4WO9A

Lysozyme post-surface acoustic waves
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H4 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)O1 (6-127)3H1 (20-22)AH2 (25-36)TI3 (54-57)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)TI4 (59-62)S3 (58-59)TI5 (60-63)TI6 (74-77)TIV1 (66-69)TII2 (69-72)AH3 (88-100)3H2 (80-83)TVIII1 (85-88)TIV2 (101-104)3H3 (104-107)TII3 (115-118)AH4 (109-115)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
publication title Precise Manipulation and Patterning of Protein Crystals for Macromolecular Crystallography Using Surface Acoustic Waves.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wo9A00
1GFAA 2A7FA 1YILA 3N9AA 4NHTA 1D0MA 2EIZC 1KIQC 4CFPA 1AKIA 1DQJC 2ZNXY 5I5QA 5F9XA 4HJYA 4U3XB 1LJKA 4N1CC 2Z2FA 9LYZA 1B2KA 5KXOA 1IY3A 4NWHA 4WL7A 1IX0A 2BLXA 4ETAA 1UBZA 193LA 1RE2A 1T6VL 1IORA 3B0IA 3QY4A 2Z39A 2C8PA 1LCNA 1DXJA 2MEAA 1IP1A 2D4KA 4LT0A 3WW6A 1BWJA 1GWDA 4WLDA 1IC7Y 4LYMA 5HMJA 3A90A 1LKSA 4XADA 4N8ZA 1EQ4A 4HPIA 4WM1A 1GE1A 1QSAA 1ZVYB 3ZVQA 1E8LA 2G4QA 1GFKA 4DD2A 2DKVA 2BQCA 4XJIA 3ULRA 3OK0A 2GV0A 2BQIA 2Y8PA 4H9IA 2ZIJA 4NGWA 1IWXA 4DC4A 1J1PY 4TSBA 3WUAA 1YAOA 1OUCA 5EBHA 5FEKA 4ANRA 1LJ4A 1B5YA 3W6AA 1LJGA 4LFXA 4UWVA 2BQLA 1ALCA 4NGZA 1GBYA 4HJZA 1QTEA 3MGWA 4NGKA 1GB5A 1I20A 3G3AB 4HV1A 4NHQA 2DBTA 2Z37A 1JEFA 1NF5A 1QIOA 4H9HA 4H9CA 1NMMA 2DQHY 1CJ8A 1LZ9A 1PS5A 4NGIA 5L3HA 4NGLA 2X0AA 3B72A 3QE8A 4RLNA 4NIJA 4Z41A 1JWRA 1H6MA 4ETCA 1B7MA 1G7IC 2HUBA 2YBMA 3AYQA 3EBAB 1GBZA 4WG7A 4DWXA 1GFEA 1IP5A 1B0DA 1B5UA 2XBSA 1YQVY 5B1FA 3CT5A 4H93A 1VDTA 1GE2A 2H9JA 5KXWA 2XTHA 1LZTA 1LMPA 1KXYA 2HTXA 1IWTA 1JHLA 1GB7A 3AW6A 2HEAA 4LYBA 3WU7A 4J0LA 1FLYA 1UA6Y 4WLYA 3TXBA 4AGAA 1QDTA 1IOSA 3D3DA 1JKBA 2W1LA 2FBDA 4G49A 2BQJA 3FE0A 3A3RX 1IC5Y 1WQRA 5DN4A 1LTMA 1BWHA 3KAMA 1B7NA 1BVXA 1FLWA 1LSBA 5B05A 1UCOA 1XGPC 1YROA 5LYZA 3WH1A 5DM9A 4H94A 1LSZA 4ML7A 4BS7A 1BVKC 1A4VA 2MEIA 1G7LC 2ZYCA 4RW1A 3AZ5A 2VB1A 2DQJY 4R6CA 1GFVA 4IATA 4WOAA 4AXTA 4P2EA 5I54A 1HELA 1HFXA 2HU1A 1GF4A 1TCYA 1VDSA 4ZEEA 3RZ4A 2BQEA 4H9AA 1UIFA 3A96A 1LZ8A 3A6BY 1IIZA 1GF6A 1UUZC 1W6ZA 1KIPC 4GCDA 5FELA 3M18B 3RU5A 1I1ZA 2CWIA 3LZ2A 2BAAA 4DD7A 1LYZA 1O23A 1GDWA 5KXLA 2HEFA 4GLAA 1DPWA 3AJNA 5D5CA 3P65A 4ZIXA 2B5ZA 4YOPA 1XEJA 1GEVA 1T3PA 1V7TA 2D91A 2CGIA 1LHIA 1LJHA 4GLVA 5DL9A 5APFA 3WUMA 2H9KA 4ETDA 1LSGA 4TWSA 4J1AA 1GB9A 1GFJA 3P66A 3WULA 2ZYPA 1XSFA 1NBYC 4PGJB 4MR1A 5F9UA 2LYOA 4GN3A 2IFFY 3ZVQB 3HBDA 3TXHA 1B7RA 1JISA 2C8OA 2MEEA 5KXZA 1GFUA 4OW1A 1GBOA 6LYTA 1GAZA 1SLYA 3IWRA 1J1OY 3J6KA 3CT1A 3A93A 1YL1X 1IR9A 3GXRA 3P68A 1JTTL 4ETBA 5C6LA 3J4GA 1AZFA 4RW2A 1GBXA 2D4IA 1JKCA 1VDQA 2H5ZA 4C5FA 1DI5A 4NHIA 4B49A 1YKXX 1CKCA 1MELL 2I26L 4NEBA 4DYGA 4M4OA 4LYOA 4DT3A 1LSFA 4NGYA 1CJ9A 1FKQA 1OUHA 3CB7A 4FJRA 4TSCA 4DDBA 1GDXA 2ZWBA 1UIAA 4B4JA 5HLLA 4E3UA 4BAFA 1D6PA 4CJ2A 4OOOA 4OOTA 4TTDA 1B5WA 1GF7A 5HNLA 3VWOA 4DDAA 5LAFA 3W6EA 1LMQA 3W6DA 5B1GA 2W1XA 1WTMA 4YENA 4OWBA 1XGUC 5HQ1A 5LINA 2DQEY 4KPMA 1DPXA 2XJWA 2MEGA 2F4AA 3LZTA 4D9ZA 2MECA 1B7SA 1LSYA 1LSCA 5DLAA 1UC0A 1YKZX 1TAYA 4I0CA 3FI7A 4TX7A 5KXPA 4N9RA 3A91A 4CHXA 5LYMA 1LPIA 5L3IA 2CJLA 1FLUA 2ZQ4A 1WQOA 1XEIA 1UIEA 3WL2A 4DD1A 3HBEX 4KXIA 3HBHA 5I4WA 154LA 207LA 1IVMA 5LIOA 1VAUA 2LZTA 1D9UA 4G4CA 5T3FA 2DQAA 5KXRA 2EKSC 3A92A 1P2CC 1GE4A 1JSFA 1ZMYL 4WM4A 4QY9A 4RDSA 2YSSC 2D6BA 1OUFA 1BB7A 1LSPA 3WXUA 1LJJA 5C6JA 3P64A 1J1XY 1LZRA 1IR7A 1LJIA 1LZ1A 1QQYA 4HTKA 2AUBA 3AGHA 1LHJA 1IWVA 2MEDA 4LYZA 1LHKA 5D5FA 1NBZC 1QDRA 4NSHA 1LHMA 5KXXA 1AT5A 1OP9B 5APDA 5F81A 5DN5A 1DKKA 2Z19A 3WPLA 4LFPA 1B7LA 3B0OA 133LA 1EQEA 4NHSA 2ZILA 4M6DA 4NY5A 5LVJA 1YAMA 2BQMA 2LZ2A 4PJ2C 4WLTA 5LA5A 3P4ZA 1IP6A 4LYTA 5APCA 1TDYA 4DD0A 1OUIA 4N0JA 1BB5A 1HEWA 3AGGG 3E3DA 4G4HA 2G4PA 4CGEA 1WQNA 3GXKA 4C3WA 4UWNA 1GEZA 4PPOA 1LSNA 1IOTA 4WM5A 134LA 2MEHA 1B7QA 4MSTA 5F16A 1F0WA 1IOQA 4OWHA 4H9FA 1BB3A 1PZYA 5E9RA 1XGRC 1HSWA 1HF4A 1JSEA 1OUEA 1B5ZA 1BB4A 2BQBA 2HEDA 2LHMA 4GCFA 2BPUA 1UIGA 3K3TA 4LYCA 1AT6A 1HENA 2HEEA 1YKYX 3RW8A 4KT3A 4DD9A 4IJ4A 3W6FA 1JITA 4OWAA 4W94A 5KKJA 1WVVA 1F10A 2F2NA 2MEFA 2YBHA 3EMSA 2ZNWY 5ILCA 1HNLA 1UICA 4HP0A 4ETEA 5IELA 135LA 3RNXA 4XJGA 3HFMY 1IWWA 5KXMA 1GHLA 4MCKA 4G4BA 4ET8A 1MLCE 2BQDA 4NSGA 4L41A 4YEMA 5LYTA 1HEPA 2YVBA 4NGVA 3AW7A 1EQ5A 5LVKA 4YF2A 1IWUA 1IWYA 1G7HC 1LMTA 1QTKA 4PHIA 3A95A 3BKVA 4J1BA 5HMVA 4NG8A 1GB6A 1LHLA 2YDGA 2PC2A 5J7CA 1KXWA 3M3UA 3WXTA 1OUJA 3ZEKA 5AMYA 4EOFA 1LKRA 1RFPA 3WU8A 1LZ5A 3A8ZA 2LYZA 3AZ6A 6LYZA 5L9JA 2FYCA 1GE0A 1LYOA 1F6SA 1UIDA 3TXJA 1IO5A 3B0KA 1B7PA 4XJDA 4NGJA 5KXSA 1C43A 2CDSA 5FCPA 4H8YA 1D6QA 4CFOA 1IEEA 1WVUA 1LMNA 4HSFA 1REMA 5IDDA 3EO5A 2DQFC 2HEBA 1GB0A 3A67Y 3QNGA 4ET9A 3TXEA 1OUGA 5II3A 5E4PA 1LZ6A 5KXTA 1GF5A 5K7OA 1NKHA 5IHGA 1B5XA 4LT3A 4HV2A 4FDYA 3B6LA 3TXFA 1FKVA 1JTPL 2BQOA 4XYYA 4B1AA 4YM8A 1BQLY 2A7DA 3ATNA 1IY4A 1WQPA 2Z12A 3F6ZA 1GF9A 1LHHA 1WQQA 1SQ2L 2BLYA 1VEDA 1B5VA 1RCMA 1LZGA 3N9CA 1IP7A 1LSEA 3W3EA 3EXDA 1OQMA 4XENA 5LVIA 3WW5A 1B9OA 1HMLA 4OWCA 5LVHA 1JKDA 4H90A 2I6ZA 1IP2A 208LA 2Z18A 1LSDA 1N4FA 1VFBC 3WUNA 1LJNA 3TXKA 1UIBA 1TBYA 1KIRC 4NG1A 3A6CY 3CSRA 4IASA 1HC0A 1GF8A 2EPEA 153LA 2I25L 3CSQA 5KXKA 1NWGA 2RSCA 1LSAA 4QEQA 5A3EA 1HFZA 3LYMA 4Z46A 2G4NA 4Z98A 1KXXA 1GPQC 1D0KA 1CKGA 1HEQA 4ZFPA 1JIYA 2DQIY 4RLMA 1LZCA 3TXDA 4EMNA 5HNCA 4A7DA 5KXNA 1HERA 1CNSA 1GB8A 3LYOA 3N9EA 1HSXA 4X3BA 4GCCA 4Z3MA 1QUSA 1WQMA 5KJ9A 3LYZA 1DZBX 4WMGA 4DD3A 4KL7A 1XFPL 2Z38A 1I56A 3G3BB 1BHZA 4HTNA 1HEMA 5KY1A 1FBIX 2LYMA 2NWDX 1GAYA 1V7SA 1YANA 1REZA 5I4XA 4O34A 5B06A 5B59A 4GCBA 3CQLA 3AB6A 4WM2A 1NQIA 1H87A 1GB3A 3AZ4A 1TEWA 2BQNA 2Z2EA 1GF0A 4XJHA 1GF3A 4NGOA 3WVXA 2BQHA 4QDNA 1CKDA 1DI3A 1FN5A 1LZEA 1OUBA 3WPKA 1LZYA 1NHEA 2YBJA 1LYSA 3W6CA 2N5ZA 1DI4A 4GN5C 1IC4Y 1HMKA 1JJ0A 1LMCA 3TMUA 4B0DA 4QGZA 1LZSA 1HFYA 1UIHA 3A94A 1NDGC 5KXYA 1AM7A 3BKHA 1LYYA 1RJCB 3W6BA 4XJBA 1IWZA 5C6IA 1CJ7A 1LZ4A 3SP3A 1LZNA 1JPOA 2XBRA 4HTQA 4XN6A 1WTNA 132LA 1REXA 1GE3A 2FBBA 3OJPA 1GBSA 1HEOA 5B07A 4WO9A 4LGKA 3TMVA 1LJEA 1OUDA 1OUAA 2W1YA 3LHMA 1IP4A 4H9EA 1GXXA 1NDMC 4BADA 1D0LA 1REYA 1G7MC 1LMAA 3LN2A 1LAAA 1LMOA 1XGQC 1G7JC 5LXWA 5I4YA 4TUNA 1LJFA 3CSZA 4G9SA 1GFRA 1YIKA 1LZAA 1IR8A 1LOZA 2HU3A 4NHPA 1B7OA 4NSJA 4LT2A 4HPEA 1INUA 3IJVA 4H92A 2EQLA 4WM6A 4WM3A 1A2YC 3LYTA 1F6RA 4GCEA 4NFVA 1GXV2 1YL0X 2MEBA 3TXGA 1ZVHL 3CT0A 5KKIA 2YBNA 2BQKA 2DQGY 4YEOA 3TMXA 1C10A 1GD6A 4LZTA 1YAQA 3TMWA 3TXIA 3IJUA 4PRUA 5LA8A 1JTOL 5FSTA 5LAGA 1DKJA 4WG1A 2BQAA 1GFGA 1CKFA 1GFTA 3WPJA 1JJ3A 5FHWA 4N1EI 5A3ZA 2ZIKA 3RT5X 1CJ6A 1GB2A 3A3QA 4BAPA 5ILFA 1JKAA 1BGIA 1RI8B 2YBIA 4PRQA 4XJFA 3WVYA 4H91A 4UWUA 4H8ZA 4WO6A 1BWIA 7LYZA 1UACY 5APEA 2DQCY 1C46A 4I8SA 1FLQA 5JENB 2F4GA 2DQDY 3WU9A 2W1MA 4NSIA 2HECA 4NWEA 5F14A 1LJ3A 1IP3A 1QUTA 2FYDA 4J7VA 4H8XA 1C45A 1EL1A 4W96A 1W08A 2D4JA 1YAPA 2ZQ3A 4N5RA 3ATOA 4R0FA 4GN4A 1IOCA 2F30A 4WL6A 8LYZA 194LA 3D9AC 1CKHA 1C08C 1C7PA 1XGTC 2BQFA 3AZ7A 5I53A 4HJVA 1ZV5L 1VDPA 4B4EA 1LZBA 1FDLY 1XEKA 4WLXA 1Z55A 4OWEA 4H1PA 4II8A 3WMKA 5M1YA 2IHLA 3A34A 1GFHA 1LZDA 4LT1A 4H9BA 2Q0MX 3WYHA 5LVGA 1HHLA 1QSWA 2BQGA 4DDCA 1JJ1A 1JUGA 1BB6A 4B4IA 2YBLA 1LSMA 3T6UA 5FDJA 2WARA 3AGIA 1VATA 1GBWA 3T36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
181LA 1YILA 3N9AA 2EIZC 1T8GA 4W51A 1AKIA 1ZURA 5F9XA 1LJKA 2Z2FA 1IY3A 4NWHA 1L35A 3SB8A 2Z39A 177LA 2MEAA 3GUPA 1IC7Y 4LYMA 3A90A 4N8ZA 1EQ4A 1GE1A 1QSBA 2G4QA 4DD2A 1G06A 2DKVA 2BQIA 2Y8PA 4H9IA 2ZIJA 4NGWA 149LA 4ARLA 1PQIA 1LJGA 142LA 4UWVA 2BQLA 4W53A 1GB5A 4YXAC 4HV1A 250LA 3C7YA 3DN0A 4H9HA 1CJ8A 4EKPA 1PS5A 3B72A 4NIJA 1L0KA 1JWRA 4Z41A 1B7MA 2YBMA 1GBZA 4DQ5A 1B5UA 2RB0X 5B1FA 4H93A 2H9JA 2RB1X 145LA 1OWZA 1LMPA 1KXYA 1T97A 1JHLA 2HEAA 146LA 1FLYA 3TXBA 1L68A 217LA 1JKBA 1G1VA 2FBDA 222LA 2BQJA 1P7SA 1LTMA 1BWHA 1FLWA 1BVXA 1XGPC 1LSZA 4BS7A 1A4VA 2MEIA 1G07A 165LA 2VB1A 4R6CA 4WOAA 190LA 231LA 4AXTA 1HELA 1GF4A 4ZEEA 3RZ4A 225LA 4H9AA 3A6BY 2B72A 4ARMA 3RU5A 4ARPA 234LA 138LA 1I1ZA 4DD7A 1GDWA 2HEFA 4GLAA 158LA 5D5CA 1T3PA 183LA 1V7TA 3WUMA 224LA 5DL9A 4ETDA 1LSGA 3WULA 5F9UA 109LA 2IFFY 1L44A 1L67A 4OW1A 1L93A 3OE0A 4I7MA 253LA 3J6KA 3CT1A 3GXRA 1CU5A 1JTTL 5C6LA 4RW2A 172LA 1VDQA 4DYGA 1LYGA 198LA 4DT3A 1L37A 4TSCA 1GDXA 1UIAA 1OV7A 1LYHA 113LA 4OOOA 1QTCA 1C61A 2Z6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GFA A;  2A7F A;  1YIL A;  3N9A A;  4NHT A;  1D0M A;  2EIZ C;  1KIQ C;  4CFP A;  1AKI A;  1DQJ C;  2ZNX Y;  5I5Q A;  5F9X A;  4HJY A;  4U3X B;  1LJK A;  4N1C C;  2Z2F A;  9LYZ A;  1B2K A;  5KXO A;  1IY3 A;  4NWH A;  4WL7 A;  1IX0 A;  2BLX A;  4ETA A;  1UBZ A;  193L A;  1RE2 A;  1T6V L;  1IOR A;  3B0I A;  3QY4 A;  2Z39 A;  2C8P A;  1LCN A;  1DXJ A;  2MEA A;  1IP1 A;  2D4K A;  4LT0 A;  3WW6 A;  1BWJ A;  1GWD A;  4WLD A;  1IC7 Y;  4LYM A;  5HMJ A;  3A90 A;  1LKS A;  4XAD A;  4N8Z A;  1EQ4 A;  4HPI A;  4WM1 A;  1GE1 A;  1QSA A;  1ZVY B;  3ZVQ A;  1E8L A;  2G4Q A;  1GFK A;  4DD2 A;  2DKV A;  2BQC A;  4XJI A;  3ULR A;  3OK0 A;  2GV0 A;  2BQI A;  2Y8P A;  4H9I A;  2ZIJ A;  4NGW A;  1IWX A;  4DC4 A;  1J1P Y;  4TSB A;  3WUA A;  1YAO A;  1OUC A;  5EBH A;  5FEK A;  4ANR A;  1LJ4 A;  1B5Y A;  3W6A A;  1LJG A;  4LFX A;  4UWV A;  2BQL A;  1ALC A;  4NGZ A;  1GBY A;  4HJZ A;  1QTE A;  3MGW A;  4NGK A;  1GB5 A;  1I20 A;  3G3A B;  4HV1 A;  4NHQ A;  2DBT A;  2Z37 A;  1JEF A;  1NF5 A;  1QIO A;  4H9H A;  4H9C A; 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 2EQL A;  4WM6 A;  4WM3 A;  1A2Y C;  3LYT A;  1F6R A;  4GCE A;  4NFV A;  1GXV 2;  1YL0 X;  2MEB A;  3TXG A;  1ZVH L;  3CT0 A;  5KKI A;  2YBN A;  2BQK A;  2DQG Y;  4YEO A;  3TMX A;  1C10 A;  1GD6 A;  4LZT A;  1YAQ A;  3TMW A;  3TXI A;  3IJU A;  4PRU A;  5LA8 A;  1JTO L;  5FST A;  5LAG A;  1DKJ A;  4WG1 A;  2BQA A;  1GFG A;  1CKF A;  1GFT A;  3WPJ A;  1JJ3 A;  5FHW A;  4N1E I;  5A3Z A;  2ZIK A;  3RT5 X;  1CJ6 A;  1GB2 A;  3A3Q A;  4BAP A;  5ILF A;  1JKA A;  1BGI A;  1RI8 B;  2YBI A;  4PRQ A;  4XJF A;  3WVY A;  4H91 A;  4UWU A;  4H8Z A;  4WO6 A;  1BWI A;  7LYZ A;  1UAC Y;  5APE A;  2DQC Y;  1C46 A;  4I8S A;  1FLQ A;  5JEN B;  2F4G A;  2DQD Y;  3WU9 A;  2W1M A;  4NSI A;  2HEC A;  4NWE A;  5F14 A;  1LJ3 A;  1IP3 A;  1QUT A;  2FYD A;  4J7V A;  4H8X A;  1C45 A;  1EL1 A;  4W96 A;  1W08 A;  2D4J A;  1YAP A;  2ZQ3 A;  4N5R A;  3ATO A;  4R0F A;  4GN4 A;  1IOC A;  2F30 A;  4WL6 A;  8LYZ A;  194L A;  3D9A C;  1CKH A;  1C08 C;  1C7P A;  1XGT C;  2BQF A;  3AZ7 A;  5I53 A;  4HJV A;  1ZV5 L;  1VDP A;  4B4E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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