4XJGA

X-ray structure of lysozyme b2
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xjgA00
3WU8A 4KPMA 1LSPA 2FYDA 4YF2A 4XJDA 1BWJA 3J4GA 1IWZA 1AKIA 2X0AA 4WLDA 2MEAA 1LJ3A 3G3BB 2DKVA 1NDGC 4B0DA 3SP3A 3CSRA 3G3AB 4NG8A 4GN5C 1AT5A 4DC4A 3HBEX 1INUA 3WW6A 5C6JA 5IHGA 1JKAA 5II3A 5F16A 2DQIY 3TXHA 4CJ2A 3HBDA 1IWWA 2BQGA 4TWSA 4NGJA 1LMAA 1KIQC 1D0LA 1LZEA 1NKHA 1UIFA 2EIZC 2ZNWY 1LMPA 4G4BA 1WQPA 1QSWA 1AZFA 4WM2A 3E3DA 1HMLA 1LYYA 5I5QA 2BQFA 2EQLA 4LT2A 1DI3A 1HENA 3J6KA 1NQIA 1YQVY 2BPUA 3TMVA 4C5FA 1GDXA 4NHTA 1GXV2 5HNCA 2D4KA 1GB5A 3AGGG 1QDRA 3WUNA 1LZ5A 5A3EA 1B0DA 1GB6A 2MEFA 3B72A 154LA 1W08A 1XFPL 4WM4A 1ALCA 1GF7A 1HELA 5F9XA 1J1PY 1LOZA 4KT3A 1LZTA 1GB9A 1XGQC 2LHMA 1B7NA 1B5VA 1GBWA 2WARA 1JTOL 4B4IA 2BQCA 2I26L 4PPOA 2HECA 3OJPA 4DDCA 1IO5A 6LYTA 2Z2FA 2DQDY 1LMTA 3AZ5A 2DQJY 1ZVHL 1IP2A 1NWGA 4H92A 4NGKA 1OUIA 5LA8A 2CJLA 2HEDA 4ETBA 1UUZC 1GE3A 4NGWA 4LZTA 4NIJA 1GB8A 2W1XA 4YEOA 5APDA 5F81A 1XEJA 4LFPA 4WM3A 5C6LA 4OWHA 1HEOA 3WUAA 1JHLA 4N1EI 4NG1A 3WXTA 4DD2A 5KXKA 1GAYA 1B7PA 1XGRC 2DQGY 5HMJA 1IOSA 1DQJC 1IR8A 4LT1A 5KXNA 5HQ1A 2C8OA 1LJHA 2BQOA 3B6LA 1CKHA 2Z18A 4GCBA 1QQYA 4NWEA 1JSEA 3W6EA 1BVXA 3WUMA 3WVYA 5I4WA 2H5ZA 5LVJA 2EPEA 1BB4A 1JKDA 2Z2EA 5KXSA 4H9EA 1IY4A 3A3RX 3W6FA 1IP6A 1QDTA 3M18B 4B4JA 4Z41A 1LHMA 1OQMA 4H94A 1HFZA 5FEKA 1I20A 4M6DA 3WU7A 1BWHA 4B4EA 1TBYA 2XTHA 3CSQA 4XJFA 4G49A 5HNLA 2VB1A 1CKFA 1JJ0A 3TMUA 5L9JA 1MLCE 1GB0A 4H8ZA 4DD1A 4ETEA 1LZ6A 4ET9A 5KKIA 1LJJA 2YBJA 1LKRA 1CJ7A 4N9RA 1F0WA 2BQIA 2YBIA 1YIKA 3EO5A 5KXTA 1C45A 1GD6A 3RNXA 2HU3A 1AT6A 2LZ2A 5DL9A 1IC7Y 132LA 3A6BY 1HEWA 2BQJA 3ZVQB 2Z38A 2G4PA 2LZTA 5KXYA 4WMGA 2MEHA 1N4FA 4MSTA 1EL1A 1HSWA 3W6DA 1CKGA 1GEVA 1LYSA 3AW6A 1YAPA 4NGZA 4RLNA 5LA5A 3N9CA 1VATA 2ZYCA 2F30A 3P66A 5DLAA 3RW8A 3WPKA 4QY9A 1D9UA 1LHJA 153LA 1IWUA 1BHZA 1GE2A 1LSGA 2ZQ3A 1GDWA 1B7OA 1GF6A 1WQMA 2YBMA 134LA 4J7VA 1XGUC 4YEMA 1LAAA 2XBRA 4H9BA 4RDSA 3TXBA 3A34A 4YOPA 4ANRA 4H8YA 2ZYPA 4LYOA 5A3ZA 1RE2A 2HEFA 1RI8B 2A7DA 2EKSC 2N5ZA 4HSFA 1GBZA 4PRQA 4A7DA 4YM8A 5KXXA 4GCEA 4HTNA 1JJ3A 1GE0A 4NGLA 4WL6A 4WO9A 5F9UA 2B5ZA 1WTMA 1BB3A 3RT5X 4ET8A 1HSXA 2Q0MX 4KXIA 4LYZA 1LSMA 1XSFA 4RW2A 1B7RA 1HEMA 1GBOA 1NBZC 1TCYA 1LZRA 7LYZA 4BAFA 4TUNA 1D0MA 4G4HA 4XN6A 1GBYA 1RFPA 1OUGA 5LVGA 2XJWA 1E8LA 2YBNA 4MR1A 4XJIA 1LMQA 1LZBA 1LZCA 4C3WA 193LA 3AJNA 4DD9A 1FBIX 3TXFA 4LYCA 1YAOA 1B9OA 3W3EA 1BB7A 1UA6Y 1IR9A 1WVUA 1Z55A 3F6ZA 1BVKC 2W1LA 1LZSA 1REZA 4HTQA 4DYGA 5IELA 2CWIA 1JKCA 1GB2A 2BQNA 3LZ2A 4OOOA 1YILA 4BS7A 5LXWA 1HHLA 3GXRA 1VDTA 4WLYA 1XGPC 1GB7A 5DM9A 1IWTA 1GFEA 4KL7A 4J0LA 1GFRA 1LZYA 1HEPA 3WPJA 1RJCB 1LHHA 3EXDA 1B5WA 1CNSA 1D6QA 1J1XY 1KIPC 4O34A 4EOFA 5M1YA 4GCFA 5HMVA 3CT0A 1J1OY 4UWVA 1LJKA 1LSZA 1D0KA 3A6CY 1DKKA 208LA 9LYZA 3WH1A 1IIZA 1LJGA 1XEIA 1OUJA 5KXWA 4RW1A 4NGYA 3TXIA 2HEBA 2ZIJA 2MEBA 1LSCA 1REYA 1IOTA 1IP3A 1LZNA 1G7HC 1CKDA 3TMWA 1HNLA 5KJ9A 1REXA 3TXEA 1UIHA 4NHPA 2HU1A 3BKHA 4BADA 1NF5A 1DPXA 1HC0A 1GFGA 2Z39A 3TMXA 4I0CA 1KIRC 1LKSA 5D5FA 5KY1A 4B49A 4G4CA 2I6ZA 2G4NA 4PJ2C 3TXKA 4H9CA 1REMA 2FBBA 4NGIA 1LJNA 1XEKA 4H90A 4DD7A 4NSGA 1VEDA 4YENA 1C10A 1SLYA 3QY4A 4PGJB 1LMCA 4OWBA 2D4IA 4DWXA 2BLYA 2D4JA 4NHQA 5B06A 3WYHA 2LYMA 1GFHA 4H9IA 2YBHA 5T3FA 1NMMA 2D6BA 3CSZA 1VAUA 3IJUA 4XENA 2ZWBA 3EMSA 4U3XB 4E3UA 1WQOA 5DN4A 1GWDA 4H91A 5KXMA 3VWOA 5KXLA 3TXJA 1V7SA 1W6ZA 3A67Y 1LZ1A 1F6SA 3K3TA 4RLMA 1UIAA 4ETAA 1LZDA 3A92A 1GF9A 1C08C 3TXDA 5L3HA 5J7CA 5D5CA 1GE1A 4R0FA 2XBSA 3CT5A 1GF3A 3A94A 4CFPA 1V7TA 1NDMC 4XJBA 1LSEA 3MGWA 1RCMA 2G4QA 1UIBA 1QUTA 1GFTA 1OUDA 1B2KA 2BQHA 4Z3MA 2D91A 2A7FA 1FN5A 3P65A 3B0OA 4AGAA 1IC4Y 4HJYA 1GFKA 1LJEA 5FDJA 4B1AA 1DI4A 1IEEA 3B0IA 1C46A 4HTKA 6LYZA 4WM5A 3RZ4A 2H9JA 4OWCA 1JWRA 4PHIA 1YL1X 5APFA 1YKYX 5E9RA 5B07A 4P2EA 4OOTA 1VDQA 1VFBC 1B7QA 1LZ9A 1WTNA 3LZTA 4DT3A 5L3IA 1GB3A 1NHEA 1VDPA 2BQBA 4D9ZA 5LYMA 2F4GA 1HEQA 2FYCA 207LA 4FDYA 4L41A 1MELL 1JISA 3WW5A 1BB6A 2HUBA 133LA 3OK0A 1UCOA 3ATNA 4TTDA 4UWUA 4XJHA 2Z12A 1IP7A 5LYZA 5HLLA 1BWIA 1IWXA 1B5ZA 3M3UA 1A4VA 1YL0X 3D3DA 1UIDA 1UIEA 4II8A 5K7OA 5DN5A 1WQRA 5KXPA 1GFAA 1OUCA 4WLTA 1GFUA 3LYTA 3P68A 1EQEA 4LFXA 5E4PA 3W6CA 1YAMA 4Z46A 1G7IC 1DKJA 5KKJA 1UC0A 3T36A 3GXKA 2DQCY 2HTXA 2W1YA 1UACY 5JENB 1YAQA 1LZGA 2ZIKA 1UICA 5KXRA 1C7PA 1FLUA 4H1PA 4QEQA 4TSCA 1LSDA 2IHLA 1F10A 2DBTA 4TSBA 1GF4A 1G7JC 1YANA 2DQHY 1DI5A 4BAPA 1LHLA 2BQEA 1EQ4A 1GAZA 2BQDA 3CQLA 4X3BA 5LVKA 3WULA 4PRUA 1B5XA 3D9AC 1WQQA 4H93A 4DDBA 1GHLA 1QTKA 1T3PA 1C43A 2DQEY 2DQFC 2GV0A 3A90A 3RU5A 2F2NA 2MEGA 3AW7A 1GFVA 1CKCA 4UWNA 5LVIA 3FE0A 4DD3A 5LINA 1D6PA 2Z37A 3A91A 2PC2A 1G7LC 1LZ8A 1IORA 3LHMA 1YKXX 1B5UA 1GXXA 1HFYA 2ZQ4A 4QGZA 4H9AA 5KXOA 1EQ5A 2YVBA 1JPOA 1GE4A 3A8ZA 1LMNA 4HP0A 1JTPL 4IASA 1FLYA 3AGHA 4ZEEA 4J1BA 5C6IA 3TXGA 1JIYA 2LYOA 1LZAA 2H9KA 1FKVA 2Z19A 3A95A 1QSAA 2CDSA 2MECA 4ML7A 2Y8PA 3ZEKA 2ZILA 4W94A 1H87A 4HJZA 5LVHA 1I56A 5I53A 3WXUA 1UBZA 1P2CC 4GLVA 1IWYA 1BQLY 2AUBA 1FLQA 3LYOA 4Z98A 4WO6A 3W6BA 1CJ6A 2YSSC 1F6RA 3WU9A 4AXTA 4ETDA 1NBYC 1GF0A 1OUBA 3P64A 1CJ8A 1JJ1A 1GBSA 3HFMY 3P4ZA 1ZV5L 5LAGA 1IOQA 5FSTA 2YDGA 1IX0A 4TX7A 2HEAA 4WM6A 1JTTL 5ILCA 1IY3A 1TAYA 2FBDA 4XADA 1TEWA 2ZNXY 4G9SA 1A2YC 1LPIA 4XYYA 4H8XA 2BQKA 1CJ9A 3QE8A 1PZYA 2F4AA 194LA 1IP4A 5LAFA 4FJRA 2BQLA 1LMOA 5B59A 1FDLY 3B0KA 4H9HA 2MEIA 8LYZA 3ZVQA 4ZFPA 4NFVA 5FHWA 3AZ6A 4ETCA 1LYZA 3AZ7A 1LCNA 2C8PA 1AM7A 1DPWA 4NGOA 1IP1A 4NHIA 1BB5A 1GF5A 2BLXA 3ATOA 5B1FA 4IJ4A 1I1ZA 4I8SA 2BQMA 4GN4A 3WVXA 1QUSA 3BKVA 2BAAA 1GBXA 3WMKA 1ZVYB 3A96A 1LHKA 2CGIA 4N1CC 1FLWA 1GEZA 3A93A 4LT3A 1LHIA 1LJIA 3AGIA 5I4XA 1YROA 3LYZA 5B05A 1B5YA 1QIOA 4CHXA 3CT1A 4NWHA 3AYQA 1OUAA 3LN2A 4WG7A 1IR7A 3LYMA 3W6AA 5KXZA 2NWDX 1LSNA 1YKZX 5FELA 4WG1A 5B1GA 3AZ4A 4CFOA 4NEBA 1LTMA 5LYTA 3WL2A 5FCPA 1G7MC 1OUEA 4HPEA 1B7MA 4OW1A 4NY5A 3A3QA 1PS5A 1OUFA 3FI7A 1GF8A 1LJ4A 4LT0A 1DZBX 4LYBA 4NSHA 5APCA 4EMNA 1O23A 1GPQC 1LYOA 1T6VL 4LYTA 1IOCA 1HERA 1B7LA 1LSFA 4GN3A 1H6MA 4LGKA 1KXXA 1WVVA 4WOAA 4ZIXA 1FKQA 1JUGA 3EBAB 4HV2A 4NSJA 1JEFA 5IDDA 1BGIA 1HMKA 5APEA 1LSBA 1HFXA 4DDAA 4LYMA 3AB6A 3N9AA 1LZ4A 4QDNA 4R6CA 4WLXA 2LYZA 1UIGA 1GFJA 4N0JA 1IP5A 4H9FA 1LJFA 2W1MA 5AMYA 3ULRA 2MEDA 1WQNA 1TDYA 2IFFY 3N9EA 4HPIA 5ILFA 2DQAA 135LA 1IWVA 1OP9B 3IJVA 2I25L 4WM1A 2HEEA 2MEEA 4NHSA 4MCKA 5I54A 4CGEA 3KAMA 4GCCA 1DXJA 2RSCA 1KXWA 4HV1A 1QTEA 1B7SA 2YBLA 4N8ZA 4WL7A 4OWAA 5F14A 4XJGA 3T6UA 2BQAA 5I4YA 1JKBA 1OUHA 3HBHA 4J1AA 4NGVA 1JITA 4N5RA 1VDSA 1LSYA 4NSIA 4IATA 1HF4A 1LSAA 1KXYA 3CB7A 4GLAA 1JSFA 4HJVA 5EBHA 4DD0A 1IC5Y 4OWEA 3QNGA 5LIOA 1SQ2L 1ZMYL 4GCDA 4M4OA 3IWRA 4W96A 1IVMA 1XGTC 3WPLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WU8A 3J4GA 1LYDA 1IWZA 1L81A 2DKVA 2Q9EA 2RBPA 4GN5C 1AT5A 225LA 2F47A 1C67A 1JKAA 3TXHA 1L23A 2ZNWY 1D0LA 1ZURA 4G4BA 2EIZC 3ODUA 3E3DA 145LA 1LYYA 4PJZA 5I5QA 2EQLA 1HENA 4C5FA 1NQIA 2BPUA 4NHTA 1L93A 3B72A 1W08A 1XFPL 1KY0A 1C6PA 3OE8A 2OE7X 2WARA 1JTOL 2BQCA 2I26L 6LYTA 1IO5A 1C6IA 2Z2FA 2LCBA 4H92A 2HEDA 120LA 1C6TA 4LFPA 1HEOA 4NG1A 1GAYA 1DQJC 5HQ1A 2C8OA 3B6LA 1CKHA 3C8RA 1QQYA 1JSEA 227LA 3W6FA 3HUKA 2OTYX 1HFZA 1QT7A 3WU7A 1TBYA 1L98A 1MLCE 1GB0A 2RBNA 1LZ6A 1F0WA 1P46A 2YBIA 1YIKA 1DYFA 1SX7A 2HU3A 1AT6A 2LZ2A 5DL9A 132LA 3A6BY 1HEWA 2G4PA 2LZTA 4MSTA 198LA 192LA 1DYCA 1GEVA 1LYSA 1L49A 1YAPA 5LA5A 1P56A 2F30A 1LHJA 157LA 1BHZA 1GE2A 4W59A 2YBMA 134LA 1XGUC 1L95A 4YEMA 4H9BA 3TXBA 1QSBA 4ANRA 1RE2A 1RI8B 3RUNA 4PRQA 4HSFA 4A7DA 4GCEA 4NGLA 1GE0A 2XQOA 5F9UA 3RT5X 224LA 1DYBA 4LYZA 4RW2A 1NBZC 7LYZA 1T97A 1E8LA 2XJWA 165LA 2YBNA 1QT3A 131LA 3FADA 1LMQA 1LZBA 3AJNA 1FBIX 1L00A 1YAOA 1Z55A 1QT8A 1BVKC 4DQ5A 182LA 1WTHA 5LXWA 1HHLA 3C80A 1XGPC 1GB7A 1JTNA 4KL7A 3EXDA 189LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WU8 A;  4KPM A;  1LSP A;  2FYD A;  4YF2 A;  4XJD A;  1BWJ A;  3J4G A;  1IWZ A;  1AKI A;  2X0A A;  4WLD A;  2MEA A;  1LJ3 A;  3G3B B;  2DKV A;  1NDG C;  4B0D A;  3SP3 A;  3CSR A;  3G3A B;  4NG8 A;  4GN5 C;  1AT5 A;  4DC4 A;  3HBE X;  1INU A;  3WW6 A;  5C6J A;  5IHG A;  1JKA A;  5II3 A;  5F16 A;  2DQI Y;  3TXH A;  4CJ2 A;  3HBD A;  1IWW A;  2BQG A;  4TWS A;  4NGJ A;  1LMA A;  1KIQ C;  1D0L A;  1LZE A;  1NKH A;  1UIF A;  2EIZ C;  2ZNW Y;  1LMP A;  4G4B A;  1WQP A;  1QSW A;  1AZF A;  4WM2 A;  3E3D A;  1HML A;  1LYY A;  5I5Q A;  2BQF A;  2EQL A;  4LT2 A;  1DI3 A;  1HEN A;  3J6K A;  1NQI A;  1YQV Y;  2BPU A;  3TMV A;  4C5F A;  1GDX A;  4NHT A;  1GXV 2;  5HNC A;  2D4K A;  1GB5 A;  3AGG G;  1QDR A;  3WUN A;  1LZ5 A;  5A3E A;  1B0D A;  1GB6 A;  2MEF A;  3B72 A;  154L A;  1W08 A;  1XFP L;  4WM4 A;  1ALC A;  1GF7 A;  1HEL A;  5F9X A;  1J1P Y;  1LOZ A;  4KT3 A;  1LZT A;  1GB9 A;  1XGQ C;  2LHM A;  1B7N A;  1B5V A;  1GBW A;  2WAR A;  1JTO L;  4B4I A;  2BQC A;  2I26 L;  4PPO A;  2HEC A;  3OJP A;  4DDC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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