4W55A

T4 lysozyme l99a with n-propylbenzene bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w55A00
253LA 1L21A 1SWZA 2B6YA 1C6CA 186LA 1CX6A 1P56A 3OE0A 3CDOA 3G3WA 1QT3A 163LA 1L84A 1P36A 1L99A 247LA 1L01A 4YXCA 1WTHA 236LA 3VW7A 1L50A 2ANXA 1L06A 226LA 1DYCA 1CU5A 174LA 1L42A 1L81A 1TLAA 4I7QA 4I7MA 190LA 2F32A 2CUUA 3C81A 1L46A 254LA 1C6KA 2O79A 3HTFA 258LA 2B6WA 173LA 1L39A 1XEPA 4E97A 252LA 3NY9A 1L13A 2OTZX 4ARMA 199LA 1QTDA 5LZMA 4I7TA 4W53A 3ODUA 1CUPA 2RB0X 155LA 1L29A 3NY8A 2B74A 1L54A 1L37A 3G3VA 191LA 4OO9A 2F2QA 109LA 1PQOA 156LA 1L98A 1L27A 1QTCA 158LA 2F47A 1LYHA 192LA 159LA 3DNAA 3SB6A 1L08A 1C61A 1DYAA 1L86A 150LA 1QT4A 2LCBA 1LGWA 4W56A 1NHBA 2HUKA 2B7XA 1L04A 237LA 1G0LA 3C83A 4LDOA 1L16A 212LA 1P2RA 257LA 1L05A 1L52A 3C8RA 1L57A 3HT6A 249LA 261LA 1OV5A 1L80A 3F9LA 2O4WA 1L60A 1D3NA 172LA 1L89A 1LPYA 4DAJA 107LA 224LA 2OU9A 1L75A 139LA 3QAKA 4W52A 1PQDA 3C8SA 3L2XA 1C6EA 1L76A 1OVKA 1C62A 3RUNA 1L63A 4EKSA 1PQMA 1C69A 256LA 1C6TA 113LA 1L34A 164LA 2OTYX 145LA 1L45A 2RBNA 2B70A 2HULA 3FADA 1QT7A 1L67A 2RBOA 1L32A 110LA 246LA 151LA 1QT8A 1L69A 3RZEA 1C6MA 2OU0X 1C67A 1G06A 223LA 1P64A 2B75A 3HU8A 1KY1A 1OV7A 1LWKA 2NTHA 1CU0A 1KW5A 3SB5A 242LA 126LA 1L59A 187LA 1EPYA 250LA 201LA 4EPIA 228LA 231LA 1L18A 1L70A 1LI3A 1L91A 168LA 1ZWNA 3D4SA 3PDSA 1C6LA 3G3XA 3C80A 4DKLA 1CV0A 2QB0B 1QTHA 209LA 3DN6A 1L96A 1L03A 3JR6A 3SB7A 3HUQA 2Z6BA 123LA 2B6ZA 4W57A 1DYEA 219LA 3HH3A 2B72A 1L35A 127LA 1L02A 2RBQA 262LA 1LWGA 2RH1A 1L72A 129LA 1L74A 259LA 1L93A 4K5YA 1C64A 4AQNA 7LZMA 1QTZA 1LYFA 175LA 1QUGA 1PQKA 1CTWA 120LA 2B6XA 1LYGA 1G0GA 182LA 1C6GA 3OE9A 4LDEA 1SX2A 1T8FA 215LA 1C65A 240LA 1L30A 1LI2A 169LA 125LA 3HT8A 1L61A 1L17A 146LA 221LA 1QSQA 1C60A 1L82A 1I6SA 3SB8A 1KS3A 2ANVA 2IGCA 230LA 1LLHA 130LA 229LA 103LA 4I7JA 1L56A 3HT9A 4I7SA 1QUOA 131LA 143LA 4EKPA 3DN0A 3PBLA 1CV1A 1L47A 1OVHA 3DN8A 216LA 1LW9A 1P5CA 1P37A 1L14A 4ARLA 1L07A 2RAZX 1L71A 1P46A 3CDVA 4S0WA 3OE6A 1L94A 3HUKA 3HU9A 1C6AA 1SSWA 4I7KA 1L87A 251LA 166LA 2B6TA 4ARQA 1L73A 3L64A 3EMLA 1LI6A 3CDTA 1C6PA 1L55A 1OVJA 3HTBA 1G0KA 1QTBA 1L68A 1LYIA 196LA 3HH5A 1G0JA 1T8GA 2Q9EA 3DN1A 1L28A 1L43A 1G0MA 1CUQA 1L11A 1L58A 4I7PA 3GUPA 1T6HA 1CV3A 157LA 3DMXA 4EKRA 178LA 239LA 4PJZA 1L77A 4ARPA 1OYUA 3CDQA 1PQIA 1L38A 147LA 3UONA 5I14A 1C6IA 3HWLA 3K2RA 4ZPUA 2OE7X 3DMVA 4DJHA 1P3NA 184LA 2LC9A 3F8VA 1L62A 2RBRA 4EXMA 198LA 3GUJA 244LA 1L24A 108LA 1G07A 1C6FA 222LA 1L90A 4W55A 227LA 177LA 1C6HA 1KY0A 2QARC 3V2WA 1K28A 1QT6A 1QUHA 1L44A 3HH4A 111LA 6LZMA 1L53A 1D2YA 4I7NA 2RBSA 3GUIA 1L09A 1L36A 4YXAC 140LA 1L40A 1L23A 1P7SA 2O7AA 1L10A 195LA 1L41A 1DYGA 3C7YA 1JQUA 1D3JA 1L12A 3GUMA 234LA 214LA 211LA 3SB9A 1XJTA 144LA 180LA 128LA 1LGXA 1D9WA 1L95A 218LA 3DN2A 210LA 1CU6A 2OE9X 4IAPA 4I7RA 3FA0A 1ZYTA 2OU8A 3HH6A 4ARJA 3SBBC 1XJUA 4I7LA 3DN4A 235LA 114LA 1LYJA 119LA 197LA 1P6YA 165LA 1DYFA 1B6IA 3C82A 232LA 4W54A 1L15A 112LA 1L51A 141LA 122LA 138LA 1OWZA 205LA 1QS5A 4W59A 1QS9A 213LA 176LA 2LZMA 4EKQA 2L78A 102LA 4ARMB 4YX7C 149LA 1L0KA 1PQJA 1L88A 1P2LA 1C63A 4EJ4A 1C6NA 1G0PA 1QTVA 255LA 161LA 142LA 3OE8A 245LA 152LA 171LA 1G1VA 148LE 1L49A 3LZMA 1QUDA 1L0JA 241LA 1L64A 1C6JA 2NTGA 1LYDA 2Q9DA 4PK0A 1G0QA 2OEAX 1C6QA 1JTNA 4EPFA 1L00A 3DKEX 1CVKA 1LYEA 2HUMA 4LDLA 185LA 115LA 243LA 1L20A 2A4TA 3DMZA 1DYDA 1L97A 167LA 2RBPA 3GUNA 1QSBA 3GUKA 1L65A 260LA 181LA 3DN3A 2OE4X 1L66A 248LA 3C7WA 162LA 206LA 1C66A 1SWYA 1CU3A 1CV5A 1CU2A 220LA 1L79A 217LA 1L92A 1L25A 1QT5A 1ZURA 3GUOA 2RAYX 3HDFA 1T97A 3FI5A 4GBRB 104LA 225LA 4ARQB 1C68A 4I7OA 3HTDA 1L19A 3SN6R 1L22A 1C6DA 238LA 3HDEA 4LZMA 2RB1X 3C7ZA 1SSYA 3CDRA 1CV4A 1KW7A 1L85A 189LA 160LA 2B73A 3V2YA 1LGUA 1CX7A 1T8AA 1KNIA 3C8QA 1D3FA 188LA 1JTMA 1SX7A 3HT7A 1D2WA 2RB2X 1L83A 3HUAA 183LA 200LA 4W51A 3SBAA 4GRVA 118LA 1CV6A 4W58A 1L26A 1OWYA 3NYAA 3GULA 1DYBA 1D3MA 1G1WA 1L33A 3HTGA 137LA 170LA 1L31A 1L48A 1C6BA 233LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
253LA 1REYA 1WTNA 4DWXA 3OE0A 1N4FA 163LA 3A67Y 1P36A 3VW7A 2Z37A 4HTKA 4KXIA 4H1PA 4WLXA 4DD9A 4PPOA 1HC0A 2BQDA 4I7MA 4RDSA 4C3WA 254LA 2O79A 3HTFA 1B7PA 154LA 2B6WA 173LA 1L39A 4J1BA 2HEEA 4E97A 2OTZX 4LT2A 4ARMA 5LZMA 4I7TA 1LSDA 1CUPA 1LCNA 2MEHA 3M3UA 1GDWA 2H9KA 1L37A 4A7DA 191LA 2F2QA 1PQOA 1L27A 4H8ZA 2BPUA 1LYHA 1JKBA 1NF5A 5APDA 3DNAA 1UUZC 1C61A 1LGWA 2HUKA 2B7XA 237LA 1QIOA 1YAQA 1B5VA 3HT6A 5I4YA 261LA 4GN3A 1D3NA 172LA 1L89A 2OU9A 224LA 1L75A 139LA 1XFPL 5HNCA 5KXMA 1JKCA 1HEOA 5L3IA 3WPLA 2BQFA 4GLVA 3TXGA 113LA 1L34A 1OUGA 4LFPA 4NGZA 2B70A 2HULA 1WQNA 1L67A 4LT1A 5KY1A 1BWIA 1QT8A 1CJ7A 1QTKA 9LYZA 1C6MA 1GE3A 2B75A 1LZSA 3HU8A 1KY1A 5HMJA 1LWKA 2D91A 1KW5A 126LA 1GF3A 2ZIKA 250LA 201LA 1UIGA 1J1PY 1LHHA 4QGZA 1C6LA 1LZ8A 3C80A 1IP5A 1YKZX 3JR6A 1BQLY 3B0KA 3SB7A 4W57A 4UWVA 4BS7A 1GE2A 2B72A 1L35A 4WG7A 1GE4A 5KXRA 3AZ6A 1BB5A 4XJBA 129LA 1YL0X 1GEVA 2D6BA 3HBEX 1LYFA 4LGKA 4OWAA 1GBWA 2LZ2A 1B7SA 1QUGA 120LA 5APCA 3B6LA 4HJZA 4NSJA 1WQQA 5KXNA 1KXWA 134LA 3A34A 2C8PA 1VDQA 240LA 1HELA 1LI2A 1LJ4A 1GWDA 3HT8A 2LYZA 146LA 1AT6A 3W6AA 4MCKA 3P64A 1DQJC 2IGCA 4NGYA 2BQMA 103LA 1B7RA 4H91A 5HMVA 4I7SA 143LA 5FDJA 3DN0A 4RW1A 1LHLA 216LA 1LW9A 1P5CA 1L14A 2DQAA 1LZDA 1VDPA 4DD7A 193LA 3HU9A 1C6AA 1IR8A 4PRQA 1HERA 2BQLA 5KXXA 1JITA 4ET8A 4ARQA 1EQEA 2HEBA 3VWOA 3L64A 3EMLA 3CDTA 1G0KA 1LJIA 1LOZA 1G0JA 3WUAA 1QUSA 1NDGC 4ETBA 1GB0A 4OWCA 2GV0A 1CV3A 2XBRA 1XGPC 1FDLY 4AGAA 1NKHA 4NGIA 1HEMA 4PGJB 4TSCA 1P2CC 3HFMY 3CDQA 4ETAA 1IP2A 5LA5A 5FSTA 2F4AA 3N9EA 5I14A 4WL6A 2X0AA 2EKSC 1C6IA 1C08C 2OE7X 5F9XA 4NSGA 1P3NA 2LC9A 3F8VA 3ULRA 4OW1A 1G07A 222LA 4W55A 227LA 1C6HA 1KY0A 6LZMA 111LA 4I7NA 3GUIA 1FLYA 1L40A 1FLUA 1L23A 2W1MA 195LA 4B1AA 4OWBA 4UWUA 1LTMA 207LA 1L12A 3GUMA 1GD6A 1XJTA 4PRUA 4W96A 128LA 4LYCA 1YIKA 218LA 210LA 5ILFA 2XTHA 3FA0A 1B5WA 3W6FA 1LZGA 1PS5A 2MEDA 3SBBC 197LA 1IP7A 1GB3A 5II3A 1LJGA 112LA 1HEQA 1L51A 122LA 1OWZA 5C6IA 4W59A 1LMAA 1QS9A 1HF4A 4OOOA 1XEKA 1JKAA 4WLDA 1L0KA 1PQJA 1GFUA 4DDCA 2ZQ3A 1P2LA 5FCPA 4MSTA 3OE8A 4NGJA 1JEFA 3WL2A 2MEIA 241LA 4HPEA 1LYDA 2Q9DA 2YVBA 3CT0A 2OEAX 1O23A 1L00A 1CVKA 1BVXA 1GB6A 243LA 1LMPA 2A4TA 4NGWA 1L97A 3IJVA 1LAAA 1QSBA 2NWDX 3GUKA 1JJ0A 4WM6A 1GF6A 3DN3A 1LPIA 2MEAA 1ZV5L 2ZIJA 162LA 1C66A 1TCYA 3AW6A 2LHMA 1L79A 1RI8B 1QT5A 1ZURA 1GBXA 3GUOA 5B05A 1IWZA 3LYMA 104LA 225LA 3HBHA 4XADA 5D5CA 4HP0A 5LVGA 1L22A 238LA 4BAFA 3W6DA 1WQMA 4LZMA 5E4PA 1YAMA 3CDRA 4H9BA 1KW7A 4NEBA 3RZ4A 3V2YA 5I4WA 2MEFA 1LGUA 1HSWA 4WM4A 188LA 4DDBA 1GAZA 4B4EA 5A3EA 4QEQA 200LA 4W51A 3SBAA 5IDDA 1HSXA 2CGIA 1BHZA 1OWYA 3NYAA 4G9SA 3GULA 1DYBA 1G1WA 1L33A 1B7LA 3B72A 5FHWA 1L31A 1C6BA 1GB8A 1CX6A 1P56A 3BKVA 1QT3A 4H8YA 1IWWA 1L99A 247LA 1WTHA 1L06A 226LA 1CU5A 1V7TA 1JKDA 2CUUA 3C81A 1TBYA 1XEPA 1J1OY 3NY9A 1W6ZA 1LZ5A 4WM2A 4AXTA 4W53A 4NY5A 1KXXA 1BB4A 4CFOA 3AGHA 2RB0X 155LA 1L29A 2B74A 5KXWA 4CFPA 2XJWA 3G3VA 1KIQC 1L98A 1NBYC 1QTCA 158LA 1FKVA 192LA 4IASA 1L86A 6LYTA 1LHJA 4ETEA 1NHBA 3C83A 1GFAA 4XYYA 4B4IA 1JSFA 2HECA 2HEAA 3E3DA 249LA 5KXSA 1XEIA 1OV5A 3F9LA 2FBBA 1L60A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 253L A;  1REY A;  1WTN A;  4DWX A;  3OE0 A;  1N4F A;  163L A;  3A67 Y;  1P36 A;  3VW7 A;  2Z37 A;  4HTK A;  4KXI A;  4H1P A;  4WLX A;  4DD9 A;  4PPO A;  1HC0 A;  2BQD A;  4I7M A;  4RDS A;  4C3W A;  254L A;  2O79 A;  3HTF A;  1B7P A;  154L A;  2B6W A;  173L A;  1L39 A;  4J1B A;  2HEE A;  4E97 A;  2OTZ X;  4LT2 A;  4ARM A;  5LZM A;  4I7T A;  1LSD A;  1CUP A;  1LCN A;  2MEH A;  3M3U A;  1GDW A;  2H9K A;  1L37 A;  4A7D A;  191L A;  2F2Q A;  1PQO A;  1L27 A;  4H8Z A;  2BPU A;  1LYH A;  1JKB A;  1NF5 A;  5APD A;  3DNA A;  1UUZ C;  1C61 A;  1LGW A;  2HUK A;  2B7X A;  237L A;  1QIO A;  1YAQ A;  1B5V A;  3HT6 A;  5I4Y A;  261L A;  4GN3 A;  1D3N A;  172L A;  1L89 A;  2OU9 A;  224L A;  1L75 A;  139L A;  1XFP L;  5HNC A;  5KXM A;  1JKC A;  1HEO A;  5L3I A;  3WPL A;  2BQF A;  4GLV A;  3TXG A;  113L A;  1L34 A;  1OUG A;  4LFP A;  4NGZ A;  2B70 A;  2HUL A;  1WQN A;  1L67 A;  4LT1 A;  5KY1 A;  1BWI A;  1QT8 A;  1CJ7 A;  1QTK A;  9LYZ A;  1C6M A;  1GE3 A;  2B75 A;  1LZS A;  3HU8 A;  1KY1 A;  5HMJ A;  1LWK A; 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