4ARLA

Structure of the inactive pesticin d207a mutant
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
347
structure length
342
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVALGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
molecule keywords PESTICIN
total genus 119
structure length 342
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arlA02
1P2RA 1L72A 148LE 1T8FA 2Q9DA 1L94A 3GULA 1L68A 2B72A 4LDOA 254LA 1LI6A 4I7RA 3C8RA 1LYDA 1SWYA 2OTZX 206LA 1L36A 2F47A 225LA 3C82A 7LZMA 2HUKA 236LA 102LA 4EKPA 3D4SA 4EKRA 2F32A 167LA 108LA 1ZWNA 1QTZA 4LZMA 5LZMA 4ARPA 2RB0X 1C6PA 111LA 1C60A 1L30A 1G0JA 1C62A 161LA 3DN8A 1C69A 256LA 1P5CA 4ARQB 1OVHA 1L05A 1P3NA 259LA 4W55A 157LA 2QARC 1CV5A 3V2YA 1L39A 246LA 1G07A 3L2XA 4PJZA 4DJHA 1KNIA 1DYFA 3F9LA 2OEAX 3CDQA 1CU5A 1QT4A 1QUGA 4W59A 221LA 1QUDA 4ARMB 3HTGA 115LA 1C6KA 3G3WA 243LA 103LA 1L46A 3HWLA 3DKEX 229LA 1C6QA 3DMXA 1CV0A 168LA 1G1VA 1L03A 3HH5A 1L84A 3SB7A 129LA 1CU6A 1D2YA 1G1WA 1CV3A 1L10A 1QS9A 4I7KA 1L45A 1SWZA 1L88A 242LA 200LA 130LA 1L16A 3ODUA 1L75A 3DN2A 2O4WA 6LZMA 3HTDA 3DMVA 151LA 131LA 171LA 1CU3A 1LYGA 1L57A 1JTNA 170LA 2Q9EA 1SX2A 220LA 1L56A 235LA 1ZURA 3SBBC 1PQKA 1L40A 143LA 248LA 1L54A 149LA 112LA 1DYDA 1LGUA 1G0PA 230LA 127LA 3DNAA 3K2RA 147LA 1C63A 1LYFA 4ZPUA 123LA 1L58A 118LA 3QAKA 1C6TA 1L19A 211LA 1QUOA 1L15A 1B6IA 186LA 1LYJA 255LA 3HT8A 1D3JA 227LA 2OE9X 4I7NA 2B75A 1DYAA 4EPIA 232LA 2CUUA 3HH6A 1C6AA 2NTHA 253LA 4GBRB 2RB1X 1G0QA 2B70A 1L33A 166LA 1L71A 223LA 184LA 125LA 4IAPA 237LA 4K5YA 1LI2A 4LDEA 2O7AA 1KW5A 199LA 139LA 1NHBA 155LA 3CDVA 3OE0A 1LWGA 1C67A 1L89A 3EMLA 1QS5A 1JTMA 1KS3A 2RBQA 1SSWA 1L34A 4I7OA 4GRVA 1L95A 4EKSA 2B6XA 1DYBA 1EPYA 1CV4A 1D3FA 1P56A 1L81A 3GUJA 1L08A 1OVKA 1L17A 214LA 178LA 250LA 3C8SA 1L22A 1L92A 3GUIA 110LA 1OV5A 1L65A 1T8GA 195LA 3DN4A 228LA 3SBAA 4YX7C 1L53A 1OV7A 3C7ZA 3DN0A 3HUKA 119LA 1I6SA 3HH4A 162LA 1L18A 3HTFA 2RBOA 4ARJA 4I7MA 2B7XA 210LA 1L70A 1L32A 164LA 1L31A 233LA 1L12A 1QTBA 146LA 1L67A 3NYAA 244LA 1L02A 3RZEA 2HUMA 3UONA 3GUPA 1L86A 1P46A 113LA 1OWZA 2RBNA 4I7TA 1C6LA 224LA 3HH3A 1L82A 1C6FA 1L43A 160LA 1PQOA 4W54A 239LA 1CV6A 212LA 3G3VA 1CX7A 3CDTA 198LA 4ARLA 4AQNA 3C80A 3OE6A 260LA 1PQJA 2RH1A 4I7JA 1L91A 1L07A 1SX7A 109LA 1DYEA 1L73A 238LA 249LA 222LA 1QT3A 1L77A 2F2QA 156LA 4EXMA 1L66A 2OU0X 3DN6A 1KY0A 177LA 1QT5A 3SB5A 1L0KA 1T97A 3NY9A 141LA 3HU9A 1L11A 4W51A 1CU0A 1LLHA 190LA 176LA 2RB2X 226LA 2LC9A 1L42A 1L20A 240LA 1QSBA 1L26A 1L24A 2B74A 3HT7A 1PQDA 219LA 107LA 2OTYX 196LA 120LA 3NY8A 3DN1A 1L41A 3DN3A 3OE8A 2RAYX 1L90A 1TLAA 187LA 1L98A 1L06A 1CV1A 1P6YA 140LA 2RBPA 1OVJA 2ANXA 1PQMA 144LA 245LA 2B6YA 1CUPA 1C6BA 1G0GA 4LDLA 1L64A 1LYEA 1QT6A 173LA 1P2LA 2IGCA 1C68A 1L83A 1P37A 3CDOA 3C7YA 4W56A 3FA0A 3JR6A 3SB8A 261LA 2OU8A 1C6EA 1L99A 1QSQA 152LA 2OE7X 1L52A 2RBSA 1C65A 4OO9A 159LA 180LA 4YXCA 1JQUA 1L37A 3SB9A 1C6DA 3RUNA 1L28A 1LYHA 1C6IA 137LA 1D3MA 1L50A 257LA 3VW7A 142LA 2OE4X 1CUQA 163LA 1L38A 241LA 1T8AA 3GUKA 2B6WA 1P64A 191LA 181LA 182LA 1CVKA 2Z6BA 175LA 183LA 3PDSA 158LA 174LA 3C8QA 1OWYA 1C6GA 2QB0B 1L87A 2ANVA 128LA 216LA 1OYUA 1XJTA 1L49A 1G0LA 4YXAC 3SN6R 4E97A 197LA 3LZMA 1L47A 1C6JA 1L01A 1P36A 1L25A 1L76A 1L51A 1L97A 4I7PA 1L48A 145LA 3HTBA 3L64A 217LA 1L85A 1L04A 1QUHA 201LA 3V2WA 1DYCA 2B6TA 1C64A 3G3XA 2L78A 1C66A 1L93A 2RBRA 215LA 1LYIA 126LA 138LA 1LPYA 1C6MA 4DKLA 3FADA 4W57A 4I7SA 1DYGA 192LA 1C61A 1L59A 1QTDA 185LA 4EKQA 3SB6A 213LA 3FI5A 4W58A 1L29A 3C7WA 4W53A 2LZMA 1D2WA 1L96A 258LA 3HUAA 169LA 188LA 1L13A 1L14A 1SSYA 1L00A 3F8VA 1QTCA 3HU8A 1QT7A 104LA 1L55A 4EJ4A 1C6HA 4ARQA 252LA 4I7LA 209LA 2O79A 231LA 1L35A 4S0WA 172LA 1L79A 189LA 4I7QA 1ZYTA 1WTHA 1L23A 1L0JA 1L61A 1LW9A 1QT8A 3HUQA 3C81A 1XEPA 1D9WA 2RAZX 1C6NA 1L69A 2OU9A 1T6HA 1C6CA 1L74A 1L80A 1L62A 1CTWA 3GUOA 4ARMA 251LA 2B6ZA 1K28A 150LA 2B73A 4DAJA 1D3NA 1LGXA 1L21A 1G0KA 1QTVA 3HT9A 3OE9A 1QTHA 3HT6A 4W52A 122LA 2LCBA 2HULA 1LGWA 3PBLA 114LA 1G0MA 1CX6A 3GUNA 1L63A 262LA 247LA 1P7SA 1KY1A 1LWKA 3GUMA 3DMZA 234LA 4PK0A 3CDRA 1PQIA 1L27A 1G06A 5I14A 1XJUA 2NTGA 1LI3A 1KW7A 2A4TA 4EPFA 3C83A 3HDEA 205LA 218LA 3HDFA 165LA 1L44A 1L09A 1CU2A 1L60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFPA 1P2RA 148LE 1L94A 3GULA 4DD2A 3F6ZA 1OUCA 5HQ1A 1OUHA 206LA 1L36A 7LZMA 4EKPA 1GFEA 167LA 1B5XA 4NG1A 4WM3A 1WVUA 1LSAA 2RB0X 4DD0A 4RW2A 1QIOA 1YANA 1C69A 5I54A 3A94A 3TXFA 1OVHA 5I4YA 4W55A 4J1AA 1GFGA 1DKJA 1REMA 3WU8A 4KT3A 1F0WA 1N4FA 4RLMA 5B05A 4NGKA 3QY4A 1B7QA 5M1YA 3CDQA 1CU5A 4W59A 1GF6A 1JUGA 221LA 1F10A 1XEIA 3ATNA 3G3WA 3WUAA 4NSIA 1GE4A 1QDRA 3VWOA 229LA 1CV0A 5FSTA 4LYMA 3SB7A 4TSCA 5KKJA 1D2YA 1L10A 1ZMYL 3G3BB 5I53A 1MELL 130LA 2O4WA 5B1FA 3HTDA 4LYTA 1C08C 1CU3A 4DQ5A 1LYGA 4EOFA 1HSXA 1IP4A 143LA 1IWUA 3LZ2A 1C63A 4HJYA 4PJ2C 3QAKA 1GF0A 4H93A 1HMKA 1QUOA 1L15A 1B6IA 1LYJA 227LA 2BQLA 2OE9X 2CJLA 1DYAA 4EPIA 4Z46A 4OWAA 1IC5Y 2CGIA 1QDTA 4GBRB 2RB1X 4R0FA 1LHHA 3EO5A 1D0KA 125LA 1JHLA 3AW6A 237LA 4LDEA 1LHJA 3CSQA 1KW5A 139LA 1NQIA 1LWGA 1C67A 1T3PA 1LZ8A 1GBXA 1L89A 3EMLA 4HPIA 2FYDA 1GB8A 1DYBA 1CV4A 1P56A 1L81A 5LVJA 3GUJA 1OVKA 214LA 2W1MA 250LA 1L22A 1JIYA 1L92A 5B1GA 1WQRA 3GUIA 1OV5A 1JKAA 5KKIA 228LA 3RZ4A 1LZNA 3C7ZA 2XTHA 3WUMA 2A7FA 1LZ9A 1BWJA 4II8A 3LYTA 2RBOA 4KPMA 4ARJA 4I7MA 2B7XA 210LA 5EBHA 4H9CA 4XYYA 233LA 2YBJA 4GCBA 1AKIA 3NYAA 244LA 1GAZA 1TCYA 1G7IC 1L02A 3RZEA 3RNXA 1INUA 5FCPA 4H94A 113LA 2MEDA 4N1EI 3HH3A 3AGHA 3A96A 3TXGA 1BB3A 1L82A 1C6FA 3A91A 160LA 4W54A 3CT0A 4HP0A 1DPWA 1GF7A 3OE6A 2RH1A 1KXYA 1L07A 1UIHA 2YBMA 1HENA 1B7NA 4CGEA 1L73A 222LA 5HMJA 4H9BA 5L9JA 133LA 1T6VL 1L66A 1XGRC 2MEAA 1L0KA 141LA 132LA 1XSFA 4W51A 4CJ2A 5AMYA 1L42A 2RSCA 1GF3A 3AJNA 1L26A 2B74A 107LA 1F6SA 1QSAA 1LMNA 1E8LA 3OE8A 1I56A 1P6YA 2ANXA 245LA 1GFTA 3AW7A 4NEBA 1C6BA 1QT6A 5F81A 4QY9A 1B7OA 1FLWA 4NHIA 1P37A 2DQAA 4GN4A 4D9ZA 4P2EA 261LA 2OU8A 5LAGA 3P65A 5APFA 180LA 1JQUA 1L37A 1LSCA 1LYHA 9LYZA 137LA 1LJNA 1CKHA 4NHTA 1IR9A 257LA 3EBAB 2OE4X 1CUQA 4NHSA 4TWSA 1RCMA 1FLYA 1T8AA 1GE2A 193LA 5KXOA 4HTNA 1WTMA 2MECA 3G3AB 1P64A 1CVKA 2Z6BA 175LA 1TEWA 4DD7A 4MR1A 1GEVA 1AT5A 2I26L 4TTDA 1C6GA 2ANVA 3IJUA 1UA6Y 4GCCA 3SN6R 4E97A 3CB7A 197LA 1LSMA 4BAFA 1L25A 1D6PA 1IWZA 1L51A 2ZNXY 1L48A 4ET9A 2ZYPA 3CT5A 4OWEA 5HMVA 4R6CA 1FKVA 4GCFA 3V2WA 1F6RA 2B6TA 4IATA 1IWWA 215LA 4M4OA 154LA 4DDAA 3N9AA 4W57A 1LSZA 1L59A 5B06A 3W6CA 4W58A 4GCEA 2BLYA 1OUBA 258LA 1NF5A 1BVKC 2Z39A 4WOAA 1IP1A 3TMUA 104LA 2LYOA 1L55A 2DQJY 1GF5A 5D5CA 5DLAA 2O79A 231LA 172LA 1L79A 3K3TA 1WTHA 1L23A 1L0JA 3HUQA 2BQHA 3GXKA 1GDXA 1LCNA 2RAZX 2OU9A 1JJ3A 4G9SA 1CTWA 4DQ7A 5I4WA 4ARMA 251LA 2B73A 2Z38A 4DAJA 4HJVA 1JKBA 3HT6A 1BQLY 1J1OY 2Y8PA 1EQ4A 2WARA 4NFVA 3A95A 1NBZC 1IWTA 1G0MA 4OWBA 2BQKA 135LA 3W3EA 3CDRA 1L27A 1G06A 1GB0A 4UWUA 5ILCA 1KW7A 2C8OA 4ZIXA 1LTMA 2LZTA 1LJEA 165LA 4ML7A 1L09A 1IWYA 1MLCE 1L60A 1VDPA 1Z55A 1LSBA 4H91A 3B0KA 3TXHA 1J1XY 4Z41A 4LZTA 254LA 4X3BA 1LYDA 1SWYA 2OTZX 2F47A 3C82A 3W6FA 2HUKA 3WVXA 3D4SA 1ZWNA 4AGAA 1QTZA 1JKCA 1FLUA 1BWHA 4NGOA 4LZMA 5APCA 1LZBA 2W1LA 3QNGA 5IHGA 1FBIX 1LZDA 1OQMA 1L05A 4OW1A 1LSFA 4WLXA 1LSPA 4WM5A 4DJHA 4OWHA 1DYFA 3F9LA 4G49A 1JEFA 2BQMA 2OEAX 1QT4A 4ARMB 243LA 2BAAA 1A4VA 4LYCA 3A6BY 1GBWA 4QGZA 1GB2A 4WG1A 4J0LA 1G1WA 1CV3A 2Z12A 2AUBA 242LA 1IORA 1GF9A 3WL2A 3T6UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LFP A;  1P2R A;  148L E;  1L94 A;  3GUL A;  4DD2 A;  3F6Z A;  1OUC A;  5HQ1 A;  1OUH A;  206L A;  1L36 A;  7LZM A;  4EKP A;  1GFE A;  167L A;  1B5X A;  4NG1 A;  4WM3 A;  1WVU A;  1LSA A;  2RB0 X;  4DD0 A;  4RW2 A;  1QIO A;  1YAN A;  1C69 A;  5I54 A;  3A94 A;  3TXF A;  1OVH A;  5I4Y A;  4W55 A;  4J1A A;  1GFG A;  1DKJ A;  1REM A;  3WU8 A;  4KT3 A;  1F0W A;  1N4F A;  4RLM A;  5B05 A;  4NGK A;  3QY4 A;  1B7Q A;  5M1Y A;  3CDQ A;  1CU5 A;  4W59 A;  1GF6 A;  1JUG A;  221L A;  1F10 A;  1XEI A;  3ATN A;  3G3W A;  3WUA A;  4NSI A;  1GE4 A;  1QDR A;  3VWO A;  229L A;  1CV0 A;  5FST A;  4LYM A;  3SB7 A;  4TSC A;  5KKJ A;  1D2Y A;  1L10 A;  1ZMY L;  3G3B B;  5I53 A;  1MEL L;  130L A;  2O4W A;  5B1F A;  3HTD A;  4LYT A;  1C08 C;  1CU3 A;  4DQ5 A;  1LYG A;  4EOF A;  1HSX A;  1IP4 A;  143L A;  1IWU A;  3LZ2 A;  1C63 A;  4HJY A;  4PJ2 C;  3QAK A;  1GF0 A;  4H93 A;  1HMK A;  1QUO A;  1L15 A;  1B6I A;  1LYJ A;  227L A;  2BQL A;  2OE9 X;  2CJL A;  1DYA A;  4EPI A;  4Z46 A;  4OWA A;  1IC5 Y;  2CGI A;  1QDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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