4YOPA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Native sulfur/chlorine SAD phasing for serial femtosecond crystallography
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yopA00
1REMA 1B7NA 5I4YA 2HTXA 2W1XA 1IO5A 1DKJA 1RCMA 4NGLA 1LSGA 5EBHA 1I1ZA 4OWAA 1B5ZA 1LHHA 2HU3A 3A67Y 1BQLY 2YBIA 1CKCA 1GB9A 1REYA 4NG1A 4XJBA 2HEFA 3AZ6A 4BAFA 1OUDA 5D5FA 4OWBA 1B2KA 1IWTA 1LZRA 4KL7A 4LT1A 4H90A 1BB3A 1LZBA 2XBRA 2BQDA 4WM6A 1GB0A 1VFBC 1YKXX 4LYZA 4WLXA 1TAYA 1IP2A 1D0LA 1IWZA 1WQQA 2H9KA 4H91A 5LYZA 1GF4A 2BQCA 3P64A 1DI4A 1GFHA 1OUIA 4UWNA 134LA 1NDGC 1BGIA 1ZMYL 4GCEA 2ZQ3A 1B9OA 5KXRA 1BWIA 3B72A 4OWCA 4WG7A 1GAYA 2F2NA 1INUA 3WXTA 4WLYA 1IOSA 1IP7A 4WM3A 1QTKA 4WL6A 4ML7A 1C7PA 4H9AA 1G7IC 4LYBA 1DZBX 1YAQA 1BVXA 2BAAA 2BQKA 5LVKA 5FHWA 4O34A 1D0KA 3WXUA 1WQPA 2BQJA 4D9ZA 1XEIA 5B06A 1GFEA 1LZYA 3P68A 1LYYA 4NHQA 4ZIXA 2I25L 1WQRA 5KXWA 2BLYA 4LYTA 5HMJA 1IY3A 1HEQA 2CWIA 1IP5A 2EPEA 5LA8A 1GD6A 5L3HA 2ZIJA 193LA 1JPOA 1WVVA 4H93A 3WPJA 4LYMA 1OUCA 3IWRA 1LKRA 3ATNA 1IOQA 4H8YA 2EQLA 5FEKA 8LYZA 2YDGA 2Z2EA 3FE0A 4NGYA 1HMLA 2YVBA 4X3BA 4CJ2A 1O23A 5LIOA 1G7LC 2AUBA 1Z55A 2C8OA 1CKGA 5LVIA 3LYTA 4CGEA 4A7DA 4HSFA 1JTPL 3WUMA 4KXIA 1LYOA 4H94A 1GF8A 1GXXA 1NDMC 1VDTA 2BQOA 2F4GA 4N9RA 3IJVA 1JKCA 1YKYX 1IWVA 4N8ZA 1HEOA 1TEWA 4KPMA 1KXXA 3T6UA 3ZEKA 1LZSA 4NSGA 3TMXA 3B0OA 1IEEA 1LZ5A 1CKHA 1IP1A 1VATA 2G4PA 4QEQA 5DM9A 1LJKA 1C43A 2W1MA 5KKIA 4N0JA 2N5ZA 1JWRA 3F6ZA 2H9JA 4WM4A 2F30A 4PRUA 1LJ4A 1GF0A 1JKAA 2CJLA 2ZWBA 1LPIA 3RNXA 2MEGA 3FI7A 3TXFA 1GBOA 1OUGA 1BB6A 1J1XY 1LSPA 3D9AC 4R6CA 3P4ZA 4WG1A 4WLDA 4WM5A 1KXWA 4I0CA 1CNSA 4E3UA 1IOCA 3LN2A 1LMPA 2A7DA 4XJGA 1E8LA 1V7SA 3WULA 1YL0X 1F6SA 3G3AB 1ZVYB 4HJVA 4MSTA 1D9UA 4WM2A 1IWWA 1DI3A 1IC4Y 1GB8A 4PGJB 3EMSA 4NGZA 1GFGA 1VDQA 3WU9A 4Z46A 1B5WA 2YBLA 1IY4A 3WUNA 5LAGA 1FBIX 4DDAA 4GN4A 2HU1A 4N5RA 2DQEY 2LZ2A 2I26L 1VEDA 2XBSA 3A6BY 4Z3MA 1A4VA 3TXGA 1D6QA 1UIHA 4N1CC 4NWHA 1W08A 2Z18A 3W3EA 4HPIA 1LSDA 2D4IA 1OUFA 1JJ0A 1TDYA 1TCYA 2D6BA 3G3BB 2G4NA 1KXYA 1UACY 4G4HA 4IJ4A 153LA 5L9JA 5LVGA 5KY1A 1LJHA 2FBDA 3QY4A 3A90A 5M1YA 3AW7A 3WPKA 1MELL 5B1FA 4ZFPA 1CKDA 1UIAA 3WPLA 5E4PA 2I6ZA 4CHXA 1XGQC 4M6DA 1KIQC 3AW6A 4TTDA 4NGOA 3QNGA 1VDSA 3HFMY 1DXJA 1G7HC 1B7OA 3BKHA 1GPQC 5KXNA 3TXBA 1WVUA 1HERA 1EQEA 1AT5A 1WQNA 1LTMA 3AZ4A 5I4XA 5LINA 3WMKA 2A7FA 1LZGA 1BWHA 3ATOA 4H8XA 1DI5A 1JIYA 1NWGA 3MGWA 1BB7A 1RE2A 2FYCA 2MECA 4TSBA 4H1PA 1LZ4A 1WQMA 2BPUA 4PJ2C 4GCCA 2DQHY 1UC0A 4FJRA 1IC5Y 4GCBA 3LYMA 4NSJA 2BLXA 4NGJA 3A91A 1BB5A 1AT6A 1IWYA 1NKHA 2Z38A 4BAPA 5K7OA 1GEZA 1LJ3A 1OUHA 2W1YA 4LFPA 4AGAA 1LZTA 1LMTA 2ZNXY 4LT3A 3ZVQB 3A6CY 1KIRC 2X0AA 1IP4A 3TXEA 1XFPL 4Z98A 133LA 2MEHA 5LVJA 3W6DA 1NQIA 3WU7A 1LAAA 2DQIY 2Z19A 1QDTA 5APCA 2ZILA 1D6PA 1FLQA 3N9EA 4DD7A 1F10A 1GB6A 2YBMA 1YAPA 7LYZA 4DT3A 6LYTA 6LYZA 3TXDA 4WOAA 1GFAA 2DQJY 4LYOA 5APDA 3A3QA 1GXV2 4RW2A 2MEFA 4WO6A 3A34A 1RFPA 1IWUA 2HEAA 4G9SA 4DD1A 4LT0A 4RDSA 3N9CA 1AM7A 4YENA 5DN4A 2MEIA 5LXWA 3OK0A 5ILCA 2CGIA 2BQMA 3W6FA 1LZEA 4B4EA 5KXLA 2BQIA 4CFOA 4ZEEA 2DQCY 4I8SA 5APFA 3RZ4A 5FELA 4TSCA 4II8A 4WL7A 2ZNWY 4H9EA 3LZTA 4W96A 1VDPA 1IP6A 1JHLA 2EKSC 3CSRA 3EO5A 4H92A 4WMGA 2BQGA 1B5UA 4NG8A 1LSBA 1XEJA 2FYDA 2D4JA 5KXOA 3WVYA 1UIDA 4DDBA 1B7PA 1VAUA 5DN5A 1GFVA 1FKQA 1N4FA 3CQLA 4OWHA 4XJFA 4ETBA 1HC0A 1GFRA 1ZVHL 3W6BA 1QDRA 4M4OA 1LSZA 1YANA 4GCFA 4J1AA 4B4JA 1EL1A 1GFUA 4NGIA 2DQFC 1C08C 2ZYCA 5FCPA 2RSCA 4H9CA 4LYCA 5KXSA 1C10A 1GF9A 3WH1A 5A3ZA 1BVKC 4XADA 1OUJA 1UBZA 3P66A 2Z12A 154LA 1B7LA 1B7RA 4HJZA 2CDSA 4W94A 5FSTA 1GWDA 1CJ7A 1CJ8A 1GF5A 3AZ7A 1YILA 4ANRA 1NBZC 2HEEA 4H9FA 4NEBA 4XN6A 1AZFA 5KXYA 3W6AA 194LA 3ZVQA 1LHMA 4YEMA 3W6CA 1MLCE 3AGIA 2BQBA 2H5ZA 5IHGA 4HPEA 5DLAA 1FLWA 4NGWA 132LA 3TXIA 1QTEA 3HBEX 2HUBA 1XGTC 2LYZA 1LZDA 2BQFA 2XJWA 1B5XA 1PS5A 1QUSA 1WTNA 4NY5A 1GE0A 1LJGA 1NF5A 1LOZA 3LYZA 1BWJA 1FDLY 4NSIA 3AYQA 1JKBA 1JUGA 2Y8PA 4YEOA 1LJEA 1UCOA 2Z39A 3CT0A 2YBHA 4U3XB 4ETEA 5B05A 4LGKA 2YSSC 4TWSA 1XGUC 3KAMA 4ETCA 1YIKA 3CB7A 3CSQA 4B4IA 5L3IA 1JJ1A 5HLLA 5I53A 3AGGG 5KJ9A 4YF2A 1IC7Y 4GN5C 1GDWA 4NGKA 1HEMA 4IASA 5APEA 3AGHA 1REXA 3P65A 5JENB 1EQ5A 4HV1A 2MEEA 1LMQA 4OOOA 1XGPC 1T3PA 1GE3A 3EBAB 1BHZA 1B5VA 1GB3A 1GBZA 1PZYA 2W1LA 1FKVA 4MR1A 4BS7A 5I5QA 1IORA 4QGZA 4HTQA 1GBSA 4TX7A 3TXKA 1JEFA 1GE4A 1H87A 1SQ2L 1P2CC 4RLNA 4G4CA 2ZYPA 4PPOA 4TUNA 1HSXA 5F16A 3OJPA 4PHIA 3WW5A 2HEBA 3SP3A 3B6LA 5B07A 1HSWA 2BQEA 2IFFY 2BQHA 1NMMA 5II3A 4UWUA 5D5CA 1B5YA 4H8ZA 135LA 3IJUA 1LHJA 4DDCA 4HTNA 1IR7A 1HMKA 2D4KA 5FDJA 1YKZX 1B7MA 3WW6A 1YAMA 1LHLA 3A96A 1HELA 4CFPA 3ULRA 4ETAA 1GB7A 1REZA 2B5ZA 4OWEA 4XJHA 3LHMA 5F14A 4HV2A 2MEBA 4H9BA 3TXHA 4YM8A 1CKFA 1UA6Y 1LJIA 1GB5A 1LHKA 1IR9A 1EQ4A 2G4QA 2YBNA 5IDDA 5ILFA 4H9HA 1C45A 1LZCA 3J4GA 5I4WA 1DQJC 1LZ1A 3A3RX 5KXPA 1GBWA 3A8ZA 4IATA 1QSAA 1GE1A 4NWEA 5C6JA 5IELA 5B59A 4ET9A 4MCKA 1FLUA 1LZAA 2ZIKA 1J1PY 4NHPA 1GF3A 3CT1A 4J0LA 4XYYA 1I56A 1SLYA 1I20A 3RT5X 4C3WA 5HMVA 4WM1A 1WTMA 4LZTA 4XJIA 5KXMA 2Q0MX 4DD9A 1HFXA 3BKVA 1LSMA 5LYTA 5KKJA 1JITA 1W6ZA 1J1OY 4NGVA 4DC4A 4DD3A 3TMWA 4C5FA 3M3UA 5F9XA 1HEPA 1OQMA 1LZ8A 3AB6A 1LSFA 1BB4A 4ET8A 4B0DA 5KXTA 3A93A 4RLMA 1JSEA 1HFZA 2DKVA 1JTOL 1LCNA 1FLYA 1LZ6A 2D91A 3WU8A 3VWOA 1GEVA 4GN3A 2MEAA 1ALCA 4J7VA 1G7MC 2GV0A 3HBHA 3HBDA 3GXKA 4G4BA 1JKDA 4GCDA 1UIEA 4QDNA 5LAFA 3WYHA 4EMNA 4QY9A 3RW8A 1UIBA 5KXZA 2Z37A 5I54A 5LA5A 1LYZA 5HQ1A 1T6VL 1IOTA 1OUAA 1UIFA 3J6KA 4LT2A 4NIJA 1LSYA 1NBYC 1XGRC 2WARA 1YAOA 3LZ2A 1NHEA 5C6LA 3TXJA 4EOFA 4HP0A 1GF6A 2BQNA 3AZ5A 1HEWA 3TMVA 1LJJA 1LSEA 1LJFA 5C6IA 3T36A 1JISA 3E3DA 1YL1X 2DBTA 1UIGA 2MEDA 2LHMA 4L41A 1GFJA 3WUAA 1GDXA 1V7TA 1B7SA 1CJ6A 1D0MA 4DD0A 1QUTA 2YBJA 1IR8A 1DPWA 1KIPC 1IP3A 1GBXA 1QIOA 1GB2A 1HENA 2DQGY 2C8PA 2XTHA 4HJYA 1C46A 1LMOA 4NHSA 1JSFA 1RJCB 3B0IA 1UICA 5LYMA 1H6MA 2VB1A 4XJDA 208LA 2LYOA 1LKSA 1F0WA 2EIZC 2LZTA 4OOTA 4Z41A 5HNLA 1JTTL 2DQDY 1IVMA 1IX0A 1AKIA 4NFVA 1LHIA 1IWXA 3QE8A 4B49A 1OP9B 2ZQ4A 3LYOA 4GLAA 1TBYA 2BQAA 1LSAA 1A2YC 2HEDA 2PC2A 3A94A 3WVXA 4ETDA 5E9RA 1F6RA 1GF7A 3CSZA 4P2EA 4N1EI 4WLTA 1GAZA 1HFYA 1LYSA 4FDYA 1HF4A 2Z2FA 4J1BA 1JJ3A 4NSHA 5T3FA 1OUBA 3M18B 4KT3A 4DWXA 5KXXA 9LYZA 4WO9A 3W6EA 3WL2A 1GBYA 1LMNA 3EXDA 1DKKA 4UWVA 1YROA 3CT5A 1OUEA 3A92A 4OW1A 4DD2A 1XSFA 4NHIA 4DYGA 3B0KA 5LVHA 4PRQA 1QQYA 1UUZC 2F4AA 1XEKA 1RI8B 4LFXA 1LJNA 2LYMA 1GFKA 5DL9A 5B1GA 1LMAA 5F9UA 4GLVA 5J7CA 3K3TA 2IHLA 2FBBA 2DQAA 1IIZA 5AMYA 3D3DA 3N9AA 4BADA 1YQVY 1GFTA 1DPXA 1FN5A 5F81A 1WQOA 2NWDX 1HHLA 5HNCA 1HNLA 4B1AA 3GXRA 1LSNA 5A3EA 1B0DA 4RW1A 1LMCA 1LSCA 5KXKA 207LA 1LZ9A 4YOPA 4AXTA 4R0FA 1GHLA 2BQLA 3AJNA 4G49A 1GE2A 4NHTA 4XENA 3RU5A 2HECA 1G7JC 3A95A 1LZNA 4H9IA 1QSWA 3TMUA 4HTKA 1CJ9A 1B7QA 1ZV5L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G07A 253LA 1G0JA 5EBHA 248LA 3C7YA 4OWAA 1LHHA 1C62A 1BQLY 138LA 2HEFA 3F9LA 3AZ6A 4BAFA 4ARJA 1L27A 1ZYTA 4KL7A 4LT1A 1LZBA 1LLHA 1LPYA 4WM6A 1VFBC 4WLXA 2Q9DA 1GF4A 3P64A 2OEAX 4I7SA 1NDGC 4I7LA 4GCEA 1B9OA 1C6NA 3B72A 3SN6R 1GAYA 1IOSA 102LA 4H9AA 1YAQA 1CX7A 1QT7A 3GUNA 3WXUA 2BQJA 4D9ZA 1GFEA 3GUKA 3FI5A 148LE 1OVKA 1LYYA 4NHQA 4ZIXA 2BLYA 4LYTA 1XJTA 2ZIJA 1OUCA 2HUKA 4H8YA 1LYGA 2YDGA 2Z2EA 4NGYA 2OE7X 1C6BA 5LVIA 250LA 1L59A 1GXXA 1VDTA 4W51A 3B0OA 2G4PA 5DM9A 1C6EA 2W1MA 2N5ZA 3GUIA 1L26A 1L11A 2F30A 1JKAA 1LPIA 146LA 1BB6A 1LMPA 4XJGA 1ZVYB 4HJVA 1IWWA 1L31A 4I7JA 3WUNA 5LAGA 4DDAA 4N5RA 2DQEY 1VEDA 2XBSA 3TXGA 1L89A 4PJZA 1LSDA 1WTHA 1P7SA 1G0PA 1TCYA 1LW9A 1UACY 5L9JA 5LVGA 5KY1A 169LA 2RAYX 3A90A 5M1YA 1UIAA 5E4PA 1OWYA 1L68A 4TTDA 3QNGA 1B7OA 3TXBA 1HERA 1AT5A 2NTGA 1LZGA 4H8XA 1L76A 1DI5A 3MGWA 1RE2A 4TSBA 1C6GA 7LZMA 1L69A 3A91A 1L42A 1OUHA 4LFPA 4LT3A 166LA 1XFPL 2Z19A 1L0JA 1L19A 1QSQA 2ZILA 5APCA 1FLQA 3N9EA 2O79A 1F10A 4EKPA 2YBMA 4LYOA 5APDA 4I7OA 4RW2A 2RBOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REM A;  1B7N A;  5I4Y A;  2HTX A;  2W1X A;  1IO5 A;  1DKJ A;  1RCM A;  4NGL A;  1LSG A;  5EBH A;  1I1Z A;  4OWA A;  1B5Z A;  1LHH A;  2HU3 A;  3A67 Y;  1BQL Y;  2YBI A;  1CKC A;  1GB9 A;  1REY A;  4NG1 A;  4XJB A;  2HEF A;  3AZ6 A;  4BAF A;  1OUD A;  5D5F A;  4OWB A;  1B2K A;  1IWT A;  1LZR A;  4KL7 A;  4LT1 A;  4H90 A;  1BB3 A;  1LZB A;  2XBR A;  2BQD A;  4WM6 A;  1GB0 A;  1VFB C;  1YKX X;  4LYZ A;  4WLX A;  1TAY A;  1IP2 A;  1D0L A;  1IWZ A;  1WQQ A;  2H9K A;  4H91 A;  5LYZ A;  1GF4 A;  2BQC A;  3P64 A;  1DI4 A;  1GFH A;  1OUI A;  4UWN A;  134L A;  1NDG C;  1BGI A;  1ZMY L;  4GCE A;  2ZQ3 A;  1B9O A;  5KXR A;  1BWI A;  3B72 A;  4OWC A;  4WG7 A;  1GAY A;  2F2N A;  1INU A;  3WXT A;  4WLY A;  1IOS A;  1IP7 A;  4WM3 A;  1QTK A;  4WL6 A;  4ML7 A;  1C7P A;  4H9A A;  1G7I C;  4LYB A;  1DZB X;  1YAQ A;  1BVX A;  2BAA A;  2BQK A;  5LVK A;  5FHW A;  4O34 A;  1D0K A;  3WXU A;  1WQP A;  2BQJ A;  4D9Z A;  1XEI A;  5B06 A;  1GFE A;  1LZY A;  3P68 A;  1LYY A;  4NHQ A;  4ZIX A;  2I25 L;  1WQR A;  5KXW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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