4ZPUA

The structure of dlp12 endolysin exhibits likely active and inactive conformations.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETTRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREVCLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of DLP12 endolysin exhibits likely an active and inactive conformations.
rcsb
molecule keywords Lysozyme RrrD
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zpuA00
129LA 1L95A 262LA 2QB0B 1L05A 2O4WA 1D3MA 1L06A 1C6GA 1D9WA 162LA 1L09A 1L97A 1LLHA 160LA 1C6FA 1L37A 3HDFA 1DYAA 164LA 1L86A 231LA 1L71A 1C6MA 1C6JA 1KW7A 3C7ZA 4IAPA 1C62A 234LA 1L15A 1L68A 1L62A 119LA 4W54A 1PQIA 3DMVA 1CV0A 155LA 3HU8A 149LA 1L19A 165LA 4ARMB 1L47A 148LE 1P2LA 1T8FA 3C82A 2RB0X 1QUOA 2NTHA 1L77A 252LA 4DJHA 1JTMA 1P37A 3NY9A 4YXAC 1QT5A 2HULA 254LA 4GRVA 104LA 220LA 2RBRA 1P36A 1LWGA 1L46A 3HTDA 1ZYTA 2OU0X 1L34A 174LA 1L57A 3GUIA 173LA 1C6PA 1L83A 171LA 1LYGA 167LA 1G1WA 4LDLA 238LA 2B6WA 3C83A 1JTNA 1DYBA 1L51A 1C67A 4EKQA 2B73A 3L64A 3C81A 3DN2A 3HDEA 1CUQA 2IGCA 1L60A 102LA 137LA 1DYEA 1OVJA 1OVKA 4EJ4A 4K5YA 1LI6A 1L44A 2OU9A 1QTDA 1L48A 1L00A 1QTVA 196LA 1SWZA 109LA 1G0PA 3JR6A 4I7KA 4S0WA 187LA 3PDSA 2RH1A 219LA 4W57A 1CU5A 2O7AA 205LA 3SBBC 221LA 1L22A 1SSYA 2F2QA 2B72A 1L87A 1L94A 1OV5A 198LA 3RZEA 1L58A 1XJUA 1P56A 3C7YA 1L32A 1G07A 3HT7A 3OE6A 1KNIA 4YX7C 2RAZX 1L73A 3DN8A 3K2RA 161LA 125LA 138LA 1C69A 214LA 1OWYA 1G0KA 1L30A 1T8AA 2LZMA 1C66A 3HU9A 1TLAA 1L04A 1LYEA 240LA 2RBSA 3HTGA 213LA 223LA 1CU0A 3PBLA 1P3NA 3C8SA 1C6QA 1LI2A 1L61A 1L98A 4EPFA 247LA 158LA 2HUKA 1L81A 1OWZA 4ARLA 2RBQA 3G3WA 236LA 1L76A 3ODUA 2B6YA 3SB7A 1L07A 141LA 3EMLA 246LA 2B6TA 230LA 3FA0A 1QUDA 1L21A 1QS5A 3C8RA 5LZMA 1L08A 1CX7A 256LA 2ANXA 4LDEA 3GUOA 197LA 1QT7A 2OEAX 222LA 1L49A 4AQNA 163LA 1L82A 1L92A 1L40A 3F8VA 1LW9A 1G0GA 4EKPA 170LA 2L78A 4I7JA 3SB8A 1L54A 4I7RA 2QARC 3V2YA 2B6ZA 1DYCA 1C6NA 1L72A 4I7MA 259LA 1L12A 1LYJA 2Z6BA 1DYGA 195LA 260LA 4EKSA 181LA 1G0QA 1L63A 3HUQA 1DYFA 3DNAA 1L74A 1QS9A 1T6HA 1KY0A 1P46A 3NYAA 2RBPA 1L03A 175LA 1SX7A 4DAJA 3HH5A 140LA 1LI3A 1DYDA 215LA 2B7XA 1L53A 4I7OA 2OE7X 228LA 3CDRA 1C6IA 168LA 177LA 200LA 4YXCA 3HT8A 152LA 172LA 2O79A 1L93A 3CDVA 4W53A 4I7QA 1L33A 2RB2X 237LA 1G0LA 1C6TA 1ZWNA 1L42A 3FADA 1G0JA 1L69A 1LGUA 1LWKA 2RAYX 2OE4X 4ARQA 1L10A 1P7SA 1C60A 1L65A 2B74A 3NY8A 1SX2A 2ANVA 3HTBA 3GUNA 2F32A 226LA 1KW5A 146LA 1L64A 3LZMA 1L27A 4PJZA 4OO9A 1L52A 1L31A 1D3NA 233LA 1ZURA 1LPYA 199LA 2RBNA 185LA 3FI5A 2A4TA 3OE8A 1L36A 1EPYA 1L0JA 3SBAA 1L50A 2LC9A 113LA 4ARJA 3RUNA 201LA 145LA 3GUJA 2F47A 232LA 1L91A 1JQUA 2OTYX 3GULA 4ARQB 1L25A 1P5CA 1QT8A 4I7PA 108LA 3C8QA 3GUPA 3SB6A 1CX6A 1L75A 188LA 192LA 1C6EA 3HUAA 1L13A 147LA 1L28A 1PQDA 1B6IA 1NHBA 218LA 1G06A 1L45A 3HH6A 4I7LA 4ZPUA 1CV5A 2OTZX 157LA 3G3XA 186LA 1L20A 3HTFA 122LA 1L79A 2Q9EA 1I6SA 2B70A 216LA 4EPIA 258LA 1D2YA 1C65A 1CVKA 2HUMA 120LA 235LA 3DMZA 3SB5A 143LA 166LA 3V2WA 4EXMA 3UONA 4E97A 225LA 4W51A 3G3VA 1L85A 1L96A 5I14A 1C6AA 3OE0A 3DN4A 1LGXA 1L80A 1WTHA 1CTWA 4W58A 1LYIA 114LA 1LYHA 3C80A 115LA 4W55A 1QUGA 1CV1A 1L35A 1C6DA 253LA 111LA 1L26A 1C6KA 3GUMA 3HWLA 1P2RA 1CV6A 1KS3A 1QT3A 3DMXA 131LA 2RB1X 227LA 209LA 1L84A 1QTHA 1T97A 144LA 1C61A 1L17A 110LA 1SWYA 3C7WA 1L89A 128LA 224LA 191LA 3HH4A 1L14A 1G1VA 2B75A 3CDTA 1L24A 1QSQA 180LA 1C6BA 169LA 190LA 1D3FA 1L56A 210LA 118LA 1L11A 130LA 1C64A 1CUPA 3F9LA 3CDOA 1QTZA 1LGWA 2Q9DA 1OV7A 1CU6A 257LA 3DN6A 3SB9A 1T8GA 4W59A 3DN3A 1L43A 1L66A 123LA 2OE9X 1PQKA 3HUKA 1L23A 1L55A 241LA 243LA 4LZMA 159LA 1QTCA 2CUUA 244LA 178LA 1LYFA 126LA 2B6XA 4LDOA 1L38A 1P64A 4I7NA 261LA 245LA 3OE9A 1LYDA 1L90A 2LCBA 6LZMA 112LA 1QUHA 1C63A 1L88A 1QSBA 1PQJA 248LA 1L99A 1C6CA 1L67A 1D2WA 1L18A 1OYUA 1PQOA 4W56A 4ARPA 1SSWA 150LA 176LA 1C6HA 1D3JA 3GUKA 1XJTA 3CDQA 1L29A 251LA 1P6YA 184LA 249LA 142LA 229LA 4I7TA 1CU3A 189LA 1L39A 239LA 3D4SA 103LA 1QT4A 1PQMA 127LA 1XEPA 255LA 107LA 3SN6R 1CV4A 211LA 2OU8A 217LA 1K28A 1L70A 1QT6A 4DKLA 1L0KA 3HT6A 1L01A 1CU2A 1L02A 1OVHA 3DKEX 1L41A 1L16A 3VW7A 212LA 3L2XA 2NTGA 242LA 4EKRA 4W52A 3HH3A 156LA 1L59A 3QAKA 7LZMA 1G0MA 250LA 3HT9A 1C6LA 1KY1A 2RBOA 3DN1A 4GBRB 1QTBA 3DN0A 139LA 151LA 4PK0A 1CV3A 183LA 4ARMA 206LA 1C68A 182LA 4I7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REXA 1L95A 5B07A 2QB0B 4H9EA 4B4EA 1C6GA 1D9WA 4NSJA 1LLHA 1L37A 1HFZA 1DYAA 164LA 1FLQA 2BAAA 4IAPA 1LSZA 3BKVA 1L15A 4W94A 3GXKA 119LA 3N9EA 4B1AA 1MELL 4KL7A 5LVGA 3DMVA 1CV0A 5C6JA 5B1FA 4ARMB 1L47A 3F6ZA 2H9JA 1FLYA 1IC7Y 1QUOA 1QUTA 3KAMA 4N5RA 4YENA 5I5QA 4Z98A 1JTMA 1P37A 4YXAC 1W6ZA 5KKIA 2XBSA 3TXDA 1VAUA 3N9CA 2OU0X 1LZ4A 1C45A 3GUIA 173LA 1C6PA 3FI7A 1JHLA 1HC0A 1HERA 2W1MA 1OUJA 4LDLA 2B6WA 2HU3A 1JITA 1GF9A 1C67A 2B73A 2IGCA 2YBLA 1LKSA 1HHLA 3M3UA 1LMNA 4RDSA 1LI6A 1RJCB 1QTDA 4MSTA 135LA 1GF7A 1DXJA 1SWZA 4WLTA 8LYZA 1NF5A 4S0WA 187LA 3PDSA 219LA 2IHLA 2VB1A 1L22A 2C8OA 1L94A 3RT5X 1LZSA 3RNXA 5KXRA 4DD1A 3C7YA 1L32A 1G07A 3HT7A 1OUDA 1HELA 161LA 2MEBA 1FLUA 2ZYPA 1G0KA 1CJ6A 1L30A 3WU9A 2BQFA 4H94A 213LA 3K3TA 1TCYA 4EOFA 3C8SA 4OWEA 1GB0A 1C6QA 4WL7A 4EPFA 5F16A 158LA 2HUKA 1L81A 4RLMA 2RBQA 3AZ5A 1L76A 4ET8A 3W3EA 1GF0A 1L07A 141LA 1D0LA 246LA 4WM5A 1QS5A 1L08A 1D0KA 1OP9B 1GF5A 3GUOA 1DPXA 4NSGA 4DDBA 1XFPL 1UIGA 1L40A 1G0GA 1UICA 4J1BA 2L78A 1IWWA 4NHPA 5KXZA 1L54A 1GE1A 2HEEA 4H9AA 1GFAA 4N1EI 5KXNA 1GFEA 1DYGA 195LA 1LSEA 1G0QA 1VDTA 3D3DA 3DNAA 1KXXA 4G4HA 4NGKA 1YL0X 5APFA 4R6CA 1YILA 2AUBA 1WVVA 2A7FA 1XGQC 140LA 1DYDA 1REZA 2DQHY 228LA 1C7PA 1IP3A 1C6IA 177LA 4NWHA 3A94A 1GFGA 152LA 1QTEA 1IVMA 1KXYA 3EO5A 4W53A 1LMPA 1XSFA 4I7QA 1JEFA 2RB2X 1JIYA 1ZWNA 1WQMA 3FADA 1G0JA 1L69A 3B6LA 4ARQA 1P7SA 1C60A 5B06A 2ANVA 4I8SA 3GUNA 2F32A 4ETDA 1CJ8A 4AXTA 2CWIA 153LA 1L64A 1LZ8A 1L52A 4HJZA 1L31A 4NEBA 2BPUA 3WU8A 5II3A 4GLAA 1GD6A 4WM6A 2BQKA 2BLYA 3RW8A 3B0OA 113LA 4PHIA 4LFXA 4ARJA 1W08A 4P2EA 3RUNA 1GF6A 145LA 3A8ZA 232LA 2ZIJA 2OTYX 1GBOA 1JKAA 4GN4A 3CT0A 1E8LA 4NGIA 3RU5A 1BWJA 3C8QA 2LYMA 4FDYA 188LA 2BQOA 4L41A 3LZTA 3AGHA 1G06A 1L45A 3HH6A 4I7LA 4N8ZA 5APEA 4B49A 3LYMA 2OTZX 157LA 1L79A 1OUBA 2ZNWY 216LA 2I6ZA 3WH1A 2FBDA 2ZQ3A 3DMZA 5LA5A 166LA 4EXMA 1JKDA 1DKKA 1C6AA 3CT5A 2Z18A 2YBNA 1LYIA 2ZILA 114LA 1ZV5L 4DDCA 1QUGA 4WM2A 1QUSA 1B7NA 1CV1A 1AKIA 1FLWA 1C6DA 1L26A 1C6KA 1GFHA 1BB6A 1P2RA 2MEGA 1QIOA 131LA 5A3EA 1Z55A 4NHTA 5KKJA 5F81A 4XN6A 2G4QA 5APDA 3C7WA 4Z41A 3CSZA 4GCBA 4H93A 4PRUA 1N4FA 1L24A 4YEOA 169LA 5F14A 3AW7A 1EQEA 1CKGA 1XGUC 1IR8A 1UIFA 2BQEA 2Q9DA 1UIAA 1I56A 2ZQ4A 4NG8A 2WARA 4W59A 4CFOA 1L43A 3WW5A 2Z37A 3AZ4A 2Z12A 2OE9X 241LA 1L55A 5HQ1A 4XJDA 1QTCA 4DD3A 2B6XA 2BQDA 1G7JC 261LA 3OE9A 4NSHA 1L90A 5I4WA 6LZMA 1O23A 4WG7A 1QUHA 1L88A 1IC4Y 1LJHA 1C6CA 4BAPA 2EPEA 5B1GA 1PQOA 4ARPA 2BLXA 5LAGA 4NGYA 3CDQA 1L29A 4B4IA 4M4OA 4NWEA 3A3QA 184LA 249LA 4I7TA 229LA 2H9KA 1CU3A 4H90A 1HNLA 4ETCA 1F6RA 1QT4A 5LVKA 1GFVA 3AZ6A 5F9XA 1J1OY 1OUIA 3D9AC 3A6CY 211LA 1GB6A 1YAOA 5DN4A 2RSCA 4XJFA 2G4PA 1BB5A 3L2XA 5IDDA 4EKRA 5KJ9A 2DKVA 1JISA 4H9BA 7LZMA 3AYQA 1DKJA 5LINA 3DN1A 4ARMA 1CV3A 2HEDA 1LPIA 4KPMA 1LZ6A 3TXEA 1J1PY 1D3MA 1L06A 1NWGA 1VFBC 1L97A 4H92A 1LYYA 1L86A 231LA 1L71A 1C6MA 1WQRA 1L68A 3G3AB 4W54A 4HV1A 1IWTA 4LFPA 149LA 1LCNA 4ET9A 165LA 5L9JA 1YKYX 1T8FA 2G4NA 2W1LA 2W1YA 3C82A 2NTHA 2F4GA 252LA 3TMUA 3A91A 2HUBA 194LA 2GV0A 1GEVA 2CGIA 3T36A 1QT5A 2HTXA 1LSPA 1I1ZA 5FCPA 1FN5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1REX A;  1L95 A;  5B07 A;  2QB0 B;  4H9E A;  4B4E A;  1C6G A;  1D9W A;  4NSJ A;  1LLH A;  1L37 A;  1HFZ A;  1DYA A;  164L A;  1FLQ A;  2BAA A;  4IAP A;  1LSZ A;  3BKV A;  1L15 A;  4W94 A;  3GXK A;  119L A;  3N9E A;  4B1A A;  1MEL L;  4KL7 A;  5LVG A;  3DMV A;  1CV0 A;  5C6J A;  5B1F A;  4ARM B;  1L47 A;  3F6Z A;  2H9J A;  1FLY A;  1IC7 Y;  1QUO A;  1QUT A;  3KAM A;  4N5R A;  4YEN A;  5I5Q A;  4Z98 A;  1JTM A;  1P37 A;  4YXA C;  1W6Z A;  5KKI A;  2XBS A;  3TXD A;  1VAU A;  3N9C A;  2OU0 X;  1LZ4 A;  1C45 A;  3GUI A;  173L A;  1C6P A;  3FI7 A;  1JHL A;  1HC0 A;  1HER A;  2W1M A;  1OUJ A;  4LDL A;  2B6W A;  2HU3 A;  1JIT A;  1GF9 A;  1C67 A;  2B73 A;  2IGC A;  2YBL A;  1LKS A;  1HHL A;  3M3U A;  1LMN A;  4RDS A;  1LI6 A;  1RJC B;  1QTD A;  4MST A;  135L A;  1GF7 A;  1DXJ A;  1SWZ A;  4WLT A;  8LYZ A;  1NF5 A;  4S0W A;  187L A;  3PDS A;  219L A;  2IHL A;  2VB1 A;  1L22 A;  2C8O A;  1L94 A;  3RT5 X;  1LZS A;  3RNX A;  5KXR A;  4DD1 A;  3C7Y A;  1L32 A;  1G07 A;  3HT7 A;  1OUD A;  1HEL A;  161L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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