4ZPUA

The structure of dlp12 endolysin exhibits likely active and inactive conformations.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETTRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREVCLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
publication title The structure of DLP12 endolysin exhibits likely an active and inactive conformations.
rcsb
molecule keywords Lysozyme RrrD
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zpuA00
131LA 1KS3A 147LA 4YX7C 4W52A 1CX7A 4EPFA 1L74A 1L80A 1L49A 1KW5A 1OV5A 119LA 1B6IA 1JTNA 2ANXA 3SB8A 146LA 3GUJA 1CU0A 1CUQA 1QT7A 3SB7A 1QTVA 4LZMA 2B7XA 237LA 3L64A 3GUMA 1L84A 258LA 166LA 1CV1A 1L90A 186LA 171LA 1SWYA 1L28A 1L99A 1NHBA 3CDQA 4I7TA 1L27A 158LA 1G0GA 2B6XA 1LPYA 1L37A 236LA 197LA 1LWKA 165LA 1L79A 1QUDA 4S0WA 1L34A 175LA 3EMLA 3F8VA 1L01A 5I14A 157LA 1DYBA 4DAJA 1WTHA 1C69A 2O7AA 3DMZA 1L57A 1L63A 257LA 192LA 1P2LA 1L97A 1L08A 233LA 1L51A 2Z6BA 1G1VA 221LA 1KW7A 1G06A 1L13A 205LA 176LA 225LA 1QTDA 1PQKA 3DKEX 4EJ4A 1L81A 1QSBA 1L03A 4I7QA 1CX6A 2OU0X 129LA 1KY0A 1QUHA 3HTDA 110LA 1C6AA 1L55A 227LA 4I7KA 3DMXA 1C6MA 1KNIA 1L52A 3SBAA 1CU5A 151LA 2F47A 112LA 1L06A 159LA 4EPIA 2O4WA 2RAZX 3HTGA 1PQIA 173LA 3PDSA 6LZMA 195LA 4EXMA 1QT3A 3HT6A 2OE7X 2HUKA 187LA 1OWZA 217LA 247LA 3V2WA 4LDOA 1L69A 1L58A 2B73A 3VW7A 4I7SA 130LA 224LA 1L87A 1L75A 2OE9X 3PBLA 4PK0A 1D2WA 226LA 1PQJA 4LDEA 215LA 2B70A 3K2RA 4PJZA 1D3NA 232LA 3HWLA 218LA 1C68A 1CV6A 183LA 1L12A 191LA 1C66A 1CU3A 3NYAA 1T8AA 140LA 1L61A 3C83A 212LA 1G0PA 206LA 1L35A 1G0MA 2Q9EA 1QT4A 102LA 262LA 4AQNA 1LYIA 2RB0X 4I7MA 1L44A 3HH5A 1L33A 1SWZA 261LA 3SB5A 4W57A 139LA 1L23A 1C67A 1QS5A 3DN1A 4I7OA 2LC9A 1L65A 216LA 1C6EA 3C82A 3G3WA 2LZMA 219LA 1LYJA 2RAYX 2RBRA 4YXCA 1P56A 3HUQA 1L86A 3HH6A 1L62A 4W55A 240LA 4EKQA 1L0KA 1D2YA 4W59A 1CVKA 1DYAA 231LA 251LA 177LA 3QAKA 3SB6A 2L78A 3HU9A 155LA 1I6SA 1C62A 1L43A 1L45A 1L92A 1P2RA 1L25A 209LA 1G07A 1OVJA 1L31A 4E97A 1L16A 2OEAX 3CDTA 2RBPA 1C6QA 1L68A 1C6KA 1JQUA 2LCBA 1OYUA 1T6HA 168LA 243LA 3V2YA 2IGCA 248LA 228LA 4I7JA 1C6LA 3C81A 181LA 3GUIA 3G3VA 128LA 1L83A 1LI2A 1QUOA 1L71A 1C6FA 1L29A 1L40A 3OE0A 1C6IA 3HUKA 1LGXA 1L38A 3DMVA 113LA 234LA 3DN3A 4EKRA 3GUNA 190LA 3FI5A 1XEPA 1L82A 211LA 254LA 4ARJA 2NTGA 2RBOA 229LA 3LZMA 1C64A 1L32A 3F9LA 4GBRB 1G1WA 1C6NA 3DNAA 4I7PA 244LA 1OVKA 1JTMA 2B6WA 125LA 174LA 1L67A 1SSYA 164LA 3HT7A 2B6YA 3OE9A 3HDFA 3HUAA 178LA 3HH4A 3C7ZA 4ARPA 3OE6A 4W51A 1OV7A 104LA 1L24A 238LA 1C6CA 3HTFA 2CUUA 1P3NA 1QT6A 1QTZA 2Q9DA 1P5CA 1XJUA 3UONA 4I7RA 1L70A 1L50A 200LA 2NTHA 4W58A 185LA 1L54A 172LA 103LA 3C8QA 1L11A 1CV5A 3C8RA 2RBSA 4ARQA 246LA 1T8FA 3D4SA 120LA 1SSWA 2B6TA 149LA 2O79A 2ANVA 1L18A 1L89A 1P64A 1L42A 210LA 2OU9A 198LA 4ARMA 1L91A 126LA 1TLAA 1L46A 1L98A 1P6YA 1L93A 1LI6A 4ARLA 1LGUA 1T8GA 1L96A 1C6BA 252LA 3ODUA 1L77A 188LA 1L60A 1LYHA 2RBNA 3GUOA 109LA 142LA 3FADA 4IAPA 1C63A 1DYEA 1C60A 1L66A 222LA 1ZWNA 259LA 3NY9A 235LA 250LA 3HDEA 3RUNA 256LA 5LZMA 1G0KA 2RB2X 127LA 1SX2A 3C80A 2QB0B 1L02A 4I7LA 253LA 3GUKA 1L09A 1PQOA 162LA 111LA 1G0QA 1LWGA 1L64A 1L72A 1P7SA 161LA 1D3MA 3DN4A 1G0JA 1QT8A 223LA 1QTBA 107LA 4LDLA 255LA 3SB9A 1G0LA 137LA 2HUMA 1L95A 1L41A 1QT5A 3OE8A 3SBBC 2OTYX 3C8SA 3HT8A 199LA 1L56A 220LA 144LA 260LA 150LA 3GULA 145LA 3SN6R 1C6TA 1D3FA 138LA 1PQMA 1C6DA 3DN6A 1L21A 3GUPA 3NY8A 2OU8A 3CDRA 3CDVA 3RZEA 196LA 1DYGA 143LA 1C6GA 1DYDA 148LE 4ZPUA 1LYFA 1C65A 1L0JA 1C61A 1QUGA 3DN2A 1CV0A 167LA 1L30A 1QSQA 1L85A 1LYGA 2QARC 230LA 1LLHA 122LA 1OVHA 170LA 141LA 1CU6A 4I7NA 1C6JA 1L00A 123LA 4W54A 2B6ZA 1L20A 2OTZX 1LGWA 201LA 1C6PA 1PQDA 4W53A 1L76A 118LA 1L73A 4W56A 1L36A 239LA 1QTHA 242LA 2B74A 163LA 1P37A 1LYEA 249LA 2RH1A 2B75A 2F2QA 4OO9A 1LYDA 3HH3A 3CDOA 1DYFA 3JR6A 1LI3A 108LA 1C6HA 245LA 1L10A 1CV3A 4DKLA 1L22A 180LA 1CUPA 1L47A 2RBQA 156LA 3C7YA 241LA 1P36A 1L15A 152LA 1L39A 1L53A 1CV4A 1P46A 1L59A 7LZMA 1DYCA 1T97A 3C7WA 4GRVA 1L17A 3L2XA 1L14A 1OWYA 4YXAC 1D9WA 1L04A 2HULA 1L88A 1QTCA 1L07A 1ZYTA 1K28A 3DN0A 1QS9A 2RB1X 4ARQB 2A4TA 1EPYA 1L26A 1D3JA 4DJHA 4EKPA 4K5YA 115LA 2F32A 2B72A 3HU8A 184LA 3DN8A 1CU2A 189LA 1CTWA 114LA 1L48A 1L94A 1XJTA 1KY1A 182LA 213LA 2OE4X 1SX7A 169LA 1L05A 3HTBA 1ZURA 160LA 3G3XA 4EKSA 4ARMB 1LW9A 214LA 3HT9A 3FA0A 1L19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQBA 2RSCA 4YF2A 4W52A 5F9XA 1ZV5L 1CX7A 5HNCA 1L49A 1GE3A 1KW5A 1OV5A 1HSXA 1CU0A 3GUJA 4E3UA 1CUQA 1GFEA 2B7XA 4YEMA 4WLDA 258LA 186LA 1L99A 1XEKA 1HC0A 4WG1A 4EMNA 5KXLA 1LPYA 236LA 1MLCE 1LWKA 4WL6A 4NHQA 1B5XA 1L34A 1VAUA 2BQFA 3EMLA 1OUJA 1IO5A 1L01A 2D4KA 3CT0A 4IASA 4NWEA 1L63A 1LSNA 4H9AA 3A93A 5EBHA 1JKAA 4R0FA 225LA 3TMVA 3LYMA 1A2YC 4AGAA 1CX6A 2ZYPA 2D4IA 2OU0X 129LA 1KY0A 135LA 1IWXA 4I7KA 4CFOA 4IJ4A 1L52A 5II3A 5FDJA 4NGVA 1HHLA 159LA 5LVIA 2ZQ4A 4EXMA 5HNLA 1BHZA 1QT3A 3HT6A 2MEGA 4PPOA 4HTKA 5I54A 217LA 4LYCA 5KXXA 1LKRA 1LMOA 4XN6A 3TMXA 1L69A 1JTTL 1GXXA 1L58A 2B73A 3VW7A 1SLYA 5LINA 2I25L 1LJHA 1L75A 5I4WA 3PBLA 3P68A 215LA 2IFFY 3K2RA 1LHLA 3B6LA 1CJ9A 3FE0A 1OUCA 2HEEA 4J7VA 3B0IA 2W1XA 4NY5A 4B4EA 3CSQA 5LYMA 4LT0A 1XGTC 1HEQA 4U3XB 1LZEA 4AQNA 3WUAA 1WTMA 1JJ0A 261LA 1IY4A 3SB5A 1CJ6A 1GFRA 2CDSA 3DN1A 4I7OA 5F81A 2LC9A 2BAAA 216LA 1C6EA 3G3WA 1GE0A 1XGQC 2LZMA 3WYHA 3HUQA 4BS7A 1LZBA 4KPMA 240LA 4DC4A 1DPWA 2EKSC 1LJJA 5KY1A 1VEDA 4XADA 4WM4A 3HU9A 1C62A 3QNGA 2BQAA 3G3BB 4N9RA 4H8YA 1EQ5A 1EQEA 4GN4A 1L16A 4RDSA 4HJVA 1W6ZA 1C6KA 2HEDA 1T6HA 3D3DA 3V2YA 248LA 2FBBA 1LMPA 1F6RA 3WVYA 4YENA 3G3VA 1C6FA 4NGOA 4XJIA 3HUKA 4ET9A 234LA 3DN3A 4EKRA 1LJFA 1LSEA 1L82A 3A91A 1LMNA 2MEDA 3LZMA 3F9LA 1C6NA 1UIAA 3DNAA 3W6CA 2B6YA 3HUAA 1GFGA 3HH4A 3HBEX 3AJNA 1LCNA 238LA 104LA 2F4GA 1BGIA 1QT6A 2Q9DA 1XJUA 1L70A 3N9EA 3AGIA 4FDYA 1RJCB 5L3IA 1JHLA 5LAGA 4H9EA 5DN4A 1LZDA 5KXWA 2BQIA 3E3DA 3AGGG 3J4GA 3LYZA 2WARA 1L42A 1DPXA 4WLYA 4DQJA 1P6YA 1OUHA 1T8GA 3EO5A 2DQEY 188LA 1GXV2 1FN5A 1L60A 4WLXA 1LYHA 1BWJA 4H9BA 1C63A 1C60A 1L66A 259LA 1LZSA 4GCFA 2YBMA 3NY9A 2GV0A 256LA 5T3FA 1XFPL 4LFXA 2HECA 2MEIA 1PQOA 2H5ZA 1JSEA 1G0QA 1L72A 2EIZC 223LA 107LA 1VFBC 255LA 2YDGA 4WL7A 1HERA 4W94A 4OOTA 2Z12A 4CJ2A 1OP9B 3OE8A 3C8SA 4PJ2C 1GBWA 1L56A 4LYMA 2FYDA 5B1GA 3N9CA 4QY9A 3GUPA 3NY8A 4L41A 3CDRA 3A3QA 1LHMA 3ZEKA 143LA 4HJYA 1C6GA 4G49A 5I5QA 5HMVA 1QUGA 167LA 1QUTA 4M4OA 230LA 1LZGA 1OVHA 141LA 3WPLA 4I7NA 1C6JA 5LVGA 2B6ZA 1OUIA 2OTZX 1C6PA 1PQDA 4W53A 5HLLA 1L36A 1V7SA 3ZVQA 1LZNA 4Z46A 2RH1A 249LA 2DQDY 3WXTA 1RE2A 5DL9A 4G4BA 1IOCA 2BQHA 5DLAA 1GBYA 1L15A 2HTXA 1L39A 1J1XY 1P46A 1LJ3A 1T97A 2CGIA 1LZ4A 4GRVA 3QE8A 1L14A 4YXAC 1L04A 4ETDA 1QTCA 4RLMA 3WPJA 4GN3A 1K28A 2CJLA 1QS9A 3ULRA 4LGKA 1JSFA 2B72A 4NG1A 3A95A 3J6KA 3DN8A 1L48A 1B7MA 1XJTA 2YBHA 4DWXA 1KY1A 5IELA 3HTBA 1B7NA 1GB6A 5IDDA 4EKSA 4ARMB 214LA 1JPOA 1L19A 2DQIY 1WQNA 3RU5A 1AT5A 1BB5A 1KS3A 1REZA 1CKHA 5KXZA 1QDRA 1L74A 1LYZA 4MCKA 3SB8A 5KJ9A 1LSCA 4LZMA 4PGJB 1UIGA 1CV1A 2EQLA 193LA 3KAMA 3LZ2A 3QY4A 1IC5Y 1GB8A 1LKSA 1UIEA 4I7TA 4XJHA 2B6XA 1L37A 1F6SA 4NGIA 1DI5A 1L79A 2NWDX 1D6PA 1G7JC 5E9RA 4S0WA 4WLTA 1NHEA 1GF8A 5KXPA 3RNXA 4NGJA 1CKGA 2ZILA 1IIZA 4DAJA 4XENA 1WTHA 1C69A 1I20A 2O7AA 3DMZA 4H9IA 3RW8A 154LA 1L51A 3GXRA 2Z6BA 3W3EA 1GF7A 3B0KA 2BQCA 1YILA 1C7PA 3CT5A 1QTDA 1L03A 3F6ZA 1L55A 4WG7A 2Z2FA 3SBAA 5M1YA 4TWSA 5E4PA 5B06A 151LA 112LA 2O4WA 2RAZX 3HTGA 1PQIA 2YBIA 2OE7X 4LYTA 3TXBA 1LZ5A 1QTKA 247LA 4NGZA 4LDOA 2BPUA 1LMQA 4I7SA 1L87A 3LHMA 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109LA 142LA 3FADA 4C5FA 2C8PA 2DBTA 1DYEA 4WO9A 1REXA 222LA 2N5ZA 1GFJA 1ZWNA 5I4YA 235LA 250LA 3HDEA 3RZ4A 5LZMA 127LA 4OWHA 1SX2A 3C80A 1L02A 3GUKA 1L09A 1W08A 162LA 1GFTA 2HEAA 1LZ8A 4DD2A 1LMAA 207LA 1G0JA 1QTBA 4LDLA 4TX7A 3AB6A 1FDLY 1DQJC 1GBZA 3EMSA 7LYZA 3HT8A 199LA 4QEQA 220LA 1IC4Y 1DZBX 4DD7A 4LYZA 4HV1A 4WM3A 1D3FA 4GLVA 1I1ZA 2HEBA 2OU8A 1OUFA 3TXKA 4ZPUA 1OUBA 3B72A 4DD3A 4N5RA 1LMCA 1DI4A 2A7DA 4B4JA 4CFPA 2YVBA 2QARC 1LLHA 170LA 4IATA 1CU6A 5DN5A 123LA 4OWEA 1JKBA 5LIOA 1GF6A 2ZQ3A 4B4IA 1KXYA 1L73A 1FKVA 1N4FA 2W1LA 4KT3A 2B74A 4N1CC 2XQOA 1GAYA 4G4HA 1LYDA 4NSGA 1DYFA 3JR6A 1JWRA 4NSIA 1IWWA 1GFVA 1FLUA 1P2CC 245LA 1HSWA 2DKVA 1L10A 4DKLA 1L47A 1UUZC 1WQMA 5KXOA 3TMWA 1IP5A 5I4XA 2MEBA 152LA 1L53A 7LZMA 5K7OA 4WMGA 3IJUA 1UIBA 4XJGA 1QIOA 3AZ6A 1IY3A 2A4TA 1D3JA 1GB0A 4DJHA 2F32A 182LA 2OE4X 1SX7A 4LT3A 160LA 3G3XA 1ZMYL 2LYMA 3HT9A 3FA0A 5LXWA 131LA 1GF3A 1KIRC 4YX7C 1L80A 8LYZA 119LA 1B6IA 1JTNA 1B7OA 2ANXA 5FSTA 2HU3A 146LA 1QT7A 3SB7A 1AZFA 3L64A 237LA 4OWBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BQB A;  2RSC A;  4YF2 A;  4W52 A;  5F9X A;  1ZV5 L;  1CX7 A;  5HNC A;  1L49 A;  1GE3 A;  1KW5 A;  1OV5 A;  1HSX A;  1CU0 A;  3GUJ A;  4E3U A;  1CUQ A;  1GFE A;  2B7X A;  4YEM A;  4WLD A;  258L A;  186L A;  1L99 A;  1XEK A;  1HC0 A;  4WG1 A;  4EMN A;  5KXL A;  1LPY A;  236L A;  1MLC E;  1LWK A;  4WL6 A;  4NHQ A;  1B5X A;  1L34 A;  1VAU A;  2BQF A;  3EML A;  1OUJ A;  1IO5 A;  1L01 A;  2D4K A;  3CT0 A;  4IAS A;  4NWE A;  1L63 A;  1LSN A;  4H9A A;  3A93 A;  5EBH A;  1JKA A;  4R0F A;  225L A;  3TMV A;  3LYM A;  1A2Y C;  4AGA A;  1CX6 A;  2ZYP A;  2D4I A;  2OU0 X;  129L A;  1KY0 A;  135L A;  1IWX A;  4I7K A;  4CFO A;  4IJ4 A;  1L52 A;  5II3 A;  5FDJ A;  4NGV A;  1HHL A;  159L A;  5LVI A;  2ZQ4 A;  4EXM A;  5HNL A;  1BHZ A;  1QT3 A;  3HT6 A;  2MEG A;  4PPO A;  4HTK A;  5I54 A;  217L A;  4LYC A;  5KXX A;  1LKR A;  1LMO A;  4XN6 A;  3TMX A;  1L69 A;  1JTT L;  1GXX A;  1L58 A;  2B73 A;  3VW7 A;  1SLY A;  5LIN A;  2I25 L;  1LJH A;  1L75 A;  5I4W A;  3PBL A;  3P68 A;  215L A;  2IFF Y;  3K2R A;  1LHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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