4YXAC

Complex of spao(spoa1,2 semet) and orgb(apar)::t4lysozyme fusion protein
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
196
structure length
168
Chain Sequence
GPVDMLKNIPIPSPLSPVEGILIKRKTLERYFSINIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Surface presentation of antigens protein SpaO
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
total genus 48
structure length 168
sequence length 196
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yxaC00
1L67A 107LA 3FADA 1C63A 192LA 225LA 1L63A 1LYEA 159LA 3HTBA 1LGXA 1L50A 3F9LA 2ANVA 1PQDA 1LYIA 1G0KA 1CVKA 3C83A 1EPYA 1L33A 1C6NA 1CV4A 2RBQA 233LA 1C6HA 1T6HA 255LA 4DKLA 246LA 1L07A 1XJTA 2A4TA 4W56A 2OE4X 3DN1A 1L10A 1C62A 168LA 2B6XA 1KW7A 178LA 1D3NA 250LA 4GBRB 240LA 3C7YA 4AQNA 1L0KA 3DN6A 1LI6A 1P6YA 215LA 3DNAA 1L64A 220LA 1G0MA 4W51A 1JTMA 3C8QA 3L64A 1C61A 3DMVA 1L55A 2OTYX 1L34A 2Q9EA 3HUQA 1SWZA 3CDVA 1P56A 4EJ4A 137LA 1OYUA 1L49A 1QT7A 1C6MA 3GULA 244LA 2NTHA 4I7NA 3FA0A 4OO9A 3GUPA 3HTDA 1C6JA 1L14A 1L59A 175LA 1C6LA 4I7RA 4EKPA 4EPIA 1L39A 2B7XA 152LA 3HT6A 3CDRA 1L74A 1CV0A 1L17A 1SWYA 2RAZX 4LDLA 1QTCA 3DN2A 1C66A 214LA 201LA 1PQIA 1L24A 140LA 1SSYA 1SSWA 2RBNA 1CX6A 1L82A 3GUKA 1G0QA 1L99A 1CV1A 4S0WA 4PJZA 1C65A 1I6SA 1L97A 261LA 1K28A 1L30A 4LDEA 1QTDA 120LA 1L22A 1ZURA 4YXCA 139LA 1L42A 1L77A 2HUKA 1L47A 3DKEX 4ARMB 2RB2X 104LA 3OE0A 143LA 3GUNA 3HUAA 3HDEA 4W54A 4W52A 3SB8A 3C7WA 1L02A 1QTZA 1L61A 1P37A 259LA 1L96A 245LA 3OE9A 252LA 2OU0X 1LYJA 1D2WA 1QT5A 2Q9DA 3HT9A 3NY8A 1L29A 4W57A 3F8VA 1QUOA 1C6QA 1CU6A 1L01A 3DN8A 1CUQA 4EKSA 2B6WA 1CV3A 1G0GA 1LGWA 1LYDA 2RH1A 6LZMA 1L88A 3HU9A 3CDOA 3DN4A 1OWYA 3V2YA 1L04A 1JQUA 1NHBA 3PDSA 2RBPA 1QUDA 1L44A 1KY1A 125LA 4ARQA 4DAJA 3C82A 1DYCA 4I7QA 2F47A 3GUMA 1L92A 4ZPUA 1L11A 2OU9A 1QTBA 162LA 4I7SA 2F2QA 191LA 1T97A 2O7AA 2RB1X 1L46A 199LA 3HU8A 102LA 1D3FA 1L52A 1L89A 3C80A 129LA 1C68A 184LA 2HUMA 1D2YA 3LZMA 1L56A 3HH5A 217LA 1L94A 1D3MA 1G0LA 185LA 1OVKA 2L78A 3G3WA 3DN0A 4I7PA 4I7MA 165LA 3C8RA 3HWLA 1L85A 1QT4A 237LA 126LA 1L41A 2F32A 128LA 2O4WA 149LA 1L68A 1L51A 247LA 2ANXA 2CUUA 4DJHA 2B70A 2QB0B 1T8AA 1L27A 3GUOA 1CX7A 1L79A 4I7KA 2B75A 4ARJA 3HDFA 4LZMA 1KW5A 257LA 4I7JA 1PQOA 2OEAX 226LA 1L35A 249LA 1P3NA 1DYGA 3SN6R 1C6FA 144LA 156LA 248LA 1L00A 1P2RA 254LA 5LZMA 119LA 118LA 158LA 3V2WA 213LA 3HH6A 1C6AA 197LA 1QT3A 3FI5A 148LE 1QTVA 1LI3A 2HULA 1L75A 1L28A 1L87A 1C60A 1PQJA 1L60A 130LA 2IGCA 186LA 206LA 1C6KA 1L86A 174LA 1L38A 227LA 1ZWNA 1L80A 1L19A 2RBOA 1OWZA 2B73A 1QSBA 4I7TA 210LA 4W58A 1LYFA 1L58A 1LWKA 160LA 1CV5A 1D9WA 171LA 112LA 1L36A 4EKQA 3C8SA 3D4SA 1L81A 223LA 2RAYX 1LI2A 1QS5A 222LA 127LA 7LZMA 253LA 3L2XA 182LA 2LCBA 1CU5A 113LA 1G0JA 2B72A 3SB6A 1QUGA 189LA 1L13A 3HH4A 150LA 1L76A 3HUKA 4K5YA 4ARMA 1L53A 3SBBC 1L31A 232LA 1CU0A 1L69A 4LDOA 1C6BA 1G07A 1L43A 1L06A 1QT8A 1C6EA 3RZEA 3RUNA 3CDQA 1L26A 1P46A 1G0PA 242LA 147LA 1L16A 196LA 164LA 115LA 1LWGA 4YX7C 1L15A 1OV7A 3VW7A 1TLAA 4E97A 1WTHA 1L91A 4I7LA 3G3VA 1L25A 122LA 2QARC 195LA 4PK0A 1L95A 180LA 198LA 236LA 1L98A 262LA 1DYBA 3DMXA 3SB7A 1CTWA 1L71A 1LYHA 1SX7A 205LA 3G3XA 230LA 3C81A 1OVHA 1CU3A 4EXMA 3HT8A 2RB0X 1LLHA 4W53A 1L93A 1C64A 1C67A 1CU2A 110LA 1DYDA 256LA 1KY0A 241LA 1DYFA 221LA 1QUHA 1L73A 2B6YA 1P36A 4W55A 4YXAC 145LA 1C6DA 142LA 167LA 1L70A 4ARLA 5I14A 3SB5A 1QS9A 4EPFA 3HTGA 1XJUA 3DMZA 1L45A 229LA 1T8GA 169LA 166LA 4IAPA 1QSQA 2Z6BA 1L84A 1OV5A 3NYAA 1KNIA 258LA 1PQMA 1DYAA 231LA 170LA 1G06A 161LA 109LA 2OU8A 200LA 2RBSA 1L62A 3EMLA 3NY9A 238LA 3SBAA 138LA 1C6GA 3C7ZA 157LA 1L54A 2B6TA 103LA 131LA 1QTHA 1L0JA 2RBRA 3DN3A 1CUPA 3HH3A 123LA 1L90A 234LA 4ARPA 1C6TA 2OE9X 3K2RA 172LA 260LA 1L20A 209LA 4EKRA 4W59A 183LA 3HTFA 3JR6A 216LA 1LW9A 1LYGA 173LA 1C6PA 1C69A 1L12A 1L66A 251LA 2B6ZA 3SB9A 1KS3A 1L57A 3OE6A 181LA 3GUIA 176LA 1CV6A 1P5CA 1B6IA 1L83A 218LA 1T8FA 188LA 114LA 146LA 177LA 1L05A 1L21A 108LA 1L08A 228LA 1L03A 3OE8A 3QAKA 3CDTA 1G1WA 243LA 2OE7X 1P2LA 4I7OA 4ARQB 3HT7A 1L72A 1SX2A 235LA 2NTGA 1XEPA 1LGUA 163LA 1JTNA 1PQKA 3GUJA 151LA 2O79A 2LZMA 1DYEA 212LA 1L23A 3PBLA 2LC9A 1ZYTA 1LPYA 1L40A 3ODUA 219LA 111LA 2B74A 1L37A 2OTZX 1L32A 239LA 1L48A 1QT6A 4GRVA 1OVJA 3UONA 1L65A 224LA 155LA 187LA 1P64A 1C6IA 1D3JA 211LA 1L18A 190LA 1G1VA 1P7SA 141LA 1C6CA 1L09A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WM6A 3FADA 1C63A 3LYOA 159LA 1LGXA 2FBBA 1L33A 1BWHA 4PJ2C 1OUGA 1WTNA 5ILFA 4OWEA 4WLXA 8LYZA 1XJTA 5A3EA 4BAPA 1C62A 2BQDA 2A7FA 2BQOA 4NSGA 4AQNA 1JPOA 3WYHA 5HNLA 1B5WA 5LINA 4W51A 1QDTA 1DI5A 1L34A 3HUQA 2BQHA 1LKSA 4EJ4A 2NTHA 3IWRA 3FA0A 1C6JA 4LZTA 175LA 1E8LA 4M4OA 3HT6A 4G49A 3W6AA 2BQCA 1SWYA 4LDLA 1HEOA 1PQIA 2LYOA 1LZEA 3WXTA 1MLCE 1IP2A 1SSWA 3WVXA 1JJ0A 1DKJA 1FN5A 1W6ZA 1CV1A 1AM7A 3ULRA 1FBIX 2BQMA 4B1AA 1GDXA 4GN4A 3HFMY 4TSBA 1K28A 4HTNA 4LDEA 1LTMA 1QTDA 1LZYA 2LZ2A 1BGIA 1L77A 104LA 143LA 1GDWA 4W52A 3SB8A 1P37A 1YKYX 4N9RA 3CT1A 4H92A 4GCCA 3WPJA 3HT9A 3NY8A 1L29A 1CU6A 1L01A 5LA8A 4WMGA 1CUQA 153LA 5HMVA 5IELA 1LYDA 1L88A 1LJNA 1OWYA 2XQOA 2N5ZA 1JQUA 1NHBA 1QUDA 1L44A 1CJ6A 2C8PA 1DPXA 3C82A 4KT3A 1KXYA 1L92A 5F81A 4A7DA 2BQJA 2OU9A 4I7SA 2F2QA 1T97A 1UIGA 4X3BA 3P4ZA 3CB7A 1G7HC 102LA 1RJCB 5F9UA 1C45A 1C68A 3LZMA 1LHMA 1D3MA 1G0LA 185LA 3DN0A 4O34A 3WMKA 3RT5X 3G3AB 165LA 5C6JA 3C8RA 2I6ZA 237LA 4XN6A 5KXRA 1LJJA 1L68A 2CUUA 4II8A 2MEGA 1T8AA 5DN5A 2DQFC 4I7KA 1L79A 1GB0A 4ARJA 1IP3A 1LMQA 1PQOA 4QY9A 1G7LC 3SN6R 1C6FA 1F6SA 4ET8A 248LA 1L00A 1OUCA 119LA 1YAMA 4CFOA 4HPEA 2D91A 1GEZA 1C60A 5APFA 130LA 4WO6A 1SQ2L 1LJEA 1C6KA 2W1MA 1L38A 2EKSC 5IHGA 2DKVA 1JISA 1EQ5A 4NG8A 4I7TA 210LA 4GLAA 1N4FA 3M18B 4KL7A 4H9CA 2YBNA 1O23A 1KXWA 4IJ4A 4GCEA 1L36A 3AZ4A 3C8SA 2RAYX 4NGOA 1IO5A 2HECA 5M1YA 253LA 1YQVY 182LA 1GD6A 1JSEA 1JTOL 1QUGA 5IDDA 4ARMA 4XJGA 3SBBC 232LA 1CU0A 1L69A 2MECA 4GN5C 2I26L 4HP0A 4H8XA 4WM3A 1V7SA 3CDQA 4LGKA 1P46A 4N5RA 4KPMA 5I4YA 4H9FA 3AGGG 4LT3A 164LA 3W6BA 3T6UA 1L15A 1B5YA 1TLAA 2D4KA 1LMPA 1JJ1A 4DDBA 2MEFA 3G3VA 2QARC 195LA 1C08C 1GBWA 3CQLA 1OUJA 3AZ7A 1L98A 2BQEA 3B6LA 1B0DA 1DYBA 3DMXA 1W08A 1CTWA 4J7VA 4OW1A 4IASA 3W6DA 1LYHA 5KKIA 3A90A 4W96A 133LA 3G3XA 3C81A 4QDNA 4EXMA 1MELL 3TXEA 3A91A 1CU2A 110LA 4NGYA 3AW7A 5KXMA 4MR1A 221LA 2LHMA 1HFXA 1L73A 1P36A 4W55A 4YF2A 145LA 5I14A 1GF0A 1AT5A 1GFJA 4HTKA 1QS9A 1NMMA 4DD7A 4NEBA 1LJGA 1L45A 1CNSA 1JIYA 1GBOA 166LA 4IAPA 3CT0A 4B4EA 4NY5A 5F14A 1KNIA 4EOFA 5APEA 1DPWA 4RLMA 2Z39A 4ZIXA 3LZ2A 3CSRA 1G06A 4P2EA 161LA 1IC4Y 2CJLA 1WTMA 1LHHA 1GXXA 4AXTA 4PHIA 2RBSA 4NGKA 1C6GA 1LZGA 4BAFA 4XJHA 1L0JA 1YILA 2RBRA 4R0FA 4G4HA 2BLYA 2MEAA 1LCNA 5KXZA 3E3DA 4ARPA 1HHLA 2Z2EA 6LYZA 3K2RA 172LA 4NGVA 2DQIY 1HEPA 2EQLA 209LA 4WM2A 4W59A 183LA 3HTFA 2W1XA 3SP3A 4H9IA 1BWIA 4M6DA 1OUBA 4UWNA 1F6RA 1L12A 3SB9A 2B6ZA 1IP7A 3OE6A 3GUIA 1LZ5A 1LMNA 1YKXX 1HFYA 1B2KA 3N9CA 1L21A 1YL1X 108LA 1L08A 2YVBA 3A8ZA 1DQJC 4D9ZA 228LA 1QIOA 3CDTA 243LA 1Z55A 1YIKA 5AMYA 4RW2A 2Y8PA 4BADA 5KXLA 3WU7A 2NTGA 4HJYA 1XEPA 4LYBA 2LZMA 1DYEA 1L23A 1GB2A 1L40A 3T36A 4HV2A 2B74A 1L37A 2OTZX 4Z3MA 4B4IA 3MGWA 1NHEA 155LA 4FJRA 1D3JA 1G1VA 3HU9A 192LA 225LA 1L50A 5C6IA 2LYMA 4PRUA 1G0KA 1CVKA 1C6NA 1DZBX 1C6HA 1OUFA 255LA 3A95A 4WOAA 3F6ZA 1JEFA 4YENA 4I0CA 2HU1A 3J6KA 4W56A 2OE4X 1L10A 2B6XA 178LA 3TXKA 5FDJA 3P68A 4LT2A 1GHLA 1QTKA 3DN6A 1P6YA 1BQLY 2YBLA 4DYGA 1L64A 1IR8A 1JTMA 1C61A 1L55A 2OTYX 1C10A 3WUMA 3HBHA 4WLDA 1CKFA 1V7TA 1P56A 1OYUA 1L49A 1LPIA 1L59A 1L14A 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1L81A 1IC7Y 1QS5A 1B5VA 3P64A 1DXJA 4H94A 7LZMA 3WXUA 4IATA 2Z38A 4J1BA 1G0JA 2B72A 3SB6A 1LYYA 1L13A 4YEOA 1TCYA 4RLNA 1VDTA 3A3QA 4H93A 1IOTA 3TMVA 1NBYC 3LYTA 1GF5A 4DD1A 1L06A 2VB1A 1QT8A 3A93A 3RZEA 3RUNA 7LYZA 1L26A 2H9KA 132LA 1JKDA 5F9XA 1IWWA 1G0PA 242LA 1LJIA 1WVVA 3W6FA 3J4GA 3RZ4A 4YX7C 3TXGA 1OV7A 4MSTA 1HELA 1GFEA 1XGQC 4DD3A 5FEKA 4I7LA 4NGLA 4PK0A 154LA 1LJFA 1GFUA 3SB7A 1GF3A 1LOZA 1SX7A 4N0JA 207LA 2FBDA 230LA 1CU3A 4L41A 2RB0X 1IORA 1RCMA 1GXV2 4NSIA 1DYDA 256LA 1LZ4A 4Z41A 4FDYA 1DYFA 1XGRC 1QUHA 5KXPA 2Z37A 4YXAC 1L70A 1IP6A 1J1PY 3SB5A 4EPFA 4N1CC 3HTGA 5APCA 1IY3A 1LSMA 4OWBA 1QSQA 1B7OA 2Z6BA 1L84A 1FKQA 5HNCA 4I8SA 4U3XB 4ZFPA 1CKDA 1WQPA 2OU8A 208LA 2DQAA 3EMLA 3NY9A 1LZ8A 131LA 1B7RA 1BVKC 1CJ9A 1CUPA 2ZWBA 2ZIJA 9LYZA 1TAYA 3WUNA 4KXIA 3EMSA 1C6TA 1IOQA 5DLAA 1XEKA 3LZTA 1IIZA 1L20A 5LAFA 2BQIA 1ZVYB 1GBXA 3WU8A 1I1ZA 1LYGA 2NWDX 251LA 3WH1A 1KS3A 181LA 1P5CA 1JTTL 218LA 1T8FA 188LA 146LA 4NIJA 2IHLA 1LKRA 1L05A 1UIBA 1L03A 3QAKA 1LAAA 1GAZA 4I7OA 1HSWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WM6 A;  3FAD A;  1C63 A;  3LYO A;  159L A;  1LGX A;  2FBB A;  1L33 A;  1BWH A;  4PJ2 C;  1OUG A;  1WTN A;  5ILF A;  4OWE A;  4WLX A;  8LYZ A;  1XJT A;  5A3E A;  4BAP A;  1C62 A;  2BQD A;  2A7F A;  2BQO A;  4NSG A;  4AQN A;  1JPO A;  3WYH A;  5HNL A;  1B5W A;  5LIN A;  4W51 A;  1QDT A;  1DI5 A;  1L34 A;  3HUQ A;  2BQH A;  1LKS A;  4EJ4 A;  2NTH A;  3IWR A;  3FA0 A;  1C6J A;  4LZT A;  175L A;  1E8L A;  4M4O A;  3HT6 A;  4G49 A;  3W6A A;  2BQC A;  1SWY A;  4LDL A;  1HEO A;  1PQI A;  2LYO A;  1LZE A;  3WXT A;  1MLC E;  1IP2 A;  1SSW A;  3WVX A;  1JJ0 A;  1DKJ A;  1FN5 A;  1W6Z A;  1CV1 A;  1AM7 A;  3ULR A;  1FBI X;  2BQM A;  4B1A A;  1GDX A;  4GN4 A;  3HFM Y;  4TSB A;  1K28 A;  4HTN A;  4LDE A;  1LTM A;  1QTD A;  1LZY A;  2LZ2 A;  1BGI A;  1L77 A;  104L A;  143L A;  1GDW A;  4W52 A;  3SB8 A;  1P37 A;  1YKY X;  4N9R A;  3CT1 A;  4H92 A;  4GCC A;  3WPJ A;  3HT9 A;  3NY8 A;  1L29 A;  1CU6 A;  1L01 A;  5LA8 A;  4WMG A;  1CUQ A;  153L A;  5HMV A;  5IEL A;  1LYD A;  1L88 A;  1LJN A;  1OWY A;  2XQO A; 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