4YEMA

Carboplatin binding to hewl in nabr crystallisation conditions studied at an x-ray wavelength of 0.9163a - new refinement
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallography and chemistry should always go together: a cautionary tale of protein complexes with cisplatin and carboplatin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yemA00
1LSFA 1UIBA 4HPEA 1LMAA 3IWRA 4YEOA 1LZAA 3WU8A 3ZVQB 1G7HC 1LJHA 5B07A 1H87A 1JTOL 4NGIA 1MELL 1JTPL 5HNCA 1UIGA 4XJIA 3TMUA 4ETEA 4NFVA 1PZYA 4Z3MA 4G4BA 1FLYA 3AJNA 4DD3A 3WXUA 5HNLA 1D6PA 3CT0A 4PGJB 3J4GA 4TSBA 1LAAA 1QDTA 5AMYA 5KXNA 1GXV2 2HU1A 4TWSA 5HMJA 2D91A 1ZMYL 1IP1A 4NHTA 4YOPA 4G9SA 4YEMA 4LYBA 2BQEA 3TXKA 4A7DA 1LSCA 3TMXA 2CDSA 1FN5A 1WTNA 3ULRA 1LJ3A 1F0WA 5IDDA 2LYZA 1JJ3A 1OUAA 4ETCA 5B59A 3KAMA 1GFRA 1FKQA 4GN3A 3WUMA 3AW7A 4PRUA 4TTDA 1VAUA 4XENA 3BKVA 5K7OA 5LA8A 5LVHA 1B9OA 4B4IA 1GFHA 1WVVA 4E3UA 2A7DA 3A8ZA 194LA 1RCMA 1HC0A 1XGUC 2BQDA 1W6ZA 4CGEA 1LYZA 1YL0X 4NGWA 4LT2A 1OUHA 1GD6A 2HU3A 4NWEA 5C6JA 3CB7A 4NSIA 1HFZA 3A94A 3WW5A 1BHZA 4YENA 2BQMA 1JTTL 4LGKA 1UICA 1LJNA 1VDSA 1J1OY 2A7FA 1GEZA 2F4GA 1B5UA 1GPQC 1WTMA 2Z2EA 4H9AA 4QDNA 5II3A 1E8LA 1XFPL 4WL7A 1YL1X 1HMKA 4H92A 1NQIA 1VFBC 1HFXA 5EBHA 1GFEA 4G4HA 1JISA 5APEA 3CT5A 1LMPA 4R6CA 4XJDA 3QNGA 4II8A 1J1XY 1LTMA 5APFA 4DYGA 1GB7A 1REZA 153LA 5M1YA 5KKIA 1UA6Y 1YAPA 1LSBA 4C3WA 1GAYA 5KXRA 1UCOA 2ZILA 1D6QA 5LVJA 1DI4A 134LA 1LHHA 2YBHA 4YM8A 5J7CA 3ZVQA 1DI5A 5IHGA 2ZNWY 1NF5A 1REXA 1V7TA 1GBXA 4OW1A 4B1AA 3W6FA 1HSWA 1INUA 4HPIA 3WPLA 4N9RA 5KXSA 1YILA 2C8PA 1QSWA 3D9AC 4DWXA 4LYCA 5LYZA 5I4XA 1NKHA 1LSDA 1V7SA 4XADA 1BWIA 1HEOA 3CSRA 1IOQA 1JJ1A 3ATOA 1I1ZA 2CWIA 4U3XB 3N9CA 5LA5A 1A4VA 4DD7A 2LYOA 1IP5A 1LHKA 3WPJA 4QY9A 4N0JA 2GV0A 3W3EA 1RE2A 1LOZA 4B4EA 1HERA 2YBIA 4WM2A 2X0AA 1NHEA 2W1YA 5FDJA 1BB4A 3A95A 5KXTA 4G4CA 2ZWBA 1LSMA 1GF3A 1LSGA 3TXHA 3AZ5A 4B49A 1DZBX 3IJUA 5KJ9A 1FBIX 4NGYA 1CJ6A 2DQJY 2H9JA 1BB3A 1NDMC 5KXYA 4H1PA 1FKVA 1TBYA 5FSTA 3BKHA 2Z12A 1GE2A 2BQFA 4IASA 4H90A 1I20A 4CFOA 1YKYX 133LA 2Z2FA 1QQYA 1LJJA 3VWOA 2I6ZA 2MEDA 5KXWA 5FHWA 3MGWA 2DQGY 2MEEA 3A92A 1LZ4A 3AGIA 2Z18A 3WPKA 1QDRA 2H9KA 1EQEA 5D5FA 4BAPA 1AM7A 1IWUA 1LZEA 1BVKC 1LZ5A 2G4PA 1KXWA 4FDYA 1IVMA 4TSCA 5LYMA 1LKSA 4N1CC 4BADA 5KXZA 2EQLA 5KXXA 1LSZA 1XEKA 5I4WA 1CNSA 2I26L 2LYMA 2D4IA 3OK0A 4HTNA 3N9EA 2MEIA 4H9IA 4DD0A 5KY1A 1KXXA 3RU5A 1JKCA 4N8ZA 1B7QA 1W08A 3AZ7A 5LYTA 4RDSA 208LA 1JKBA 7LYZA 1GE0A 2AUBA 5A3ZA 1GFJA 1IP7A 2PC2A 1F6RA 1WVUA 3LYOA 1LJFA 2B5ZA 1LPIA 1BVXA 2W1MA 3LYMA 1GB9A 1GE4A 4GN4A 1IO5A 1JSEA 1HELA 4OOOA 4NG1A 4QEQA 3W6EA 4LT1A 4NHIA 2DKVA 3T36A 4UWNA 4J0LA 4MCKA 2DQDY 1B2KA 3A6BY 2EKSC 2BQNA 4GCBA 3TXIA 4M4OA 1GB2A 4GCDA 1LSPA 3RW8A 1C46A 2CJLA 1B7MA 1NDGC 1C10A 2G4NA 1LHIA 2WARA 3AYQA 1GXXA 4HSFA 2D6BA 4HV1A 4OWHA 4ZIXA 4NHSA 4GLVA 1OUDA 1B7SA 1XSFA 4ETDA 1GDXA 1LJKA 1XGPC 1UACY 2Z37A 1LMCA 3D3DA 1P2CC 1UIDA 1YROA 4IJ4A 4N5RA 5F14A 3AB6A 5APCA 1T6VL 1MLCE 5L3HA 4I8SA 3P4ZA 1NBYC 3QE8A 4G49A 5F9UA 2BQJA 5LIOA 1GF7A 1GEVA 2MEAA 1GFVA 3A3QA 4XJGA 4DD1A 1TCYA 4GN5C 5A3EA 3WUNA 1AT5A 2YBNA 1HENA 1HEMA 3TXFA 1HF4A 1LZNA 1DXJA 4Z98A 3TXBA 1DI3A 4WO9A 2VB1A 1LHMA 1LZBA 2YDGA 2ZYPA 1EQ5A 1GWDA 3TXDA 1BGIA 1C45A 1IR7A 1IORA 2BQKA 4TUNA 4NHPA 2MEGA 2F30A 1YANA 1GHLA 4KXIA 1IIZA 4B4JA 4L41A 4RW2A 1QUSA 1LSAA 2BLXA 3TMWA 2XBSA 4PJ2C 1LJ4A 4AXTA 1OQMA 2ZYCA 1IC5Y 4NEBA 2DBTA 2ZIKA 207LA 4HJYA 4NGLA 1IWVA 4NY5A 3A34A 5ILCA 2HEEA 2Y8PA 5KXPA 8LYZA 3HBEX 1IR8A 3GXRA 1GFKA 5HLLA 2ZQ4A 1LZGA 1XGQC 1NBZC 1JIYA 2EIZC 6LYZA 1JITA 4KT3A 1IC7Y 1GB0A 3N9AA 1GFAA 2F4AA 1CKGA 3B0OA 3WXTA 3LYTA 4GCEA 3LHMA 5E9RA 1D0KA 1DPXA 2XTHA 4NSGA 4XJHA 1G7IC 1CKDA 1B7PA 1UC0A 1D0MA 4NGZA 4QGZA 5I54A 3G3BB 4LFPA 1IR9A 1EQ4A 1GBZA 1VDTA 5LINA 1BWJA 1HHLA 1GFUA 1UBZA 2ZNXY 4WM1A 4NG8A 1JJ0A 4EOFA 1IWTA 1GB6A 1DKJA 1LZSA 4GCCA 4WLDA 1UIEA 2BQLA 3W6BA 3WULA 3P68A 4WM4A 2YBJA 1B7RA 1JWRA 4XJFA 1G7MC 1LMQA 4J7VA 4NGKA 1LZYA 5KXOA 1CKFA 1KXYA 1OUBA 1OUGA 4YF2A 1UIHA 5FCPA 1JUGA 3WYHA 1LCNA 4NGOA 3TXEA 3TXGA 1XGTC 4WM3A 1LZDA 4HTQA 1Z55A 2DQCY 4CHXA 1GF8A 5HMVA 1VEDA 4EMNA 2DQAA 4ETAA 1IP4A 1LMTA 3W6CA 1GF6A 1LJGA 2YSSC 1N4FA 2XJWA 4RLMA 3WU9A 2C8OA 2RSCA 1DKKA 3F6ZA 5APDA 1LSEA 5L3IA 1IX0A 3AGGG 1JPOA 193LA 2W1LA 3CSZA 1FLUA 4LYZA 1TEWA 1QIOA 1WQOA 2MEBA 1LZ8A 3EMSA 1C43A 1LMNA 1REYA 2IFFY 3RT5X 1GE3A 2MEHA 3CSQA 3B0KA 4J1BA 4ET8A 4WOAA 5HQ1A 2NWDX 1UIAA 4WLXA 1GFGA 2IHLA 1CJ7A 3A96A 4LFXA 5KKJA 3EXDA 1B5ZA 1ALCA 1F10A 1OUFA 4H94A 3WW6A 4XYYA 1IY4A 3LN2A 5L9JA 1JHLA 1NMMA 1LZ1A 4WO6A 5I53A 2FBBA 4DDCA 2G4QA 3A93A 4LT3A 2LZ2A 4D9ZA 2YBLA 2XBRA 4OOTA 3WMKA 4BAFA 1B5YA 5B06A 1LJEA 4WM6A 1GF9A 1B5XA 3B0IA 4PRQA 4W96A 1LHJA 4B0DA 5B05A 3FI7A 1GBWA 5LAFA 1ZVYB 1YAQA 4Z41A 1G7LC 1GF0A 1SLYA 1JKAA 3A3RX 3EBAB 3IJVA 4ZEEA 2Z38A 4Z46A 3P65A 6LYTA 2I25L 1WQPA 4I0CA 5I4YA 1FLQA 1HNLA 1WQMA 3CQLA 2HUBA 4NWHA 1YIKA 3T6UA 1LZRA 1HEQA 2HECA 3TMVA 1A2YC 5DN5A 3A91A 1I56A 1IWWA 2HEFA 3W6AA 3CT1A 4PHIA 1YAOA 1CJ9A 1LYYA 3LYZA 4PPOA 5LAGA 1AT6A 1KIQC 3K3TA 3LZTA 2FYCA 3FE0A 1XGRC 2ZIJA 1IWZA 4H8YA 5T3FA 1YAMA 1AKIA 4OWEA 1LSNA 4NIJA 2Q0MX 1BB5A 3OJPA 4NSHA 4LT0A 4NGVA 5I5QA 4RW1A 1OUJA 1LYSA 1GDWA 1VDQA 1CKCA 1G7JC 4H9BA 4C5FA 1LSYA 5B1FA 1C7PA 5DLAA 4XJBA 3E3DA 4GLAA 5LVGA 4H9EA 1IC4Y 1B7LA 1CJ8A 4LYOA 2MECA 3W6DA 4DDBA 2YVBA 3RZ4A 5F9XA 4OWBA 4RLNA 1IP2A 1HEPA 1JSFA 2DQFC 3HBDA 4H8XA 4ET9A 1RJCB 2BQOA 1UIFA 2BLYA 2FYDA 1DQJC 4HP0A 4O34A 1VATA 2HEBA 3A6CY 1LJIA 3AZ4A 3G3AB 4OWCA 1GF4A 1IEEA 2LZTA 5C6IA 4ETBA 9LYZA 5ILFA 3TXJA 4BS7A 4LZTA 4GCFA 1TDYA 3EO5A 1BQLY 2DQEY 1IY3A 1UUZC 1IOCA 2BPUA 5LXWA 3B72A 2Z19A 1B0DA 2LHMA 4TX7A 1YQVY 4WG1A 1F6SA 2FBDA 5D5CA 3M3UA 1BB6A 1YKZX 4NSJA 4WM5A 1B7OA 1XEIA 4LYTA 1B7NA 1IOTA 1KIPC 4H8ZA 3SP3A 4CFPA 2HTXA 4R0FA 1OUCA 3P64A 3AZ6A 2D4KA 4ZFPA 5IELA 2Z39A 4H9CA 1WQNA 1BWHA 4WLTA 1REMA 5C6LA 3A90A 5B1GA 1LZ9A 1YKXX 3WVYA 1LZ6A 1SQ2L 1B5WA 3WU7A 4HJZA 1D0LA 1GB3A 1J1PY 2MEFA 1B5VA 1EL1A 1QSAA 4M6DA 5DM9A 3RNXA 1GBOA 5KXKA 3B6LA 3WUAA 4WL6A 3A67Y 1IWXA 1DPWA 3WH1A 3M18B 1IWYA 4P2EA 5LVIA 4XN6A 4CJ2A 2BAAA 2YBMA 1O23A 5DN4A 3WL2A 2EPEA 3HFMY 5F81A 5LVKA 1PS5A 4AGAA 1JEFA 3ATNA 1CKHA 1QTEA 1HMLA 5FEKA 4ML7A 1BB7A 2BQBA 5F16A 2DQIY 132LA 1VDPA 4DC4A 4NHQA 5DL9A 4N1EI 3WVXA 1HEWA 1HFYA 1ZV5L 1OUIA 3AW6A 3P66A 1LKRA 1WQQA 2BQAA 1LZTA 4OWAA 1IP3A 4NGJA 2CGIA 3J6KA 4W94A 3ZEKA 3AGHA 4KPMA 4H91A 1LMOA 2W1XA 4X3BA 1C08C 1D9UA 4DDAA 4J1AA 4FJRA 4UWVA 4WG7A 1H6MA 4KL7A 2DQHY 135LA 4WMGA 5FELA 2H5ZA 1GFTA 2HEAA 1GBYA 2BQGA 2HEDA 4LYMA 4H9FA 1QUTA 1XEJA 1FLWA 4IATA 4ANRA 5KXMA 4WLYA 1GBSA 1ZVHL 4MR1A 2ZQ3A 2D4JA 3QY4A 4UWUA 5KXLA 154LA 5E4PA 1NWGA 4HJVA 1LHLA 1KIRC 1GE1A 1QTKA 1WQRA 4HV2A 1IOSA 4DT3A 1HSXA 1GF5A 2N5ZA 4MSTA 4DD2A 5JENB 4H93A 1IP6A 1LYOA 1OP9B 4DD9A 1GAZA 3LZ2A 2BQIA 2BQHA 1AZFA 1RI8B 1TAYA 1GB8A 3GXKA 4H9HA 1LZCA 1OUEA 2F2NA 3HBHA 4HTKA 1T3PA 1FDLY 2BQCA 1JKDA 1RFPA 1GB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EJ4A 1LZAA 1G7HC 1LJHA 5B07A 3HWLA 4YX7C 5HNCA 188LA 1OVKA 3TMUA 4ETEA 2F2QA 4I7KA 4Z3MA 1XJUA 4PGJB 3J4GA 1L92A 1OV7A 1L55A 2D91A 4YEMA 4A7DA 1LSCA 211LA 3TMXA 1CU2A 3ULRA 156LA 1JJ3A 1FKQA 3WUMA 1L28A 3G3VA 218LA 5LA8A 3DN0A 158LA 1QUOA 194LA 1W6ZA 4CGEA 1LYZA 118LA 1YL0X 254LA 1C6AA 1GD6A 1QTBA 1HFZA 4NSIA 3WW5A 1CX6A 1C6BA 140LA 1J1OY 1GEZA 1WTMA 3HU9A 4WL7A 1YL1X 4H92A 1VFBC 1LYIA 1JISA 3CT5A 4R6CA 1LGWA 1J1XY 5APFA 4DYGA 5M1YA 1UCOA 4YM8A 1LHHA 1LI6A 4OW1A 4B1AA 1INUA 1P37A 3WPLA 1L64A 5I4XA 5LYZA 1LSDA 1BWIA 1L10A 1IOQA 1JJ1A 3ATOA 3N9CA 1A4VA 2B70A 4QY9A 2GV0A 2ANVA 1HERA 1NHEA 2W1YA 248LA 128LA 4EPFA 4G4CA 2ZWBA 1LSGA 2NTHA 4H1PA 1TBYA 4EKSA 5FSTA 1GE2A 1YKYX 4I7LA 5KXWA 5FHWA 3MGWA 2Z18A 1QDRA 5D5FA 5LYMA 1L27A 4ARQB 144LA 1QT6A 3N9EA 1SSYA 4H9IA 5KY1A 3RU5A 4N8ZA 1L17A 4RDSA 7LYZA 5LYTA 1GE0A 2AUBA 1IP7A 2PC2A 1F6RA 4GN4A 3WUAA 4QEQA 1IO5A 1HELA 4NG1A 1C69A 255LA 2DKVA 4MCKA 2EKSC 2BQNA 1GB2A 4S0WA 1LSPA 3RW8A 1D2WA 3AYQA 4HSFA 4ZIXA 173LA 1C6MA 1ZWNA 251LA 4GLVA 1B7SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSF A;  1UIB A;  4HPE A;  1LMA A;  3IWR A;  4YEO A;  1LZA A;  3WU8 A;  3ZVQ B;  1G7H C;  1LJH A;  5B07 A;  1H87 A;  1JTO L;  4NGI A;  1MEL L;  1JTP L;  5HNC A;  1UIG A;  4XJI A;  3TMU A;  4ETE A;  4NFV A;  1PZY A;  4Z3M A;  4G4B A;  1FLY A;  3AJN A;  4DD3 A;  3WXU A;  5HNL A;  1D6P A;  3CT0 A;  4PGJ B;  3J4G A;  4TSB A;  1LAA A;  1QDT A;  5AMY A;  5KXN A;  1GXV 2;  2HU1 A;  4TWS A;  5HMJ A;  2D91 A;  1ZMY L;  1IP1 A;  4NHT A;  4YOP A;  4G9S A;  4YEM A;  4LYB A;  2BQE A;  3TXK A;  4A7D A;  1LSC A;  3TMX A;  2CDS A;  1FN5 A;  1WTN A;  3ULR A;  1LJ3 A;  1F0W A;  5IDD A;  2LYZ A;  1JJ3 A;  1OUA A;  4ETC A;  5B59 A;  3KAM A;  1GFR A;  1FKQ A;  4GN3 A;  3WUM A;  3AW7 A;  4PRU A;  4TTD A;  1VAU A;  4XEN A;  3BKV A;  5K7O A;  5LA8 A;  5LVH A;  1B9O A;  4B4I A;  1GFH A;  1WVV A;  4E3U A;  2A7D A;  3A8Z A;  194L A;  1RCM A;  1HC0 A;  1XGU C;  2BQD A;  1W6Z A;  4CGE A;  1LYZ A;  1YL0 X;  4NGW A;  4LT2 A;  1OUH A;  1GD6 A;  2HU3 A;  4NWE A;  5C6J A;  3CB7 A;  4NSI A;  1HFZ A;  3A94 A;  3WW5 A;  1BHZ A; 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 3RNX A;  1GBO A;  5KXK A;  3B6L A;  3WUA A;  4WL6 A;  3A67 Y;  1IWX A;  1DPW A;  3WH1 A;  3M18 B;  1IWY A;  4P2E A;  5LVI A;  4XN6 A;  4CJ2 A;  2BAA A;  2YBM A;  1O23 A;  5DN4 A;  3WL2 A;  2EPE A;  3HFM Y;  5F81 A;  5LVK A;  1PS5 A;  4AGA A;  1JEF A;  3ATN A;  1CKH A;  1QTE A;  1HML A;  5FEK A;  4ML7 A;  1BB7 A;  2BQB A;  5F16 A;  2DQI Y;  132L A;  1VDP A;  4DC4 A;  4NHQ A;  5DL9 A;  4N1E I;  3WVX A;  1HEW A;  1HFY A;  1ZV5 L;  1OUI A;  3AW6 A;  3P66 A;  1LKR A;  1WQQ A;  2BQA A;  1LZT A;  4OWA A;  1IP3 A;  4NGJ A;  2CGI A;  3J6K A;  4W94 A;  3ZEK A;  3AGH A;  4KPM A;  4H91 A;  1LMO A;  2W1X A;  4X3B A;  1C08 C;  1D9U A;  4DDA A;  4J1A A;  4FJR A;  4UWV A;  4WG7 A;  1H6M A;  4KL7 A;  2DQH Y;  135L A;  4WMG A;  5FEL A;  2H5Z A;  1GFT A;  2HEA A;  1GBY A;  2BQG A;  2HED A;  4LYM A;  4H9F A;  1QUT A;  1XEJ A;  1FLW A;  4IAT A;  4ANR A;  5KXM A;  4WLY A;  1GBS A;  1ZVH L;  4MR1 A;  2ZQ3 A;  2D4J A;  3QY4 A;  4UWU A;  5KXL A;  154L A;  5E4P A;  1NWG A;  4HJV A;  1LHL A;  1KIR C;  1GE1 A;  1QTK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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