4W55A

T4 lysozyme l99a with n-propylbenzene bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w55A00
3QAKA 1DYFA 225LA 2B6YA 2RB0X 1L09A 3HT6A 112LA 1CV5A 2RB2X 147LA 1QS9A 1XJUA 1QT8A 111LA 1T8FA 3C83A 1L53A 1L15A 1PQIA 2OU0X 3RUNA 1LWGA 127LA 4W55A 3FI5A 139LA 4EPIA 1LLHA 4LDEA 2B74A 176LA 3DN3A 200LA 2NTGA 2RH1A 1SWYA 1L0KA 1L14A 3DMVA 1L90A 3NY8A 2B6TA 2NTHA 192LA 1P2RA 3G3WA 3GUJA 2QARC 257LA 240LA 143LA 1L83A 161LA 1C62A 175LA 1QTHA 148LE 247LA 2ANVA 1L54A 1XJTA 1L81A 1CU0A 3PDSA 1KW5A 149LA 1PQOA 140LA 1WTHA 232LA 1L10A 241LA 5LZMA 3GUPA 1L16A 3F8VA 1PQDA 1G0MA 1LYGA 4W52A 3DN6A 4ARMA 1C6HA 3SB8A 169LA 1L41A 1LYEA 224LA 1QT3A 1CX6A 2RB1X 1DYGA 1L0JA 220LA 2O79A 4W56A 2O4WA 1CX7A 242LA 3NYAA 4W57A 222LA 1G1VA 4I7MA 1L70A 1ZYTA 1KS3A 4ARQB 1D3MA 108LA 243LA 7LZMA 184LA 3GUOA 4W58A 195LA 1K28A 262LA 1L62A 2QB0B 4I7TA 1ZWNA 131LA 1L00A 1C6PA 152LA 3C8QA 1L24A 1L71A 1L26A 1L43A 177LA 4YXAC 3C80A 1PQKA 1L38A 107LA 2L78A 3C7ZA 189LA 3LZMA 145LA 141LA 1L47A 1P37A 249LA 3G3VA 165LA 4I7LA 1L79A 2B6WA 4I7OA 3HUAA 213LA 1L49A 3HH5A 3D4SA 1OVHA 3GULA 4I7KA 211LA 1CU5A 1L32A 3HDEA 253LA 1C68A 1LYIA 3UONA 1L86A 3G3XA 1LI6A 3C81A 3HTBA 199LA 129LA 1L91A 182LA 1L23A 2O7AA 4W53A 1L95A 1P46A 3CDRA 3HH3A 258LA 1G06A 261LA 1TLAA 3L2XA 3SB7A 4W51A 2OU8A 1L75A 1L57A 1C6TA 3HT7A 3OE6A 1KNIA 4I7RA 4OO9A 1L01A 157LA 1C6NA 180LA 1C64A 130LA 1LGUA 230LA 1P3NA 1QUOA 1C6EA 162LA 255LA 1L31A 3CDTA 1P6YA 4AQNA 4ARMB 1L96A 226LA 2B6XA 1L02A 3CDQA 174LA 1C6IA 4ARPA 2OE9X 3SBBC 1LGXA 4EKQA 1L74A 1L67A 1L19A 3C8RA 2HUKA 3HUKA 1L64A 4DJHA 1L68A 1C66A 1CV0A 221LA 2HUMA 3L64A 4ARLA 190LA 236LA 4I7NA 1C6MA 1D2WA 2OTZX 163LA 167LA 113LA 1CUQA 4PJZA 1P7SA 1L22A 1L61A 1QSQA 2RBRA 168LA 4DAJA 1CVKA 1DYCA 2LCBA 4LDOA 2HULA 1L35A 1L52A 3HT9A 3CDOA 3K2RA 4IAPA 1JTNA 3GUKA 3V2YA 3HU8A 125LA 256LA 1L07A 1T8GA 183LA 1L45A 1L82A 4EKRA 1L12A 259LA 1L80A 1SSYA 3DNAA 6LZMA 206LA 1D3JA 2OTYX 210LA 1L66A 171LA 137LA 3DN4A 1JTMA 115LA 2LZMA 1P56A 248LA 227LA 4K5YA 1OVKA 234LA 2OE4X 3JR6A 1QTBA 1L05A 1C6LA 3HTGA 1L08A 1CV4A 3C8SA 102LA 1C6FA 1L39A 3HH4A 109LA 3SBAA 103LA 260LA 2Z6BA 3PBLA 122LA 2Q9EA 3OE0A 1JQUA 1L51A 3SB5A 2RAZX 3DKEX 158LA 3V2WA 3OE9A 3GUMA 126LA 1L88A 1L28A 2B70A 3SB9A 4I7PA 1L33A 1P2LA 1L13A 142LA 2ANXA 2RBPA 228LA 3GUIA 1C6JA 1L30A 155LA 1CV3A 1DYDA 2B72A 3F9LA 4PK0A 1LW9A 214LA 235LA 197LA 3HUQA 1T97A 209LA 4E97A 1L25A 1L34A 2Q9DA 1G0GA 110LA 1L89A 166LA 1LYDA 250LA 188LA 1L63A 4ARJA 2F32A 1KY0A 1L65A 1T8AA 1PQMA 186LA 251LA 3ODUA 1OV7A 4ARQA 4I7JA 212LA 1LYJA 1L94A 1G07A 1L29A 217LA 1D9WA 1L06A 1L37A 2B7XA 2IGCA 181LA 1OYUA 1KY1A 2F47A 3RZEA 1L55A 1L85A 1QSBA 1C6GA 1CTWA 1C6QA 1D3NA 1OWYA 4ZPUA 196LA 2B75A 3DN2A 1C61A 4S0WA 233LA 1OVJA 229LA 3DN8A 3HWLA 1DYBA 1L93A 244LA 104LA 1L17A 1L84A 156LA 1G1WA 187LA 4YX7C 3C7YA 3HTDA 3OE8A 1CU3A 3SN6R 4W54A 4I7QA 1SX7A 1G0LA 1G0PA 1G0KA 3HH6A 223LA 1L73A 1KW7A 1EPYA 1L18A 1C6AA 1QTDA 2B6ZA 1QT6A 1L56A 1L98A 1L60A 3CDVA 2RBNA 1CV1A 4LZMA 1SX2A 3GUNA 1C6KA 151LA 1SSWA 150LA 1C69A 1QT4A 218LA 1C6DA 1C65A 1QUHA 1L59A 1QTCA 215LA 1LYFA 1QS5A 1ZURA 160LA 4DKLA 2RBQA 4GBRB 1L72A 3SB6A 1L87A 2RBOA 205LA 198LA 1L58A 1QT5A 201LA 1LI2A 1OV5A 1L42A 237LA 1P5CA 1LWKA 173LA 146LA 1L03A 1QTZA 4EJ4A 4YXCA 1L69A 1P36A 219LA 144LA 1L97A 3FA0A 170LA 1DYEA 114LA 1XEPA 4EXMA 1L40A 1QUDA 120LA 2CUUA 4EKSA 2A4TA 128LA 4LDLA 3C7WA 1L99A 2OEAX 1QT7A 1C60A 3DMXA 172LA 1L44A 245LA 3EMLA 2OU9A 1L36A 2RBSA 3HU9A 1C63A 3C82A 1OWZA 2RAYX 3VW7A 1CU6A 1L27A 3NY9A 1L48A 1L92A 1LGWA 1L76A 1D2YA 164LA 185LA 2F2QA 123LA 3HTFA 1C67A 246LA 1G0QA 1SWZA 1L21A 1NHBA 1D3FA 1DYAA 216LA 1L46A 191LA 3DMZA 1CU2A 118LA 1LPYA 1LYHA 1L77A 1CUPA 4GRVA 1PQJA 4EKPA 231LA 5I14A 1C6BA 119LA 1CV6A 1QUGA 3HDFA 252LA 4EPFA 1I6SA 1LI3A 1G0JA 1P64A 1L20A 1B6IA 4I7SA 2B73A 1T6HA 3FADA 138LA 1C6CA 4W59A 1L11A 1QTVA 2OE7X 159LA 1L50A 1L04A 239LA 3HT8A 3DN0A 238LA 2LC9A 178LA 3DN1A 254LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QAKA 3CSRA 4BADA 3TXFA 4H9AA 2RB0X 1L09A 1XJUA 3A94A 1J1PY 1T8FA 4Z41A 3RUNA 1LWGA 3W6DA 1YL1X 5LINA 139LA 4EPIA 2BQAA 1TCYA 1UIDA 4G4CA 2B74A 1AT6A 2NTGA 2RH1A 1SWYA 3EBAB 4DYGA 1DI4A 1AZFA 1IWVA 1G7IC 1REXA 1XEKA 2QARC 143LA 1HMLA 3A6CY 1L83A 1BHZA 3HBHA 3TMWA 4DC4A 1QTHA 1YANA 1XJTA 1LSMA 3PDSA 1KW5A 149LA 1PQOA 1NDGC 3CSZA 1JSFA 241LA 1LKRA 4UWNA 3F8VA 1LYGA 4W52A 4HTQA 4ARMA 4OWCA 1C6HA 169LA 1CX6A 3W6AA 1DYGA 1L0JA 2Z2EA 2O79A 3LZ2A 4W56A 2O4WA 1CX7A 242LA 1JISA 1OUIA 2D4KA 4QY9A 2Z18A 4I7MA 4CGEA 4ARQB 1D3MA 1JEFA 243LA 1LCNA 1GAZA 3RNXA 7LZMA 1GDWA 1GXV2 5KXYA 1JTOL 3RW8A 1HEOA 5IHGA 2QB0B 1ZV5L 1D6PA 4IASA 4WLDA 5B07A 131LA 3C8QA 3LHMA 1GBXA 1GBZA 1L71A 1GB7A 1L43A 4WM2A 4B0DA 189LA 4NY5A 2LZ2A 141LA 249LA 2YBHA 2B6WA 1UBZA 4LYCA 1GDXA 4H9EA 1IWUA 3HH5A 3D4SA 1JITA 1RI8B 5M1YA 5C6IA 1IO5A 1RCMA 1UIFA 4WM4A 3AGIA 5D5CA 4TSCA 1LI6A 199LA 1LYOA 129LA 1F6SA 4NEBA 1IX0A 1L23A 1HFYA 2O7AA 2MEAA 3OE6A 4N1CC 4B1AA 1KNIA 2BQCA 4H1PA 4I7RA 2MEIA 157LA 1JKDA 130LA 1C46A 1LGUA 230LA 4G4BA 1P3NA 1QUOA 1C6EA 1NBYC 4HV2A 4ARMB 5F16A 1L96A 1LZ1A 4ARPA 4NSIA 3SBBC 4RLNA 4KXIA 1L19A 1CV0A 1D0MA 2HUMA 190LA 2EPEA 2I26L 3A91A 4HTKA 1HNLA 1JTPL 2OTZX 4A7DA 4PJZA 1GFGA 2BQOA 3W6EA 1L22A 5KXTA 1GE0A 4LYTA 1IP2A 2YBJA 5B06A 1LZ5A 2HULA 1B5WA 3WW6A 1V7TA 1JTNA 3V2YA 3HU8A 1KXYA 2CWIA 4LZTA 1GFJA 3DNAA 1L80A 6LZMA 2DQHY 1IVMA 1L66A 4J7VA 5JENB 5F14A 1OVKA 3AJNA 1NKHA 1L05A 1C6LA 1NWGA 1LZTA 1CV4A 3C8SA 109LA 103LA 1LMCA 2Z6BA 122LA 1XGPC 4XYYA 4UWVA 1L51A 3SB5A 4BS7A 1D6QA 2MEFA 228LA 1C6JA 2FYCA 4LFPA 2WARA 214LA 235LA 3HUQA 1IP6A 2DQIY 5I5QA 4J1AA 2Q9DA 4IATA 1LKSA 3IWRA 1LYDA 1LMPA 3WVYA 188LA 5KXRA 1UICA 1LZ8A 1HEQA 1LZRA 4GCDA 5KXKA 1IR7A 3WUNA 5T3FA 2W1XA 3AW7A 4I7JA 1OUCA 4HPEA 4C3WA 1NQIA 1LYJA 217LA 1L37A 2IGCA 2BQEA 4N0JA 2W1YA 1CJ8A 4XJFA 1L55A 1QSBA 3EMSA 5F9XA 1I20A 2LYZA 2B75A 4GN5C 1DYBA 2LZTA 1NHEA 1JKAA 1QSAA 104LA 1L84A 187LA 1C45A 2F30A 3EXDA 3OE8A 3B72A 2HEFA 1GFHA 2A7FA 1LYZA 1BB7A 1G0PA 3FI7A 4XJIA 223LA 1KW7A 2LYMA 1EPYA 1C6AA 5KY1A 2G4QA 2HUBA 5EBHA 1QT6A 3CDVA 5E4PA 2RBNA 1CV1A 4LZMA 2ZNWY 5KXWA 151LA 150LA 218LA 1C65A 1B5ZA 1LYFA 160LA 4DKLA 2RBQA 3SB6A 2RBOA 201LA 1YAMA 1UC0A 5DN5A 1H6MA 146LA 1WQQA 4EJ4A 133LA 1L69A 1IOCA 2HU1A 3HBDA 1L97A 132LA 2BQIA 1N4FA 5E9RA 114LA 120LA 3C7WA 1L99A 2OEAX 1IOSA 154LA 3DMXA 1IP7A 1L36A 5LXWA 4I0CA 1YAPA 4PGJB 1LZ9A 1L92A 3LYTA 2MEEA 2DQAA 2CGIA 1RE2A 4OWHA 3HTFA 1PS5A 5KXOA 2ZWBA 4B4EA 2YBMA 4YM8A 1L21A 3WVXA 1NHBA 1D3FA 3B0OA 1L46A 3DMZA 1LSYA 1WQOA 4WLXA 3WUMA 5A3EA 1LPYA 1LYHA 1GF8A 1W08A 1CUPA 4GRVA 1QIOA 1QUGA 3HDFA 4H8YA 1VDPA 4KPMA 1CKHA 3CSQA 4WM1A 2ZIJA 3FE0A 4LGKA 159LA 2G4NA 4WL7A 1WQNA 238LA 2LC9A 1IORA 1DYFA 2Z37A 2B6YA 3HT6A 112LA 4UWUA 4H93A 4H9BA 3C83A 5J7CA 1L53A 1OQMA 1L15A 4H9HA 1B7RA 3K3TA 127LA 3FI5A 1LLHA 3TXKA 1L14A 1GB2A 3DMVA 2B6TA 192LA 1LZ4A 1CKFA 1IP4A 4WLTA 4ETDA 240LA 2BPUA 5LA5A 2D4JA 4D9ZA 1JPOA 4J1BA 4N8ZA 148LE 2ANVA 1TAYA 4LT1A 3WU7A 140LA 3LZTA 4DDAA 2XBSA 4X3BA 1E8LA 1YAOA 3AZ6A 3GUPA 2I6ZA 1L16A 3CT1A 5IELA 1C43A 5A3ZA 1JJ0A 2Y8PA 3AYQA 3A96A 1LYEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QAK A;  3CSR A;  4BAD A;  3TXF A;  4H9A A;  2RB0 X;  1L09 A;  1XJU A;  3A94 A;  1J1P Y;  1T8F A;  4Z41 A;  3RUN A;  1LWG A;  3W6D A;  1YL1 X;  5LIN A;  139L A;  4EPI A;  2BQA A;  1TCY A;  1UID A;  4G4C A;  2B74 A;  1AT6 A;  2NTG A;  2RH1 A;  1SWY A;  3EBA B;  4DYG A;  1DI4 A;  1AZF A;  1IWV A;  1G7I C;  1REX A;  1XEK A;  2QAR C;  143L A;  1HML A;  3A6C Y;  1L83 A;  1BHZ A;  3HBH A;  3TMW A;  4DC4 A;  1QTH A;  1YAN A;  1XJT A;  1LSM A;  3PDS A;  1KW5 A;  149L A;  1PQO A;  1NDG C;  3CSZ A;  1JSF A;  241L A;  1LKR A;  4UWN A;  3F8V A;  1LYG A;  4W52 A;  4HTQ A;  4ARM A;  4OWC A;  1C6H A;  169L A;  1CX6 A;  3W6A A;  1DYG A;  1L0J A;  2Z2E A;  2O79 A;  3LZ2 A;  4W56 A;  2O4W A;  1CX7 A;  242L A;  1JIS A;  1OUI A;  2D4K A;  4QY9 A;  2Z18 A;  4I7M A;  4CGE A;  4ARQ B;  1D3M A;  1JEF A;  243L A;  1LCN A;  1GAZ A;  3RNX A;  7LZM A;  1GDW A;  1GXV 2;  5KXY A;  1JTO L;  3RW8 A;  1HEO A;  5IHG A;  2QB0 B;  1ZV5 L;  1D6P A;  4IAS A;  4WLD A;  5B07 A;  131L A;  3C8Q A;  3LHM A;  1GBX A;  1GBZ A;  1L71 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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