4AQNA

Crystal structure of pesticin from y. pestis
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Toxin
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 119
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4aqnA02
220LA 1ZURA 4DAJA 1L83A 1P2RA 1QT7A 231LA 1PQJA 4W53A 3OE0A 1CV4A 1L97A 3GUKA 1QT5A 2RBRA 160LA 2L78A 1L19A 4YXAC 3CDQA 125LA 1CVKA 3HT9A 3JR6A 4W58A 1L0KA 3GUIA 1L30A 4I7TA 214LA 5LZMA 1D2YA 254LA 2B7XA 4S0WA 1OWYA 4W57A 1L94A 1WTHA 1L93A 3VW7A 139LA 199LA 4YX7C 1L89A 1L0JA 239LA 3SBAA 145LA 1C64A 4ARQA 1L82A 4EPFA 4OO9A 1L13A 4EKRA 1C6IA 246LA 126LA 2HUMA 150LA 1XJUA 240LA 2B6ZA 4W59A 1LW9A 1L42A 1OVHA 1DYEA 1L69A 3SB7A 1L66A 1L12A 4I7LA 2O7AA 1L52A 178LA 1LI6A 4LDEA 1CTWA 245LA 3FADA 186LA 235LA 3GUJA 1L81A 1L99A 3HUAA 157LA 1C6JA 1XEPA 2B75A 3HT7A 1D9WA 1SWZA 228LA 2RBPA 188LA 3ODUA 3GULA 1L51A 224LA 1L56A 1I6SA 3GUPA 1SSYA 1C6GA 2OU0X 1L24A 181LA 1C61A 1L33A 1PQOA 1C6QA 1L00A 1L75A 1K28A 144LA 1L01A 1LI3A 210LA 198LA 1OV7A 2HULA 3C83A 236LA 1L16A 3DKEX 1XJTA 163LA 2Q9EA 1L15A 3HT8A 1PQMA 1T8GA 3DN4A 1L17A 1KY0A 167LA 223LA 1G0PA 1L60A 3HUQA 1OVJA 3DNAA 1QT6A 180LA 216LA 237LA 230LA 3C7WA 3V2YA 1LYIA 1OV5A 161LA 1L90A 2NTGA 1C6CA 1G1VA 1CU6A 2CUUA 1CU5A 3HTFA 4DKLA 1C6HA 1L74A 1L88A 213LA 196LA 1QTCA 2A4TA 2RH1A 1PQDA 205LA 2B6XA 1CU0A 1QT8A 1C6FA 1LPYA 241LA 4LDOA 131LA 4I7OA 1C62A 1C69A 3D4SA 3V2WA 195LA 1L55A 2RAZX 2LC9A 159LA 127LA 226LA 2B70A 256LA 3OE6A 1JTNA 1CV6A 112LA 232LA 4ARPA 1SWYA 175LA 2RB0X 1C6EA 4W52A 200LA 1C66A 1L87A 2O79A 3GUOA 185LA 171LA 1CUPA 1OVKA 3CDOA 1LGXA 1L54A 1LI2A 1CV5A 1L46A 3DN1A 2F2QA 111LA 1L76A 4ARJA 1L32A 1L45A 3L2XA 156LA 3LZMA 3DN3A 1P36A 3SB5A 2Q9DA 4EKQA 3CDTA 1L71A 1L63A 242LA 1QTHA 1L18A 189LA 1L64A 1L73A 248LA 3HDEA 1L40A 104LA 2ANVA 1CX7A 190LA 2O4WA 1D3NA 1L25A 2RBQA 166LA 1G0MA 259LA 1C6TA 1P46A 1QT3A 3FA0A 1QUHA 4I7NA 1L91A 1P2LA 187LA 1L36A 3HTDA 3OE8A 1L39A 1L44A 1LYDA 4LZMA 2B74A 1L27A 3PBLA 6LZMA 1LYGA 4ARMB 3C7YA 1LYJA 1L84A 217LA 103LA 1KW7A 1ZYTA 3PDSA 4EPIA 3F9LA 1G07A 3DMVA 1T8FA 2OTYX 206LA 3C8RA 3HT6A 2B73A 3C7ZA 1L35A 1T97A 238LA 1JQUA 1CU3A 1L34A 1L59A 2RBSA 1L49A 4I7JA 1D3MA 1C6DA 1L96A 1QTDA 4GBRB 1D2WA 119LA 1P7SA 4PJZA 2Z6BA 140LA 146LA 172LA 3SN6R 2RBNA 1QSBA 4I7QA 3CDVA 1CV3A 3RZEA 3HWLA 1L26A 2HUKA 3GUNA 221LA 3HTGA 1CU2A 3L64A 176LA 1C6PA 2RB1X 1C67A 3HH4A 4ZPUA 1L07A 1CV0A 182LA 4EXMA 1QT4A 4EKSA 3NY9A 4I7SA 2B6YA 4ARMA 1LLHA 2QARC 244LA 1LYEA 243LA 3UONA 251LA 1LYHA 114LA 222LA 4DJHA 1PQIA 1KNIA 4I7RA 141LA 1G1WA 1L37A 1B6IA 4W55A 1C6KA 262LA 1L47A 1C68A 1T8AA 1L41A 3CDRA 4EKPA 170LA 168LA 1L57A 3QAKA 1ZWNA 1L05A 3DN6A 1OYUA 162LA 142LA 1L70A 3OE9A 1QS5A 2LZMA 3HTBA 143LA 102LA 1L92A 1D3FA 1L10A 255LA 151LA 1G0QA 1QUGA 108LA 1L38A 1SX2A 3C82A 3NY8A 1L77A 3HU9A 1L02A 3EMLA 1QTZA 2OE7X 7LZMA 1C6LA 1CX6A 249LA 1P64A 215LA 3K2RA 1L20A 1L98A 1P6YA 3HH5A 1OWZA 1P3NA 4YXCA 1L95A 209LA 4I7PA 147LA 1CUQA 1C6BA 1SSWA 1G0KA 3HH3A 137LA 229LA 1JTMA 252LA 1QS9A 1L04A 3DMXA 1LGWA 118LA 1L48A 128LA 4EJ4A 107LA 192LA 3RUNA 211LA 4LDLA 1L03A 3C80A 169LA 1C63A 4GRVA 177LA 3HH6A 1C6MA 1L85A 1L43A 1G06A 1L53A 1L67A 120LA 1L28A 260LA 1DYFA 138LA 152LA 1L31A 3HU8A 4PK0A 1C65A 1L58A 1L68A 1LYFA 2OEAX 184LA 257LA 250LA 1C6AA 1L72A 191LA 1PQKA 212LA 1P56A 3DN2A 218LA 4K5YA 2RBOA 1QTBA 1L79A 3G3XA 1LGUA 197LA 1EPYA 3DN0A 3GUMA 1LWGA 261LA 219LA 1L62A 227LA 173LA 1L61A 3HDFA 3SB8A 1KS3A 1LWKA 1DYBA 1QUOA 225LA 2QB0B 4I7MA 3SB9A 1L80A 129LA 253LA 1DYCA 155LA 3C8QA 4E97A 3SB6A 258LA 1L06A 158LA 1TLAA 247LA 130LA 5I14A 2F32A 1C60A 3G3WA 3FI5A 1L50A 1D3JA 2NTHA 110LA 3C8SA 1QUDA 4W54A 4ARLA 2LCBA 1L65A 2ANXA 1L09A 234LA 1NHBA 113LA 1L21A 233LA 3HUKA 2OTZX 4W56A 1L22A 1QTVA 3DN8A 1P5CA 2B6TA 1QSQA 1DYGA 174LA 2B72A 2IGCA 3G3VA 148LE 4I7KA 115LA 1T6HA 1L86A 1L14A 2OU8A 1SX7A 123LA 3SBBC 3DMZA 1KY1A 2B6WA 2RB2X 3F8VA 122LA 1G0GA 149LA 1L29A 2OU9A 165LA 1DYAA 1G0LA 1L11A 1DYDA 1G0JA 1L23A 109LA 3NYAA 183LA 1CV1A 2RAYX 1C6NA 3C81A 2OE4X 2OE9X 4AQNA 201LA 4IAPA 4ARQB 164LA 1L08A 2F47A 1KW5A 4W51A 1P37A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DT3A 1FLYA 2I6ZA 1JSFA 1QT7A 3ZVQB 5LXWA 3OE0A 1HMKA 4H8YA 160LA 2L78A 2LYMA 3TXBA 3CDQA 125LA 1FBIX 5DM9A 3HT9A 1L0KA 4I7TA 5LZMA 1B7PA 254LA 1PZYA 1OWYA 4HJZA 1WTHA 3VWOA 1IWYA 2FYDA 139LA 2Q0MX 5FEKA 4YX7C 1L89A 1B7NA 1LSPA 1WQPA 4HV2A 1C45A 1IOSA 4EPFA 5IDDA 4N1CC 4DD1A 3J6KA 126LA 4NGIA 2HTXA 2B6ZA 1OVHA 5KXNA 4NGKA 1GFJA 5KKJA 1LSCA 5F9UA 1LI6A 1B5UA 4TTDA 1IORA 5IHGA 1I1ZA 3WXTA 5KXRA 1LSBA 1BVKC 1JUGA 1HEPA 1YAOA 1UIDA 1XEPA 2B75A 1JJ1A 188LA 224LA 1I6SA 4GCEA 1LMCA 4NFVA 1QUSA 1L24A 1C61A 1GD6A 2DQHY 4NY5A 5FDJA 1L75A 4PGJB 2LZ2A 3LHMA 1L01A 2HULA 1D0LA 3LYMA 1F6RA 4H90A 4WLXA 3DKEX 163LA 1DKKA 3AZ5A 3LYOA 4LYZA 1L17A 1OUHA 1XGRC 1GB7A 3HUQA 1JSEA 1OVJA 1BB6A 2YBHA 1LHLA 1QT6A 180LA 4LFPA 161LA 2XQOA 2CUUA 2YVBA 3HFMY 1BWJA 4DKLA 5D5CA 1L74A 1MLCE 1QTCA 5C6JA 4NGLA 3F6ZA 2B6XA 1QT8A 2CJLA 131LA 1ZV5L 2MEGA 1B7RA 1FLUA 1RI8B 1HF4A 1C69A 1LSDA 3D4SA 3W6BA 1BHZA 1L55A 1LSMA 3OE6A 127LA 2BQJA 1O23A 1B7SA 1CV6A 2WARA 232LA 5F81A 4ARPA 1SWYA 1C46A 1KIQC 1C6EA 4W52A 1OVKA 1IIZA 2MECA 4GLVA 1CV5A 2F2QA 1L76A 1WVVA 2DBTA 3LZMA 5KJ9A 4EKQA 3CDTA 1L63A 242LA 5ILFA 1GF0A 3HDEA 1FLWA 3QNGA 3CT1A 1LOZA 1D3NA 1RE2A 1DZBX 1QT3A 1P2LA 1L36A 3OE8A 5DLAA 4LZMA 1HFZA 2BQCA 4NHIA 4PRQA 3W6AA 1LYJA 2DQCY 1ZYTA 1IC7Y 3RU5A 1T8FA 2MEDA 2OTYX 154LA 5I5QA 1CU3A 3AW6A 1L59A 2RBSA 4BAPA 1D2WA 1P7SA 4PJZA 1LMOA 172LA 2RBNA 3A90A 3A95A 1LMAA 3RZEA 1L26A 2HUKA 1JIYA 4BADA 3A3RX 1C6PA 2RB1X 3GXKA 3HH4A 1CV0A 1HC0A 2LYOA 1KXWA 3IJUA 4EXMA 1QT4A 1UCOA 1JHLA 5B05A 2B6YA 4LT1A 1DPWA 251LA 1UIEA 4WLYA 1QTEA 114LA 1REYA 222LA 4HSFA 1KNIA 4Z3MA 2F4GA 141LA 1JKAA 1IWWA 1L37A 2I25L 1UA6Y 1L47A 1C68A 1T8AA 4EKPA 5B1GA 2RSCA 3TXJA 4UWVA 5LVHA 4LT0A 5APDA 2LZMA 4H1PA 5KXZA 102LA 4G49A 1CJ7A 153LA 1BB5A 4MR1A 1LJ3A 3P64A 3P66A 3EMLA 1HFXA 4NHTA 2D4JA 4XENA 4ETAA 1VDQA 4GN5C 1LJJA 1OWZA 4KPMA 4L41A 5APCA 1BWHA 1GDXA 1G0KA 3WXUA 1PS5A 1LZ5A 3A6CY 229LA 1JTMA 4B1AA 2XTHA 1YQVY 1SQ2L 2BLXA 107LA 4OWHA 6LYZA 169LA 4II8A 1GFEA 1C6MA 1L85A 4B4EA 1H87A 1GXV2 1L53A 1L28A 4H92A 1A2YC 3BKHA 4PK0A 3RT5X 2BQOA 4NSIA 2W1MA 1P2CC 1IWZA 1L72A 4CGEA 212LA 2BQDA 1P56A 3DN2A 2RBOA 4M6DA 1UICA 4W94A 1GB6A 4PJ2C 219LA 1NWGA 1DI3A 3SB9A 1L80A 2EIZC 5LA5A 1VEDA 1REZA 4E97A 3A96A 4NWEA 1L06A 5KXSA 3QY4A 4DD9A 1L50A 5D5FA 5FELA 1LKRA 1GPQC 4NHSA 110LA 1QUDA 4W54A 4NGJA 5F9XA 1L09A 113LA 3HUKA 4P2EA 9LYZA 2LZTA 1QTVA 3DN8A 4B49A 4I7KA 4Z41A 1REXA 1TDYA 4PHIA 1KY1A 1LSNA 3WH1A 1YL0X 1G0LA 1QSWA 2Y8PA 109LA 2W1YA 4KL7A 4RW2A 3NYAA 183LA 1CV1A 1GBSA 1QIOA 1C43A 3AZ4A 4EOFA 1C6NA 1I56A 4MSTA 4ARQB 164LA 1ZMYL 194LA 2YBNA 2ZWBA 1KW5A 4FJRA 3OK0A 4H91A 1XGQC 1ZURA 4U3XB 4DAJA 4DDAA 1P2RA 7LYZA 4W53A 1CV4A 2G4PA 2RBRA 3P65A 1L30A 3HBDA 214LA 1G7JC 1B5YA 1D2YA 1GBOA 1XEJA 1IP4A 4CJ2A 1GF4A 1YIKA 3VW7A 1GBWA 1LHHA 1B5XA 3P68A 1L0JA 239LA 3KAMA 145LA 4EKRA 1C6IA 2F30A 5LAFA 1NKHA 2HUMA 1LW9A 3ZEKA 4Z98A 1B5VA 4WLDA 4G4BA 2BQNA 1H6MA 1GB2A 1L12A 4I7LA 2O7AA 4J7VA 1DI4A 1L52A 1GDWA 178LA 3CB7A 245LA 4HTNA 1QQYA 186LA 3AZ7A 3FE0A 1LMQA 5LINA 1L99A 5LVIA 3HUAA 3AYQA 3HT7A 228LA 1GB0A 1L56A 3GUPA 1FKQA 2OU0X 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DT3 A;  1FLY A;  2I6Z A;  1JSF A;  1QT7 A;  3ZVQ B;  5LXW A;  3OE0 A;  1HMK A;  4H8Y A;  160L A;  2L78 A;  2LYM A;  3TXB A;  3CDQ A;  125L A;  1FBI X;  5DM9 A;  3HT9 A;  1L0K A;  4I7T A;  5LZM A;  1B7P A;  254L A;  1PZY A;  1OWY A;  4HJZ A;  1WTH A;  3VWO A;  1IWY A;  2FYD A;  139L A;  2Q0M X;  5FEK A;  4YX7 C;  1L89 A;  1B7N A;  1LSP A;  1WQP A;  4HV2 A;  1C45 A;  1IOS A;  4EPF A;  5IDD A;  4N1C C;  4DD1 A;  3J6K A;  126L A;  4NGI A;  2HTX A;  2B6Z A;  1OVH A;  5KXN A;  4NGK A;  1GFJ A;  5KKJ A;  1LSC A;  5F9U A;  1LI6 A;  1B5U A;  4TTD A;  1IOR A;  5IHG A;  1I1Z A;  3WXT A;  5KXR A;  1LSB A;  1BVK C;  1JUG A;  1HEP A;  1YAO A;  1UID A;  1XEP A;  2B75 A;  1JJ1 A;  188L A;  224L A;  1I6S A;  4GCE A;  1LMC A;  4NFV A;  1QUS A;  1L24 A;  1C61 A;  1GD6 A;  2DQH Y;  4NY5 A;  5FDJ A;  1L75 A;  4PGJ B;  2LZ2 A;  3LHM A;  1L01 A;  2HUL A;  1D0L A;  3LYM A;  1F6R A;  4H90 A;  4WLX A;  3DKE X;  163L A;  1DKK A;  3AZ5 A;  3LYO A;  4LYZ A;  1L17 A;  1OUH A;  1XGR C;  1GB7 A;  3HUQ A;  1JSE A;  1OVJ A; 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