4W59A

T4 lysozyme l99a with n-hexylbenzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w59A00
2OE4X 3HH3A 2OTZX 1ZURA 1P46A 192LA 139LA 1XJTA 111LA 1L68A 235LA 150LA 1L14A 1ZWNA 3RZEA 1L23A 1C6KA 255LA 1SSYA 1CV3A 3UONA 2OTYX 257LA 130LA 1L22A 3NY8A 3F9LA 189LA 1L38A 1LYHA 1QSBA 3SB8A 1LI2A 242LA 1L67A 3G3VA 1L44A 252LA 1L04A 4I7SA 1QT8A 1L49A 1L09A 4AQNA 2O4WA 1L98A 1CUQA 1L43A 4PJZA 3L64A 1G0QA 1L89A 1ZYTA 1CU6A 157LA 3HTBA 4LDLA 1LW9A 177LA 147LA 261LA 4YX7C 191LA 188LA 3C7ZA 1P2RA 183LA 6LZMA 146LA 3PDSA 1L54A 1C60A 1L32A 1LLHA 1WTHA 3K2RA 1L59A 174LA 2B72A 1L36A 1L63A 1C69A 1C6JA 201LA 3CDTA 1C6NA 1C6DA 3DN8A 3HUQA 2RB1X 119LA 166LA 2O79A 3DMZA 1LGWA 140LA 173LA 108LA 164LA 1G1VA 2F47A 1L15A 2F32A 4S0WA 3V2YA 2Q9EA 2RH1A 1L76A 3HH5A 4W57A 236LA 1D3FA 3DN4A 200LA 1L65A 1L08A 220LA 247LA 2RBNA 3JR6A 156LA 1SWZA 1P5CA 1L86A 3HDEA 4I7RA 1G07A 196LA 1L73A 180LA 113LA 3CDVA 2L78A 1D3NA 1CV5A 1L96A 1XEPA 1L02A 1CU3A 3SBBC 160LA 3SB6A 4EKSA 118LA 1XJUA 1L75A 241LA 184LA 2RAZX 1P56A 1L80A 1L85A 1PQKA 102LA 1L93A 1L61A 246LA 3HH4A 3GUIA 143LA 2B75A 3SBAA 190LA 1C6BA 2A4TA 2NTHA 4ARQA 1C64A 2RBOA 3C7WA 4EKPA 2CUUA 1CVKA 185LA 1L05A 260LA 1SX2A 138LA 209LA 224LA 2B6ZA 2HUMA 3DN1A 158LA 1L28A 219LA 1C61A 178LA 1C6FA 1D9WA 1KW7A 1KNIA 1L77A 1OWZA 1QT3A 1P36A 110LA 1I6SA 1L88A 2NTGA 3CDQA 1C6PA 3VW7A 1OV7A 3HT8A 1DYGA 2B73A 5LZMA 1CX7A 1P37A 1CUPA 2OEAX 3ODUA 3GUJA 1L11A 3HTGA 168LA 1LYIA 4W55A 1L46A 2IGCA 216LA 1L55A 3OE0A 226LA 4I7LA 1G1WA 1LWKA 1P64A 3C83A 1EPYA 1C6IA 1L00A 213LA 1QTZA 4W56A 3DN2A 104LA 1C66A 3GUKA 1QS5A 3SB9A 4W53A 3D4SA 3HT7A 163LA 3GUOA 1DYCA 1L90A 128LA 3C8QA 1L24A 4W54A 2ANVA 4I7QA 1L10A 1C6CA 1P7SA 1CV4A 131LA 1L66A 1L20A 114LA 258LA 1D2WA 1PQJA 120LA 123LA 1L69A 2RB2X 2RB0X 4ARQB 1QTDA 1T97A 1L16A 1L33A 4DKLA 231LA 245LA 1L72A 1L31A 205LA 3LZMA 3FI5A 4I7KA 3DN6A 249LA 3FADA 127LA 1G0KA 1L07A 171LA 254LA 4EKQA 103LA 1QSQA 1L03A 256LA 1SX7A 126LA 1QT7A 227LA 4EKRA 144LA 3HT9A 3DMVA 230LA 1JTMA 215LA 1QT5A 248LA 218LA 2Z6BA 1L01A 1L60A 3CDRA 3DNAA 4EXMA 1L41A 4ARJA 1CX6A 125LA 1C6QA 1G0JA 1C65A 1L30A 3HU8A 1C68A 5I14A 1QT6A 1DYBA 2LZMA 1L39A 1L83A 4ARLA 1L29A 181LA 1C63A 3NY9A 3HU9A 3HTDA 1L84A 1G06A 1QUDA 107LA 141LA 1G0PA 1L99A 240LA 1L48A 1QTBA 1LYJA 3OE8A 1LYGA 3OE6A 3V2WA 1T8FA 1OVJA 137LA 229LA 197LA 3DN3A 1OVKA 4I7OA 4DAJA 1L87A 172LA 3C80A 1PQIA 1L18A 155LA 1OWYA 1C6EA 1SSWA 4IAPA 1D3MA 1DYAA 3QAKA 1OVHA 1QUOA 165LA 3HH6A 2OU8A 159LA 1P6YA 1LYFA 3C7YA 3HDFA 221LA 2B6WA 7LZMA 2B6YA 1KY0A 1CU2A 187LA 1L0JA 195LA 109LA 161LA 149LA 2QB0B 3HUAA 228LA 4W51A 148LE 1LPYA 1PQMA 1CTWA 210LA 237LA 1JQUA 1L62A 4PK0A 3OE9A 1CV6A 4E97A 182LA 2B70A 4I7MA 1L27A 1T8GA 1L42A 1L82A 233LA 1JTNA 3RUNA 3FA0A 1C6GA 217LA 2HUKA 3G3XA 112LA 3C8RA 1KY1A 1L50A 2OU0X 1L95A 1L94A 2RAYX 4EPFA 1SWYA 2B74A 1L0KA 1L52A 3HWLA 1P2LA 151LA 1C67A 1L81A 244LA 1K28A 2RBRA 1QS9A 1T8AA 142LA 1L57A 4EJ4A 1L47A 1L19A 3EMLA 2LC9A 1L53A 1LI6A 2B7XA 4LDEA 1LI3A 3L2XA 1LGXA 223LA 1C6MA 1OV5A 4EPIA 3CDOA 4ARMA 4DJHA 214LA 1C6LA 3F8VA 3SB7A 4I7PA 234LA 169LA 1NHBA 1L64A 1DYDA 3C81A 2RBPA 4I7TA 1CU5A 1L92A 259LA 198LA 2HULA 4ARPA 212LA 1L34A 1L21A 3DKEX 1CV1A 1PQDA 1OYUA 1QTHA 1T6HA 170LA 1D3JA 1L37A 250LA 2Q9DA 1L26A 1L56A 1L91A 129LA 2OU9A 1L70A 2RBQA 3GUNA 2RBSA 1QTCA 1KS3A 1C6TA 186LA 145LA 3GUPA 1G0LA 2B6TA 152LA 3G3WA 1LWGA 4W59A 222LA 4LZMA 1QUHA 1LGUA 3GULA 243LA 1LYDA 3SB5A 2OE9X 211LA 1QUGA 2QARC 4GBRB 1QT4A 4YXAC 1L97A 4GRVA 1L45A 1DYEA 232LA 3DN0A 4W52A 1L06A 122LA 175LA 4W58A 3C8SA 2B6XA 2F2QA 1L25A 253LA 3C82A 4ARMB 176LA 1PQOA 4ZPUA 3SN6R 162LA 3HUKA 1G0GA 1L79A 238LA 1C6AA 4I7JA 251LA 1CU0A 2LCBA 262LA 3DMXA 1L12A 1TLAA 1L17A 4LDOA 1L51A 1B6IA 1L71A 1DYFA 1KW5A 1L74A 2OE7X 4OO9A 1CV0A 4I7NA 2ANXA 1L40A 1D2YA 4K5YA 1C6HA 1L13A 1QTVA 206LA 3PBLA 225LA 1P3NA 167LA 2O7AA 1G0MA 239LA 1LYEA 3GUMA 3HTFA 199LA 115LA 1L58A 3HT6A 1C62A 1L35A 3NYAA 4YXCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZURA 1XJTA 5AMYA 111LA 150LA 1L14A 1JSEA 1SSYA 1CV3A 257LA 1JUGA 3NY8A 1F6SA 3F9LA 5LXWA 2W1LA 3WW6A 2D4KA 242LA 1L67A 1L44A 2O4WA 1GEZA 1L98A 1L43A 1G0QA 1DPWA 1L89A 1ZYTA 3HTBA 4P2EA 2DQEY 3AW6A 1I1ZA 1IOQA 3ZVQB 4ET9A 1IC7Y 2DQFC 3BKVA 1L54A 1LLHA 4NFVA 4EMNA 5L3HA 1L59A 1N4FA 174LA 3AB6A 1L36A 1GF4A 1C6JA 201LA 2CJLA 1C6NA 2RB1X 2HECA 3RZ4A 2D4IA 4XADA 5FELA 5ILFA 1LYOA 4I8SA 3TXIA 3HH5A 1LYZA 4W57A 236LA 3WW5A 2YBNA 1G7MC 1L65A 1LSEA 247LA 2BQCA 4B0DA 3WMKA 156LA 1LJEA 1HHLA 4NGOA 1L86A 1L73A 4ANRA 1LHKA 3SP3A 2G4QA 5E9RA 1HFYA 1CV5A 4GN5C 1L02A 4XJFA 4ZIXA 5KXMA 153LA 3EMSA 2RAZX 1V7SA 5D5CA 1P56A 4H8YA 1L85A 1LZ4A 1NF5A 3HH4A 3GUIA 2X0AA 2B75A 4GCCA 1YIKA 1C6BA 2A4TA 1B7PA 2GV0A 2NTHA 1ZMYL 1JEFA 1JSFA 1UIEA 2N5ZA 4EKPA 1CVKA 4TWSA 1QUTA 138LA 1GF0A 224LA 2HUMA 2Z12A 1BWHA 1GF8A 3LYZA 1D9WA 1C6FA 1LHMA 4LT3A 1KW7A 1FLQA 1QT3A 1UC0A 1C6PA 3VW7A 3D3DA 3OK0A 3HT8A 1DYGA 2BQEA 2DBTA 4DDBA 1CUPA 2F30A 2XBRA 3HTGA 168LA 5LAFA 5C6IA 4NGZA 3W6FA 3AYQA 3RU5A 1L55A 2MEDA 1B5UA 1L00A 213LA 1ZVYB 3GUKA 3SB9A 4NHTA 3GUOA 1L90A 128LA 4HSFA 3C8QA 5HQ1A 2ANVA 1L10A 4LYTA 4LYZA 4DQ5A 1LMPA 131LA 1L66A 4YENA 258LA 1SLYA 2RB2X 4ETBA 2RB0X 1QTDA 4YM8A 1T97A 4DKLA 3FI7A 1HSWA 3CT1A 2BQHA 4UWNA 245LA 1L31A 3WXTA 3FI5A 4I7KA 249LA 3FADA 127LA 3BKHA 4NIJA 4PRUA 254LA 103LA 4WG1A 144LA 4LYBA 1JTMA 215LA 1LHHA 4NGVA 2PC2A 1JITA 1J1PY 1C45A 3GXKA 1L41A 125LA 3TXHA 1L30A 2W1MA 3ZEKA 4XYYA 1C68A 1B5YA 1L29A 181LA 1IWUA 3LZTA 3NY9A 1L84A 1G06A 1OUEA 3WYHA 4MCKA 1KIPC 1G0PA 1L99A 1L48A 1LYGA 1IX0A 5KXKA 197LA 3W6AA 2ZQ4A 4DAJA 1L87A 1QDRA 2G4PA 1L18A 4NY5A 4DYGA 1IO5A 1OUIA 1XFPL 1D3MA 1W6ZA 1QUOA 3TXFA 2ZIJA 3B0KA 5IHGA 159LA 5EBHA 4J1AA 3C7YA 2B6WA 5HNLA 4TUNA 1JPOA 1UBZA 4YOPA 4WO9A 4H9EA 4NSJA 1C08C 1LJKA 2I26L 228LA 1LPYA 1PQMA 1C46A 210LA 4GN3A 1OUJA 3P64A 1J1OY 1AM7A 1GF6A 2MEHA 4PK0A 3OE9A 2MEIA 3P65A 1AZFA 5J7CA 182LA 1REXA 1FBIX 1OUFA 1IC5Y 4M4OA 1T8GA 1L82A 1WVVA 2YBLA 3RUNA 3RT5X 1GFTA 217LA 3C8RA 5KXNA 1L94A 2RAYX 1SWYA 1CJ8A 3AGGG 1L0KA 1MELL 151LA 1XGQC 1C67A 2BQGA 244LA 5LVHA 1K28A 4H90A 3HBHA 3A34A 3EMLA 1CKDA 5JENB 5F16A 1GFKA 2B7XA 1LJJA 2ZQ3A 2F4GA 4LDEA 4N9RA 1XEKA 223LA 4H92A 4ARMA 1UIGA 4XJGA 4HJYA 214LA 1HMLA 4NWHA 4OWAA 5HMVA 4OWEA 4DQ7A 1LSZA 3C81A 1LZGA 4OWHA 4NG1A 2HULA 4Z3MA 1L34A 3DKEX 1YAOA 1QTHA 170LA 1D3JA 1NBYC 1LSFA 1L26A 1L91A 4ETAA 3W6EA 1LJFA 2RBSA 3WULA 2BLYA 4H9FA 1G0LA 4H91A 222LA 4LFXA 1LGUA 3WXUA 5DLAA 4R6CA 5KKIA 1UIAA 3EXDA 5I5QA 2G4NA 4YXAC 2B5ZA 1L45A 5F14A 3DN0A 1L06A 1OUGA 2F2QA 253LA 1D0MA 3SN6R 4CFPA 4N0JA 4H9CA 1GFAA 4G49A 1IR9A 1A4VA 4B4EA 262LA 1L12A 3TMUA 1UIDA 5FSTA 4LDOA 1BHZA 1YKYX 1C7PA 1B6IA 1L71A 3ZVQA 4OO9A 2ANXA 1L40A 4RW2A 1C6HA 2I6ZA 225LA 239LA 1D6PA 5LIOA 2HEEA 3CT0A 3GUMA 1L35A 4C3WA 4QDNA 1GFRA 2OE4X 1EQ5A 1L68A 1G7HC 1LZ6A 1L23A 1LJNA 2OTYX 3WUAA 130LA 1L22A 4LFPA 1TEWA 1L38A 4ETCA 5KY1A 1IWVA 3SB8A 2Z19A 1LI2A 2MEGA 2Z2EA 3G3VA 2W1XA 4IASA 1IOCA 1GB5A 4DQJA 157LA 4GLAA 2LZ2A 1LSYA 1LZ1A 1JKCA 1GDXA 1BB4A 261LA 1LSPA 191LA 188LA 3A3RX 1P2RA 183LA 3B0IA 2HU1A 146LA 3PDSA 1REZA 1WTHA 1C60A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZUR A;  1XJT A;  5AMY A;  111L A;  150L A;  1L14 A;  1JSE A;  1SSY A;  1CV3 A;  257L A;  1JUG A;  3NY8 A;  1F6S A;  3F9L A;  5LXW A;  2W1L A;  3WW6 A;  2D4K A;  242L A;  1L67 A;  1L44 A;  2O4W A;  1GEZ A;  1L98 A;  1L43 A;  1G0Q A;  1DPW A;  1L89 A;  1ZYT A;  3HTB A;  4P2E A;  2DQE Y;  3AW6 A;  1I1Z A;  1IOQ A;  3ZVQ B;  4ET9 A;  1IC7 Y;  2DQF C;  3BKV A;  1L54 A;  1LLH A;  4NFV A;  4EMN A;  5L3H A;  1L59 A;  1N4F A;  174L A;  3AB6 A;  1L36 A;  1GF4 A;  1C6J A;  201L A;  2CJL A;  1C6N A;  2RB1 X;  2HEC A;  3RZ4 A;  2D4I A;  4XAD A;  5FEL A;  5ILF A;  1LYO A;  4I8S A;  3TXI A;  3HH5 A;  1LYZ A;  4W57 A;  236L A;  3WW5 A;  2YBN A;  1G7M C;  1L65 A;  1LSE A;  247L A;  2BQC A;  4B0D A;  3WMK A;  156L A;  1LJE A;  1HHL A;  4NGO A;  1L86 A;  1L73 A;  4ANR A;  1LHK A;  3SP3 A;  2G4Q A;  5E9R A;  1HFY A;  1CV5 A;  4GN5 C;  1L02 A;  4XJF A;  4ZIX A;  5KXM A;  153L A;  3EMS A;  2RAZ X;  1V7S A;  5D5C A;  1P56 A;  4H8Y A;  1L85 A;  1LZ4 A;  1NF5 A;  3HH4 A;  3GUI A;  2X0A A;  2B75 A;  4GCC A;  1YIK A; 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