4YEN | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6645362246113997__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6645362246113997__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4YEN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6645362246113997__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6645362246113997","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4YEN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6645362246113997__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00dd9e442a1c6acfe3da42/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00dd9e442a1c6acfe3da42/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00dd9e442a1c6acfe3da42/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00dd9e442a1c6acfe3da42/pdb.gz): 955 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystallography and chemistry should always go together: a cautionary tale of protein complexes with cisplatin and carboplatin. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	49
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2015-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4yenA00

1GF4A 1VAUA 1LSZA 1IP4A 4YF2A 1OUHA 1GXV2 1RJCB 1ZVYB 5I54A 1LAAA 1T6VL 3WXUA 2Y8PA 1IWVA 2D4KA 1JITA 1PS5A 1G7IC 1UUZC 1ZMYL 1LJJA 2MEIA 1DI3A 1LZEA 3F6ZA 4LYBA 4NGKA 4WM3A 1GBZA 1WVVA 3ZEKA 2Z2FA 3FI7A 4N0JA 4LYMA 1LMQA 2F4AA 4WOAA 3K3TA 1DI5A 3RW8A 3TXEA 5JENB 4WM4A 2XJWA 1LKRA 3ATNA 4J7VA 1OUAA 1B5ZA 4NWEA 4OWHA 3WUNA 4TSBA 3EMSA 1HNLA 3W3EA 1OQMA 4AXTA 4CGEA 1KIPC 1GF8A 1LJIA 2Z2EA 1JUGA 2FYDA 3CSQA 4TX7A 4TTDA 3B6LA 4PJ2C 1FKVA 1GE1A 1GFGA 1QDTA 3HBHA 1B7QA 1C46A 1UIAA 1DI4A 1WQQA 2BPUA 1UIHA 2DQAA 4N8ZA 1HEOA 4OWCA 1TEWA 1GWDA 1JKAA 207LA 2FYCA 4KXIA 1GE2A 5KXMA 4H8ZA 1IP1A 1SQ2L 1LZSA 4NHTA 5B1GA 3RT5X 2DQDY 1G7HC 3QNGA 3N9CA 4ZFPA 1TBYA 3GXRA 2AUBA 1OUIA 1J1OY 5FSTA 5D5FA 1XGRC 5LAFA 3WVYA 4LGKA 1GBYA 1JWRA 5LVIA 1H6MA 1IOTA 3WW6A 1HERA 2Z18A 3CT5A 3WVXA 1QSWA 1IR8A 1G7LC 1GHLA 1ZV5L 2ZYCA 3OJPA 1GPQC 4LYTA 4XN6A 5KXSA 1LMPA 3ZVQB 3LYZA 5KXWA 1LJGA 1YROA 1IWUA 1D0KA 4OW1A 2EIZC 2H9KA 134LA 1B5XA 4IASA 4XENA 4H9IA 3W6DA 1IWZA 4YENA 3W6AA 1LJNA 1N4FA 2HEBA 4N1CC 1GB9A 1UICA 1B7PA 4UWUA 2ZYPA 3A93A 1TDYA 3WUAA 1XEJA 1KIRC 1NMMA 1JKBA 2YBIA 4DD0A 2BLXA 1LJ3A 2ZIKA 5HLLA 3CT0A 1OUGA 1G7JC 4WLDA 1BB6A 2D4IA 4WG7A 4ETCA 2MEFA 5I4YA 2LZTA 3CSRA 1UIDA 1J1PY 3HFMY 1NBYC 1YQVY 4QEQA 5APEA 4ETDA 1IWWA 2CDSA 4NSHA 5E4PA 2DBTA 5LVJA 1MLCE 5IDDA 1IWTA 1FN5A 3A6CY 1DKKA 2Z39A 1GAYA 4TSCA 1LMNA 3WPKA 4B4IA 4DWXA 1CJ7A 1GB5A 1GFJA 1B5UA 4WO6A 1ALCA 2DQEY 1IP5A 3GXKA 4GLVA 4DD2A 3AZ6A 1JTOL 1LZTA 3IWRA 3A96A 1G7MC 1UA6Y 1JTTL 1GB7A 3CSZA 5HNLA 2YBNA 1C7PA 3LYMA 1WQMA 5EBHA 1BHZA 1KIQC 1AZFA 1B7OA 2EPEA 1CJ6A 4HV1A 1KXWA 1HC0A 4N5RA 2Z37A 3AZ7A 3W6FA 1GFVA 4N1EI 4ET8A 1B5YA 5K7OA 5KXXA 2C8PA 4BAFA 2LYOA 1GB3A 1LZBA 4HJZA 1JISA 2IHLA 2BQLA 4GN3A 1LYOA 5I53A 3TXFA 1REMA 1Z55A 2NWDX 4LZTA 4NGZA 5ILFA 1BWJA 1LPIA 1LJ4A 1OUJA 1T3PA 5E9RA 2ZILA 4RLNA 4MR1A 1LYYA 2WARA 4GN5C 4DD1A 4WL7A 1F6SA 1LJKA 1XEIA 1YILA 4PRUA 4CFOA 1B7RA 1LSBA 2DQCY 1XGTC 2HU1A 4H9FA 3A3RX 4I0CA 1BB3A 1IOQA 1I20A 1LZAA 2MEGA 3A67Y 1B5WA 1NF5A 1C45A 4WM2A 3W6EA 3A34A 1UIGA 4IJ4A 1LZ4A 4R6CA 1F0WA 3WPJA 4A7DA 4ANRA 1LKSA 1IIZA 1B2KA 5B59A 1B7MA 1OP9B 1LJEA 5A3ZA 1JJ1A 3AYQA 4YEMA 4ZEEA 1AT5A 4C5FA 5HQ1A 5IELA 2F4GA 2HTXA 1GB0A 1GFEA 4DD7A 3AW6A 4P2EA 1FLUA 3A92A 3TXHA 5KKJA 1LSFA 3TMWA 1GDXA 3BKVA 1OUCA 4DD9A 3AB6A 3EBAB 4B4JA 4NY5A 4FDYA 1GD6A 4G9SA 4G4HA 5C6LA 1NHEA 5KXOA 3AJNA 1QTEA 4ETAA 4J0LA 3LZ2A 2D91A 3M18B 5F16A 1LCNA 1P2CC 4IATA 5I5QA 1B7NA 1LSMA 4RLMA 5DM9A 1RI8B 3WYHA 5LA5A 1WVUA 1GBSA 1DXJA 4HPIA 3QY4A 5F14A 1FDLY 1HMKA 2XTHA 1D9UA 1LMAA 2BQAA 3WXTA 5HNCA 5L3IA 1GFTA 4WLXA 4NHQA 1D6PA 1QIOA 1LSPA 4MCKA 4XYYA 3CQLA 4YOPA 5T3FA 1VDQA 1D0LA 5C6JA 4U3XB 3AGGG 2PC2A 2ZNXY 4H9EA 4NFVA 1B7SA 1LHLA 194LA 1NKHA 1BB7A 5DN4A 2B5ZA 4TWSA 4RW2A 1VEDA 3ULRA 5I4WA 2BLYA 1AKIA 5KXYA 1VATA 2EQLA 1VDPA 3N9EA 3OK0A 4G49A 4NGYA 3TMUA 1BGIA 3B0KA 4G4BA 4H92A 4XJDA 4DDCA 1YKYX 3P68A 2F2NA 2ZQ3A 2MEBA 1GF6A 5J7CA 2DQJY 4DC4A 2BQCA 4NGVA 5LVHA 4LFPA 2BQDA 3N9AA 4OOOA 5F9UA 3A3QA 5B05A 4NWHA 5DL9A 3B72A 1D0MA 1GFHA 1QDRA 3WUMA 4WM5A 4HTKA 1WTNA 3SP3A 154LA 5B06A 4GCFA 4AGAA 3ATOA 1LHIA 4NGJA 4BADA 4ZIXA 4NG1A 2GV0A 3WU7A 1LSDA 1TCYA 3WU8A 4GCBA 1GEVA 4GCDA 1LZRA 1RCMA 2BQHA 4NHPA 4WMGA 5LVGA 2DQFC 4H1PA 4GCCA 2CJLA 1JEFA 1IOCA 1W6ZA 2HUBA 5LAGA 4Z46A 1GFKA 3A95A 1EL1A 4H9CA 4LFXA 4X3BA 1UCOA 4UWVA 2W1XA 8LYZA 1GF0A 3B0OA 5IHGA 1LZNA 3A6BY 1CKDA 4ETBA 1GE4A 1XGPC 3T36A 5D5CA 1IOSA 4NG8A 4NGLA 5II3A 1REYA 2N5ZA 135LA 1F10A 1C43A 4NEBA 1CKFA 1NDMC 3J4GA 1CKGA 4H90A 2DQIY 3IJVA 1LSEA 3WPLA 5KJ9A 4B49A 3WULA 4CHXA 2HECA 1GFRA 2Q0MX 2D4JA 1HF4A 1YAQA 1SLYA 2MEHA 4WLTA 1JPOA 3A8ZA 1OUFA 4XJFA 2H5ZA 1IR7A 5M1YA 1GAZA 1YKXX 1LZ5A 4H91A 5L3HA 2MEDA 4II8A 1V7TA 2BQEA 1IVMA 4CJ2A 2BQMA 1EQ4A 1GDWA 1LZ6A 1MELL 1RFPA 2MECA 2XBSA 3AGHA 4ET9A 1QTKA 1H87A 4HTNA 5AMYA 1EQ5A 3T6UA 5KXZA 1QQYA 1QSAA 1VFBC 2W1LA 1A4VA 4ML7A 1A2YC 5LINA 4H8XA 1CKHA 4H9HA 2VB1A 4HTQA 1YIKA 5APCA 1ZVHL 4C3WA 4YM8A 2BQIA 5FDJA 4W96A 2I25L 4XJIA 1GF7A 133LA 1LSAA 1IC7Y 1YL0X 2EKSC 2Z12A 4H94A 1LZGA 4XJHA 2IFFY 1LHJA 3WH1A 4EOFA 5LYTA 1GBOA 2HU3A 4NGIA 2I6ZA 1JHLA 4WO9A 1LSGA 3P64A 1BQLY 2ZIJA 1GXXA 1DPWA 4Z98A 5HMJA 1HEWA 1BWHA 2BQNA 3CB7A 5KXLA 5ILCA 1B5VA 4TUNA 4YEOA 3HBEX 1VDTA 1IX0A 1I1ZA 1W08A 2HEAA 1XSFA 1GF5A 4EMNA 2FBBA 4LT2A 4Z3MA 2D6BA 4WM6A 2YVBA 1LZ1A 3IJUA 3TXGA 1DZBX 1HEQA 3TXIA 1REZA 1LHKA 1QUSA 1GE0A 1LZ9A 4QGZA 3HBDA 2FBDA 3D3DA 5APDA 2A7FA 1GF9A 4DD3A 3LZTA 1NQIA 3MGWA 2CWIA 1LHHA 5B07A 4E3UA 1LMCA 1GFUA 3WMKA 2MEAA 4H93A 4QY9A 1UIFA 4B4EA 1LZCA 3W6CA 5LIOA 1JIYA 1OUDA 4PPOA 1AM7A 4W94A 2G4QA 4XJGA 1GBWA 1WQRA 1IY3A 3RZ4A 1IP6A 1LMOA 4G4CA 1OUEA 3KAMA 4NHIA 3A91A 2CGIA 1LHMA 193LA 2G4PA 4GLAA 2BQOA 1LSYA 1JKDA 2HEDA 1JJ3A 3FE0A 1UC0A 1BVXA 3LN2A 1JJ0A 1IY4A 1YL1X 1FLWA 4FJRA 1UACY 1DKJA 4GN4A 3TXJA 2YBLA 2YSSC 1IWXA 1GBXA 6LYZA 1AT6A 1LYZA 2Z38A 1UIEA 2W1YA 4KL7A 1GF3A 1CJ9A 4J1AA 1BVKC 2LZ2A 1JSEA 5FHWA 1KXYA 1V7SA 1YAMA 2F30A 3QE8A 1XEKA 1GB8A 5HMVA 1HFXA 3G3BB 1WQPA 3LYTA 4I8SA 2X0AA 4HJVA 2A7DA 1I56A 4HJYA 4PGJB 3TMXA 4J1BA 3WU9A 4OWEA 7LYZA 5LXWA 2W1MA 4NIJA 1INUA 4RDSA 1IO5A 3P65A 1HHLA 1BWIA 2DQGY 4PRQA 3ZVQA 4M6DA 208LA 4XADA 4LT1A 4NSGA 5DLAA 3P4ZA 4NGWA 3WL2A 3B0IA 3M3UA 4HPEA 1GE3A 1JTPL 1JSFA 1GB2A 4R0FA 3AW7A 2YBJA 1HFZA 4HV2A 2BQBA 1HEPA 3LYOA 5APFA 5LA8A 9LYZA 2YBHA 5F9XA 2LYMA 5C6IA 1HENA 4HP0A 1LZ8A 1YAPA 3E3DA 2YDGA 1CNSA 4M4OA 1YAOA 1IC4Y 1LSNA 1WQNA 2BAAA 4OWBA 5A3EA 1J1XY 5FCPA 4QDNA 4UWNA 5KKIA 1PZYA 1WTMA 3RNXA 1HSXA 3EXDA 4CFPA 1LZYA 2MEEA 1IORA 2XBRA 1B7LA 2Z19A 2ZWBA 1IP7A 4OWAA 2ZQ4A 5KXRA 5KXKA 1QUTA 1LOZA 4WM1A 1IP2A 1FLYA 4OOTA 4WL6A 5LYMA 1LSCA 1JKCA 1TAYA 4NGOA 5F81A 4BS7A 4WLYA 4LYCA 1FKQA 4B1AA 1HMLA 1LYSA 4LT3A 5KXNA 3RU5A 3TXBA 1C08C 3W6BA 1IR9A 4MSTA 3P66A 5FELA 1OUBA 5KXTA 1GB6A 2BQFA 3AZ4A 4WG1A 2C8OA 2DQHY 1CKCA 3AGIA 4LYZA 4HSFA 1C10A 1FBIX 3CT1A 1NWGA 3A90A 5I4XA 1YANA 1O23A 4DYGA 1NDGC 4O34A 1IP3A 2LYZA 153LA 1DQJC 2H9JA 4RW1A 5LYZA 3TXDA 4N9RA 1F6RA 5L9JA 1DPXA 1HFYA 1CJ8A 1FLQA 2BQJA 4LYOA 3LHMA 5LVKA 3VWOA 1GFAA 1HELA 2BQKA 4DDAA 3BKHA 1UIBA 3AZ5A 3EO5A 1NBZC 4NSIA 4DDBA 1LJFA 1REXA 1GEZA 2RSCA 3G3AB 2ZNWY 3WW5A 4BAPA 4L41A 5DN5A 4B0DA 1EQEA 1UBZA 1LZDA 3J6KA 2DKVA 2HEEA 1KXXA 1IC5Y 4D9ZA 1D6QA 4Z41A 1XGUC 4DT3A 1HEMA 4LT0A 4GCEA 4H8YA 1RE2A 1WQOA 1B9OA 1E8LA 5KXPA 132LA 1B0DA 1VDSA 1IEEA 3D9AC 6LYTA 5B1FA 2HEFA 4ETEA 2G4NA 2I26L 5KY1A 3TMVA 1XGQC 1BB4A 2YBMA 2BQGA 4NSJA 1XFPL 1LMTA 4NHSA 4PHIA 4H9AA 4XJBA 1LJHA 1IWYA 1BB5A 5FEKA 4H9BA 1YKZX 2LHMA 1LTMA 3A94A 4KPMA 3TXKA 4KT3A 1HSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF4 A;  1VAU A;  1LSZ A;  1IP4 A;  4YF2 A;  1OUH A;  1GXV 2;  1RJC B;  1ZVY B;  5I54 A;  1LAA A;  1T6V L;  3WXU A;  2Y8P A;  1IWV A;  2D4K A;  1JIT A;  1PS5 A;  1G7I C;  1UUZ C;  1ZMY L;  1LJJ A;  2MEI A;  1DI3 A;  1LZE A;  3F6Z A;  4LYB A;  4NGK A;  4WM3 A;  1GBZ A;  1WVV A;  3ZEK A;  2Z2F A;  3FI7 A;  4N0J A;  4LYM A;  1LMQ A;  2F4A A;  4WOA A;  3K3T A;  1DI5 A;  3RW8 A;  3TXE A;  5JEN B;  4WM4 A;  2XJW A;  1LKR A;  3ATN A;  4J7V A;  1OUA A;  1B5Z A;  4NWE A;  4OWH A;  3WUN A;  4TSB A;  3EMS A;  1HNL A;  3W3E A;  1OQM A;  4AXT A;  4CGE A;  1KIP C;  1GF8 A;  1LJI A;  2Z2E A;  1JUG A;  2FYD A;  3CSQ A;  4TX7 A;  4TTD A;  3B6L A;  4PJ2 C;  1FKV A;  1GE1 A;  1GFG A;  1QDT A;  3HBH A;  1B7Q A;  1C46 A;  1UIA A;  1DI4 A;  1WQQ A;  2BPU A;  1UIH A;  2DQA A;  4N8Z A;  1HEO A;  4OWC A;  1TEW A;  1GWD A;  1JKA A;  207L A;  2FYC A;  4KXI A;  1GE2 A;  5KXM A;  4H8Z A;  1IP1 A;  1SQ2 L;  1LZS A;  4NHT A;  5B1G A;  3RT5 X;  2DQD Y;  1G7H C;  3QNG A;  3N9C A;  4ZFP A;  1TBY A;  3GXR A;  2AUB A;  1OUI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YENA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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