4ZPUA

The structure of dlp12 endolysin exhibits likely active and inactive conformations.
Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETTRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREVCLWGQQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (3-12)EMPTY3H1 (13-15)AH2 (16-26)AH4 (96-109)TIV1 (29-32)TI1 (27-30)S1 (38-43)O1 (52-71)TI2 (44-47)TII'1 (51-54)S3 (55-56)TI3 (57-60)AH3 (68-86)TI4 (61-64)AH5 (111-116)3H2 (87-89)AH6 (118-125)AH7 (128-134)AH8 (147-161)3H3 (135-137)O2 (132-160)S5 (144-145)S4 (140-141)TIV4 (161-164)S2 (49-52)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
publication title The structure of DLP12 endolysin exhibits likely an active and inactive conformations.
rcsb
molecule keywords Lysozyme RrrD
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zpuA00
4K5YA 1QT8A 1L94A 3HWLA 3CDOA 1QSQA 1QTDA 192LA 2O7AA 2OU8A 1L92A 3HTDA 212LA 249LA 1G0QA 1DYDA 2HULA 2RBQA 3DKEX 3SN6R 1G07A 1OYUA 1P6YA 2RBRA 3HT9A 1L18A 3GUKA 1C6PA 1KW7A 211LA 3HDEA 161LA 1LPYA 1PQIA 1L41A 2RAYX 225LA 1L12A 146LA 1L83A 2B6XA 3DN6A 4I7OA 3C8SA 2OE9X 1SWZA 1C67A 238LA 2LCBA 1LYEA 3LZMA 1LI6A 242LA 254LA 1L71A 186LA 1QUOA 1T6HA 219LA 3PDSA 173LA 1QT5A 1ZWNA 2B6YA 4W52A 247LA 4S0WA 2OEAX 1TLAA 237LA 1KY1A 1QSBA 1LI3A 236LA 4ARQB 1CX7A 3L64A 1P2LA 2F32A 198LA 1P7SA 160LA 149LA 4I7QA 2OE7X 1L65A 1G1WA 1L72A 1L79A 3G3WA 2RB2X 1XEPA 1KS3A 255LA 4I7TA 3RUNA 231LA 168LA 4LDLA 1C6JA 234LA 178LA 1CV0A 176LA 1NHBA 1LYHA 1L60A 155LA 1C63A 1L59A 1LYGA 1QUDA 3FI5A 1LLHA 1L89A 139LA 1L66A 1L82A 1L33A 183LA 1L46A 1ZYTA 1LYJA 1OV5A 1C62A 4EKPA 216LA 1L88A 4YX7C 4PJZA 113LA 252LA 1L07A 3QAKA 1G06A 217LA 1QT7A 3GUPA 2RBOA 2B6ZA 3GUJA 1L49A 1P56A 3DMXA 197LA 226LA 1QT6A 3F9LA 251LA 4EKRA 1CV1A 1T8GA 2A4TA 3OE0A 253LA 1SSYA 138LA 4W55A 1OVJA 1L13A 3DMVA 4DKLA 1T97A 1DYAA 1L63A 104LA 2OTYX 3C83A 1D2WA 1L48A 227LA 3JR6A 1L74A 1L75A 184LA 260LA 130LA 3C8QA 1LYIA 2IGCA 261LA 4AQNA 4ARLA 166LA 1CU0A 1CV4A 250LA 1C6HA 1L10A 262LA 4W58A 110LA 3HH4A 4EKSA 148LE 3HUAA 1L27A 1EPYA 145LA 1CU3A 123LA 1L86A 1L04A 4I7RA 1L87A 1L01A 1P3NA 1L22A 209LA 2RH1A 156LA 1CV5A 1L93A 4EPIA 3SB6A 1P37A 1CU2A 240LA 3C7YA 4EJ4A 1D2YA 2L78A 1LGWA 3C80A 3HTGA 1CV3A 1CV6A 1L21A 3GUMA 2ANVA 4DAJA 2B70A 1L29A 1L40A 3DN0A 3HT6A 2NTHA 2LZMA 3GUOA 3DN4A 3SB5A 2B7XA 3C81A 257LA 1L38A 1L64A 1DYEA 1QTCA 1CX6A 245LA 1L45A 1C6MA 3DMZA 3HUQA 1XJUA 3SB9A 143LA 1P5CA 1L02A 1L32A 3VW7A 1L35A 3CDRA 4I7NA 4I7MA 1OWZA 4YXAC 3FADA 1QT4A 1L91A 1T8AA 1PQDA 1LGUA 1L44A 3V2YA 1L80A 1OVHA 1G0KA 2O4WA 2RAZX 127LA 4ARJA 174LA 1C6CA 1G0PA 1L36A 2HUMA 228LA 1L06A 180LA 112LA 200LA 1KNIA 4I7JA 3UONA 1C69A 233LA 3EMLA 1DYGA 1SWYA 1G0LA 4LDEA 1LYDA 1L03A 2CUUA 3DN1A 3F8VA 1DYBA 1LWGA 239LA 1JQUA 1P46A 109LA 1CTWA 248LA 218LA 1QUHA 3HTFA 4GBRB 165LA 1OVKA 1L52A 1L68A 2Q9DA 2B6TA 1L28A 1PQOA 4DJHA 1L20A 256LA 4ZPUA 210LA 1C6FA 1L55A 3HDFA 4EPFA 131LA 1QTBA 5I14A 2RBSA 1L25A 224LA 169LA 1L84A 1D3NA 1G0MA 2B72A 3GUIA 4EKQA 1L19A 7LZMA 3CDTA 2RBPA 142LA 223LA 4GRVA 3SB8A 3SBAA 2QB0B 1CU6A 140LA 4EXMA 3V2WA 159LA 1T8FA 1L30A 1L05A 1L62A 141LA 1L34A 1C6BA 1CUPA 1L85A 3PBLA 1C6IA 243LA 1LGXA 1C6AA 185LA 1C6KA 3HTBA 214LA 1L70A 4IAPA 147LA 144LA 2OE4X 3D4SA 1CVKA 111LA 151LA 1JTNA 1L81A 2B73A 2B74A 1C64A 1L69A 1L26A 171LA 3L2XA 1QS9A 190LA 1C65A 2OU0X 1SSWA 2O79A 1LI2A 4LDOA 2RBNA 3C7ZA 1SX2A 1L97A 2RB0X 1L77A 4ARPA 1OV7A 1L09A 3C8RA 3HU9A 2B6WA 1L98A 1QT3A 1QUGA 177LA 4I7LA 3CDQA 2F47A 1L31A 103LA 3HUKA 2B75A 3HH5A 3HH6A 3FA0A 107LA 1L54A 1L61A 2RB1X 195LA 1G0JA 1QTZA 3GULA 3NY8A 1C60A 1I6SA 3NYAA 241LA 1D3MA 1L43A 1C6LA 4I7PA 1QTVA 258LA 1C61A 1CUQA 2LC9A 3OE6A 1QTHA 1G0GA 206LA 3HU8A 1G1VA 3HH3A 1KW5A 235LA 1DYCA 170LA 191LA 182LA 1D3JA 1L15A 4W57A 4W59A 1L53A 1L67A 229LA 128LA 232LA 1L0JA 1C6GA 244LA 2F2QA 1L16A 246LA 4W51A 126LA 2QARC 4W56A 157LA 1KY0A 1D3FA 1P36A 152LA 4YXCA 1P2RA 4I7KA 1C66A 167LA 119LA 187LA 3SB7A 102LA 118LA 108LA 4W54A 4ARQA 230LA 137LA 3G3XA 3DN8A 1C6NA 1D9WA 4ARMB 1P64A 6LZMA 4W53A 3DN3A 3RZEA 164LA 1L96A 1L17A 3CDVA 1XJTA 172LA 189LA 2Q9EA 1L50A 3OE9A 1C6TA 1QS5A 3C82A 3K2RA 4ARMA 1L90A 1L76A 1L47A 3DN2A 4LZMA 4I7SA 1C6QA 1DYFA 162LA 1L14A 2ANXA 1ZURA 1LYFA 222LA 125LA 1L37A 5LZMA 2OTZX 129LA 1K28A 1L39A 1C6DA 2NTGA 3GUNA 4PK0A 201LA 115LA 199LA 215LA 122LA 259LA 2HUKA 3NY9A 1PQKA 1L08A 2Z6BA 205LA 1JTMA 3OE8A 3HT7A 3HT8A 3ODUA 163LA 1L51A 221LA 1B6IA 1CU5A 1PQJA 188LA 1L58A 150LA 1OWYA 1L95A 1LW9A 1C6EA 1PQMA 3G3VA 2OU9A 196LA 3SBBC 1L42A 1LWKA 1WTHA 1SX7A 1L57A 114LA 1L73A 1L56A 1L23A 1L24A 158LA 213LA 3DNAA 3C7WA 4OO9A 1C68A 175LA 1L00A 1L11A 120LA 220LA 4E97A 181LA 1L99A 1L0KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NG8A 1QSQA 1QTDA 4WLTA 2O7AA 5FDJA 4A7DA 2RBQA 2RBRA 5F81A 4DT3A 4EOFA 4Z98A 3GUKA 1BB6A 1CJ6A 211LA 1F6RA 1FLUA 4WLXA 3TXJA 2B6XA 2D4KA 3CSQA 1PZYA 2Q0MX 1IOSA 1LYEA 1LZEA 4OWCA 5IDDA 3TMWA 242LA 1UIDA 3PDSA 247LA 1IP7A 1I56A 1KY1A 1HEOA 4ARQB 3LZTA 1QTKA 1GB0A 1L72A 4BADA 1EQEA 1XEPA 3P4ZA 1KS3A 255LA 4D9ZA 1BB5A 4WM3A 1NHBA 1L60A 4HSFA 4OOOA 1L59A 3FI5A 1LYOA 1L66A 1L33A 1OUBA 2GV0A 1LSNA 4O34A 1LZ4A 1IORA 4ZIXA 1LYJA 3WVYA 4EKPA 4GCEA 5HMVA 4YX7C 5I4XA 252LA 2MEDA 3B72A 3EBAB 4HJYA 1P56A 3CT5A 1UIBA 4DYGA 2BQKA 3F9LA 5HNLA 4QEQA 253LA 1QDRA 5KXPA 3WVXA 5K7OA 3ZVQA 4E3UA 1L48A 3JR6A 1L74A 260LA 3C8QA 1WVUA 1P2CC 1IWUA 1VDPA 262LA 4EKSA 148LE 1EL1A 1L86A 1G7JC 4FJRA 4YF2A 4I7RA 1L01A 1GF3A 1CKDA 4KPMA 156LA 1G7HC 4H9BA 4EPIA 1CU2A 1LZYA 1LHHA 240LA 4YEOA 1ALCA 4EJ4A 4RDSA 1L21A 2ANVA 1L29A 2NTHA 1BHZA 257LA 1L64A 4GCCA 1UCOA 1CX6A 1WQRA 1JTOL 3SB9A 1G7LC 4Z46A 5KXMA 1P5CA 1L02A 1L35A 2CJLA 2EQLA 1ZVHL 3FADA 3D3DA 4OWEA 1L44A 3BKHA 2DKVA 1LZ8A 228LA 2RSCA 3M3UA 5APCA 1YROA 3EMLA 3A91A 4LDEA 2MEFA 1TDYA 3B0OA 2IFFY 3F8VA 4NGIA 5I4YA 3TXGA 5DN4A 109LA 3A93A 248LA 4J7VA 218LA 4KL7A 1QUHA 1PS5A 165LA 4DQ5A 1LAAA 4P2EA 4NGOA 4LGKA 1LJKA 1PQOA 1C08C 2DQDY 3K3TA 1C6FA 4EPFA 1LSYA 4H9IA 5EBHA 4W94A 1YAMA 2FBDA 3B6LA 3WL2A 1ZMYL 1B7MA 4NHSA 5DLAA 1YL1X 2MEAA 5F9UA 4EKQA 3SB8A 4NFVA 159LA 2HUBA 1L30A 5KXKA 1QDTA 1HHLA 1L34A 1C6BA 2F2NA 3N9CA 2F4AA 2EPEA 1C6IA 1D0KA 1GBSA 1W6ZA 4H9FA 1JITA 5LYTA 4RW1A 3D4SA 1CVKA 111LA 1JTNA 1IP6A 1C43A 1C64A 4ZEEA 1L26A 3A34A 3M18B 1QS9A 1IWTA 5FEKA 1GB2A 2O79A 1L97A 4UWUA 1L77A 193LA 4ARPA 1LSEA 1HFZA 3HU9A 1GB8A 2D91A 1XEJA 3IJVA 3J4GA 5APFA 1C45A 1OUDA 1G0JA 1HENA 1LJFA 5D5FA 4CFPA 1LJGA 2XJWA 4HPIA 3EO5A 1C6LA 3A67Y 258LA 4R0FA 3N9AA 1LMCA 1QTHA 3GXKA 206LA 3HH3A 1IY4A 1DYCA 3LYOA 1XEKA 3AW7A 1L15A 4OOTA 1L53A 2G4PA 1L67A 1LJEA 128LA 1IWWA 4W51A 2EIZC 4PJ2C 1WTNA 1LKSA 1XFPL 1JEFA 2BQNA 4N0JA 1P36A 4XADA 1GWDA 4I7KA 1C66A 1GBZA 187LA 2BQHA 3SB7A 3AZ5A 1WQPA 4ARQA 1GFHA 2XBSA 4GLVA 2A7FA 3T36A 132LA 1GFRA 1UIAA 1P64A 6LZMA 3DN3A 1L96A 3N9EA 1BWHA 5FELA 1L17A 4DD9A 172LA 189LA 2Q9EA 1NWGA 3OE9A 2ZYPA 2ZWBA 1LMTA 5L9JA 4I7SA 1IOCA 2XTHA 1RCMA 1L37A 5LZMA 2OTZX 2IHLA 129LA 1L39A 2BQEA 1C6DA 2NTGA 4PK0A 1GEVA 1YAOA 4WO6A 1B5YA 3CT1A 5KXYA 1LKRA 1D0LA 1LZAA 2Z6BA 1CJ7A 163LA 5APEA 2WARA 5E9RA 4G4CA 1A2YC 2MEGA 4IATA 188LA 1IP3A 1LSBA 1C6EA 2D4JA 3G3VA 4ANRA 196LA 1F0WA 4RLMA 1QUSA 1SX7A 3TXHA 1GF4A 1L57A 3WUAA 1L24A 1GBWA 1C68A 5DM9A 175LA 1HF4A 1L00A 1L11A 5B1FA 4WOAA 220LA 4NGLA 1AZFA 1FKVA 4ETCA 1NBZC 1BWJA 1UBZA 2DBTA 3HTDA 249LA 1DYDA 1JISA 2HULA 3DKEX 3SN6R 1OYUA 5B59A 1WQQA 4J1BA 1C6PA 1KW7A 2EKSC 1LPYA 1L41A 4QGZA 3TXKA 4DD2A 4GCDA 4XENA 2Z19A 1EQ5A 4LYBA 4I7OA 1OUAA 1UICA 2OE9X 4I0CA 2LCBA 1C67A 1LI6A 1MELL 3W6BA 4R6CA 1GFAA 1L71A 1QUOA 1T6HA 1QT5A 1VFBC 4S0WA 1V7TA 4B4EA 1LHIA 1DI5A 2HEEA 3HBHA 149LA 3IJUA 2OE7X 1L65A 1G1WA 3TMVA 1LHJA 2YDGA 4C3WA 2DQCY 3RUNA 1HEMA 4IASA 5LA8A 178LA 1CV0A 176LA 4DDCA 5I5QA 2DQHY 155LA 1B2KA 1QUDA 2ZNWY 5LAFA 2Y8PA 3AYQA 183LA 1JSEA 1ZYTA 1OV5A 1YAQA 5LYZA 4EMNA 2N5ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NG8 A;  1QSQ A;  1QTD A;  4WLT A;  2O7A A;  5FDJ A;  4A7D A;  2RBQ A;  2RBR A;  5F81 A;  4DT3 A;  4EOF A;  4Z98 A;  3GUK A;  1BB6 A;  1CJ6 A;  211L A;  1F6R A;  1FLU A;  4WLX A;  3TXJ A;  2B6X A;  2D4K A;  3CSQ A;  1PZY A;  2Q0M X;  1IOS A;  1LYE A;  1LZE A;  4OWC A;  5IDD A;  3TMW A;  242L A;  1UID A;  3PDS A;  247L A;  1IP7 A;  1I56 A;  1KY1 A;  1HEO A;  4ARQ B;  3LZT A;  1QTK A;  1GB0 A;  1L72 A;  4BAD A;  1EQE A;  1XEP A;  3P4Z A;  1KS3 A;  255L A;  4D9Z A;  1BB5 A;  4WM3 A;  1NHB A;  1L60 A;  4HSF A;  4OOO A;  1L59 A;  3FI5 A;  1LYO A;  1L66 A;  1L33 A;  1OUB A;  2GV0 A;  1LSN A;  4O34 A;  1LZ4 A;  1IOR A;  4ZIX A;  1LYJ A;  3WVY A;  4EKP A;  4GCE A;  5HMV A;  4YX7 C;  5I4X A;  252L A;  2MED A;  3B72 A;  3EBA B;  4HJY A;  1P56 A;  3CT5 A;  1UIB A;  4DYG A;  2BQK A;  3F9L A;  5HNL A;  4QEQ A;  253L A;  1QDR A;  5KXP A;  3WVX A;  5K7O A;  3ZVQ A;  4E3U A;  1L48 A;  3JR6 A;  1L74 A;  260L A;  3C8Q A;  1WVU A;  1P2C C;  1IWU A;  1VDP A;  262L A;  4EKS A;  148L E;  1EL1 A;  1L86 A;  1G7J C; 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