4ARJA

Crystal structure of a pesticin (translocation and receptor binding domain) from y. pestis and t4-lysozyme chimera
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
322
structure length
318
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVVNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLFEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
molecule keywords PESTICIN, LYSOZYME
total genus 105
structure length 318
sequence length 322
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arjA02
1C6MA 1L32A 1KW5A 3VW7A 1L29A 241LA 4W51A 250LA 1PQMA 4OO9A 1L38A 1QTVA 127LA 2F32A 3HT6A 1L30A 1C6QA 1L93A 1C6IA 7LZMA 3GUNA 4EKRA 3OE6A 2OU9A 1L17A 3V2WA 1CV5A 3F9LA 1T6HA 1QSQA 1G0KA 1L11A 1L50A 1P3NA 150LA 249LA 3SB9A 4DKLA 1L80A 1OV5A 1QTBA 2IGCA 219LA 125LA 2O4WA 3C80A 1L68A 1LYIA 1CV3A 102LA 1L25A 1C6AA 1LWGA 1ZURA 174LA 1XJUA 1L09A 1XEPA 2B6TA 3HT9A 1CU5A 3DN0A 198LA 1P2RA 1QTZA 170LA 1CV1A 1C69A 3SN6R 1L87A 140LA 1CV4A 3NYAA 158LA 1L42A 120LA 3CDOA 2RAYX 4W59A 1QSBA 3LZMA 190LA 3PDSA 188LA 195LA 3HDEA 4GRVA 2F47A 4EKQA 2CUUA 2A4TA 3DN6A 1L76A 2B74A 1L79A 3HUKA 1L96A 246LA 1QTCA 166LA 4I7JA 1SWZA 4W56A 251LA 3FI5A 1C6PA 2O7AA 236LA 4ARQA 1L86A 178LA 230LA 187LA 1C6LA 128LA 242LA 1L63A 1C64A 228LA 2B7XA 1LGWA 3SB8A 3C8SA 1L52A 234LA 1OVHA 217LA 137LA 1L18A 1C62A 1P64A 4YXCA 4W54A 248LA 1OVKA 244LA 176LA 4I7QA 1T8GA 3CDRA 4EPIA 212LA 1CVKA 1QUGA 252LA 3DN8A 2HULA 1L97A 4LZMA 143LA 1JTMA 1CX6A 161LA 226LA 1L81A 1B6IA 1L27A 1L33A 3SB5A 4EXMA 103LA 1G0QA 1L0KA 1KW7A 1LGXA 1C6KA 225LA 1L85A 115LA 1LYJA 1L59A 171LA 4S0WA 2B6XA 1L36A 1L37A 1L45A 3GUIA 2B6YA 220LA 173LA 1L14A 2QB0B 3PBLA 1L02A 4I7LA 114LA 3K2RA 1SX7A 2B6WA 5I14A 3RUNA 4W53A 2Q9EA 247LA 1L06A 1L61A 4I7NA 1ZYTA 112LA 6LZMA 1C6GA 3OE0A 3DN4A 227LA 1CU3A 1NHBA 122LA 4GBRB 1P36A 1L21A 1L89A 3GUJA 3GULA 3L2XA 1P5CA 129LA 199LA 1EPYA 151LA 1LYEA 4DJHA 3C8QA 1C6BA 1QUOA 4I7MA 2LCBA 257LA 3HH6A 1QUHA 1T8FA 3HTFA 1G0JA 4LDLA 184LA 159LA 1QT7A 1L35A 1L84A 1C68A 215LA 221LA 1LGUA 3JR6A 1L04A 1CU0A 165LA 3HTBA 2OEAX 2LC9A 3DN3A 4W55A 3HTDA 4PK0A 144LA 1QUDA 3HH3A 1L26A 1I6SA 1ZWNA 1L60A 1QT8A 1T97A 1C6TA 1L75A 4ARMB 231LA 197LA 1CUQA 232LA 1SSYA 1C67A 3GUPA 3GUOA 4I7TA 1L16A 1L53A 138LA 1C6NA 1QS9A 4EJ4A 4YX7C 1G0PA 259LA 1K28A 3C83A 1LI2A 1LYDA 2RBNA 3CDTA 2Q9DA 1D2WA 1PQDA 211LA 1G06A 1L48A 1L90A 4LDEA 108LA 167LA 3EMLA 2RBRA 191LA 238LA 1L91A 157LA 1KNIA 1L01A 1L77A 3CDQA 196LA 1L10A 1JTNA 3G3XA 4W52A 1L41A 1L03A 1G0LA 3G3WA 141LA 237LA 3FADA 254LA 1CV6A 4ARMA 4I7RA 1L98A 3C81A 1D3FA 109LA 201LA 213LA 3DN2A 175LA 1PQOA 5LZMA 1L44A 147LA 3OE9A 4ARPA 253LA 2RBOA 1L70A 2RB1X 1XJTA 2F2QA 152LA 4I7OA 229LA 1SX2A 1L57A 1L74A 1L73A 1SSWA 2NTHA 164LA 186LA 1L13A 182LA 1L99A 255LA 1QT3A 2OE4X 1L47A 1L31A 222LA 239LA 1LWKA 3NY8A 3HUQA 1C6FA 162LA 169LA 3SBAA 2RBQA 260LA 3C82A 4W58A 4K5YA 1L82A 130LA 1L34A 4EKPA 2OTYX 1C66A 1LYGA 2RH1A 1DYDA 1C61A 1TLAA 3DKEX 3RZEA 180LA 3DMZA 3DNAA 1DYGA 243LA 2RBPA 1C6EA 1QT6A 1D2YA 1G0GA 2L78A 181LA 168LA 2Z6BA 1L69A 1C6CA 3HWLA 2B73A 1L56A 118LA 1L00A 261LA 113LA 1L24A 1CU6A 1L28A 258LA 1L94A 189LA 1DYEA 1L08A 3DN1A 1C6DA 3HTGA 1LI6A 2RBSA 3HDFA 1LYFA 1CX7A 2OE9X 4E97A 1G1WA 1L07A 3UONA 1SWYA 245LA 1KY1A 1KS3A 3L64A 3V2YA 4I7SA 2LZMA 1P7SA 200LA 1G0MA 1L20A 119LA 1OYUA 3HH5A 4I7KA 145LA 2ANXA 3HT7A 1QT5A 240LA 4W57A 1L15A 148LE 216LA 1L39A 2O79A 183LA 1L67A 4PJZA 3HU8A 224LA 1L23A 2QARC 3SB7A 1L92A 2B70A 2OU8A 1D3MA 1T8AA 262LA 156LA 1P56A 235LA 1LLHA 1C60A 3SBBC 1L65A 4ARQB 1L49A 1L51A 3HH4A 110LA 1L83A 1JQUA 1L0JA 4IAPA 1LYHA 3NY9A 155LA 214LA 3ODUA 3SB6A 3G3VA 3GUMA 104LA 1OWZA 1OWYA 1P37A 185LA 1G07A 206LA 2B72A 3CDVA 1DYAA 146LA 1LPYA 1QTHA 3HU9A 1L22A 1CV0A 3C7YA 142LA 149LA 4LDOA 1C6HA 3GUKA 1L43A 1PQKA 3HUAA 1C6JA 4AQNA 1C65A 3FA0A 1DYBA 2HUKA 210LA 1CTWA 223LA 163LA 1D3JA 2B75A 2NTGA 4EKSA 1L71A 233LA 123LA 3D4SA 1L88A 2RB0X 1QTDA 1L19A 2OU0X 1CU2A 1C63A 1KY0A 1DYCA 2OTZX 2B6ZA 107LA 1P46A 139LA 160LA 209LA 2RB2X 4ARJA 1L55A 4ZPUA 1QT4A 192LA 1OV7A 4YXAC 3F8VA 1L40A 172LA 111LA 205LA 1L66A 1WTHA 1L46A 1L05A 4ARLA 1L54A 3DMVA 3HT8A 1OVJA 1L64A 1L72A 1D3NA 3OE8A 1L58A 4EPFA 1D9WA 3C8RA 177LA 1LI3A 218LA 1PQIA 1PQJA 131LA 2ANVA 1G1VA 126LA 2RAZX 1L95A 256LA 3QAKA 1QS5A 1DYFA 4I7PA 3C7WA 1P2LA 1L62A 1P6YA 3C7ZA 2OE7X 1LW9A 4DAJA 1CUPA 1L12A 3DMXA 2HUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6MA 1AKIA 1LJGA 3SP3A 4ML7A 5KJ9A 4NHIA 1QIOA 4W51A 250LA 1PQMA 4OO9A 2HEEA 1L38A 1LZCA 1L30A 3A90A 3AZ5A 3OE6A 1QUSA 4RLNA 6LYTA 1GXV2 3V2WA 1T6HA 4G4HA 1CKFA 3KAMA 1G0KA 2EQLA 1P3NA 249LA 1GWDA 2G4NA 2Q0MX 4DKLA 2H9KA 1QTBA 2IGCA 1LMOA 1LKRA 1QUTA 1C6AA 1J1OY 194LA 1XJUA 5LAGA 1DI3A 3A91A 2B6TA 198LA 1WQPA 1QTZA 4IASA 3SN6R 1VEDA 140LA 1DZBX 3NYAA 1LZAA 4X3BA 4NSJA 4WLTA 2EIZC 3HDEA 1IWXA 1LMAA 3DN6A 1N4FA 4E3UA 1L96A 4LFXA 246LA 5LYMA 1SWZA 4W56A 3FI5A 2ZQ3A 236LA 4NSHA 4ARQA 1DKJA 1KXYA 5HQ1A 4DD0A 5KXRA 1BB3A 1LSPA 1L63A 228LA 1LGWA 1IWVA 4XJHA 234LA 1OVHA 1NKHA 3LYZA 176LA 4I7QA 2W1XA 1CVKA 4P2EA 5I4WA 143LA 4XJIA 1GDXA 1JUGA 2BQBA 4ZFPA 2WARA 1L81A 1L33A 3SB5A 135LA 3M18B 1LGXA 1YILA 1XGPC 1C6KA 1LYJA 4TSBA 2GV0A 1ZMYL 1WQQA 4EOFA 2CWIA 1L36A 2A7DA 1OUGA 3B0IA 1CJ6A 1GBYA 220LA 1L14A 5JENB 1A4VA 3RUNA 1YAOA 4ANRA 1LYOA 4HSFA 1PZYA 1ZYTA 1HEQA 4RW1A 3DN4A 227LA 1CU3A 4HJZA 3GUJA 3FI7A 1LKSA 1BB6A 4LYBA 1QDRA 4DJHA 1IORA 1LZNA 4WL7A 3RZ4A 1GE0A 159LA 3AJNA 1L35A 1B7NA 4YOPA 1B5ZA 1LJNA 1RCMA 3DN3A 3QNGA 3HH3A 1L26A 1G7LC 1XGUC 1QT8A 4XJGA 1C6TA 1L75A 1EQEA 4WO6A 1SSYA 1C67A 1L53A 138LA 5DN5A 1LJ4A 1HHLA 1K28A 1LI2A 1HMLA 2BQHA 1LZSA 1L48A 1L90A 4LDEA 1C46A 4GCBA 4NSGA 1XFPL 1RI8B 3CDQA 196LA 3G3XA 1GB6A 5J7CA 1JISA 4NGVA 3FADA 1TCYA 1AZFA 1D3FA 1FN5A 1GFGA 3DN2A 2H5ZA 4J1BA 1L44A 2RBOA 1L70A 1XJTA 4LT3A 3LHMA 4QY9A 1GE3A 1FLYA 5KXMA 3WVXA 3B0KA 1JJ3A 1IWUA 2ZILA 1H6MA 2MEFA 1LWKA 1UIDA 2HEDA 1T6VL 3GXKA 1DXJA 260LA 4MCKA 4K5YA 3A67Y 1L82A 1IY3A 1UIAA 1C61A 3DNAA 2RBPA 1LZEA 1C6EA 1TEWA 1QT6A 4HTQA 4N9RA 5I4YA 3HWLA 1D2YA 1L69A 4DDCA 4NGWA 4WLXA 4GN4A 1L94A 4H93A 1LMCA 2F30A 4NGJA 1HFYA 1C6DA 1LI6A 3TXJA 4YM8A 4J7VA 2YBNA 1LSDA 1L07A 4IJ4A 2FBBA 3UONA 5F81A 1GFEA 4MSTA 5KXSA 1B2KA 1G0MA 1L20A 5E4PA 1GAYA 3HH5A 4N0JA 207LA 5B1FA 216LA 1UIGA 183LA 3HU8A 2NWDX 1L92A 1JJ0A 1HEOA 4HTKA 4WM5A 156LA 235LA 1REZA 1HMKA 3SBBC 1L51A 1YAMA 4EMNA 1JQUA 2VB1A 3ODUA 1LSBA 3LZ2A 3RU5A 1QSAA 3G3VA 104LA 2DQGY 1I1ZA 1OWYA 2HU1A 1GF5A 1GFAA 2XBRA 1VAUA 1XEKA 2ZIJA 2HEAA 1LPYA 1OUFA 1QTHA 3HU9A 1GF9A 4H9EA 4GCDA 1UACY 1IOSA 210LA 1CTWA 163LA 3TXDA 1VDQA 4WM2A 4M4OA 2DQEY 1L71A 4LT1A 4LT2A 3WU7A 1L19A 1GB8A 1CU2A 4HTNA 1VFBC 107LA 1GF3A 1GXXA 4H9HA 1QT4A 2D4JA 1HFXA 1VDSA 205LA 3W3EA 5LVHA 4LYOA 4R6CA 1C7PA 1L46A 1L54A 3AW6A 3DMVA 2HUBA 3HT8A 1D0MA 3TMVA 1L72A 1D3NA 3OE8A 5F16A 2G4PA 4DYGA 1YL0X 177LA 5KXXA 4PRQA 4N1CC 131LA 2ANVA 1G1VA 1F6SA 1LZ5A 1L95A 256LA 3QAKA 4ZEEA 4I7PA 3C7WA 1P2LA 1P6YA 3B0OA 1W08A 1GF4A 2YSSC 1UBZA 4G49A 1YKYX 3A96A 2LCBA 2HUMA 1L32A 1KW5A 1GDWA 4WM3A 1B7PA 1C45A 1YAPA 241LA 2BQNA 5ILCA 2ZYCA 1IP7A 1QTVA 3A3QA 5E9RA 1C6IA 1MLCE 1GF6A 4Z41A 2OU9A 3TXKA 5KKIA 3F9LA 3WW5A 1DI4A 1RJCB 5FDJA 1L11A 150LA 1UIFA 1LJEA 1LMNA 1IY4A 125LA 1DKKA 1KIRC 3TXFA 1G7IC 4BADA 2BLXA 4W96A 1CKGA 1NHEA 1YANA 3DN0A 3CT0A 1GE1A 4J0LA 1CV1A 1L87A 4B4EA 3OJPA 158LA 1GFVA 4W59A 1CKHA 3LZMA 190LA 3PDSA 1IC7Y 1NWGA 3LYMA 188LA 195LA 4GRVA 5B59A 4H9FA 2CUUA 5DM9A 1L76A 2B74A 1L79A 2FYDA 3HUKA 1GAZA 1J1PY 251LA 3WH1A 1C6PA 2MEEA 1HEPA 3WPLA 3P4ZA 230LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6M A;  1AKI A;  1LJG A;  3SP3 A;  4ML7 A;  5KJ9 A;  4NHI A;  1QIO A;  4W51 A;  250L A;  1PQM A;  4OO9 A;  2HEE A;  1L38 A;  1LZC A;  1L30 A;  3A90 A;  3AZ5 A;  3OE6 A;  1QUS A;  4RLN A;  6LYT A;  1GXV 2;  3V2W A;  1T6H A;  4G4H A;  1CKF A;  3KAM A;  1G0K A;  2EQL A;  1P3N A;  249L A;  1GWD A;  2G4N A;  2Q0M X;  4DKL A;  2H9K A;  1QTB A;  2IGC A;  1LMO A;  1LKR A;  1QUT A;  1C6A A;  1J1O Y;  194L A;  1XJU A;  5LAG A;  1DI3 A;  3A91 A;  2B6T A;  198L A;  1WQP A;  1QTZ A;  4IAS A;  3SN6 R;  1VED A;  140L A;  1DZB X;  3NYA A;  1LZA A;  4X3B A;  4NSJ A;  4WLT A;  2EIZ C;  3HDE A;  1IWX A;  1LMA A;  3DN6 A;  1N4F A;  4E3U A;  1L96 A;  4LFX A;  246L A;  5LYM A;  1SWZ A;  4W56 A;  3FI5 A;  2ZQ3 A;  236L A;  4NSH A;  4ARQ A;  1DKJ A;  1KXY A;  5HQ1 A;  4DD0 A;  5KXR A;  1BB3 A;  1LSP A;  1L63 A;  228L A;  1LGW A;  1IWV A;  4XJH A;  234L A;  1OVH A;  1NKH A;  3LYZ A;  176L A;  4I7Q A;  2W1X A;  1CVK A;  4P2E A;  5I4W A;  143L A;  4XJI A;  1GDX A;  1JUG A;  2BQB A;  4ZFP A;  2WAR A;  1L81 A;  1L33 A; 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