4WO6A

Lysozyme pre-surface acoustic wave
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Precise Manipulation and Patterning of Protein Crystals for Macromolecular Crystallography Using Surface Acoustic Waves.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wo6A00
1B9OA 2H9JA 1IR8A 2FBBA 3CQLA 4HP0A 1XFPL 4KPMA 5DL9A 1QUTA 3MGWA 2I25L 1NWGA 1HFXA 3EO5A 1PS5A 1DI3A 4BAFA 1D0LA 2G4NA 1LMNA 2GV0A 1QDRA 2YBNA 4LGKA 5IDDA 1IC7Y 4HPEA 5EBHA 1JITA 4YM8A 1GFKA 1IP6A 1EL1A 1DKJA 2BQNA 1A2YC 1IEEA 3AGIA 4I8SA 1GFHA 1DI4A 4WLTA 1LMAA 5E9RA 1B7PA 3TXDA 2BQFA 3WL2A 6LYZA 4XJGA 5F16A 1G7HC 1RCMA 2HU3A 1GB2A 1LMQA 1LMPA 1Z55A 2IFFY 4C5FA 4RDSA 5C6JA 1TEWA 5FSTA 2HEEA 1HENA 1B5UA 2G4QA 4WM4A 4G4HA 1GFVA 4NWEA 2MEHA 3W3EA 1GBXA 3P65A 1HC0A 1LZNA 3WW6A 4A7DA 1REYA 4ET9A 1CJ6A 1IR7A 4J1AA 1BB3A 3WUNA 5LVKA 4LT3A 4KXIA 1VATA 4GN4A 5D5CA 3A93A 4HTNA 3WUMA 3CT1A 3A34A 4DDCA 6LYTA 1AM7A 1JKBA 2LZ2A 3QNGA 4UWVA 1NQIA 4GCBA 4LYZA 5AMYA 1QDTA 4ZFPA 3A92A 4IATA 4OWAA 1NBZC 5HNCA 1UIGA 5ILFA 1YAPA 1PZYA 1LZRA 1MELL 4XYYA 1LZGA 4NHIA 4WM2A 1LZDA 1WVUA 3CSQA 1B5WA 4OWHA 1OUEA 1NKHA 4MCKA 3W6FA 4ET8A 3A94A 1YIKA 4N9RA 3TXKA 4GCDA 3J4GA 1LSYA 2DQCY 1YL0X 4H93A 4WG1A 5LIOA 5KKIA 2ZNWY 1KXXA 1HERA 5KXKA 1LZCA 4PGJB 1FKVA 4NFVA 1YILA 1I1ZA 4H8ZA 3ZVQB 2FYCA 3QE8A 1EQ4A 5IELA 1FDLY 1RJCB 4MR1A 1FLUA 1GWDA 1LTMA 2HU1A 1QSWA 2LYMA 4NGKA 4U3XB 2YBMA 1B7QA 1BWJA 1C46A 2D4JA 2FBDA 4H9EA 4WL7A 3WPKA 1DQJC 2DQJY 4XJIA 1IP7A 4WL6A 1T3PA 5L3HA 1BB7A 1VDTA 2D6BA 1LSGA 1YROA 2YVBA 1GB0A 3EMSA 1OUCA 3N9EA 4LZTA 1LCNA 1LJFA 4BAPA 4WM1A 4ZIXA 1GF5A 1T6VL 1HMLA 1O23A 4Z41A 1UC0A 4TTDA 1HEOA 1BB5A 4HJYA 1D0KA 1GFTA 3A3RX 3LYMA 1HSWA 1OQMA 208LA 2G4PA 4QY9A 1KIRC 5LXWA 2VB1A 4G9SA 2BPUA 3WPJA 5JENB 1B7SA 1IOQA 4NG8A 1D9UA 1GBSA 2H9KA 1IX0A 4R6CA 5B1FA 4B49A 2X0AA 1HFZA 3WU8A 1LZYA 1JJ0A 2Z18A 2ZIKA 4RW2A 1OUGA 2YDGA 4WG7A 2D4KA 1LJKA 2BLYA 2DQHY 3AJNA 2RSCA 133LA 4NGOA 4NHQA 5HNLA 3WU9A 1IWUA 4N8ZA 1LKRA 1HNLA 4TSBA 4WLDA 1P2CC 1XEJA 4LT0A 1HFYA 2DKVA 4OOOA 5E4PA 4DWXA 1NHEA 4PRUA 4XJFA 1LJHA 4WM3A 4OWBA 3D9AC 4CHXA 1G7MC 1OUIA 2Z2FA 4HSFA 5B1GA 3W6AA 5DN5A 2BQOA 4HTKA 4J0LA 5C6IA 4QGZA 1OUJA 3FE0A 4H9BA 1IWXA 2CDSA 1GDXA 3AZ7A 2BQMA 5KKJA 1XGRC 1QSAA 2DQIY 1B5YA 4TSCA 1IVMA 2W1MA 2B5ZA 3P66A 1KIQC 2MEDA 1UIBA 1XGUC 2IHLA 4OW1A 4WOAA 5B06A 4Z3MA 4N0JA 1GBWA 2BAAA 2Z38A 2XTHA 4BS7A 4PRQA 3EBAB 3P4ZA 1J1XY 2ZYPA 5LVJA 1ZMYL 1IY3A 1I20A 1CKHA 1B7MA 1TAYA 1XGPC 4NGLA 4H92A 1F6RA 4GCEA 4FJRA 4H91A 4PPOA 4HPIA 5B07A 1DKKA 1UIEA 1WQMA 1YKYX 154LA 1LMOA 5KXLA 4ZEEA 1NF5A 1XEIA 5LAGA 4YF2A 3RW8A 4BADA 1HMKA 1XSFA 2XBSA 1JKCA 2YBIA 1GPQC 1OUAA 1BWHA 1TBYA 1LJIA 2BQAA 3AZ5A 3WULA 4AXTA 3RNXA 1OP9B 1BVKC 1JTTL 3OJPA 2DQFC 4IJ4A 4B4JA 1GF7A 5KXNA 5LYZA 1DPWA 1LYYA 4PHIA 5KXWA 3T36A 1GF9A 1IOCA 1HEQA 4NGWA 2ZQ3A 1B5ZA 1LAAA 2BQCA 1GB9A 3B0IA 3WXTA 4ML7A 5LA5A 1HELA 2ZILA 2W1XA 1GB5A 2W1LA 4WLYA 1JSFA 1LHHA 2MEAA 3LZ2A 7LYZA 4RLMA 2MEGA 3ULRA 4H9IA 2DQDY 1B2KA 1LJJA 1JTPL 3W6BA 5B05A 5KXMA 5M1YA 3WH1A 1IP2A 2DBTA 2EIZC 3HBDA 4NSIA 4P2EA 3T6UA 4YEMA 3CSRA 3A6CY 1G7IC 3B72A 5LINA 1JEFA 3AW7A 2BQKA 4B4EA 5F9UA 1JIYA 2HUBA 4XJHA 1JUGA 2Z39A 4Z98A 4B0DA 4II8A 3W6EA 4XADA 1QUSA 3WXUA 5FELA 3CB7A 193LA 1JKDA 2DQEY 3FI7A 3TXJA 3A6BY 1GE2A 1D6PA 1GF3A 1B7NA 1VEDA 2F4GA 1EQEA 1YKXX 1YAOA 4NIJA 1XEKA 4LFXA 3ZEKA 1REMA 4RW1A 4X3BA 3VWOA 5C6LA 1TDYA 1MLCE 1LZSA 1LSBA 5KXXA 1LJEA 2YBHA 4G4CA 4WM5A 1HSXA 1C08C 1LHKA 1UIHA 1IWVA 1GFUA 4G49A 4ETEA 2D91A 1C7PA 2HEFA 2BQGA 1CKFA 4Z46A 8LYZA 4H9AA 5KXRA 1YANA 1GB6A 1FKQA 5LA8A 1DPXA 4G4BA 4GN5C 3K3TA 1RI8B 1GFRA 1A4VA 3RZ4A 1JSEA 3F6ZA 1IOTA 1SQ2L 1GB7A 2MECA 1IIZA 4XENA 4DYGA 3AYQA 1V7TA 1BB4A 1WVVA 3A90A 3AGHA 4H1PA 3TMUA 3RT5X 4LFPA 1W6ZA 2AUBA 4WM6A 1GXXA 4ETDA 1F6SA 5I53A 1LZAA 1NDGC 3KAMA 3TMWA 1DXJA 4H9CA 1WQOA 1IP1A 1AZFA 1IP3A 2CJLA 3CSZA 1IR9A 1UACY 4CGEA 2A7FA 2I6ZA 1IWTA 3CT0A 1NMMA 2Z37A 4DD7A 1WTNA 2Z2EA 2C8PA 4DDBA 1LZTA 4DD2A 1LSPA 4DD1A 1LSFA 4AGAA 5KXOA 1GBOA 1JWRA 3P68A 1VDQA 4H94A 4CFOA 1JJ3A 3WMKA 1SLYA 5KXTA 1UA6Y 5A3EA 1GFEA 1UBZA 1CJ7A 3OK0A 5I4YA 4UWNA 4TWSA 1GAZA 2HEBA 5KJ9A 1REXA 2XJWA 3AW6A 1KXWA 2BQLA 1G7JC 1JPOA 4J7VA 5LAFA 1IY4A 3TXGA 1LOZA 2LYOA 3WU7A 3EXDA 1H6MA 1IC5Y 1GHLA 1JKAA 1YAQA 4NGJA 1RFPA 5F14A 5DN4A 135LA 3AZ6A 1B7RA 4LT2A 4N5RA 1YKZX 1GB8A 4ETBA 5HLLA 4NG1A 1CJ8A 3A3QA 1YQVY 4TX7A 2MEBA 2Z12A 3BKHA 1WQQA 4NSHA 4GCCA 1LZ6A 1GXV2 2LZTA 4HJZA 1GF8A 4NHSA 1B7LA 5IHGA 5L3IA 5T3FA 2DQAA 5K7OA 1LYZA 3TMXA 1IP5A 1YAMA 4DD3A 4NGVA 4H90A 1GBYA 1GFAA 3ATNA 1QTKA 1N4FA 1IWYA 3AZ4A 4DT3A 4HTQA 1GE1A 1LZ9A 3LN2A 3WUAA 5APFA 1GEZA 1HF4A 2MEFA 1GF4A 2CGIA 1LJGA 1D6QA 5HMJA 2ZYCA 5J7CA 1NBYC 2BQEA 4GN3A 5DM9A 5APCA 1C45A 1GDWA 1UUZC 1GB3A 5F9XA 4J1BA 3IJUA 3G3BB 4NY5A 4LYCA 1B7OA 2NWDX 1ZVYB 3B6LA 3D3DA 1I56A 1D0MA 1CNSA 4UWUA 1OUHA 5LVHA 1J1OY 4WO6A 4ETCA 1GFGA 5L9JA 1GF6A 1VDSA 1IP4A 1B0DA 4W96A 4ETAA 1CKCA 4YOPA 4L41A 2MEIA 1F0WA 5FCPA 1GD6A 1FLWA 132LA 1REZA 5FEKA 5FDJA 3WPLA 4NEBA 1LSMA 4DD0A 4I0CA 1KIPC 4DDAA 2BQDA 3TXIA 4GLVA 4XJDA 4NGYA 3IJVA 5DLAA 194LA 1LJ4A 1UIFA 5HMVA 2HECA 1CKDA 3TXBA 4MSTA 4NWHA 1BWIA 1IO5A 5KY1A 1LSZA 1CJ9A 4NSGA 4O34A 3WVYA 1LZ5A 4E3UA 2Q0MX 1GFJA 4ANRA 1F10A 5I4XA 3E3DA 3LZTA 4HJVA 1JTOL 4WO9A 2ZQ4A 2BQIA 1LYOA 1LYSA 2XBRA 1LZEA 4QEQA 1LSDA 5FHWA 5APDA 2HTXA 1C10A 4W94A 4QDNA 4LYBA 1OUDA 1XGTC 5I5QA 3A96A 1HHLA 2MEEA 1AT6A 4OWCA 2FYDA 2YBLA 3LYTA 1ZV5L 1FBIX 2EPEA 4NHTA 1ALCA 1IWWA 1G7LC 1GAYA 1W08A 4TUNA 3QY4A 1XGQC 2F30A 2Z19A 2ZIJA 1UIDA 1BHZA 1BB6A 1VFBC 3P64A 2BQHA 2BQBA 1QIOA 4H9HA 4NSJA 3WVXA 1LHIA 1LMCA 3A8ZA 4NGZA 1UIAA 1BQLY 4PJ2C 1LZ4A 1IC4Y 4C3WA 1JJ1A 3B0OA 1LZBA 4CJ2A 2BLXA 1B5VA 2I26L 3N9AA 1BGIA 5B59A 1ZVHL 4EMNA 4KT3A 3HBHA 1LHLA 3M3UA 2HEAA 1AKIA 1DI5A 1LSCA 2Y8PA 4DC4A 2H5ZA 1TCYA 1LJ3A 3AGGG 1AT5A 1B5XA 4M4OA 1LHJA 153LA 4N1EI 1J1PY 1WQPA 2BQJA 4EOFA 3J6KA 1C43A 1DZBX 1JHLA 4NGIA 4WMGA 2YSSC 5II3A 5APEA 3LHMA 1FLYA 1LZ8A 3HBEX 9LYZA 3ZVQA 2ZNXY 3SP3A 3A91A 2F2NA 3A95A 1UICA 3HFMY 1IWZA 4FDYA 1LSNA 3GXKA 4YENA 4YEOA 3LYOA 4KL7A 5I54A 2C8OA 1GF0A 3B0KA 1GE0A 4OWEA 5KXYA 1LKSA 1LPIA 1UCOA 2D4IA 1OUBA 1OUFA 3BKVA 4N1CC 2EQLA 3AB6A 1KXYA 3ATOA 1FLQA 3A67Y 3G3AB 4M6DA 3GXRA 5KXPA 4OOTA 5LYTA 4IASA 4H8XA 1IORA 3M18B 1V7SA 3LYZA 207LA 1LZ1A 1LHMA 4B4IA 2YBJA 134LA 4XN6A 3IWRA 1QTEA 1HEMA 1YL1X 1WQNA 1LSEA 5LVIA 5A3ZA 5HQ1A 1LMTA 4LT1A 1NDMC 4LYMA 1GEVA 4CFPA 5KXZA 1LSAA 2W1YA 4WLXA 2WARA 4GCFA 4DD9A 5LYMA 1EQ5A 2HEDA 2CWIA 2LHMA 2N5ZA 1WQRA 2ZWBA 2A7DA 4NHPA 1HEWA 1HEPA 1E8LA 4HV2A 2LYZA 4XJBA 2DQGY 3CT5A 5F81A 5ILCA 1GE4A 1H87A 1FN5A 3TXFA 1WTMA 1VDPA 4LYOA 4RLNA 5D5FA 1VAUA 4R0FA 3WW5A 3WYHA 1GE3A 5I4WA 1RE2A 3W6CA 2F4AA 4H8YA 3TXHA 5KXSA 4HV1A 4H9FA 1CKGA 1GBZA 1LJNA 2EKSC 3TXEA 5LVGA 1JISA 4D9ZA 4LYTA 4GLAA 3W6DA 3RU5A 3TMVA 1INUA 1IOSA 3N9CA 1BVXA 1QQYA 4B1AA 2PC2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IR8A 2FBBA 1XFPL 4W57A 1L84A 1HFXA 1DI3A 4BAFA 1G0PA 1GFKA 1EL1A 1L70A 1DKJA 1A2YC 1CU6A 1DI4A 3HT8A 5E9RA 1GB2A 1LMQA 1Z55A 4RDSA 2HEEA 1L31A 4G4HA 1G0KA 4ET9A 3EMLA 1CJ6A 1T8GA 1IR7A 205LA 4KXIA 1VATA 5D5CA 3A93A 3A34A 6LYTA 4UWVA 1NQIA 4GCBA 1C6MA 1I6SA 1QDTA 1NBZC 5I14A 1WTHA 1YAPA 7LZMA 1C60A 173LA 1LZGA 1LZDA 1WVUA 1B5WA 4OWHA 4MCKA 1NKHA 5F14A 3A94A 3TXKA 1L64A 3CDOA 4WG1A 2NTGA 2FYCA 3HH3A 1L19A 1FLUA 1LTMA 1B7QA 1C46A 4H9EA 3GULA 3WPKA 125LA 2A4TA 4XJIA 159LA 228LA 2D6BA 1D3MA 2YVBA 3EMSA 1L88A 4WM1A 4ZIXA 1HMLA 4Z41A 1UC0A 1GFTA 3LYMA 1HSWA 4QY9A 5LXWA 1LYGA 2BPUA 5JENB 1B7SA 137LA 1JTMA 1L94A 1GBSA 1IX0A 4B49A 1L92A 4RW2A 1OUGA 2BLYA 4NGOA 4NHQA 3NY8A 4TSBA 252LA 1L90A 1P2CC 2DKVA 5E4PA 1NHEA 2B70A 3F8VA 1LJHA 4CHXA 4HSFA 170LA 5B1GA 4J0LA 4H9BA 1DYGA 255LA 2BQMA 191LA 3SB6A 1QSAA 2B73A 1B5YA 2W1MA 1SSYA 1CV5A 1KIQC 1UIBA 1CU5A 4WOAA 158LA 4Z3MA 4N0JA 1LPYA 2Z38A 3EBAB 1PQMA 2ZYPA 1L08A 1ZMYL 1IY3A 1C6PA 4PPOA 4HPIA 4EPFA 1HMKA 1XSFA 2YBIA 1OUAA 1BWHA 1TBYA 1L48A 2BQAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B9O A;  2H9J A;  1IR8 A;  2FBB A;  3CQL A;  4HP0 A;  1XFP L;  4KPM A;  5DL9 A;  1QUT A;  3MGW A;  2I25 L;  1NWG A;  1HFX A;  3EO5 A;  1PS5 A;  1DI3 A;  4BAF A;  1D0L A;  2G4N A;  1LMN A;  2GV0 A;  1QDR A;  2YBN A;  4LGK A;  5IDD A;  1IC7 Y;  4HPE A;  5EBH A;  1JIT A;  4YM8 A;  1GFK A;  1IP6 A;  1EL1 A;  1DKJ A;  2BQN A;  1A2Y C;  1IEE A;  3AGI A;  4I8S A;  1GFH A;  1DI4 A;  4WLT A;  1LMA A;  5E9R A;  1B7P A;  3TXD A;  2BQF A;  3WL2 A;  6LYZ A;  4XJG A;  5F16 A;  1G7H C;  1RCM A;  2HU3 A;  1GB2 A;  1LMQ A;  1LMP A;  1Z55 A;  2IFF Y;  4C5F A;  4RDS A;  5C6J A;  1TEW A;  5FST A;  2HEE A;  1HEN A;  1B5U A;  2G4Q A;  4WM4 A;  4G4H A;  1GFV A;  4NWE A;  2MEH A;  3W3E A;  1GBX A;  3P65 A;  1HC0 A;  1LZN A;  3WW6 A;  4A7D A;  1REY A;  4ET9 A;  1CJ6 A;  1IR7 A;  4J1A A;  1BB3 A;  3WUN A;  5LVK A;  4LT3 A;  4KXI A;  1VAT A;  4GN4 A;  5D5C A;  3A93 A;  4HTN A;  3WUM A;  3CT1 A;  3A34 A;  4DDC A;  6LYT A;  1AM7 A;  1JKB A;  2LZ2 A;  3QNG A;  4UWV A;  1NQI A;  4GCB A;  4LYZ A;  5AMY A;  1QDT A;  4ZFP A; 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 5II3 A;  5APE A;  3LHM A;  1FLY A;  1LZ8 A;  3HBE X;  9LYZ A;  3ZVQ A;  2ZNX Y;  3SP3 A;  3A91 A;  2F2N A;  3A95 A;  1UIC A;  3HFM Y;  1IWZ A;  4FDY A;  1LSN A;  3GXK A;  4YEN A;  4YEO A;  3LYO A;  4KL7 A;  5I54 A;  2C8O A;  1GF0 A;  3B0K A;  1GE0 A;  4OWE A;  5KXY A;  1LKS A;  1LPI A;  1UCO A;  2D4I A;  1OUB A;  1OUF A;  3BKV A;  4N1C C;  2EQL A;  3AB6 A;  1KXY A;  3ATO A;  1FLQ A;  3A67 Y;  3G3A B;  4M6D A;  3GXR A;  5KXP A;  4OOT A;  5LYT A;  4IAS A;  4H8X A;  1IOR A;  3M18 B;  1V7S A;  3LYZ A;  207L A;  1LZ1 A;  1LHM A;  4B4I A;  2YBJ A;  134L A;  4XN6 A;  3IWR A;  1QTE A;  1HEM A;  1YL1 X;  1WQN A;  1LSE A;  5LVI A;  5A3Z A;  5HQ1 A;  1LMT A;  4LT1 A;  1NDM C;  4LYM A;  1GEV A;  4CFP A;  5KXZ A;  1LSA A;  2W1Y A;  4WLX A;  2WAR A;  4GCF A;  4DD9 A;  5LYM A;  1EQ5 A;  2HED A;  2CWI A;  2LHM A;  2N5Z A;  1WQR A;  2ZWB A;  2A7D A;  4NHP A;  1HEW A;  1HEP A;  1E8L A;  4HV2 A;  2LYZ A;  4XJB A;  2DQG Y;  3CT5 A;  5F81 A;  5ILC A;  1GE4 A;  1H87 A;  1FN5 A;  3TXF A;  1WTM A;  1VDP A;  4LYO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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