4ZPUA

The structure of dlp12 endolysin exhibits likely active and inactive conformations.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETTRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREVCLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
publication title The structure of DLP12 endolysin exhibits likely an active and inactive conformations.
rcsb
molecule keywords Lysozyme RrrD
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zpuA00
1L96A 4PK0A 141LA 3HTDA 1DYFA 3C81A 1G0PA 1L53A 3G3VA 4GBRB 1P5CA 2B70A 2LZMA 4DJHA 1XJTA 1L81A 1DYGA 4ARMA 1LYEA 222LA 3F8VA 1C6QA 247LA 1OYUA 7LZMA 2O7AA 210LA 159LA 1L04A 4I7NA 2OU9A 1QS5A 4W51A 1OV5A 3RUNA 1CU2A 1QT7A 163LA 238LA 4I7MA 1OVKA 1L44A 176LA 3DN2A 1L51A 1L95A 1C6MA 173LA 113LA 230LA 227LA 234LA 2OTYX 152LA 1D3JA 1L31A 3HT9A 3HT7A 212LA 4I7QA 1L29A 3GUPA 256LA 1LLHA 2RBQA 3OE8A 1CU6A 2B72A 186LA 1L82A 2B6TA 1C6TA 3DN0A 1L34A 4ARQB 1C66A 4W55A 1CVKA 1KY1A 184LA 1L08A 104LA 3CDRA 1OWZA 177LA 2RBOA 110LA 2F32A 1G0GA 262LA 261LA 1L18A 187LA 2OU0X 1ZYTA 3HU9A 1SWZA 3DN4A 2A4TA 236LA 1L90A 140LA 226LA 3DN1A 1CV4A 2OE9X 1OWYA 192LA 3DKEX 1C6JA 4EXMA 1C65A 1C6CA 1PQDA 1DYBA 3GUOA 4EKRA 1L55A 1QUHA 4EKSA 1L19A 4IAPA 1L0KA 215LA 260LA 1L88A 1CUPA 2NTHA 3DNAA 1CTWA 1L97A 1G0LA 3GUKA 3DN6A 1L09A 2RAZX 125LA 1L30A 1G0JA 1QTCA 3PDSA 1L43A 1L61A 1LGWA 1K28A 1T8FA 209LA 1SSYA 4W52A 2B6WA 162LA 1L16A 3OE0A 189LA 3PBLA 1D3FA 235LA 1QT4A 4EPFA 1L73A 198LA 1ZURA 1DYEA 1TLAA 160LA 1C6DA 1L91A 3FA0A 3NY9A 4W56A 3SB7A 4I7PA 4W53A 1L71A 1L57A 1SWYA 1SX7A 1T6HA 255LA 237LA 2RH1A 6LZMA 3C7WA 224LA 3OE9A 3K2RA 1PQKA 4W54A 1L93A 183LA 190LA 1P46A 1QSBA 243LA 3SB9A 3HDFA 3C8SA 3C82A 3L2XA 127LA 3DN8A 2LC9A 119LA 1L21A 1JQUA 221LA 1WTHA 130LA 3GUJA 1CV0A 1L06A 1L12A 1L59A 1B6IA 252LA 3C83A 144LA 115LA 3UONA 1LYFA 1P37A 248LA 253LA 1QUGA 1L32A 1QT3A 169LA 3FADA 112LA 4W58A 3C8RA 1L11A 231LA 1L56A 1L25A 185LA 3HH3A 129LA 3HUKA 1L07A 1C69A 3C7YA 1KW7A 3V2WA 225LA 111LA 205LA 4I7RA 4OO9A 137LA 1C6NA 138LA 2F47A 1L38A 1L23A 1C6PA 2CUUA 3F9LA 2B6YA 1C6LA 259LA 4W59A 1L89A 1QT6A 142LA 1NHBA 1XEPA 1L24A 1L66A 1G0QA 1G06A 1L65A 1L80A 1QTDA 3CDQA 1OV7A 2B73A 3CDOA 4ARMB 1L98A 1QT8A 4GRVA 1L35A 2RB0X 166LA 191LA 3HUQA 1C6GA 1C6FA 164LA 201LA 1QUOA 1L54A 1C6EA 1LI2A 1OVHA 244LA 1P2RA 2RB2X 257LA 1P6YA 2RBSA 3OE6A 1L0JA 1CV1A 102LA 3GULA 1CV3A 1L15A 2NTGA 3DMZA 2B6ZA 118LA 2HUMA 3C80A 1PQOA 211LA 1D2WA 254LA 3DN3A 1CU3A 1L05A 4LDOA 1L74A 1LYJA 122LA 1C6AA 1D3MA 1L01A 1C6HA 1C67A 4S0WA 1L85A 1LI6A 1LWGA 161LA 4I7TA 1L39A 217LA 4EJ4A 1T8AA 1L68A 1LWKA 4LZMA 1L40A 1C60A 1XJUA 3HWLA 4I7SA 216LA 246LA 1L87A 3L64A 120LA 1C6BA 1DYCA 1L84A 126LA 2QB0B 2IGCA 4I7LA 4DAJA 2O4WA 1ZWNA 148LE 4EKQA 1LGXA 1LGUA 3HTBA 1C68A 2OE7X 155LA 1L13A 167LA 251LA 258LA 1OVJA 2OE4X 147LA 143LA 3HTFA 1L28A 4E97A 233LA 3SB8A 3EMLA 1L77A 4PJZA 1L52A 4I7OA 172LA 145LA 1L37A 213LA 1L22A 2RBPA 1L75A 1L46A 3HH5A 128LA 1L83A 1PQMA 1KNIA 1QS9A 1L58A 1C6KA 1L67A 3HU8A 1CU0A 1L92A 131LA 2OTZX 3GUIA 2B7XA 1DYDA 1L20A 3SB5A 2HULA 174LA 1L45A 1SX2A 2L78A 1L69A 1D9WA 1L10A 3RZEA 1L33A 1L49A 3HT8A 1L02A 1P3NA 214LA 3GUMA 3D4SA 219LA 1C6IA 1L47A 4DKLA 1LYIA 4YXCA 1QTZA 2RBNA 3DMXA 3CDVA 107LA 3FI5A 218LA 2B75A 3SBBC 3JR6A 178LA 2HUKA 2OEAX 3HTGA 2B6XA 1DYAA 3SB6A 220LA 4YXAC 4ARQA 250LA 1L76A 1JTNA 4I7KA 3DMVA 1T8GA 1CV6A 1QSQA 1L79A 2ANVA 4W57A 2OU8A 240LA 3GUNA 245LA 3SBAA 1L72A 1C63A 4YX7C 4K5YA 200LA 223LA 1L42A 1QTVA 4LDLA 123LA 1QT5A 181LA 3VW7A 1PQJA 2LCBA 3ODUA 114LA 1KS3A 1L94A 1PQIA 3HH4A 3C7ZA 149LA 1JTMA 171LA 150LA 1LI3A 2RBRA 4ARLA 5LZMA 195LA 1QUDA 1QTBA 4LDEA 1L17A 103LA 1G1WA 1L50A 1KW5A 165LA 1L41A 2O79A 2Z6BA 1G1VA 1CUQA 4ZPUA 4AQNA 146LA 139LA 4EPIA 1LPYA 242LA 3NY8A 1P2LA 108LA 1D3NA 2Q9DA 3NYAA 3CDTA 1L70A 4ARJA 2RB1X 1C61A 158LA 1CU5A 1LW9A 1CX7A 1L14A 170LA 229LA 249LA 1L36A 232LA 2Q9EA 4EKPA 3V2YA 1L60A 151LA 1L27A 1G07A 1LYHA 1G0MA 3SN6R 2F2QA 3HUAA 1CV5A 1L26A 206LA 188LA 1L48A 157LA 3HT6A 1LYGA 1P36A 1L00A 1KY0A 5I14A 1L63A 1D2YA 239LA 197LA 1P7SA 199LA 180LA 2B74A 175LA 3HH6A 3G3XA 156LA 1EPYA 1L86A 3QAKA 196LA 1SSWA 2QARC 1P64A 1P56A 1L99A 1QTHA 228LA 1CX6A 2RAYX 1L03A 1C62A 1L62A 1C64A 1G0KA 1T97A 1L64A 1LYDA 3G3WA 1I6SA 109LA 4I7JA 241LA 182LA 168LA 3C8QA 2ANXA 3HDEA 4ARPA 3LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WQPA 1B5YA 1LZNA 1XFPL 5II3A 1IP6A 1T3PA 1YL1X 2B70A 2LZMA 1KXWA 1ZVHL 1LYEA 1IP2A 4N5RA 2YBJA 3A67Y 3AZ7A 2GV0A 3TXFA 4QY9A 2OU9A 3WU9A 1QS5A 1UIAA 163LA 5APEA 176LA 1B5VA 3DN2A 3RZ4A 2ZYPA 1C6MA 4PPOA 2Z39A 2BPUA 1D3JA 3HT9A 3HT7A 212LA 1LJHA 5C6JA 3OE8A 1L82A 3DN0A 3OJPA 184LA 1JJ1A 5KXYA 5E9RA 4DD3A 104LA 2RBOA 110LA 3TXEA 3W6BA 1LYZA 1SQ2L 3HU9A 2FYCA 5KXMA 236LA 140LA 1JHLA 2AUBA 4EXMA 1C6CA 3GUOA 1E8LA 3LN2A 1CJ9A 1IY3A 1UIEA 4EKSA 3P68A 1CUPA 4CFPA 2MEFA 1CJ6A 3RNXA 1VDSA 1LPIA 5A3EA 1REYA 1AM7A 1B7NA 1YILA 1W6ZA 4OWCA 5KXWA 1L43A 1LGWA 1SSYA 4W52A 2B6WA 3OE0A 4ZFPA 3PBLA 1D3FA 5FELA 4EPFA 1L73A 198LA 5I4WA 1OP9B 1DYEA 160LA 1GBWA 3F6ZA 1C6DA 1L91A 3FA0A 1I1ZA 4W56A 1SX7A 3AW6A 4LT2A 1XEKA 6LZMA 1XGPC 224LA 1IR8A 3G3AB 5FEKA 4ETCA 2A7DA 1FLWA 4N1EI 183LA 1P46A 1QSBA 3SB9A 1IVMA 3B0IA 4KXIA 2EKSC 119LA 1L21A 5KJ9A 130LA 5KXSA 4NGKA 1P37A 253LA 1QT3A 169LA 1B7PA 112LA 1H6MA 4WG1A 3A93A 1Z55A 4NHSA 1L11A 231LA 1BB6A 2C8OA 129LA 1KIQC 3V2WA 111LA 4Z41A 4OO9A 4B1AA 2BQDA 3LZ2A 5F9UA 4W59A 3WPKA 3A95A 2Z38A 1FLUA 1B9OA 3CSZA 4ETBA 1OUEA 1YL0X 4NIJA 1L65A 1IOCA 194LA 1FN5A 2DQCY 4H9EA 2BQGA 1L98A 1QT8A 3LYOA 1L35A 166LA 4II8A 3GXRA 2CGIA 4LT3A 1BVXA 1C6GA 164LA 4X3BA 1C6EA 244LA 257LA 1P6YA 2RBSA 3OE6A 4WG7A 3W6DA 4LFXA 1CV3A 4CJ2A 2D91A 2LZTA 3EXDA 3C80A 1D2WA 254LA 4HSFA 1IP7A 1NF5A 1D9UA 1GFGA 1QTKA 1C6AA 1IWUA 2EQLA 1GD6A 1T6VL 4ET8A 1B5WA 3OK0A 161LA 1D6QA 1L68A 1L40A 1C60A 4I7SA 4ZEEA 216LA 246LA 1BQLY 2W1XA 1L84A 4XYYA 3CT0A 1PS5A 1G7JC 1CKCA 1HNLA 4NGZA 2BLYA 155LA 167LA 5HNLA 1LSNA 3HTFA 3EMLA 1L77A 4PJZA 1OUCA 1DKJA 145LA 1LSEA 1L75A 1LSAA 5KXPA 1L46A 2F2NA 1C6KA 2BQLA 3GUIA 3TXDA 2B7XA 4N9RA 4PRUA 1L45A 1B7LA 2YBLA 1HFXA 1LZDA 2L78A 3RZEA 2EPEA 1LJ4A 1NMMA 5DLAA 2W1LA 3GUMA 219LA 1L47A 5L3IA 2H5ZA 2BQMA 1LSYA 3FI5A 218LA 4U3XB 2B75A 3JR6A 5KXNA 1JTTL 3HTGA 4G4HA 3SB6A 4YXAC 1TDYA 1CKFA 1T8GA 2MEIA 4A7DA 4ETEA 1CV6A 6LYZA 5B59A 2OU8A 1JTPL 2H9KA 2Q0MX 3SBAA 1L72A 134LA 2ZIKA 1QTVA 123LA 1QT5A 181LA 3VW7A 4OWAA 4J1BA 2LCBA 1J1XY 1IWVA 1KS3A 5F9XA 3C7ZA 149LA 1LJNA 1XEIA 2FYDA 1GFEA 5KXLA 4L41A 4PJ2C 1C43A 4H9BA 1IY4A 1L50A 1KW5A 165LA 2BQFA 1HSXA 1G1VA 2HU3A 2BLXA 1LJ3A 146LA 1QUTA 1WQOA 1WVVA 108LA 3N9AA 2EIZC 3NYAA 1B5ZA 2YBNA 158LA 4NEBA 4HJVA 1TBYA 3LYMA 1BHZA 229LA 3WPLA 5C6LA 2BQOA 1JPOA 2HTXA 3SN6R 2F2QA 2LYMA 1L26A 1DPWA 3RT5X 4XENA 2BQJA 1P36A 4AGAA 154LA 1L00A 5I14A 199LA 3HH6A 175LA 2G4QA 3TXKA 1DI5A 4TWSA 3QAKA 3A91A 5LA8A 1WQRA 1JKAA 1C64A 4GCCA 1LZAA 3ZVQB 182LA 168LA 3C8QA 4WLYA 3HBDA 3LZMA 3HTDA 1DYFA 1OUIA 3ATNA 5LVIA 3G3VA 1OQMA 4XJBA 5F14A 4N0JA 1XJTA 2HU1A 5B07A 4ARMA 4DD0A 4NHTA 3F8VA 4J7VA 2I26L 3WXTA 210LA 1YAQA 159LA 2F4AA 3WU7A 153LA 4I7NA 1FLYA 5KXXA 4G49A 1LHKA 1DQJC 1LAAA 1CU2A 1QT7A 1NHEA 2HEBA 4GCDA 4NY5A 234LA 1A2YC 1LHIA 4I7QA 1XGRC 1IWZA 5K7OA 4AXTA 5LVKA 5KXTA 2RBQA 1CU6A 2B72A 2B6TA 1LHHA 4ARQB 1IIZA 1KY1A 2C8PA 1LZ5A 1L08A 1B7SA 3CDRA 1WTMA 4W94A 1DXJA 2F32A 1G0GA 262LA 261LA 4IJ4A 1L18A 5D5CA 187LA 4XADA 1HERA 3DN4A 3AW7A 2N5ZA 1CV4A 1VDPA 4R0FA 1PQDA 5LIOA 1DYBA 3CQLA 3BKVA 1L19A 215LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WQP A;  1B5Y A;  1LZN A;  1XFP L;  5II3 A;  1IP6 A;  1T3P A;  1YL1 X;  2B70 A;  2LZM A;  1KXW A;  1ZVH L;  1LYE A;  1IP2 A;  4N5R A;  2YBJ A;  3A67 Y;  3AZ7 A;  2GV0 A;  3TXF A;  4QY9 A;  2OU9 A;  3WU9 A;  1QS5 A;  1UIA A;  163L A;  5APE A;  176L A;  1B5V A;  3DN2 A;  3RZ4 A;  2ZYP A;  1C6M A;  4PPO A;  2Z39 A;  2BPU A;  1D3J A;  3HT9 A;  3HT7 A;  212L A;  1LJH A;  5C6J A;  3OE8 A;  1L82 A;  3DN0 A;  3OJP A;  184L A;  1JJ1 A;  5KXY A;  5E9R A;  4DD3 A;  104L A;  2RBO A;  110L A;  3TXE A;  3W6B A;  1LYZ A;  1SQ2 L;  3HU9 A;  2FYC A;  5KXM A;  236L A;  140L A;  1JHL A;  2AUB A;  4EXM A;  1C6C A;  3GUO A;  1E8L A;  3LN2 A;  1CJ9 A;  1IY3 A;  1UIE A;  4EKS A;  3P68 A;  1CUP A;  4CFP A;  2MEF A;  1CJ6 A;  3RNX A;  1VDS A;  1LPI A;  5A3E A;  1REY A;  1AM7 A;  1B7N A;  1YIL A;  1W6Z A;  4OWC A;  5KXW A;  1L43 A;  1LGW A;  1SSY A;  4W52 A;  2B6W A;  3OE0 A;  4ZFP A;  3PBL A;  1D3F A;  5FEL A;  4EPF A;  1L73 A;  198L A;  5I4W A;  1OP9 B;  1DYE A;  160L A;  1GBW A;  3F6Z A;  1C6D A;  1L91 A;  3FA0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1WQP A;  1B5Y A;  1LZN A;  1XFP L;  5II3 A;  1IP6 A;  1T3P A;  1YL1 X;  2B70 A;  2LZM A;  1KXW A;  1ZVH L;  1LYE A;  1IP2 A;  4N5R A;  2YBJ A;  3A67 Y;  3AZ7 A;  2GV0 A;  3TXF A;  4QY9 A;  2OU9 A;  3WU9 A;  1QS5 A;  1UIA A;  163L A;  5APE A;  176L A;  1B5V A;  3DN2 A;  3RZ4 A;  2ZYP A;  1C6M A;  4PPO A;  2Z39 A;  2BPU A;  1D3J A;  3HT9 A;  3HT7 A;  212L A;  1LJH A;  5C6J A;  3OE8 A;  1L82 A;  3DN0 A;  3OJP A;  184L A;  1JJ1 A;  5KXY A;  5E9R A;  4DD3 A;  104L A;  2RBO A;  110L A;  3TXE A;  3W6B A;  1LYZ A;  1SQ2 L;  3HU9 A;  2FYC A;  5KXM A;  236L A;  140L A;  1JHL A;  2AUB A;  4EXM A;  1C6C A;  3GUO A;  1E8L A;  3LN2 A;  1CJ9 A;  1IY3 A;  1UIE A;  4EKS A;  3P68 A;  1CUP A;  4CFP A;  2MEF A;  1CJ6 A;  3RNX A;  1VDS A;  1LPI A;  5A3E A;  1REY A;  1AM7 A;  1B7N A;  1YIL A;  1W6Z A;  4OWC A;  5KXW A;  1L43 A;  1LGW A;  1SSY A;  4W52 A;  2B6W A;  3OE0 A;  4ZFP A;  3PBL A;  1D3F A;  5FEL A;  4EPF A;  1L73 A;  198L A;  5I4W A;  1OP9 B;  1DYE A;  160L A;  1GBW A;  3F6Z A;  1C6D A;  1L91 A;  3FA0 A; 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