4WG1A

Room temperature crystal structure of lysozyme determined by serial synchrotron crystallography (micro focused beam - crystfel)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Raster-scanning serial protein crystallography using micro- and nano-focused synchrotron beams.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wg1A00
1LJEA 1LMNA 1IC7Y 5C6JA 5KKJA 4DWXA 4BADA 4W96A 1UIAA 1D0LA 3A93A 1IP7A 1N4FA 1GAYA 4WLXA 1GBWA 1QSAA 3W6DA 1YKZX 1AKIA 2Z12A 1HEOA 1FLYA 1CJ8A 1IEEA 4DDBA 2YDGA 2MEDA 1JHLA 4N1CC 4J7VA 1KIRC 4XADA 1I1ZA 4OWCA 3AB6A 1F0WA 1JUGA 2BQDA 1LZCA 1D6PA 1IORA 1FKQA 3AW7A 1B2KA 1IY3A 1LSPA 1LHMA 1DI5A 4H94A 1LHKA 4UWNA 4NIJA 5KXYA 5KXXA 1LJ4A 4XJGA 1JTTL 3EXDA 1XGRC 2N5ZA 3OK0A 1LZBA 1LMCA 4OWHA 1AZFA 1LYSA 3G3AB 4B49A 4GCDA 1GXV2 1B0DA 4I0CA 4NGWA 3P68A 1GFGA 1H6MA 1AT6A 1IP4A 1B7NA 3HBHA 4G4HA 2ZIJA 4N8ZA 1LMOA 1LOZA 2HEBA 1YAQA 4A7DA 3QY4A 3VWOA 1GAZA 2ZQ4A 1YL0X 4H9EA 3WULA 1HELA 4ZEEA 1F6SA 1OUIA 5F9XA 4KPMA 1B7MA 1VDPA 3WPLA 4ETAA 4QY9A 1I20A 2AUBA 3EO5A 5LVIA 4OWBA 5F9UA 5C6LA 1LMAA 4HTQA 4RLMA 5FSTA 2LYOA 4EMNA 5KJ9A 1NKHA 1C7PA 4RW1A 1INUA 7LYZA 1OUJA 1YQVY 4DD2A 1IWYA 2YBJA 1T3PA 1GPQC 1LMQA 1WQRA 1LZ8A 1RE2A 1DI3A 3AW6A 4LYTA 1C08C 3EBAB 1UACY 4ETEA 3FI7A 3AZ7A 1GHLA 2G4PA 4H8XA 4YM8A 3D3DA 3LYOA 2Q0MX 3A96A 1JKCA 1A2YC 1YROA 2IFFY 1RJCB 3E3DA 4Z41A 4B4IA 4N5RA 4B4EA 4B4JA 1GF7A 1NBYC 1GE3A 1O23A 1YAMA 2ZNXY 3GXRA 1F10A 2MEBA 4G9SA 5EBHA 4ML7A 1DZBX 1QUSA 2G4QA 4J1BA 1C46A 1ZVYB 2DQFC 3J4GA 1GF4A 4ZFPA 1CKCA 5F16A 5LYZA 133LA 4GLVA 1IP6A 4NSHA 2W1YA 5KXZA 1LJIA 1PZYA 1JIYA 1DKKA 4TWSA 2DQAA 1HEPA 1LYOA 2ZYPA 1GFRA 5F81A 1EQEA 3A90A 1KXYA 4DD1A 1FDLY 4NG8A 1BB6A 4M4OA 1NMMA 1JWRA 134LA 1LPIA 1IP3A 4II8A 8LYZA 2FBDA 1GFAA 3WW6A 1LYZA 2ZQ3A 1LZ4A 4TTDA 1HMLA 1GB3A 4WLTA 1IP1A 4WO9A 2YBMA 5D5FA 5B07A 3T36A 1YIKA 3ULRA 1GBXA 1D0MA 2BQIA 1UBZA 5KXWA 3AGGG 3AGHA 5B1GA 3TXFA 1OUAA 3A8ZA 1CNSA 5M1YA 1LSAA 4GLAA 3N9CA 4G4CA 4LT0A 1JSFA 4CGEA 1P2CC 3LZ2A 5IELA 1WTMA 1SQ2L 1UC0A 1UIBA 1LZDA 3W6FA 3A92A 3CB7A 3MGWA 2H9JA 4DD7A 3ZEKA 1TDYA 1GFVA 1FN5A 2EIZC 2HU1A 1KXXA 1IWTA 1CKGA 1GDXA 2XBRA 4LYBA 1JPOA 2CWIA 1LZTA 4UWVA 3TXIA 3LYZA 1G7MC 2EKSC 4BAFA 1LJGA 1HMKA 3CT0A 3HBDA 1IX0A 3KAMA 1LSFA 1IY4A 5LIOA 1LAAA 5IDDA 3WMKA 4W94A 2HEFA 2Z2FA 4DD9A 2YBIA 5A3ZA 4HJYA 1D9UA 2WARA 4WMGA 5I4YA 4CFPA 1B5UA 1LKSA 1TAYA 3TXDA 2YBLA 2F2NA 3B0IA 1RFPA 1VFBC 2CGIA 4NWEA 4XJFA 1LKRA 3WU7A 4ETDA 3A3RX 5LXWA 5DN5A 1IWVA 2BQNA 4TUNA 4C5FA 2YVBA 4B0DA 4DDAA 1XGUC 4EOFA 1B7LA 4LFPA 1REXA 1BQLY 2G4NA 5E9RA 1CKHA 1HSXA 3WH1A 1LCNA 1ZVHL 2MEGA 1T6VL 5APCA 4WOAA 2MEHA 5IHGA 5I53A 4H9CA 4M6DA 1REMA 2HTXA 4G49A 4C3WA 1BB4A 2LYMA 1OUHA 1D6QA 1KIPC 3A94A 3WW5A 1LZEA 5KY1A 2BQAA 1PS5A 5ILCA 5I4WA 4PRQA 1B7QA 1HENA 3IJUA 4XN6A 5JENB 1IVMA 3GXKA 1VEDA 1IWWA 1G7LC 1GB7A 4FJRA 3WPKA 4NY5A 193LA 2DQGY 5C6IA 6LYTA 3IWRA 2ZWBA 3WUAA 1ZV5L 2HEEA 4WLYA 5KXSA 5L9JA 4AGAA 2DQIY 1OUFA 4KL7A 2GV0A 1RI8B 1TEWA 4NFVA 1YKXX 4LYMA 2BLXA 1GDWA 3B0OA 1GEVA 4NGLA 2XBSA 3WPJA 1REYA 3J6KA 2ZILA 4H93A 1LJKA 3TMXA 1FLWA 1GB8A 1LSGA 3LYMA 4PGJB 1HEMA 5FDJA 1XSFA 1IC4Y 3ZVQB 1IIZA 1GE4A 5I54A 1WVVA 1GF0A 4H8YA 5KXMA 2FYDA 4IATA 3ATNA 1IWZA 4N9RA 1OUGA 2Y8PA 5KXKA 4NGIA 2X0AA 1OUCA 5B59A 3ATOA 5HNLA 4NGOA 5II3A 1UIEA 1NDMC 3RNXA 5HQ1A 5FHWA 4QGZA 4CHXA 2EQLA 5L3HA 5LVJA 4J0LA 1LHHA 3T6UA 1QIOA 1XEKA 1W08A 1YANA 2A7DA 2Z38A 3AZ6A 3TXHA 1AM7A 5HMJA 1WVUA 1LSNA 3M3UA 4DD0A 2C8PA 4WM2A 5KXPA 3B72A 4P2EA 1IP5A 1IOTA 1G7IC 2A7FA 2BPUA 4HPEA 1DI4A 2HU3A 3CT5A 1LYYA 1BWIA 3G3BB 3N9AA 3QE8A 1JITA 2I25L 1LJJA 1YAOA 4MSTA 3AJNA 1JJ1A 2BQOA 3WXTA 3ZVQA 2DBTA 1UUZC 2DQHY 1GFKA 1EQ4A 4Z98A 1MELL 2CDSA 4WM1A 2XJWA 5LA8A 1QDRA 2LZ2A 4HPIA 1WQPA 1HF4A 3LYTA 4MR1A 3IJVA 1JISA 5J7CA 1B7PA 1Z55A 1J1PY 6LYZA 4CJ2A 1GB5A 2YBHA 4XJIA 1GFUA 1XGTC 1UIFA 1GEZA 1GFJA 1HHLA 2BQHA 4NEBA 4WL7A 4NHPA 1OP9B 5APDA 1LSZA 2HEAA 3LZTA 2BQMA 3RT5X 3TMWA 3OJPA 4N0JA 4NSJA 194LA 4XJHA 1AT5A 1FLQA 4YF2A 4U3XB 1DPXA 4XJBA 4WM5A 4NSGA 5APFA 1UA6Y 1MLCE 2ZYCA 1VAUA 1BVXA 1GFHA 1GF8A 1UCOA 1UIHA 1NDGC 1V7TA 1G7HC 2BQLA 2LZTA 2RSCA 3A95A 4NSIA 4PJ2C 1B7SA 1CJ9A 2CJLA 3W6CA 1GE0A 2W1LA 1B5XA 3W6EA 2FBBA 1LSYA 1GF5A 5FEKA 1LJNA 4ET9A 1LJHA 2BQFA 3CT1A 1IOQA 1VDSA 2YSSC 2MEFA 4KT3A 1NF5A 4E3UA 1ALCA 1HSWA 3HBEX 3N9EA 5KKIA 4WG1A 3WYHA 1QDTA 5LINA 3AZ4A 1SLYA 4NHTA 4LT2A 1GB6A 3TMVA 4TSBA 1OUBA 1B5ZA 1IO5A 4ZIXA 153LA 1HC0A 4WLDA 3A67Y 1IR8A 1LZSA 3CSRA 1KIQC 1IP2A 1B5VA 1IR7A 1GB0A 3HFMY 1CKFA 1WTNA 1LJFA 3AGIA 4PHIA 1LMTA 4LYZA 5DM9A 5L3IA 4Z3MA 4KXIA 1KXWA 5FCPA 3SP3A 4HTKA 154LA 1IWXA 1LHIA 3TMUA 1BWJA 4QDNA 2I26L 1GWDA 4LYOA 1B5YA 2D4KA 4QEQA 3CSZA 1LHLA 1LZ5A 2D6BA 2NWDX 4NHIA 4WM4A 1BWHA 2EPEA 1HFYA 1BB7A 2Z2EA 2D4JA 5I5QA 1VDQA 5HLLA 1F6RA 3A6CY 1IOCA 1JEFA 208LA 1JTPL 1GFTA 1BB3A 4H9BA 3AZ5A 5DL9A 1LSDA 4GCFA 2MEAA 4HV1A 1HFZA 3WXUA 1RCMA 4LYCA 4NGZA 1C10A 3CQLA 1LJ3A 4BS7A 3W6AA 1I56A 4H91A 3A91A 4DD3A 1EL1A 1C43A 4ANRA 4PPOA 4HJZA 2BQCA 2Z39A 5LYTA 4GCCA 1JKBA 1XEIA 4CFOA 1GF6A 1GB9A 4H8ZA 4LZTA 5D5CA 2W1XA 2D91A 1LZ1A 2DQCY 4L41A 3WVXA 1HEWA 1CKDA 1ZMYL 4H9IA 1W6ZA 1BVKC 3AYQA 4NGYA 3WUNA 1TCYA 3B0KA 2H5ZA 2IHLA 2H9KA 4LT1A 4NWHA 2BQEA 1GE2A 1IR9A 1GF9A 1LSMA 1B7RA 1V7SA 1JKAA 1D0KA 4TX7A 1GBZA 1GD6A 4PRUA 4RW2A 5DN4A 3WUMA 1GB2A 1QUTA 1HERA 2VB1A 1JJ0A 3EMSA 1YL1X 1QTEA 3P4ZA 4GN4A 1GBSA 5LAGA 1QTKA 4DC4A 3W6BA 5I4XA 1LZGA 5B06A 5F14A 2MECA 4HSFA 1DPWA 1GF3A 2ZIKA 3BKHA 4IJ4A 5KXNA 4Z46A 4WO6A 1EQ5A 4ETBA 5K7OA 4H9FA 1UIDA 2LHMA 1NWGA 1IC5Y 3LN2A 4YEOA 1YAPA 5T3FA 1CJ7A 1UIGA 4XENA 5LVGA 1YKYX 2MEEA 2BQKA 4NGJA 1WQQA 5ILFA 2D4IA 4OWEA 1NBZC 4YEMA 4WM3A 2BQJA 4UWUA 3RU5A 3TXJA 1XGQC 1LSBA 1IWUA 1DQJC 1LZNA 1DXJA 1GE1A 2XTHA 2Z18A 2ZNWY 5B1FA 4HP0A 4ETCA 5E4PA 3K3TA 4NHQA 1TBYA 5HNCA 1LZYA 4I8SA 2F4AA 4WG7A 1XFPL 1IOSA 4OOOA 4XJDA 2HUBA 2F30A 3QNGA 5AMYA 4TSCA 2Z37A 1G7JC 1FBIX 5HMVA 3D9AC 4LGKA 3CSQA 3A3QA 1OUEA 1VDTA 3W3EA 1UICA 1LZ6A 1WQNA 4O34A 3RZ4A 1B9OA 4LT3A 4RDSA 1CJ6A 4H9HA 5KXLA 5LA5A 2FYCA 1J1XY 3P64A 1QSWA 4J1AA 1C45A 4G4BA 4DT3A 5KXRA 4HV2A 9LYZA 1B5WA 1NQIA 2C8OA 5FELA 1LZ9A 5LVKA 1BHZA 4NG1A 3B6LA 4HJVA 4H1PA 5A3EA 1VATA 2W1MA 4N1EI 4DDCA 2YBNA 2BLYA 3WVYA 1LSCA 4GCBA 1GFEA 3F6ZA 1WQOA 1HEQA 2I6ZA 1LTMA 1LZRA 4H9AA 5LVHA 1JTOL 2B5ZA 3TXEA 5KXOA 4NGVA 1FLUA 5APEA 1HNLA 3RW8A 4B1AA 1XEJA 3TXGA 1LMPA 2Z19A 4FDYA 2LYZA 1QQYA 4XYYA 1BB5A 4RLNA 1YILA 3WU8A 1JKDA 4GN3A 4X3BA 1E8LA 1JSEA 1WQMA 1J1OY 4DYGA 5DLAA 1DKJA 1LHJA 4D9ZA 4HTNA 2DQDY 3LHMA 1GXXA 2HEDA 1LZAA 2DKVA 2BQBA 4OW1A 3BKVA 4WM6A 4GN5C 4YENA 5LAFA 1OQMA 2PC2A 3FE0A 3TXBA 1H87A 1BGIA 4H90A 2F4GA 2HECA 4BAPA 3WL2A 2DQJY 4NGKA 2MEIA 1B7OA 5B05A 1HFXA 5KXTA 3WU9A 3P66A 1XGPC 4AXTA 1NHEA 4OWAA 4MCKA 4ET8A 135LA 1FKVA 4OOTA 1OUDA 2BQGA 3TXKA 1REZA 4R0FA 1LSEA 4WL6A 1JJ3A 132LA 4NHSA 3A34A 4R6CA 4YOPA 2DQEY 4H92A 4IASA 3A6BY 1A4VA 1GBYA 2BAAA 4GCEA 207LA 1GBOA 3M18B 3P65A 4LFXA 5LYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C6JA 5KKJA 1UIAA 148LE 237LA 102LA 1IEEA 4I7LA 1JHLA 4J7VA 1K28A 1L61A 1LSPA 1LHMA 1XJUA 3EXDA 1L56A 1D3FA 1AZFA 1LYSA 3G3AB 4B49A 4I7OA 4G4HA 7LZMA 125LA 1CV5A 2ZQ4A 1D3JA 1HELA 4ZEEA 4KPMA 1QUGA 112LA 5F9UA 1LYIA 4HTQA 5FSTA 1NKHA 4RW1A 191LA 4LYTA 1T3PA 1LZ8A 1C08C 2O7AA 4H8XA 3D3DA 2O4WA 1A2YC 1YROA 1L96A 1RJCB 5EBHA 1DZBX 1ZVYB 3CDTA 1CU6A 2RB1X 259LA 130LA 1IP6A 5KXZA 3HT8A 1JIYA 1DKKA 3L2XA 3HU9A 1LYOA 1GFRA 1EQEA 4NG8A 1L08A 4I7TA 1LPIA 1PQIA 3HU8A 1L0JA 1L76A 1LYZA 1B6IA 1HMLA 5D5FA 3HT7A 3T36A 214LA 3AGGG 254LA 3TXFA 1CNSA 2B73A 4G4CA 1JSFA 195LA 1WTMA 249LA 1SQ2L 2OU9A 190LA 1ZYTA 3A92A 3MGWA 1L67A 1TDYA 1GFVA 1KXXA 229LA 4LYBA 2CWIA 3TXIA 1LJGA 3HBDA 1C6LA 1LAAA 3RZEA 5A3ZA 4HJYA 2WARA 1G1WA 4WMGA 4CFPA 1TAYA 4NWEA 1VFBC 2LZMA 5LXWA 1LKRA 3A3RX 5DN5A 2BQNA 4PK0A 1XGUC 1CKHA 4ZPUA 1OWYA 4M6DA 4G49A 1BB4A 2LYMA 1OUHA 1D6QA 1KIPC 3A94A 3WW5A 2OE4X 137LA 1PS5A 2IGCA 1B7QA 1L42A 3GXKA 1IWWA 1L80A 1G7LC 4FJRA 4WLYA 5KXSA 235LA 4KL7A 4LYMA 1GEVA 2XBSA 4H93A 4S0WA 1TLAA 1L87A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LJE A;  1LMN A;  1IC7 Y;  5C6J A;  5KKJ A;  4DWX A;  4BAD A;  4W96 A;  1UIA A;  1D0L A;  3A93 A;  1IP7 A;  1N4F A;  1GAY A;  4WLX A;  1GBW A;  1QSA A;  3W6D A;  1YKZ X;  1AKI A;  2Z12 A;  1HEO A;  1FLY A;  1CJ8 A;  1IEE A;  4DDB A;  2YDG A;  2MED A;  1JHL A;  4N1C C;  4J7V A;  1KIR C;  4XAD A;  1I1Z A;  4OWC A;  3AB6 A;  1F0W A;  1JUG A;  2BQD A;  1LZC A;  1D6P A;  1IOR A;  1FKQ A;  3AW7 A;  1B2K A;  1IY3 A;  1LSP A;  1LHM A;  1DI5 A;  4H94 A;  1LHK A;  4UWN A;  4NIJ A;  5KXY A;  5KXX A;  1LJ4 A;  4XJG A;  1JTT L;  3EXD A;  1XGR C;  2N5Z A;  3OK0 A;  1LZB A;  1LMC A;  4OWH A;  1AZF A;  1LYS A;  3G3A B;  4B49 A;  4GCD A;  1GXV 2;  1B0D A;  4I0C A;  4NGW A;  3P68 A;  1GFG A;  1H6M A;  1AT6 A;  1IP4 A;  1B7N A;  3HBH A;  4G4H A;  2ZIJ A;  4N8Z A;  1LMO A;  1LOZ A;  2HEB A;  1YAQ A;  4A7D A;  3QY4 A;  3VWO A;  1GAZ A;  2ZQ4 A;  1YL0 X;  4H9E A;  3WUL A;  1HEL A;  4ZEE A;  1F6S A;  1OUI A;  5F9X A;  4KPM A;  1B7M A;  1VDP A;  3WPL A;  4ETA A;  4QY9 A;  1I20 A;  2AUB A;  3EO5 A;  5LVI A;  4OWB A; 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 4H9H A;  5KXL A;  5LA5 A;  2FYC A;  1J1X Y;  3P64 A;  1QSW A;  4J1A A;  1C45 A;  4G4B A;  4DT3 A;  5KXR A;  4HV2 A;  9LYZ A;  1B5W A;  1NQI A;  2C8O A;  5FEL A;  1LZ9 A;  5LVK A;  1BHZ A;  4NG1 A;  3B6L A;  4HJV A;  4H1P A;  5A3E A;  1VAT A;  2W1M A;  4N1E I;  4DDC A;  2YBN A;  2BLY A;  3WVY A;  1LSC A;  4GCB A;  1GFE A;  3F6Z A;  1WQO A;  1HEQ A;  2I6Z A;  1LTM A;  1LZR A;  4H9A A;  5LVH A;  1JTO L;  2B5Z A;  3TXE A;  5KXO A;  4NGV A;  1FLU A;  5APE A;  1HNL A;  3RW8 A;  4B1A A;  1XEJ A;  3TXG A;  1LMP A;  2Z19 A;  4FDY A;  2LYZ A;  1QQY A;  4XYY A;  1BB5 A;  4RLN A;  1YIL A;  3WU8 A;  1JKD A;  4GN3 A;  4X3B A;  1E8L A;  1JSE A;  1WQM A;  1J1O Y;  4DYG A;  5DLA A;  1DKJ A;  1LHJ A;  4D9Z A;  4HTN A;  2DQD Y;  3LHM A;  1GXX A;  2HED A;  1LZA A;  2DKV A;  2BQB A;  4OW1 A;  3BKV A;  4WM6 A;  4GN5 C;  4YEN A;  5LAF A;  1OQM A;  2PC2 A;  3FE0 A;  3TXB A;  1H87 A;  1BGI A;  4H90 A;  2F4G A;  2HEC A;  4BAP A;  3WL2 A;  2DQJ Y;  4NGK A;  2MEI A;  1B7O A;  5B05 A;  1HFX A;  5KXT A;  3WU9 A;  3P66 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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