4XJBA

X-ray structure of lysozyme1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xjbA00
4J1BA 4ETCA 2Z37A 1BB6A 1TEWA 2C8PA 1B5WA 1AT5A 2DBTA 1F0WA 2ZYPA 4G4BA 1EQ4A 4I8SA 1T6VL 2BQMA 2LYMA 2D6BA 4DD3A 4D9ZA 5KXNA 2MEFA 1UICA 1BB5A 3BKHA 4H94A 5L3HA 4CHXA 5KKIA 5M1YA 1VAUA 1IP7A 4OOOA 1LMOA 8LYZA 5LXWA 5APDA 1AT6A 4G9SA 4NWEA 4ETDA 1G7JC 1ZV5L 1LPIA 1WQPA 2Q0MX 1LOZA 4H8YA 4C5FA 4ZFPA 4NHQA 3P4ZA 4Z46A 1GBYA 3AGIA 4P2EA 5LIOA 1HC0A 1LJFA 3WUAA 5B1FA 4ML7A 3WW6A 4TWSA 3EO5A 3WU7A 4HJVA 4GN4A 4GCFA 1GFEA 3MGWA 5APFA 2Z39A 1G7LC 1NF5A 2HEFA 4M4OA 1DPXA 5KKJA 4KXIA 4WG7A 1IO5A 1GB8A 2IHLA 2ZYCA 3D3DA 1YL1X 1LZAA 2DKVA 2DQGY 4NG1A 4AGAA 3SP3A 5DL9A 3A8ZA 4M6DA 1UIAA 1KXXA 4WG1A 4RW2A 2DQCY 1IP1A 4AXTA 2MEHA 1JJ0A 6LYZA 5LVKA 1HELA 1VDSA 1JTTL 1LZBA 4II8A 1LJIA 4GLAA 4H91A 2CJLA 4WO9A 4Z41A 1LZ8A 4ETEA 1HFZA 1VDQA 1OUAA 2YBHA 2I6ZA 1HEWA 5IHGA 5K7OA 4HV1A 1G7IC 1IWXA 1GHLA 1JSFA 2EQLA 1IP5A 1WTNA 3OK0A 1B0DA 5C6JA 5L9JA 1YAOA 1XGPC 4Z98A 4ETBA 1LSGA 1LZ5A 3CT0A 4DD9A 1RI8B 2ZIKA 2EIZC 5LA8A 5KXXA 1WVVA 4OWAA 3WL2A 1REMA 1KXWA 1HEOA 1B5ZA 1BVKC 1GB9A 4PRUA 1C7PA 5B05A 3AW7A 1BQLY 4WMGA 5I53A 2BQKA 3AZ6A 4B4EA 3W6CA 1D9UA 3OJPA 4H1PA 4B49A 2YBIA 1OUJA 4DYGA 5FSTA 4XJBA 4IASA 2FYCA 1W6ZA 2DQEY 4RLNA 2Y8PA 3IJVA 4Z3MA 1QUTA 4WLDA 4DD1A 2Z19A 5D5CA 2C8OA 2CGIA 1AKIA 4PPOA 4GCEA 1WTMA 7LYZA 1BB4A 4WM6A 1LJ4A 1LSMA 4NSGA 1NHEA 4R6CA 1FN5A 1LSZA 4OWEA 5B06A 1NDGC 1QDRA 3W3EA 4WL6A 1LHMA 1QTEA 1B7MA 5C6LA 2G4PA 2A7DA 3A3QA 1GFJA 5IELA 4OWHA 1HHLA 1LHIA 5E4PA 1GF4A 2HECA 2ZQ3A 4NFVA 1G7MC 3AZ5A 1ZMYL 4EMNA 1CJ9A 1GE4A 1ALCA 1D6QA 1GB7A 4NEBA 1YROA 5FDJA 3CT1A 5KY1A 4C3WA 4HJYA 4NSIA 1LZ1A 2BLXA 1IP2A 1LJKA 1QTKA 1LZRA 3B0OA 1JJ3A 1GFGA 1IWZA 1IY4A 1PS5A 3TMUA 3TMXA 4UWNA 3HBDA 2G4QA 2Z12A 3CB7A 4O34A 4NGLA 4XENA 4ET9A 4CJ2A 4GN5C 2HU1A 2LHMA 4MCKA 1OUFA 2W1LA 1UIHA 2H9JA 1BWJA 1UC0A 3W6DA 3A3RX 1UA6Y 2BQBA 4IATA 4LYOA 3WULA 1ZVHL 1LJGA 4H9EA 5LVIA 4BADA 1LMQA 1V7SA 1TCYA 4WOAA 2H9KA 1B5XA 1KXYA 4XJHA 132LA 1LHHA 2YSSC 4YM8A 3ATOA 4LYTA 1IVMA 1HEQA 2YBLA 4RDSA 2MEAA 1HEPA 1WQMA 4J1AA 1LZSA 1B7OA 3WVYA 1JKBA 4WO6A 1DQJC 3CSZA 2GV0A 1IC5Y 3LZ2A 3TXKA 4HTQA 5KXZA 133LA 1LHJA 3TXBA 4QY9A 4LFXA 1GBXA 2DQFC 3G3AB 4N0JA 1BGIA 1T3PA 3N9EA 4LYMA 3P65A 4TX7A 4NGOA 1ZVYB 3TXDA 3ULRA 5HLLA 1B7LA 3D9AC 3F6ZA 4FJRA 1INUA 4ET8A 2HUBA 3A95A 3RNXA 4B4JA 2BQOA 1DKJA 1FLYA 1GFKA 1XFPL 3AB6A 3ATNA 2EPEA 3AW6A 1GFAA 2BQGA 2MEDA 2Z18A 1XEKA 2Z2FA 5KXYA 5C6IA 3ZEKA 1QSAA 1HNLA 5LYTA 1B9OA 3VWOA 5JENB 4W94A 3AYQA 2FYDA 5DLAA 4NHTA 3T36A 4BAFA 1RE2A 3G3BB 4IJ4A 1BWHA 1OUCA 1IR7A 1HSXA 1IORA 4J7VA 4DD7A 2DQHY 5HNLA 1G7HC 4XJDA 1JPOA 1GAZA 1DZBX 1LYYA 9LYZA 1LSAA 1IC7Y 1XEJA 4BAPA 1GF6A 1C46A 3B6LA 3P66A 4CFPA 3B72A 3WUNA 4HV2A 4XJIA 1LYSA 1GF9A 4NGKA 1PZYA 1QQYA 1IOQA 1OUGA 4MSTA 1GPQC 1RFPA 1GE3A 4YOPA 1LSBA 1LKSA 1LZDA 1B7NA 2HEEA 1IP4A 1YIKA 2W1XA 4H92A 1H87A 4H8XA 5APCA 1DKKA 1GWDA 1YKYX 1LMTA 1JTPL 5LVGA 4H9CA 2I26L 4NGVA 1UBZA 4WLXA 3A6CY 5HNCA 5B59A 2HEAA 4H9AA 4XADA 3WUMA 2DQIY 2A7FA 2BLYA 3N9CA 4LT1A 1F10A 4PGJB 4LYZA 1D0MA 5ILCA 4NGZA 1O23A 2LYOA 4LT0A 2D4KA 1JKDA 4TSBA 3RZ4A 1AZFA 1NDMC 5KXLA 1CKFA 3J4GA 1P2CC 3E3DA 4NHIA 3W6EA 3WXTA 4DD0A 4QEQA 3HBHA 1J1OY 1C43A 1XGRC 1REYA 2FBDA 153LA 3A96A 4XJGA 193LA 1GXV2 1RJCB 5DN5A 4H9BA 3GXRA 2ZNXY 4H8ZA 4XYYA 5D5FA 1CJ8A 1C08C 2EKSC 3AJNA 1XGQC 4BS7A 4WM1A 1CKCA 4WLYA 2YBMA 1LJEA 1NBYC 1VDTA 2DQAA 1B7QA 1TDYA 3P64A 1GE2A 4R0FA 1MELL 1QDTA 2BQCA 2ZWBA 1LZ4A 1CKDA 1GDXA 4G4CA 3T6UA 1B5VA 1LJJA 2LYZA 4OWBA 1QUSA 2BAAA 4RLMA 3WW5A 1JISA 3A34A 4NHSA 5LYMA 1UIFA 1IWVA 1GBSA 1GFRA 5DN4A 2MEIA 4OWCA 4TSCA 1REXA 1QIOA 3TXFA 1LJNA 1LZTA 4X3BA 1I1ZA 4CGEA 3WPLA 2ZIJA 4NY5A 1IR9A 1FBIX 154LA 4OW1A 1KIRC 1JEFA 1LZCA 1NMMA 2BQJA 1EQ5A 5FHWA 1V7TA 1SLYA 1XGUC 2BQIA 2HEDA 2W1YA 4HPEA 4LZTA 4XN6A 4ANRA 1JIYA 2VB1A 5LA5A 1VATA 4KT3A 2NWDX 4LFPA 1GEZA 3A90A 4NGYA 2ZQ4A 3TXHA 2BQAA 1GFUA 3EBAB 1J1PY 1VFBC 1B2KA 3IJUA 4NGJA 1BWIA 1JSEA 1UIDA 1LMCA 3J6KA 3LYTA 2YBJA 4YF2A 2DQJY 4G49A 1D6PA 4B4IA 1FLQA 194LA 1HMKA 1JUGA 3A92A 5FELA 1C45A 5LAFA 2ZNWY 1GF5A 1C10A 4CFOA 1JWRA 1N4FA 2MEGA 1QSWA 4H9FA 4QDNA 1DXJA 4WM3A 4FDYA 1D0LA 1EQEA 1OQMA 1GXXA 3AGGG 1GDWA 4WM2A 1LSYA 2BQLA 3A94A 1CKGA 1IP3A 2N5ZA 1XSFA 3FI7A 5F9XA 4GCCA 5II3A 1CJ7A 1JKCA 1GBOA 2XBRA 1FLWA 3LYMA 4DWXA 1XEIA 1GEVA 1UACY 2DQDY 1JITA 4PHIA 1YAMA 2LZ2A 1HMLA 2LZTA 1KIQC 1HERA 1NBZC 4WL7A 3FE0A 4H9IA 1B7SA 5KXWA 1GAYA 5LVJA 4NWHA 5T3FA 1GFVA 4NGIA 1UCOA 2HU3A 5EBHA 1J1XY 2BQFA 2W1MA 1KIPC 1A2YC 4PJ2C 4W96A 4U3XB 4L41A 1HFXA 1LAAA 1JJ1A 5I54A 5KXTA 2ZILA 1YANA 1SQ2L 5B07A 3A67Y 4KL7A 1AM7A 3A91A 4HP0A 2AUBA 1IR8A 1WQRA 4QGZA 4KPMA 4NIJA 1DI5A 2F4GA 1JHLA 3WU8A 2Z2EA 5F81A 6LYTA 1F6SA 4G4HA 5I4YA 4HTKA 5B1GA 4DDAA 1MLCE 5L3IA 1XGTC 4H90A 2FBBA 4N1EI 3WVXA 3GXKA 1F6RA 2XJWA 1IC4Y 1LSNA 1OUDA 3AZ7A 3LYOA 3TXEA 5J7CA 2BQEA 1HFYA 1GBZA 4LT2A 2HEBA 5KXSA 1BVXA 3LYZA 2BQDA 4I0CA 5HQ1A 1LSFA 1IOSA 4ZEEA 5F16A 4GCDA 4ZIXA 1CJ6A 1GF3A 5LVHA 1DPWA 3WMKA 1IWTA 4GCBA 4A7DA 2D4JA 3QNGA 1UIGA 5I4XA 2YBNA 1FKVA 3P68A 5AMYA 1LHKA 1VEDA 4NHPA 2WARA 1LZGA 1NKHA 3WH1A 2RSCA 1JTOL 4NGWA 3KAMA 4YEOA 5HMJA 3ZVQB 1IWYA 1LZ6A 1LYOA 2Z38A 1IOCA 4NG8A 3LN2A 3QE8A 5A3ZA 4XJFA 1LZNA 1LSDA 1YILA 2CDSA 4J0LA 1B7PA 1GE0A 2B5ZA 2H5ZA 2MECA 4HTNA 5I5QA 4DT3A 4LYCA 4LT3A 1W08A 4HPIA 2D4IA 1GB2A 1UIEA 5KXMA 1WQNA 2YDGA 3AGHA 1GF0A 4RW1A 1GF8A 1YL0X 4N9RA 4N8ZA 3WPJA 1BB3A 1IWUA 2MEEA 3RW8A 4YENA 4B1AA 1H6MA 5LINA 2BQHA 5FEKA 1DI3A 1LZ9A 1GFHA 1CNSA 1LKRA 1OUIA 2I25L 3BKVA 3CQLA 1YAPA 134LA 2CWIA 4HJZA 5LYZA 4N1CC 5F9UA 5LAGA 1DI4A 1YKZX 3ZVQA 5FCPA 3M3UA 1Z55A 5ILFA 1GFTA 1JKAA 3TXGA 1IP6A 1HF4A 2MEBA 2XBSA 3N9AA 1LHLA 4NSJA 1LZEA 3A6BY 3TMWA 3TXIA 3RU5A 5I4WA 4WLTA 1I56A 1LJHA 5KJ9A 1LCNA 3WPKA 3CSQA 1LMNA 1IIZA 1GE1A 1IEEA 1FDLY 2PC2A 1IX0A 2X0AA 3M18B 3EMSA 1YQVY 1FKQA 1LSPA 1HSWA 1IOTA 5KXKA 1HEMA 4GLVA 1YAQA 4OOTA 4MR1A 1LMAA 1OUBA 2G4NA 4WM5A 3W6AA 207LA 4H9HA 1A4VA 1FLUA 4UWVA 1WQOA 1CKHA 5A3EA 1IWWA 5APEA 3IWRA 1D0KA 4UWUA 3CT5A 208LA 5HMVA 3A93A 3TMVA 1B7RA 1GB6A 4LYBA 4H93A 1OP9B 1I20A 1GD6A 4PRQA 4TTDA 2BQNA 3W6FA 1BHZA 1GBWA 5KXRA 3RT5X 2F4AA 4WM4A 4DD2A 4NSHA 1LSCA 4N5RA 3W6BA 1YKXX 3WXUA 5KXOA 1LSEA 2XTHA 5E9RA 3WU9A 4ETAA 4TUNA 2D91A 3B0KA 4E3UA 1HENA 1UUZC 3AZ4A 4HSFA 3EXDA 135LA 1EL1A 1RCMA 4DC4A 1TBYA 3HFMY 1LMPA 1NQIA 1OUHA 1GB5A 4B0DA 1WVUA 1LJ3A 3B0IA 2HTXA 4EOFA 1BB7A 5IDDA 1GB3A 1GF7A 1NWGA 2F30A 1GB0A 1LZYA 1REZA 1OUEA 5KXPA 4DDCA 1E8LA 3CSRA 4YEMA 1B5YA 1WQQA 5DM9A 4GN3A 3LHMA 3K3TA 2BPUA 2YVBA 2IFFY 3TXJA 3WYHA 3QY4A 5F14A 1LTMA 3LZTA 1VDPA 1B5UA 1IY3A 1UIBA 4LGKA 1TAYA 2F2NA 3HBEX 1LYZA 4DDBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5WA 1AT5A 4I8SA 214LA 1EPYA 4GBRB 5KXNA 5KKIA 5M1YA 4OOOA 1LMOA 3EMLA 1AT6A 4NWEA 4ETDA 1LPIA 4H8YA 4ZFPA 3JR6A 5LIOA 1C65A 1SX7A 3RZEA 3WU7A 4HJVA 4GN4A 1GFEA 2HEFA 4M4OA 4KXIA 1XEPA 1L74A 2DKVA 1LZAA 4NG1A 4WG1A 260LA 2DQCY 4AXTA 2MEHA 2OU9A 213LA 1KY0A 1JTTL 4II8A 2CJLA 4WO9A 1G0PA 4E97A 4ETEA 1OUAA 2YBHA 1G7IC 1IWXA 1JSFA 1IP5A 3D4SA 1YAOA 4PK0A 4DD9A 1RI8B 1L99A 5KXXA 253LA 1CV5A 4DAJA 171LA 1GB9A 4PRUA 5B05A 143LA 234LA 3AW7A 3HTGA 3AZ6A 210LA 3OE6A 184LA 4DYGA 1L66A 5FSTA 4IASA 2DQEY 1QUTA 1L73A 2CGIA 1AKIA 4WM6A 1LSMA 4NSGA 4WL6A 3A3QA 5E4PA 1C6PA 1LWGA 3AZ5A 1L38A 3DN2A 4C3WA 4NSIA 1QTKA 1QT7A 1IY4A 157LA 1PS5A 1L93A 181LA 2HUMA 2Z12A 3CB7A 4NGLA 4ET9A 1L84A 1L35A 2HU1A 2LHMA 2W1LA 1BWJA 3W6DA 4IATA 1UA6Y 1ZVHL 4WOAA 4LDLA 2H9KA 1L14A 4YM8A 2YSSC 2MEAA 1QT5A 250LA 4WO6A 3CDQA 1CX6A 1L05A 4LYMA 3D9AC 1L70A 3F6ZA 4FJRA 1INUA 4LDEA 4B4JA 223LA 3AW6A 2BQGA 2Z2FA 1QSQA 5JENB 1LLHA 4IJ4A 3NY8A 1BWHA 1HSXA 1L39A 123LA 2DQHY 4XJDA 1JPOA 188LA 1GF6A 3P66A 4CFPA 1XJTA 1JTNA 1P5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1B A;  4ETC A;  2Z37 A;  1BB6 A;  1TEW A;  2C8P A;  1B5W A;  1AT5 A;  2DBT A;  1F0W A;  2ZYP A;  4G4B A;  1EQ4 A;  4I8S A;  1T6V L;  2BQM A;  2LYM A;  2D6B A;  4DD3 A;  4D9Z A;  5KXN A;  2MEF A;  1UIC A;  1BB5 A;  3BKH A;  4H94 A;  5L3H A;  4CHX A;  5KKI A;  5M1Y A;  1VAU A;  1IP7 A;  4OOO A;  1LMO A;  8LYZ A;  5LXW A;  5APD A;  1AT6 A;  4G9S A;  4NWE A;  4ETD A;  1G7J C;  1ZV5 L;  1LPI A;  1WQP A;  2Q0M X;  1LOZ A;  4H8Y A;  4C5F A;  4ZFP A;  4NHQ A;  3P4Z A;  4Z46 A;  1GBY A;  3AGI A;  4P2E A;  5LIO A;  1HC0 A;  1LJF A;  3WUA A;  5B1F A;  4ML7 A;  3WW6 A;  4TWS A;  3EO5 A;  3WU7 A;  4HJV A;  4GN4 A;  4GCF A;  1GFE A;  3MGW A;  5APF A;  2Z39 A;  1G7L C;  1NF5 A;  2HEF A;  4M4O A;  1DPX A;  5KKJ A;  4KXI A;  4WG7 A;  1IO5 A;  1GB8 A;  2IHL A;  2ZYC A;  3D3D A;  1YL1 X;  1LZA A;  2DKV A;  2DQG Y;  4NG1 A;  4AGA A;  3SP3 A;  5DL9 A;  3A8Z A;  4M6D A;  1UIA A;  1KXX A;  4WG1 A;  4RW2 A;  2DQC Y;  1IP1 A;  4AXT A;  2MEH A;  1JJ0 A;  6LYZ A;  5LVK A;  1HEL A;  1VDS A;  1JTT L;  1LZB A;  4II8 A; 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 3RU5 A;  5I4W A;  4WLT A;  1I56 A;  1LJH A;  5KJ9 A;  1LCN A;  3WPK A;  3CSQ A;  1LMN A;  1IIZ A;  1GE1 A;  1IEE A;  1FDL Y;  2PC2 A;  1IX0 A;  2X0A A;  3M18 B;  3EMS A;  1YQV Y;  1FKQ A;  1LSP A;  1HSW A;  1IOT A;  5KXK A;  1HEM A;  4GLV A;  1YAQ A;  4OOT A;  4MR1 A;  1LMA A;  1OUB A;  2G4N A;  4WM5 A;  3W6A A;  207L A;  4H9H A;  1A4V A;  1FLU A;  4UWV A;  1WQO A;  1CKH A;  5A3E A;  1IWW A;  5APE A;  3IWR A;  1D0K A;  4UWU A;  3CT5 A;  208L A;  5HMV A;  3A93 A;  3TMV A;  1B7R A;  1GB6 A;  4LYB A;  4H93 A;  1OP9 B;  1I20 A;  1GD6 A;  4PRQ A;  4TTD A;  2BQN A;  3W6F A;  1BHZ A;  1GBW A;  5KXR A;  3RT5 X;  2F4A A;  4WM4 A;  4DD2 A;  4NSH A;  1LSC A;  4N5R A;  3W6B A;  1YKX X;  3WXU A;  5KXO A;  1LSE A;  2XTH A;  5E9R A;  3WU9 A;  4ETA A;  4TUN A;  2D91 A;  3B0K A;  4E3U A;  1HEN A;  1UUZ C;  3AZ4 A;  4HSF A;  3EXD A;  135L A;  1EL1 A;  1RCM A;  4DC4 A;  1TBY A;  3HFM Y;  1LMP A;  1NQI A;  1OUH A;  1GB5 A;  4B0D A;  1WVU A;  1LJ3 A;  3B0I A;  2HTX A;  4EOF A;  1BB7 A;  5IDD A;  1GB3 A;  1GF7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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