4AQNA

Crystal structure of pesticin from y. pestis
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
molecule keywords PESTICIN
total genus 119
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4aqnA02
1L50A 1G0PA 2F32A 3V2YA 1L57A 1L72A 1L52A 2HUMA 3C82A 2Q9EA 1D2WA 243LA 1WTHA 1L24A 4YXCA 1L05A 249LA 4YX7C 1C6TA 1L12A 1CV4A 1LYHA 2QARC 102LA 1XEPA 1QTCA 1PQKA 1G0MA 158LA 4EKPA 1XJTA 1L83A 112LA 1T97A 1LYGA 1L29A 1DYGA 3GUJA 4I7QA 4LZMA 1SX7A 1L17A 1L44A 230LA 2RBOA 4DJHA 2Z6BA 1L28A 2HUKA 2RBRA 4I7JA 1L45A 2F47A 1CV3A 3RUNA 1L66A 4ARJA 2OU8A 3HDEA 1CV5A 3HH3A 1CVKA 262LA 4LDEA 157LA 1P64A 1L95A 1L01A 184LA 1T8FA 107LA 1QTZA 1L76A 1L60A 2RAZX 145LA 2NTGA 4DKLA 200LA 1C6GA 1C6NA 1L21A 3DMZA 1L67A 3DN1A 1P46A 122LA 2LZMA 125LA 1L03A 4W55A 1L22A 1ZYTA 4ZPUA 2B72A 191LA 1QUOA 1C6IA 181LA 162LA 176LA 1QTDA 233LA 163LA 3HH5A 1LPYA 189LA 2RAYX 4E97A 2HULA 1G0LA 1C6EA 1D9WA 3VW7A 1L77A 146LA 1L97A 216LA 4K5YA 3HH6A 1L86A 1OWYA 113LA 3HT9A 2RH1A 1L04A 188LA 4YXAC 234LA 197LA 174LA 1L00A 1L71A 1D3JA 2B73A 1L23A 3FI5A 214LA 1KY1A 4EKSA 149LA 111LA 1L39A 1L46A 2B6YA 229LA 1OYUA 247LA 1C6PA 2IGCA 2B75A 3C80A 4EXMA 3OE9A 2O7AA 1L07A 1QUGA 2RB1X 3HT8A 3F9LA 1L98A 1D3MA 1KY0A 130LA 1DYFA 1C6DA 2B6ZA 3CDTA 1L79A 1NHBA 213LA 3CDQA 3FADA 1G0QA 227LA 3HDFA 144LA 1T8GA 209LA 232LA 4W51A 3C83A 236LA 178LA 3C7YA 2B70A 1P2RA 1C61A 1CX7A 1QT8A 1L20A 2B6WA 2Q9DA 222LA 1SSWA 1ZWNA 109LA 1L74A 3CDRA 1QSBA 114LA 211LA 1G0GA 195LA 4EKQA 1OVKA 1LLHA 2OU0X 3C8SA 250LA 1L16A 1ZURA 1L41A 3SB5A 3DN4A 1QT4A 155LA 3NY8A 1L58A 1C6LA 3DN3A 3L64A 1CTWA 1L32A 1L40A 3G3VA 2CUUA 2RBPA 1L89A 1L10A 1C6BA 1L38A 1PQOA 1L82A 3DN8A 4W58A 254LA 119LA 260LA 3F8VA 1L09A 225LA 3FA0A 3SBBC 140LA 3GUIA 110LA 1CU2A 1G07A 1L0KA 4EKRA 168LA 3OE0A 1L11A 1L25A 256LA 1P37A 4IAPA 3GUOA 1G06A 196LA 1L59A 226LA 4W56A 223LA 3NY9A 1P3NA 2OTYX 1L35A 4W57A 2QB0B 2B7XA 141LA 1SSYA 1C6JA 3SB6A 224LA 166LA 1C6MA 237LA 1C6QA 1QT5A 251LA 1G0KA 1QTVA 1EPYA 1L31A 2ANVA 2O4WA 1L65A 1L14A 3C81A 5LZMA 2F2QA 2OTZX 1L36A 147LA 167LA 1L0JA 1QUHA 3SB8A 1LGXA 1CX6A 159LA 1LW9A 165LA 1DYBA 4ARMB 3DMXA 1L15A 4ARMA 4W52A 137LA 2RB2X 3HU8A 3HWLA 1P2LA 1C66A 3CDOA 1CV1A 1L33A 1CU0A 217LA 2A4TA 3GUKA 3PDSA 1LGUA 175LA 4LDLA 3C8RA 2ANXA 4GRVA 1QUDA 148LE 3DMVA 244LA 1P56A 4W54A 3GUPA 3DKEX 3GUNA 161LA 120LA 1T6HA 1CUPA 3SB7A 1L85A 1LI6A 242LA 1L84A 3UONA 1L87A 3ODUA 1D3FA 4GBRB 1C6HA 1L81A 1L80A 1SWYA 4EPIA 177LA 1D2YA 1DYCA 212LA 199LA 1LYJA 3C8QA 1L99A 4W53A 3DNAA 3SBAA 228LA 160LA 1JQUA 206LA 1CU5A 3C7ZA 1LGWA 1LYEA 3HUKA 187LA 257LA 4I7TA 246LA 142LA 1P7SA 3NYAA 6LZMA 1B6IA 1LWGA 1QT7A 3D4SA 4S0WA 182LA 2NTHA 1QTBA 1KW7A 180LA 1L49A 1C67A 152LA 3GUMA 1LI3A 1PQIA 4I7KA 4EPFA 1L69A 241LA 1XJUA 1JTMA 259LA 252LA 2O79A 3V2WA 1C68A 238LA 183LA 1QSQA 4I7RA 1LYFA 1L06A 3HH4A 171LA 3OE6A 2OU9A 1L64A 231LA 1C6CA 239LA 1G0JA 1P36A 1L90A 2B6XA 4ARQB 1C69A 1QT6A 4W59A 129LA 3HTDA 4ARQA 261LA 1C6KA 4I7SA 4I7OA 156LA 1D3NA 1T8AA 170LA 1L18A 4EJ4A 1G1WA 115LA 1L26A 1G1VA 2RBNA 1L55A 1L30A 1P5CA 2LCBA 164LA 1C64A 1DYEA 3C7WA 1K28A 2RB0X 3EMLA 2RBSA 1CV6A 2OEAX 3HT6A 240LA 123LA 1PQJA 2L78A 3PBLA 172LA 198LA 1L96A 3L2XA 3HT7A 1L68A 1L37A 1TLAA 151LA 245LA 1KW5A 4LDOA 1L48A 2B6TA 1PQMA 2LC9A 253LA 1L19A 215LA 4ARLA 2B74A 1L53A 5I14A 1L42A 1C6FA 205LA 201LA 1QTHA 1L62A 1L63A 1C65A 248LA 4ARPA 3G3WA 4I7MA 108LA 1L54A 3DN2A 1C62A 235LA 3SB9A 3RZEA 1OV5A 1L61A 220LA 1I6SA 1L88A 3CDVA 3HTBA 3LZMA 1LYIA 3QAKA 169LA 218LA 128LA 1JTNA 103LA 4DAJA 1C60A 258LA 3OE8A 4AQNA 3K2RA 1QS9A 1P6YA 1L08A 1LI2A 7LZMA 1CU6A 1SWZA 139LA 3DN6A 1L56A 1C6AA 1KNIA 3HTFA 143LA 3JR6A 2RBQA 192LA 186LA 1DYDA 118LA 1OVJA 1CUQA 1L75A 4I7NA 3GULA 1L27A 1L51A 3HTGA 1OVHA 1L91A 1L73A 150LA 1LWKA 1DYAA 4I7PA 1L13A 1LYDA 185LA 1L70A 2OE7X 2OE9X 210LA 2OE4X 104LA 221LA 4PJZA 219LA 3SN6R 1QS5A 1OV7A 126LA 138LA 4OO9A 1CU3A 1L47A 255LA 1L92A 1L94A 3HUQA 1L43A 127LA 1CV0A 1KS3A 1L34A 1L93A 190LA 1SX2A 3HU9A 1C63A 1PQDA 4PK0A 1OWZA 4I7LA 173LA 1QT3A 3HUAA 3DN0A 1L02A 131LA 3G3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB2A 1GXV2 5B1FA 1L57A 4PPOA 4OWEA 1GXXA 4WO6A 4YXCA 4G9SA 1CV4A 1LYHA 2DQDY 2QARC 2HUBA 5LVGA 1PQKA 3A96A 3LYMA 4QEQA 3T36A 2H9KA 3ULRA 4NGOA 1N4FA 4LZMA 3A3QA 1L44A 4DWXA 4IASA 1IWWA 1L28A 1LZ8A 5C6LA 2RBRA 1WVUA 5LIOA 1B7NA 3RUNA 4DC4A 5L3HA 1QTEA 1XGTC 4LDEA 1W08A 157LA 4G4HA 107LA 1L76A 1LSBA 1L60A 2YBMA 5C6JA 1LMQA 1C6GA 5DLAA 3DMZA 3DN1A 5F81A 2LZMA 5APCA 4ZPUA 181LA 1HSXA 1LPYA 1B5WA 2RAYX 4E97A 2HULA 4Z46A 1C6EA 3VW7A 146LA 1L97A 216LA 4H9CA 1IR7A 113LA 4NGVA 3TXEA 5LYTA 2WARA 1TCYA 1TEWA 2DQCY 2YDGA 3A34A 133LA 1VATA 4DD0A 4DQ5A 1XSFA 2B6YA 2BQBA 4OW1A 2IGCA 2B75A 4H94A 4EXMA 3OE9A 2RB1X 1QUGA 2BQKA 1GF9A 1JKCA 1UUZC 4FDYA 1B0DA 4GLAA 2G4QA 4DDAA 3CDQA 1IP6A 1YAMA 1T8GA 4UWNA 5D5FA 2XBSA 2ZIKA 1KIRC 178LA 2B70A 1C61A 3TXGA 1FLQA 5LINA 1SSWA 1IR9A 2BLXA 1HEQA 1CNSA 4Z41A 1LJHA 2FYCA 1HFYA 4RLNA 1MELL 1LZ5A 1JITA 2OU0X 4W96A 1QT4A 4NFVA 2ZYCA 155LA 5KXZA 3L64A 1LYZA 1L32A 1L40A 5F9XA 1L89A 1CKHA 4W94A 254LA 5LVHA 1LJ3A 2MEFA 140LA 1CU2A 3AJNA 1L0KA 1D0MA 1L25A 1P37A 2LYMA 3GUOA 1G06A 1L59A 226LA 4W56A 4NSJA 1WQMA 1GAYA 2DQFC 2OTYX 3WUAA 2QB0B 1ZMYL 141LA 2D91A 5IDDA 2YBNA 251LA 2XBRA 4WLYA 1QTKA 2BQCA 1LMCA 1XGQC 1IY3A 154LA 2ANVA 1QUSA 1JJ1A 2F2QA 1L0JA 1QUHA 4X3BA 1LW9A 1GF8A 2BLYA 4W52A 2RB2X 1OUBA 3HWLA 1LKSA 1P2LA 2DQEY 1L33A 1CU0A 5E4PA 1GE3A 4OWCA 2BQEA 5HMVA 1YKYX 4DD9A 4GRVA 148LE 3DMVA 2XJWA 4RLMA 3GUPA 1GF3A 3HBDA 4QDNA 1GF6A 4B4JA 3SB7A 1L85A 4OWAA 5KXNA 3B0OA 242LA 3W3EA 4GBRB 1HELA 1C6HA 1L81A 4MR1A 212LA 4XJGA 1A2YC 1GB3A 3E3DA 1B7MA 3DNAA 2Z37A 206LA 4PRQA 4XJFA 1LGWA 1REZA 1LYEA 3AYQA 2MEBA 1LYOA 1P7SA 1GB7A 3NYAA 6LZMA 1B6IA 182LA 1LJ4A 1L49A 1IIZA 4QY9A 1LZRA 3GUMA 4D9ZA 3A94A 1LZGA 3P64A 4WLDA 3A90A 259LA 1LYFA 171LA 194LA 3OE6A 3W6BA 3M18B 5KKIA 1UIDA 3TXKA 1G7HC 4HTKA 1HFZA 261LA 1GDWA 2ZILA 156LA 1L26A 1G1VA 1LMTA 1P5CA 3B0IA 3AB6A 1K28A 3AW6A 4AGAA 1NMMA 1CV6A 3T6UA 3WVXA 1LCNA 1LSCA 2DQGY 1DXJA 3PBLA 2BQGA 3ATNA 151LA 4LYBA 1L19A 3TXIA 5HLLA 3M3UA 2B74A 1L53A 1C6FA 205LA 1IOQA 1HC0A 1QTHA 248LA 1C65A 4ARPA 1D0LA 5KXOA 1OQMA 4I7MA 1AM7A 1C62A 4NHTA 2YBLA 1QSAA 3J6KA 2CDSA 4OOOA 1IX0A 2FBDA 4H91A 1BB4A 3LZMA 4R0FA 4PHIA 4LGKA 258LA 1LZBA 4AQNA 2FYDA 1QS9A 1UIHA 4DD7A 1L56A 3J4GA 3HTFA 143LA 2ZNXY 2RBQA 4YENA 1GEZA 4ETDA 1L27A 3OK0A 2C8OA 1OVHA 1P2CC 1L91A 150LA 1DYAA 1L13A 2D4KA 185LA 1W6ZA 2B5ZA 4UWVA 2OE4X 1OV7A 1YKXX 1B2KA 4OO9A 1GFTA 1GBZA 1L94A 3HUQA 4ZFPA 1JTPL 1L34A 1L93A 1SX2A 2IHLA 1LHIA 4GN4A 3TXHA 1C63A 4KT3A 1NWGA 173LA 2EIZC 3HUAA 1E8LA 3DN0A 1L02A 1UBZA 3G3XA 5KXTA 2ZIJA 3TMXA 1CKDA 1LJNA 1PZYA 1LZYA 1L72A 1D2WA 243LA 5KXMA 6LYZA 1WTHA 3ZVQB 1L24A 249LA 4YX7C 1C6TA 1KIPC 4LYMA 1B7OA 2X0AA 1G0MA 1YAQA 4EKPA 4NGLA 1L83A 4J1BA 1T97A 4NGWA 2F4GA 2D6BA 2RBOA 3GXRA 3LYZA 2Z6BA 2HUKA 5HNLA 5FELA 3D9AC 2F47A 4ETCA 1L66A 4WOAA 4ARJA 4H9FA 1ZVHL 2EQLA 3HDEA 5LYMA 208LA 262LA 1L01A 1QTZA 2BQHA 145LA 1JEFA 1L21A 1LMNA 2HEFA 3N9EA 1EL1A 4ZIXA 1CKGA 4PJ2C 1OUEA 125LA 1L03A 4W55A 4YEMA 1ZYTA 4HTQA 191LA 1C6IA 1YAOA 4NHPA 4H8YA 1O23A 189LA 5D5CA 1LJJA 1BWJA 4GCCA 3HH6A 1L86A 4K5YA 4EOFA 3HT9A 2RH1A 4H9AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GB2 A;  1GXV 2;  5B1F A;  1L57 A;  4PPO A;  4OWE A;  1GXX A;  4WO6 A;  4YXC A;  4G9S A;  1CV4 A;  1LYH A;  2DQD Y;  2QAR C;  2HUB A;  5LVG A;  1PQK A;  3A96 A;  3LYM A;  4QEQ A;  3T36 A;  2H9K A;  3ULR A;  4NGO A;  1N4F A;  4LZM A;  3A3Q A;  1L44 A;  4DWX A;  4IAS A;  1IWW A;  1L28 A;  1LZ8 A;  5C6L A;  2RBR A;  1WVU A;  5LIO A;  1B7N A;  3RUN A;  4DC4 A;  5L3H A;  1QTE A;  1XGT C;  4LDE A;  1W08 A;  157L A;  4G4H A;  107L A;  1L76 A;  1LSB A;  1L60 A;  2YBM A;  5C6J A;  1LMQ A;  1C6G A;  5DLA A;  3DMZ A;  3DN1 A;  5F81 A;  2LZM A;  5APC A;  4ZPU A;  181L A;  1HSX A;  1LPY A;  1B5W A;  2RAY X;  4E97 A;  2HUL A;  4Z46 A;  1C6E A;  3VW7 A;  146L A;  1L97 A;  216L A;  4H9C A;  1IR7 A;  113L A;  4NGV A;  3TXE A;  5LYT A;  2WAR A;  1TCY A;  1TEW A;  2DQC Y;  2YDG A;  3A34 A;  133L A;  1VAT A;  4DD0 A;  4DQ5 A;  1XSF A;  2B6Y A;  2BQB A;  4OW1 A;  2IGC A;  2B75 A;  4H94 A;  4EXM A;  3OE9 A;  2RB1 X;  1QUG A;  2BQK A;  1GF9 A;  1JKC A;  1UUZ C;  4FDY A;  1B0D A;  4GLA A;  2G4Q A;  4DDA A;  3CDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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