4ZPUA

The structure of dlp12 endolysin exhibits likely active and inactive conformations.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETTRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREVCLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of DLP12 endolysin exhibits likely an active and inactive conformations.
rcsb
molecule keywords Lysozyme RrrD
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zpuA00
2B72A 2RBSA 1DYDA 1P2RA 139LA 1C64A 2B6XA 4W52A 3SB6A 7LZMA 1L62A 1QTZA 3DMZA 1QT5A 168LA 3SBBC 1OVKA 111LA 1L96A 1L73A 2NTHA 3C80A 1QSBA 1L48A 3GUPA 1QUGA 1L55A 2OEAX 1CV3A 4W59A 1G1WA 1L92A 4YXCA 230LA 104LA 233LA 185LA 1LWGA 256LA 4EKRA 199LA 1L61A 3SN6R 1L84A 1CV0A 1KW5A 1L89A 1C6PA 4W57A 1JTNA 1OVJA 184LA 2LZMA 1L31A 3HH5A 3VW7A 3DN3A 1CV1A 3K2RA 4LDEA 1LGWA 1QSQA 138LA 2O7AA 1L38A 253LA 1L08A 238LA 1I6SA 3HT6A 1PQKA 3CDTA 1L80A 4EPIA 250LA 1L74A 1LYEA 1KW7A 1C60A 1C67A 4S0WA 1L15A 1L52A 1P46A 1L17A 232LA 1L30A 2Q9EA 2QARC 1P3NA 1OV7A 244LA 1L85A 1L51A 150LA 155LA 1NHBA 1QTCA 1P5CA 231LA 2OU8A 4I7PA 1G0KA 1L45A 156LA 1T6HA 3DN6A 236LA 1L06A 1L12A 1L49A 178LA 183LA 2Q9DA 4ZPUA 1LYFA 1OYUA 4I7OA 2B74A 1L0JA 1QTHA 1L21A 261LA 4PJZA 1L50A 1B6IA 1CX7A 3C82A 4I7RA 1L63A 172LA 4ARMB 1C63A 3FI5A 5LZMA 1C6IA 4K5YA 2HUKA 1L44A 214LA 4LDLA 3HT9A 1L22A 1L90A 1LLHA 1G1VA 1L34A 1LGUA 1L83A 1L91A 165LA 1L77A 1QUHA 1SWYA 1C61A 2Z6BA 1T97A 1L87A 3SBAA 1L00A 1DYAA 180LA 102LA 198LA 1SWZA 223LA 240LA 2NTGA 196LA 157LA 3HDEA 224LA 2LCBA 2B6ZA 169LA 1C69A 4ARPA 216LA 1L27A 3JR6A 1OVHA 1L94A 4E97A 4PK0A 1L43A 1L64A 1L88A 3CDQA 4I7TA 171LA 4EJ4A 2O79A 254LA 257LA 140LA 3HH3A 220LA 235LA 1LYIA 1CV5A 1C6MA 4GRVA 2B75A 141LA 3DKEX 1C6DA 1QUDA 1CTWA 3GUOA 1P56A 2RBOA 1XEPA 2ANVA 3DN1A 1QT3A 1LGXA 159LA 2ANXA 1T8FA 1L53A 1EPYA 1L29A 4W54A 197LA 1PQIA 1L39A 1C6HA 1L05A 3HU8A 192LA 239LA 3SB8A 3DMVA 1ZYTA 1L37A 222LA 1L35A 1G0QA 1CX6A 1L03A 109LA 1D2WA 2RH1A 1DYBA 3NY8A 144LA 1OWYA 1C6LA 209LA 246LA 2B6WA 3C7ZA 107LA 259LA 1P36A 1L28A 1DYGA 1KS3A 1G0GA 1QUOA 2A4TA 1L57A 3DNAA 3GUIA 4ARQB 3C81A 1CU5A 1DYCA 2RBNA 1CVKA 1LYJA 1L95A 118LA 255LA 190LA 3QAKA 1D3MA 3V2WA 1G0JA 1PQJA 4W53A 1L76A 1SX2A 3DN0A 3SB5A 181LA 1L75A 126LA 1L36A 2F32A 4DJHA 3DN4A 210LA 189LA 4I7LA 1L67A 3G3WA 1L60A 1L47A 3HTFA 3ODUA 3PBLA 2HULA 1KY0A 2QB0B 1ZWNA 167LA 1D9WA 1L66A 1T8GA 1LYDA 1L42A 3RZEA 3RUNA 262LA 1L04A 200LA 2RAZX 1SSWA 1L16A 1K28A 213LA 3HDFA 2B6TA 3DMXA 1P64A 2RB2X 1CU2A 4OO9A 4EKPA 137LA 4I7QA 4IAPA 3FA0A 4ARMA 2RB0X 1QT8A 1KY1A 1QTBA 3CDVA 1LI2A 1XJTA 142LA 174LA 2OE4X 3GUMA 115LA 1L10A 122LA 1L81A 1LI3A 206LA 2O4WA 1L0KA 1L41A 5I14A 195LA 2OTYX 4ARJA 1L72A 226LA 1C6TA 4W58A 128LA 1CU0A 131LA 245LA 148LE 127LA 237LA 130LA 1L02A 1C6BA 1XJUA 1OV5A 205LA 1C66A 1L98A 2OE9X 1C6EA 1L13A 1QTDA 4YX7C 4EXMA 4I7NA 191LA 177LA 1DYFA 4GBRB 188LA 211LA 4EKSA 212LA 1L54A 187LA 1L79A 3HU9A 3GULA 227LA 1PQOA 1L65A 1L26A 182LA 113LA 2OU9A 1L56A 1L19A 3EMLA 4EKQA 229LA 161LA 1L23A 252LA 2F47A 3SB7A 218LA 1QT6A 2RBRA 1L01A 3C83A 1L40A 1LYHA 4I7SA 125LA 3GUJA 1L24A 1D3JA 243LA 3SB9A 260LA 112LA 170LA 3PDSA 4W51A 175LA 1C6JA 1PQDA 219LA 247LA 1PQMA 119LA 1L46A 3C8RA 1QTVA 4AQNA 3GUNA 1C6GA 4YXAC 1L99A 3OE6A 215LA 1G07A 3OE0A 1LPYA 1T8AA 1C6NA 1QT7A 2B70A 3F9LA 1WTHA 1P6YA 1QS9A 3LZMA 251LA 3HH6A 162LA 1L70A 186LA 2B73A 1CV6A 176LA 4EPFA 4W55A 1L18A 120LA 242LA 3OE9A 3HT7A 2RBPA 1JQUA 1P37A 225LA 1C6KA 146LA 2RB1X 1LI6A 4LZMA 1JTMA 4ARQA 1G0MA 1L33A 151LA 145LA 1KNIA 1L82A 1TLAA 3F8VA 2L78A 1P7SA 3UONA 164LA 241LA 248LA 1C6AA 3L64A 149LA 1C68A 1CUPA 3HUAA 1OWZA 108LA 1L97A 1L09A 160LA 2OE7X 1CV4A 3DN2A 4LDOA 166LA 1G0LA 4I7MA 6LZMA 1L25A 3DN8A 1L11A 3C8SA 4I7KA 2F2QA 2OTZX 1C65A 2RBQA 3HTGA 1C6FA 2IGCA 1SX7A 3OE8A 114LA 158LA 1G0PA 3NY9A 129LA 152LA 1L68A 3D4SA 4ARLA 1L07A 4W56A 1G06A 1QS5A 2HUMA 3HTBA 110LA 1CU6A 1ZURA 2LC9A 1L32A 1C6CA 1QT4A 3HUQA 201LA 3CDRA 1C62A 3C7WA 3FADA 3NYAA 1LW9A 1L20A 1LWKA 1SSYA 3C8QA 1P2LA 1L59A 1L58A 173LA 3CDOA 4DKLA 249LA 1L69A 1D2YA 1L71A 2CUUA 3HWLA 4DAJA 143LA 3HUKA 123LA 1L14A 103LA 3G3VA 2RAYX 1L86A 3HTDA 1D3NA 1LYGA 2B6YA 221LA 1D3FA 3HH4A 4I7JA 228LA 1CUQA 3C7YA 163LA 1DYEA 234LA 3V2YA 3HT8A 2OU0X 1C6QA 3L2XA 3GUKA 217LA 2B7XA 258LA 1L93A 1CU3A 3G3XA 147LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B72A 4PJ2C 1GBZA 3TMWA 1B5ZA 7LZMA 2ZQ4A 1WTNA 3WU7A 1GFAA 2NTHA 1QUGA 2Y8PA 2CJLA 1LZCA 4W59A 1L92A 2DQDY 1IWYA 1LMQA 207LA 2HU3A 2WARA 2DQCY 1GFKA 3ZVQA 1REXA 1C6PA 1WVUA 1B9OA 1OVJA 184LA 4NGKA 1LHKA 138LA 4NGOA 3TMVA 253LA 2I26L 194LA 3FE0A 2XTHA 1XGPC 4H94A 3HT6A 3CDTA 1L80A 2EIZC 4OOOA 1WQOA 4G4CA 1IVMA 1INUA 1L17A 4G4BA 2Q9EA 4DT3A 3KAMA 1LKSA 4NG1A 1LSEA 150LA 4J1BA 2Z19A 1GDXA 4W96A 2D4KA 4R6CA 4YF2A 4OWHA 3W6EA 236LA 4BAPA 1L49A 3MGWA 183LA 4ZPUA 1LZAA 1OQMA 1OYUA 1QTHA 1L21A 4PJZA 3C82A 4I7RA 4NHPA 2G4PA 4NWHA 1C63A 1BQLY 1C46A 4J7VA 4XJDA 1REYA 2A7FA 1LOZA 4KXIA 1L83A 1KIQC 1HFXA 1T97A 3D9AC 2BQEA 5D5FA 196LA 1GFUA 1GF3A 3BKHA 2B6ZA 2MEHA 4LFPA 5I5QA 3SP3A 1L94A 208LA 1GWDA 1L43A 1L88A 3RNXA 4M4OA 4I7TA 1LHLA 1YKXX 1C43A 2YBHA 140LA 4OWEA 3TXKA 1C6MA 5J7CA 1CTWA 2RBOA 4LGKA 2ANVA 1OUCA 1UUZC 1J1XY 2H5ZA 1AZFA 2N5ZA 3CSZA 4W54A 3RU5A 1C6HA 1OUBA 2W1LA 3TXJA 192LA 239LA 3WULA 4HSFA 1HSXA 3HFMY 1L35A 1G0QA 1L03A 109LA 2RH1A 1DYBA 144LA 1OWYA 209LA 4TSBA 5L3HA 4HPIA 1QUOA 1L57A 3C81A 1LZSA 5A3EA 118LA 255LA 190LA 1D3MA 1VFBC 3V2WA 5ILCA 1B7RA 4W53A 2Z37A 1A2YC 1L75A 4DJHA 3DN4A 1F10A 210LA 5KXXA 3CT0A 4Z41A 5ILFA 5M1YA 4NFVA 1L47A 1BHZA 1LYYA 2QB0B 1GFEA 4ETEA 167LA 1L42A 200LA 1QIOA 5E4PA 1L16A 1W6ZA 1GBWA 213LA 5K7OA 4OO9A 1IP3A 1QTKA 2C8PA 4U3XB 3FA0A 1XGTC 1LSNA 3AW7A 1EL1A 3WW6A 122LA 1CKHA 1L81A 3WU8A 1LZ8A 1TDYA 1L0KA 4ARJA 1NBYC 4NHIA 3IJVA 4W58A 1CU0A 131LA 1YANA 1L02A 1AKIA 205LA 5FEKA 2ZILA 1B5UA 1BWJA 1GFHA 177LA 4GBRB 1IP7A 4UWNA 3WMKA 5F14A 4BADA 1JIYA 2F30A 1L19A 3EMLA 1KIPC 161LA 2F47A 1J1PY 5F16A 2HUBA 1TEWA 1JKCA 4I7SA 2VB1A 4WM4A 4UWVA 1GEZA 1HMLA 2HEEA 2HEBA 1LZYA 1GXXA 5I4XA 247LA 119LA 1JJ0A 2BQDA 1L46A 1BB5A 3ZVQB 1DI4A 4GCDA 3OE6A 1LPYA 3IJUA 2XBRA 1T8AA 4H9FA 1P6YA 3LZMA 4HPEA 1IY3A 3HH6A 1JTPL 4G9SA 1B5VA 4DYGA 4EPFA 4NSHA 5LVKA 1L18A 4AGAA 2HTXA 2RBPA 5APFA 2RB1X 1JTMA 1OUIA 3WXUA 1IWZA 1TLAA 3F8VA 1P7SA 2BAAA 3CT1A 3UONA 2MEAA 248LA 1UA6Y 1CUPA 1LMAA 4MCKA 1L97A 4TTDA 4LDOA 5A3ZA 4PHIA 5LINA 1LJKA 3HTGA 1ZVHL 2IGCA 1SX7A 4LYOA 1VAUA 158LA 1LZBA 4GN3A 129LA 152LA 1IWWA 4WLTA 4ARLA 1QS5A 2F4GA 4M6DA 1I56A 1HENA 1YROA 1LJ3A 1HMKA 2D91A 1ZURA 1C6CA 4WM3A 1LSDA 3HUQA 201LA 2HEAA 4B4EA 1HEWA 1SSYA 1L59A 3A96A 4WM6A 4LT1A 1I1ZA 173LA 3CDOA 249LA 1D2YA 5F81A 5C6LA 2CUUA 3RT5X 5KXKA 3HUKA 2H9KA 4GCFA 1HFYA 1VDQA 5LVJA 4LFXA 2RSCA 5AMYA 1D3FA 1NHEA 2ZQ3A 228LA 3P66A 3WVYA 2OU0X 1C6QA 1GB2A 1GE3A 2Z38A 3L2XA 3BKVA 258LA 4KPMA 5E9RA 1CU3A 5KXWA 4IASA 4WO9A 4BS7A 1P2RA 4NSIA 139LA 4BAFA 5DN5A 1C64A 2B6XA 4W52A 2ZIKA 1L62A 1QTZA 5HLLA 1OVKA 3T36A 4B1AA 1B7LA 5F9XA 5B05A 3W3EA 1L55A 2OEAX 4N1CC 4II8A 4YXCA 3WW5A 4N1EI 3LN2A 185LA 2GV0A 256LA 199LA 3ZEKA 1UACY 2BQGA 2DQIY 1L89A 3VWOA 1LSBA 3DN3A 1CV1A 1I20A 2Z12A 5DM9A 4LDEA 1L38A 4WOAA 3AGGG 2F4AA 1I6SA 1B7MA 3A92A 4EPIA 250LA 3WVXA 1C60A 1C67A 2Z39A 2QARC 244LA 2LYOA 1FKVA 1B5WA 1L51A 4WMGA 1LSCA 155LA 1NHBA 2YDGA 1HELA 4H9BA 4GCCA 1UIHA 2OU8A 231LA 1WQMA 1L12A 2MEFA 2EQLA 1JPOA 1CKGA 1L0JA 2BQBA 1WQRA 1CX7A 5HMJA 4PPOA 172LA 2ZNWY 1LSYA 3J6KA 1RCMA 5B1FA 4K5YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B72 A;  4PJ2 C;  1GBZ A;  3TMW A;  1B5Z A;  7LZM A;  2ZQ4 A;  1WTN A;  3WU7 A;  1GFA A;  2NTH A;  1QUG A;  2Y8P A;  2CJL A;  1LZC A;  4W59 A;  1L92 A;  2DQD Y;  1IWY A;  1LMQ A;  207L A;  2HU3 A;  2WAR A;  2DQC Y;  1GFK A;  3ZVQ A;  1REX A;  1C6P A;  1WVU A;  1B9O A;  1OVJ A;  184L A;  4NGK A;  1LHK A;  138L A;  4NGO A;  3TMV A;  253L A;  2I26 L;  194L A;  3FE0 A;  2XTH A;  1XGP C;  4H94 A;  3HT6 A;  3CDT A;  1L80 A;  2EIZ C;  4OOO A;  1WQO A;  4G4C A;  1IVM A;  1INU A;  1L17 A;  4G4B A;  2Q9E A;  4DT3 A;  3KAM A;  1LKS A;  4NG1 A;  1LSE A;  150L A;  4J1B A;  2Z19 A;  1GDX A;  4W96 A;  2D4K A;  4R6C A;  4YF2 A;  4OWH A;  3W6E A;  236L A;  4BAP A;  1L49 A;  3MGW A;  183L A;  4ZPU A;  1LZA A;  1OQM A;  1OYU A;  1QTH A;  1L21 A;  4PJZ A;  3C82 A;  4I7R A;  4NHP A;  2G4P A;  4NWH A;  1C63 A;  1BQL Y;  1C46 A;  4J7V A;  4XJD A;  1REY A;  2A7F A;  1LOZ A;  4KXI A;  1L83 A;  1KIQ C;  1HFX A;  1T97 A;  3D9A C;  2BQE A;  5D5F A;  196L A;  1GFU A;  1GF3 A;  3BKH A;  2B6Z A;  2MEH A;  4LFP A;  5I5Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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