4WO9A

Lysozyme post-surface acoustic waves
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Precise Manipulation and Patterning of Protein Crystals for Macromolecular Crystallography Using Surface Acoustic Waves.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wo9A00
3P68A 1YKYX 1CKGA 1B5UA 3P65A 4ETCA 3K3TA 1FKQA 1UIHA 1VDPA 5I4XA 2CJLA 3LN2A 4Z3MA 4LYMA 1LSAA 2Z39A 3RU5A 1T6VL 4RLNA 1C08C 2VB1A 1YIKA 5I54A 4A7DA 1HFXA 1PZYA 3AGGG 1GB9A 4RLMA 5FELA 4TWSA 4GCBA 2ZILA 5B59A 4NSJA 4GN3A 5B06A 1XGTC 4KXIA 1TCYA 1LTMA 2ZQ3A 3CT5A 3F6ZA 1IO5A 4KT3A 4XENA 2XBSA 4CGEA 3A95A 4H8XA 2MEIA 5LA5A 1FLQA 2ZYCA 1IWXA 1IP5A 1LSCA 1GE2A 1YKXX 3A91A 4GCCA 5E4PA 5F16A 4XJBA 1LJHA 1GAZA 4YENA 1GFUA 2H9JA 4G49A 4C3WA 4ZIXA 4NGZA 4TTDA 1OUBA 1XFPL 4HTKA 4NY5A 5LA8A 1YILA 2MEAA 5B07A 3AGIA 1CJ9A 5F9XA 1LMCA 4DD7A 1YAPA 1LSNA 1IWVA 1VEDA 1XSFA 2YVBA 1GDWA 5KXMA 3A8ZA 1REZA 3N9CA 1XEIA 5FDJA 2D4JA 1GF6A 1AM7A 3FI7A 3LYMA 3TXGA 1IOSA 1UBZA 3WL2A 3AW7A 3AZ6A 4NEBA 5D5FA 2H9KA 5I4WA 1KIRC 1B5XA 4M6DA 1KIQC 4N8ZA 4XYYA 1LJJA 2A7DA 1LZAA 1GE3A 4NSGA 4BAPA 4H8ZA 1IP7A 4ETAA 1WQQA 3MGWA 1LSFA 5LYTA 1LJKA 1DZBX 3EO5A 3LZTA 4B4IA 3AYQA 4LYOA 4TSBA 5LAFA 1AT5A 1QQYA 1I56A 4HJVA 4N5RA 1DKKA 2LZTA 4AGAA 4QGZA 1F6SA 3M3UA 1RI8B 1B5YA 1IP4A 1BQLY 1LHHA 3TXFA 4UWNA 1LZSA 2AUBA 3SP3A 1GDXA 1JPOA 1LZ5A 2G4PA 2Z37A 2BLYA 1GFEA 4C5FA 1G7JC 4NGLA 1GF9A 1UIGA 3HBEX 3WPJA 1B0DA 2XJWA 1FKVA 4DD3A 1N4FA 3J4GA 2D91A 1IC4Y 1KXXA 4DDBA 5A3EA 4UWUA 135LA 2H5ZA 4RW1A 4WO6A 1LPIA 5APDA 2A7FA 1GHLA 4ET9A 1UIDA 1BWHA 2DQDY 4XADA 3ATOA 4IATA 5FSTA 5I5QA 3TXDA 3WW5A 5II3A 4II8A 1LMQA 3A6BY 4IASA 4MCKA 4QDNA 4WLDA 2Z19A 2BQLA 1D9UA 1IEEA 1OP9B 2D4KA 3B0KA 2MEGA 1IP3A 1LZCA 3QNGA 3W6AA 2W1LA 4DDAA 1FDLY 3A93A 3IJVA 8LYZA 4HV2A 4H9HA 2ZIJA 1BGIA 1LJIA 4HTNA 4OWCA 1GF4A 3T6UA 2D6BA 1YAQA 1IY3A 3RW8A 2EQLA 4N1CC 3A94A 1QDTA 1TBYA 1GBZA 1UUZC 3A67Y 3G3AB 3P66A 4GLVA 4LYCA 4ETDA 1WQMA 1GFJA 1NBYC 1W08A 3CT0A 1JISA 1WTNA 4DWXA 4L41A 4NGWA 1JHLA 4B49A 3LZ2A 4YM8A 3EMSA 4KL7A 1VAUA 4WM3A 1GFHA 1VDSA 4WM6A 4U3XB 3WXUA 4MR1A 1TAYA 3HFMY 2FYCA 4B4EA 4HJZA 1TEWA 4NWEA 3GXKA 5HMJA 2DQJY 1HERA 1GBOA 1HEMA 1UC0A 4NGIA 3WU7A 5IHGA 4XJGA 1HHLA 2BQDA 1RFPA 3EXDA 4LYBA 1UIEA 4OWBA 3W3EA 3W6FA 4DYGA 4G4BA 1GD6A 2BPUA 3WMKA 2IHLA 2Z12A 1E8LA 1HF4A 1WQPA 4OWHA 3AJNA 5KKJA 1HEQA 3QE8A 5KXPA 4ZEEA 1HSXA 1DXJA 1LZBA 1B5VA 3CT1A 4NHPA 1DPXA 3HBDA 1OUDA 1LCNA 1HENA 5I53A 4WM2A 1JKAA 5I4YA 2DQHY 4N9RA 4TUNA 1LMAA 4EOFA 5C6IA 1LZRA 1BB4A 4B4JA 1B7PA 1JWRA 1JTOL 2W1YA 1ALCA 3WPLA 4WLXA 2FBBA 2N5ZA 5KXWA 1FLWA 1LHIA 1GBSA 1LSDA 2YBNA 4NG8A 2W1MA 5B1FA 1GBXA 3ZVQA 1NBZC 2LYMA 2MEEA 3OJPA 4NWHA 4YOPA 4Z46A 1HMLA 1LSEA 2W1XA 3T36A 3WW6A 2MECA 2Q0MX 5K7OA 4G4HA 1FLYA 1NKHA 1B7SA 1NWGA 1FBIX 5LVIA 2HEFA 1IWWA 3ULRA 1LZYA 4BADA 132LA 1FN5A 1YROA 5KXRA 1HSWA 1XEKA 4GCFA 2DQCY 1HEOA 3RT5X 4NFVA 133LA 1LMTA 3P4ZA 2BQCA 1BB3A 5DL9A 4GN4A 1ZV5L 2FYDA 4H91A 1YL0X 2HEEA 3LYTA 5APEA 1BB7A 5KXSA 3A6CY 1A2YC 1UIBA 2C8OA 2HTXA 3LHMA 1LJGA 2G4NA 2HEDA 5J7CA 3CSQA 4WLTA 3ZEKA 1EQ4A 1FLUA 3AZ4A 1ZVYB 3AGHA 4AXTA 1LZ8A 2BQMA 5KXZA 2F30A 1GFVA 2I26L 1YQVY 207LA 1GBYA 2ZIKA 5LVHA 4PRUA 1IR9A 1XGUC 2NWDX 1G7IC 5T3FA 3P64A 3TMUA 5B05A 3W6CA 1JSEA 3IJUA 5F14A 4PGJB 193LA 4WM1A 1GF0A 4H92A 4DC4A 1CKDA 4NHQA 4P2EA 5FHWA 3LYZA 5LIOA 4FDYA 3M18B 3GXRA 5F81A 2WARA 5KXNA 1GFGA 4H9BA 2BAAA 1IR8A 3N9EA 3WULA 3CQLA 1LSBA 3IWRA 1F6RA 1YANA 2RSCA 4H9CA 4WLYA 4H9IA 5DLAA 1LKRA 1KIPC 3TXKA 1OUIA 2HU3A 3G3BB 5KXTA 7LYZA 4PHIA 1IWYA 2XTHA 2GV0A 1LYZA 3ZVQB 3CB7A 4I0CA 1HEWA 4NHSA 4EMNA 3W6BA 1G7MC 3QY4A 4O34A 2F4AA 4UWVA 4Z41A 3WVXA 2ZNXY 2IFFY 1NDMC 5LYZA 1B7MA 5APCA 1D0LA 1NHEA 1YKZX 4DT3A 1KXWA 5JENB 4R0FA 5C6LA 1OUJA 4DD9A 5HMVA 1KXYA 4B0DA 3AZ5A 1QSAA 1B2KA 1IX0A 1RCMA 2F2NA 3AZ7A 1WVUA 3WUAA 1IP1A 1XGPC 2I25L 1GXV2 4KPMA 4YEOA 4J0LA 1NQIA 4LZTA 3WVYA 5LINA 2XBRA 1LSYA 2CDSA 1JKBA 1LHKA 4NHIA 2EIZC 1LZ1A 4OOTA 3WH1A 5HNCA 1AT6A 5DN4A 3W6EA 5AMYA 4NGJA 5HLLA 1JKCA 1GB2A 1QSWA 1IP6A 194LA 2G4QA 4TSCA 4WG7A 1AKIA 1B7NA 4CHXA 3BKHA 1C46A 1JIYA 1IOQA 2MEBA 1DQJC 5KY1A 4H9FA 4LYZA 1P2CC 1YAMA 3E3DA 1LKSA 2DQGY 1IC5Y 1HEPA 6LYZA 5LVGA 1O23A 1F10A 4H9EA 1W6ZA 1V7TA 1HMKA 1LJ4A 1XGQC 1B5ZA 1B7RA 1IR7A 5M1YA 4GCDA 1GB8A 2BQNA 3A3QA 1LJNA 1GF5A 2BQIA 1BHZA 1H6MA 4NSHA 1J1XY 1ZVHL 3A96A 1VATA 3EBAB 208LA 5KKIA 1DI5A 4YF2A 1GXXA 1Z55A 4XJFA 1YL1X 2HUBA 4WL7A 1SLYA 3TMXA 1HNLA 4CJ2A 3VWOA 4TX7A 1WQNA 1JTPL 1BWIA 9LYZA 1J1OY 5EBHA 1UACY 1BB5A 4BS7A 1JKDA 4WG1A 4X3BA 1C43A 1EQ5A 1WTMA 3N9AA 3TXJA 4Z98A 2HECA 4ANRA 1IWTA 1MLCE 2YBIA 1JJ1A 1OUCA 3HBHA 1C45A 1IY4A 4IJ4A 1LOZA 5LXWA 5L3IA 3W6DA 1QUSA 2FBDA 1IC7Y 5KXOA 2BQFA 2YBHA 4N1EI 2YBMA 1PS5A 4LYTA 2ZYPA 1EQEA 1IIZA 2ZNWY 4H8YA 1LSZA 3WPKA 4HJYA 4NSIA 4QY9A 5KXYA 1GB3A 1D0MA 1OUFA 4M4OA 1HFYA 1LSGA 1YAOA 2DQAA 1D6PA 1CJ7A 1JJ0A 1LMOA 1OUGA 5C6JA 5KXLA 1C7PA 4W96A 1F0WA 1GF7A 1LYSA 1REXA 4LFPA 1GPQC 1LMNA 1LZ9A 3J6KA 1HELA 3OK0A 4H94A 1HC0A 1CKHA 5L9JA 1UCOA 5KXKA 1JJ3A 3TMWA 1VDQA 1LJ3A 2DBTA 5ILFA 4J1AA 1REMA 2MEHA 5D5CA 4ET8A 2LZ2A 1BB6A 4H93A 4J7VA 6LYTA 4YEMA 4XJDA 1GWDA 2BQGA 4HPIA 4NGKA 1CKCA 1V7SA 2LHMA 3CSZA 1G7LC 2YBJA 1B5WA 2Z38A 5APFA 5FCPA 2MEFA 1WVVA 2BQAA 4BAFA 2DQIY 3A34A 1JUGA 3WXTA 153LA 1GEVA 3TXBA 3WU9A 1IWZA 2PC2A 1B7QA 1LSPA 4DD1A 4DDCA 5LYMA 4LT3A 3KAMA 3WU8A 4WL6A 1IOTA 4WO9A 2HEAA 2X0AA 1QTKA 4HSFA 1DKJA 1LZEA 3A3RX 1NMMA 1BVXA 3BKVA 2Z2FA 4XN6A 4PJ2C 5DM9A 5F9UA 1LZGA 4HTQA 1LJFA 4J1BA 1GB7A 3RNXA 1LMPA 1IWUA 4H9AA 5DN5A 1ZMYL 1CJ8A 4NG1A 1QTEA 4NIJA 5A3ZA 1J1PY 2B5ZA 3A92A 2DQFC 4LFXA 2YSSC 1C10A 1HFZA 5IELA 4XJHA 1GB5A 2C8PA 4G4CA 4B1AA 3TXEA 1SQ2L 1JTTL 1GFRA 3RZ4A 4MSTA 1LSMA 1QDRA 1CNSA 1I1ZA 2DKVA 5B1GA 3WYHA 1B9OA 4I8SA 5LAGA 2MEDA 1T3PA 1LYYA 134LA 4OOOA 1EL1A 4GN5C 2Z18A 4LT1A 1UIFA 2BQEA 4NGOA 1JSFA 3AB6A 1I20A 3B72A 1CKFA 1IP2A 5LVJA 4HPEA 1INUA 5KJ9A 2Y8PA 1QUTA 1A4VA 1D6QA 2LYOA 1GF3A 3D3DA 4H90A 1DI3A 4NGYA 4ZFPA 1GE4A 4E3UA 1IORA 2I6ZA 4FJRA 1NF5A 1LHLA 2F4GA 1DPWA 2ZQ4A 4HP0A 4CFOA 1WQRA 5LVKA 1IOCA 2YDGA 4WMGA 1LZTA 1LZ4A 1LZNA 1B7OA 1VDTA 5E9RA 1GFAA 4HV1A 4NHTA 4OWAA 4RW2A 5FEKA 4ML7A 4RDSA 4ETEA 1OUHA 3B0OA 1GE1A 1B7LA 1LHJA 1UIAA 1LYOA 4LT0A 3A90A 3TXHA 4W94A 1GFKA 1XEJA 4N0JA 4G9SA 4WM4A 1GF8A 1GB6A 1REYA 1GB0A 1LZDA 1QIOA 2BQOA 4LT2A 2HU1A 3D9AC 1H87A 2ZWBA 4QEQA 2EPEA 3TXIA 3WUMA 1JEFA 4ETBA 3WUNA 4XJIA 2D4IA 3ATNA 4LGKA 1OQMA 4OWEA 1GFTA 1MELL 3AW6A 1OUEA 1VFBC 1RE2A 4NGVA 1D0KA 1RJCB 1UA6Y 4PPOA 3TMVA 1LAAA 1GE0A 4H1PA 5L3HA 4WOAA 4OW1A 3B6LA 1LJEA 1G7HC 5IDDA 1TDYA 1GEZA 1DI4A 1LZ6A 2CWIA 2BQHA 2BQBA 5KXXA 4GCEA 154LA 1WQOA 1OUAA 2BQKA 1CJ6A 2YBLA 3FE0A 2BQJA 5ILCA 1IVMA 2EKSC 3LYOA 4D9ZA 5HQ1A 2CGIA 1JITA 1BVKC 4PRQA 2Z2EA 2DQEY 4WM5A 1AZFA 2HEBA 4R6CA 4DD0A 5HNLA 3B0IA 1GBWA 1LHMA 1UICA 3CSRA 2BLXA 4GLAA 1GAYA 4DD2A 4CFPA 1BWJA 1XGRC 2LYZA 1NDGC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IAPA 1FKQA 1L76A 1C6FA 1T6VL 188LA 126LA 4RLMA 2ZILA 5B59A 4NSJA 2HULA 1C6HA 1L66A 1TCYA 4KXIA 4KT3A 4H8XA 2MEIA 5LA5A 1L97A 1QT7A 3GUOA 1IWXA 1GE2A 3CDOA 5E4PA 4XJBA 1QSBA 4ARPA 1OUBA 1XFPL 3HTBA 4NY5A 4PK0A 1LI3A 3HDFA 1YAPA 1LSNA 2YVBA 1GDWA 4W56A 1XEIA 3WL2A 160LA 1UBZA 5D5FA 5I4WA 3G3XA 1KIQC 1LJJA 2HUKA 4H8ZA 3GUIA 4ETAA 2Z6BA 1LSFA 3HH6A 1PQKA 3LZTA 4B4IA 1QQYA 157LA 1CX7A 162LA 1F6SA 1RI8B 1B5YA 1BQLY 3HT8A 2BLYA 1G7JC 1GF9A 1DYGA 1FKVA 1N4FA 1L52A 1KXXA 2A4TA 4GRVA 4IATA 4MCKA 1L57A 1IEEA 1OP9B 1L50A 1C6GA 8LYZA 4H9HA 4OWCA 1L90A 3T6UA 1YAQA 1IY3A 3RW8A 3A94A 3A67Y 3P66A 4LYCA 4ETDA 1D2WA 1GFJA 3CT0A 1QUOA 1JISA 1WTNA 4B49A 182LA 141LA 4KL7A 1VAUA 3DNAA 1L94A 2Q9EA 4MR1A 4B4EA 4I7TA 2DQJY 4NGIA 1P6YA 1RFPA 4LYBA 258LA 4OWBA 3W3EA 3W6FA 1C63A 1L18A 1HSXA 1KNIA 1DPXA 3HBDA 1P5CA 5I4YA 3NY9A 4EJ4A 1BB4A 1LWKA 1D3JA 4B4JA 2W1YA 4WLXA 2B73A 1P56A 3G3WA 2W1MA 1L24A 2W1XA 3T36A 1T8GA 1NWGA 3GULA 1IWWA 1L93A 1FN5A 1YROA 4DAJA 1HSWA 4GCFA 3C7YA 1L96A 4S0WA 4NFVA 133LA 3P4ZA 5DL9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P68 A;  1YKY X;  1CKG A;  1B5U A;  3P65 A;  4ETC A;  3K3T A;  1FKQ A;  1UIH A;  1VDP A;  5I4X A;  2CJL A;  3LN2 A;  4Z3M A;  4LYM A;  1LSA A;  2Z39 A;  3RU5 A;  1T6V L;  4RLN A;  1C08 C;  2VB1 A;  1YIK A;  5I54 A;  4A7D A;  1HFX A;  1PZY A;  3AGG G;  1GB9 A;  4RLM A;  5FEL A;  4TWS A;  4GCB A;  2ZIL A;  5B59 A;  4NSJ A;  4GN3 A;  5B06 A;  1XGT C;  4KXI A;  1TCY A;  1LTM A;  2ZQ3 A;  3CT5 A;  3F6Z A;  1IO5 A;  4KT3 A;  4XEN A;  2XBS A;  4CGE A;  3A95 A;  4H8X A;  2MEI A;  5LA5 A;  1FLQ A;  2ZYC A;  1IWX A;  1IP5 A;  1LSC A;  1GE2 A;  1YKX X;  3A91 A;  4GCC A;  5E4P A;  5F16 A;  4XJB A;  1LJH A;  1GAZ A;  4YEN A;  1GFU A;  2H9J A;  4G49 A;  4C3W A;  4ZIX A;  4NGZ A;  4TTD A;  1OUB A;  1XFP L;  4HTK A;  4NY5 A;  5LA8 A;  1YIL A;  2MEA A;  5B07 A;  3AGI A;  1CJ9 A;  5F9X A;  1LMC A;  4DD7 A;  1YAP A;  1LSN A;  1IWV A;  1VED A;  1XSF A;  2YVB A;  1GDW A;  5KXM A;  3A8Z A;  1REZ A;  3N9C A;  1XEI A;  5FDJ A;  2D4J A;  1GF6 A;  1AM7 A;  3FI7 A;  3LYM A;  3TXG A;  1IOS A;  1UBZ A;  3WL2 A;  3AW7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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