4WM2A

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme at 600 mpa
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wm2A00
4NIJA 1OUBA 4GN3A 1OUDA 3W6BA 1LHHA 1LMTA 1HFXA 4WG1A 3P68A 2DQCY 2BQNA 3CT5A 2BQDA 1C46A 4GCBA 2W1LA 3QY4A 2FYDA 5A3ZA 1GE1A 4RW1A 1NQIA 4PRQA 135LA 1IWVA 1V7SA 2Z37A 4FJRA 1LZ6A 1GBYA 1QUTA 2LHMA 1IOTA 2Y8PA 1KXWA 1IR8A 2NWDX 4ET8A 1LHKA 4HTQA 1JISA 1F6RA 1GF3A 5KXOA 1IR7A 1W08A 1DQJC 3FI7A 1CKGA 2BQKA 1LSDA 1HSXA 4MCKA 3A34A 4OWCA 4DYGA 1GFUA 3FE0A 5E9RA 4H9CA 5F16A 4TSBA 1B7MA 3WUMA 1D0MA 1GF7A 3A67Y 1LZGA 1GFGA 2YSSC 1LZRA 1IX0A 1BWHA 1LHLA 1O23A 1LJFA 1GAZA 3TXFA 5I4YA 1J1XY 5L3IA 1IWTA 1OQMA 1EQ5A 4OOOA 5KXYA 3T6UA 5B05A 3LHMA 1GE0A 4G4HA 1YILA 4J1AA 4XJHA 5F9XA 1DXJA 1LYOA 2H9JA 1C45A 3A6BY 4EMNA 1HEQA 1KIQC 3D3DA 1RI8B 2D4IA 1MELL 1XGQC 2BAAA 3A3QA 4WLTA 5KXWA 1OUAA 4LT2A 3B0KA 2YVBA 1ZVYB 4E3UA 4IASA 1HENA 4MSTA 1D0KA 1LZDA 2W1YA 3RNXA 4QDNA 4LYTA 3RZ4A 2ZILA 2G4PA 1GB2A 1D9UA 1GBZA 2HU3A 1LJEA 4LYZA 3AJNA 4RLMA 1CKDA 2LZ2A 2A7DA 3WUAA 3N9AA 5HMVA 4NGIA 1BWJA 1OUEA 1WQQA 4TWSA 4WO6A 5LYMA 3CSRA 3OJPA 1UA6Y 4OW1A 1GF8A 4LT0A 2FBDA 1B7NA 3QE8A 3TXHA 1RE2A 1G7IC 5APEA 2ZYCA 1WQPA 3OK0A 5LAGA 2Z19A 1HEOA 1HMLA 1LSGA 1NDMC 4LYBA 5D5FA 1JKBA 1V7TA 1VEDA 3RT5X 5KXLA 3CQLA 3CT0A 2MEAA 3EBAB 3B6LA 3K3TA 5DM9A 1LJNA 1LSEA 1B5XA 2FYCA 4XJGA 1QDTA 1D6PA 1GEVA 1GB3A 1VATA 2MEHA 4J1BA 4R6CA 4CGEA 5KKJA 1IOCA 4NSHA 4CFPA 1B9OA 2MECA 1IWXA 5M1YA 1KXXA 1RCMA 3BKVA 4YEOA 1GFEA 153LA 5I4XA 4Z98A 1OUJA 1J1PY 2H5ZA 1G7HC 1WVUA 4Z46A 1IWUA 2LYMA 3LYTA 4H91A 4G4BA 4N9RA 2DQFC 4OWAA 1GBSA 4OOTA 1GF6A 3WU8A 4XJBA 1T3PA 4DT3A 3B0IA 3HBHA 1WQMA 4WO9A 4LFPA 1OUCA 2YBMA 1DKKA 3CSZA 1XGTC 2CGIA 3TXDA 4NSGA 3N9CA 4DD9A 1C43A 1P2CC 1LZBA 4KL7A 2HUBA 1IORA 4QGZA 1DI3A 3TXGA 1REYA 1F6SA 4M4OA 1DZBX 2BPUA 3P65A 4NGVA 4PGJB 3EO5A 3TXIA 2LYOA 3TXEA 5FCPA 5LVHA 4NGJA 3AW6A 2BQMA 1CNSA 1VFBC 4KT3A 5HLLA 2HU1A 1UUZC 2W1XA 4RW2A 4XADA 1JTPL 4WM4A 1LMQA 2EKSC 1C7PA 1D0LA 2HTXA 2Z2FA 4WOAA 3AZ5A 4WM2A 4NGWA 1OUIA 3SP3A 1GF5A 4GN4A 5APCA 3ZEKA 1WVVA 1LZEA 1JITA 1HFYA 1LSMA 134LA 3TMUA 4HTKA 2YBJA 2Z12A 2XTHA 4HPEA 1LSAA 1XEJA 4NSIA 4WL7A 4NWEA 1F0WA 1B7PA 4H9AA 2FBBA 2CJLA 3W6FA 5C6IA 5KJ9A 3A94A 1YKXX 2DQDY 1SLYA 4R0FA 3N9EA 2XBSA 3WPLA 1GD6A 7LYZA 1LYYA 3AZ6A 194LA 4HTNA 3A95A 3TXKA 1GXV2 4FDYA 3LYOA 5DN4A 3RW8A 5J7CA 4DD1A 1UICA 2X0AA 1C08C 3GXKA 1LZTA 1UIAA 1H6MA 4C5FA 4DC4A 1JJ1A 1IC4Y 1BB5A 4DDCA 2C8OA 4H93A 1G7JC 1IC5Y 2HECA 2Z38A 1LMCA 2GV0A 4GCFA 1IWWA 4PRUA 5LYZA 3LZ2A 1GEZA 3IWRA 4TX7A 5FSTA 3A92A 1YKYX 4NEBA 5KXXA 1JKCA 1FLQA 5LINA 4LYOA 1FLWA 1B5YA 1JSEA 2XBRA 1QTKA 3WU7A 5JENB 4J7VA 2DQAA 1LSCA 1OUGA 3AGGG 2A7FA 1YAOA 1KIPC 3EMSA 3A90A 1GB6A 4HPIA 1AZFA 1AT5A 1B7QA 1NDGC 1REXA 4ET9A 1LZNA 1B5WA 1XGUC 1GB8A 3ZVQA 2YDGA 1LJIA 5K7OA 1RJCB 1ZMYL 4LYMA 4PPOA 4H9HA 4ANRA 4NSJA 133LA 2MEFA 4LT1A 3W6CA 5II3A 1IOSA 2YBNA 1LSPA 4WG7A 1IWZA 1NMMA 1LMOA 1TCYA 4YEMA 1NBYC 2BQIA 1B7OA 2MEGA 4I0CA 4BS7A 4DD7A 3P64A 1A2YC 3AW7A 1HELA 1HSWA 2D4JA 3GXRA 4XJFA 4B4JA 1HC0A 5KXMA 4UWUA 4ZFPA 4YOPA 5EBHA 4B0DA 4Z41A 4H92A 5KXNA 4YM8A 1NBZC 1QUSA 1WQRA 2BLXA 2DQIY 3AGHA 4HJYA 3AZ4A 3CSQA 2HEEA 1BGIA 4G9SA 1WTMA 1NWGA 132LA 2Q0MX 3KAMA 4PHIA 1VAUA 4KPMA 1Z55A 3WXUA 1YAMA 2YBLA 3HFMY 4GCEA 1IP6A 1UIGA 1TAYA 2C8PA 1MLCE 1REZA 3ZVQB 1JKDA 1IO5A 4N1CC 4AXTA 1LZSA 1LSNA 1T6VL 1I56A 1UIBA 1FDLY 1YROA 1BB6A 2ZIKA 1LHJA 2F4GA 4DDAA 4WM1A 1N4FA 1IP4A 1CKCA 1FKVA 2HEFA 5KXZA 1LHIA 4LFXA 3LN2A 1QSAA 4N0JA 3M3UA 1YAQA 2D91A 4N8ZA 5FHWA 2Z18A 5DL9A 4BAPA 3P66A 5LVIA 4GLAA 1VDQA 3ULRA 5C6LA 5FDJA 5D5CA 2RSCA 3BKHA 193LA 5LVKA 4LT3A 2PC2A 4Z3MA 1LMPA 1XSFA 4G49A 2H9KA 1B7SA 4GLVA 4L41A 1LKRA 2DQGY 2HEDA 4IATA 1LZ8A 4NGLA 3TMVA 4YF2A 1QSWA 1NF5A 2ZQ3A 4UWVA 1B5UA 5B1FA 1CKFA 1SQ2L 2W1MA 1VDTA 1LMAA 3IJUA 4GCDA 5I4WA 1NKHA 1GFRA 2HEAA 8LYZA 5IELA 1LSBA 1PS5A 2ZNWY 2ZQ4A 4HP0A 1LZ4A 5KY1A 1LJJA 4NHSA 5F81A 4LGKA 1WQNA 3TMWA 1B7LA 1LPIA 1GB7A 4ETDA 3AB6A 1QDRA 1LJHA 1YIKA 3A3RX 3B0OA 4TTDA 1LZYA 1ALCA 3ATOA 3A96A 5LAFA 1TEWA 1GF4A 5APDA 1IOQA 2ZYPA 1GFKA 1LSFA 1FKQA 1JJ3A 5LVGA 1IP2A 1B7RA 1HMKA 1DI5A 4XJDA 1EQ4A 1HNLA 1UIFA 5KXTA 1LYZA 2BQBA 3W6EA 1W6ZA 4IJ4A 2EIZC 1IP1A 1ZV5L 5HNLA 1JHLA 4WMGA 4BAFA 1CJ9A 3WXTA 4HSFA 1INUA 207LA 1PZYA 1XEKA 1LZ1A 1F10A 9LYZA 4WLYA 4C3WA 1B2KA 4ETCA 1EL1A 4GN5C 4H9BA 4KXIA 1LZAA 4QY9A 1LOZA 1WTNA 1IR9A 1GXXA 3B72A 3F6ZA 1RFPA 2F2NA 3WW6A 1A4VA 5APFA 2DKVA 4OWHA 4B1AA 3G3AB 4H9EA 4ETAA 5KKIA 4H1PA 1YAPA 1IWYA 1GE3A 4NGYA 4WL6A 3WPJA 1LZ5A 4AGAA 1DPWA 1IIZA 5FEKA 5I53A 2BLYA 4M6DA 1GFVA 1LMNA 2BQJA 4WM6A 1IP7A 4NG8A 1GB0A 2N5ZA 4OWBA 4X3BA 4GCCA 2F30A 2F4AA 3WW5A 1GBWA 5T3FA 1BB3A 2BQHA 5IDDA 1BWIA 4DWXA 1G7LC 1WQOA 1FBIX 4ZIXA 5C6JA 1IP3A 1LKSA 2LYZA 4N1EI 5KXPA 3WMKA 4H90A 2I6ZA 1BHZA 2WARA 1XFPL 1AKIA 3W6DA 1IEEA 1QQYA 2BQOA 1UACY 3HBEX 4H94A 4UWNA 1GPQC 3TXJA 4B4EA 3D9AC 2LZTA 1HFZA 2MEEA 5B06A 4H9FA 4HV2A 5F14A 1LCNA 2G4QA 5ILFA 4ZEEA 4P2EA 4OWEA 1LYSA 4LYCA 1YL0X 4G4CA 1NHEA 4NY5A 1GDWA 3G3BB 2CWIA 5KXSA 3WPKA 3VWOA 1VDPA 5LA5A 5I54A 3A93A 4ETBA 4CJ2A 1OUFA 5DLAA 3CB7A 3QNGA 3WH1A 3AZ7A 4WM3A 3AYQA 5B59A 4B49A 1E8LA 1JTTL 4A7DA 1XEIA 1GB9A 1HEWA 1JPOA 5L9JA 4RLNA 3LYZA 4U3XB 4DD3A 5IHGA 5HQ1A 1XGPC 2I26L 3TMXA 4NGZA 1IY4A 1GAYA 1D6QA 2BQAA 2Z39A 4XN6A 4XENA 2XJWA 5KXRA 3EXDA 5ILCA 1GF9A 2CDSA 1GDXA 2BQCA 5LXWA 1LJGA 2BQFA 1CJ7A 3W3EA 4BADA 3WVYA 4MR1A 4WM5A 3IJVA 4J0LA 5I5QA 1JTOL 4XYYA 4NHIA 4TUNA 1GE2A 5LA8A 3TXBA 1GFAA 5B1GA 2ZWBA 1I1ZA 1IC7Y 1YQVY 1YKZX 1JKAA 2D4KA 3RU5A 5LYTA 1GB5A 1LSZA 5A3EA 4DD2A 1IP5A 1GHLA 2ZIJA 4H8YA 3J4GA 4RDSA 1GFJA 1BVXA 1UC0A 3WL2A 2IFFY 5HMJA 1HEMA 2Z2EA 1B0DA 1JWRA 2B5ZA 1GE4A 4H8ZA 5L3HA 1FN5A 1GFTA 1HEPA 1LJKA 2DQHY 2HEBA 2MEDA 3E3DA 4H9IA 4I8SA 4II8A 4D9ZA 1IVMA 1UIDA 1BB4A 3CT1A 1AM7A 1REMA 2I25L 208LA 4NFVA 1VDSA 2G4NA 1DPXA 1GBXA 4NHQA 1GBOA 5AMYA 1KIRC 2IHLA 2MEIA 1B5VA 1UIEA 1C10A 1LHMA 1JEFA 3T36A 1CJ6A 1H87A 3AGIA 4CHXA 3WUNA 2AUBA 1QIOA 3A8ZA 4O34A 6LYZA 2EPEA 2BQEA 1FLYA 1LSYA 4HV1A 2BQGA 3LZTA 4W96A 5HNCA 4NGOA 1J1OY 1GF0A 4TSCA 1HHLA 4WLXA 1IY3A 1CKHA 1YANA 1DI4A 1UIHA 4H8XA 1TBYA 4ML7A 4NHPA 1BB7A 1BVKC 2D6BA 5DN5A 1LTMA 1UCOA 4NWHA 1XGRC 4YENA 1B5ZA 3HBDA 1JJ0A 3M18B 4WLDA 5F9UA 4DDBA 3LYMA 3WVXA 2DQJY 5B07A 2VB1A 3W6AA 3A91A 1JSFA 1HERA 4HJVA 1YL1X 1JIYA 1AT6A 3WYHA 4CFOA 5KXKA 1GWDA 1UBZA 2DQEY 1QTEA 3MGWA 4XJIA 5E4PA 154LA 1JUGA 1LJ4A 1KXYA 2YBHA 1HF4A 3P4ZA 4PJ2C 4NGKA 4NHTA 3ATNA 2EQLA 3A6CY 5LVJA 1CJ8A 1ZVHL 2MEBA 1G7MC 1LAAA 3WU9A 4NG1A 3WULA 4EOFA 4LZTA 1LZ9A 5FELA 1GFHA 4DD0A 2DBTA 1OP9B 1LZCA 1TDYA 3J6KA 4N5RA 1BQLY 2YBIA 2ZNXY 5LIOA 1FLUA 4ETEA 4W94A 1OUHA 2BQLA 4HJZA 1EQEA 4QEQA 1DKJA 4B4IA 6LYTA 1I20A 1LJ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBQA 4GN3A 1C6AA 4WG1A 3P68A 1CU6A 2RBRA 2BQDA 1JTNA 3QY4A 2FYDA 1GE1A 1NQIA 1ZURA 1L93A 177LA 4HTQA 1JISA 1F6RA 1C62A 1GF3A 1L64A 1L94A 1CKGA 4I7OA 4MCKA 4OWCA 5E9RA 5F16A 1D0MA 1GFGA 2YSSC 3HUKA 1BWHA 5I4YA 1CUPA 1IWTA 3CDOA 2Q9DA 1HEQA 1KIQC 1RI8B 248LA 1QT5A 1L72A 2BAAA 1OUAA 4LT2A 3B0KA 3GUIA 224LA 1LYJA 3RZ4A 1D9UA 1GBZA 4LYZA 243LA 2A7DA 181LA 5HMVA 4NGIA 4ARLA 1G0GA 1UA6Y 1GF8A 128LA 1G7IC 1WQPA 1LSGA 1NDMC 1V7TA 3CT0A 5DM9A 1D6PA 1GEVA 2MEHA 1QTZA 1C61A 1PQJA 4R6CA 4CGEA 1D3MA 2QARC 1IOCA 2MECA 1RCMA 1GFEA 1OUJA 1J1PY 2H5ZA 4Z46A 1IWUA 2LYMA 3LYTA 2DQFC 1GBSA 3GUOA 4DT3A 180LA 1QUHA 198LA 1C43A 2F47A 209LA 3TXGA 1LWGA 2B75A 3TXEA 1L85A 1CNSA 4KT3A 5HLLA 2W1XA 4XADA 1C7PA 2HTXA 1GF5A 5APCA 1LZEA 3C8RA 3GUNA 1HFYA 134LA 4HPEA 1LSAA 1XEJA 4NWEA 2CJLA 1YKXX 3FA0A 184LA 4I7MA 1CTWA 169LA 1OYUA 7LYZA 4HTNA 3A95A 1ZWNA 1P56A 3TXKA 2RB0X 1DYGA 4DQJA 1UICA 4ARQA 1UIAA 1P3NA 4DDCA 1BB5A 2RBSA 1C67A 3A92A 1FLWA 1JSEA 200LA 3A90A 1AT5A 1NDGC 1XGUC 219LA 2YDGA 1LJIA 118LA 1ZMYL 4LYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NIJ A;  1OUB A;  4GN3 A;  1OUD A;  3W6B A;  1LHH A;  1LMT A;  1HFX A;  4WG1 A;  3P68 A;  2DQC Y;  2BQN A;  3CT5 A;  2BQD A;  1C46 A;  4GCB A;  2W1L A;  3QY4 A;  2FYD A;  5A3Z A;  1GE1 A;  4RW1 A;  1NQI A;  4PRQ A;  135L A;  1IWV A;  1V7S A;  2Z37 A;  4FJR A;  1LZ6 A;  1GBY A;  1QUT A;  2LHM A;  1IOT A;  2Y8P A;  1KXW A;  1IR8 A;  2NWD X;  4ET8 A;  1LHK A;  4HTQ A;  1JIS A;  1F6R A;  1GF3 A;  5KXO A;  1IR7 A;  1W08 A;  1DQJ C;  3FI7 A;  1CKG A;  2BQK A;  1LSD A;  1HSX A;  4MCK A;  3A34 A;  4OWC A;  4DYG A;  1GFU A;  3FE0 A;  5E9R A;  4H9C A;  5F16 A;  4TSB A;  1B7M A;  3WUM A;  1D0M A;  1GF7 A;  3A67 Y;  1LZG A;  1GFG A;  2YSS C;  1LZR A;  1IX0 A;  1BWH A;  1LHL A;  1O23 A;  1LJF A;  1GAZ A;  3TXF A;  5I4Y A;  1J1X Y;  5L3I A;  1IWT A;  1OQM A;  1EQ5 A;  4OOO A;  5KXY A;  3T6U A;  5B05 A;  3LHM A;  1GE0 A;  4G4H A;  1YIL A;  4J1A A;  4XJH A;  5F9X A;  1DXJ A;  1LYO A;  2H9J A;  1C45 A;  3A6B Y;  4EMN A;  1HEQ A;  1KIQ C;  3D3D A;  1RI8 B;  2D4I A;  1MEL L;  1XGQ C;  2BAA A;  3A3Q A;  4WLT A; 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 1UID A;  1BB4 A;  3CT1 A;  1AM7 A;  1REM A;  2I25 L;  208L A;  4NFV A;  1VDS A;  2G4N A;  1DPX A;  1GBX A;  4NHQ A;  1GBO A;  5AMY A;  1KIR C;  2IHL A;  2MEI A;  1B5V A;  1UIE A;  1C10 A;  1LHM A;  1JEF A;  3T36 A;  1CJ6 A;  1H87 A;  3AGI A;  4CHX A;  3WUN A;  2AUB A;  1QIO A;  3A8Z A;  4O34 A;  6LYZ A;  2EPE A;  2BQE A;  1FLY A;  1LSY A;  4HV1 A;  2BQG A;  3LZT A;  4W96 A;  5HNC A;  4NGO A;  1J1O Y;  1GF0 A;  4TSC A;  1HHL A;  4WLX A;  1IY3 A;  1CKH A;  1YAN A;  1DI4 A;  1UIH A;  4H8X A;  1TBY A;  4ML7 A;  4NHP A;  1BB7 A;  1BVK C;  2D6B A;  5DN5 A;  1LTM A;  1UCO A;  4NWH A;  1XGR C;  4YEN A;  1B5Z A;  3HBD A;  1JJ0 A;  3M18 B;  4WLD A;  5F9U A;  4DDB A;  3LYM A;  3WVX A;  2DQJ Y;  5B07 A;  2VB1 A;  3W6A A;  3A91 A;  1JSF A;  1HER A;  4HJV A;  1YL1 X;  1JIY A;  1AT6 A;  3WYH A;  4CFO A;  5KXK A;  1GWD A;  1UBZ A;  2DQE Y;  1QTE A;  3MGW A;  4XJI A;  5E4P A;  154L A;  1JUG A;  1LJ4 A;  1KXY A;  2YBH A;  1HF4 A;  3P4Z A;  4PJ2 C;  4NGK A;  4NHT A;  3ATN A;  2EQL A;  3A6C Y;  5LVJ A;  1CJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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