4W54A

T4 lysozyme l99a with ethylbenzene bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w54A00
3ODUA 1DYGA 103LA 223LA 1QT3A 3HT6A 218LA 1L32A 1JTMA 1L29A 3FA0A 4S0WA 3GULA 3DKEX 1L20A 147LA 238LA 1L62A 2O7AA 5I14A 234LA 4W56A 2IGCA 1CTWA 1L55A 1L36A 2OU9A 1C6PA 1L69A 3SBBC 3HU9A 2LZMA 200LA 1CV6A 118LA 4W53A 1XEPA 1L70A 222LA 1LWGA 4LDOA 1C62A 3HH4A 1LYHA 1T8AA 3DN8A 1G0MA 1L14A 1QSBA 1L80A 1QUGA 190LA 1L38A 2B73A 2HULA 3D4SA 229LA 2F2QA 3HWLA 187LA 1ZYTA 1C6AA 224LA 1D3FA 1SX2A 3HTGA 3DN0A 215LA 249LA 196LA 1B6IA 3SN6R 1C67A 1LYDA 1P56A 251LA 163LA 1L74A 1D3NA 4I7SA 1L94A 141LA 115LA 1L77A 3SB7A 1G06A 1C6DA 126LA 1CV3A 2RB1X 1K28A 1L47A 1L0KA 1G0QA 1L86A 1L87A 4YXAC 4LDEA 1QTCA 1C6GA 1L60A 7LZMA 4ARQB 1G07A 1L02A 1LYGA 1PQJA 2A4TA 2LCBA 1L76A 1KY0A 3C7WA 2OU0X 150LA 185LA 3C83A 1C6QA 3HTBA 4ZPUA 1L93A 181LA 1C6MA 4ARJA 1QT6A 102LA 107LA 2RBOA 110LA 1L67A 3RUNA 108LA 3HDEA 1T8FA 4ARLA 1SSYA 4DKLA 3V2WA 3NY9A 230LA 1CX6A 3CDVA 1G0GA 2OU8A 1L18A 138LA 174LA 3CDOA 3GUJA 1C68A 112LA 2B75A 3PDSA 4ARMA 1CU3A 1L22A 1L25A 1P2LA 2RAYX 4I7MA 3SB8A 1P46A 4EKPA 257LA 1D2WA 2F32A 3HUKA 3V2YA 4I7RA 1L0JA 2QARC 4W54A 1LGUA 6LZMA 1L01A 1L57A 1DYCA 172LA 3SB5A 1L88A 3DMXA 120LA 1NHBA 239LA 4OO9A 1L35A 111LA 1L41A 152LA 1L40A 3GUKA 1LI2A 1L99A 125LA 3C82A 4ARQA 1KS3A 226LA 149LA 119LA 1C63A 199LA 1L51A 1L91A 4EKQA 1L24A 127LA 1OWZA 2CUUA 177LA 1CV1A 1L64A 1QTDA 252LA 2RB0X 212LA 1T97A 4I7LA 2B6TA 2RBPA 4EJ4A 1L72A 1L63A 255LA 4YX7C 1P7SA 1L98A 2B6YA 131LA 3C7ZA 128LA 4I7OA 1CV4A 2OTZX 228LA 1KY1A 227LA 1L90A 3G3VA 1L27A 3NY8A 3CDRA 236LA 1SX7A 1LGXA 2RBRA 1KW5A 1L33A 1QT4A 213LA 1OVHA 1LWKA 1PQMA 1PQOA 201LA 3C8QA 3HDFA 1C6NA 4W59A 2B74A 2HUMA 183LA 2B6XA 1P2RA 1C64A 1DYFA 231LA 2B6WA 1L17A 2RAZX 232LA 1L10A 1C6CA 3NYAA 1LI6A 1QUHA 3FI5A 3SB6A 1WTHA 1G0LA 4LZMA 151LA 4K5YA 1L28A 1L21A 4ARMB 1L16A 1L75A 3DNAA 3HH5A 1CU6A 211LA 205LA 3QAKA 225LA 3C8RA 1C60A 122LA 1LGWA 216LA 3GUNA 1C6TA 113LA 148LE 243LA 4EKSA 1QUOA 1C65A 3L64A 3GUOA 2RBNA 1QSQA 1OV5A 189LA 3F9LA 4W58A 4W52A 1KNIA 1L85A 1L66A 1LYEA 1ZURA 173LA 1L58A 3DN4A 1L79A 1L43A 137LA 1P64A 1OVJA 180LA 2OE4X 1LLHA 1C6IA 1C6FA 197LA 217LA 1CX7A 214LA 1L08A 169LA 240LA 3UONA 1C66A 188LA 260LA 1C61A 1L13A 4YXCA 2RBQA 3G3XA 1QS9A 1QTVA 3SBAA 2OTYX 3VW7A 3HUAA 3HUQA 1LPYA 2L78A 1L12A 1L26A 1L04A 3C80A 142LA 3LZMA 2QB0B 1L52A 1XJTA 4PK0A 168LA 3DMVA 3DN3A 4GBRB 3HU8A 237LA 1DYBA 191LA 3C7YA 2B6ZA 1L50A 3G3WA 1L00A 1G0KA 3HTDA 198LA 221LA 3DMZA 176LA 1DYAA 1L39A 3F8VA 160LA 1L92A 1L53A 170LA 171LA 1DYDA 1LYFA 1L68A 1L03A 1CU5A 4E97A 1L95A 206LA 3JR6A 4W57A 1QTBA 2ANXA 1CUQA 1PQDA 130LA 1L07A 1EPYA 1C6KA 1SWZA 157LA 1L19A 256LA 3OE0A 158LA 4EPIA 1QTZA 1C6LA 146LA 209LA 4EXMA 1L83A 1L05A 1LI3A 1C69A 1CVKA 253LA 184LA 2RBSA 1ZWNA 5LZMA 1G0PA 1CUPA 235LA 1P6YA 1L11A 2B70A 4DAJA 1KW7A 1PQKA 2F47A 143LA 1QTHA 162LA 1L48A 3C81A 1QUDA 1P37A 164LA 3GUMA 220LA 3SB9A 219LA 2RB2X 161LA 1CV0A 4ARPA 1G1WA 1L30A 1QS5A 2Q9EA 233LA 3HH6A 1OYUA 1D3MA 1P5CA 1JTNA 3OE6A 262LA 144LA 2LC9A 156LA 1OWYA 3DN2A 3HH3A 4PJZA 1L37A 182LA 1L61A 3OE9A 123LA 1C6HA 244LA 1SSWA 3PBLA 4I7PA 245LA 1PQIA 2RH1A 4IAPA 1QT5A 1L54A 3CDQA 139LA 4I7JA 1L46A 1OV7A 2B7XA 1QT8A 192LA 186LA 248LA 3HT8A 4EPFA 159LA 1DYEA 1D9WA 1L45A 1G1VA 1L23A 1G0JA 1L44A 1L84A 1XJUA 4LDLA 109LA 1L49A 210LA 1QT7A 3DN6A 1JQUA 175LA 2OE7X 129LA 1L73A 1LYJA 3GUIA 2ANVA 3CDTA 4I7NA 3GUPA 259LA 242LA 1L42A 140LA 1L96A 1L59A 1OVKA 1I6SA 1L82A 1L97A 1SWYA 2Z6BA 4W51A 258LA 2O4WA 1L81A 4GRVA 178LA 1C6EA 4AQNA 1L89A 195LA 1T6HA 2OE9X 1CU2A 1C6JA 250LA 241LA 2NTHA 3OE8A 1L71A 3DN1A 4I7KA 3L2XA 2OEAX 1L56A 247LA 1CU0A 1L65A 1TLAA 1D2YA 4DJHA 1P3NA 155LA 145LA 1L34A 4W55A 4EKRA 2B72A 166LA 1D3JA 3EMLA 1L15A 1T8GA 1LW9A 3RZEA 261LA 167LA 104LA 1C6BA 1CV5A 254LA 1LYIA 2Q9DA 2HUKA 3FADA 1L09A 1P36A 3HT7A 3HT9A 3HTFA 1L31A 2O79A 2NTGA 114LA 3K2RA 4I7QA 4I7TA 1L06A 246LA 165LA 3C8SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ODUA 1DYGA 223LA 4NY5A 1P2CC 1UIHA 4NEBA 1HMLA 2BQAA 3A94A 1TDYA 5I14A 4N9RA 4FDYA 2VB1A 2IGCA 4HV1A 1L55A 1L36A 1LSBA 1OP9B 2MEBA 2LZMA 1UUZC 3OJPA 1CV6A 4ETBA 1XEPA 1LWGA 2MECA 2BQLA 1D6QA 3HH4A 1LYHA 1T8AA 3HFMY 1EL1A 1L38A 1MELL 2F2QA 187LA 4H8YA 1OUIA 1SX2A 196LA 1BB5A 1B6IA 4OW1A 4PJ2C 1P56A 1RFPA 163LA 4I7SA 5KXYA 1GBYA 1L94A 2RB1X 1IX0A 1G0QA 1L87A 2I25L 3P64A 1C6GA 1G07A 3RW8A 1LYGA 1B7MA 4LT1A 2A4TA 4DD3A 5KJ9A 1L76A 1HERA 185LA 1J1XY 3ZVQA 3C83A 1C6QA 2YVBA 5L9JA 3TXKA 1CKGA 4EOFA 102LA 1B7RA 1EQEA 4X3BA 5LVJA 1JWRA 5KKIA 3A6CY 2RBOA 4H9FA 1LSMA 5F81A 1JPOA 108LA 1YKYX 2ZQ3A 5DN5A 1SSYA 3T6UA 1IC4Y 4H8XA 3V2WA 3NY9A 3CDVA 2ZWBA 1LSNA 2OU8A 1DI4A 1LKSA 1WVUA 4L41A 3CDOA 174LA 3GUJA 2B75A 4ARMA 1CU3A 1P2LA 257LA 5APEA 3WXUA 2F32A 5K7OA 6LYZA 1GFAA 3A90A 1L0JA 2QARC 4I7RA 4W54A 1LGUA 4I8SA 1JTOL 4H8ZA 1UBZA 3SB5A 1SLYA 1GF4A 1GWDA 111LA 2BQDA 4B0DA 1GE1A 1DKJA 125LA 1LZ5A 1VATA 1L51A 1L91A 127LA 4GCCA 1LZGA 2EIZC 1L64A 4YENA 252LA 1HFXA 3G3AB 4I7LA 1T97A 3K3TA 1D0LA 2CWIA 1P7SA 1L98A 2B6YA 1C08C 4I7OA 1IP3A 5LAFA 1VAUA 2YBMA 1IWYA 1AZFA 4G4HA 227LA 3HBHA 1C43A 1UIFA 4J1BA 5C6JA 5HMJA 236LA 5L3IA 5LA8A 1SX7A 1QT4A 213LA 4NGKA 1OVHA 1LWKA 1PQOA 201LA 1DKKA 2Z18A 3HDFA 4W59A 154LA 1CJ7A 1BB6A 3A6BY 1P2RA 231LA 4MCKA 2RAZX 2FYDA 1GD6A 5B1FA 151LA 4ARMB 1L16A 1QUTA 1DI3A 2ZILA 5E4PA 4YF2A 205LA 1BWIA 1FN5A 3C8RA 1C60A 4H9BA 1GBSA 4YEOA 1GBOA 1QUOA 1WQPA 3GUOA 1UIEA 5LAGA 4LYMA 2ZYPA 5HLLA 2N5ZA 1FLQA 1KXYA 4WM1A 1VEDA 1GB8A 4H1PA 4OWEA 5LVHA 2OE4X 1LLHA 2D4JA 5KXKA 1CKHA 3WXTA 4D9ZA 3GXRA 169LA 188LA 260LA 1C61A 4G9SA 3G3XA 1QS9A 1V7TA 3VW7A 3HUAA 4IJ4A 1LPYA 2L78A 1GF7A 1AT6A 4N0JA 4DDAA 4LT0A 1WQNA 168LA 3DMVA 3W3EA 1IP7A 4DC4A 5F14A 5LYTA 2AUBA 3G3WA 133LA 1GF9A 176LA 5LVGA 1L92A 1IEEA 1OUBA 5I53A 2Z2FA 2LHMA 1B5XA 1B7QA 5KXZA 4W57A 1CUQA 1PQDA 130LA 1LMNA 1UACY 256LA 2DQDY 3TXFA 2ZNXY 209LA 3P66A 4DD2A 4HJYA 1CVKA 4HP0A 1WQMA 4DWXA 4NGJA 1YANA 1LHLA 2YSSC 1CUPA 1LSYA 1NQIA 2CJLA 2F47A 3RZ4A 2BQGA 1IC7Y 162LA 3C81A 2MEAA 3AZ5A 4MSTA 2RB2X 4ARPA 5A3EA 2Q9EA 4QDNA 1D3MA 3RNXA 144LA 2CGIA 4G4CA 2BQEA 4HTKA 1OWYA 2XBRA 1NDGC 4NHIA 3DN2A 1L37A 1C6HA 244LA 4NHPA 4WOAA 1JTPL 1QT5A 1GXV2 1L54A 4NSHA 186LA 4EPFA 159LA 3WH1A 1GE4A 1L45A 1G1VA 1L23A 1G0JA 1L44A 4LDLA 109LA 1B5VA 1QT7A 3DN6A 1JISA 3FI7A 5AMYA 1L73A 1LYJA 5C6LA 3GUIA 1F0WA 208LA 1GF8A 2ZYCA 5KXPA 2W1YA 1IOCA 3TMUA 140LA 1TCYA 4H9EA 2NWDX 3P65A 1I6SA 4IATA 3W6EA 1L97A 1VDPA 4WM4A 2Z6BA 1GB2A 1UIAA 1L81A 5I4XA 1BB7A 1C6EA 4B4IA 1L89A 1T6HA 1CU2A 4LZTA 241LA 5DLAA 1LZ8A 1IR9A 3WYHA 1JIYA 4WLYA 4XJFA 1L65A 1TLAA 1REYA 4NGIA 4DJHA 3D3DA 3CSZA 1L34A 2HUBA 2ZIKA 2Z39A 1REZA 1UC0A 1HEPA 1LW9A 167LA 1OUAA 4E3UA 104LA 1CV5A 3FADA 1IO5A 1LYIA 1N4FA 2HUKA 3W6FA 114LA 1QSAA 5KXXA 1NDMC 3K2RA 3TXBA 3IWRA 5LVKA 1H6MA 2H9KA 4Z41A 4CHXA 5KXWA 2MEHA 2XBSA 1IY3A 1QT3A 5LINA 3HT6A 1LZDA 3DKEX 6LYTA 1OUGA 238LA 1L62A 2BQFA 2B5ZA 5KXOA 3SBBC 4LYBA 1G7MC 4W53A 2A7DA 4CGEA 222LA 3DN8A 1YAMA 190LA 1GF6A 2C8PA 3D4SA 229LA 2I6ZA 2MEIA 1I20A 1GPQC 224LA 1E8LA 3DN0A 1LJJA 2XTHA 3SN6R 1RCMA 251LA 2BQBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ODU A;  1DYG A;  223L A;  4NY5 A;  1P2C C;  1UIH A;  4NEB A;  1HML A;  2BQA A;  3A94 A;  1TDY A;  5I14 A;  4N9R A;  4FDY A;  2VB1 A;  2IGC A;  4HV1 A;  1L55 A;  1L36 A;  1LSB A;  1OP9 B;  2MEB A;  2LZM A;  1UUZ C;  3OJP A;  1CV6 A;  4ETB A;  1XEP A;  1LWG A;  2MEC A;  2BQL A;  1D6Q A;  3HH4 A;  1LYH A;  1T8A A;  3HFM Y;  1EL1 A;  1L38 A;  1MEL L;  2F2Q A;  187L A;  4H8Y A;  1OUI A;  1SX2 A;  196L A;  1BB5 A;  1B6I A;  4OW1 A;  4PJ2 C;  1P56 A;  1RFP A;  163L A;  4I7S A;  5KXY A;  1GBY A;  1L94 A;  2RB1 X;  1IX0 A;  1G0Q A;  1L87 A;  2I25 L;  3P64 A;  1C6G A;  1G07 A;  3RW8 A;  1LYG A;  1B7M A;  4LT1 A;  2A4T A;  4DD3 A;  5KJ9 A;  1L76 A;  1HER A;  185L A;  1J1X Y;  3ZVQ A;  3C83 A;  1C6Q A;  2YVB A;  5L9J A;  3TXK A;  1CKG A;  4EOF A;  102L A;  1B7R A;  1EQE A;  4X3B A;  5LVJ A;  1JWR A;  5KKI A;  3A6C Y;  2RBO A;  4H9F A;  1LSM A;  5F81 A;  1JPO A;  108L A;  1YKY X;  2ZQ3 A;  5DN5 A;  1SSY A;  3T6U A;  1IC4 Y;  4H8X A;  3V2W A;  3NY9 A;  3CDV A;  2ZWB A;  1LSN A;  2OU8 A;  1DI4 A;  1LKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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