4W57A

T4 lysozyme l99a with n-butylbenzene bound
Total Genus 63
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)TI6 (158-161)S1 (14-19)EMPTYTI'1 (54-57)TIV1 (27-30)TI1 (20-23)AH8 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)TI2 (107-110)AH6 (114-123)TI3 (108-111)TI4 (109-112)TI5 (111-114)AH7 (126-134)AH9 (143-155)TI7 (159-162)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
total genus 63
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w57A00
1P2RA 3GUMA 2O7AA 1L14A 189LA 1L09A 1QUHA 170LA 1CV1A 1QSBA 3GUOA 1SSWA 4EPFA 1T97A 3DN0A 4LZMA 4ARMA 1D2YA 3HH6A 3OE6A 183LA 182LA 4W57A 211LA 191LA 1L24A 2OU8A 5LZMA 2B7XA 1DYFA 1L43A 120LA 1ZWNA 1C6MA 127LA 1L18A 3FI5A 1L52A 1C60A 3NYAA 1L45A 3C8SA 3JR6A 212LA 165LA 1LYIA 1L26A 4I7NA 1P37A 1P46A 1LYHA 2B74A 3SB9A 1L39A 3C81A 3CDVA 3C80A 188LA 1L64A 4I7OA 184LA 1G07A 3CDRA 1L27A 241LA 228LA 185LA 3SB5A 1C6PA 2O4WA 2RBPA 4W52A 1L31A 3GUKA 1DYAA 3SB7A 1LYGA 1L37A 4E97A 3HUKA 1CX6A 163LA 115LA 4W53A 1L54A 1OV5A 1C6JA 209LA 1L30A 3C7WA 146LA 1L05A 198LA 3SN6R 4LDEA 102LA 149LA 1L60A 1LYJA 259LA 1L95A 110LA 1SSYA 1L84A 107LA 4I7JA 3HH5A 1L02A 1L71A 1QT5A 1LWKA 1C6KA 3GUJA 236LA 1P3NA 1L00A 4S0WA 200LA 196LA 1LGWA 227LA 2OU9A 1G0GA 1QUOA 108LA 167LA 2IGCA 1L69A 1G0KA 257LA 3HTDA 3C8QA 2F47A 156LA 1P36A 4W59A 1OWZA 1QTHA 1L77A 172LA 1WTHA 206LA 2NTHA 222LA 3DKEX 1L70A 246LA 1T6HA 2LC9A 1D9WA 1T8AA 235LA 169LA 2F32A 3V2WA 174LA 180LA 216LA 2RAYX 1C6CA 2B6WA 4ARJA 1L90A 3DMZA 1L28A 130LA 3DN1A 1LW9A 1L98A 1L53A 1B6IA 1QS5A 249LA 186LA 1G1WA 1K28A 1L15A 245LA 128LA 1L21A 4EXMA 4DKLA 1L97A 1L56A 1L72A 223LA 2RAZX 2OE7X 220LA 3HWLA 1D3JA 1L06A 1L85A 3HT9A 1L63A 1XJTA 1C6IA 3VW7A 1L04A 1LLHA 1L41A 219LA 111LA 1CUQA 3HT6A 1L13A 1L67A 1CU2A 1L61A 152LA 4IAPA 3DN6A 4ARMB 138LA 1L20A 201LA 213LA 1C6BA 2LCBA 3UONA 1L32A 1L58A 4DJHA 1L86A 238LA 2RBNA 1C6TA 1QT6A 119LA 1JTNA 162LA 3QAKA 247LA 1C6FA 1DYEA 3F9LA 3NY8A 1L73A 1LPYA 2RB1X 2NTGA 4EKPA 3G3WA 4ZPUA 3RUNA 2OEAX 230LA 2O79A 3DN8A 1CV4A 1C64A 1L59A 1G0PA 242LA 2RH1A 155LA 1CV3A 2B6YA 3C8RA 4EPIA 1T8FA 1L51A 1LWGA 1ZYTA 2RBOA 1C6EA 1CTWA 3DMVA 3DNAA 1CV0A 3LZMA 1L94A 1L82A 3PBLA 1C6GA 122LA 175LA 1LGXA 1L22A 4I7MA 221LA 1KS3A 4W56A 2B75A 173LA 4ARQB 3GULA 4PJZA 1KNIA 2OTZX 2RB0X 244LA 248LA 2RBQA 192LA 1L25A 1P2LA 6LZMA 252LA 2LZMA 2RBRA 1L83A 1P6YA 3HUAA 1L55A 1L42A 4YXCA 1L07A 1L0JA 1L03A 1PQIA 233LA 4EKQA 3HTBA 3OE8A 215LA 2B72A 1NHBA 137LA 126LA 2B6XA 2F2QA 4LDLA 1G06A 1L12A 1LGUA 3CDQA 1LI3A 144LA 205LA 1OYUA 1L40A 1L38A 1L66A 3HT7A 1D3NA 1L93A 113LA 145LA 1D3FA 1KW5A 1KY1A 1D2WA 1LYDA 1P7SA 254LA 255LA 3DN4A 1L91A 4K5YA 210LA 3OE9A 1CU0A 177LA 1DYBA 2Q9EA 1QTZA 4EKSA 1L50A 2QB0B 3DMXA 1QS9A 164LA 3DN3A 166LA 1L49A 1LI6A 1L36A 1PQOA 1L96A 1LYFA 243LA 2B6TA 1OVJA 1QTBA 3SB6A 1C6AA 3D4SA 4LDOA 4OO9A 258LA 226LA 4I7LA 1QTVA 3SBBC 1L87A 114LA 1G0JA 1KW7A 2CUUA 3C82A 229LA 3FA0A 4YXAC 129LA 1C6HA 1CU5A 1XJUA 1I6SA 1C6DA 1PQKA 158LA 3HH3A 1QUGA 3CDOA 1SX7A 197LA 1G0QA 1G1VA 2OTYX 260LA 3HTGA 1L16A 2Z6BA 2QARC 1L08A 1L68A 1L19A 109LA 4I7SA 1C68A 104LA 1C61A 1C63A 3V2YA 1L23A 3G3VA 2A4TA 3SB8A 1C62A 151LA 3C7YA 1L48A 1L17A 1CX7A 1L89A 1JTMA 3C83A 1L57A 224LA 3F8VA 3CDTA 2HUKA 3HU8A 262LA 1SX2A 1G0LA 251LA 3GUIA 1L74A 1OV7A 1OWYA 3NY9A 231LA 1JQUA 4EJ4A 3EMLA 123LA 3HH4A 4W55A 3GUNA 4I7QA 1CV5A 4W54A 1G0MA 2L78A 4ARPA 4EKRA 1P56A 1L33A 3DN2A 1TLAA 240LA 3FADA 2B6ZA 2RBSA 1L0KA 1L80A 1XEPA 4ARLA 148LE 187LA 2ANVA 4GBRB 150LA 1PQJA 1L44A 1DYDA 261LA 4I7KA 1C6QA 1SWYA 1C67A 2B70A 3ODUA 3SBAA 199LA 4AQNA 237LA 225LA 147LA 1CU3A 218LA 4I7PA 1CV6A 3RZEA 159LA 1OVKA 1L99A 1L47A 1LYEA 4ARQA 253LA 1KY0A 1OVHA 2B73A 3HU9A 139LA 161LA 140LA 1QSQA 214LA 3L64A 1L92A 195LA 4W51A 3HDEA 3G3XA 1P5CA 1ZURA 4DAJA 142LA 1L34A 1C69A 1PQMA 1L29A 1L75A 1L01A 2HULA 1L65A 1CVKA 1L79A 181LA 1CU6A 232LA 1T8GA 4I7RA 118LA 3OE0A 1CUPA 1SWZA 112LA 131LA 171LA 143LA 2OE9X 1QUDA 178LA 1QT8A 3HUQA 2Q9DA 2HUMA 3L2XA 176LA 250LA 1L81A 5I14A 1QTCA 256LA 7LZMA 1L11A 3HDFA 3HTFA 4I7TA 125LA 4PK0A 160LA 3GUPA 103LA 157LA 1QT4A 4GRVA 2OU0X 190LA 2ANXA 4YX7C 1QT3A 239LA 1D3MA 217LA 1P64A 1C66A 1DYGA 1EPYA 168LA 1L10A 1L88A 1L76A 1L35A 1DYCA 2RB2X 1QT7A 3HT8A 2OE4X 1C65A 3C7ZA 1PQDA 1LI2A 3PDSA 1QTDA 1C6LA 4W58A 1L46A 1L62A 3K2RA 141LA 234LA 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GLAA 4WM3A 3TXEA 3A3RX 1IC7Y 1L09A 4DD2A 4ET8A 4LZMA 3HH6A 5LAFA 1JKCA 4NG1A 5F16A 1XGPC 5LZMA 1IOTA 120LA 1C6MA 2YBIA 1LMAA 5F9XA 1CNSA 3C8SA 4LT0A 212LA 1IVMA 4E3UA 2HUBA 1GAZA 1LYIA 3TMUA 4G9SA 4HV1A 3SB9A 1OUAA 1LKRA 4XADA 1F6SA 2W1LA 184LA 2DBTA 1GE4A 2HTXA 5II3A 3CDRA 1FDLY 4DQJA 1VAUA 1CKFA 2HECA 1ZV5L 4ETDA 1MLCE 1L31A 1DYAA 1DI3A 3A92A 3N9AA 5I54A 1KXXA 1B5WA 3LN2A 4W53A 1C6JA 209LA 1B7OA 1VDQA 1L30A 1XEKA 3A67Y 198LA 3SN6R 102LA 1REZA 1LYJA 259LA 2Z2FA 1L84A 107LA 1LSFA 1LJ3A 1IOCA 1LWKA 1IC5Y 1B5UA 1P3NA 4KL7A 4NWEA 3CT0A 4LFPA 3BKVA 1QUOA 4QGZA 4H8ZA 3C8QA 2F47A 156LA 4XN6A 4GCFA 1HMKA 1QTHA 1LZDA 1L70A 3A6CY 2ZNWY 1T6HA 1AT5A 169LA 2F32A 5C6IA 1LMOA 4IASA 4O34A 2B6WA 4BAFA 3DMZA 4XJGA 1LSCA 1GHLA 1B6IA 186LA 1BB7A 1T6VL 3IJVA 4PHIA 4EXMA 128LA 3WUMA 1JSFA 3TMXA 1EL1A 4OWCA 2BQMA 4HTNA 1OUIA 1L06A 5I53A 1JJ0A 3D9AC 1BB4A 1CUQA 4P2EA 3HT6A 1YAPA 3TXGA 2ZIJA 152LA 4DYGA 3DN6A 1JJ3A 3WVXA 3LHMA 4WOAA 1L32A 1L58A 4DJHA 2BQCA 5C6LA 2RBNA 1C6TA 3A96A 4LT1A 1B7LA 1CKGA 1LZ8A 162LA 1LZNA 2YBLA 247LA 1JTTL 5KXNA 1C6FA 3F9LA 3NY8A 3B0IA 4YEOA 1LPYA 1JTPL 5KXMA 3G3WA 4ZPUA 2O79A 1C64A 1G0PA 242LA 3RT5X 1CV3A 5FSTA 4NIJA 4NGKA 1LMCA 4HJVA 3WU7A 1L94A 2NWDX 3AZ5A 1H6MA 1GFRA 1IEEA 2BQEA 2B75A 4XJIA 1UIHA 4ARQB 1C10A 4B0DA 1FN5A 3LYMA 2OTZX 2G4NA 1WQQA 2RBQA 4OWBA 1GEVA 5EBHA 4H9BA 1ZVYB 1P6YA 1HEMA 5J7CA 1L03A 1EQEA 233LA 4EKQA 1G7HC 3IJUA 2MECA 1NQIA 1L12A 3CDQA 1OYUA 1F0WA 1L40A 3IWRA 1GB3A 1GBSA 1D3NA 4RW2A 113LA 1IR8A 145LA 1D6QA 3OJPA 1P7SA 1YANA 1GE1A 4ETAA 3P64A 5B1GA 3TXJA 2QB0B 1O23A 1QS9A 1C46A 1L49A 1LI6A 4ZEEA 1LYFA 133LA 3SB6A 5DN5A 1IWZA 4LDOA 5APFA 1L87A 1WTMA 2CUUA 4YXAC 129LA 3HH3A 2CJLA 1LTMA 1QUTA 3CDOA 1LJJA 1YL1X 2F4GA 2HEFA 1G0QA 4II8A 5A3EA 5KXLA 1LZBA 260LA 3HTGA 1FLYA 1JEFA 5LA5A 4NSHA 4DD1A 5LXWA 1LJKA 109LA 1C68A 5L3IA 1GB6A 1HFZA 1ZVHL 3W6EA 1IOSA 1GB9A 1DQJC 1GF8A 4H9EA 4H90A 1L57A 1LHMA 3CDTA 4PPOA 1B2KA 1DPXA 4EJ4A 154LA 2I26L 4W55A 1OUHA 3GUNA 1CV5A 2HU1A 5FEKA 2MEAA 5F14A 1TLAA 2B6ZA 1IP1A 1A4VA 1IC4Y 1B7RA 1PQJA 1TCYA 4W94A 3A90A 2EPEA 1CU3A 4WM4A 1OUCA 159LA 1GEZA 1L99A 1LYEA 5KKJA 4TWSA 1KY0A 6LYTA 1OVHA 4R6CA 1IORA 4B4IA 3B72A 2Z12A 2BQIA 1UBZA 4Z98A 4W51A 1GBYA 4YEMA 1L34A 1PQMA 1LSYA 1L75A 1L01A 4TSCA 2ZYCA 1CVKA 4I7RA 4NSGA 4N9RA 143LA 3AZ4A 1QUDA 1QT8A 4I0CA 2Q9DA 5APCA 1L81A 1QTKA 5KXKA 3RW8A 1L11A 4QY9A 5HQ1A 1QT4A 4XJFA 3TXDA 1CKHA 1LJNA 4HP0A 217LA 1BB3A 194LA 1L10A 1L76A 3HT8A 1QT7A 4DC4A 3C7ZA 3PDSA 5DLAA 1QTDA 1C6LA 4PRQA 1SQ2L 4G4HA 4B4EA 1L62A 1P2RA 3GUMA 2ZIKA 189LA 5LVJA 170LA 1CV1A 1BVXA 207LA 4GCEA 2DQIY 3GUOA 1VATA 2ZQ3A 3W6BA 1WQPA 1TEWA 1IP7A 2LYOA 1HMLA 2F4AA 1D0LA 191LA 1FKVA 5DM9A 1L24A 4DT3A 1XGRC 1IWTA 2B7XA 2BLXA 1DYFA 1CKCA 2LZTA 4WLTA 1LJGA 1C60A 5KXYA 1D9UA 1XGQC 4DD3A 1AT6A 4PGJB 7LYZA 2DQGY 1REYA 1LYHA 2ZWBA 2B74A 3ATOA 1OUJA 188LA 3W6CA 1GB0A 1L64A 5FCPA 1NWGA 1PZYA 1RFPA 3SB5A 1IY3A 1C6PA 1LSBA 2RBPA 2Z37A 1LMPA 4W52A 1LMQA 1LYGA 4E97A 1E8LA 1GB2A 4Z41A 1L54A 2ZQ4A 1L05A 1OP9B 2DKVA 3ZEKA 2CDSA 4LFXA 1L95A 4BADA 1L02A 1NBZC 3QNGA 3AGIA 1XGUC 3GUJA 4S0WA 4UWUA 196LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GLA A;  4WM3 A;  3TXE A;  3A3R X;  1IC7 Y;  1L09 A;  4DD2 A;  4ET8 A;  4LZM A;  3HH6 A;  5LAF A;  1JKC A;  4NG1 A;  5F16 A;  1XGP C;  5LZM A;  1IOT A;  120L A;  1C6M A;  2YBI A;  1LMA A;  5F9X A;  1CNS A;  3C8S A;  4LT0 A;  212L A;  1IVM A;  4E3U A;  2HUB A;  1GAZ A;  1LYI A;  3TMU A;  4G9S A;  4HV1 A;  3SB9 A;  1OUA A;  1LKR A;  4XAD A;  1F6S A;  2W1L A;  184L A;  2DBT A;  1GE4 A;  2HTX A;  5II3 A;  3CDR A;  1FDL Y;  4DQJ A;  1VAU A;  1CKF A;  2HEC A;  1ZV5 L;  4ETD A;  1MLC E;  1L31 A;  1DYA A;  1DI3 A;  3A92 A;  3N9A A;  5I54 A;  1KXX A;  1B5W A;  3LN2 A;  4W53 A;  1C6J A;  209L A;  1B7O A;  1VDQ A;  1L30 A;  1XEK A;  3A67 Y;  198L A;  3SN6 R;  102L A;  1REZ A;  1LYJ A;  259L A;  2Z2F A;  1L84 A;  107L A;  1LSF A;  1LJ3 A;  1IOC A;  1LWK A;  1IC5 Y;  1B5U A;  1P3N A;  4KL7 A;  4NWE A;  3CT0 A;  4LFP A;  3BKV A;  1QUO A;  4QGZ A;  4H8Z A;  3C8Q A;  2F47 A;  156L A;  4XN6 A;  4GCF A;  1HMK A;  1QTH A;  1LZD A;  1L70 A;  3A6C Y;  2ZNW Y;  1T6H A;  1AT5 A;  169L A;  2F32 A;  5C6I A;  1LMO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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