4Z98A

Crystal structure of hen egg white lysozyme using serial x-ray diffraction data collection
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A high-transparency, micro-patternable chip for X-ray diffraction analysis of microcrystals under native growth conditions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4z98A00
1MELL 3B0OA 4PRQA 2FYCA 5KXLA 1QTKA 1HENA 2RSCA 4DWXA 4QY9A 5FDJA 2DQCY 1JTTL 2DQEY 1JKCA 1AM7A 1LMAA 208LA 2H9KA 2HEFA 3MGWA 5F81A 1YKZX 4LGKA 4R0FA 1B5WA 3QY4A 4YOPA 2ZILA 153LA 1AT6A 3LYMA 1GXXA 1QUSA 1IWUA 2A7FA 1NWGA 1YANA 1P2CC 1GF5A 1RE2A 3A94A 3AB6A 4H9CA 4WLTA 4ANRA 5J7CA 3A95A 1GD6A 5FHWA 1LMOA 1IORA 1ZMYL 2BQFA 4OWHA 1NF5A 1LJJA 4WG1A 1B0DA 1LZ5A 1QDRA 8LYZA 4LYOA 2Q0MX 1JJ3A 1DXJA 1LZCA 4B4JA 4CFPA 4WLXA 1LOZA 1NDMC 1XEKA 1LSEA 2ZNXY 1GBWA 1JJ1A 4KT3A 3BKHA 1GBZA 2EQLA 4H93A 4YF2A 2HUBA 4H9BA 4I0CA 3AZ6A 1C45A 1INUA 2HU1A 4BAPA 1GBSA 1F6RA 1GF8A 1QSWA 1YILA 3LYTA 4NGYA 1BWJA 1AKIA 1LZ6A 1GAYA 2W1MA 3A90A 2DKVA 1V7TA 4ETEA 5LVJA 1REZA 1NBYC 5A3ZA 1HELA 4NHSA 1UIEA 1LZTA 5KXSA 4DD2A 4GCEA 6LYZA 1BHZA 3LYZA 5KXRA 1EQ4A 4CHXA 2Z2EA 1IC4Y 1D0LA 1JTOL 1LKSA 5IELA 4EOFA 2ZNWY 4WOAA 2ZWBA 5LA8A 1LZ4A 4DDCA 5L3IA 1NKHA 1BGIA 1GFUA 1LKRA 2LYZA 3CT5A 3P4ZA 4LZTA 4NSGA 1GE3A 4OOTA 4DD7A 2DQHY 1PZYA 2ZQ3A 4N5RA 1IP5A 2HTXA 3OK0A 4LFXA 3F6ZA 3WPLA 1OQMA 3W6AA 1TBYA 2IHLA 1NQIA 4GLVA 2BQGA 2HU3A 5KXPA 1JSFA 1GF3A 5LVKA 3SP3A 1LCNA 1GF4A 1QIOA 2LHMA 3CSRA 1CJ8A 3RW8A 1BVKC 1LJIA 4LYMA 4J0LA 1IIZA 4NHTA 4B49A 1QTEA 134LA 2D6BA 1WQQA 2MECA 3HFMY 1LSCA 4NEBA 5AMYA 2LZTA 1AT5A 1PS5A 4EMNA 1OUCA 3LZ2A 4WM4A 3WW6A 1LHIA 4H9HA 2D91A 4IASA 4NWHA 2Z19A 1W08A 1QDTA 1GFAA 1CKCA 1WQNA 2DQGY 1GF9A 3WPJA 2AUBA 1LZAA 5KXMA 3TXBA 1NHEA 1IWTA 3WL2A 3WU8A 4UWNA 2XBRA 2IFFY 4DD1A 1YAPA 3QNGA 4DDAA 4H92A 4ET9A 1N4FA 4KPMA 4H9EA 4C3WA 1HC0A 2MEHA 4HJVA 1D0MA 193LA 1B5UA 1GFEA 1OUDA 2LYOA 2XTHA 3AGHA 1IWXA 1LJ4A 1XEIA 3ATNA 4II8A 3WULA 4E3UA 4WM1A 1LZ1A 2A7DA 4WLYA 1FLUA 1JIYA 5DN4A 4BADA 5L9JA 2BQCA 4G9SA 3T6UA 2BQNA 4MR1A 1IOCA 5KKIA 1HF4A 1LSYA 1J1OY 5LYMA 2W1LA 5FELA 3LHMA 194LA 1GBOA 1UUZC 4CFOA 4OOOA 4RW1A 1DI4A 1LSMA 5KXNA 1JISA 1CKFA 1DQJC 5LXWA 3IWRA 1JSEA 3CSZA 4NG8A 3ZEKA 4OWBA 4FJRA 1GE0A 4XJIA 3EMSA 4DD3A 1TDYA 1GE2A 2YDGA 5DN5A 3TMWA 3GXKA 1REXA 3TMXA 5APEA 1VDTA 1BVXA 2F30A 1CKHA 3M3UA 1WTMA 3OJPA 3A92A 4IJ4A 4XADA 5KXZA 1OUHA 3W6CA 4ET8A 1CJ6A 2DBTA 3EBAB 1GF7A 1LMPA 1DI3A 2D4IA 3HBDA 4YM8A 1C10A 1LMCA 1VFBC 1JPOA 2ZYCA 3WXUA 2C8PA 4L41A 1LZ9A 1G7MC 1LZBA 2MEDA 1LMNA 3TMVA 4WM6A 1IOTA 3GXRA 5F9XA 4YEMA 2ZQ4A 4LT2A 1VDSA 1XGQC 2HEDA 5KXTA 5JENB 1FDLY 2BQOA 1CJ9A 2PC2A 3IJVA 1UC0A 3K3TA 4WG7A 5F9UA 1LZRA 3TXHA 3ZVQA 2HECA 3AZ5A 1UIHA 1FBIX 1LJKA 3W6BA 5LVHA 2BAAA 4NGLA 1UA6Y 1GBXA 4NWEA 2BQHA 1WQMA 1HMLA 5EBHA 5B1FA 5LA5A 1YAMA 1IP4A 1IP7A 1C43A 1FKQA 3LN2A 5DLAA 3D3DA 1JUGA 1EL1A 5B06A 1OP9B 3N9CA 1UACY 5IHGA 4GCDA 4NGKA 5B1GA 1G7LC 3B72A 4I8SA 4FDYA 1B7MA 132LA 1VAUA 2Z12A 1IP1A 1GE1A 1TCYA 4KL7A 6LYTA 1NMMA 1GDXA 1XGRC 2Z18A 1IVMA 5DM9A 3EXDA 1WQOA 1LJEA 3FI7A 1JJ0A 1VDPA 4TUNA 3AZ7A 3AYQA 4MCKA 3A3QA 3T36A 1QQYA 2ZYPA 1B7LA 1XFPL 1RJCB 5I54A 4ETAA 4CJ2A 3B6LA 4H1PA 4OWCA 4PRUA 4RDSA 1NBZC 3CT1A 5C6IA 5I4YA 1DPWA 1G7IC 3AW6A 4B4EA 3A91A 1I56A 5IDDA 2HEBA 1RFPA 1GE4A 207LA 1BWIA 3P66A 4NHIA 1TEWA 2MEGA 4OWEA 4B0DA 1IC5Y 1D0KA 1LHLA 4LYZA 4PJ2C 1HFYA 3P68A 5LAGA 4LT1A 3A6BY 1AZFA 1W6ZA 1LSNA 2MEBA 1SLYA 2MEAA 1KXYA 1YROA 3KAMA 2X0AA 3VWOA 1CNSA 3RT5X 1B7RA 4NSIA 1GB5A 1C08C 5APDA 3RU5A 1LZSA 5FSTA 4HV2A 4LYCA 4H94A 2DQIY 2BLXA 4C5FA 2BQJA 1EQEA 1KIRC 1YKXX 3HBEX 4WM5A 4NGIA 4TX7A 3J4GA 4Z46A 5I4XA 1DKKA 4O34A 1WVUA 1REYA 2F2NA 1GHLA 1GFGA 1GB2A 1LMQA 5KXWA 5LINA 3WW5A 4GCBA 3QE8A 5ILFA 1F6SA 1HEQA 1LJNA 3ULRA 1GFJA 3WUMA 1B5XA 1GFVA 1B7PA 3A8ZA 2F4GA 1H6MA 1JHLA 1LHJA 3TXDA 4XYYA 4LFPA 2Z2FA 1REMA 1D9UA 1C46A 1DKJA 1LMTA 1H87A 5L3HA 4H90A 1YL0X 4RLMA 1LZEA 1VDQA 3FE0A 1UIAA 4UWVA 2B5ZA 3A34A 3CSQA 1JKAA 1GWDA 1XGPC 4XN6A 1LJGA 1MLCE 4H91A 4Z41A 5M1YA 2LZ2A 1YQVY 4QDNA 2YBNA 2D4KA 2BLYA 4ZEEA 1YIKA 4IATA 4N0JA 5FCPA 1B5ZA 5D5FA 1IP6A 1LYZA 2HEEA 3A67Y 4TTDA 4HTNA 5HLLA 4AXTA 3WU9A 4G4BA 3TXJA 4PPOA 4WO6A 4X3BA 2H9JA 1OUFA 1NDGC 1OUGA 5KJ9A 1IR9A 7LYZA 2W1XA 5LIOA 2EIZC 4U3XB 1JITA 1D6QA 1LSDA 1LHMA 3WUAA 3B0KA 1IOQA 1LSGA 2BQKA 3CT0A 1A2YC 4HTQA 4LYBA 4N8ZA 2MEIA 5KXXA 1WTNA 5HMJA 135LA 1QSAA 4NIJA 3WPKA 4ETDA 1JWRA 1LJFA 5B05A 4J1AA 4Z98A 5F14A 1BWHA 2H5ZA 5KXYA 4ETBA 2YVBA 3BKVA 3TXIA 5LYTA 4MSTA 3W6FA 1FLYA 3N9EA 3W6EA 4OW1A 1IWVA 2NWDX 1OUBA 4ZFPA 4HP0A 1LTMA 2Y8PA 9LYZA 5KY1A 2WARA 2BQIA 4R6CA 4TSBA 1GF0A 1LZDA 3HBHA 3WH1A 1GFRA 4H8ZA 4NG1A 3TXFA 1I1ZA 1LHKA 2YBHA 5LYZA 1OUIA 1HFXA 5K7OA 4W94A 1UBZA 2DQFC 1IOSA 4NHPA 1IR7A 1WQRA 4WL7A 2MEEA 4B4IA 4BS7A 4KXIA 5A3EA 3TMUA 1LZYA 1Z55A 1SQ2L 2CDSA 3WVYA 2LYMA 1IWZA 1OUEA 2BQEA 1HEPA 5D5CA 2BQAA 1LSBA 4XJFA 1JEFA 4NSHA 4XJDA 2EPEA 4M6DA 1VEDA 1GEZA 4GN3A 1KIPC 4HPEA 4W96A 1YKYX 1YAQA 1GF6A 4NGVA 1C7PA 1GAZA 1JTPL 1UIBA 5ILCA 4WM3A 4YEOA 2DQJY 5APFA 3WMKA 4A7DA 1B5VA 1F10A 1LJHA 2DQAA 3TXKA 1V7SA 3IJUA 3AW7A 1UIFA 1FKVA 1GEVA 2XJWA 1GFKA 4J7VA 4YENA 1T6VL 1TAYA 1GPQC 4N1EI 3AJNA 1CKGA 3WVXA 4G4CA 2YBLA 2HEAA 1HMKA 5E9RA 1GBYA 2YBMA 2CGIA 2Z38A 4XENA 3TXGA 1GB9A 2I6ZA 4P2EA 4WO9A 5I5QA 4AGAA 4B1AA 5KXOA 1HEMA 3AGIA 4NGZA 1ALCA 4ETCA 1HSXA 1FN5A 1ZV5L 4DT3A 2VB1A 1BB7A 1G7HC 4H8YA 4H9AA 4DD0A 2BQBA 1GB6A 2GV0A 4G4HA 5T3FA 2Z39A 3B0IA 1B7NA 3CQLA 1HEOA 4WLDA 5C6LA 4J1BA 1IWYA 3WU7A 1JKDA 2XBSA 1LZ8A 4H9FA 1KXWA 4HJYA 1HERA 1B7QA 1LJ3A 4N1CC 3N9AA 1CKDA 4GCCA 1D6PA 3WYHA 1JKBA 2G4NA 1B9OA 1XGUC 4NGOA 2YBJA 3EO5A 1IP3A 5B59A 4GN4A 5HQ1A 4DDBA 5C6JA 1UIGA 1BB4A 3E3DA 4LT0A 4NGJA 1J1XY 4BAFA 4LYTA 1HSWA 2YSSC 1WQPA 133LA 1BB5A 1DPXA 4HPIA 1IY3A 2BQDA 1XSFA 3G3AB 4PHIA 4UWUA 3J6KA 2FBBA 3TXEA 5HNCA 2EKSC 3A96A 3M18B 2DQDY 1IO5A 1T3PA 1G7JC 1HNLA 1KXXA 4GCFA 1BQLY 4LT3A 1ZVYB 1B2KA 4NFVA 2BQMA 5LAFA 4HSFA 3W3EA 3LYOA 3RZ4A 1B5YA 1B7OA 1IY4A 3AGGG 4PGJB 1CJ7A 4QEQA 4H8XA 1IC7Y 1UICA 2D4JA 4TSCA 4OWAA 1LZNA 3ATOA 1HHLA 2YBIA 4WL6A 1YAOA 5I4WA 4ZIXA 1KIQC 1XEJA 1A4VA 3W6DA 1UCOA 2G4PA 1VATA 1LSPA 5B07A 5APCA 2C8OA 1IR8A 4RW2A 2Z37A 1IWWA 3AZ4A 2ZIJA 5II3A 2MEFA 1HFZA 1IEEA 5E4PA 1UIDA 1B7SA 5I53A 1FLWA 1LSZA 1RI8B 1BB6A 1GDWA 4WMGA 3WUNA 5HNLA 5DL9A 2FBDA 4H9IA 1LYSA 4WM2A 5KXKA 1LSFA 4ML7A 1E8LA 2CJLA 3G3BB 3WXTA 1DI5A 4HJZA 4HV1A 4XJGA 1GFTA 1GXV2 1LZGA 1RCMA 4NSJA 4TWSA 4DYGA 1OUJA 5HMVA 1LYOA 1GB8A 1GFHA 3CB7A 5FEKA 1LYYA 2F4AA 1F0WA 3P65A 3ZVQB 1GB7A 3A6CY 3LZTA 1O23A 5LVGA 1YL1X 1LHHA 2BQLA 4NHQA 1J1PY 1FLQA 4XJHA 4D9ZA 1WVVA 5LVIA 4DD9A 4XJBA 4Z3MA 4CGEA 2BPUA 3A3RX 4GN5C 1I20A 4RLNA 2W1YA 1LAAA 4NGWA 1XGTC 154LA 1LPIA 2G4QA 4HTKA 2FYDA 2CWIA 3A93A 1HEWA 1BB3A 1IP2A 4N9RA 3P64A 2I26L 5F16A 3D9AC 1LSAA 4G49A 4M4OA 4DC4A 5KKJA 4GLAA 1IX0A 1QUTA 1EQ5A 2I25L 2N5ZA 3RNXA 1DZBX 1OUAA 1GB3A 1GB0A 1ZVHL 2ZIKA 4QGZA 4NY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B0OA 5FDJA 1QS5A 3MGWA 208LA 1P64A 3L2XA 4YOPA 110LA 2ZILA 153LA 3A94A 3A95A 1ZWNA 2RB0X 3DMVA 2BQFA 3FADA 173LA 4DQ7A 1NF5A 1LJJA 1LZ5A 176LA 1JJ3A 1DXJA 1LZCA 4B4JA 4H93A 4YF2A 2HUBA 1T6HA 2HU1A 1GBSA 1F6RA 3HT7A 1BWJA 5LVJA 1GAYA 3A90A 3HH5A 5A3ZA 1HELA 1LZTA 1L74A 4DD2A 4GCEA 1BHZA 222LA 4CHXA 174LA 1P6YA 1LKSA 1LYHA 2ZWBA 1P7SA 1GFUA 3CT5A 1CTWA 1GE3A 1LYJA 1L49A 3OK0A 3LZMA 114LA 3W6AA 1SWYA 180LA 5LVKA 1G0GA 1LCNA 1QIOA 3C7ZA 1C6BA 2LHMA 1C60A 3RW8A 4LYMA 4J0LA 4B49A 3HUAA 2D6BA 1LSCA 2LZTA 1AT5A 4EMNA 131LA 187LA 5KXMA 3WPJA 1LZAA 1L76A 1NHEA 4I7TA 2XBRA 4ARQB 3QNGA 4ET9A 1N4FA 4H9EA 1QTZA 1HC0A 3HU8A 1B5UA 3SBAA 4E3UA 3ATNA 4WLYA 4BADA 2B73A 2BQNA 4MR1A 5FELA 4W53A 4RW1A 1DI4A 1JISA 1DQJC 4EPIA 3IWRA 4OWBA 143LA 1GE2A 5DN5A 3HTFA 3GXKA 3TMXA 5APEA 1QTDA 3M3UA 2B6ZA 2DBTA 1GF7A 1DI3A 3HH4A 3HBDA 1VFBC 1LMCA 2C8PA 4WM6A 5F9XA 2ZQ4A 3DN1A 3IJVA 171LA 1UIHA 1L46A 201LA 1L36A 2BQHA 5DLAA 3D3DA 3N9CA 1L71A 5IHGA 4GCDA 5B1GA 1B7MA 1P46A 2Z12A 1GE1A 4KL7A 6LYTA 1GDXA 3QAKA 5DM9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MEL L;  3B0O A;  4PRQ A;  2FYC A;  5KXL A;  1QTK A;  1HEN A;  2RSC A;  4DWX A;  4QY9 A;  5FDJ A;  2DQC Y;  1JTT L;  2DQE Y;  1JKC A;  1AM7 A;  1LMA A;  208L A;  2H9K A;  2HEF A;  3MGW A;  5F81 A;  1YKZ X;  4LGK A;  4R0F A;  1B5W A;  3QY4 A;  4YOP A;  2ZIL A;  153L A;  1AT6 A;  3LYM A;  1GXX A;  1QUS A;  1IWU A;  2A7F A;  1NWG A;  1YAN A;  1P2C C;  1GF5 A;  1RE2 A;  3A94 A;  3AB6 A;  4H9C A;  4WLT A;  4ANR A;  5J7C A;  3A95 A;  1GD6 A;  5FHW A;  1LMO A;  1IOR A;  1ZMY L;  2BQF A;  4OWH A;  1NF5 A;  1LJJ A;  4WG1 A;  1B0D A;  1LZ5 A;  1QDR A;  8LYZ A;  4LYO A;  2Q0M X;  1JJ3 A;  1DXJ A;  1LZC A;  4B4J A;  4CFP A;  4WLX A;  1LOZ A;  1NDM C;  1XEK A;  1LSE A;  2ZNX Y;  1GBW A;  1JJ1 A;  4KT3 A;  3BKH A;  1GBZ A;  2EQL A;  4H93 A;  4YF2 A;  2HUB A;  4H9B A;  4I0C A;  3AZ6 A;  1C45 A;  1INU A;  2HU1 A;  4BAP A;  1GBS A;  1F6R A;  1GF8 A;  1QSW A;  1YIL A;  3LYT A;  4NGY A;  1BWJ A;  1AKI A;  1LZ6 A;  1GAY A;  2W1M A;  3A90 A;  2DKV A;  1V7T A;  4ETE A;  5LVJ A;  1REZ A;  1NBY C;  5A3Z A;  1HEL A; 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 4PGJ B;  1CJ7 A;  4QEQ A;  4H8X A;  1IC7 Y;  1UIC A;  2D4J A;  4TSC A;  4OWA A;  1LZN A;  3ATO A;  1HHL A;  2YBI A;  4WL6 A;  1YAO A;  5I4W A;  4ZIX A;  1KIQ C;  1XEJ A;  1A4V A;  3W6D A;  1UCO A;  2G4P A;  1VAT A;  1LSP A;  5B07 A;  5APC A;  2C8O A;  1IR8 A;  4RW2 A;  2Z37 A;  1IWW A;  3AZ4 A;  2ZIJ A;  5II3 A;  2MEF A;  1HFZ A;  1IEE A;  5E4P A;  1UID A;  1B7S A;  5I53 A;  1FLW A;  1LSZ A;  1RI8 B;  1BB6 A;  1GDW A;  4WMG A;  3WUN A;  5HNL A;  5DL9 A;  2FBD A;  4H9I A;  1LYS A;  4WM2 A;  5KXK A;  1LSF A;  4ML7 A;  1E8L A;  2CJL A;  3G3B B;  3WXT A;  1DI5 A;  4HJZ A;  4HV1 A;  4XJG A;  1GFT A;  1GXV 2;  1LZG A;  1RCM A;  4NSJ A;  4TWS A;  4DYG A;  1OUJ A;  5HMV A;  1LYO A;  1GB8 A;  1GFH A;  3CB7 A;  5FEK A;  1LYY A;  2F4A A;  1F0W A;  3P65 A;  3ZVQ B;  1GB7 A;  3A6C Y;  3LZT A;  1O23 A;  5LVG A;  1YL1 X;  1LHH A;  2BQL A;  4NHQ A;  1J1P Y;  1FLQ A;  4XJH A;  4D9Z A;  1WVV A;  5LVI A;  4DD9 A;  4XJB A;  4Z3M A;  4CGE A;  2BPU A;  3A3R X;  4GN5 C;  1I20 A;  4RLN A;  2W1Y A;  1LAA A;  4NGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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