4ARJA

Crystal structure of a pesticin (translocation and receptor binding domain) from y. pestis and t4-lysozyme chimera
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
322
structure length
318
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVVNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLFEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN, LYSOZYME
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 105
structure length 318
sequence length 322
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arjA02
1C6MA 1L40A 3C7YA 245LA 1LYEA 118LA 1P36A 1LGUA 137LA 182LA 1G1WA 1L95A 2RBSA 174LA 1L04A 246LA 2B7XA 1L24A 4W58A 1CU5A 1KW7A 102LA 1T8AA 2RAZX 4W55A 1OVKA 4W53A 2LZMA 3HU8A 1LI3A 156LA 3G3WA 3DN6A 1L74A 3ODUA 238LA 1L19A 1L0KA 1LYGA 1B6IA 1L37A 147LA 1C63A 3CDVA 1CV0A 4EPFA 1L72A 3L64A 3RZEA 2OTZX 3FA0A 191LA 1L17A 1L41A 243LA 1L83A 3C7ZA 2B6TA 3CDTA 4ARPA 4W59A 1G0MA 1L64A 1D2YA 3JR6A 2RAYX 4LDLA 3RUNA 1C65A 1JQUA 1LW9A 1L09A 1KY1A 163LA 228LA 244LA 3C8SA 1PQDA 168LA 1P5CA 1G07A 237LA 195LA 2B73A 1L89A 1QT8A 1OVJA 1L01A 4LZMA 1T97A 247LA 1L65A 1C6QA 1L23A 1L56A 1L96A 1L97A 1L84A 1SSYA 3D4SA 165LA 210LA 1L70A 7LZMA 1C69A 1L53A 122LA 1G0GA 1L54A 4ARQA 2OU8A 4ARMA 4K5YA 2B70A 229LA 2IGCA 3OE0A 241LA 4EPIA 2Q9DA 187LA 126LA 1DYGA 4I7KA 160LA 1JTNA 1L12A 1P37A 1CV1A 198LA 1C60A 3DMXA 235LA 4ZPUA 1L30A 1C6FA 2LCBA 2B74A 3SBAA 2RB1X 1L99A 158LA 145LA 1CU0A 2ANVA 1L67A 177LA 232LA 1QS9A 130LA 1DYCA 146LA 1D3JA 150LA 2B6WA 1C67A 225LA 1QUOA 2NTGA 1L61A 1L39A 1QT3A 3GUKA 155LA 3F9LA 4GRVA 173LA 242LA 128LA 1P7SA 176LA 2QARC 1L86A 259LA 1JTMA 167LA 2B75A 3HDFA 3DN4A 1L52A 3FI5A 4GBRB 4DJHA 1LI6A 1OYUA 234LA 1L0JA 1KNIA 1L60A 1QUDA 3DNAA 4EKSA 1L00A 251LA 1L66A 2B6ZA 3GUJA 1OWZA 190LA 2B6YA 1L85A 4I7RA 1ZYTA 4W57A 236LA 1L18A 1L76A 2OE9X 2RBQA 1L42A 3QAKA 2OEAX 3HT8A 1L28A 112LA 1PQOA 3HWLA 1C6LA 1C64A 103LA 1CU3A 1L73A 3K2RA 4EKRA 2RB0X 3HUAA 1L98A 170LA 1SX2A 1QTHA 181LA 3C80A 3V2YA 1L38A 1P3NA 3DKEX 1C66A 1CV4A 1L93A 2RBRA 205LA 169LA 1QTBA 4S0WA 1L63A 212LA 1OWYA 1L47A 1QTDA 138LA 1L59A 1L71A 2F47A 233LA 3G3XA 1KS3A 4ARQB 3DMVA 4ARMB 1L82A 159LA 129LA 1L50A 1PQJA 4I7TA 164LA 5LZMA 1C62A 3C82A 3VW7A 5I14A 3SB5A 256LA 219LA 1C6KA 1LYIA 1L07A 1QT7A 4I7QA 1L88A 201LA 1K28A 2HUMA 110LA 4I7PA 139LA 1I6SA 2OE7X 2RBPA 3HT9A 3HH6A 4I7MA 1QSBA 1L14A 1L32A 2F32A 4EKQA 4EXMA 4I7SA 3C8RA 2HUKA 2OU0X 1LWGA 3F8VA 1ZURA 1C6EA 250LA 3DN3A 4I7OA 1P6YA 152LA 1C6TA 1TLAA 1L02A 1QTZA 4I7LA 2LC9A 125LA 3L2XA 171LA 1C61A 4W56A 1L94A 4PJZA 4YXCA 3GUMA 140LA 217LA 258LA 1KY0A 248LA 3HTFA 1L27A 3GULA 1L05A 1P64A 2HULA 1QT4A 1L45A 1P2RA 2B6XA 1L36A 1QUHA 1G0JA 3DMZA 162LA 216LA 3HH3A 1L91A 1LYFA 1L46A 1L80A 1QT6A 1C6GA 1C6CA 3HT7A 3C81A 3CDOA 166LA 1L11A 1CUQA 4LDEA 1L13A 2OE4X 1L62A 1L16A 1DYAA 1L49A 3HUKA 1D3MA 104LA 3DN2A 4YXAC 113LA 2CUUA 218LA 3SB6A 3HH5A 1L25A 1D3NA 1C6AA 1L81A 1LI2A 1L75A 107LA 185LA 3G3VA 1SX7A 1G0LA 1L69A 1QTCA 1L68A 1L34A 4OO9A 1PQKA 230LA 252LA 254LA 4E97A 1L57A 1EPYA 175LA 2RB2X 3C7WA 3DN8A 120LA 1CX7A 4PK0A 1L55A 1L43A 4I7JA 131LA 1L77A 108LA 4ARLA 220LA 3HT6A 3SB7A 231LA 1C6BA 214LA 3HTBA 1QUGA 4W51A 2Z6BA 1T8GA 211LA 1C68A 3CDRA 172LA 1G0QA 157LA 261LA 148LE 189LA 4YX7C 199LA 1LYHA 3UONA 262LA 1L06A 227LA 1SWZA 186LA 4DKLA 1P46A 1LGWA 257LA 142LA 222LA 3CDQA 1CV5A 144LA 206LA 1P56A 253LA 1XEPA 3HTGA 1G0PA 3C8QA 3HUQA 4IAPA 143LA 3HDEA 188LA 1QSQA 1L87A 221LA 4W52A 196LA 1C6HA 1C6DA 3NY9A 1L35A 209LA 4DAJA 1D2WA 1SSWA 4EKPA 114LA 1L10A 3SB8A 1L20A 1L33A 1OV7A 115LA 2RBOA 151LA 1C6JA 3GUNA 3GUOA 4ARJA 255LA 3V2WA 4AQNA 224LA 6LZMA 223LA 1NHBA 1KW5A 226LA 1OVHA 1XJTA 2L78A 1DYDA 111LA 1L31A 215LA 3DN1A 141LA 1D3FA 1QTVA 1LPYA 2ANXA 1LWKA 178LA 1L22A 1LGXA 1PQIA 239LA 2O7AA 1WTHA 4LDOA 1DYBA 2A4TA 249LA 123LA 2NTHA 1L29A 197LA 1C6PA 1G06A 1P2LA 3DN0A 149LA 1DYEA 184LA 1T8FA 1L26A 127LA 260LA 240LA 1L21A 2RH1A 4EJ4A 3OE6A 1C6NA 1LLHA 3PBLA 119LA 200LA 1ZWNA 1L03A 3HH4A 3OE9A 3C83A 1C6IA 1L15A 1G1VA 1T6HA 3FADA 3NYAA 3OE8A 3SN6R 1L08A 1L79A 3NY8A 3SB9A 2QB0B 1CU2A 1L58A 3PDSA 1XJUA 2O79A 109LA 183LA 1CUPA 1G0KA 2F2QA 3SBBC 1CTWA 2OU9A 3LZMA 2B72A 213LA 3HU9A 1LYDA 1QT5A 2RBNA 2Q9EA 1CV3A 1CX6A 1L51A 1L92A 3HTDA 192LA 1L44A 1D9WA 1L48A 1L90A 161LA 1OV5A 4W54A 3EMLA 1DYFA 1SWYA 1CU6A 180LA 1PQMA 4I7NA 1CV6A 1CVKA 3GUPA 1QS5A 2OTYX 2O4WA 1LYJA 3GUIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6MA 1L40A 3C7YA 245LA 3K3TA 1LYEA 2Y8PA 1IWTA 1P36A 174LA 2B7XA 4XJFA 1A4VA 1KW7A 102LA 3HU8A 156LA 3W6EA 1L74A 1IOTA 4NHIA 1L0KA 4XYYA 1L37A 1HSXA 5I54A 4DQ5A 4RW1A 1OUBA 1L72A 3L64A 1IP7A 2HEAA 191LA 2DQDY 4BAFA 4I0CA 1C7PA 1L41A 4ET9A 1OUEA 4W59A 1VATA 5I4XA 1YQVY 1OUHA 1P5CA 1G07A 237LA 1UIGA 195LA 1QT8A 3LYTA 247LA 1L65A 1C6QA 1YAQA 1DI3A 5C6JA 1B7SA 1B7MA 5APDA 5I53A 1HC0A 1L54A 4WM1A 4ARMA 2B70A 3P64A 229LA 2IGCA 3OE0A 241LA 2YBNA 2Q9DA 1B5XA 5AMYA 4C5FA 4HTNA 1GF8A 1L12A 1JISA 4WG7A 2MEFA 3WUAA 1T3PA 235LA 4ZPUA 1CKCA 5IHGA 1L30A 1C6FA 3T36A 2LCBA 1YIKA 1GB2A 3WVXA 4CFOA 158LA 145LA 1LMOA 4N0JA 1B5YA 5T3FA 4KPMA 1LJ3A 232LA 2YSSC 1GB7A 1HFZA 5D5CA 1VDTA 3ATNA 1JKBA 1L39A 1LSYA 1IEEA 1LZ1A 1YANA 4Z46A 5L3HA 2XJWA 2YBIA 1L86A 259LA 1JTMA 1JKCA 3AYQA 2YDGA 5APFA 5APEA 2I25L 1KNIA 2BQNA 4NIJA 4L41A 1HSWA 5DN5A 1GHLA 1GDXA 1L85A 3HBEX 4ML7A 4DDCA 4WG1A 3LN2A 4Z98A 1L76A 4NG8A 1L42A 1L28A 1UIEA 1GFKA 1PQOA 3HWLA 3K2RA 3HUAA 1L98A 1LMTA 1UA6Y 181LA 3C80A 3V2YA 1L38A 1P3NA 3LYMA 3DKEX 1CV4A 1IR8A 1JJ0A 1OWYA 3FE0A 4LYCA 3G3XA 5KXTA 1IP6A 4ARMB 3EXDA 1L50A 1PQJA 1C62A 3C82A 3ATOA 3VW7A 219LA 1LYIA 1LJGA 4NY5A 2BQOA 2DQAA 1FLUA 1L88A 1K28A 2HUMA 1RI8B 4I7PA 4LT2A 4U3XB 4WOAA 1F6RA 1LSBA 3HT9A 3VWOA 1IX0A 4NHQA 4EXMA 2OU0X 1JSFA 1C6EA 250LA 4YF2A 1B7OA 152LA 1TLAA 5KXOA 1GEZA 125LA 4W56A 1L94A 4PJZA 4YXCA 3WPLA 1LPIA 217LA 1L27A 1L05A 4TSBA 2XTHA 3N9AA 2B6XA 3CSZA 162LA 1L91A 5DL9A 5LA8A 4LGKA 3A67Y 1HEWA 2MEEA 4Z3MA 3CDOA 1JKDA 1HERA 1LSAA 2BQAA 1CUQA 4LDEA 1FLWA 1L62A 1L49A 1D3MA 4YXAC 3EO5A 3W3EA 218LA 4WMGA 1LZYA 4J1AA 1V7TA 1L81A 1GFRA 4ZIXA 1INUA 1B7PA 1LZNA 2A7DA 3CQLA 3CT5A 4QY9A 1L34A 3TXIA 4OO9A 3WUMA 1PQKA 1YKXX 1IOSA 1CKHA 230LA 1IY3A 1L57A 3BKHA 5LXWA 120LA 1CX7A 1L55A 208LA 1L77A 108LA 3SB7A 1CJ6A 3RNXA 135LA 2ZNWY 2C8PA 4W51A 2Z6BA 1TCYA 1ZMYL 4DD9A 2ZQ3A 1G0QA 1UICA 1LSNA 4YX7C 199LA 4DKLA 1L06A 227LA 1SWZA 5A3EA 1GDWA 3CDQA 142LA 222LA 4WM3A 4QGZA 3W6AA 5B59A 3C8QA 4UWUA 3HDEA 1LZBA 3W6CA 2Q0MX 4W52A 1GFTA 3GXRA 1GB3A 2MEAA 4DAJA 114LA 1L20A 1L33A 151LA 5L3IA 255LA 4AQNA 5D5FA 224LA 1NHBA 2HEEA 111LA 1IWXA 215LA 4XJHA 1QUTA 3DN1A 1QTVA 1UC0A 4NEBA 2ANXA 1NF5A 4B1AA 5LVGA 1DYBA 249LA 1YL0X 1L29A 1QSAA 3DN0A 184LA 4OW1A 4NGWA 3RZ4A 3CSQA 4LFPA 3TMVA 260LA 240LA 4EJ4A 1LLHA 1WQOA 4WLYA 3FADA 2GV0A 1L08A 3NY8A 2QB0B 1CU2A 1GBSA 1WQMA 3TXFA 4KT3A 6LYTA 1BB5A 4II8A 1LZTA 2B72A 1G7IC 1LSMA 1LYDA 5B1GA 3TXDA 1LTMA 3HTDA 192LA 1LJFA 1L48A 1B2KA 3WH1A 4W54A 1DYFA 1SWYA 1PQMA 3WL2A 1CV6A 2O4WA 1LYJA 4W94A 4MCKA 3AJNA 4NG1A 1IOQA 1LGUA 137LA 182LA 1G1WA 4YOPA 2Z12A 1MLCE 3WW5A 1CU5A 4H91A 2RAZX 1LZCA 4H8XA 4W53A 2EQLA 4WLTA 2IFFY 3A6BY 3KAMA 3TMUA 1BWIA 147LA 3CDVA 3AZ5A 1LHHA 1C43A 1JJ3A 1WTNA 4EPFA 2OTZX 4NGIA 1L17A 5DN4A 4H94A 1JUGA 3C7ZA 3CDTA 1HEPA 1GE0A 1EQEA 3A3RX 3JR6A 2RAYX 2W1XA 1C65A 1XEJA 4WM2A 1N4FA 1OUCA 2ZWBA 4OWHA 5FSTA 1QDRA 4H1PA 3C8SA 168LA 1I20A 4M4OA 1L89A 4LZMA 1GPQC 3D4SA 1SSYA 4N9RA 7LZMA 2H5ZA 2Z2FA 1HEOA 2OU8A 1IORA 4G4BA 4DQJA 4EPIA 1JTTL 1XEKA 2CWIA 1DYGA 160LA 1BB4A 5F9UA 4X3BA 4WO9A 3ZEKA 198LA 1NKHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6M A;  1L40 A;  3C7Y A;  245L A;  3K3T A;  1LYE A;  2Y8P A;  1IWT A;  1P36 A;  174L A;  2B7X A;  4XJF A;  1A4V A;  1KW7 A;  102L A;  3HU8 A;  156L A;  3W6E A;  1L74 A;  1IOT A;  4NHI A;  1L0K A;  4XYY A;  1L37 A;  1HSX A;  5I54 A;  4DQ5 A;  4RW1 A;  1OUB A;  1L72 A;  3L64 A;  1IP7 A;  2HEA A;  191L A;  2DQD Y;  4BAF A;  4I0C A;  1C7P A;  1L41 A;  4ET9 A;  1OUE A;  4W59 A;  1VAT A;  5I4X A;  1YQV Y;  1OUH A;  1P5C A;  1G07 A;  237L A;  1UIG A;  195L A;  1QT8 A;  3LYT A;  247L A;  1L65 A;  1C6Q A;  1YAQ A;  1DI3 A;  5C6J A;  1B7S A;  1B7M A;  5APD A;  5I53 A;  1HC0 A;  1L54 A;  4WM1 A;  4ARM A;  2B70 A;  3P64 A;  229L A;  2IGC A;  3OE0 A;  241L A;  2YBN A;  2Q9D A;  1B5X A;  5AMY A;  4C5F A;  4HTN A;  1GF8 A;  1L12 A;  1JIS A;  4WG7 A;  2MEF A;  3WUA A;  1T3P A;  235L A;  4ZPU A;  1CKC A;  5IHG A;  1L30 A;  1C6F A;  3T36 A;  2LCB A;  1YIK A;  1GB2 A;  3WVX A;  4CFO A;  158L A;  145L A;  1LMO A;  4N0J A;  1B5Y A;  5T3F A;  4KPM A;  1LJ3 A;  232L A;  2YSS C;  1GB7 A;  1HFZ A;  5D5C A;  1VDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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