 160LA 1L60A 3F8VA 3DMZA 3RZEA 3HU9A 1T8AA 1P7SA 1C6CA 1L06A 5LZMA 1C6FA 3HT6A 4EKRA 1L12A 2O79A 1G1VA 3EMLA 1L21A 3HH6A 1L35A 2OU0X 1L84A 110LA 161LA 1L34A 198LA 177LA 1D3JA 1C6GA 176LA 1C6LA 113LA 1L65A 242LA 3HWLA 149LA 1L77A 200LA 1D9WA 1L81A 1L66A 4W57A 152LA 181LA 3HU8A 1CV6A 2RB1X 4ZPUA 2RH1A 1L88A 2Q9DA 1L59A 120LA 225LA 258LA 217LA 2B7XA 1C61A 4ARMB 4ARMA 1L98A 166LA 3GUMA 1OVJA 1QTHA 1L75A 1ZYTA 2F2QA 1C6AA 2LCBA 234LA 4I7OA 3NY8A 1C66A 1OYUA 163LA 1C67A 224LA 3CDQA 162LA 3V2WA 236LA 1OWYA 2HUMA 1QTDA 1LGUA 1L49A 1L44A 4LDLA 6LZMA 1DYEA 4DKLA 3HTGA 1LW9A 3DMVA 1ZWNA 186LA 2RBOA 1L86A 3GUKA 1OWZA 1P56A 1C6NA 2OE7X 1C6KA 139LA 1L01A 1D3NA 126LA 1CU5A 1L91A 3VW7A 1P37A 4EPFA 1L38A 1G1WA 1XJUA 216LA 1LYGA 1L30A 129LA 2OTYX 3HT8A 4W51A 1L76A 157LA 1C6JA 1L07A 1PQKA 3C83A 246LA 3FADA 1QUHA 3GUOA 1L93A 1LYIA 3HT9A 259LA 2B74A 4ARQB 4ARQA 221LA 1P5CA 4EKPA 237LA 1L10A 1L18A 3CDVA 1LYJA 1L46A 1L53A 1G0QA 1L70A 144LA 257LA 3HUKA 4DAJA 1L95A 4GBRB 3SB9A 4I7NA 3C7YA 1L04A 1SSYA 2O4WA 1CU6A 2CUUA 229LA 165LA 4K5YA 1L23A 3DN0A 3SN6R 249LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OV5A 2BQBA 1JJ3A 2OU9A 4J1AA 1CKDA 1GFUA 1QTVA 1WQOA 1B7MA 1YAMA 2LYOA 1L43A 5APDA 3KAMA 1L37A 1TLAA 3AW7A 2IGCA 1L41A 4OOOA 2DQHY 210LA 5FSTA 1LOZA 1IP1A 2Z37A 3W6CA 3AGHA 167LA 178LA 4N5RA 180LA 1N4FA 1G0JA 103LA 1DYBA 4W56A 5FCPA 1CV0A 4HV2A 3AW6A 3CSQA 1O23A 1ZMYL 2NTGA 2F47A 2IHLA 260LA 5KXTA 1B5WA 5ILCA 1D2YA 1CKGA 1QT5A 1L16A 1GXV2 1JJ0A 4DQ7A 1UUZC 4LFPA 1OP9B 4YOPA 1RFPA 1W08A 4W52A 1YKYX 2BQJA 4QEQA 1LSEA 1B5XA 4I7JA 4YXAC 1L28A 5LVKA 1AT5A 4HTQA 1L36A 1GFGA 3DN2A 231LA 4WLTA 107LA 146LA 1LHIA 1T8GA 1KNIA 1UA6Y 4NFVA 1DZBX 1GFRA 4LYMA 1KW5A 4WMGA 4D9ZA 1LYEA 3A6CY 4XYYA 1C69A 3IJVA 4H1PA 1JKBA 2OU8A 135LA 1L02A 1L57A 4Z3MA 5LAFA 5DN5A 5B1FA 2EKSC 1B5ZA 214LA 1PZYA 1IY3A 1L64A 188LA 1GB9A 1QS5A 1L26A 4GRVA 4H8YA 3WVXA 127LA 6LYZA 4N1CC 3WUAA 1HFYA 1C6TA 4O34A 1BVXA 1L97A 1L74A 4U3XB 3M18B 4S0WA 196LA 2DBTA 3HDFA 2YBHA 1T6HA 2BLYA 4HJZA 4DWXA 4PRUA 1QQYA 2I25L 1OVKA 1DYDA 5F9XA 2ZYPA 1PQDA 1C63A 1QT7A 4W53A 1BWIA 1LZ6A 168LA 1BQLY 238LA 4DDAA 4NHPA 3A3RX 1B6IA 4DD9A 4TSCA 138LA 5L3IA 4Z41A 4ML7A 1SX7A 4GCCA 1GB7A 4L41A 1INUA 3UONA 3WMKA 3LN2A 4HV1A 2D4KA 3ZVQB 5APFA 128LA 1WVUA 1L15A 1CUQA 2CDSA 4J7VA 1QSAA 253LA 3EO5A 5EBHA 1LJNA 4WG7A 1C08C 1QSBA 1VATA 3DMXA 205LA 1JUGA 3PDSA 4G4CA 4H90A 119LA 1L83A 1L69A 4W94A 4J0LA 1QT6A 1FKQA 1GBWA 5KXKA 131LA 2PC2A 243LA 3PBLA 1LWKA 1C68A 1C6PA 4GLVA 1B7NA 1GAYA 2F32A 3TMVA 4B1AA 1L90A 1CV4A 1OUCA 2CGIA 189LA 1SWZA 213LA 1CU0A 1IVMA 3W6DA 232LA 3EXDA 1C62A 4N1EI 4WM6A 1VAUA 4WM2A 1D0LA 5C6JA 1OVHA 1IC4Y 4DD2A 1T97A 1CX6A 1SSWA 2MEEA 233LA 4LZTA 1L73A 5D5FA 4AGAA 2LC9A 1L11A 1LZAA 1LPIA 235LA 2DKVA 1L94A 4DD7A 2BQFA 1D0MA 4H9CA 4NG1A 8LYZA 3C80A 5C6LA 5APCA 3DN4A 3GULA 1CJ9A 1GFKA 137LA 199LA 1LSZA 153LA 1QT4A 3OK0A 4DYGA 206LA 1B5YA 2A4TA 2D4JA 1FDLY 4NSJA 3W6BA 1I56A 3TXBA 3WU9A 2OE4X 2OEAX 4XJHA 1L85A 2F2NA 1VDTA 5DN4A 2XBSA 5LZMA 2HTXA 4EKRA 2MEHA 1L12A 3EBAB 4KPMA 4P2EA 4I8SA 2OU0X 4HJYA 110LA 4NIJA 161LA 1L34A 198LA 176LA 1C6LA 1J1PY 149LA 1L77A 1WQRA 200LA 4TWSA 5DLAA 1C45A 1L66A 2BQDA 4LYTA 4W57A 5IELA 2Q9DA 2MEDA 4WM1A 1YQVY 3TXEA 3GUMA 1L75A 3A67Y 1GHLA 1GDXA 2YSSC 4I7OA 4BAFA 2HUMA 1L49A 1L44A 1GE2A 3A93A 4HTNA 4NY5A 4DD1A 3DMVA 3TMUA 1VDSA 1L86A 1P56A 4B0DA 1IOSA 1IY4A 5B59A 1C6KA 2HECA 4RW1A 126LA 1L91A 1QUSA 2D4IA 2Z38A 4RLMA 4WLYA 1XJUA 1LJ3A 2BAAA 3N9EA 2OTYX 4LYBA 1HFXA 4II8A 4CFOA 3TXFA 1VEDA 4DT3A 3GXRA 2HEEA 1YAQA 3A95A 1G7LC 1L18A 1UCOA 5KXRA 4LT1A 3P66A 5LAGA 1L53A 3HUKA 5HMVA 1F6RA 1GF6A 2YVBA 1GF5A 1LSMA 3C7YA 2O4WA 3QNGA 1NKHA 1UIFA 1L23A 2LYMA 3SN6R 1REZA 1LZEA 4W54A 4I7KA 1L56A 1SQ2L 1FKVA 1HMKA 2Q9EA 1J1XY 3SBAA 2LZTA 4ZFPA 1VFBC 1DPWA 195LA 1LSFA 1LTMA 1QTBA 150LA 3WU8A 3CT1A 5II3A 245LA 3RUNA 5LYMA 1OUAA 1L80A 3LZTA 2Z6BA 1B2KA 6LYTA 1B0DA 3D4SA 2MEAA 4YEOA 1LMQA 164LA 1GF8A 248LA 1CUPA 3HTFA 1WTMA 3HT7A 3V2YA 2HUKA 140LA 1LYFA 1OV7A 1GFVA 4HPIA 5D5CA 4WLXA 2H5ZA 3TXJA 5LVJA 1L17A 1I1ZA 3MGWA 2MEIA 1CV1A 1LYSA 1LJKA 5HQ1A 4I7RA 3WUNA 1IR8A 4AXTA 1KIPC 1RE2A 1LJIA 1YKZX 4NGIA 2ZWBA 4ARLA 4B4JA 1OUGA 2XJWA 4LYCA 4ZIXA 3DN6A 3RZ4A 212LA 151LA 2B6ZA 3SB8A 1WQPA 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1QUDA 1ZV5L 3C8QA 3J4GA 3C7ZA 4NWHA 1T8FA 4ARJA 1EQEA 1L63A 1LI2A 230LA 2RBNA 147LA 4WL6A 4RW2A 4G4HA 2F4AA 2YDGA 1L55A 1NMMA 247LA 1G0PA 1NDGC 4EXMA 1P2LA 2BLXA 1P46A 1FN5A 3A96A 2G4NA 1GB8A 1XGPC 3LYMA 1GBYA 1L29A 197LA 4YM8A 1BWJA 1C64A 2YBIA 4ZEEA 5KKJA 160LA 2MEGA 1OUJA 1T8AA 3HT6A 2DQCY 4MR1A 4WM4A 1G1VA 3HH6A 1GF0A 1C43A 4GN4A 1L84A 4ETEA 1HEWA 1LSBA 2YBNA 1C6GA 1XGRC 1WQMA 1IWZA 181LA 3HU8A 1CV6A 4ZPUA 4NGKA 2RH1A 5KXNA 120LA 225LA 2Z18A 1HNLA 4ARMB 1GB0A 4H9AA 1OVJA 4N0JA 2W1XA 2F2QA 3CSRA 2YBJA 3TXGA 1C6AA 4OOTA 234LA 1LMAA 3P65A 1C67A 1LZCA 3CDQA 162LA 1JHLA 3V2WA 1OWYA 4J1BA 1LZ5A 6LZMA 1DYEA 4BS7A 3HTGA 186LA 1OWZA 5I4WA 1OUBA 3OJPA 1C6NA 5B05A 139LA 3VW7A 1P37A 1AZFA 3AB6A 5A3ZA 1LZGA 4TSBA 1JITA 1TEWA 1G1WA 5FHWA 1LYGA 4EMNA 1C6JA 3C83A 1CKCA 3FADA 1QUHA 3GUOA 4PHIA 1HSWA 1LYZA 1JSFA 4NGLA 3AGIA 1EQ5A 4ARQA 1TBYA 1REYA 237LA 1LZYA 4XJFA 1L46A 1G0QA 3LZ2A 4G4BA 144LA 4C5FA 1L95A 4RLNA 4GBRB 3W6AA 1E8LA 2BQOA 4LT0A 5FDJA 229LA 165LA 1LMPA 249LA 1CJ8A 4TTDA 1HERA 1GPQC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OV5 A;  2BQB A;  1JJ3 A;  2OU9 A;  4J1A A;  1CKD A;  1GFU A;  1QTV A;  1WQO A;  1B7M A;  1YAM A;  2LYO A;  1L43 A;  5APD A;  3KAM A;  1L37 A;  1TLA A;  3AW7 A;  2IGC A;  1L41 A;  4OOO A;  2DQH Y;  210L A;  5FST A;  1LOZ A;  1IP1 A;  2Z37 A;  3W6C A;  3AGH A;  167L A;  178L A;  4N5R A;  180L A;  1N4F A;  1G0J A;  103L A;  1DYB A;  4W56 A;  5FCP A;  1CV0 A;  4HV2 A;  3AW6 A;  3CSQ A;  1O23 A;  1ZMY L;  2NTG A;  2F47 A;  2IHL A;  260L A;  5KXT A;  1B5W A;  5ILC A;  1D2Y A;  1CKG A;  1QT5 A;  1L16 A;  1GXV 2;  1JJ0 A;  4DQ7 A;  1UUZ C;  4LFP A;  1OP9 B;  4YOP A;  1RFP A;  1W08 A;  4W52 A;  1YKY X;  2BQJ A;  4QEQ A;  1LSE A;  1B5X A;  4I7J A;  4YXA C;  1L28 A;  5LVK A;  1AT5 A;  4HTQ A;  1L36 A;  1GFG A;  3DN2 A;  231L A;  4WLT A;  107L A;  146L A;  1LHI A;  1T8G A;  1KNI A;  1UA6 Y;  4NFV A;  1DZB X;  1GFR A;  4LYM A;  1KW5 A;  4WMG A;  4D9Z A;  1LYE A;  3A6C Y;  4XYY A;  1C69 A;  3IJV A;  4H1P A;  1JKB A;  2OU8 A;  135L A;  1L02 A;  1L57 A;  4Z3M A;  5LAF A;  5DN5 A;  5B1F A;  2EKS C;  1B5Z A; 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