4ARLA

Structure of the inactive pesticin d207a mutant
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
347
structure length
342
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVALGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 119
structure length 342
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arlA02
4K5YA 1SSWA 1QTBA 113LA 108LA 2L78A 4ARLA 150LA 3C83A 140LA 2OU8A 1EPYA 1L44A 1G0JA 4DKLA 1WTHA 3FADA 2B73A 3OE8A 138LA 4DJHA 253LA 3C8QA 1I6SA 1CU2A 2B70A 1KS3A 1L02A 1L41A 1G0MA 4W59A 1OYUA 126LA 1L34A 223LA 1LI2A 1L32A 1L03A 1P3NA 200LA 1L85A 130LA 1L06A 206LA 1C6QA 3DN8A 2Q9EA 1L07A 1OVHA 1PQJA 2LC9A 1L90A 1QSBA 173LA 1QT6A 234LA 1D3FA 1P46A 3G3VA 3HT7A 3CDOA 1QT8A 4EKRA 3ODUA 1QT4A 3SBAA 3CDVA 3GUKA 3HTDA 4W58A 151LA 5I14A 1XEPA 1LLHA 143LA 2B6XA 3DN4A 1OV5A 146LA 1QTDA 1C67A 1CU6A 188LA 1C6IA 227LA 4ARPA 235LA 1KW7A 1QTHA 2NTGA 1PQOA 3NYAA 1LYEA 3HT6A 3DMZA 3GUIA 1L11A 1QUHA 1C6NA 2RBSA 160LA 260LA 3RUNA 144LA 3HU9A 1D2WA 259LA 1L09A 1L25A 1C6JA 3CDTA 249LA 4W52A 241LA 122LA 2RB2X 131LA 1OWZA 4W57A 3DN3A 4PJZA 2B6TA 3GUPA 163LA 1L38A 1L71A 3CDRA 1G1VA 189LA 213LA 1T8AA 1LGXA 4W55A 1L20A 2RBQA 1LGUA 159LA 1L97A 176LA 3GUOA 1LPYA 187LA 1C60A 1T6HA 232LA 182LA 3V2WA 221LA 1L94A 1L75A 4GRVA 158LA 1QSQA 3PDSA 256LA 167LA 4LZMA 1SX7A 3C7ZA 191LA 1JTMA 1P64A 1L67A 192LA 1D9WA 141LA 1QT7A 1CV4A 4ARMB 1G07A 1CV3A 2O79A 258LA 2CUUA 2OE4X 1L52A 4YX7C 3HTBA 4I7SA 156LA 128LA 1G0LA 1L92A 3G3WA 1P2RA 1L74A 145LA 197LA 1P36A 3HDEA 1G06A 4DAJA 3HH3A 2RBRA 254LA 233LA 1P2LA 3L64A 1L43A 1L01A 228LA 1C69A 1ZURA 1CX6A 1C6AA 246LA 3GULA 1QTCA 220LA 1PQDA 161LA 1KNIA 110LA 169LA 215LA 1LI6A 1L37A 1LWKA 1L21A 1L16A 2RH1A 195LA 4EPIA 250LA 1L70A 1LW9A 2NTHA 3DMVA 3C8RA 1CTWA 190LA 2OTZX 2B72A 2OE7X 3HH4A 4YXCA 3DN2A 1CU0A 1L63A 1DYEA 2OTYX 114LA 1L58A 1G1WA 1L50A 1L24A 2RBPA 1L27A 196LA 170LA 2OU9A 1C66A 181LA 3HTFA 1L39A 1NHBA 1LWGA 1L48A 4I7RA 2RAYX 177LA 2A4TA 157LA 2O7AA 3HUKA 1OVJA 111LA 209LA 245LA 3CDQA 4ZPUA 3C82A 4W51A 1CU3A 240LA 1C6CA 1TLAA 224LA 4I7KA 172LA 3FI5A 1L17A 1L56A 3V2YA 1T8GA 1L95A 2QB0B 3DN6A 3OE9A 109LA 2ANXA 3QAKA 1D3JA 1L61A 219LA 1CU5A 1G0KA 1L66A 4PK0A 1L81A 3SB6A 1L18A 2B6WA 2B6ZA 4S0WA 1K28A 4EKQA 2OU0X 1L86A 1LYIA 2RBNA 247LA 1C6HA 237LA 1L89A 125LA 262LA 2LCBA 1L76A 1L28A 3HWLA 4W53A 4LDLA 1QTZA 3DN1A 3SB5A 2O4WA 1L54A 1SSYA 102LA 1L82A 1OWYA 3L2XA 1QS9A 168LA 1PQMA 4I7LA 3LZMA 1C68A 1L79A 2B7XA 178LA 1QUGA 1L08A 149LA 4LDEA 3D4SA 1QT3A 205LA 2ANVA 3SN6R 1G0GA 2B74A 1L0JA 252LA 3GUJA 3C7YA 4I7PA 1C6BA 244LA 1P37A 210LA 3SB7A 257LA 1ZYTA 4ARMA 239LA 1L84A 243LA 2F47A 1L12A 1L55A 1L98A 3RZEA 1JQUA 1L19A 5LZMA 1L33A 1SWYA 2IGCA 1L36A 1ZWNA 4EJ4A 1L00A 229LA 3HH6A 1LYHA 1L73A 1L53A 4ARQB 1L31A 3JR6A 118LA 174LA 1QT5A 129LA 1L57A 184LA 3HT8A 1CV6A 201LA 238LA 3C80A 3HDFA 2F32A 3C7WA 3HUAA 1DYDA 3DN0A 2F2QA 3NY9A 4EPFA 137LA 1L68A 3SB9A 1L45A 2B75A 2OEAX 4LDOA 152LA 183LA 1L59A 1CV0A 214LA 2HUKA 3PBLA 1LYGA 4W54A 1L72A 242LA 2QARC 1OVKA 1L64A 123LA 1CV1A 1L80A 1P6YA 251LA 1L62A 1CUPA 2RAZX 1L13A 248LA 1G0QA 231LA 1DYAA 1KW5A 261LA 1DYCA 1CUQA 3F9LA 1L83A 1DYBA 1C6MA 147LA 1L93A 1T97A 1T8FA 3FA0A 1CX7A 1L88A 2OE9X 1L46A 4YXAC 107LA 1L69A 1JTNA 1SWZA 142LA 4I7MA 1C62A 1LGWA 3DKEX 3SBBC 4E97A 1QTVA 139LA 1L05A 1QUDA 230LA 3G3XA 2LZMA 2B6YA 2RBOA 1LYDA 1LYJA 3K2RA 175LA 226LA 119LA 1L42A 1L91A 2Z6BA 115LA 4EKPA 1C6TA 4EXMA 1L99A 1B6IA 1L65A 1LYFA 1PQKA 1L40A 1KY0A 7LZMA 3HT9A 1DYGA 3SB8A 2HUMA 1L96A 3VW7A 1L60A 3DMXA 1PQIA 1QS5A 1C65A 1L23A 3EMLA 1C6KA 1P5CA 1LI3A 4I7TA 127LA 112LA 3HTGA 4GBRB 3C81A 171LA 165LA 3DNAA 4EKSA 1OV7A 1P7SA 3C8SA 4ARJA 120LA 1C6PA 222LA 236LA 1L04A 2Q9DA 1C61A 162LA 3UONA 1L14A 155LA 1L0KA 185LA 180LA 1C6EA 3HUQA 1L22A 1C64A 1P56A 3F8VA 1G0PA 1L30A 3HH5A 3GUMA 1SX2A 1CV5A 1XJUA 217LA 3OE0A 1C6GA 166LA 1L87A 103LA 2HULA 199LA 1D3NA 1L26A 198LA 216LA 1QUOA 4OO9A 2RB0X 186LA 164LA 3GUNA 4IAPA 1L47A 4I7QA 1L29A 1C63A 218LA 1L77A 255LA 1C6DA 4AQNA 211LA 148LE 1DYFA 1C6LA 3OE6A 1D2YA 4ARQA 4I7OA 1C6FA 4W56A 6LZMA 1KY1A 3HU8A 4I7JA 2RB1X 104LA 1L35A 1D3MA 212LA 1XJTA 1CVKA 225LA 4I7NA 1L49A 1L10A 3NY8A 1L15A 1L51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DD3A 3W6AA 3WXUA 4K5YA 1XEIA 1QTBA 1OUIA 2I25L 1D9UA 2L78A 2WARA 4ARLA 3C83A 3GXKA 2OU8A 4X3BA 1F0WA 1G0JA 4WG7A 3FADA 2B73A 1LJ4A 2XBSA 1ZVYB 3QE8A 3WU8A 1GBSA 2Q0MX 1LSDA 1CU2A 1YAOA 1L41A 1G0MA 1OYUA 1VDPA 1P2CC 1KIQC 2FYDA 1PZYA 1GXXA 2ZIKA 1L85A 130LA 4NWEA 1OVHA 1QT6A 1JKDA 4QEQA 3SBAA 3CDVA 143LA 3HFMY 1DKJA 146LA 1C6IA 4W96A 2G4QA 2BAAA 1HHLA 1C08C 3DMZA 3FE0A 1EL1A 1QUHA 3WUNA 1C6NA 4BADA 3A95A 3RUNA 2DQEY 3J4GA 1IORA 1D2WA 1LZGA 4N5RA 3CDTA 1G7JC 1NWGA 131LA 4GLAA 4R0FA 3CDRA 213LA 1T8AA 1G7IC 2HU1A 4HJVA 1B7MA 1LMCA 2HEAA 1LSBA 4I8SA 1OUEA 2BQNA 1PS5A 1T6HA 221LA 1L94A 3P64A 1RCMA 3C7ZA 1GFJA 2MEIA 5E9RA 1VFBC 4ARMB 1G07A 4ET8A 2BQKA 2HTXA 2A7DA 2OE4X 2BQEA 7LYZA 4H91A 3TXGA 2ZYPA 3CSZA 1BB3A 4J1BA 1OUBA 2DQHY 4XENA 1OUGA 5II3A 1LJIA 1P2LA 1LZYA 5KXKA 3L64A 3TXFA 5LVKA 1QSWA 1ZURA 3CT5A 1BB4A 1PQDA 1LWKA 1L21A 5K7OA 1ZMYL 250LA 2NTHA 3DMVA 1IOSA 2DQIY 2OTZX 5DN5A 4H9HA 3WYHA 2RBPA 196LA 170LA 181LA 1LZEA 4C5FA 5DN4A 1GAZA 1MLCE 4ET9A 4NEBA 1J1OY 8LYZA 1LSMA 4ZPUA 2ZNWY 1TLAA 1LSCA 224LA 2CGIA 3FI5A 1JSFA 3OE9A 5HMVA 1L61A 4PK0A 1L81A 3SB6A 1FDLY 1XGTC 4PJ2C 2ZQ3A 2B6WA 4FDYA 4H8ZA 4S0WA 3EO5A 4TUNA 5L3HA 4WL7A 2X0AA 2OU0X 1NF5A 2W1MA 4ZFPA 4W53A 4QY9A 2HEBA 135LA 2O4WA 1GEZA 2BQCA 1SSYA 5FCPA 3L2XA 4E3UA 4I7LA 2B7XA 2MEEA 1LSFA 1QDTA 3HBDA 1GB2A 1LZAA 2BQFA 1W08A 3D4SA 4RW2A 1G0GA 1GFGA 1CJ8A 1SQ2L 1IY4A 1H87A 1UIGA 2CWIA 1LHMA 1GF5A 4ARMA 1OUDA 1L98A 4WM5A 1I1ZA 1JJ3A 1L19A 1SWYA 3F6ZA 4DT3A 4Z41A 1ZWNA 1L00A 1UIEA 2I26L 1L53A 2XBRA 3JR6A 1HF4A 3WVXA 3B0IA 129LA 2IFFY 1CV6A 1WQOA 3HDFA 2F2QA 3SB9A 1L45A 2B75A 3FI7A 1LHIA 1GB0A 1LZCA 2F4GA 3QY4A 2HUKA 4W54A 2QARC 3LHMA 4LFXA 1CUPA 248LA 1G0QA 231LA 1GF3A 1JJ0A 2BQDA 1BWJA 2MEFA 1HEWA 147LA 1YROA 3LYMA 1T97A 1LJHA 4LT3A 1GFKA 1IP7A 5APDA 4RW1A 3ZVQB 5DL9A 1A4VA 1CKDA 1UA6Y 1LGWA 1LJKA 5LAFA 1IWTA 2ZYCA 1GDXA 1LYDA 1CKGA 4NHIA 175LA 4LGKA 4EXMA 2B5ZA 3A6CY 2I6ZA 1J1XY 4M4OA 4GLVA 1E8LA 2BQGA 3HT9A 1F10A 3AJNA 2XTHA 1L96A 1I20A 1OUFA 5F9XA 1PQIA 5LYMA 1HEQA 1C65A 3EMLA 1WQMA 1GF4A 4NGIA 171LA 4WLDA 1UBZA 2YBMA 5I5QA 1OV7A 4ARJA 1REMA 120LA 1C6PA 3P4ZA 3LN2A 4ETBA 1JKBA 236LA 1L14A 4WL6A 1G0PA 3SP3A 4OWCA 4L41A 2BQHA 5APEA 3OE0A 1NHEA 5I4XA 1L26A 216LA 1LJGA 4IAPA 2BQMA 1L29A 4NHTA 5HLLA 1LSGA 4H90A 4GCBA 1H6MA 3OE6A 3AB6A 1D2YA 3K3TA 3N9EA 1VDSA 3A94A 1L51A 2HEEA 1G7LC 1SSWA 4DYGA 113LA 1DXJA 1EPYA 1L44A 4DKLA 1WTHA 1D0KA 1JPOA 3OE8A 4B1AA 1I6SA 2MEGA 2B70A 126LA 4ETCA 1IP6A 1TCYA 2AUBA 3WU7A 1JISA 2Z19A 1P3NA 4ETDA 3LZ2A 200LA 1CKCA 4HTQA 1C6QA 1PQJA 1L90A 1QSBA 234LA 1AT6A 4XJIA 3CDOA 3GXRA 5KXWA 3ZVQA 3HTDA 4KT3A 1HFZA 1LYZA 151LA 1OV5A 3BKVA 4U3XB 1QTDA 188LA 1KW7A 1JTOL 3ATOA 1LYEA 3HT6A 3GUIA 1L11A 1EQEA 1VDQA 2A7FA 1QQYA 1WTMA 3HU9A 4LYBA 259LA 2D91A 1YL0X 4W52A 122LA 2RB2X 1GFRA 1OWZA 4RLMA 4PJZA 163LA 2XQOA 1G1VA 1B7LA 1LGXA 1JTTL 1NQIA 1LPYA 5LVJA 1GAYA 232LA 2Z12A 1IOTA 3TXEA 4NSGA 1F6SA 1L75A 1QSQA 3A6BY 4GRVA 5KXSA 167LA 1KXXA 1IWYA 3HBHA 4H94A 1P64A 1D9WA 1LSEA 1UCOA 5HQ1A 1QTEA 1G7HC 2O79A 1GBXA 1GBOA 193LA 5B05A 1LMAA 2CUUA 1L52A 1GEVA 2DQJY 1QTKA 156LA 4FJRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DD3 A;  3W6A A;  3WXU A;  4K5Y A;  1XEI A;  1QTB A;  1OUI A;  2I25 L;  1D9U A;  2L78 A;  2WAR A;  4ARL A;  3C83 A;  3GXK A;  2OU8 A;  4X3B A;  1F0W A;  1G0J A;  4WG7 A;  3FAD A;  2B73 A;  1LJ4 A;  2XBS A;  1ZVY B;  3QE8 A;  3WU8 A;  1GBS A;  2Q0M X;  1LSD A;  1CU2 A;  1YAO A;  1L41 A;  1G0M A;  1OYU A;  1VDP A;  1P2C C;  1KIQ C;  2FYD A;  1PZY A;  1GXX A;  2ZIK A;  1L85 A;  130L A;  4NWE A;  1OVH A;  1QT6 A;  1JKD A;  4QEQ A;  3SBA A;  3CDV A;  143L A;  3HFM Y;  1DKJ A;  146L A;  1C6I A;  4W96 A;  2G4Q A;  2BAA A;  1HHL A;  1C08 C;  3DMZ A;  3FE0 A;  1EL1 A;  1QUH A;  3WUN A;  1C6N A;  4BAD A;  3A95 A;  3RUN A;  2DQE Y;  3J4G A;  1IOR A;  1D2W A;  1LZG A;  4N5R A;  3CDT A;  1G7J C;  1NWG A;  131L A;  4GLA A;  4R0F A;  3CDR A;  213L A;  1T8A A;  1G7I C;  2HU1 A;  4HJV A;  1B7M A;  1LMC A;  2HEA A;  1LSB A;  4I8S A;  1OUE A;  2BQN A;  1PS5 A;  1T6H A;  221L A;  1L94 A;  3P64 A;  1RCM A;  3C7Z A;  1GFJ A;  2MEI A;  5E9R A;  1VFB C;  4ARM B;  1G07 A;  4ET8 A;  2BQK A;  2HTX A;  2A7D A;  2OE4 X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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