4WLDA

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme at 0.1 mpa
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H3 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)O2 (6-127)AH2 (25-36)3H1 (20-22)TII'1 (103-106)TI3 (54-57)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)TI4 (59-62)S3 (58-59)TI8 (105-108)TI5 (60-63)TI6 (74-77)TIV1 (66-69)TII2 (69-72)3H2 (80-83)TVIII1 (85-88)AH3 (88-100)TIV2 (101-104)TI7 (104-107)AH4 (109-115)TII3 (115-118)O1 (118-120)Updating...
connected with : NaN
publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wldA00
3P65A 3WVYA 2BQHA 3G3BB 4KPMA 4B4JA 3J4GA 3OK0A 1WQRA 1V7SA 1PS5A 1GFKA 1LSGA 1QSWA 1CNSA 4CJ2A 1OQMA 4H9IA 1GF6A 1GFEA 1IO5A 2C8PA 1FKVA 1G7LC 5D5CA 135LA 4BAPA 2DQCY 4H90A 4QDNA 1LZBA 4NSIA 3WMKA 2BQEA 1GF4A 1LMCA 4WLXA 1GB8A 3A92A 3ULRA 2MEHA 3WW6A 1INUA 5HNCA 4J1AA 3WU8A 4TWSA 4TSCA 4DC4A 5K7OA 1IC5Y 1F6SA 4RW1A 3TXJA 4RLMA 3N9EA 3WXTA 4WM1A 1NMMA 1LSFA 4RW2A 1QTEA 1OUHA 1OUAA 3LYOA 1YROA 4NSGA 2D91A 4XN6A 3QNGA 1OUEA 2A7DA 4MCKA 3RNXA 2H9KA 1LZDA 4J1BA 5I4YA 1IWZA 1WVVA 1MLCE 1V7TA 1B7MA 1IC4Y 1YL0X 1IP2A 2A7FA 2YBIA 1BB3A 4NY5A 4OWAA 3OJPA 1YANA 2MEBA 2BQJA 2BQFA 4CHXA 1QUTA 1VEDA 1GFTA 3WW5A 208LA 4DT3A 1DPXA 1LZ4A 5IDDA 5HQ1A 153LA 4NHPA 133LA 1NF5A 2CDSA 4LT1A 4YOPA 5HNLA 1B5WA 1SLYA 1B5XA 1J1OY 1WQOA 2D4IA 1IVMA 5LYMA 5APDA 1XEIA 4W94A 4AGAA 5FDJA 3RT5X 3G3AB 1LMOA 1J1XY 1WQQA 2MEAA 4E3UA 1JITA 4H9FA 4OWCA 1HMKA 2BAAA 5KY1A 5DL9A 1F0WA 1NDGC 1OUFA 3CB7A 4IATA 1GHLA 4LGKA 1LSYA 3B0OA 2HEEA 4LYTA 2GV0A 5LVJA 1AT5A 1DZBX 1JISA 5IELA 2HEDA 1G7HC 4KT3A 2BPUA 2FBDA 1LMNA 1EQEA 4NGKA 5KXKA 1IIZA 1CJ7A 1XEKA 1D0MA 1IC7Y 1VDQA 1DI4A 2HEFA 3B0IA 1NBZC 3IJVA 1GD6A 5B07A 1BVXA 1JEFA 3D3DA 1LJ3A 4Z46A 1LMQA 5F9UA 3TXGA 5FHWA 4UWNA 5J7CA 2Z39A 1XGUC 1IY4A 4DD3A 3A96A 3W6CA 2YBHA 4NHIA 1B5VA 1HEPA 3N9CA 4FDYA 4GN3A 4WLYA 5E4PA 1GB7A 4WM4A 1HERA 3W6AA 5KXWA 4OWEA 4LT0A 1DXJA 4PPOA 1OUCA 1D6PA 1XSFA 3A8ZA 4HPEA 2ZILA 1BWIA 4DD1A 5KXMA 4NWEA 1YAQA 4C3WA 3RU5A 1JKDA 4MR1A 3WXUA 3HBEX 4DDAA 2Z2EA 5KXNA 4NGIA 3LHMA 4UWVA 1ZV5L 1IOSA 4HV1A 5KKIA 3E3DA 1RI8B 4NEBA 5LVGA 1B5UA 1BWJA 2I26L 4GCFA 4B49A 1LSAA 1BGIA 1HELA 1LSBA 1TAYA 2FYCA 2BQIA 4TX7A 1LZCA 5KXTA 1GF5A 1RFPA 3EXDA 4TUNA 1LSPA 5KXZA 4NGOA 1YILA 1IP6A 2EIZC 4H92A 1B7NA 3W6DA 1LSCA 1B9OA 4BAFA 4EOFA 4PRUA 1I20A 3B72A 2YVBA 4IJ4A 4ETDA 4WM6A 2Q0MX 1LZ9A 1UIDA 1IOTA 2YSSC 1O23A 1YAPA 3P68A 4NGZA 4NHTA 5FEKA 1REXA 3HFMY 5A3EA 1WQPA 3WPLA 2DQJY 4LYMA 5FSTA 4ZIXA 4X3BA 2W1LA 1GFJA 4N8ZA 1IORA 2XJWA 1LHMA 3N9AA 1LJGA 1GWDA 3TXHA 1C10A 3W3EA 4HJYA 3T6UA 3QE8A 1GE4A 1LJIA 1FLUA 1UIGA 4LFPA 4U3XB 1HFXA 1CKDA 3AW7A 1LJFA 4NGJA 4QEQA 1ALCA 5C6LA 1HSXA 5KXPA 4MSTA 4RLNA 5B1GA 2HEBA 4H9EA 1QTKA 2ZIJA 1QQYA 2Z18A 4OOOA 5F16A 2ZYPA 3FI7A 4ANRA 4Z98A 1VAUA 4HV2A 1HENA 1GAYA 1LZ1A 4YENA 1B7SA 4BS7A 4GN4A 3RZ4A 5I53A 1GEVA 194LA 3VWOA 4XJIA 5APFA 4WM5A 5B06A 5F81A 1DKJA 1JTTL 2YBLA 1C7PA 1GF3A 2CJLA 1HF4A 3TMWA 1YL1X 4H8XA 4I8SA 5KXOA 2BQCA 1IP4A 1RE2A 5DN4A 1D0LA 2G4NA 4O34A 1B7QA 1C08C 4NFVA 4NHSA 4WG7A 2C8OA 3TMXA 3WUNA 1OUJA 2F30A 1XGRC 4HSFA 2F2NA 4N0JA 1AZFA 1KIPC 3CSQA 4XJFA 2CWIA 2YBNA 4WM3A 2N5ZA 5L3HA 5JENB 4G4BA 4H8YA 1IR9A 1LPIA 3AJNA 1B7PA 4GCDA 1IR7A 1GF9A 4HTQA 1NQIA 1KXXA 3W6FA 3LYZA 1BB5A 2DQEY 1GB9A 1HHLA 4ETEA 3EBAB 1REYA 1REMA 1T3PA 1J1PY 1VATA 4BADA 4H9BA 5II3A 3AZ6A 5B1FA 1D0KA 1GF8A 1KXYA 1UA6Y 7LYZA 1GPQC 1H87A 1XGTC 2IHLA 1GBYA 2CGIA 1YQVY 3W6EA 3TXBA 1GE3A 3WH1A 5APEA 1GFHA 2Z38A 5APCA 5I4WA 5DLAA 1MELL 3AGHA 1GXXA 4XJBA 2ZNWY 3HBDA 1AM7A 1DQJC 3FE0A 4H94A 2X0AA 1HEOA 1LTMA 1LZ6A 4NGLA 3MGWA 1LZ5A 1IOQA 1UIAA 5L3IA 2HTXA 4WLTA 1LMTA 1G7JC 4G9SA 4HJVA 1IEEA 1LSNA 1LYYA 2LZTA 4GLAA 1HEWA 1YIKA 1LSDA 1XGPC 1P2CC 2WARA 4WO6A 4A7DA 1GB6A 4OOTA 5I5QA 5KKJA 2XBRA 1HFZA 1BB7A 3F6ZA 1GB2A 1HFYA 4DD9A 5C6IA 5LINA 1XFPL 3WU9A 5C6JA 4UWUA 1BQLY 1WVUA 1LJKA 1HNLA 1NHEA 3A94A 3P66A 5LA5A 3ATOA 4GCEA 4YF2A 4W96A 1LHHA 1LCNA 1LSZA 1JSFA 3M3UA 1D9UA 4LZTA 3WULA 4H91A 4NIJA 1GBXA 4HP0A 3K3TA 1NDMC 4N1EI 6LYTA 1GBZA 1B7LA 4DD0A 4G49A 1LHKA 4WM2A 4PJ2C 1C45A 3A95A 4QGZA 5KJ9A 5ILFA 4ET8A 3A93A 2G4PA 1YAOA 1REZA 1LZEA 2BQBA 2W1MA 4RDSA 5LYTA 2H5ZA 5KXLA 5ILCA 4WO9A 5L9JA 1OUGA 1JJ3A 1Z55A 2DQDY 4XENA 3LYTA 1CJ8A 2MEEA 5LA8A 4CGEA 1IWYA 1EQ4A 4WL7A 4IASA 3GXRA 207LA 4XJHA 1LZRA 1GDWA 1NKHA 3WUAA 1PZYA 4H8ZA 4II8A 2HU1A 1LJEA 4NWHA 4AXTA 5B59A 5KXRA 4TSBA 1GF7A 1RCMA 1IWXA 3CSZA 4H1PA 1C43A 1ZVHL 3AZ4A 4NSJA 1YKYX 1HMLA 2MEFA 5D5FA 5LVIA 4N9RA 3TXDA 3CT0A 4DD2A 9LYZA 3WVXA 2Z37A 3ZVQA 1LZ8A 2ZQ4A 2BLXA 1FN5A 5KXYA 4R0FA 1UACY 5LYZA 1A4VA 1YKZX 4C5FA 1CKFA 2EKSC 1DKKA 4J7VA 4ZEEA 4N1CC 3RW8A 3ZEKA 3BKHA 1LZAA 1LZNA 3WPKA 1LJHA 2NWDX 3TXKA 2W1XA 2D4JA 1IWTA 2G4QA 1UBZA 2DBTA 4NHQA 5HLLA 3CSRA 1RJCB 1UIBA 5KXXA 1GEZA 2B5ZA 4CFPA 3A6BY 3M18B 1FLWA 1B7OA 1XGQC 5LVKA 1UIEA 3A67Y 1NWGA 4HTNA 5DN5A 1CJ9A 1CKHA 5IHGA 4PGJB 1WTMA 2Z12A 1GBSA 3AZ7A 1IWWA 3LN2A 3WPJA 2BQOA 1LAAA 3WYHA 1LMAA 1GE0A 1QDRA 2H9JA 2VB1A 2XTHA 3AW6A 3TXFA 4D9ZA 1ZVYB 1LJJA 5HMJA 5I54A 1QSAA 1W6ZA 1ZMYL 2BLYA 1GE2A 4ML7A 4NGYA 1BVKC 4YEMA 4J0LA 4YEOA 2F4AA 4OWHA 1JIYA 4LT3A 1IWUA 4GCBA 2HUBA 1NBYC 1OUBA 3AB6A 1LZYA 4KXIA 1FKQA 1UCOA 1VDPA 2BQLA 2LYMA 2I6ZA 5M1YA 4B4IA 4CFOA 1JJ0A 1TCYA 2F4GA 1GFVA 1IP3A 2BQMA 2EQLA 3QY4A 4GN5C 3A90A 1JKAA 2Z19A 3CT1A 4B0DA 1GE1A 4B1AA 1YKXX 2LZ2A 3CQLA 4B4EA 4YM8A 1IY3A 1WQNA 5LAFA 3IJUA 1BB6A 1GBOA 4HJZA 1FLQA 1JTOL 1LYSA 4GLVA 1GAZA 2LHMA 3B6LA 2DQHY 4LYCA 1UC0A 2D6BA 2EPEA 1B5YA 4WOAA 3SP3A 1LKRA 1YAMA 1DPWA 4LFXA 3J6KA 3LZTA 3P4ZA 2MEDA 6LYZA 1B5ZA 5EBHA 1OUDA 1UUZC 4R6CA 5I4XA 1DI5A 2FYDA 1H6MA 1IWVA 1JUGA 5FELA 1CKCA 3A34A 4Z3MA 2DQAA 2Y8PA 1LHIA 2HEAA 154LA 4P2EA 1JKBA 4NGVA 4DYGA 1LOZA 2BQNA 2ZNXY 4ET9A 2Z2FA 1EQ5A 1IP5A 1LZTA 2YBJA 2YDGA 3CT5A 3WL2A 3IWRA 1DI3A 1G7MC 1GB0A 2ZYCA 3BKVA 4ETAA 4Z41A 4XJGA 5F9XA 1QDTA 1QIOA 1GXV2 1TEWA 1UICA 1CKGA 4KL7A 1LHJA 1IP1A 1HC0A 1AT6A 2HU3A 3A91A 1HEMA 3KAMA 1VFBC 3TXIA 4HTKA 2HECA 1BB4A 4PRQA 1LZSA 1IR8A 3WU7A 3TXEA 3B0KA 2BQAA 1LMPA 2DQIY 5E9RA 1JHLA 1GF0A 5LIOA 4ETCA 1WQMA 4DD7A 1AKIA 134LA 2BQGA 3LYMA 4XYYA 1LHLA 3P64A 1LJNA 3TMVA 3WUMA 3HBHA 4H93A 1LSEA 3AGIA 5AMYA 1GBWA 3GXKA 3TMUA 4XADA 2PC2A 1UIFA 2ZIKA 1KXWA 1D6QA 1KIRC 4DDBA 4G4HA 2RSCA 4NG1A 1IP7A 5FCPA 4N5RA 4XJDA 4GCCA 1UIHA 3A6CY 5DM9A 1LSMA 3ZVQB 4M4OA 1W08A 4NSHA 1HSWA 1GDXA 3LZ2A 1A2YC 5LXWA 1TDYA 2D4KA 5A3ZA 1JJ1A 2IFFY 1HEQA 4H9CA 4QY9A 1CJ6A 1EL1A 5KXSA 4EMNA 1FDLY 5LVHA 3AYQA 5HMVA 1VDSA 1SQ2L 1OP9B 1LYZA 1FLYA 1BHZA 4OW1A 1LYOA 1VDTA 4WL6A 4M6DA 2BQDA 2BQKA 1G7IC 1I56A 1LJ4A 4HPIA 4WLDA 3AZ5A 3A3QA 4NG8A 1KIQC 3A3RX 1XEJA 4LYBA 1GFGA 3T36A 2I25L 1F6RA 2LYZA 3EO5A 1B0DA 1IOCA 193LA 132LA 4TTDA 4I0CA 1C46A 2YBMA 1JSEA 5B05A 1QUSA 1B7RA 1T6VL 4H9HA 8LYZA 1OUIA 1GFAA 2DQGY 2DKVA 2MEGA 4LT2A 4OWBA 1B2KA 2W1YA 3ATNA 1GB3A 1GB5A 1GFRA 2XBSA 2FBBA 2MEIA 4WMGA 2ZWBA 4FJRA 4WG1A 2DQFC 1WTNA 3EMSA 1LZGA 1IX0A 4PHIA 1FBIX 1JWRA 1JKCA 2LYOA 3AGGG 4DDCA 1JPOA 1BWHA 4LYZA 2AUBA 5T3FA 1E8LA 1JTPL 1TBYA 1F10A 2MECA 4NGWA 4ZFPA 4DWXA 1GFUA 1LKSA 4H9AA 4G4CA 1N4FA 4ETBA 4L41A 1I1ZA 3W6BA 5F14A 2ZQ3A 5LAGA 4LYOA 3D9AC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3BB 3J4GA 1G07A 187LA 1OQMA 4H9IA 1GF6A 2F32A 1IO5A 1FKVA 5D5CA 135LA 4QDNA 1LZBA 1GB8A 2MEHA 1QT4A 4TSCA 1NHBA 1IC5Y 1QUDA 237LA 3N9EA 4RW2A 1OUHA 2HULA 1OUAA 2O7AA 2A7DA 1LZDA 3GUNA 4J1BA 1PQMA 4PJZA 1WVVA 1MLCE 1BB3A 4OWAA 163LA 1YANA 3CDOA 3HTFA 229LA 1LZ4A 5HNLA 1B5WA 195LA 1J1OY 1SLYA 1WQOA 2D4IA 1XEIA 4W94A 4W53A 190LA 1L42A 1JITA 4H9FA 4OWCA 1HMKA 3B0OA 2HEEA 1L03A 2ANVA 4LYTA 1G1WA 155LA 147LA 1JISA 214LA 1L67A 5KXKA 1CJ7A 3RUNA 3IJVA 1GD6A 5B07A 3D3DA 1LJ3A 3TXGA 1DYDA 200LA 1IY4A 4DD3A 1HEPA 1GB7A 5KXWA 4PPOA 1DXJA 1L73A 1OUCA 1XSFA 4DD1A 182LA 3HBEX 2ANXA 4NGIA 3LHMA 1IOSA 144LA 4NEBA 1KW5A 1B5UA 2I26L 4GCFA 4TX7A 1BGIA 1RFPA 3EXDA 5KXZA 4H92A 1B9OA 1LSCA 4BAFA 231LA 2RH1A 1UIDA 4NGZA 3P68A 1O23A 5FEKA 3HUQA 3HFMY 118LA 1LHMA 3TXHA 4HJYA 110LA 3QE8A 1LJIA 4LFPA 1QTHA 1CKDA 3AW7A 1LJFA 5KXPA 3NY8A 4ANRA 1C6PA 4HV2A 1HENA 2Z6BA 4YENA 4BS7A 4GN4A 1GEVA 1DKJA 2CJLA 1HF4A 1C6KA 4H8XA 2BQCA 1K28A 143LA 2G4NA 3G3WA 1C08C 3F9LA 4NHSA 3TMXA 128LA 4WG7A 3V2WA 1QT5A 1XGRC 1G0GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P65 A;  3WVY A;  2BQH A;  3G3B B;  4KPM A;  4B4J A;  3J4G A;  3OK0 A;  1WQR A;  1V7S A;  1PS5 A;  1GFK A;  1LSG A;  1QSW A;  1CNS A;  4CJ2 A;  1OQM A;  4H9I A;  1GF6 A;  1GFE A;  1IO5 A;  2C8P A;  1FKV A;  1G7L C;  5D5C A;  135L A;  4BAP A;  2DQC Y;  4H90 A;  4QDN A;  1LZB A;  4NSI A;  3WMK A;  2BQE A;  1GF4 A;  1LMC A;  4WLX A;  1GB8 A;  3A92 A;  3ULR A;  2MEH A;  3WW6 A;  1INU A;  5HNC A;  4J1A A;  3WU8 A;  4TWS A;  4TSC A;  4DC4 A;  5K7O A;  1IC5 Y;  1F6S A;  4RW1 A;  3TXJ A;  4RLM A;  3N9E A;  3WXT A;  4WM1 A;  1NMM A;  1LSF A;  4RW2 A;  1QTE A;  1OUH A;  1OUA A;  3LYO A;  1YRO A;  4NSG A;  2D91 A;  4XN6 A;  3QNG A;  1OUE A;  2A7D A;  4MCK A;  3RNX A;  2H9K A;  1LZD A;  4J1B A;  5I4Y A;  1IWZ A;  1WVV A;  1MLC E;  1V7T A;  1B7M A;  1IC4 Y;  1YL0 X;  1IP2 A;  2A7F A;  2YBI A;  1BB3 A;  4NY5 A;  4OWA A;  3OJP A;  1YAN A;  2MEB A;  2BQJ A;  2BQF A;  4CHX A;  1QUT A;  1VED A;  1GFT A;  3WW5 A;  208L A;  4DT3 A;  1DPX A;  1LZ4 A;  5IDD A;  5HQ1 A;  153L A;  4NHP A;  133L A;  1NF5 A;  2CDS A; 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 1UIF A;  2ZIK A;  1KXW A;  1D6Q A;  1KIR C;  4DDB A;  4G4H A;  2RSC A;  4NG1 A;  1IP7 A;  5FCP A;  4N5R A;  4XJD A;  4GCC A;  1UIH A;  3A6C Y;  5DM9 A;  1LSM A;  3ZVQ B;  4M4O A;  1W08 A;  4NSH A;  1HSW A;  1GDX A;  3LZ2 A;  1A2Y C;  5LXW A;  1TDY A;  2D4K A;  5A3Z A;  1JJ1 A;  2IFF Y;  1HEQ A;  4H9C A;  4QY9 A;  1CJ6 A;  1EL1 A;  5KXS A;  4EMN A;  1FDL Y;  5LVH A;  3AYQ A;  5HMV A;  1VDS A;  1SQ2 L;  1OP9 B;  1LYZ A;  1FLY A;  1BHZ A;  4OW1 A;  1LYO A;  1VDT A;  4WL6 A;  4M6D A;  2BQD A;  2BQK A;  1G7I C;  1I56 A;  1LJ4 A;  4HPI A;  4WLD A;  3AZ5 A;  3A3Q A;  4NG8 A;  1KIQ C;  3A3R X;  1XEJ A;  4LYB A;  1GFG A;  3T36 A;  2I25 L;  1F6R A;  2LYZ A;  3EO5 A;  1B0D A;  1IOC A;  193L A;  132L A;  4TTD A;  4I0C A;  1C46 A;  2YBM A;  1JSE A;  5B05 A;  1QUS A;  1B7R A;  1T6V L;  4H9H A;  8LYZ A;  1OUI A;  1GFA A;  2DQG Y;  2DKV A;  2MEG A;  4LT2 A;  4OWB A;  1B2K A;  2W1Y A;  3ATN A;  1GB3 A;  1GB5 A;  1GFR A;  2XBS A;  2FBB A;  2MEI A;  4WMG A;  2ZWB A;  4FJR A;  4WG1 A;  2DQF C;  1WTN A;  3EMS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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