4XJGA

X-ray structure of lysozyme b2
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xjgA00
1IP4A 1J1PY 3B0KA 5E4PA 1OUIA 1LJEA 4NHIA 3J4GA 1LJ3A 1F0WA 1F6RA 1GBSA 1GHLA 1LZSA 4I0CA 2BQDA 4H9AA 3AJNA 4B49A 3A67Y 5B1GA 3KAMA 1FN5A 1WQNA 2FBDA 2MEEA 1VDQA 1C7PA 1JKDA 3A8ZA 5HNLA 3AGGG 3T6UA 1YKXX 2CJLA 1HFXA 4J1BA 4BS7A 5APCA 1GB2A 1RFPA 3P64A 3WUMA 135LA 1ZMYL 1BQLY 1H6MA 1W6ZA 1FKVA 5LVIA 1B5XA 1UCOA 2DQFC 5LA8A 2BQEA 3ZVQA 2X0AA 1LYZA 1HEPA 1VATA 4NHTA 1LSBA 1UIHA 1HMKA 2EQLA 4ET8A 4KL7A 4WM1A 3WVYA 1GWDA 1B7SA 1IY3A 1GXXA 4TUNA 4DDBA 4PRQA 3A6BY 4DD7A 1IWXA 1XFPL 2BLXA 3A95A 4H8XA 4PPOA 2A7DA 5M1YA 5KY1A 2G4QA 1YROA 3WYHA 1F10A 3WPKA 1IP3A 1DXJA 2F30A 4PRUA 2MEBA 4DD2A 3QE8A 1GB7A 1N4FA 1GXV2 2YBIA 4G4CA 4A7DA 1YKZX 4OW1A 2BQIA 1OUFA 1JKAA 2YBLA 1XGTC 4XJBA 5T3FA 4B4EA 4CFPA 5II3A 5K7OA 4KPMA 3AGIA 3TMUA 1GFTA 1HEWA 4H90A 1ALCA 1HERA 2MEIA 5I4WA 1UBZA 2XBSA 1GFRA 3EO5A 2IHLA 4PHIA 1DI5A 1P2CC 5D5FA 1F6SA 4QDNA 1OUBA 4LZTA 3LZTA 4GLVA 1XEKA 4N8ZA 1LZRA 4N1EI 1VDSA 1FLYA 4H9HA 1LSPA 1GFAA 2AUBA 4X3BA 4H91A 4N5RA 1UA6Y 1WQOA 4WG1A 3WU8A 2FYCA 4XYYA 1BB7A 2MECA 3FE0A 4YM8A 1DI3A 1B7QA 1IWTA 4NGZA 1HHLA 6LYTA 1QSWA 2W1YA 4H9IA 5APDA 3W6EA 5D5CA 3ZEKA 2LZTA 5KXMA 1WTNA 1LSDA 2C8PA 4YEOA 5F16A 1IR8A 1XGPC 1LPIA 2ZNWY 1JPOA 1LYOA 1AKIA 1YKYX 2DQEY 4HV2A 4WM6A 5IDDA 5KXXA 4C5FA 1DQJC 1LJGA 1GFUA 2DQCY 4PGJB 1REMA 2Z19A 7LYZA 2D4JA 1LZ4A 3WXUA 4ZIXA 4TX7A 1I1ZA 1CKDA 1QTEA 4XN6A 1GBYA 3LYOA 3HBDA 1GFEA 1OUAA 1VEDA 5L9JA 4HPIA 3TXIA 3IWRA 1EQEA 4GCBA 3TMVA 2CGIA 4HSFA 3P4ZA 4E3UA 1H87A 2BQLA 1BB4A 4O34A 2ZIJA 1VFBC 4DYGA 4NSIA 1OUHA 5IELA 2B5ZA 1YAQA 1LZGA 2BQGA 2F4GA 4PJ2C 5L3HA 5KJ9A 2HEAA 4NGIA 4LGKA 5KXSA 1B7RA 5FCPA 2PC2A 1RE2A 4N1CC 1GEZA 3RW8A 1IC7Y 5DLAA 4GN5C 4NHSA 5ILCA 1IC4Y 3IJUA 2BQOA 4XJFA 3CB7A 2D6BA 4YENA 1IP1A 1HFZA 1KXWA 2ZNXY 5LVGA 5F81A 1LCNA 4WLXA 1D0MA 1BWJA 1KXXA 3TMWA 2Z2FA 3K3TA 1B5VA 1IR9A 1LZ8A 4IJ4A 4Z41A 4NY5A 4M4OA 1BWHA 1BVKC 4YOPA 132LA 2BQKA 4H93A 4ETBA 1NF5A 3A92A 1NDMC 4GCCA 1HEQA 2YBJA 2Y8PA 1BGIA 2I26L 3A94A 1NBYC 1QUTA 1B7LA 1J1OY 1D9UA 2ZIKA 4Z46A 1GB5A 2HU3A 2Z37A 1XGRC 3SP3A 1LMAA 1UIBA 1XSFA 1QDTA 1QIOA 3CSRA 1REZA 1C08C 3QY4A 4NWEA 4GCFA 1GBXA 1RI8B 4OWHA 1LJ4A 1NDGC 1LZCA 2ZQ4A 1IIZA 1NKHA 1BHZA 3WUAA 4RDSA 4RW1A 5LVJA 4XJDA 3RT5X 1YL0X 2F4AA 1W08A 5C6IA 5LVHA 3WL2A 1CJ6A 1CJ9A 2ZYPA 1GBWA 1GFVA 1BB5A 1KIPC 4OWAA 4TTDA 1V7SA 3WVXA 4DWXA 1JSFA 3A91A 1JUGA 4B4IA 2YVBA 1HSWA 4QY9A 1LZEA 4NGLA 1QUSA 3W6AA 1QQYA 1IR7A 3FI7A 4XJIA 1DI4A 2FYDA 1NQIA 1HEMA 4II8A 4NWHA 4NGWA 2DQAA 3J6KA 4R6CA 5JENB 2HECA 3BKHA 4H94A 3T36A 2BQBA 5C6JA 4HJYA 1LSCA 3TXFA 1B5WA 1DPWA 3HBEX 1WTMA 4TSBA 1GB0A 3CSZA 4WM3A 5B07A 1LMOA 2DQHY 4KT3A 4KXIA 3WUNA 1TDYA 2BQMA 4DD1A 5KXOA 5LYTA 1IEEA 1GD6A 2LYOA 4WLYA 1BB3A 3WMKA 2I6ZA 4RLMA 3AZ7A 1GF7A 1RJCB 3AGHA 1JJ0A 3P68A 207LA 1C46A 5LVKA 2MEHA 3WXTA 2BQAA 4N0JA 4GCEA 1LJIA 4QGZA 1IOQA 1IX0A 4D9ZA 4Z3MA 3VWOA 2D91A 2EIZC 1AZFA 3WPJA 1FBIX 2D4KA 4UWNA 4WO6A 1GEVA 3IJVA 4NSJA 4DD0A 1GFGA 1IWWA 1HEOA 2G4NA 4IATA 4W96A 3QNGA 1XGUC 1RCMA 4AXTA 4HV1A 1JWRA 1NBZC 1NHEA 4BAFA 4WO9A 3N9CA 5EBHA 134LA 4M6DA 2DKVA 4H9EA 1LSFA 1LYYA 4LYTA 5F9UA 1UIEA 5FHWA 4DT3A 4LYZA 4MR1A 3ULRA 1YQVY 194LA 3G3AB 3WH1A 1GB9A 3AZ4A 5HLLA 5B05A 3A90A 3HFMY 5KXNA 1GF3A 1WVUA 1QSAA 3B6LA 1LSGA 1LJJA 1JJ3A 1TEWA 2C8OA 2DQDY 5IHGA 4EOFA 1SQ2L 4LYCA 1YANA 5FSTA 133LA 1ZVYB 3EBAB 2HEEA 3A93A 2LYMA 1GF9A 3W6FA 4LFXA 1E8LA 4B0DA 4HTKA 3OJPA 1IP6A 4OOOA 1IY4A 4FJRA 1B0DA 4OWEA 4G49A 5B1FA 1JSEA 4GN4A 4J7VA 4NGKA 1LKRA 5LAGA 4QEQA 4LT1A 4G4BA 5DM9A 1B7OA 5B59A 1Z55A 1QTKA 3B72A 4UWUA 1I56A 4I8SA 3TXJA 4YF2A 5LINA 4NSGA 3CT0A 1LZNA 1CKHA 3A96A 1HSXA 4WMGA 3G3BB 1GF4A 1UC0A 2W1XA 1LSYA 1DPXA 4XENA 5LXWA 4IASA 1LZ6A 1D6QA 1LZ9A 1O23A 1HELA 5KXWA 1JTTL 1PZYA 1WQQA 2RSCA 1JKBA 1G7LC 4GLAA 4GN3A 3LYZA 1LZTA 3OK0A 5C6LA 4J1AA 2DQIY 5HMJA 3W3EA 2YBNA 9LYZA 1XEIA 4BADA 1LHHA 4NGYA 1GBZA 1GF8A 1LSMA 3W6DA 2D4IA 1HENA 1T6VL 1HFYA 2YBMA 2Z38A 2XTHA 1LZ5A 4ML7A 2XBRA 4GCDA 208LA 2DBTA 1YILA 2Q0MX 5I5QA 3ZVQB 1YIKA 4XADA 1B5UA 1G7HC 4HPEA 4NFVA 4XJHA 1OUJA 1IORA 5DN4A 4HJZA 1IWYA 5HMVA 1GB6A 1B7MA 4DD9A 4ETAA 2BQFA 2BQJA 1KIRC 1LSZA 5ILFA 1VDPA 2LYZA 5FELA 3WW5A 5DL9A 1LHIA 2W1LA 5F14A 1DKKA 5L3IA 2G4PA 2ZYCA 1DZBX 1JHLA 1B2KA 1LHLA 1A2YC 2ZILA 4LYBA 1IOSA 5B06A 2ZWBA 1CKFA 1GAZA 1LMCA 3RNXA 1YAMA 5HQ1A 1AT5A 1BVXA 2BQHA 1DKJA 3AW7A 193LA 4TWSA 1YAPA 1LZBA 3ATOA 4NGOA 5KKIA 3LYMA 5LYMA 4NGJA 2IFFY 1YL1X 3B0IA 1HF4A 3TMXA 5KXPA 1WQRA 2CDSA 3AYQA 3WPLA 1BB6A 4XJGA 3WW6A 5E9RA 4OWBA 1C45A 1MELL 4ETEA 1GFJA 1NWGA 1B7PA 1J1XY 1EL1A 1B7NA 3EMSA 2BLYA 4U3XB 2ZQ3A 1OUDA 1FLWA 2Z2EA 1ZV5L 4WM5A 1GE0A 3LYTA 1IWUA 1GF6A 1T3PA 6LYZA 1TBYA 3CT1A 2Z12A 8LYZA 4H9BA 4CJ2A 1GAYA 1FLUA 1XGQC 1LHKA 1CKGA 4B1AA 4DDAA 3D3DA 3TXDA 2MEFA 4WM4A 4WLDA 2Z39A 2WARA 4NG8A 1LSAA 1D6PA 1WVVA 2BPUA 2HEDA 5APEA 1GDWA 1JJ1A 4DD3A 153LA 1GFKA 1LTMA 1OUEA 3BKVA 1GF5A 3TXKA 1LMPA 4G9SA 2MEDA 4ANRA 1WQMA 1BWIA 1FKQA 1LHJA 1REXA 5KXLA 1B5YA 2HEBA 1OQMA 2BAAA 4AGAA 1LJKA 5I53A 5I54A 1LZ1A 3W6CA 1UIGA 1AM7A 3A3QA 3D9AC 4WL6A 1OP9B 5APFA 4G4HA 4OWCA 1IWVA 3ATNA 1OUGA 1GFHA 4R0FA 5LAFA 2DQGY 4H8ZA 3RZ4A 4NGVA 2EPEA 2DQJY 4NEBA 2HU1A 4HJVA 4ZEEA 4ETDA 4WOAA 2CWIA 2YSSC 4ZFPA 1TAYA 3A34A 3RU5A 2BQNA 4CGEA 4EMNA 1VAUA 1A4VA 1XEJA 4CFOA 3WU7A 4LT3A 154LA 2F2NA 1GE3A 1LSNA 1UIAA 1LSEA 3A6CY 1C43A 1LMQA 4UWVA 3TXBA 1VDTA 4NSHA 5DN5A 1PS5A 4WL7A 5KXZA 4YEMA 1OUCA 1QDRA 1V7TA 1HNLA 4WG7A 2LZ2A 4J0LA 4B4JA 4H9CA 1INUA 4OOTA 1LJFA 1IWZA 5A3EA 5LA5A 1REYA 1LZDA 1IC5Y 1WQPA 1HMLA 1IOCA 2HUBA 4FDYA 5F9XA 1LKSA 3CT5A 3TXHA 1CNSA 5KXKA 4LYOA 1UUZC 1JKCA 3A3RX 3AB6A 4LT0A 5KXRA 4DC4A 1GF0A 1GE1A 4DDCA 1EQ5A 1CKCA 3LHMA 1KXYA 4RLNA 4ET9A 1IVMA 1GE4A 1IP2A 2VB1A 4MSTA 2A7FA 1GB3A 3N9AA 4NHQA 4H9FA 4Z98A 2N5ZA 4NIJA 4RW2A 3MGWA 3E3DA 3AW6A 1B9OA 3EXDA 1SLYA 1EQ4A 1ZVHL 2EKSC 3CSQA 5KKJA 4HP0A 1NMMA 1LHMA 4W94A 4CHXA 1IP7A 2H9JA 4LT2A 4NHPA 5KXTA 4BAPA 1CJ8A 3B0OA 5I4YA 1UIDA 1MLCE 2H9KA 2MEGA 3N9EA 1D0KA 3AZ5A 1LZAA 5FEKA 3GXKA 4HTQA 1G7JC 1GE2A 1LMTA 4L41A 1LJHA 5LIOA 1JISA 2NWDX 3CQLA 3WU9A 1JTOL 5HNCA 5J7CA 3TXEA 4C3WA 4ETCA 4H8YA 3F6ZA 4N9RA 1JIYA 1IOTA 2HTXA 5AMYA 5A3ZA 1YAOA 2FBBA 1GPQC 4WLTA 1LZYA 1TCYA 1G7MC 1LJNA 1UICA 3LZ2A 3P66A 3P65A 4H1PA 1CJ7A 3TXGA 3W6BA 1B5ZA 1IO5A 1FLQA 1IP5A 1GBOA 1LMNA 5FDJA 4NG1A 2MEAA 1KIQC 3GXRA 1I20A 2W1MA 3AZ6A 1LOZA 4MCKA 1JITA 2BQCA 2HEFA 1GB8A 1AT6A 1C10A 1JTPL 2Z18A 2I25L 2XJWA 4TSCA 1GDXA 1D0LA 3M18B 5LYZA 4WM2A 5I4XA 4P2EA 2YBHA 1FDLY 2YDGA 3HBHA 1G7IC 4H92A 4LFPA 1UACY 1LAAA 2GV0A 4LYMA 2H5ZA 2LHMA 4HTNA 5KXYA 3WULA 1UIFA 1HC0A 1JEFA 3LN2A 1LYSA 3M3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP4A 3B0KA 4NHIA 1L10A 1F0WA 1F6RA 1LZSA 4I0CA 138LA 3C7YA 1L40A 249LA 3AJNA 162LA 3KAMA 3A8ZA 1C7PA 2CJLA 1HFXA 1CUPA 4YX7C 1JTNA 3P64A 1ZMYL 1H6MA 160LA 210LA 1DYAA 4NHTA 1UIHA 2QB0B 1GXXA 1QT7A 3A6BY 2B6XA 1XFPL 3HTBA 2A7DA 2F2QA 2NTGA 1F10A 261LA 1IP3A 1L26A 1CU2A 1L63A 1GXV2 2YBIA 1L25A 4G4CA 1OUFA 1L05A 4B4EA 1PQJA 4H90A 2MEIA 1ALCA 3SB5A 5I4WA 1F6SA 1XEKA 3HTGA 1CX6A 1GFAA 3WU8A 1DYEA 1LWGA 1BB7A 4NGZA 1B7QA 6LYTA 5APDA 3W6EA 142LA 2C8PA 5F16A 1XGPC 1JPOA 1LYOA 2DQEY 4C5FA 1GFUA 2DQCY 4PGJB 1P37A 1DYFA 206LA 1OWZA 3LYOA 1L65A 5L9JA 1GFEA 3IWRA 1EQEA 4GCBA 4HSFA 4O34A 4DYGA 161LA 5KXSA 2PC2A 4N1CC 2BQOA 1G0MA 1KXWA 2ZNXY 5LVGA 5F81A 1BWJA 1IR9A 4M4OA 1BWHA 1BVKC 1NDMC 2Y8PA 1JQUA 1QUTA 1B7LA 2Z37A 197LA 1XGRC 1LMAA 1C08C 1IIZA 182LA 1L58A 230LA 3WUAA 4K5YA 1YL0X 2F4AA 4IAPA 1L17A 4OWAA 1BB5A 2F32A 1C6DA 2YVBA 4YXCA 4NGLA 3FI7A 1DI4A 4NGWA 129LA 4EPIA 3BKHA 1DPWA 4TSBA 1G0KA 4KXIA 3DN1A 4DD1A 1IEEA 1D3FA 2F47A 1RJCB 207LA 2MEHA 3WXTA 4GCEA 4QGZA 4D9ZA 1IX0A 237LA 4I7SA 1AZFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP4 A;  1J1P Y;  3B0K A;  5E4P A;  1OUI A;  1LJE A;  4NHI A;  3J4G A;  1LJ3 A;  1F0W A;  1F6R A;  1GBS A;  1GHL A;  1LZS A;  4I0C A;  2BQD A;  4H9A A;  3AJN A;  4B49 A;  3A67 Y;  5B1G A;  3KAM A;  1FN5 A;  1WQN A;  2FBD A;  2MEE A;  1VDQ A;  1C7P A;  1JKD A;  3A8Z A;  5HNL A;  3AGG G;  3T6U A;  1YKX X;  2CJL A;  1HFX A;  4J1B A;  4BS7 A;  5APC A;  1GB2 A;  1RFP A;  3P64 A;  3WUM A;  135L A;  1ZMY L;  1BQL Y;  1H6M A;  1W6Z A;  1FKV A;  5LVI A;  1B5X A;  1UCO A;  2DQF C;  5LA8 A;  2BQE A;  3ZVQ A;  2X0A A;  1LYZ A;  1HEP A;  1VAT A;  4NHT A;  1LSB A;  1UIH A;  1HMK A;  2EQL A;  4ET8 A;  4KL7 A;  4WM1 A;  3WVY A;  1GWD A;  1B7S A;  1IY3 A;  1GXX A;  4TUN A;  4DDB A;  4PRQ A;  3A6B Y;  4DD7 A;  1IWX A;  1XFP L;  2BLX A;  3A95 A;  4H8X A;  4PPO A;  2A7D A;  5M1Y A;  5KY1 A;  2G4Q A;  1YRO A;  3WYH A;  1F10 A;  3WPK A;  1IP3 A;  1DXJ A;  2F30 A;  4PRU A;  2MEB A;  4DD2 A;  3QE8 A;  1GB7 A;  1N4F A;  1GXV 2;  2YBI A;  4G4C A;  4A7D A;  1YKZ X;  4OW1 A;  2BQI A;  1OUF A;  1JKA A;  2YBL A;  1XGT C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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