4XJIA

X-ray structure of lysozymes2
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xjiA00
4RDSA 2ZYPA 4DD2A 5KKJA 1CKHA 4U3XB 194LA 1DPXA 1VDTA 4WL6A 1YAMA 3TXHA 5KXSA 2A7FA 2NWDX 1I20A 1TEWA 153LA 1LJFA 5LA8A 1GE3A 5LAFA 3D3DA 2DQEY 1IWVA 1Z55A 4I8SA 3VWOA 1EQ4A 9LYZA 1GFRA 5APCA 2LZ2A 5L3IA 1IEEA 4YF2A 1B7NA 1YL0X 1IP6A 2HEDA 4XYYA 4LGKA 2HECA 1IWXA 4QEQA 1WQOA 5FDJA 2IHLA 4BAFA 4H93A 2Q0MX 1UA6Y 7LYZA 1LMNA 2BQJA 4H9BA 5KXXA 1J1XY 1LSGA 4FJRA 1MLCE 3ATNA 5FHWA 5KXWA 5ILCA 4NGYA 4GCDA 1GF5A 2MEEA 1REXA 3T36A 2ZNXY 3LYMA 1FBIX 4B0DA 3LYZA 2YBJA 4FDYA 4CFPA 3SP3A 4Z98A 1LCNA 1UICA 4OOTA 5LAGA 3A90A 2F2NA 2HEFA 1RFPA 4GCEA 4WM6A 1DPWA 3A6BY 1JSFA 2HEEA 4TSBA 1B0DA 1QTKA 1IOCA 4HPIA 3ULRA 1HEOA 3K3TA 5KXTA 2BQDA 5T3FA 3WU7A 4NG1A 1LZ1A 3RT5X 4G4BA 1CJ7A 1DZBX 1XGQC 1IC4Y 2G4NA 1UIHA 1LHKA 2HU3A 1DQJC 4IASA 3CSQA 3T6UA 1QUTA 2YBMA 1QIOA 3AGHA 1YANA 4J0LA 1IY4A 1REZA 4J1BA 4H9AA 4DDCA 3WPLA 1KIRC 3WVXA 4RLNA 3W6AA 4A7DA 1D6QA 4H9HA 5HNCA 4LYTA 4E3UA 4ETCA 5LIOA 3WYHA 4RW1A 4Z46A 2VB1A 4XJIA 1B5XA 2AUBA 2D4IA 2FYDA 4OWEA 5KXPA 1C7PA 1LZGA 1G7JC 1SQ2L 1WVUA 4ANRA 1F0WA 2YBLA 3A93A 4GN3A 1LZ5A 1AKIA 5M1YA 1HSWA 3WU9A 2ZIKA 1F6SA 1LZAA 5II3A 4GCBA 3EXDA 4LT2A 1LJJA 3IJUA 4NWHA 3D9AC 1XEKA 5C6IA 1CKCA 4H9EA 1LTMA 5KXKA 4IATA 3WW5A 1OQMA 1YKZX 3WL2A 2DQFC 2LYMA 1E8LA 1UIEA 1D0MA 4IJ4A 1YAQA 2Z12A 3CT5A 3AGIA 1LSDA 4LYZA 3P4ZA 1CKDA 2BQBA 4GLAA 1INUA 1BWIA 1D0KA 2BQNA 3TXJA 4LYMA 2BQFA 2HTXA 1CJ6A 1DI3A 2G4QA 1LZRA 4LYBA 2BQKA 3WPKA 1B5YA 1B7MA 3EO5A 4CJ2A 3LZ2A 1KXWA 3G3AB 4ZFPA 1G7HC 5KXNA 1GAZA 3BKHA 3P68A 4NEBA 4NGZA 5B1FA 3WVYA 3J6KA 4B4JA 1HERA 1IR9A 1LZNA 1UIBA 1A4VA 3N9AA 3N9EA 1IP7A 1GEVA 1IP2A 1ZMYL 2EIZC 5JENB 3P66A 1B7PA 4DD1A 4NGIA 3AZ6A 5IDDA 1WQPA 3B0KA 1UCOA 1B7OA 1DI4A 2LZTA 3AB6A 3LYOA 1GFEA 4WO6A 2ZIJA 2YDGA 1FKVA 3WULA 1HC0A 1IR7A 2EKSC 3KAMA 1JJ1A 1IOTA 3QE8A 1IWZA 1FN5A 1IP4A 1LZ4A 4NSJA 2BLYA 4ETEA 4TWSA 2BQEA 4YEMA 5KXOA 1VEDA 2HEBA 1JJ0A 1GHLA 1G7LC 5LVJA 1TCYA 1LSFA 1WTNA 1IIZA 4NY5A 1IP5A 4H94A 1TBYA 1TDYA 1B7LA 1GF3A 1NQIA 2BQGA 1LSEA 1FDLY 2BPUA 5KKIA 4LFXA 1GF6A 1LSBA 1LYYA 3CB7A 4WM1A 4NHQA 4WLDA 4C3WA 5C6LA 4PRUA 1CKFA 4WLTA 2CWIA 3HFMY 5HMJA 1CNSA 1JJ3A 1DKJA 1ZVYB 1IY3A 1LZBA 1VATA 1LHMA 1GFHA 1YAOA 3A91A 3F6ZA 1LZSA 2FBDA 4H9IA 3TXDA 1BWHA 5LYMA 3AW7A 132LA 1O23A 1REYA 1GBZA 3AYQA 1UC0A 5IHGA 1FLYA 1PS5A 1IO5A 1WTMA 2G4PA 3A8ZA 1LSCA 4WM5A 3W6FA 3A6CY 4J1AA 3A92A 2Y8PA 4MCKA 2F4GA 5AMYA 3G3BB 4CFOA 3BKVA 1AT5A 1HSXA 2YSSC 4KT3A 4NHTA 4NHPA 1YQVY 4MSTA 2XTHA 1GBYA 1YKYX 4I0CA 3W6DA 4WG7A 4HJVA 1C43A 1IWYA 1YAPA 1YIKA 1JKCA 2DQHY 3AZ5A 1NMMA 3GXRA 5B1GA 4G4HA 1LKSA 4UWVA 1LJNA 1OUDA 2YVBA 1GXV2 1LZDA 3A96A 3LHMA 4LT0A 4NSHA 4DWXA 4AGAA 4EOFA 2XBRA 1H87A 1GXXA 1LJGA 4NGVA 5F16A 2BQAA 3WUAA 5LXWA 4TUNA 5I53A 4DD0A 5B05A 3LN2A 5HMVA 4DT3A 4DD7A 3WUNA 4WMGA 1VDPA 1LMPA 1WQQA 1GE2A 4NWEA 2CDSA 1LZ9A 4B1AA 1J1OY 1C08C 1GFTA 1LHIA 1LZCA 1VFBC 3ZEKA 1BB6A 3CSRA 1BB4A 1T6VL 1BHZA 4L41A 1P2CC 1C45A 2BQIA 2MEAA 1LYSA 3W6EA 4ET8A 1BB3A 4GCFA 1GB8A 1LZTA 4Z41A 1CJ8A 1XEJA 208LA 2BQCA 4NHIA 3CT0A 1UBZA 3AGGG 4HTNA 2MEBA 2C8OA 5E4PA 1UUZC 5J7CA 1EQEA 1FLUA 1LJKA 1NKHA 3M18B 4HTKA 4NSGA 1ZVHL 2XJWA 1LZEA 2DQJY 4XJDA 5C6JA 3A95A 4OOOA 1LSMA 1CJ9A 5K7OA 4DC4A 1F10A 2W1MA 5I5QA 1IOQA 1GBXA 4D9ZA 1JEFA 4R6CA 4X3BA 1HENA 4LZTA 1JISA 5L9JA 2Z19A 3LYTA 1HFYA 3HBEX 4WO9A 5LVIA 1AZFA 1ALCA 1G7IC 2Z2EA 5KXMA 4WM3A 4B4EA 1QDTA 4H90A 4M6DA 4KXIA 4ETBA 5F9UA 1OUBA 1WQRA 1GB3A 2LYZA 3TXFA 5A3ZA 1IVMA 2BLXA 4UWNA 4RLMA 5LYTA 3RNXA 1TAYA 4H91A 2D4JA 2YBNA 2B5ZA 1VAUA 1C46A 5F81A 1GB5A 1GB7A 4HV1A 4ETAA 2BQMA 1I1ZA 2DKVA 4N9RA 1GDWA 3HBHA 1BVXA 1B5WA 4HJYA 8LYZA 1B7QA 2Z38A 1GFKA 1LJ4A 1B5UA 2YBHA 5F14A 4NGOA 2BQHA 4H8ZA 1GFUA 4H9CA 1GB0A 1LSAA 2HUBA 5DL9A 4M4OA 4G9SA 4ML7A 4WOAA 1V7SA 2YBIA 1IORA 1JKAA 1OUHA 3CT1A 5LVGA 1B7SA 2RSCA 2D91A 1IOSA 1I56A 4WM4A 4WM2A 1GB2A 1HFXA 5KXLA 4QY9A 5A3EA 1NDMC 1D0LA 1RCMA 4OWAA 1DKKA 1JIYA 4N1CC 1OUEA 2HEAA 4HTQA 4AXTA 4HV2A 1GFVA 2H5ZA 4HSFA 4B49A 5LINA 4MR1A 3FE0A 4PRQA 1PZYA 2ZQ4A 4HJZA 3TXEA 5IELA 4OWCA 3EBAB 1SLYA 3FI7A 2PC2A 1B2KA 3CQLA 1JTPL 4ZIXA 1NF5A 2DBTA 3HBDA 2DQDY 1OUCA 1GAYA 3B0OA 1NDGC 1WVVA 1HEPA 2ZWBA 2FYCA 4XJFA 2ZYCA 4N8ZA 4DD3A 1GE4A 4WLYA 4H8YA 2I25L 3WXUA 1OUFA 4N0JA 2MECA 1LMQA 4HP0A 5B07A 4BS7A 5DN4A 3A67Y 3LZTA 1BB7A 3AW6A 4WLXA 3TXBA 3W3EA 1XGPC 1LHLA 2MEDA 1GEZA 3MGWA 1D9UA 3QNGA 6LYZA 1YROA 1GDXA 4LT1A 4DD9A 4HPEA 5I54A 1MELL 4H8XA 1QQYA 2GV0A 1LMOA 1GF8A 1BB5A 1FLQA 3WH1A 1F6RA 2BAAA 4YEOA 4G4CA 1HFZA 1LZ8A 4W94A 1B5VA 1JTOL 1IX0A 5B06A 4W96A 3A3QA 5LVHA 1FLWA 4GN4A 1EL1A 5KXRA 1HEWA 4Z3MA 1UACY 4NFVA 4DDAA 2WARA 1QSWA 1IC5Y 1OUIA 1B9OA 2MEGA 4H1PA 1XGTC 1B7RA 3OJPA 3A94A 3IWRA 1HEMA 4C5FA 5D5FA 1IWUA 1IC7Y 3WMKA 1HHLA 1GWDA 1UIDA 1HMKA 2H9JA 2IFFY 2Z2FA 2Z39A 4LT3A 5EBHA 4H92A 4J7VA 5I4WA 2Z18A 1W08A 3B72A 1JKDA 5ILFA 1YL1X 5B59A 1GFJA 1BQLY 1DXJA 2MEHA 2W1LA 1DI5A 1LOZA 1OUAA 1JUGA 5APDA 4B4IA 1JSEA 1HF4A 2CJLA 5L3HA 1BWJA 3P65A 4YM8A 1VDSA 1UIGA 1GBOA 154LA 1HELA 2CGIA 1JTTL 4QDNA 1JWRA 1LSNA 4KPMA 4BADA 4P2EA 3J4GA 5F9XA 5APFA 1QTEA 4RW2A 1XSFA 2DQCY 4NIJA 4OWHA 1GF0A 2HU1A 5E9RA 5FEKA 1V7TA 1AM7A 1JPOA 1GFAA 1KIQC 1LJIA 2MEIA 1C10A 3RW8A 4II8A 1GBSA 1IWTA 134LA 2DQIY 1CKGA 2ZILA 1ZV5L 135LA 1LYZA 3WUMA 5LVKA 1YILA 3W6CA 1UIFA 2X0AA 4N5RA 1HEQA 1NWGA 1BVKC 1JKBA 1LMTA 1B5ZA 1GB6A 2FBBA 4H9FA 1BGIA 1LZ6A 1GPQC 4YOPA 3IJVA 4WG1A 2BQOA 1GF7A 1IP1A 207LA 5KY1A 3B0IA 1XGRC 1JITA 1XFPL 5HNLA 2EQLA 4LFPA 4NHSA 1OUGA 3M3UA 1QSAA 1LHJA 3TXGA 3W6BA 5KXYA 2C8PA 1KXXA 1LJ3A 1UIAA 2LHMA 4GN5C 4CGEA 2I26L 4PHIA 4CHXA 1LYOA 1VDQA 2ZQ3A 1WQMA 3CSZA 1T3PA 3RZ4A 1GF4A 1REMA 3TMXA 1AT6A 1LMCA 5D5CA 1H6MA 1OUJA 4NGKA 2A7DA 4G49A 5FCPA 2I6ZA 4YENA 4PPOA 1W6ZA 1GE1A 3ZVQA 2LYOA 2EPEA 4NGLA 3WW6A 1D6PA 4PJ2C 1GF9A 5HLLA 1KIPC 1GFGA 5I4YA 4TTDA 5I4XA 2Z37A 5DM9A 1LJHA 5FSTA 4QGZA 4XJGA 4NGWA 1RI8B 3TMWA 3WPJA 1LZYA 1A2YC 2BQLA 2W1YA 3ATOA 5DN5A 4NGJA 1N4FA 4EMNA 1LSZA 1QDRA 4PGJB 1G7MC 3AJNA 3AZ4A 1FKQA 1XEIA 1LHHA 4OW1A 1NHEA 3WU8A 3TMUA 4GLVA 3B6LA 3RU5A 1NBYC 3N9CA 4ETDA 3A3RX 4NSIA 5APEA 2MEFA 3TXIA 3WXTA 4O34A 2D6BA 4XJHA 4XJBA 5LA5A 2W1XA 1GD6A 1HMLA 6LYTA 4DYGA 1RE2A 2D4KA 1NBZC 1LJEA 1LSPA 3AZ7A 1LAAA 1J1PY 1LPIA 1YKXX 2F30A 5FELA 5KXZA 1GE0A 1LSYA 3EMSA 1IP3A 4XN6A 3TXKA 4TSCA 5DLAA 3ZVQB 3OK0A 4GCCA 1IWWA 4LYCA 1GB9A 2F4AA 1JHLA 2XBSA 4KL7A 1WQNA 4NG8A 133LA 4DDBA 3E3DA 5LYZA 1RJCB 4BAPA 1XGUC 3QY4A 1GBWA 1QUSA 4UWUA 1KXYA 1HNLA 3A34A 4LYOA 4OWBA 2DQAA 2H9KA 1LMAA 4N1EI 3GXKA 1LKRA 3TMVA 4XENA 1IR8A 4TX7A 4ET9A 1OP9B 4XADA 4ZEEA 2DQGY 5HQ1A 2N5ZA 193LA 2ZNWY 3P64A 5KJ9A 4WL7A 1EQ5A 4R0FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L80A 194LA 1PQOA 2LCBA 4I7KA 2A7FA 1I20A 185LA 1KS3A 1LJFA 3DKEX 1Z55A 3VWOA 1EQ4A 2O79A 5APCA 1B7NA 247LA 4XYYA 3GUMA 1C64A 4BAFA 1LSGA 3HUQA 4FJRA 5ILCA 4GCDA 3T36A 2MEEA 1REXA 3LYMA 4B0DA 3LYZA 4YX7C 3OE9A 1LCNA 4I7OA 4OOTA 2F2NA 4GCEA 4WM6A 1JSFA 4TSBA 233LA 3HDFA 4HPIA 118LA 183LA 1PQKA 3K3TA 4EXMA 3RT5X 1L53A 3CSQA 2OE4X 4J1BA 3OE0A 138LA 1KIRC 1D6QA 1G0QA 4H9HA 259LA 4E3UA 2VB1A 1LZGA 1WVUA 1F0WA 1LZ5A 5M1YA 217LA 5II3A 2QARC 4LT2A 4NWHA 3D9AC 3HT6A 1C61A 1L93A 1QUOA 3WW5A 1OQMA 1YKZX 2DQFC 2LYMA 3GUOA 4DQ5A 1C6NA 2RB2X 1ZURA 2BQBA 1INUA 1P64A 3EO5A 3J6KA 2F2QA 3HH3A 3N9EA 1IP2A 3RUNA 1SX7A 3P66A 3GUNA 4NGIA 3B0KA 222LA 1C60A 1DI4A 2LZTA 1GFEA 2YDGA 1FKVA 1P5CA 1HC0A 129LA 1JJ1A 4ARPA 1LZ4A 1CUPA 4NSJA 4TWSA 1IIZA 1IP5A 4I7NA 4H94A 1TBYA 1L17A 1B7LA 1LSEA 4LFXA 3CB7A 3NY8A 5C6LA 4WLTA 3HTFA 3HFMY 1PQMA 1L86A 1IY3A 1ZVYB 1LZBA 1VATA 1LHMA 2OE7X 139LA 3F6ZA 4H9IA 239LA 1REYA 1GBZA 1UC0A 1FLYA 3W6FA 1OV7A 3A92A 2Y8PA 2F4GA 5AMYA 1L91A 4CFOA 1HSXA 2YSSC 4I0CA 112LA 1C43A 3AZ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RDS A;  2ZYP A;  4DD2 A;  5KKJ A;  1CKH A;  4U3X B;  194L A;  1DPX A;  1VDT A;  4WL6 A;  1YAM A;  3TXH A;  5KXS A;  2A7F A;  2NWD X;  1I20 A;  1TEW A;  153L A;  1LJF A;  5LA8 A;  1GE3 A;  5LAF A;  3D3D A;  2DQE Y;  1IWV A;  1Z55 A;  4I8S A;  3VWO A;  1EQ4 A;  9LYZ A;  1GFR A;  5APC A;  2LZ2 A;  5L3I A;  1IEE A;  4YF2 A;  1B7N A;  1YL0 X;  1IP6 A;  2HED A;  4XYY A;  4LGK A;  2HEC A;  1IWX A;  4QEQ A;  1WQO A;  5FDJ A;  2IHL A;  4BAF A;  4H93 A;  2Q0M X;  1UA6 Y;  7LYZ A;  1LMN A;  2BQJ A;  4H9B A;  5KXX A;  1J1X Y;  1LSG A;  4FJR A;  1MLC E;  3ATN A;  5FHW A;  5KXW A;  5ILC A;  4NGY A;  4GCD A;  1GF5 A;  2MEE A;  1REX A;  3T36 A;  2ZNX Y;  3LYM A;  1FBI X;  4B0D A;  3LYZ A;  2YBJ A;  4FDY A;  4CFP A;  3SP3 A;  4Z98 A;  1LCN A;  1UIC A;  4OOT A;  5LAG A;  3A90 A;  2F2N A;  2HEF A;  1RFP A;  4GCE A;  4WM6 A;  1DPW A;  3A6B Y;  1JSF A;  2HEE A;  4TSB A;  1B0D A;  1QTK A;  1IOC A;  4HPI A;  3ULR A;  1HEO A;  3K3T A;  5KXT A;  2BQD A;  5T3F A;  3WU7 A;  4NG1 A;  1LZ1 A;  3RT5 X;  4G4B A;  1CJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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