4ARMA

Structure of the inactive pesticin t201a mutant
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVAFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
molecule keywords PESTICIN
total genus 121
structure length 346
sequence length 346
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4armA02
3OE9A 249LA 4EKQA 182LA 4AQNA 1T8AA 260LA 1LW9A 1L45A 3DN2A 1L49A 261LA 3GULA 3SB6A 1JTMA 3OE8A 1QTCA 2RBPA 1L70A 1PQMA 1QUOA 1QT4A 3HT6A 122LA 1CX7A 131LA 3GUIA 3DKEX 7LZMA 111LA 1LGWA 3SBAA 3SBBC 253LA 1I6SA 1DYDA 4LDEA 156LA 1LGXA 196LA 1C6PA 1C6GA 4LZMA 1OVJA 1LYIA 1QSBA 1CU5A 215LA 1L48A 201LA 107LA 262LA 4I7NA 2OU8A 1L17A 3JR6A 1L63A 2O79A 1L36A 1SX2A 2OU0X 1C69A 3DMVA 1G0MA 2L78A 3PBLA 103LA 2B6TA 168LA 1L14A 3DNAA 123LA 2RBRA 4W58A 1T8GA 1L92A 1LWKA 1PQOA 1L43A 245LA 213LA 1LYJA 1XEPA 1PQJA 4W57A 138LA 1C67A 1L60A 3UONA 3L64A 1QTHA 4W59A 1L62A 1D3MA 3GUKA 199LA 4W53A 216LA 2IGCA 1T6HA 2QB0B 4I7MA 1C6NA 2RBQA 2O4WA 1KY1A 192LA 1TLAA 1DYBA 2B72A 6LZMA 217LA 1L97A 1OV5A 1K28A 3CDRA 1PQIA 4YX7C 206LA 2RB2X 2B6YA 219LA 2RB1X 4ARJA 1KS3A 146LA 1L80A 244LA 209LA 3NY9A 1L35A 1P5CA 112LA 4ARPA 4I7SA 1D2YA 4W55A 1OVHA 3ODUA 4I7LA 1L41A 1L38A 1PQDA 1L40A 225LA 3LZMA 3NYAA 5I14A 236LA 160LA 3K2RA 197LA 221LA 125LA 184LA 2RBSA 115LA 2HULA 1L68A 3C82A 119LA 180LA 1C6LA 3QAKA 211LA 2OU9A 1L03A 1EPYA 258LA 1OWYA 2RAZX 1L57A 252LA 4EPIA 229LA 1SWYA 1L85A 1LYFA 2OE9X 1P3NA 1P64A 4EJ4A 3C8RA 104LA 1L30A 1C63A 3C8SA 1L25A 246LA 1T97A 172LA 162LA 1QT8A 230LA 1L24A 1CTWA 1SSWA 174LA 1P6YA 183LA 1L76A 4EKPA 1DYFA 1P46A 139LA 1C66A 210LA 1L26A 218LA 109LA 120LA 2F47A 1C6EA 2RAYX 1L58A 240LA 1P2RA 1CUQA 1L59A 165LA 4GBRB 1B6IA 227LA 4ZPUA 1L69A 1G0PA 1ZYTA 3CDTA 141LA 3HWLA 4I7KA 1KNIA 241LA 3FA0A 1D2WA 248LA 237LA 1L77A 2F32A 3HT7A 231LA 220LA 1SX7A 1C6DA 223LA 1L01A 3HH6A 1KW5A 4ARQA 1L19A 1WTHA 3DMXA 110LA 1L56A 1QT5A 2LCBA 1L11A 2Z6BA 1CU6A 3HT9A 3DN1A 3D4SA 3HH5A 1CU0A 2HUMA 2B75A 4DAJA 212LA 234LA 3GUOA 235LA 3RUNA 1LGUA 3CDOA 1OVKA 1L21A 149LA 1L04A 238LA 1L37A 4ARMA 1KY0A 1LYGA 3DN6A 1QTDA 2LC9A 4I7JA 2B70A 1P36A 177LA 3DN4A 1P7SA 185LA 1L98A 5LZMA 4W56A 224LA 3HTBA 1G0QA 188LA 3HTGA 3CDVA 4GRVA 3HT8A 4I7QA 1L73A 3G3VA 145LA 1L52A 4EKSA 1L53A 1L84A 3DN8A 1L10A 2OTZX 4OO9A 164LA 3DN0A 1OYUA 167LA 1L54A 3C7YA 3V2YA 3DN3A 254LA 1L87A 2OE7X 1L74A 1P2LA 1LI3A 1L79A 1QUHA 4ARQB 1L66A 3HDFA 1C68A 1JQUA 2B6XA 2RBNA 155LA 3C7WA 1L22A 176LA 1DYCA 1L89A 1CVKA 3V2WA 2RBOA 1L20A 239LA 1L42A 108LA 2CUUA 1CV6A 1L61A 1L67A 1LYEA 1G0JA 166LA 1OV7A 4LDLA 1CU2A 1L32A 2B74A 4EPFA 1D3JA 2ANXA 1G0GA 3RZEA 1LWGA 4ARMB 242LA 1L65A 243LA 4YXAC 1LI6A 1P37A 3HUQA 159LA 1L81A 189LA 1L0JA 1L72A 3HH3A 1G0LA 259LA 1OWZA 3HH4A 1SWZA 4YXCA 2ANVA 3C83A 1L71A 3GUNA 200LA 4PJZA 3FADA 143LA 2Q9EA 2F2QA 3F9LA 126LA 148LE 1QS9A 4I7RA 1C6HA 1QT7A 170LA 1C65A 1C64A 1C6KA 1DYEA 226LA 1D3NA 1L05A 3C8QA 102LA 3L2XA 2HUKA 1L55A 3FI5A 3EMLA 1L99A 1CV4A 3GUPA 2RH1A 1LPYA 1L27A 128LA 191LA 181LA 1L86A 1L46A 256LA 3HDEA 1L13A 2B73A 1L64A 1L88A 1XJUA 1C6FA 1D9WA 158LA 4PK0A 1PQKA 1CU3A 251LA 3G3XA 1L83A 228LA 1C6MA 1G1WA 4DJHA 1QTVA 1C6IA 1L29A 4DKLA 2B6WA 151LA 163LA 1C6JA 190LA 1QTBA 3F8VA 129LA 1KW7A 2B6ZA 1C6QA 1JTNA 3C81A 3C7ZA 4S0WA 1L51A 2Q9DA 1C6BA 1QT6A 3HU8A 127LA 1L15A 1L34A 4EXMA 1QTZA 3DMZA 1SSYA 214LA 1DYAA 1L96A 1L07A 1CX6A 137LA 195LA 2QARC 1L47A 222LA 1L82A 1C62A 161LA 1L50A 2RB0X 4I7OA 205LA 142LA 1L90A 186LA 3VW7A 1L02A 1L23A 4IAPA 247LA 4W51A 2OTYX 1L95A 1QT3A 1L16A 1QSQA 152LA 1L28A 1L44A 2B7XA 1C6TA 1L31A 2NTGA 118LA 1C6CA 1LI2A 150LA 2OEAX 3CDQA 3PDSA 4EKRA 147LA 140LA 1L00A 1QUDA 169LA 1D3FA 4I7PA 1ZURA 3HUKA 3OE6A 1DYGA 3SN6R 4W54A 232LA 1L91A 1T8FA 1CUPA 4E97A 1ZWNA 173LA 255LA 2OE4X 178LA 171LA 1C6AA 3SB7A 1CV0A 250LA 1L93A 3GUMA 175LA 3SB9A 130LA 4W52A 144LA 1QUGA 1G0KA 1XJTA 1L12A 4LDOA 1G07A 1L18A 3HUAA 3G3WA 2NTHA 1P56A 257LA 3SB5A 157LA 1LYHA 187LA 2O7AA 4I7TA 4K5YA 1L33A 113LA 3SB8A 1L94A 3GUJA 1LLHA 1L75A 233LA 3NY8A 1L09A 1CV5A 1L39A 1LYDA 1NHBA 3HU9A 3HTDA 3HTFA 1CV3A 1C61A 1L08A 1G06A 1C60A 1G1VA 1L0KA 1QS5A 2LZMA 114LA 4ARLA 2A4TA 1L06A 3OE0A 3C80A 198LA 1CV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 3TXDA 4YENA 4BAFA 1L45A 4GLVA 1GF5A 261LA 1BHZA 1JTMA 3RU5A 2D6BA 1GF9A 4NGJA 1GE2A 4HPIA 2MEEA 1CX7A 3WW6A 3DKEX 3EBAB 1G7HC 3SBBC 1DYDA 4LDEA 4N9RA 1CJ9A 2MEDA 1IP6A 4WM4A 4HTQA 1GHLA 201LA 107LA 262LA 1OUIA 5KXNA 5KKJA 1JKCA 1LMCA 1OUBA 1GB5A 1L14A 3FI7A 1LSYA 1GFVA 1LJIA 1H87A 4W58A 3WW5A 1HEQA 1L92A 1FBIX 4OOOA 1L43A 1NDMC 245LA 5B1GA 4B0DA 3TXFA 1XEPA 1PQJA 5FHWA 5J7CA 1C67A 5KXSA 4FDYA 3TXEA 5LVHA 1KXYA 4NGLA 1T6HA 4OW1A 3W6FA 4WO9A 1WVUA 2RBQA 1KY1A 1TLAA 1KIQC 1LZSA 1L97A 1PQIA 4P2EA 2B6YA 2RSCA 4XN6A 1L80A 1JKBA 1IORA 1B5UA 1LZAA 1HFYA 3VWOA 4NGYA 2XBSA 2N5ZA 1D2YA 5KXZA 5HLLA 225LA 4B4IA 5I14A 1LOZA 1JTPL 2DKVA 4UWNA 1NBZC 1OUAA 184LA 2HULA 2XBRA 1B5WA 3C82A 180LA 2MEFA 4II8A 4DQJA 1L03A 1LSZA 5DN5A 3LYTA 3EO5A 1QSWA 4R6CA 1GBXA 229LA 3WU7A 1L85A 1LYFA 4BAPA 4YEOA 1LSFA 4LYTA 5APFA 1WQOA 246LA 2BQCA 4H9IA 1HENA 1B2KA 1L24A 1CTWA 3ATOA 183LA 4NHTA 2CWIA 4EKPA 210LA 1L26A 218LA 5LAFA 4QEQA 3CT5A 5KXPA 1GE4A 4G4BA 2HTXA 1CUQA 1L59A 1YKXX 4GBRB 4DD9A 1YKZX 1G0PA 3A6BY 5AMYA 1ZYTA 4A7DA 5FSTA 1B7MA 241LA 2D91A 1D2WA 1WQNA 1HELA 2W1MA 3B6LA 3HT7A 1LHKA 3CB7A 1JUGA 1C6DA 3A8ZA 3AJNA 1L01A 4ARQA 1RI8B 4DYGA 110LA 1WQRA 3MGWA 1L11A 2Z6BA 4N1EI 3AW7A 3AZ5A 4KL7A 3DN1A 134LA 3D4SA 4DAJA 1IWXA 2DQHY 212LA 3GUOA 2EPEA 3D3DA 4Z98A 1L21A 1REZA 4I7JA 3W6CA 2B70A 1C7PA 1L98A 5LAGA 3AGGG 188LA 3HTGA 1D6QA 3G3AB 4I7QA 1UIBA 4WLXA 2C8PA 3G3VA 3CSRA 1LPIA 1L52A 4NGZA 3LYOA 1HMLA 3DN8A 2OTZX 4OO9A 2W1YA 167LA 5D5CA 1L79A 1C68A 1MLCE 5I54A 3C7WA 176LA 4OWHA 2X0AA 1B7OA 1VDTA 4DQ5A 1WQMA 2BQOA 2CUUA 2G4QA 4ET9A 3P65A 1OV7A 3LYZA 3LZ2A 4DD7A 1LMAA 1EL1A 1CJ8A 3W3EA 7LYZA 3HUQA 1L81A 1F0WA 1JITA 1IR8A 1L0JA 1C43A 4Z3MA 5DM9A 1FKVA 1LHHA 1IOQA 2ANVA 3C83A 4ANRA 1LZGA 3GUNA 4PJZA 2BQHA 1VDSA 2Q9EA 148LE 1QS9A 1C65A 1JSEA 2XTHA 1LHLA 1D3NA 2FBDA 4YF2A 3FI5A 1CV4A 1LCNA 128LA 1L86A 4TWSA 1JEFA 4ETEA 4OWCA 1L64A 1L88A 1C45A 1XJUA 2IFFY 5DL9A 1D9WA 4HV2A 4WO6A 4LYBA 1LJ3A 4WM2A 2CDSA 3G3XA 1W08A 228LA 1C6MA 1G1WA 1LTMA 4DJHA 4W96A 1C6IA 4PRQA 1L29A 4DKLA 3A96A 3WXUA 2MEGA 2B6ZA 1L51A 2Q9DA 1G7LC 1HFXA 2YDGA 127LA 1L15A 1L34A 5D5FA 1GBZA 214LA 3WXTA 1TEWA 4C3WA 1PS5A 1CX6A 137LA 5B07A 2A7FA 1C62A 161LA 1LYOA 2RB0X 4I7OA 205LA 5KJ9A 1C10A 1XEIA 3VW7A 1L02A 4WG7A 2OTYX 1QT3A 152LA 3W6BA 1B5ZA 3N9EA 3A95A 1LMPA 2FBBA 1AZFA 2NWDX 1D3FA 2ZQ3A 1ZURA 4ZEEA 1ZVHL 1DYGA 1TCYA 1HSXA 1NHEA 1AT6A 255LA 4H9AA 4XJBA 2LYMA 1OUGA 4LYZA 178LA 1IWUA 1BB6A 5LA8A 1CV0A 250LA 2YBNA 175LA 144LA 193LA 1HERA 1B7NA 2ZIKA 1YAMA 1RE2A 3HUAA 3LN2A 3W6DA 3G3WA 2NTHA 3ZEKA 187LA 2XQOA 113LA 3SB8A 2BQJA 3GUJA 1L75A 1L09A 1CV5A 1LYDA 3HTDA 3HTFA 1CV3A 1C61A 1JKAA 4M6DA 1L0KA 2LZMA 2A4TA 1L06A 3OE0A 3C80A 198LA 3TXIA 1XGRC 2YBHA 2HEAA 4EKQA 2VB1A 260LA 4RW2A 1LW9A 4LYMA 1L49A 4TSBA 1NBYC 4B4EA 3BKHA 3OE8A 1QTCA 5KXYA 1L70A 2DQFC 1T6VL 3WU8A 2C8OA 3HT6A 1LSPA 3GUIA 1CJ6A 2BQLA 1IWYA 4N1CC 2MEIA 1TDYA 1I6SA 3WPLA 4RW1A 2BLXA 4LFPA 1QSAA 1XGUC 4WLYA 2DQJY 196LA 1C6GA 1LYIA 1CKDA 1QTKA 6LYZA 1LJEA 1FDLY 1L17A 3JR6A 1L63A 1B9OA 2O79A 4FJRA 1SX2A 1C69A 1G0MA 5A3EA 2I6ZA 1LZDA 168LA 5LVJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 182L A;  3TXD A;  4YEN A;  4BAF A;  1L45 A;  4GLV A;  1GF5 A;  261L A;  1BHZ A;  1JTM A;  3RU5 A;  2D6B A;  1GF9 A;  4NGJ A;  1GE2 A;  4HPI A;  2MEE A;  1CX7 A;  3WW6 A;  3DKE X;  3EBA B;  1G7H C;  3SBB C;  1DYD A;  4LDE A;  4N9R A;  1CJ9 A;  2MED A;  1IP6 A;  4WM4 A;  4HTQ A;  1GHL A;  201L A;  107L A;  262L A;  1OUI A;  5KXN A;  5KKJ A;  1JKC A;  1LMC A;  1OUB A;  1GB5 A;  1L14 A;  3FI7 A;  1LSY A;  1GFV A;  1LJI A;  1H87 A;  4W58 A;  3WW5 A;  1HEQ A;  1L92 A;  1FBI X;  4OOO A;  1L43 A;  1NDM C;  245L A;  5B1G A;  4B0D A;  3TXF A;  1XEP A;  1PQJ A;  5FHW A;  5J7C A;  1C67 A;  5KXS A;  4FDY A;  3TXE A;  5LVH A;  1KXY A;  4NGL A;  1T6H A;  4OW1 A;  3W6F A;  4WO9 A;  1WVU A;  2RBQ A;  1KY1 A;  1TLA A;  1KIQ C;  1LZS A;  1L97 A;  1PQI A;  4P2E A;  2B6Y A;  2RSC A;  4XN6 A;  1L80 A;  1JKB A;  1IOR A;  1B5U A;  1LZA A;  1HFY A;  3VWO A;  4NGY A;  2XBS A;  2N5Z A;  1D2Y A;  5KXZ A;  5HLL A;  225L A;  4B4I A;  5I14 A;  1LOZ A;  1JTP L;  2DKV A;  4UWN A;  1NBZ C;  1OUA A;  184L A;  2HUL A;  2XBR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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