4W55A

T4 lysozyme l99a with n-propylbenzene bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Endolysin
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w55A00
3DNAA 1QUOA 227LA 254LA 1C62A 214LA 1EPYA 2RBRA 3C82A 4GBRB 3OE9A 1ZYTA 137LA 4ARMB 3FA0A 1L68A 3EMLA 228LA 1KS3A 1LI3A 1L12A 3JR6A 1C65A 1LPYA 1SX7A 3C7YA 140LA 192LA 3RZEA 1L79A 104LA 1G0KA 4W53A 4EKQA 1L56A 2F32A 2B7XA 110LA 1XEPA 221LA 1C6JA 1L74A 249LA 1G06A 260LA 2RBSA 1L29A 200LA 2OU9A 1L76A 213LA 1KY0A 1L85A 1PQMA 2Q9EA 1NHBA 1OWZA 4ARQA 1G0PA 3F8VA 4E97A 174LA 1LYEA 1P46A 2HUKA 2RH1A 3DMZA 3ODUA 1G0LA 146LA 1PQKA 1OVKA 1DYEA 3D4SA 229LA 3GUMA 2B6YA 4PK0A 3DKEX 1C68A 3DN6A 1L99A 1L41A 253LA 1CV5A 3QAKA 4DAJA 171LA 191LA 259LA 143LA 234LA 3HTGA 3OE6A 172LA 210LA 201LA 3C8QA 4LZMA 1L34A 1DYAA 261LA 1L06A 184LA 4I7SA 3FADA 180LA 1L69A 2B6WA 2OEAX 1L66A 149LA 196LA 114LA 1L73A 3HUKA 231LA 4W56A 1ZURA 2Q9DA 245LA 1L13A 1C6HA 1CV6A 1LYDA 2OTZX 2B6TA 1B6IA 1C6PA 3DN3A 1LWGA 217LA 1C6AA 1L38A 262LA 3DN2A 3HTDA 225LA 3HH4A 3PBLA 6LZMA 3HWLA 1L10A 2B6XA 1QT7A 3GULA 157LA 1CU6A 1L93A 181LA 2HUMA 1CVKA 1L84A 1L35A 4AQNA 3DN0A 1DYDA 175LA 1QTCA 1D3MA 4EKRA 1CV4A 1L25A 1QT3A 4W54A 127LA 1L97A 4LDLA 3V2WA 177LA 1L14A 3DN8A 1OYUA 3DMVA 1SX2A 1T8GA 2F2QA 1L89A 3HUAA 1QT5A 3HT6A 250LA 3CDQA 109LA 1KW7A 248LA 2OE9X 2B75A 3RUNA 3C8SA 1L90A 1P36A 1P7SA 1CV3A 1PQIA 1CX6A 1L05A 3F9LA 1L91A 3HTBA 3UONA 1C61A 1P6YA 1L70A 1C67A 4I7NA 1L40A 4LDEA 4I7OA 2LC9A 223LA 242LA 4I7PA 1L61A 1G07A 1L45A 1L75A 1L21A 1LGXA 1QSQA 1QT6A 1T97A 3NY9A 1CU0A 1L18A 1L57A 2Z6BA 2RBQA 1QSBA 2F47A 1LLHA 4LDOA 1L67A 1C6NA 1QS9A 1C64A 3NY8A 2B73A 4S0WA 1L39A 1L52A 2ANVA 3GUNA 123LA 3C7ZA 165LA 1L55A 4ARMA 119LA 155LA 142LA 1L87A 188LA 1LI6A 1QTHA 1XJTA 2LCBA 3GUKA 1CU3A 224LA 1JTNA 1P5CA 1L51A 1L62A 2L78A 235LA 167LA 1L47A 3HT9A 219LA 1KNIA 1L37A 1LW9A 1L72A 108LA 1T8AA 1D2WA 3C83A 118LA 1L88A 1L71A 1QTDA 3GUOA 1QTZA 1QUHA 1KW5A 1C60A 1C6LA 4YX7C 1L81A 131LA 1LYGA 4W51A 145LA 1L63A 199LA 1C6EA 1L27A 4ARJA 1L54A 1DYGA 1C6MA 1L24A 243LA 3DN4A 2OU0X 2RB1X 1SWYA 3OE8A 251LA 2RB2X 3HUQA 3CDVA 4DJHA 215LA 4W58A 2B74A 111LA 1L07A 4EKSA 128LA 1L22A 3HDEA 1L98A 148LE 1L30A 1KY1A 1L0KA 3G3XA 1D2YA 4I7LA 1L65A 218LA 3L2XA 190LA 1L17A 4IAPA 1QS5A 122LA 138LA 1L0JA 164LA 1CX7A 1G0JA 2QARC 1L31A 244LA 185LA 1SSYA 2RBOA 1DYBA 252LA 206LA 3HU9A 4W52A 3SBBC 1CTWA 1L92A 205LA 2O7AA 103LA 107LA 1L28A 1D3JA 1L50A 1QT8A 3DN1A 4EPIA 1CU5A 1L19A 3SBAA 1LYJA 163LA 1L33A 241LA 3SB8A 1P2LA 2OTYX 4K5YA 1L02A 1QT4A 2OU8A 1G0QA 1C69A 3HH6A 4W59A 4W55A 120LA 4YXAC 2RAZX 1P37A 144LA 4YXCA 1L44A 1LWKA 1C6DA 2OE7X 2B70A 168LA 1WTHA 1C6CA 1L43A 2CUUA 1PQDA 209LA 4I7TA 1LYFA 4OO9A 1L01A 1CU2A 3K2RA 178LA 1C6QA 1L80A 1L48A 3DMXA 166LA 152LA 258LA 1CUQA 212LA 1C6IA 1L26A 1XJUA 1L94A 1LI2A 2NTGA 3C81A 1C6GA 2ANXA 233LA 4I7QA 4EXMA 189LA 246LA 183LA 1L08A 1L04A 1L83A 160LA 1L16A 3GUIA 5I14A 1LGWA 4ZPUA 1G0MA 1D3NA 236LA 129LA 151LA 2B72A 4ARPA 1LYHA 1L20A 3OE0A 4ARQB 239LA 1LYIA 3C8RA 4GRVA 1JTMA 4EKPA 195LA 161LA 1C66A 5LZMA 158LA 1L64A 3HU8A 186LA 230LA 2O79A 1C6TA 1P3NA 1PQJA 1L96A 1QUGA 1L53A 126LA 222LA 3FI5A 150LA 1LGUA 1P64A 3HTFA 1L36A 1L46A 2RAYX 1OVHA 1C6FA 1SSWA 1L49A 3GUJA 226LA 130LA 3L64A 4I7KA 139LA 3CDOA 4I7MA 1L15A 1P56A 216LA 1DYFA 3CDTA 2B6ZA 257LA 147LA 162LA 2IGCA 1ZWNA 1OV7A 3HT8A 1L59A 187LA 2O4WA 3HH3A 3SB7A 1OWYA 1OVJA 1L60A 4ARLA 1C63A 3HT7A 240LA 1T6HA 1C6KA 1OV5A 232LA 1SWZA 1K28A 198LA 3NYAA 4W57A 4I7JA 1D3FA 3SB6A 220LA 4I7RA 1L32A 3LZMA 256LA 3G3VA 141LA 3V2YA 1L23A 170LA 1L00A 1L09A 3HDFA 3GUPA 2RBNA 238LA 2RBPA 112LA 1QUDA 1L86A 182LA 4PJZA 102LA 1L77A 1G1VA 1L82A 255LA 2RB0X 1CV0A 1PQOA 2A4TA 1L03A 3SB5A 3SB9A 1TLAA 1G1WA 1T8FA 2LZMA 1I6SA 2HULA 2QB0B 2NTHA 1L95A 113LA 1CUPA 4EPFA 3SN6R 1L42A 211LA 1CV1A 156LA 3CDRA 173LA 3C7WA 197LA 3HH5A 1JQUA 237LA 2OE4X 1D9WA 125LA 4DKLA 1QTVA 3C80A 1P2RA 1C6BA 7LZMA 1L11A 1L58A 4EJ4A 176LA 115LA 3PDSA 159LA 1DYCA 1G0GA 1QTBA 247LA 3VW7A 169LA 3G3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5WA 1AT5A 4I8SA 214LA 1EPYA 4GBRB 5KXNA 5KKIA 5M1YA 4OOOA 1LMOA 3EMLA 1AT6A 4NWEA 4ETDA 1LPIA 4H8YA 4ZFPA 3JR6A 5LIOA 1C65A 1SX7A 3RZEA 3WU7A 4HJVA 4GN4A 1GFEA 2HEFA 4M4OA 4KXIA 1XEPA 1L74A 2DKVA 1LZAA 4NG1A 4WG1A 260LA 2DQCY 4AXTA 2MEHA 2OU9A 213LA 1KY0A 1JTTL 4II8A 2CJLA 4WO9A 1G0PA 4E97A 4ETEA 1OUAA 2YBHA 1G7IC 1IWXA 1JSFA 1IP5A 3D4SA 1YAOA 4PK0A 4DD9A 1RI8B 1L99A 5KXXA 253LA 1CV5A 4DAJA 171LA 1GB9A 4PRUA 5B05A 143LA 234LA 3AW7A 3HTGA 3AZ6A 210LA 3OE6A 184LA 4DYGA 1L66A 5FSTA 4IASA 2DQEY 1QUTA 1L73A 2CGIA 1AKIA 4WM6A 1LSMA 4NSGA 4WL6A 3A3QA 5E4PA 1C6PA 1LWGA 3AZ5A 1L38A 3DN2A 4C3WA 4NSIA 1QTKA 1QT7A 1IY4A 157LA 1PS5A 1L93A 181LA 2HUMA 2Z12A 3CB7A 4NGLA 4ET9A 1L84A 1L35A 2HU1A 2LHMA 2W1LA 1BWJA 3W6DA 4IATA 1UA6Y 1ZVHL 4WOAA 4LDLA 2H9KA 1L14A 4YM8A 2YSSC 2MEAA 1QT5A 250LA 4WO6A 3CDQA 1CX6A 1L05A 4LYMA 3D9AC 1L70A 3F6ZA 4FJRA 1INUA 4LDEA 4B4JA 223LA 3AW6A 2BQGA 2Z2FA 1QSQA 5JENB 1LLHA 4IJ4A 3NY8A 1BWHA 1HSXA 1L39A 123LA 2DQHY 4XJDA 1JPOA 188LA 1GF6A 3P66A 4CFPA 1XJTA 1JTNA 1P5CA 1QQYA 1GE3A 2W1XA 2HEEA 1B7NA 5APCA 1YIKA 4H8XA 1DKKA 1GWDA 1JTPL 4H9CA 1D2WA 3C83A 2HEAA 4XADA 1QTZA 1D0MA 1QUHA 4NGZA 4LT0A 2D4KA 1JKDA 4TSBA 3RZ4A 131LA 4DQ7A 5KXLA 1CKFA 145LA 3J4GA 3HBHA 199LA 1REYA 1C6MA 4XJGA 1RJCB 243LA 4H9BA 3GXRA 3DN4A 2OU0X 2RB1X 3OE8A 2RB2X 4WLYA 3HUQA 1B7QA 1TDYA 4W58A 2BQCA 2ZWBA 4EKSA 1GDXA 1L98A 1L30A 4OWBA 2BAAA 4RLMA 1JISA 5LYMA 4NHSA 4I7LA 1L65A 218LA 1REXA 4CGEA 3WPLA 1FBIX 1NMMA 2BQJA 1V7TA 4ANRA 1JIYA 4KT3A 4NGYA 1L31A 3HU9A 4W52A 1L92A 1JSEA 1UIDA 3SBAA 4G49A 1L33A 4B4IA 1FLQA 5FELA 3A92A 2ZNWY 4K5YA 1C10A 4W59A 1QSWA 4QDNA 1DXJA 4YXAC 3AGGG 2XQOA 4WM2A 3A94A 1IP3A 1XSFA 5F9XA 1LWKA 1C6DA 2OE7X 168LA 1FLWA 1JITA 209LA 1LYFA 2LZTA 3FE0A 4H9IA 258LA 4DQ5A 4W96A 2ANXA 5B07A 4QGZA 160LA 1L16A 1LGWA 6LYTA 5I4YA 4HTKA 5L3IA 4H90A 2FBBA 3WVXA 1L20A 3OE0A 2XJWA 3TXEA 4ARQB 1LYIA 4GRVA 2HEBA 161LA 1C66A 5LZMA 2BQDA 4I0CA 4ZEEA 4ZIXA 5LVHA 1IWTA 3HU8A 186LA 230LA 5I4XA 1FKVA 3WH1A 1JTOL 150LA 3HTFA 1L46A 4J0LA 3L64A 2MECA 5I5QA 4LT3A 1W08A 3CDOA 1WQNA 1L15A 1DYFA 3CDTA 1BB3A 2MEEA 4B1AA 1L59A 2BQHA 5FEKA 3HH3A 1LKRA 2I25L 2CWIA 134LA 4HJZA 4N1CC 1DI4A 3TXGA 3A6BY 1K28A 198LA 1LJHA 5KJ9A 1LCNA 3SB6A 3CSQA 1IEEA 1GE1A 2X0AA 1FKQA 1LSPA 3HDFA 1HEMA 1YAQA 4OOTA 2G4NA 3W6AA 207LA 182LA 1A4VA 1FLUA 1CKHA 5APEA 1PQOA 3TMVA 1B7RA 4H93A 1I20A 3SB9A 1TLAA 1G1WA 1T8FA 2LZMA 1I6SA 2QB0B 3W6FA 4WM4A 4NSHA 3W6BA 4N5RA 3WXUA 4E3UA 1RCMA 4B0DA 2OE4X 1GF7A 1QTVA 2F30A 1P2RA 1C6BA 1LZYA 5KXPA 4DDCA 4EJ4A 1B5YA 2IFFY 1VDPA 2YBNA 3G3WA 3HBEX 1BB5A 3DNAA 1QUOA 2C8PA 4G4BA 227LA 1F0WA 2RBRA 3C82A 2BQMA 2MEFA 1UICA 4H94A 1ZYTA 137LA 1VAUA 4ARMB 228LA 3AGIA 1LJFA 3WUAA 4ML7A 4TWSA 3EO5A 104LA 1G0KA 5APFA 1DPXA 5KKJA 2ZYCA 1C6JA 5DL9A 3A8ZA 1UIAA 1L29A 200LA 1L85A 2Q9EA 1NHBA 1OWZA 4ARQA 3F8VA 1LZ8A 1HFZA 174LA 1LYEA 2RH1A 1GHLA 1WTNA 1B0DA 1OVKA 5C6JA 5L9JA 1XGPC 3DKEX 3CT0A 2EIZC 1WVVA 3WL2A 1KXWA 1HEOA 3QAKA 2BQKA 172LA 4B4EA 1L34A 1D9UA 261LA 4I7SA 3OJPA 1L69A 1OUJA 2OEAX 4XJBA 1W6ZA 149LA 114LA 2Z19A 2C8OA 1BB4A 4OWEA 1QTEA 5C6LA 1HHLA 1GF4A 2HECA 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1OQMA 2RAZX 1P37A 2N5ZA 4YXCA 4GCCA 2B70A 1JKCA 3LYMA 4OO9A 1HERA 3K2RA 4WL7A 1L80A 1GFVA 5EBHA 1UCOA 152LA 1J1XY 1CUQA 1KIPC 4U3XB 1LAAA 233LA 5KXTA 1SQ2L 3A67Y 1AM7A 1L04A 1IR8A 1L83A 1WQRA 4NIJA 1G0MA 236LA 2B72A 4DDAA 4ARPA 3GXKA 1IC4Y 1LSNA 3LYOA 5J7CA 1JTMA 5KXSA 1BVXA 1IOSA 1GF3A 1L64A 4GCBA 1C6TA 1P3NA 1QUGA 1VEDA 2WARA 126LA 222LA 3FI5A 2RSCA 1LGUA 4YEOA 1L36A 1OVHA 1C6FA 3LN2A 3GUJA 1LZNA 1LSDA 1YILA 2H5ZA 4DT3A 1GB2A 1UIEA 3AGHA 1P56A 4RW1A 2B6ZA 1YL0X 4N8ZA 1ZWNA 1OV7A 3HT8A 2O4WA 1DI3A 1LZ9A 1OUIA 3SB7A 5LYZA 5F9UA 1L60A 4ARLA 3ZVQA 1GFTA 1JKAA 1T6HA 1LHLA 1LZEA 3NYAA 4WLTA 1D3FA 1LMNA 3LZMA 256LA 2PC2A 3G3VA 1IX0A 3V2YA 3EMSA 1L00A 2RBNA 238LA 112LA 4WM5A 1L86A 4UWVA 1L77A 5A3EA 1IWWA 4UWUA 208LA 1GB6A 4LYBA 2BQNA 5KXRA 2F4AA 4DD2A 1LSEA 5E9RA 4ETAA 1L42A 211LA 2D91A 4DQJA 3AZ4A 3EXDA 135LA 4DC4A 1NQIA 1OUHA 1WVUA 237LA 1LJ3A 3B0IA 4EOFA 125LA 1BB7A 1OUEA 1E8LA 5DM9A 3LHMA 2BPUA 159LA 5F14A 1QTBA 1IY3A 4LGKA 1TAYA 169LA 4DDBA 4J1BA 1BB6A 1TEWA 2DBTA 2ZYPA 254LA 1EQ4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B5W A;  1AT5 A;  4I8S A;  214L A;  1EPY A;  4GBR B;  5KXN A;  5KKI A;  5M1Y A;  4OOO A;  1LMO A;  3EML A;  1AT6 A;  4NWE A;  4ETD A;  1LPI A;  4H8Y A;  4ZFP A;  3JR6 A;  5LIO A;  1C65 A;  1SX7 A;  3RZE A;  3WU7 A;  4HJV A;  4GN4 A;  1GFE A;  2HEF A;  4M4O A;  4KXI A;  1XEP A;  1L74 A;  2DKV A;  1LZA A;  4NG1 A;  4WG1 A;  260L A;  2DQC Y;  4AXT A;  2MEH A;  2OU9 A;  213L A;  1KY0 A;  1JTT L;  4II8 A;  2CJL A;  4WO9 A;  1G0P A;  4E97 A;  4ETE A;  1OUA A;  2YBH A;  1G7I C;  1IWX A;  1JSF A;  1IP5 A;  3D4S A;  1YAO A;  4PK0 A;  4DD9 A;  1RI8 B;  1L99 A;  5KXX A;  253L A;  1CV5 A;  4DAJ A;  171L A;  1GB9 A;  4PRU A;  5B05 A;  143L A;  234L A;  3AW7 A;  3HTG A;  3AZ6 A;  210L A;  3OE6 A;  184L A;  4DYG A;  1L66 A;  5FST A;  4IAS A;  2DQE Y;  1QUT A;  1L73 A;  2CGI A;  1AKI A;  4WM6 A;  1LSM A;  4NSG A;  4WL6 A;  3A3Q A;  5E4P A;  1C6P A;  1LWG A;  3AZ5 A;  1L38 A;  3DN2 A;  4C3W A;  4NSI A;  1QTK A;  1QT7 A;  1IY4 A;  157L A;  1PS5 A;  1L93 A;  181L A;  2HUM A;  2Z12 A;  3CB7 A;  4NGL A;  4ET9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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